Les MOFs sont des solides à la structure cristalline poreuse à base de clusters métalliques et de ligands organiques qui font l'objet de très nombreuses études, dans des champs d'applications très variés, qui vont de la catalyse au « drug delivery », en passant par le stockage de gaz et, plus récemment, en tant que senseurs biologiques. Les ligands organiques, qui les constituent, peuvent lorsqu'ils possèdent un point d'ancrage, comme des groupements amino, être fonctionnalisés grâce à des réactions chimiques. Les travaux présentés dans cette thèse reportent la fonctionnalisation de MOFs, via différentes stratégies, comme des greffages covalent et issues de la chimie de coordination, tel que le couplage peptidique ou encore la synthèse d'urée. Dans cette thèse, est notamment présentée une nouvelle méthode permettant de greffer très rapidement des peptides chiraux dans les nanopores des MOFs. Une large bibliothèque MOF-peptides a ainsi été obtenue et caractérisée. Ces nouveaux composés ont également été utilisés pour l'ancrage de complexes organométalliques dans les cavités des MOFs. Suivant un échange de ligands post-synthétique, il a aussi été possible d'intégrer un complexe organométallique photo-catalytique dans la structure d'un MOF, améliorant ainsi ses activités et sélectivités pour la photo-réduction de CO2. Enfin, les performances catalytiques de ces derniers matériaux MOFs se sont révélées supérieures aux versions homogènes des complexes, ce qui offre de nouvelles opportunités pour la catalyse fine / Metal Organic Frameworks, MOFs, are porous crystalline solid based on metal clusters and organic ligands, investigated for numerous applications such as catalysis, drug delivery, gas storage and, more recently, biosensors. The work presented in this thesis focuses on functionalizing MOFs through different strategies, such as covalent grafting or surface coordination chemistry, through chemical reactions, such as peptide coupling or synthesis of urea. In particular, a new method to very quickly graft chiral peptides into the nanopores of MOFs is reported. A large library of MOF-peptides has thus been obtained and characterized. These novel compounds have also been used for grafting organometallics in the cavities of MOFs. Following a post-synthetic ligand exchange, it was also possible to integrate a photocatalytic complex in the structure of a MOF, improving its activities and selectivities for the photocatalytic CO2 reduction. In general, the catalytic performances of these materials were superior to those of their homogeneous counterparts, thus further expanding the potential of MOFs as well-defined heterogeneous catalysts for fine chemistry

L'urbanisation et la gestion de l'environnement urbain et sa périphérie deviennent l'un des problèmes les plus cruciaux dans les pays développés et en développement. Dans ces circonstances, les données de télédétection sont une source importante d'information qui reflète les interactions entre les êtres humains et leur environnement. Compte tenu de leur indépendance totale des contraintes logistiques sur le terrain, l'éclairage (lumière du jour) et météorologiques (nuages) conditions, Synthetic Aperture Radar (SAR) les systèmes de satellites peuvent fournir des contributions importantes dans des environnements complexes de reconstruction 3-D. La nouvelle génération de haute résolution SAR capteurs comme COSMOSkyMed, TerraSAR-X RADARSAT-2 a permis d'acquérir des images SAR à haute résolution. Ici, l'attention est mis sur la technique pour l'imagerie 3-D nominée tomographie SAR: à partir d'une pile d'images ont été recueillies en utilisant les données multibaseline effectuées dans la configuration interférométrique, une telle technique permet d'extraire les informations de hauteur formant une ouverture synthétique dans la direction d'élévation afin d'obtenir une résolution sensiblement améliorée. Cette thèse de doctorat se concentre sur les potentialités élevées de techniques tomographiques en 3-D surveillance des changements et la caractérisation des zones complexes et denses bâties en utilisant des estimateurs mono-dimensionnelle de base comme Beamforming, Capon et MUSIC combinée au satellite très haute résolution des images SAR. 2-D et de l'analyse 3-D ont été présentés sur la zone urbaine de Paris en utilisant les données TerraSAR-X à haute résolution et de polarisation unique. Être porté principalement sur les techniques tomographiques 3-D, dans les méthodes de travail 4-D présentés, tels que le Compressive Sensing, ne sont pas pris en compte. Dans un premier temps, l'analyse de la qualité interférométrique de l'ensemble de données transformées a montré de bonnes valeurs de cohérence moyenne et ont permis de détecter des images considérées comme des valeurs aberrantes. L'extraction des tomographies 2-D sur l'azimut différent de profil a montré la capacité de distinguer plus d'un diffuseur à l'intérieur de la même cellule de résolution et de reconstituer les profilés de construction verticaux. Successivement, une caractérisation 3-D globale en terme de bâtiments hauteurs et réflectivité verticale a été réalisée dans le but de développer un outil de suivi des changements des structures simples. En outre, la possibilité de corriger les distorsions géométriques en raison de l'escale (qui affecte fortement ce genre de scénarios) et de déterminer les informations sur le nombre de diffuseurs (jusqu'à trois) et