Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-20T22:24:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-21T17:11:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-21T17:11:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoMolecularGenotipos.pdf: 1491851 bytes, checksum: 9c3d9873f2e73ce02462b5a79f7552f4 (MD5) Previous issue date: 2010 / O rotavírus (RV) é o principal agente viral associado às gastrenterites, ocasionando em média 39% dos casos diarreicos que culminam em hospitalizações, sendo responsável por cerca de 520.000 óbitos entre crianças menores de cinco anos de idade a cada ano. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas, sendo seis estruturais (VPs) e seis não estruturais (NSPs). A proteína VP4, juntamente com a VP7, compõem a camada externa do RV, designando os genótipos P e G, respectivamente. Até o momento foram descritos 23 tipos G e 31 tipos P. O genótipo G9 emergiu em escala global e é possivelmente associado a manifestação clínica mais grave, estando geralmente acompanhado do genótipo P[8]. O genótipo G9 possui 6 linhagens distintas e o P[8] 4 linhagens. Este estudo objetivou caracterizar os genes VP7 e VP4 de RV do genótipo G9, circulantes na região metropolitana de Belém, Pará, no período de 1999 a 2007. O dsRNA viral de 38 amostras selecionadas foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida para determinação dos eletroferotipos, seguido da reação de seqüenciamento. Na presente investigação, foi possível a análise de 32 amostras selecionadas, sendo todas genótipo G9P[8] associadas ao eletroferotipo longo. A análise filogenética do gene VP7 demonstrou que as amostras G9 agruparam na linhagem 3 com elevados índices de similaridade, apresentando 8 substituições nucleotídicas. Contudo, apenas três modificações aminoacídicas foram observadas nas posições 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), sendo estes resíduos 43 e 73 exclusivos das amostras do ano de 2007. A análise do gene VP4 demonstrou que as amostras P[8] agruparam na linhagem 3, identificando-se 15 substituições nucleotídicas, as quais ocasionaram quatro modificações aminoacídicas nos resíduos 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). As modificações nos resíduos 172 e 275 são exclusivos das amostras dos anos de 1999 a 2002. As amostras do presente estudo apresentaram elevada similaridade ao longo do tempo estudado. As amostras de 2007 foram as mais divergentes, tanto para o gene VP4 quanto para o gene VP7. É importante se proceder ao contínuo monitoramento do genótipo G9 na região metropolitana de Belém, a fim de detectar possíveis variantes emergentes que possam representar um desafio as estratégias de imunização atuais. / Rotavírus (RV) is the principal viral agent associated with gastroenterites, being responsible for 39% of the diarrhea cases that need hospitalization and with 520.000 deaths among children under five years. It belongs the to Reoviridae family, genus Rotavirus, the genome consists of 11 segments of double-stranded RNA that encoding 12 proteins, six structural (VPs) and six non-structural (NSPs). The VP4 protein, together VP7 protein, compose the outer layer of the RV, defining genotypes P and G, respectively. Until now, at least 23 different G genotypes and 31 P genotypes have been established. The G9 genotype emerged in world scale, and is possibly associated with severe clinical manifestation, being generally associated with P[8] genotype. The G9 genotype has 6 distinct lineages and P[8] 4 lineages. The aimed of this study was the characterization of VP4 and VP7 genes of the RV G9 genotype, that circulated in the metropolitan region of Belém, in the period of 1999 to 2007. The viral dsRNA of 38 selected samples were extracted from fecal suspensions and submitted to electrophorese in gel of poliacrylamide to determine the electropherotypes, followed sequencing reaction. In the present investigation, was possible analyzed 32 selected samples, all of them G9P[8] genotype, with long electropherotype. Phylogenetic analysis of VP7 gene showed that all G9 strains belong to lineage 3 with high similarity indexes, with 8 nucleotide changes. However, only three amino acids changes were observed in the positions 