L'objectif de cette thèse était de proposer, puis de valider expérimentalement, un ensemble de méthodes algorithmiques permettant le remaillage parallèle de maillages distribués, en s'appuyant sur une méthode séquentielle de remaillage préexistante. Cet objectif a été atteint par étapes : définition de structures de données et de schémas de communication adaptés aux maillages distribués, permettant le déplacement à moindre coût des interfaces entre sous-domaines sur les processeurs d'une architecture à mémoire distribuée ; utilisation d'algorithmes de répartition dynamique de la charge adaptés aux techniques parallèles de remaillage ; conception d'algorithmes parallèles permettant de scinder le problème global de remaillage parallèle en plusieurs sous-tâches séquentielles, susceptibles de s'exécuter concurremment sur les processeurs de la machine parallèle. Ces contributions ont été mises en oeuvre au sein de la bibliothèque parallèle PaMPA, en s'appuyant sur les briques logicielles MMG3D (remaillage séquentiel de maillages tétraédriques) et PT-Scotch (repartitionnement parallèle de graphes). La bibliothèque PaMPA offre ainsi les fonctionnalités suivantes : communication transparente entre processeurs voisins des valeurs portées par les noeuds, les éléments, etc. ;remaillage, selon des critères fournis par l'utilisateur, de portions du maillage distribué, en offrant une qualité constante, que les éléments à remailler soient portés par un unique processeur ou bien répartis sur plusieurs d'entre eux ; répartition et redistribution de la charge des maillages pour préserver l'efficacité des simulations après remaillage. / The purpose of this thesis was to propose and to validate experimentally a set of algorithmic methods for the parallel remeshing of distributed meshes, based on a preexisting sequential remeshing method. This goal has been achieved through several steps : definition of data structures and of communication schemes suitable for distributed meshes, allowing for cheap migration of subdomain interfaces across the processors of a distributed-memory architecture ; use of dynamic load balancing algorithms suitable for parallel remeshing techniques ; design of parallel algorithms for splitting the global remeshing problem into several independent sequential tasks, susceptible to be executed concurrently across the processors of the parallel machine. These contributions have been implemented into the PaMPA parallel library, taking advantage of the MMG3D (sequential anisotropic tetrahedral remesher) PT-Scotch (parallel graph repartitioning) software. The PaMPA library consequently provides the following features : transparent communication across neighboring processors of data borne by nodes, elements, etc.; remeshing, according to used-defined criteria, of portions of the distributed mesh, that yields constant quality, irrespective of whether elements to be remeshed are located on a single processor or distributed across several of them ; balancing and redistribution of the workload of the mesh, to preserve the efficiency of simulations after the remeshing phase.

Les primitives de la cryptographie à clé publique reposent sur la difficulté supposée de résoudre certains problèmes mathématiques. Dans ce travail, on s'intéresse à la cryptanalyse du problème du logarithme discret dans les sous-groupes multiplicatifs des corps finis. Les algorithmes de calcul d'index, utilisés dans ce contexte, nécessitent de résoudre de grands systèmes linéaires creux définis sur des corps finis de grande caractéristique. Cette algèbre linéaire représente dans beaucoup de cas le goulot d'étranglement qui empêche de cibler des tailles de corps plus grandes. L'objectif de cette thèse est d'explorer les éléments qui permettent d'accélérer cette algèbre linéaire sur des architectures pensées pour le calcul parallèle. On est amené à exploiter le parallélisme qui intervient dans différents niveaux algorithmiques et arithmétiques et à adapter les algorithmes classiques aux caractéristiques des architectures utilisées et aux spécificités du problème. Dans la première partie du manuscrit, on présente un rappel sur le contexte du logarithme discret et des architectures logicielles et matérielles utilisées. La seconde partie du manuscrit est consacrée à l'accélération de l'algèbre linéaire. Ce travail a donné lieu à deux implémentations de résolution de systèmes linéaires basées sur l'algorithme de Wiedemann par blocs : une implémentation adaptée à un cluster de GPU NVIDIA et une implémentation adaptée à un cluster de CPU multi-cœurs. Ces implémentations ont contribué à la réalisation de records de calcul de logarithme discret dans les corps binaires GF(2^{619}) et GF(2^{809} et dans le corps premier GF(p_{180}) / The security of public-key cryptographic primitives relies on the computational difficulty of solving some mathematical problems. In this work, we are interested in the cryptanalysis of the discrete logarithm problem over the multiplicative subgroups of finite fields. The index calculus algorithms, which are used in this context, require solving large sparse systems of linear equations over finite fields. This linear algebra represents a serious limiting factor when targeting larger fields. The object of this thesis is to explore all the elements that accelerate this linear algebra over parallel architectures. We need to exploit the different levels of parallelism provided by these computations and to adapt the state-of-the-art algorithms to the characteristics of the considered architectures and to the specificities of the problem. In the first part of the manuscript, we present an overview of the discrete logarithm context and an overview of the considered software and hardware architectures. The second part deals with accelerating the linear algebra. We developed two implementations of linear system solvers based on the block Wiedemann algorithm: an NVIDIA-GPU-based implementation and an implementation adapted to a cluster of multi-core CPU. These implementations contributed to solving the discrete logarithm problem in binary fields GF(2^{619}) et GF(2^{809}) and in the prime field GF(p_{180})