la réflectivité correspondant à l'intérieur d'une cellule de résolution ont été évalués. / The urbanization and the management of urban environment and its periphery become one of the most crucial issues in developed and developing countries. In these circumstances, remote sensing data are an important source of information that reflects interactions between human beings and their environment. Given their complete independence from logistic constraints on the ground, illumination (daylight), and weather (clouds) conditions, Synthetic Aperture Radar (SAR) satellite systems may provide important contributions in complex environments 3-D reconstruction. The new generation of high resolution SAR sensors as COSMO-SkyMed, TerraSAR-X and RADARSAT-2 allowed to acquire high resolution SAR imagery. Here the attention is put on the 3-D imaging technique called SAR Tomography: starting from a stack of images collected using multibaseline data performed in interferometric configuration, such a technique allows to retrieve height information forming a synthetic aperture in the elevation direction in order to achieve a substantially improved resolution. The present PhD thesis is focused on the high potentialities of tomographic techniques in 3-D change monitoring and characterization for complex and dense built-up areas using basic mono-dimensional estimators as Beamforming, Capon and MUSIC combined to very high satellite SAR resolution imagery. 2-D and 3-D analysis have been presented over the urban area of Paris using TerraSAR-X data at high resolution and single polarisation. Being mainly focused on the 3-D tomographic techniques, in the presented work 4-D methods, such as compressive sensing (CS), have not been taken into account. At first, the analysis of the interferometric quality of the processed data set has been performed and results showed good mean coherence values within the entire stack. The extraction of 2-D tomograms over different azimuth-profile has showed the capabilities to distinguish more than one scatterer within the same resolution cell and to reconstruct the vertical building profiles. Successively, a global 3-D characterization both in term of buildings heights and vertical reflectivity has been performed in order to develop a monitoring tool for the changes of single structures. Moreover, the possibility to correct the geometric distortions due to the layover (that strongly affects such kind of scenarios) and to determine the information about the number of scatterers (up to three) and the corresponding reflectivity within one resolution cell have been evaluated. Moreover an innovative time stability analysis of the observed scene have been carried out in order to detect the stable and unstable scatterers. Globally, the investigations showed noisier and sparser point clouds for the Capon method, whereas better capabilities for the Beamforming and MUSIC ones. Indeed, it was possible to detect different scatterers located within the same resolution cell and to resolve pixels affected by the layover. This has lead to perform a good reconstruction of building shape and location and a good estimation of their elevation. The 3-D time stability analysis demonstrated the possibility to monitor the 3-D change depending on the time. Eventually, it is possible to assert that processing high resolution SAR data allows to achieve a strong improvement in 3-D imaging capabilities. It has been demonstrated the potentialities of TomoSAR technique in distortions correction and in 3-D change monitoring using basic mono-dimensional estimators.

Lors de cette thèse, je me suis intéressée à la modélisation du métabolisme des micro-organismes. Nous nous sommes focalisé sur le métabolisme des petites molécules qui ne prend pas en compte les réactions associées aux macromolécules, telle que la synthèse des protéines.Nous avons ainsi utilisé différents formalismes de modélisation.Tout d'abord, nous avons développé TOTORO où les réseaux métaboliques sont représentés par des hypergraphes dirigés et qui permet d'identifier les réactions ayant participé à une transition métabolique. TOTORO a été utilisé sur un jeu de données sur la levure en présence de cadmium. Nous avons pu montrer que nous retrouvons les mécanismes connus de désintoxication.Ensuite, en utilisant une méthode de modélisation par contraintes, nous discutons d'un développement en cours, KOTOURA, qui propose d'utiliser les connaissances actuelles de concentrations de métabolites entre différentes conditions pour inférer de manière quantitative les possibles asynchronies des réactions lors du passage d'un état stable à un autre. Nous avons testé son implémentation sur des données simulées.Enfin, nous proposons MULTIPUS, une méthode d'extraction d'(hyper)-arbres de Steiner dirigés qui permet de sélectionner les voies métaboliques pour la production de composés au sein d'une communauté bactérienne. Les réseaux métaboliques sont modélisés en utilisant des hypergraphes dirigés et pondérés. Nous proposons un algorithme de programmation dynamique paramétré ainsi qu'une formulation utilisant la programmation par ensemble réponse. Ces deux propositions sont ensuite comparées dans deux cas d'applications / In this PhD work, we proposed to model metabolism. Our focus was to develop generic models, that are not specific to one organism or condition, but are instead based on general assumptions that we tried