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), being the substitutions at positions 43 and 73 exclusive of the samples isolated in 2007 year. Phylogenetic analysis of VP4 gene revealed that all strains P[8] belong to lineage 3, with 15 nucleotide changes, that showed four amino acids substitutions at positions 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). The amino acids substitutions at positions 172 and 275 were exclusive of the strains isolated from 1999 to 2002. The samples of the present study showed high homology throughout the studied period. The strains isolated in 2007 were the most divergence either to VP4 as to VP7 gene. It is important the continuous surveillance of G9 genotype in the metropolitan region of Belém, to detected possible new genetic variants that can represent a challenge to the current strategies of immunization.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-11T18:22:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EpidemiologiaMolecularInfeccoes.pdf: 1611630 bytes, checksum: d3d55c86e67ed9a4c1f3deecffe60f53 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-26T14:15:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EpidemiologiaMolecularInfeccoes.pdf: 1611630 bytes, checksum: d3d55c86e67ed9a4c1f3deecffe60f53 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T14:15:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EpidemiologiaMolecularInfeccoes.pdf: 1611630 bytes, checksum: d3d55c86e67ed9a4c1f3deecffe60f53 (MD5) Previous issue date: 2017-02-10 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As gastrenterites são a terceira causa de morbi-mortalidade infantil no mundo, sobretudo entre os menores de 5 anos de idade. Os adenovírus (HAdV) são vírus icosaédricos não envelopados, têm 240 proteínas “hexon” específicas e DNA de fita dupla. Pertencem à família Adenovidae, gênero Mastadenovirus e estão distribuídos em 7 espécies (A a G) e 57 sorotipos. Estudos epidemiológicos detectaram HAdV em 2 a 14% dos casos de diarreia aguda infantil em hospitais e ambulatórios clínicos. O objetivo deste estudo foi detectar a prevalência, definir o perfil epidemiológico e os tipos de HAdV em crianças hospitalizadas com quadro de gastrenterite e vacinadas contra rotavírus. Foram analisadas 842 amostras fecais, coletadas no período de maio de 2009 a abril de 2011 em Belém, PA, utilizando-se as técnicas de ensaio imunoenzimático e imunocromatografia para triagem e PCR e sequenciamento de nucleotídeos para tipagem e identificação molecular. Os HAdVs foram encontrados em 7,2% (61/842) das amostras testadas, com os adenovírus entéricos (AdE) equivalendo a 50,8% (31/61) dos casos positivos. A análise quanto ao gênero das crianças infectadas demonstrou 7,7% (28/362) de casos do sexo feminino e 6,8% (33/480) do sexo masculino. A positividade para HAdV por faixa etária dos pacientes analisados detectou maior prevalência entre os maiores de 24 meses de idade, correspondendo a 8,9% (16/178). Quanto à distribuição temporal dos HAdV, o mês de junho foi o de maior prevalência, com 11,4% (8/70) do total de casos. A reação de sequenciamento de oligonucleotídeos caracterizou a espécie F como mais prevalente em nossa região, equivalendo a 64,5% (29/45) das amostras sequenciadas, com o tipo 41 detectado em 69% (20/29) dos casos positivos para a espécie F e 31% (9/29) caracterizados como tipo 40. Os resultados obtidos neste estudo confirmam os HAdV infectando uma proporção significativa de menores de 3 anos hospitalizados na cidade de Belém, Pará, demonstrando a importância do estabelecimento de uma vigilância, sobretudo após a implantação da vacina contra rotavírus no Brasil. / Gastroenteritis are the third cause of infant morbidity and mortality worldwide, especially among children under 5 years old. Adenoviruses (HAdV) are icosahedral non-enveloped viruses, possess 240 proteins "hexon" specific and a double-stranded DNA. They belong to the Adenoviridae family, Mastadenovirus genus, and are assigned to 7 species (A to G) and 57 serotypes. Epidemiological studies found that HAdVs account for 2-14% of cases of acute childhood diarrhea in hospitals and outpatient units. The aim of this study was to determine the prevalence and to assess the epidemiological