La thèse porte sur la résolution des problèmes de satisfaisabilité booléenne (SAT) dans un cadre massivement parallèle. Le problème SAT est largement utilisé pour résoudre des problèmes combinatoires de première importance comme la vérification formelle de matériels et de logiciels, la bio-informatique, la cryptographie, la planification et l’ordonnancement de tâches. Plusieurs contributions sont apportées dans cette thèse. Elles vont de la conception d’algorithmes basés sur les approches « portfolio » et « diviser pour mieux régner », à l’adaptation de modèles de programmation parallèle, notamment hybride (destinés à des architectures à mémoire partagée et distribuée), à SAT, en passant par l’amélioration des stratégies de résolution. Ce travail de thèse a donné lieu à plusieurs contributions dans des conférences internationales du domaine ainsi qu’à plusieurs outils (open sources) de résolution des problèmes SAT, compétitifs au niveau international. / This thesis deals with propositional satisfiability (SAT) in a massively parallel setting. The SAT problem is widely used for solving several combinatorial problems (e.g. formal verification of hardware and software, bioinformatics, cryptography, planning, scheduling, etc.). The first contribution of this thesis concerns the design of efficient algorithms based on the approaches « portfolio » and « divide and conquer ». Secondly, an adaptation of several parallel programming models including hybrid (parallel and distributed computing) to SAT is proposed. This work has led to several contributions to international conferences and highly competitive distributed SAT solvers.

Cette thèse est dédiée à l'étude de problèmes de couplage en espace entre différents modèles d'écoulements compressibles. Nous considérons des formulations monodimensionnelles où l'interface de couplage est mince, fixe et séparant deux régions de l'espace correspondant aux deux modèles à coupler. L'objectif de notre travail consiste à définir une condition de couplage à l'interface et à résoudre numériquement le problème de couplage muni de cette condition. Après un état de l'art non exhaustif sur le couplage de systèmes hyperboliques de lois de conservation, nous proposons une nouvelle formulation de condition de couplage basée sur l'ajout d'un terme source mesure agissant exactement sur l'interface de couplage. Nous supposons, dans un premier temps, que le poids associé à ce terme source est connu et constant. Deux solveurs de Riemann sont développés dont une approche par relaxation préservant les solutions équilibres du problème de couplage. Cette méthode par relaxation est reprise par la suite dans le cadre d'un problème d'optimisation sous contraintes pour déterminer un poids dynamique en temps selon différentes motivations de transmission à l'interface. Dans une seconde partie, nous développons un solveur de Riemann approché pour un modèle bifluide à deux pressions dans le cas d'un écoulement diphasique isentropique par phase. Le modèle en question a pour particularité de comprendre des termes non conservatifs que l'on réécrit alors sous la forme de termes sources mesures. L'approche par relaxation établie dans la partie précédente est alors étendue au cas du modèle bifluide, moyennant une estimation a priori des contributions non conservatives. Cette méthode nous permet, dans un dernier chapitre, de résoudre numériquement le problème de couplage interfacial entre un modèle bifluide à deux pressions et un modèle de drift-flux grâce à l'approche dite du modèle père.

La vérification à base de propriétés (PBV) est devenue un élément essentiel des flots de conception pour supporter la vérification de circuits complexes. Pour de tels composants où les techniques de vérification formelle ne peuvent s'appliquer, la vérification dynamique à base de propriétés connecte au circuit des moniteurs et des générateurs de test synthétisés à partir de propriétés pour construire de manière simple un environnement de test. Durant cette thèse une partie des travaux à consisté à développer une approche de synthèse de propriétés pour la génération de vecteurs de test. Dans ce contexte, les propriétés décrivent l'environnement du circuit sous test. Elles sont synthétisées en générateurs produisant des séquences de test respectant la propriété correspondante. Il est alors possible de spécifier et d'obtenir un modèle pour tout l'environnement du circuit. Alors que notre approche est modulaire, une méthode à base d'automates a été développée en collaboration avec l'université de McGill. La contribution la plus intéressante de cette thèse tiens dans la méthode qui a été mise en place pour synthétiser une spécification temporelle en un circuit correct par construction. Alors que les approches de l'état de l'art ont une complexité polynomiale, la nôtre est linéaire en la spécification. L'outil SyntHorus a été développé pour supporter cette méthode et synthétise en quelques secondes un circuit correct par construction à partir d'une spécification de plusieurs centaines de propriétés. La correction des générateurs et de la méthode de synthèse a été effectuée à l'aide du prouveur de théorème PVS. Les méthodes et outils développés durant cette thèse ont été validés, renforcés et transférés dans l'industrie grâce à plusieurs coopérations (Thalès Group, Dolphin Integration et ST-Microelectronics) et au projet ANR SFINCS.

