In this study, strawberry fruit was taken as the studied model. An attempt was carried on trying to identify a unique DNA fingerprint in each of the selected different strawberry cultivars of Fragaria x ananassa Duch species available in Turkey. The basis of the study was to examine the fruit characteristics at the molecular level rather than at the morphological level. It is of great importance to differentiate and trace the origin of any variety by examining its DNA by using a very sophisticated molecular technique. In this case, DNA fingerprinting technique depending on the Simple Sequence Repeats (SSRs) markers which are also called Microsatellite markers were used. DNA fingerprinting technique reveals the specific DNA profile which is unique as a fingerprint for a fruit specimen and this DNA profile is the same and constant throughout different parts of the fruit as well as its developmental stages. In this thesis work, nine primers flanking the SSR markers already available in the online databases were designed hoping to detect SSRs that could differentiate among the five selected cultivars of strawberry.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Luciano_Carlos_da_Maia.pdf: 871025 bytes, checksum: fcb02e5ff38b9223264b40df7fe04318 (MD5) Previous issue date: 2009-07-03 / Molecular markers have been successfuly applied in genetic mapping and marker assisted selection as an auxiliary tool for plant breeding and transfer of genetic information among related species. In this sense, the understanding of genome elements occurring in important crop species such as wheat, rice and maize can be used towards the improvement of basic knowledge in orphan grass species. Rice, after the completion of its genome sequence, has been proposed as a genetic model in the grasses. Among the different types of molecular markers, microsatellites have been indicated as the preferred class for such studies. In general, the strategy of transposing molecular markers between species still poses some questions/difficulties regarding the most conserved microsatellite patterns among plant species, genera and families. This study had as objective to use bioinformatic tools to characterize microsatellites from rice and other Grass species of economical importance, enabling the prediction of microsatellite patterns that are most promising in transfer strategies. Three studies were performed. The first was concerned about developping and validating a microsatellite searching tool plus primer design and PCR simulation. A database containing 28,469 fl-cDNA sequences originating from japonica rice genome was used. From a total of 3,907 microsatellite loci, 3,329 primer pairs were designed and tested using the simulated PCR feature showing that only 2,397 (72%) of pairs amplified in specific regions. The second study had as objective to describe the occurrence of microsatellites in expressed regions originating from ten species from three different plant families. The results indicated the frequency and patterns of occurrence of microsatellites within and between the different families. The third study had as objective to characterize the complete occurrence of microsatellites in the rice genome. The results showed a different pattern of occurrence of microsatellites for the different chromosomes and which arrangements are most abundant. Inferences on which elements allow better genome coverages are discussed. / Marcadores moleculares têm sido utilizados com sucesso em mapeamento genético e seleção assistida como uma ferramenta auxiliar para o melhoramento de plantas e transferência de informações entre espécies relacionadas. Neste sentido, o entendimento da ocorrência de microssatélites no genoma nas diferentes espécies melhoradas como trigo, arroz e milho pode ser utilizado no sentido da melhoria do conhecimento básico das espécies gramíneas descritas como “orfãs”. O arroz, após a conclusão do seqüênciamento do seu genoma, tem sido proposto como modelo genético entre as gramíneas. Dentre os diferentes tipos de marcadores moleculares, os microssatélites são indicados como a classe preferida para estes estudos. De maneira geral, as estratégias de transposição de marcadores moleculares entre espécies ainda apresentam algumas dificuldades e questionamentos referentes os padrões mais conservados de microssatélites entre espécies, genêro e famílias vegetais. Este estudo teve como objetivo, o uso de ferramentas de bioinformática para caracterizar microssatélites oriundos do genoma do arroz e outras espécies, possibilitando predizer padrões de microssatélites mais promissores na transferência. Três estudos foram realizados. O primeiro consistiu no desenvolvimento e validação de uma ferramenta para localização de microssatélites, desenho de iniciadores e simulação da PCR. Foi utilizado um banco de dados contendo 28.469 seqüências fl-cDNA de arroz japonica. Do total de 3.907 loci encontrados, foram desenhados 3.329 conjuntos de iniciadores e testados pela simulação da PCR, mostrando que somente 2.397 (72%) iniciadores amplificaram regiões específicas. No segundo estudo foi analisada a ocorrência de microssatélites em regiões expressas de dez espécies de três diferentes famílias de plantas. Os resultados indicaram a freqüência e padrões de microssatélites dentro e entre as diferentes famílias. No terceiro estudo foi feita a caracterização de microssatélites no genoma completo do arroz. Os resultados mostraram um conservado padrão de ocorrência dos diferentes microssatélites nos diferentes cromossomos e quais os arranjos foram os mais abundantes. Inferências sobre quais elementos permitem a melhor cobertura do genoma foram discutidas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Aceria guerreronis keifer is one of the main coconut pests in Brazil, its attack causes a premature fall, reduction of fruit size, water weight and volume, as well as stetic esthetic damages (necrosis) depreciating the product. Currently, there are five pesticides registered for the control of the coconut-necrotic mite. However, there is no specificity to