to validate using data from the literature.We first present TOTORO that uses a qualitative measurement of concentrations in two steady-states to infer the reaction changes that lead to differences in metabolite pools in both conditions.TOTORO enumerates all sub-(hyper)graphs that represent a sufficient explanation for the observed differences in concentrations. We exploit a dataset of Yeast (Saccharomyces cerevisiae) exposed to cadmium and show that we manage to retrieve the known pathways used by the organisms. We then address the same issue, but using a constraint-based programming framework, called KOTOURA, that allows to infer more quantitatively the reaction changes during the perturbed state. We use in this case exact concentration measurements and the stoichiometric matrix, and show on simulated datasets that the overall variations of reaction fluxes can be captured by our formulation.Finally, we propose MULTIPUS, a method to infer microbial communities and metabolic roads to produce specific target compounds from a set of defined substrates. We use in this case a weighted directed hypergraph. We apply MULTIPUS to the production of antibiotics using a consortium composed of an archae and an actinobacteria and show hat their metabolic capacities are complementary. We then infer for another community the excretion of an inhibitory product (acetate) by a 1,3-propanediol (PDO) producer and its consumption by a methanogene archae

Les polyphénols, micronutriments abondants dans notre alimentation, sont bien connus pour leurs propriétés antioxydantes et anti-inflammatoires et leur consommation a été associée à un moindre risque de maladies chroniques (maladies cardiovasculaires, cancers…). Ces composés suscitent un intérêt croissant dans le domaine de la santé digestive. En effet, les polyphénols sont faiblement absorbés au niveau de l’intestin grêle et sont présents en quantité relativement importante dans le côlon. Les polyphénols et leurs métabolites pourraient donc exercer des effets bénéfiques à ce niveau. Des études expérimentales récentes suggèrent que les polyphénols pourraient aider à prévenir ou retarder la progression de l’inflammation colique. Le raisin est l’un des fruits les plus riches en polyphénols. Divers co-produits du raisin ont montré des effets bénéfiques vis-à-vis de différentes situations d'inflammation, effets souvent attribués à leur richesse en composés polyphénoliques. Les objectifs de cette thèse étaient tout d’abord d’évaluer l’impact du régime de base sur le développement de l’inflammation colique induite par le sulfate de dextran sodique (DSS) chez le rat (1) puis d’évaluer les effets d’une supplémentation nutritionnelle en extraits de marc de raisin (EMR) riches en polyphénols dans la prévention de l’inflammation colique induite par le DSS (2). Pour cela, des rats Wistar ont été nourris ad libitum durant 21 jours avec un régime standard ou un régime semi-synthétique (1) ou les animaux ont été nourris avec un régime semi-synthétique supplémenté ou non avec un EMR (2). Dans tous les cas, l’inflammation colique a été induite par administration de DSS à 4% dans l’eau de boisson pendant les 7 derniers jours de l’expérimentation. Les effets ont été évalués au niveau colique par analyse histologique, détermination de différents marqueurs de l'inflammation et de la défense antioxydante et évaluation de l'expression de différents gènes impliqués dans l’inflammation et le stress oxydant.La consommation préventive de trois EMRs, issus de deux cépages différents (Alicante et Pinot) exerce des effets bénéfiques sur le développement de l’inflammation colique induite par le DSS. Globalement, la consommation à titre préventif d’EMRs prévient la perte de poids, retarde l’apparition des symptômes de la maladie et limite le développement des atteintes tissulaires induites par le DSS. Les EMRs atténuent l’inflammation comme en témoigne la diminution de l’activité de la MPO et le maintien des taux coliques en cytokines pro-inflammatoires au niveau des animaux témoins. De plus, ces EMRs modulent les activités des enzymes antioxydantes. Les EMRs limitent également la surexpression de plusieurs gènes impliqués dans la réponse inflammatoires et le stress oxydant (COX-2, iNOS, ICAM-1, MMP-9…). De plus, nous avons montré que les EMRs provenant du cépage Alicante exercent des effets protecteurs plus marqués que l’EMR Pinot.Ainsi, ces résultats soulignent d’une part l’influence du régime alimentaire de base dans l’induction de l’inflammation colique. D’autre part, la consommation à titre préventif d’EMRs exerce des effets protecteurs sur le développement de l'inflammation colique induite par le DSS via la modulation de marqueurs de l’inflammation et de la défense antioxydante. Ces résultats pourraient permettre d’envisager de nouvelles stratégies nutritionnelles dans la prévention des maladies inflammatoires de l’intestin. / Polyphenols are abundant micronutrients in plant foods, where they have been associated with lower risk of chronic diseases from cancer to cardiovascular disease. The beneficial health effects of polyphenols have been attributed to their antioxidant and anti-inflammatory properties. Several studies point to a promising role of these micronutrients in inflammatory bowel disease (IBD), as given that a large fraction of dietary polyphenols reach the colon, polyphenols and their metabolites could exert beneficial effects locally