features of of HAdV infection, as well as the occurrence of types in 842 children under three years of age, hospitalized for acute gastroenteritis in Belém, Brazil. All of these children had been vaccinated against rotavirus.These children were selected from a previous rotavirus vaccine case-control study conducted at Instituto Evandro Chagas, Belém, Pará, from May 2009 to April 2011. ELISA and immunochromatography were used for HAdV screening in stool samples and PCR and oligonucleotide sequencing for typing and molecular characterisation. HAdVs were found in 7.2% (61/842) of the tested samples, with the enteric adenoviruses (EAD) accounting for 50.8% (31/61) of the HAdV positive cases. The distribution of HAdV according to the gender showed that 7.7% (28/362) of whom were female and 6.8% (33/480) were male. The highest prevalence rates of HAdV infection were seen among patients older than 24 months of age, corresponding to 8.9% (16/178) of all positive cases. In regards to the temporal distribution, the highest prevalence rate was observed in June, representing 11.4% (8/70) of cases overall. The oligonucleotide sequencing showed that HAdV species F was predominant in our region, accounting for 64.5% (29/45) of the sequenced samples. These samples included HAdV types 41 and 40, detected at rates of 69% (20/29) cases and 31% (9/29), respectively. The results of this study indicate that HAdV accounts for a significant proportion of gastroenteritis among hospitalized children aged less than 3 years, during a post-rotavirus vaccine introduction period in Belém, Pará state, Brazil.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-13T17:29:42Z No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) Previous issue date: 2016-12-19 / O tratamento de esgoto pode ser insuficiente para a completa eliminação de vírus entéricos, tais como adenovírus humanos (HAdV) e rotavírus do grupo A (RVA). Portanto, o retorno do lodo e do efluente tratado ao ambiente pode representar riscos à saúde pública. Este estudo foi conduzido para otimizar um protocolo de floculação orgânica para recuperação viral a partir de lodo de esgoto e efluente tratado, bem como realizar um monitoramento de HAdV e RVA na estação de tratamento de esgoto (ETE) de Juiz de Fora, MG. Nos estudos de otimização, foram propostas adaptações no protocolo de floculação com leite desnatado para lodo e efluente tratado, com modificações no tempo de agitação da amostra, na concentração final de leite desnatado e/ou na etapa de centrifugação. No estudo de monitoramento, esgoto bruto (P1), esgoto primário (P2), lodo (P3) e efluente tratado (P4) foram coletados bimensalmente em 2014 (durante as épocas seca e chuvosa), totalizando 96 amostras (simples e compostas). As cargas virais foram determinadas por PCR quantitativo e o bacteriófago PP7 foi usado como controle interno. Amostras de HAdV e RVA foram submetidas ao sequenciamento e a viabilidade das partículas de HAdV foi avaliada em amostras de P4. Os parâmetros físico-químicos e a contagem de coliformes termotolerantes (CT) foram determinados em cada ponto. Nos estudos de otimização, foram selecionadas duas condições que apresentaram as maiores taxas de recuperação viral no lodo (menor tempo de agitação e maior concentração de leite desnatado) e no efluente tratado (sem primeira etapa de centrifugação e com maior concentração de leite desnatado). Ambas provaram ser ferramentas úteis para pesquisa viral em amostras de campo, inclusive para a pesquisa de vírus gigantes. No monitoramento, o HAdV foi detectado em 85,4% (82/96) dos concentrados, com cargas virais variando de 3,27 x 102 a 2,42 x 106 cópias do genoma por mililitro (cg/mL), ao longo do ano. A presença de RVA foi observada em 52,1% (50/96) dos concentrados (1,38 x 103 a 3,65 x 105 cg/mL), com maior detecção na época seca. A carga viral não foi influenciada pelo tipo de amostra, sendo detectada tanto em amostras simples, quanto em amostras compostas. Todas as amostras de HAdV sequenciadas pertenciam à espécie F tipo 41 e as amostras de RVA pertenciam ao genótipo I1. O tratamento de esgoto reduziu a quantidade de matéria orgânica e sólidos, bem como a contagem de CT e as cargas virais. No entanto, a presença de HAdV e