Toxoplasma gondii est le parasite responsable de la toxoplasmose, une zoonose infectant l'Homme et les autres espèces endothermes. Les fermes d'élevage sont connues pour présenter de forts risques de transmission pour les hôtes et constituent des réservoirs de la contamination environnementale en milieu rural. Cette étude visait à identifier les facteurs modulant la circulation du parasite dans les fermes dans deux compartiments du cycle: les hôtes définitifs et le sol. Pour cela, la dynamique d'infection par T. gondii dans cinq populations de chats a été suivie et modélisée par des modèles de capture-marquage-recapture « multi-événements ». Ceux-ci ont montré que les taux d'expositions des chats à T. gondii varient entre fermes et que les taux d'infection sont plus élevés en automne-hiver que durant le reste de l'année. La distribution spatiale de la contamination environnementale par T. gondii a ensuite été évaluée dans six fermes par recherche d'ADN dans des prélèvements de sols, puis mise en relation avec le patron de dépôt des fèces par les chats. Malgré une large distribution de T. gondii dans les fermes, les sites de défécation des chats constituent des zones à fort risque de transmission. Le niveau de contamination dans ces sites est dépendant de leur localisation et des caractéristiques des chats qui les utilisent, tout deux influencés par la localisation du site d'alimentation des chats dans les fermes. Cette étude montre que les fermes peuvent présenter des disparités en termes d'exposition au parasite. A l'intérieur des fermes, le patron spatio-temporel de dépôt des fèces par les chats modulent les risques d'infection pour les hommes et les animaux. / Toxoplasma gondii is the protozoan parasite responsible for toxoplasmosis, a zoonosis infecting humans and other endothermic animals. Livestock farms are considered high-risk sites for T. gondii transmission to hosts and they represent reservoirs of environmental contamination in rural areas. The aim of this study was to investigate the infection dynamics of T. gondii in cat populations by surveying five dairy farms using multi-event capture–mark–recapture models. The results showed that the rates of T. gondii infection in cats varied between farms. Infection rates were higher in autumn and winter compared to the rest of the year. The spatial distribution of soil contaminated by T. gondii on six farms was assessed using quantitative PCR on soil samples and analyzed in relation to the spatio-temporal pattern of faeces deposition by cats. Although there was wide spatial distribution of T. gondii in the soil of the farms, cat defecation sites were revealed to be high-risk areas for T. gondii transmission. The level of contamination in these sites depended on their location and characteristics of cats that use them, which were both influenced by the location of the main cats feeding site in the farms. This study demonstrated that T. gondii exposure varies from one farm to another. Infection risk is also heterogeneous within a farm and is driven by the spatio-temporal pattern of deposition of cat faeces.

La majorité des infections par le VIH sont acquises hétérosexuellement surtout chez les femmes en Afrique subsaharienne. Le tractus génital féminin (TGF) est la principale porte d’entrée pour le VIH et joue un rôle important dans la défense de l’organisme. De concert avec les cellules épithéliales, les cellules dendritiques (DC) aident à maintenir une balance immunitaire entre tolérance et inflammation. Dans un groupe de travailleuses du sexe (CSW) à Cotonou, au Bénin, des femmes (CSW ≥ 8 ans) ont été identifiées comme hautement exposées séronégatives (HESN). La fréquence de populations cellulaires myéloïdes de type Monocytes-Derived Dendritic Cells (MoDC) présentant un potentiel antiviral et « tolérogénique/régulateur » est augmentée au niveau du TGF des HESNs et les monocytes pourraient être impliqués dans leur génération. Les résultats de RNA-seq sur les monocytes totaux permettent de constater une augmentation de gènes associés à des fonctions effectrices, de protection/contrôle de l’infection et de régulation chez les HESNs comparé aux contrôles (2,5-5 années CSWs HIV- « early HESN », CSWs HIV+ et des femmes de la population générale Non CSWs HIV-). Les résultats de cytométrie en flux (FACS) démontrent une proportion élevée de non-classiques comparé aux autres sous-populations de monocytes sanguins, exprimant davantage de molécules effectrices et régulatrices, suggérant un lien avec les MoDCs tolérogéniques observées. Cinq individus ont séroconverti et ont présenté des modifications bien avant la séroconversion, soit une diminution de β-chimiokines et des IgG anti-gp41 dans le compartiment sanguin et mucosal du TGF. Un bris du profil « tolérogénique/régulateur » pourrait donc favoriser la séroconversion. / Most HIV infection are acquired through heterosexual intercourse, mostly in women in subsaharian Africa. The female genital tract (FGT) is the principal portal of entry for HIV and plays a critical role in host defense. Together, epithelial cells and dendritic cells (DC) help maintain immunological balance between inflammation and tolerance. In a group of commercial sex worker (CSW) from Cotonou, in Benin, women (CSW 8 ≥ years) have been identified as HIV-1 highly exposed seronegative (HESN). The frequency of myeloid cell populations alike to Monocytes-Derived Dendritic Cells (MoDC) presenting an antiviral potential and a tolerogenic/regulating profile were increased in FGT of HESNs and their monocytes could be implied in their generation. The RNA-seq results on total blood monocytes show an increase expression of genes associated with effector, protection/control of HIV infection and regulation functions in HESNs compared with control groups (2,5-5 years CSWs HIV- « early HESN », CSWs HIV+ and women from general population Non CSWs HIV-). Our flow cytometry (FACS) results show an elevated frequency of non-classical compared with other sub-populations in blood monocytes, expressing more effector and regulator molecules, suggesting a link with observed tolerogenic MoDCs. Moreover, five individuals have seroconverted and presented modifications before seroconversion such as lower levels of β-chemokines and anti-gp41 IgG in blood and mucosal compartments in the FGT. A break of this “tolerogenic/regulating” profile could favor seroconversion.

