Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-07T20:44:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PesquisaRotavirusEndoparasitos.pdf: 2717720 bytes, checksum: bacfaf3b0a650a7deb51c42f5b294479 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-09T14:02:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PesquisaRotavirusEndoparasitos.pdf: 2717720 bytes, checksum: bacfaf3b0a650a7deb51c42f5b294479 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-09T14:02:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PesquisaRotavirusEndoparasitos.pdf: 2717720 bytes, checksum: bacfaf3b0a650a7deb51c42f5b294479 (MD5) Previous issue date: 2010 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os rotavírus (RVs) são a principal causa de diarréia aguda em crianças de baixa idade, como também em animais jovens de várias espécies. São excretados nas fezes e transmitidos pela via fecal-oral. Estudos demonstram que é de suma importância para investigações epidemiológicas a caracterização das amostras de RVs isoladas a partir de animais. As enteroparasitoses também constituem um grave problema de saúde pública, sendo um dos principais fatores de morbimortalidade na população infantil e de desnutrição protéico-energética advinda dos quadros de diarréia crônica. Este estudo teve por objetivo identificar RVs e endoparasitos que circulam em caninos, felinos e galináceos da Comunidade Quilombola do Abacatal, Ananindeua, Pará. Nos anos de 2008 e 2009 foram colhidos 202 espécimes fecais, provenientes de caninos (96/2002, 47,5%), felinos (8/2002, 4%) e galináceos (98/2002, 48,5%). Todas as amostras foram submetidas à imunocromatografia e eletroforese em gel de poliacrilamida para a identificação de RVs, porém em ambas obteve-se 100% de negatividade. Para a identificação de endoparasitos as amostras foram submetidas à técnica de centrífugo-flutuação com solução de sacarose, os parasitos mais freqüentemente encontrados em caninos foram o Ancylostoma sp, Spirocerca sp, Toxocara sp/ Toxascaris sp, Trichuris sp e Coccídio, e em felinos foram Ancylostoma sp (5/8, 62,5%), Toxocara sp/ Toxascaris sp (2/8, 25%) e Trichuris sp (1/8, 12,5%). Em galináceos foram Ascaridia sp/ Heterakis sp (33/62, 53,23%), Capillaria sp (39/62, 62,9%), Cocídio (6/62, 9,68%), Dispharynx sp (15/62, 24,19%) e Trichostrongyloidea sp (11/62, 17,74%). Pelos resultados obtidos, concluiu-se que o local oferece risco para infestação parasitária humana, havendo a possibilidade de contaminação do solo por meio das fezes e o desenvolvimento de zoonoses. / Rotaviruses (RVs) are the leading cause of acute diarrhea in children of low age, but also in young animals of various species. Are excreted in faeces and transmitted the fecal-oral route. Studies show that it is very important for epidemiological investigations to characterize samples of RVs isolated from animals. Intestinal parasites also pose a serious public health problem, being a major factor of morbidity and mortality in children and protein-energy malnutrition arising frameworks of chronic diarrhea. This study aimed to identify and endoparasites RVs circulating in dogs, cats and chickens Community Quilombola of Abacatal, Ananindeua, Pará. For the years 2008 and 2009 were collected 202 fecal samples, from dogs (96/2002, 47.5%), cats (8/2002, 4%) and chickens (98/2002, 48.5%). All samples were subjected to electrophoresis on immunochromatography and polyacrylamide gel for the identification of RVs, but in both cases we obtained 100% negativity. For the identification of endoparasites samples were subjected to a flotation technique with sucrose solution, the parasites most frequently found in dogs were Ancylostoma sp Spirocerca sp, Toxocara sp / Toxascaris sp, Trichuris sp and coccidio, and cats were Ancylostoma sp (5/8, 62,5%), Toxocara sp / sp Toxascaris (2/8, 25%) and Trichuris sp (1/8, 12,5%). In chickens were Ascaridia sp / sp Heterakis (33/62, 53,23%), Capillaria sp (39/62, 62,9%), Coccidio (6/62, 9,68%), Dispharynx sp (15/62, 24,19%) and Trichostrongyloidea sp (11/62, 17,74%). From the results, we concluded that the site poses a risk to human parasitic infestation, with the possibility of soil contamination by faeces and the development of zoonoses.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-06-03T19:14:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseMolecularGenes.pdf: 1713438 bytes, checksum: c87a3877b195a2f8284332c3ab05f12f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-06-04T14:55:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseMolecularGenes.pdf: 1713438 bytes, checksum: c87a3877b195a2f8284332c3ab05f12f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-04T14:55:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AnaliseMolecularGenes.pdf: 1713438 bytes, checksum: c87a3877b195a2f8284332c3ab05f12f (MD5) Previous issue date: 2011 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os rotavírus são os principais agentes virais causadores de gastrenterite aguda e responsáveis por 36% dos casos hospitalizações entre crianças menores de cinco anos, resultando em 453.000 óbitos anualmente, principalmente em países em desenvolvimento. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas. O genótipo G1 se apresenta geralmente com maior frequência nas investigações epidemiológicas, circulando em várias partes do mundo sob diferentes prevalências. Este estudo teve como objetivo analisar a variabilidade genética dos genes VP4, VP7 e NSP4 dos rotavírus G1 circulantes nos municípios de Belém e Marituba, Pará, Brasil, no período de 1982 a 2008. Foram selecionadas 83 amostras previamente caracterizadas como G1 e submetidas a RT-PCR. Os espécimes foram provenientes de sete estudos realizados no IEC. Foi possível a amplificação para os três genes em estudo de 63 (75,9%) espécimes. Foram detectadas as linhagens 1 (8/63, 12,7 %), 2 (29/63, 46,0%), 3 (18/63, 28,6%) e 9 (8/63, 12,7%) para o gene VP7. Co-predominaram as sublinhagens 2E e 3A concorrendo com um total de 57,1% (36/63) das amostras. Foram observadas três substituições de aminoácidos (97 [D→E], 147 [S→N] e 218 [I→V]) no gene VP7 nas regiões antigênicas (A, B e C) nas amostras das linhagens 1, 2 e 9. Todas as amostras apresentaram a especificidade P[8] para o gene VP4 e as linhagens 2 (21/63, 33,3%) e 3 (42/63, 66,7%) foram detectadas. No gene da VP4 ocorreram duas alterações (35 [I→V] e 38 [S→G]) na região antigênica em todas as amostras analisadas. Para o gene NSP4, todas as amostras pertenceram ao tipo E1. Houve mudanças de nucleotídeos nas posições 47 (C→T) e 101 (T→C), resultando em alteração aminoacídica nos resíduos 16 (S→P) e 34 (L→P) em todas as amostras analisadas e nove espécimes demonstraram alteração no sítio de toxicidade da NSP4 (aa 131). Tal análise permitiu ampliar o conhecimento da diversidade genética e da circulação de variantes de rotavírus G1, representando o primeiro estudo da epidemiologia molecular deste genótipo no Brasil e confirmar a alta heterogeneidade que este tipo apresenta. / Rotaviruses are major viral agents of acute gastroenteritis and responsible for 36% of hospitalization for diarrhea among children less than five years of age, resulting in 453.000 deaths annually, mostly in developing countries. Rotavirus is a member of Reoviridae family, and its genome consists of 11 double-stranded RNA (dsRNA) which encode 12 proteins. G1 rotavirus is commonly detected in epidemiological investigations, occurring under different prevalence rates. The aim of this study was to analyze the VP4, VP7 and NSP4 diversity genetic of G1 rotavirus circulating in Belém and Marituba, Pará, Brazil, from 1982 to 2008. We selected 83 samples previously characterized as G1 type and submitted to RT-PCR. The samples were from seven studies conducted in IEC. It was possible amplification for 63 (75.9%) specimens. Lineages 1 (8/63, 12.7%), 2 (29/63, 46.0%), 3 (18/63, 28.6%) and 9 (8/63, 12.7%) of VP7 gene were detected. The sublineages 2E and 3A were co-predominant detected in 57.1% (36/63) of samples. Three amino acid substitutions (97 [D→E], 147 [S→N] and 218 [I→V]) were observed in VP7 antigenic regions (A, B and C) in samples of 1, 2 and 9 lineages. All samples showed P[8] specificity for VP4 gene and lineages 2 (21/63, 33.3%) and 3 (42/63, 66.7%) were detected. Two substitutions (35 [I→V] and 38 [S→G]) occurred in antigenic region of VP4 of samples analyzed. For NSP4 gene, all samples belonged to E1 type. Phylogenetic analysis of NSP4 gene revealed that occurred changes in nucleotide positions 47 (C→T) and 101 (T→C), resulting in amino acid substitutions at positions 16 (S→P) and 34 (L → P) in all samples and 9 specimens displayed amino acid substitution in NSP4 toxicity residue (aa 131). This study allowed us to broaden our understanding about genetic diversity and circulation of G1 variants and represents the first molecular epidemiology analyze of this genotype in Brazil corroborating the high heterogeneity of this genotype.