Cette thèse apporte des solutions pour exploiter efficacement les nouvelles architectures hautement parallèles, dans le contexte des simulations d'objets déformables en temps réel. Les premières contributions de ce document, se concentrent sur le calcul de la déformation des objets. Pour cela nous proposerons des solutions de parallélisations de solveurs linéaires, couplées à des techniques de preconditionnement asynchrone. Le second ensemble de contributions, repose sur le processeur graphique pour produire une nouvelle méthode de détection des collisions, basée sur le volume d'intersection entre les objets déformables. Enfin les derniers travaux apportent des solutions pour produire une réponse précise aux contacts, et compatible avec le temps réel. Nous aborderons notamment les problèmes liés à la découpe des organes, et à la prise en compte du couplage mécanique entre les contacts. Pour terminer, nous illustrerons nos contributions dans un ensemble d'applications médicales, qui tirent parti des contributions de ce document.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Informatique : Orléans : 1995. / Résumé en français. Bibliogr. p. 264-270.

Une demande croissante d'outils pour construire et décrypter des réseaux génétiques contrôlant des processus cellulaires est ressentie en biologie. Nous soutenons que l'utilisation de l'approche déclarative est pertinente et applicable pour répondre aux questions des biologistes sur ces réseaux, en général partiellement connus. L'idée principale est de modéliser des connaissances portant à la fois sur la structure et la dynamique d'un réseau par un ensemble de contraintes représentant l'ensemble des solutions, de vérifier sa cohérence, de réparer une incohérence éventuelle par un relâchement automatique, et d'inférer des propriétés sur la structure et la dynamique du réseau. Pour montrer la faisabilité de l'approche, nous formalisons les réseaux discrets de R. Thomas et les propriétés biologiques pertinentes, proposons un outil reposant sur la programmation logique par contraintes en coopération avec un solveur SAT, et la validons sur des applications biologiques significatives.

Cette thèse traite des méthodes d’éléments finis Galerkin discontinus d’ordre élevé pour la résolution d’équations aux dérivées partielles, avec un intérêt particulier pour l’équation de transport des neutrons. Nous nous intéressons tout d’abord à une méthode de pré-traitement de matrices creuses par blocs, qu’on retrouve dans les méthodes Galerkin discontinues, avant factorisation par un solveur multifrontal. Des expériences numériques conduites sur de grandes matrices bi- et tri-dimensionnelles montrent que cette méthode de pré-traitement permet une réduction significative du ’fill-in’, par rapport aux méthodes n’exploitant pas la structure par blocs. Ensuite, nous proposons une méthode d’éléments finis Galerkin discontinus, employant des éléments d’ordre élevé en espace comme en angle, pour résoudre l’équation de transport des neutrons. Nous considérons des solveurs parallèles basés sur les sous-espaces de Krylov à la fois pour des problèmes ’source’ et des problèmes aux valeur propre multiplicatif. Dans cet algorithme, l’erreur est décomposée par projection(s) afin d’équilibrer les contraintes numériques entre les parties spatiales et angulaires du domaine de calcul. Enfin, un algorithme HP-adaptatif est présenté ; les résultats obtenus démontrent une nette supériorité par rapport aux algorithmes h-adaptatifs, à la fois en terme de réduction de coût de calcul et d’amélioration de la précision. Les valeurs propres et effectivités sont présentées pour un panel de cas test industriels. Une estimation précise de l’erreur (avec effectivité de 1) est atteinte pour un ensemble de problèmes aux domaines inhomogènes et de formes irrégulières ainsi que des groupes d’énergie multiples. Nous montrons numériquement que l’algorithme HP-adaptatif atteint une convergence exponentielle par rapport au nombre de degrés de liberté de l’espace éléments finis. / We consider high order discontinuous-Galerkin finite element methods for partial differential equations, with a focus on the neutron transport equation. We begin by examining a method for preprocessing block-sparse matrices, of the type that arise from discontinuous-Galerkin methods, prior to factorisation by a multifrontal solver. Numerical experiments on large two and three dimensional matrices show that this pre-processing method achieves a significant reduction in fill-in, when compared to methods that fail to exploit block structures. A discontinuous-Galerkin finite element method for the neutron transport equation is derived that employs high order finite elements in both space and angle. Parallel Krylov subspace based solvers are considered for both source problems and $k_{eff}$-eigenvalue problems. An a-posteriori error estimator is derived and implemented as part of an h-adaptive mesh refinement algorithm for neutron transport $k_{eff}$-eigenvalue problems. This algorithm employs a projection-based error splitting in order to balance the computational requirements between the spatial and angular parts of the computational domain. An hp-adaptive algorithm is presented and results are collected that demonstrate greatly improved efficiency compared to the h-adaptive algorithm, both in terms of reduced computational expense and enhanced accuracy. Computed eigenvalues and effectivities are presented for a variety of challenging industrial benchmarks. Accurate error estimation (with effectivities of 1) is demonstrated for a collection of problems with inhomogeneous, irregularly shaped spatial domains as well as multiple energy groups. Numerical results are presented showing that the hp-refinement algorithm can achieve exponential convergence with respect to the number of degrees of freedom in the finite element space