RVA foi observada mesmo após o tratamento, inclusive em amostras de efluente tratado consideradas adequadas pelas legislações atuais, com detecção de partículas infecciosas de HAdV. Foram observadas correlações positivas entre a carga viral e a demanda bioquímica de oxigênio, os sólidos sedimentáveis e sólidos suspensos totais. Os dois protocolos otimizados neste estudo podem ser facilmente adequados para uso em laboratório de rotina, podendo impulsionar o monitoramento viral nos subprodutos gerados na ETE. A carga viral detectada na ETE salienta a disseminação ambiental de RVA e HAdV e aponta o potencial do HAdV como um marcador viral de contaminação em ambientes aquáticos. / Sewage treatment may be insufficient for the complete elimination of enteric viruses such as human adenoviruses (HAdV) and group A rotaviruses (RVA). Thus, the return of sewage sludge and treated effluent to the environment poses concerns potential for public health. This study was conducted to optimize an organic flocculation procedure for viral recovery from sludge and treated effluent, and carry out a surveillance of HAdV and RVA in a wastewater treatment plant (WWTP) at Juiz de Fora, MG. In optimization studies, conditions were proposed for sludge and treated effluent with changes in the stirring time, in the final concentration of skimmed-milk and/or in the centrifugation step. In surveillance study, raw sewage (P1), primary sewage (P2), sludge (P3) and treated effluent (P4) were collected bimonthly in 2014 (during the dry and the rainy season), totaling 96 samples (simple and composite). Quantitative PCR determined viral loads and PP7 bacteriophage was used as internal control. HAdV and RVA strains were selected for sequencing, and the HAdV viability was evaluated in P4 samples. Physicochemical parameters and thermotolerant coliforms (TC) counting were determined at each point. After the optimization studies, two conditions were selected: the ones that showed the highest viral recovery rates in sludge (lower stirring time and higher concentration of skimmed-milk) and treated effluent (without the first centrifugation step and with a higher concentration of skimmed-milk). These conditions proved to be a useful tool for viral search in the field samples, including for the research of giant virus. In surveillance study, HAdV was detected in 85.4% (82/96) of the concentrated, with viral loads ranging from 3.27 x 102 to 2.42 x 106 genome copies per milliliter (gc/mL), throughout the year. RVA presence was observed in 52.1% (50/96) of the samples (1.38 x 103 to 3.65 x 105 gc/mL) with detection greater in the dry season. Viral load was not influenced by the type of sample being detected both in single samples, as in composite samples. All the sequenced HAdV strains belonged to species F type 41, and RVA strains belonged to genotype I1. Sewage treatment reduced the content of organic matter and solids, as well as the TC counts and the viral loads. However, the presence of HAdV and RVA was observed after treatment, even in samples considered adequate by current laws with detection of infectious HAdV particles. Positive correlations were observed between viral load and biochemical oxygen demand, sedimented solids and total suspended solids. Two optimized protocols in this study are easily suitable for routine laboratory use and can boost viral monitoring in by-products generated in the WWTP. Viral load detected in WWTP stress the environmental dissemination of HAdV and RVA and addressed the potential of HAdV as a virological marker of contamination in aquatic environments.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-11T18:25:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoEpidemiologicaClinica.pdf: 9472084 bytes, checksum: 075980ddd4acccd39ea6a61bc9779839 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-25T15:22:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoEpidemiologicaClinica.pdf: 9472084 bytes, checksum: 075980ddd4acccd39ea6a61bc9779839 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T15:22:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoEpidemiologicaClinica.pdf: 9472084 bytes, checksum: 075980ddd4acccd39ea6a61bc9779839 (MD5) Previous issue date: 2015 