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-06-25T17:31:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-06-29T14:00:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-29T14:00:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoEpidemiologiaAnalise.pdf: 13559699 bytes, checksum: 37b19479216de1631b16b7b83429ff77 (MD5) Previous issue date: 2012 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Este estudo objetivou investigar a ocorrência de rotavírus aviário (RVA), picobirnavírus (PBV) e reovírus aviário (ARV) em aves de corte criadas em granjas situadas na Mesorregião Metropolitana de Belém, Pará, no período compreendido entre 2008 a 2011. Para tal, foram colhidos 85 pools de amostras fecais provenientes de 37 granjas pertencentes a oito municípios. O RNA viral foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) seguido da RT-PCR. Foi selecionada pelo menos uma amostra de cada município positivo para o sequenciamento de nucleotídeos dos genes NSP4 (rotavírus), RdRp (picobirnavírus) e S2 (reovírus), sendo que no caso dos picobirnavírus as amostras foram clonadas antes do sequenciamento. A EGPA demonstrou positividade em 0/85 (0%) amostras para RVA do grupo A, 13/85 (15,3%) amostras para PBV e 01/85 (1,2%) amostras para ARV. No caso da RT-PCR foi verificado positividade em 35/85 (41,2%), 42/85 (49,4%) e 28/85 (32,9%) das amostras para RVA, PBV e ARV, respectivamente. Dos oito municípios estudados, sete apresentaram amostras positivas para PBV e seis apresentaram amostras positivas para RVA e ARV. Das 37 granjas estudadas foi observada a presença dessas infecções virais em 19 (51,4%) para RVA e ARV e 21 (56,8%) para PBV. As sequências do gene NSP4 apresentaram entre 86,3 e 90,5% de similaridade ao nível de nucleotídeo (nt) com protótipos de frangos e 93,5 e 100% de similaridade ao nível de nt quando comparadas entre si. As sequências do gene RdRp apresentaram uma grande heterogeneidade genética com variantes gênicas apresentando entre 56,1 e 100% de similaridade ao nível de nt com protótipos pertencentes a várias espécies e fontes de contaminação e entre 50,3 e 100% de similaridade ao nível nt quando comparadas entre si. Na análise das sequências do gene S2 de ARV foi observado entre 90,9 e 94,4% de similaridade ao nível de nt com protótipos de frangos e 90,1 e 100% de similaridade ao nível de nt quando comparadas entre si. Os RVA, PBV e ARV foram detectados em granjas de frangos de corte da Mesorregião Metropolitana de Belém, sendo a detecção por RT-PCR a mais eficiente ao detectar pelo menos um dos vírus nos oito municípios pesquisados. Excetuando-se o PBV, que apresentou relacionamento heterogêneo com os protótipos utilizados, o RVA e ARV deste estudo relacionaram-se especificamente com amostras obtidas em aves. Este é o primeiro estudo envolvendo o sequenciamento gênico do RVA, PBV e ARV em frangos de corte na região norte do Brasil. / This study aimed to investigate the occurrence of avian rotavirus (AvRV), picobirnavirus (PBV) and avian reovirus (ARV) in chickens raised on farms located in the Metropolitan mesoregion of Belém, Pará state, in the period of 2008 to 2011. For this purpose, 85 pools of fecal samples were collected from 37 farms belonging to eight counties. Viral RNA was extracted from fecal suspensions and subjected to polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) followed by RT-PCR. At least one sample was selected of each municipality wich positive result for nucleotide sequencing of the genes NSP4 (AvRV), RdRp (PBV) and S2 (ARV), and in the case of the PBV samples were cloned before sequencing. PAGE showed positive in 0/85 (0%) samples for AvRV group A, 13/85 (15.3%) samples for PBV and 01/85 (1.2%) samples for ARV. In the case of RT-PCR positive results was observed in 35/85 (41.2%), 42/85 (49.4%) and 28/85 (32.9%) of the samples for AvRV, ARV and PBV, respectively. Of the eight counties studied, seven showed positivity to PBV, and six for AvRV and ARV. Of the 37 farms studied the presence of these viral infections was observed in 19 (51.4%) to AvRV and ARV and 21 (56.8%) to PBV. NSP4 gene sequences had a similarity between 86.3 and 90.5% at the nucleotide level (nt) with prototypes from chicken and 93.5 and 100% similarity at the nt level when compared among them. RdRp sequences showed a high genetic heterogeneity with gene variants resulting between 56.1 and 100% similarity at the nt level with prototypes belonging to different species and sources of contamination and between 50.3 and 100% similarity at nt level when compared among them. S2 gene sequences analysis showed between 90.9 and 94.4% similarity at the nt level with chicken prototypes and 90.1 and 100% similarity at the nt level when compared each other. AvRV, ARV and PBV were detected in broiler farms of the Metropolitan mesoregion of Belém, being the detection by RT-PCR more efficient to detect at least one type of virus in the eight counties surveyed. Except for the PBV, which showed heterogeneous relationship with the prototypes used, the AvRV and ARV of this study related specifically to the samples obtained in birds. This is the first study involving the genomic sequencing of the AvRV, ARV and PBV in broilers in northern Brazil.