L'infection congénitale par le cytomégalovirus (CMV) est l'infection congénitale la plus courante, survenant chez 0,2 à 2,0 % des naissances vivantes. Elle représente la principale cause non génétique de surdité neurosensorielle chez les nourrissons. Cette infection entraîne des séquelles neurodéveloppementales permanentes telles que des problèmes de vision, un retard cognitif et, dans certains cas, elle peut même entraîner la mort. Avoir une meilleure compréhension des caractéristiques épidémiologiques de l'infection maternelle par le CMV peut contribuer à améliorer notre compréhension de la transmission de ce virus au fœtus et, par conséquent, à prévenir l'infection congénitale. Cette thèse vise à étudier les aspects épidémiologiques de l'infection maternelle par le CMV et de l'exposition professionnelle au CMV. Le premier objectif consiste à estimer la séroprévalence, l'incidence et les facteurs de risque de l'infection maternelle à CMV pendant la grossesse. Le deuxième objectif examine l'association entre l'infection maternelle à CMV et certaines complications de la grossesse, telles que la prééclampsie et l'accouchement prématuré. Le troisième objectif est une revue systématique et une méta-analyse visant à déterminer la prévalence, l'incidence de l'infection primaire, les risques relatifs et les facteurs de risque au sein de deux groupes exposés professionnellement au CMV, à savoir les travailleurs en service de garde et le personnel de santé. Les données de deux importantes cohortes au Québec, comprenant un total de 6048 participantes (Grossesse en santé et 3D), ainsi que leurs échantillons biologiques, ont été utilisées pour atteindre les objectifs 1 et 2. Dans le cadre de l'objectif 3, une recherche bibliographique a été réalisée en consultant six bases de données électroniques (PubMed [NLM], Ovid MEDLINE, Ovid All EBM Reviews, Ovid Embase, ISI Web of Science et EBSCO CINAHL Complete). Les résultats de l'objectif 1 (article 1), basés sur les données d'une des deux cohortes, révèlent une séroprévalence de 23,4 % (IC à 95 %, 22,1-24,7 %) chez les femmes enceintes, ainsi qu'une incidence d'infection primaire de 1,8 pour 100 années-personnes pendant la grossesse (IC à 95 %, 1,2-2,6). Les facteurs de risque associés à la séropositivité maternelle sont la multiparité (avoir un ou plusieurs enfants), une ethnie autre que caucasienne et un lieu de naissance autre que le Canada et les États-Unis. Les résultats de l'objectif 2 (article 2) ont révélé deux associations importantes : (1) une association entre la séropositivité maternelle au CMV et la prééclampsie, et (2) une association entre la séropositivité maternelle au CMV et l'accouchement prématuré. L'analyse de médiation, en prenant en compte la prééclampsie comme facteur médiateur de l'association entre l'infection maternelle au CMV et l'accouchement prématuré, a montré que la quasi-totalité (96,8 %) de l'effet total de la séropositivité maternelle au CMV agit directement sur l'accouchement prématuré, sans passer par la prééclampsie. La revue systématique et méta-analyse, qui correspond à l'objectif 3 (article 3), souligne l'importance de l'exposition professionnelle au CMV. Dans le groupe des travailleurs en service de garde, la séroprévalence du CMV et l'incidence de l'infection primaire pour 100 personnes-années sont élevées, atteignant respectivement 59,3 % (IC à 95 % : 49,8-68,6) et 7,4 (IC à 95 % : 3,9-11,8). De même, dans le groupe du personnel de santé, ces valeurs s'élèvent à 49,5 % (IC à 95 % : 40,3-58,7) et 3,1 (IC à 95 % : 1,3-5,6) respectivement. La séropositivité au CMV et l'infection primaire sont significativement plus fréquentes chez les travailleurs en service de garde par rapport aux groupes témoins sans exposition professionnelle, avec un RC (Rapport des cotes) de 1,6 (IC à 95 % : 1,2-2,3) et un RR (Rapport des Risques) de 3,4 (IC à 95 % : 1,3-8,8) respectivement. Cependant, aucune différence significative n'a été observée chez le personnel de santé (RC : 1,3 [IC à 95 % : 0,6-2,7] et RR : 0,9 [IC à 95 % : 0,6-1,2]). Dans les deux groupes, la séropositivité au CMV était associée à la multiparité, l'état civil, l'ethnicité et l'âge. En conclusion, cette étude démontre que la séroprévalence du CMV chez les femmes enceintes varie. La parité, l'ethnicité, le lieu de naissance et l'exposition professionnelle sont des facteurs à prendre en compte lors de l'élaboration de mesures préventives contre l'infection maternelle par le CMV. Les résultats de l'article 2 