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A doença diarreica aguda é uma das principais causas de morbidade e mortalidade infantil nos países em desenvolvimento e um dos fatores que mais contribui para o agravamento do estado nutricional das crianças. Este estudo objetivou avaliar o perfil clínico, epidemiológico e molecular das infecções por agentes virais e parasitários em crianças na faixa etária de 0 a 10 anos e da comunidade quilombola do Abacatal, no período de 2008 a 2010. Foram colhidas amostras fecais de 294 crianças na faixa etária de 0 a 10 anos e 81 indivíduos acima de 10 anos, residentes na comunidade do Abacatal, Ananindeua, Pará, que apresentaram quadro de diarreia aguda ou sem diarreia (controles). O diagnóstico viral foi realizado pelos testes imunocromatográficos e moleculares e o parasitológico pelo método de Faust e Hoffman. Um total de 375 amostras de fezes foi obtido de 177 indivíduos. As frequências dos agentes virais encontrados no presente estudo foram rotavírus do grupo A, rotavírus do grupo C e picobirnavírus em 6,4% (24/375), 0,3% (1/375) e 1,3% (5/375), respectivamente. A eletroforese em gel de poliacrilamida confirmou a presença de rotavírus A nas 23 amostras com 10 (43,48%) apresentando perfil curto e 13 (56,52%), perfil longo. A presença de enteroparasitas foi observada em 272 (77,94%) amostras, sendo que os mais frequentes foram Ascaris lumbricoides detectado em 13,18% (46/349) das amostras, seguido por Trichuris trichiura com 10,88% (38/349), ancilostomídeos com 4,01% (14/349) e Strongyloides stercoralis 1,72% (6/349). Das 24 amostras positivas para rotavírus do grupo A foram detectados os seguintes genótipos: G2P[4] (12,50%, 3/24); G1P[8] (25,00%, 6/24), G3P[9] (29,20%, 7/24) e G12P[6] (33,33%, 8/24). Foram detectados dois novos genótipos para os genes VP6 (I18) e NSP1 (A19) de rotavírus A. Foi realizada a avaliação nutricional de 38 crianças, demonstrando que 18,4% (7/38) apresentavam-se desnutridas. Este estudo destaca a necessidade de implementar ações de prevenção na comunidade, incluindo medidas de educação para a saúde, a vacinação contra o rotavírus, e até mesmo a implementação de programas para controlar infestações parasitárias. / Acute diarrheal disease is a major cause of morbidity and mortality in developing countries and one of the factors that contributes to the worsening of the nutritional status of children. This study aimed to evaluate the clinical, epidemiological and molecular profile of infections by viral and parasitic agents in children aged 0-10 years and those over 10 years of quilombo of Abacatal in the 2008-2010 period. Fecal samples from 294 children were collected in the age group 0-10 years and 81 individuals over 10 years, residents of the community Abacatal, Ananindeua, Pará, which had acute diarrhea board or without diarrhea (controls). The viral diagnosis was made by immunochromatographic and molecular tests and parasitological by Faust and Hoffman method. A total of 375 fecal samples were obtained from 177 individuals. The frequency of viral agents in this study were rotavirus group A rotavirus C and picobirnavirus group by 6.4% (24/375), 0.3% (1/375) and 1.3% (5/375 ), respectively.The polyacrylamide gel electrophoresis confirmed the presence of rotavirus in 23 of 10 samples (43.48%) having short profile of 13 (56.5%) long profile. The presence of intestinal parasites was observed in 272 (77.94%) samples, and the most common were Ascaris lumbricoides detected in 13.18% (46/349) of the samples, followed by Trichuris trichiura with 10.88% (38 / 349), hookworms with 4.01% (14/349) and Strongyloides stercoralis 1.72% (6/349). Of the 24 samples positive for rotavirus group A the following genotypes were detected: G2P [4] (12.50%, 3/24); G1P [8] (25.00%, 6/24), G3P [9] (29.20%, 7/24) and G12P [6] (33.33%, 8/24). Two new genotypes were detected for VP6 genes (I18) and NSP1 (A19) of rotavirus A. Nutritional assessment of 38 children was conducted, showing that 18 4% (7/38) presented malnourished. This study highlights the need to implement preventive actions in the community, including education measures for health, vaccination against rotavirus, and even the implementation of programs to control parasitic infestations.