Esta tese representa o aprofundamento do estudo das estimativas de custos, componente integrante e determinante das avaliações econômicas, enquanto parte do projeto de pesquisa Estudos de custo-efetividade da incorporação de novas vacinas à rotina do Programa Nacional de Imunizações: Rotavírus, Varicela, Pneumocócica conjugada, Meningocócica C conjugada e Hepatite A desenvolvido por solicitação do Programa Nacional de Imunização/PNI da Secretaria de Vigilância em Saúde/SVS do Ministério da Saúde, a partir de 2005. A tese teve como objetivo analisar as condições de uso, dificuldades e repercussões de diferentes métodos de estimativas de custos em estudos de custo-efetividade de vacinas de duas tecnologias específicas, vacinas contra rotavírus e varicela, assim como a relação entre as estimativas de custos e os resultados. As estimativas de custos estão condicionadas pelas características gerais da doença sob análise (aguda no caso de rotavírus e com seqüela no caso de varicela), assim como por questões metodológicas gerais (escolha teórico-conceitual, métodos e fontes de dados) e especificidades do caso brasileiro. Para esta tese, houve maior detalhamento das estimativas de custos diretos no cuidado da doença, com a inclusão de custos específicos do sistema de saúde suplementar para as duas doenças, inclusão de participação pública na dispensação de medicamentos no caso de rotavírus e inclusão de custos de medicamentos do sistema público de saúde no caso de varicela. Como resultado, houve aumento do custo total da doença estimado de 16% para rotavírus e 11% para varicela, assim como aumento de economia (custo total da doença evitado) de 18% e 16%, respectivamente, com a introdução de cada vacina. Apesar do maior detalhamento das estimativas de custos ter reduzido a razão de custo-efetividade incremental em 20% para rotavírus e 4% para varicela, o nível de custo-efetividade dos dois programas de vacinação não foi alterado. Os resultados das avaliações econômicas de vacinação contra rotavírus e varicela mostraram-se mais sensíveis às estimativas de custos do programa de vacinação, em especial o preço da vacina, apontando a relevância do custo da tecnologia sob análise para incorporação em comparação aos demais custos / This thesis represents a deeper study of the cost estimates, an integrant and determinative component of economic evaluations, as part of the project Costeffectiveness studies of the incorporation of new vaccines into the routine of the National Immunisation Program: Rotavirus, Varicella, Pneumococcal conjugate, Meningococcal C conjugate and Hepatitis A. The project has been developed on the request of the National Immunisation Program/PNI of the Secretary of Sanitary Surveillance/SVS of the Ministry of Health since 2005. The objective of the thesis was to analyse the conditions of use, difficulties and repercussions of different cost estimates methods in the cost-effectiveness studies of two specific technologies, vaccines against rotavirus and varicella, as well as the relationship between the cost estimates and the results. The cost estimates are conditioned by general characteristics of the disease under analysis (acute in the case of rotavirus and with long-term disability in the case of varicella), general methodological issues (theoretical choice, methods and sources of data) and specificities to the Brazilian case. This thesis brings a more detailed estimation of direct medical costs, with the inclusion of specific costs of the private health care system for the two diseases, inclusion of public participation for dispensing drugs in the case of rotavirus and inclusion of drugs costs in the public health care system in the case of varicella. As a result, there was an estimated disease total cost increase of 16% for rotavirus and 11% for varicella, as well as increase of savings (disease total cost avoided) of 18% and 16%, respectively, with the introduction of each vaccine. Although the more detailed cost estimates have reduced the incremental cost-effectiveness ratio by 20% for rotavirus and 4% for varicella, the cost-effectiveness level of the two vaccination programs was not altered. The results of the economic evaluations of vaccination against rotavirus and varicella were more sensitive to the vaccination program cost estimates, especially the vaccine price, pointing out the relevance of the cost of the technology under analysis for incorporation comparatively to the other costs

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-13T12:18:47Z No. of bitstreams: 1 waldemir-de-castro-silveira.pdf: 669613 bytes, checksum: b8a4602ed033af1429638f26a5325f0d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-13T12:18:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 waldemir-de-castro-silveira.pdf: 669613 bytes, checksum: b8a4602ed033af1429638f26a5325f0d (MD5) Previous issue date: 2005 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O rotavírus humano (RV) pode ser detectado prontamente pelo método de aglutinação do látex (LTE), com elevada sensibilidade e especificidade, através da reação cruzada com o anticorpo anti-rotavírus decarneiro. As partículas de látex revestidas com a imunoglobulina G anti-rotavírus, são especificamente aglutinadas na presença do RV, com resultados macroscopicamente evidentes dentro de poucos minutos. Para a sensibilidade e a especificidade do método de LTE proposto, comparou-se com outro método