mettent en évidence que la séropositivité maternelle au CMV pourrait être un facteur de risque de prééclampsie et d'accouchement prématuré. Mots clés : cytomégalovirus, prévalence, incidence, séroconversion, grossesse, sérologie, prééclampsie, accouchement prématuré, exposition professionnelle, travailleur en service de garde, garderie, personnel de santé. / Cytomegalovirus infection is the most common congenital infection occurring in 0.2% to 2.0% of all live births. Congenital CMV infection is the most common non-genetic cause of sensorineural hearing loss. It results in permanent neurodevelopmental sequelae such as visual impairment, cognitive delay and in some cases, death. Knowing the epidemiological characteristics of maternal CMV infection could contribute to improve the understanding of the transmission of this virus to the fetus, and then, contribute to the prevention of congenital infection. The present thesis aims to study some epidemiological aspects of maternal CMV infection and occupational exposure to CMV. The first objective sought to estimate the seroprevalence, incidence, and risk factors of CMV infection during pregnancy. The second objective studied the association between maternal CMV infection and some adverse pregnancy outcomes, including preeclampsia and preterm delivery. The third objective was a systematic review and meta-analysis to determine the prevalence, incidence of primary infection, relative risks, and risk factors in the two groups occupationally exposed to CMV, namely childcare workers and healthcare workers. Data from two large Quebec cohorts with 6048 women (“Grossesse en santé” and “3D” cohorts), and their biobanks, were used to address objectives 1 and 2. For objective 3, a literature search was conducted in 6 electronic databases along with a meta-analysis (PubMed (NLM), Ovid MEDLINE, Ovid All EBM Reviews, Ovid Embase, ISI Web of Science, et EBSCO CINAHL complete). The results for objective 1 (article 1) on the data of one of the two cohorts show a seroprevalence of 23,4% among pregnant women (95% CI, 22.1–24.7%), an incidence of primary infection of 1,8 per 100 person-years during pregnancy (95% CI, 1.2–2.6). During the 5 years of the study, seroprevalence was stable and no seasonality was observed. Risk factors associated with maternal seropositivity were multiparity, i.e., having one or more children, non-Caucasian ethnicity, and place of birth other than Canada and the United States. The results for objective 2 (article 2) highlighted on the one hand the association between maternal CMV seropositivity and preterm birth, and on the other hand the association between maternal CMV seropositivity and preeclampsia. The mediation analysis considering preeclampsia as a mediating factor of the association between maternal CMV infection and preterm delivery showed that almost all the total effect of maternal CMV seropositivity i.e., 96,8%, acts directly on preterm delivery without passing through preeclampsia. The systematic review and meta-analysis (objective 3) noted the importance of occupational exposure to CMV. CMV seroprevalence and incidence of primary infection per 100 person-years remained high in the childcare worker group (59.3% [95% CI: 49.8-68.6] and 7.4 [95% CI: 3.9-11.8], respectively) and the healthcare worker group (49.5% [95% CI: 40.3-58.7] and 3.1 [95% CI: 1.3-5.6], respectively). CMV seropositivity and primary infection are significantly more prevalent among childcare workers compared to the comparison groups without occupational exposure. The Odds ratio (OR) for this difference is 1.6 (95% CI: 1.2-2.3), with a risk ratio (RR) of 3.4 (95% CI: 1.3-8.8). However, these differences are not observed in healthcare workers, where the OR is 1.3 (95% CI: 0.6-2.7) and the RR is 0.9 (95% CI: 0.6-1.2). In both groups, CMV seropositivity shows an association with factors such as multiparity, civil status, ethnicity, and age. In conclusion, this thesis shows that maternal CMV seroprevalence is variable. Parity, ethnicity, place of birth and occupational exposure would be the identified risk factors to consider when defining preventive measures for maternal CMV infection. The results of article 2 highlighted that maternal CMV seropositivity could be a risk factor for preeclampsia and preterm delivery. Keywords: cytomegalovirus, prevalence, incidence, seroconversion, pregnancy, serology, preeclampsia, preterm birth, occupational exposure, daycare worker, daycare center, healthcare workers.