Dans cette thèse, nous nous intéressons à la résolution du problème de la satisfiabilité propositionnelle (SAT). Ce problème fondamental en théorie de la complexité est aujourd'hui utilisé dans de nombreux domaines comme la planification, la bio-informatique, la vérification de matériels et de logiciels. En dépit d'énormes progrès observés ces dernières années dans la résolution pratique du problème SAT, il existe encore une forte demande d'algorithmes efficaces pouvant permettre de résoudre les problèmes difficiles. C'est dans ce contexte que se situent les différentes contributions apportées par cette thèse. Ces contributions s'attellent principalement autour de deux composants clés des solveurs SAT : l'apprentissage de clauses et les heuristiques de choix de variables de branchement. Premièrement, nous proposons une méthode de résolution permettant d'exploiter les fonctions booléennes cachées généralement introduites lors de la phase d'encodage CNF pour réduire la taille des clauses apprises au cours de la recherche. Ensuite, nous proposons une approche de résolution basée sur le principe d'intensification qui indique les variables sur lesquelles le solveur devrait brancher prioritairement à chaque redémarrage. Ce principe permet ainsi au solveur de diriger la recherche sur la sous-formule booléenne la plus contraignante et de tirer profit du travail de recherche déjà accompli en évitant d'explorer le même sous-espace de recherche plusieurs fois. Dans une troisième contribution, nous proposons un nouveau schéma d'apprentissage de clauses qui permet de dériver une classe particulière de clauses Bi-Assertives et nous montrons que leur exploitation améliore significativement les performances des solveurs SAT CDCL issus de l'état de l'art. Finalement, nous nous sommes intéressés aux principales stratégies de gestion de la base de clauses apprises utilisées dans la littérature. En effet, partant de deux stratégies de réduction simples : élimination des clauses de manière aléatoire et celle utilisant la taille des clauses comme critère pour juger la qualité d'une clause apprise, et motiver par les résultats obtenus à partir de ces stratégies, nous proposons plusieurs nouvelles stratégies efficaces qui combinent le maintien de clauses courtes (de taille bornée par k), tout en supprimant aléatoirement les clauses de longueurs supérieures à k. Ces nouvelles stratégies nous permettent d'identifier les clauses les plus pertinentes pour le processus de recherche. / In this thesis, we focus on propositional satisfiability problem (SAT). This fundamental problem in complexity theory is now used in many application domains such as planning, bioinformatic, hardware and software verification. Despite enormous progress observed in recent years in practical SAT solving, there is still a strong demand of efficient algorithms that can help to solve hard problems. Our contributions fit in this context. We focus on improving two of the key components of SAT solvers: clause learning and variable ordering heuristics. First, we propose a resolution method that allows to exploit hidden Boolean functions generally introduced during the encoding phase CNF to reduce the size of clauses learned during the search. Then, we propose an resolution approach based on the intensification principle that circumscribe the variables on which the solver should branch in priority at each restart. This principle allows the solver to direct the search to the most constrained sub-formula and takes advantage of the previous search to avoid exploring the same part of the search space several times. In a third contribution, we propose a new clause learning scheme that allows to derive a particular Bi-Asserting clauses and we show that their exploitation significantly improves the performance of the state-of-the art CDCL SAT solvers. Finally, we were interested to the main learned clauses database reduction strategies used in the literature. Indeed, starting from two simple strategies : random and size-bounded reduction strategies, and motivated by the results obtained from these strategies, we proposed several new effective ones that combine maintaing short clauses (of size bounded by k), while deleting randomly clauses of size greater than k. Several other efficient variants are proposed. These new strategies allow us to identify the most important learned clauses for the search process.