similar (Rota-Kit Slidex®; BioMérieuxl), um total de 81 amostras fecais de crianças até 5 anos com gastroenterite aguda. Com 36 amostras diarréicas RV-positivos e 45 RV-negativos, a ensibilidade analítica do teste de LTE proposto foi > 99,99%, e a especificidade analítica também foi > 99,99%. O LTE demonstrou ser capaz de detectar partículas de rotavírus em fezes diarréicas em concentrações 20 vezes menores que o limite de detecção do Rota-Kit Slidex®. A freqüência de testes positivos de LTE pareceu ser proporcionalà concentração de viríons na amostra fecal. O LTE demonstrou uma sensibilidade de 94,0% (34 de 36 positivos), e uma especificidade > 99,99% (45de 45 negativas) quando comparado com o Rotazyme II®, um ensaio imunoenzimático (Abbott Laboratories). O método do LTE é rápido, facilmenteutilizável para detectar o RV em amostra fecal de crianças e é apropriado para a aplicação como um teste diagnóstico simples, principalmente para triagem de grandes grupos de pacientes. O LTE é estável por pelo menos 2 anos searmazenado sob refrigeração (4°C) e se mostra útil para laboratórios de pequeno porte, para rotinas ambulatoriais, de emergências e de triagem e finalmente, para discriminar amostras negativas que poderão então ser testadas por testes mais sensíveis. / Human rotavírus (HRV) can readily be detected by the latex agglutination assay method (LTE), with raised sensitivity and specificity, based on crossed reaction with the anti-rotavirus sheep antibody. The latex particles coated with anti-rotavirus immunoglobulin G, agglutinates specifically when in contact with HRV in few minutes, with evident macroscopically results. The sensitivity and the specificity performance of the proposed method (LTE), was compared with another similar method (Rota-Kit Slidex®, BioMérieux), a total of 81 specimens from children with acute gastroenteritis were tested. With 36 HRV positive samples and 45 HRV negative samples, the analytical sensitivity of LTE was better than 99,99% and the analytical specificity, also, was better than 99,99%. The LTE demonstrated to be capable to detect particles of HRV in fecal samples in concentrations20 lesser times that the limit of detection of Rota-Kit Slidex®. The frequency of positive tests of LTE seemed to be proportional to the concentration of virions in the fecal sample. The LTE demonstrated a sensitivity of 94,0%(34 of 36 positives), and a specificity >99,99% (45 of 45 negatives) whencompared with Rotazyme II® (Abbott Laboratories). The method of the LTE is fast and easily usable to detect HRV in children fecal sample and is appropriate for application as a test of simple diagnosis, mainly for screening of great groups of patients. The LTE is stable per at least 2 yearsif stored under refrigeration (4°C) and it shows useful for small laboratories, clinic routines, emergence rooms and screenings and finally to discriminate negative samples that could then be tested by more sensible tests.

Acute diarrhea is the second leading cause of mortality among children under 5 years of age in developing countries. The pathogens most strongly associated with diarrhea is rotavirus followed by enteric pathogens such as bacteria, helminthes and protozoan. Adequate sanitation and water supply contribute to decrease acute diarrhea incidence of most etiologic agents, although vaccination remains the most important intervention to control rotavirus acute diarrhea. This study aimed to describe environmental exposures and spatial analysis associated with acute diarrhea and enteric pathogens among rotavirus vaccinated infants from Laranjeiras, Sergipe, Brazil. The children live in an area covered by Saúde da Família National Program and were 2 to 11 months old at enrollment. All reported children were followed for 12 months. Demographic, socioeconomic and environmental data were obtained from a questionnaire, and immunization data were obtained from children vaccination card. Children stool samples were collected each month in order to run laboratory analyses. The household spatial localization was obtained by using a Global Positioning System (GPS). Spatial analysis was performed using the TerraView computer program and Kernel intensity estimation. A total of 1,113 stool samples were collected, with 80 samples associated to diarrhea episodes. Diarrhea incidence rate was 0.50 ± 0.99 episodes/child/year. Overall, we observed 5.1% of Ascaris lumbricoides infection, 3.0% of Endolimax nana infection, 2.6% of rotavirus infection and 0.9% of Giardia lamblia infection. We observed rotavirus in 3.75% of stool samples associated with diarrhea but the majority (11.25%) of known diarrhea episodes was associated with helminthes and protozoan infections. There was no influence of environmental exposures on the number of episodes of diarrhea and enteroinfecções suggesting that environmental exposures are similar for the entire study sample. We observed some changes on spatial distribution of intestinal infections and diarrhea episodes along the four evaluated trimesters, especially on the urban center and adjacent areas. In conclusion, the studied infants live equally in poor urban drainage and poor sewerage areas which probably explain the significant rates of helminthes and protozoan infections appearing in early life. The low diarrhea incidence rate in this rotavirus vaccinated population and the low number of symptomatic rotavirus infection compared to asymptomatic