A. guerreronis. The Lamiaceae family stands out with some specimens with notable insecticidal activity, among them the Vitex genus, known to have ecdysteroids and iridoids as markers of the genus. However, there is a shortage of specific chemotaxonomic studies for volatile compounds. The objective of this work was to identify the volatile compounds present in the essential oils of the species of Vitex gardneriana Schauer, Vitex capitata Vahl., Vitex rufescens A. Juss., Vitex megapotamica (Spreng.) Moldenk and to evaluate possible effects of toxicity and repellence against A. guerreronis. In addition to analyzing the genetic diversity of species of the genus Vitex using ISSR markers, verifying the occurrence of statistical correlations between the genetic diversity and the chemical profiles of the essential oils. Chromatographic and spectroscopic techniques (GC-MS / FID) were used for the detection of volatile compounds, and the molecular markers of ISSR for the genetic characterization of the species, as well as toxicity and repellency tests against necrotic necrosis. The results showed 46, 45, 41 and 37 constituents for V. capitata, V. megapotamica, V. gardneriana and V. rufences respectively, among which, -copaene, (E)-caryophyllene, -elemene, -humulene, trans-cadine-1(6)4-diene, viridiflorene and -cadinene were the main components of V. capitata and V. megapotamica. 6,9-guaiadiene, caryophyllene oxide, L-calamenene for V. gardneriana and (E)-cariophylene, ledol, germacrene D, -humulene, allo-aromadendrene, viridiflorene and -elemene for V. rufences. The results of molecular markers of ISSR generated a total of 90 fragments, of which 100% were polymorphic. The genotypes of the four Vitex species selected for this study were pooled using the Jaccard coefficient (JC). The mean similarity was 0.21 JC (0.08-0.45 JC). A clear separation of two groups was observed, with V. gardneriana being the most isolated of the four species, and V. capitata and V. megapotamica more closely related to each other. The acaricide activity of the four oils was also evaluated by means of toxicity and repellency tests against A. guerreronis. The essential oil of V. gardneriana showed acaricidal activity against A. guerreronis with a LC50 of 0.85 mg.mL-1, whereas the oils of V. capitata, V. megapotamica and V. rufecens were not toxic to this pest up to 2.3 mg. Ml-1 when tested through the toxicity bioassay. In general, essential oils distilled from the Vitex species repelled A. guerreronis after 24 hours at a concentration of 1.8 mg.mL-1 using abamectin as a control in the two-choice disc repellency assay, however, the essential oil of V. gardneriana presented a statistically significant acaricidal activity against the coconut mite necrosis. Introducing himself as a potential candidate for the development of an acaricide product. / O ácaro-da-necrose-de-coqueiro Aceria guerreronis keifer é uma das principais pragas de coqueiro do Brasil, seu ataque causa queda prematura, redução no tamanho e peso dos frutos e volume de água, além dos danos estéticos (necroses) na casca que diminui o valor comercial do produto. Atualmente, existem cinco agrotóxicos registrados para o controle dessa praga. No entanto, não há especificidade ao A. guerreronis. A família Lamiaceae se destaca com alguns exemplares com notória atividade inseticida, dentre eles, o gênero Vitex, conhecido por possuir dentre seus constituintes os ecdisteroides e iridoides como marcadores do gênero, todavia, há uma escassez de estudo quimiotaxonômicos específicos para compostos voláteis. O objetivo deste trabalho foi identificar os compostos voláteis presentes nos óleos essenciais das espécies de Vitex gardneriana Schauer, Vitex capitata Vahl., Vitex rufescens A. Juss., Vitex megapotamica (Spreng.) Moldenk e avaliar possíveis efeitos de toxicidade e repelência frente ao A. guerreronis, além de analisar a diversidade genética de espécies do gênero Vitex. Técnicas cromatográficas e espectroscópicas (CG-MS/FID) foram utilizadas para detecção dos compostos voláteis, e os marcadores moleculares de ISSR foram empregados para a caracterização genética das espécies, além de testes de toxicidade e repelência contra ao àcaro-da-necrose. Os resultados mostraram 46, 45, 41 e 37 constituintes para V. capitata, V. megapotamica, V. gardneriana e V. rufences respectivamente, dentre os quais, -copaeno, (E)-cariofileno, -elemeno, -humuleno, trans-cadina-1(6),4-dieno, viridiflorene e -cadineno foram os principais componentes de V. capitata e V. megapotamica. 6,9- guaiadieno, óxido de cariofileno, L-calameneno para V. gardneriana e (E)-cariofileno, ledol, germacreno D, -humuleno, allo-aromadendreno, viridifloreno e -elemene para V. rufences. Os resultados dos marcadores moleculares de ISSR geraram um total de 90 fragmentos, dos quais 100% foram polimórficos. Os genótipos das quatro espécies de Vitex selecionadas para este estudo foram agrupados utilizando o coeficiente Jaccard (JC). A média de similaridade foi de 0,21 JC (0,08-0,45 JC). Observou-se uma clara separação de dois grupos, sendo V. gardneriana a mais isolada das quatro espécies, e V. capitata e V. megapotamica mais próxima geneticamente entre si. A atividade acaricida dos quatro óleos também foi avaliada por meio de ensaios de toxicidade e repelência contra o àcaro-da-necrose. O óleo essencial de V. gardneriana mostrou atividade acaricida ao A. guerreronis com uma CL50 de 0,85 mg.mL-1, enquanto que os óleos de V. capitata, V. megapotamica e V. rufecens não foram tóxicos para esta praga até 2,3 mg.ml-1, quando testados através do bioensaio de toxicidade. Em geral, os óleos essenciais destilados a partir das espécies de Vitex repeliram o A. guerreronis após 24 horas a uma concentração de 1.8 mg.mL-1 utilizando abamectina como controle no ensaio de repelência disco de duas escolha, no entanto, o óleo essencial de V. gardneriana apresentou atividade acaricida estatisticamente significativa frente ao ácaro-da-necrose-do-coqueiro. Apresentando-se como potencial candidato para o desenvolvimento de um produto acaricida. / São Cristóvão, SE