infections may highlight the vaccination role as an important prevention strategy of acute diarrhea among young children. / A diarreia aguda é a segunda causa de mortes em crianças menores de 5 anos em vários países em desenvolvimento, sendo a infecção pelo Rotavírus a causa mais comum, seguida das infecções por enterobactérias e enteroparasitos. Medidas de saneamento e boa qualidade da água podem diminuir a ocorrência da doença, mas em relação ao Rotavírus a vacinação específica tem papel fundamental. Este estudo teve o objetivo de conhecer as características ambientais e analisar espacialmente a diarreia aguda e as enteroinfecções em lactentes numa situação de uso ampliado da vacina contra o Rotavírus, no município de Laranjeiras/SE. Os lactentes residiam nas áreas de cobertura das Equipes de Saúde da Família, com a faixa etária entre dois e onze meses de idade e foram acompanhados durante 12 meses. Através de um questionário foram obtidos os dados demográficos, socioeconômicos e ambientais e cobertura vacinal contra rotavírus. Foram coletados mensalmente amostras de fezes para realização de exames parasitológicos, bacteriológicos e presença do rotavírus. Para a localização espacial dos domicílios foi utilizado o Sistema de Posicionamento Global (GPS). A análise espacial foi realizada no programa TerraView, utilizando-se o estimador de intensidade Kernel. Foi coletado um total de 1.113 amostras de fezes, sendo 80 associadas a episódios de diarreia. Obteve-se uma incidência média anual de episódios de diarreia de 0,50 ± 0,99/criança/ano. A presença do rotavírus ocorreu em 3,75% dos casos, enquanto que a maior parte (11,25%) das diarreias agudas com causa conhecida aconteceu na presença de infecções helmínticas e por protozoários. No total de 1113 amostras, foram encontrados: Ascaris lumbricoides (5,1%), Endolimax nana (3,0%), rotavírus (2,6%) e Giardia lamblia (0,9%). Não houve influência das condições ambientais no número de episódios de diarreia e das enteroinfecções. Ocorreram pequenas variações na distribuição espacial das enteroinfecções e dos episódios de diarreia, durante os quatro trimestres, destacando-se o centro urbano e áreas adjacentes com maior intensidade. Conclui-se que as características ambientais demonstram homogeneidade em relação às precárias condições de saneamento básico nas moradias dos lactentes, contribuindo para um significativo número de enteroparasitos, até mesmo nesta faixa etária. O baixo número de episódios de diarreia/criança/ano nesta população com ampla cobertura vacinal contra rotavírus sugere o papel da vacinação como uma importante medida de prevenção. O efeito atenuador da vacina também pode ser demonstrado pelo número de casos de infecção por rotavírus assintomáticos em maior número em comparação com os casos sintomáticos.

Esta tese representa o aprofundamento do estudo das estimativas de custos, componente integrante e determinante das avaliações econômicas, enquanto parte do projeto de pesquisa Estudos de custo-efetividade da incorporação de novas vacinas à rotina do Programa Nacional de Imunizações: Rotavírus, Varicela, Pneumocócica conjugada, Meningocócica C conjugada e Hepatite A desenvolvido por solicitação do Programa Nacional de Imunização/PNI da Secretaria de Vigilância em Saúde/SVS do Ministério da Saúde, a partir de 2005. A tese teve como objetivo analisar as condições de uso, dificuldades e repercussões de diferentes métodos de estimativas de custos em estudos de custo-efetividade de vacinas de duas tecnologias específicas, vacinas contra rotavírus e varicela, assim como a relação entre as estimativas de custos e os resultados. As estimativas de custos estão condicionadas pelas características gerais da doença sob análise (aguda no caso de rotavírus e com seqüela no caso de varicela), assim como por questões metodológicas gerais (escolha teórico-conceitual, métodos e fontes de dados) e especificidades do caso brasileiro. Para esta tese, houve maior detalhamento das estimativas de custos diretos no cuidado da doença, com a inclusão de custos específicos do sistema de saúde suplementar para as duas doenças, inclusão de participação pública na dispensação de medicamentos no caso de rotavírus e inclusão de custos de medicamentos do sistema público de saúde no caso de varicela. Como resultado, houve aumento do custo total da doença estimado de 16% para rotavírus e 11% para varicela, assim como aumento de economia (custo total da doença evitado) de 18% e 16%, respectivamente, com a introdução de cada vacina. Apesar do maior detalhamento das estimativas de custos ter reduzido a razão de custo-efetividade incremental em 20% para rotavírus e 4% para varicela, o nível de custo-efetividade dos dois programas de vacinação não foi alterado. Os resultados das avaliações econômicas de vacinação contra rotavírus e varicela mostraram-se mais sensíveis às estimativas de custos do programa de vacinação, em especial o preço da vacina, apontando a relevância do custo da tecnologia sob análise para incorporação em comparação aos demais custos / This thesis represents a deeper study of the cost estimates, an integrant and determinative component of economic evaluations, as part of the project Costeffectiveness studies of the incorporation of new vaccines into the routine of the National Immunisation Program: Rotavirus, Varicella, Pneumococcal conjugate, Meningococcal C conjugate and Hepatitis A. The project has been developed on the request of the National Immunisation Program/PNI of the Secretary of Sanitary Surveillance/SVS of the Ministry of Health since 2005. The objective of the thesis was to analyse the conditions of use, difficulties and repercussions of different cost estimates methods in the cost-effectiveness studies of two specific technologies, vaccines against rotavirus and varicella, as well as the relationship between the cost estimates and the results. The cost estimates are conditioned by general characteristics of the disease under analysis (acute in the case of rotavirus and with long-term disability in the case of varicella), general methodological issues (theoretical choice, methods and sources of data) and specificities to the Brazilian case. This thesis brings a more detailed estimation of direct medical costs, with the inclusion of specific costs of the private health care system for the two diseases, inclusion of public participation for dispensing drugs in the case of rotavirus and inclusion of drugs costs in the public health care system in the case of varicella. As a result, there was an estimated disease total cost increase of 16% for rotavirus and 11% for varicella, as well as increase of savings (disease total cost avoided) of 18% and 16%, respectively, with the introduction of each vaccine. Although the more detailed cost estimates have reduced the incremental cost-effectiveness ratio by 20% for rotavirus and 4% for varicella, the cost-effectiveness level of the two vaccination programs was not altered. The results of the economic evaluations of vaccination against rotavirus and varicella were more sensitive to the vaccination program cost estimates, especially the vaccine price, pointing out the relevance of the cost of the technology under analysis for incorporation comparatively to the other costs

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-27T22:35:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-06-03T17:17:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-03T17:17:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os rotavírus (RVs) são a principal causa de gastrenterites viróticas agudas tanto em seres humanos, como em animais jovens de várias espécies, incluindo bezerros, equinos, suínos, caninos, felinos e aves. A diversidade genética dos RVs está associada a diferentes mecanismos de evolução. Nesse contexto registrem-se: mutação pontual, rearranjo genômico e reestruturação (reassortment). O objetivo do presente estudo foi realizar a caracterização molecular dos genes que codificam para as proteínas estruturais e não-estruturais em amostras não usuais de RVs. Os espécimes clínicos selecionados para este estudo foram oriundos de projetos de pesquisa em gastrenterites virais conduzidos no Instituto Evandro Chagas e provenientes de crianças e neonato com gastrenterite por RVs. Os espécimes fecais foram submetidos à reação em cadeia mediada pela polimerase, para os genes estruturais (VP1-VP4, VP6 e VP7) e não estruturais (NSP1-NSP6), os quais foram sequenciados posteriormente. Oito amostras não usuais de RV oriundas de crianças e neonato com gastrenterite foram analisadas evidenciando a ocorrência de eventos de rearranjos entre genes provenientes de origem animal em 5/8 (62,5%) das amostras analisadas. Desta forma, o presente estudo demonstra que apesar de ser rara a transmissão de RVs entre espécies (animais – humanos), ela está ocorrendo na natureza, como o que possivelmente ocorreu nas amostras do presente estudo NB150, HSP034, HSP180, HST327 e RV10109. O estudo é pioneiro na região amazônica e reforça dados descritos anteriormente que demonstram o estreito relacionamento existente entre genes provenientes de origem humana e animal que possam representar um desafio às vacinas ora em uso introduzidas em escala progressiva nos programas nacionais de imunização. / Rotaviruses (RVs) are the main cause of acute viral gastroenteritis in both humans and young animals of species such as calves, horses, pigs, dogs, cats, and birds. The genetic diversity of RVs is related to a variety of evolutionary mechanisms, including point mutation, genome reassortment, and reassortment. The objective of this study was realized the molecular charaxterization of the genes that encode structural and nonstructural proteins in unusual RV strains. The clinical specimens selected for this study were obtained from children and newborns with RV gastroenteritis, who participated in research projects on viral gastroenteritis conducted at the Evandro Chagas Institute. Structural (VP1-VP4, VP6, and VP7) and nonstructural (NSP1-NSP6) genes were amplified from stool samples by the polymerase chain reaction and subsequently sequenced. Eight unusual RV strains isolated from children and newborns with gastroenteritis were studied. Reassortments between genes of animal origin were observed in 5/8 (62.5%) strains analyzed. These results demonstrate that, although rare, interspecies (animal-human) transmission of RVs occurs in nature, as observed in the present study in strains NB150, HSP034, HSP180, HST327, and RV10109. This study is the first of its kind conducted in the Amazon region and supports previous data showing a close relationship between genes of human and animal origin, representing a challenge to the large-scale introduction of RV vaccines in national immunization programs.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-29T22:14:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EficaciaSegurancaVacina.pdf: 2286968 bytes, checksum: ebc3181152c9d227411f82eb4391b639 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-02T14:14:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EficaciaSegurancaVacina.pdf: 2286968 bytes, checksum: ebc3181152c9d227411f82eb4391b639 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-02T14:14:03Z (GMT). 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Em Belém, Pará, tais estudos envolveram 3.218 indivíduos aos quais se administraram duas doses de vacina ou placebo, no segundo e quarto meses de idade. Desse total avaliou-se um subgrupo de 653 crianças quanto à eficácia da vacina, com acompanhamento ao longo de 1 a 2 anos, quando se registraram 37 episódios de GE grave por rotavírus, 75,6% (28/37) dos quais no grupo placebo e 24,3% (9/37) entre os vacinados, daí se inferindo eficácia da vacina de 68,8% (IC95% 32.0-87,0) nos primeiros dois anos de vida. No que se refere à intensidade desses episódios, notou-se maior eficácia contra os classificados como muito graves (escore de Ruuska & Vesikari ≥ 15), alcançando níveis de 83% (IC95% 22-96). No grupo placebo observou-se risco cumulativo, quanto ao desenvolvimento de gastroenterite grave por rotavírus, 4 vezes superior em relação ao vacinado. Quanto aos sorotipos de rotavírus G1 e não-G1, evidenciou-se proteção de 51 % (IC95% -30 - 81) e 82% (IC95% 37-95), respectivamente, denotando-se proteção tanto homotípica quanto heterotípica. De particular relevância se constituiu a proteção frente ao G9 [93% (IC95% 47-99)], dado o caráter emergente global desse sorotipo, além do seu potencial quanto a desencadear quadros diarréicos rotineiramente mais graves. A eficácia da vacina contra episódios de GE de qualquer etiologia alcançou 35,3% (IC95% 11,6-52,9), do que se depreende o expressivo impacto em potencial da vacinação contra rotavírus em termos de saúde pública. No que se refere à segurança desse imunizante, não se observaram diferenças significativas do ponto de vista estatístico, entre os grupos vacina e placebo, no que concerne à ocorrência de eventos adversos graves. Não se registrou qualquer caso de intussuscepção entre os sujeitos participantes, mercê de extensiva vigilância ativa nos hospitais de referência. Os resultados encontrados nesse estudo corroboram os já descritos em ensaios multicêntricos como um todo, em vários continentes, consolidando os indicadores quanto à eficácia e segurança da vacina RIX4414 quando administrada em duas doses a crianças saudáveis. / Rotaviruses are recognised as the leading cause of severe gastroenteritis in children aged less than five years in both developed and developing countries, with highest incidence rates between 6 and 24 months of life. On a global scale, recent estimates indicate that annually rotaviruses cause at least 500,000 deaths. A large phase III clinical trial was undertaken in 11 Latin American countries and Finland with an attenuated, human-derived vaccine strain, including recruitment of more than 63,000 children. This was a randomised, double-blind, placebo-controlled trial in which more than 63,000 infants were randomly assigned to receive two oral doses of either RIX4414 or placebo at a proportion of 1:1. The main purposed of this study was to evaluate both protective efficacy and safety of RIX4414. As part of the original study, 3,218 children were enrolled in Belém, Pará, to whom two doses of either vaccine or placebo were administered at 2 and 4 months of age. A subset of infants (n = 653) was evaluated throughout 1 – 2 years in order to assess efficacy of RIX4414 vaccine. Overall, 37 gastroenteritis episodes of severe rotavirus gastroenteritis were recorded of which 75.6% (28/37) and 24% (9/37) in the placebo and vaccine recipients, respectively. The level of rotavirus vaccine protection was higher [83% (CI95% 22 – 96)] against very severe rotavirus gastroenteritis, yielding a ≥ 15 score as calculated with a 20-point Ruuska & Vesikari scale. The cumulative hazard of a first episode of severe gastroenteritis was about four-fold lower in the vaccine group throughout the 2-years’ efficacy period, as compared to the placebo group. The protection rates against severe gastroenteritis caused by G1- and- non-G1 serotypes were 51% (CI95% -30-81) and 82% (CI95% 37-95), respectively, denoting efficacies against rotavirus strains both homologous and heterologous to the vaccine strain. Of importance, the vaccine afforded significant protection [93% (CI95%47-99)] against G9 serotype which has been regarded as a globally emergent strain, besides of being related to more severe gastroenteritis. Also reflecting a vaccine efficacy, there was a significant reduction, by 35.3% (CI95% 11.6-52.9), in the rate of allcause hospitalisation for gastroenteritis, a finding of potential major public health impact. With regards to safety of RIX4414 vaccine, there were no overall statistically significant differences when the rates of serious adverse events were compared for vaccine group and placebo group. No cases of intussusception were reported during the entire follow-up period, through broad and active surveillance in paediatric clinics in the study area. Results obtained in this study confirm previous findings from worldwide several multi-centric trials that sustain both protective efficacy and safety of RIX4414 when administered in a 2-dose schema to healthy infants.