at this level. Recent experimental data suggest that polyphenols could help prevent or delay the progression of intestinal inflammation. Grape is one of the richest sources of polyphenols, and various grape products have demonstrated beneficial effects in various chronic diseases. These effects are often attributed to grape polyphenolic compounds.This thesis aimed (1) to evaluate the impact of purified and non-purified basal diets on the development of dextran sodium sulfate (DSS)-induced colitis in the rat, then (2) to evaluate the effects of preventive consumption of polyphenol-rich red grape pomace extracts (GPEs) on DSS-induced colitis. Rats were fed for 21 days with (1) a non-purified or purified diet or (2) GPE-enriched purified diet, and colitis was induced by DSS administration in drinking water (4% w/v) during the last 7 days of the experimental design. The effects on colitis development were assessed by histological analysis, determination of various markers of inflammation and oxidative stress, and evaluation of the expression of various genes implicated in this disorder.DSS induced a more marked colitis in rats receiving the purified diet than the non-purified diet. Indeed, rats receiving the purified diet, the inflammation was characterized by decreased appetite and weight gain, early onset of disease (diarrhea and rectal bleeding), and colon shortening. In rats fed the purified diet, DSS also induced marked histological colonic damage and increased MPO activity. In these animals, DSS also modulated oxidative status by affecting antioxidant enzyme activities. Furthermore, DSS-induced inflammation was associated with increased pro-inflammatory cytokine levels and decreased anti-inflammatory cytokine levels in colonic tissue, together with upregulation of the expression of various genes (iNOS, ICAM-1 and MMP-9).Preventive consumption of three GPEs from two different grape varieties (Alicante and Pinot) showed beneficial effects on DSS-induced colitis development. Overall, preventive dietary GPE supplementation delayed the onset of colitis symptoms and limited the extent of weight loss and colonic mucosa damage. GPE administration reduced inflammation (as evidenced by a decrease in MPO activity) and kept colonic pro-inflammatory cytokines at near-control levels. In addition, the three GPEs modulated antioxidant enzyme activities and limited the overexpression of several genes involved in DSS-induced inflammatory response and oxidative stress (COX-2, iNOS, ICAM-1, MMP-9). Moreover, Alicante-variety GPEs exerted stronger protective effects than Pinot-variety GPEs.These results highlighted (1) the influence of basal diet on induction of colonic inflammation and (2) that preventive consumption of GPEs exerted protective effects against colitis development by modulating inflammatory processes and oxidative stress markers. These findings open up perspectives for new preventive nutritional strategies in colonic inflammation management.

Cette thèse propose une analyse novatrice des différences de niveau de chômage entre les hommes et les femmes, en tenant compte, en plus du taux, d'autres dimensions importantes de la question qui ont des répercussions en matière de bien-être pour les individus et la société dans laquelle ils vivent. Elle se compose de trois chapitres contributifs.Le chapitre II propose une extension de la mesure des différences de niveaux chômage entre les hommes et les femmes sur la base de l'indice de Shorrocks. Cet indice prend en compte, en plus du taux de chômage, de la durée moyenne et de l'inégalité dans la distribution des durées de chômage. Le chapitre III part des résultats du chapitre II et propose une analyse purement empirique de l'écart entre les sexes dans le chômage en France. Il examine en outre les différences entre les sexes dans le taux de chômage, la durée moyenne de chômage et la distribution des durées de chômage. Le chapitre fournit également une analyse de la réduction des écarts entre sexes dans le chômage, ainsi qu'une analyse comparative de trois différentes méthodes de décomposition: Yun, Taylor décomposition et Oaxaca. Le chapitre IV présente une analyse de la différence entre les sexes dans le nombre d'épisodes de chômage (vulnérabilité face au chômage) et la distribution de ces épisodes dans la force de travail (répartition inégale de la perte de bien-être engendrée par le chômage). L'importance de la question réside dans le fait que le chômage répétitif peut causer un travail moins bien rémunéré et des emplois précaires et donc conduire à la pauvreté et à l'exclusion sociale. / The thesis provides a novel analysis of the differences in unemployment between males and females, taking into account, in addition to the rate, other important aspects of unemployment that have welfare implications for both individuals and the society where they live. It consists of three contributive chapters.Chapter 2 proposes a measurement of the differences in unemployment between males and females based on an index by Shorrocks. The latter is estimated by quarter for France during the period 2003:1 to 2008:3 using three different methods: synthetic cohort method, Salant's method and a method using directly the interrupted durations. The first method uses the interrupted durations to obtain an estimate of the distribution of completed durations while the Salant method do the same but assume that the labour market is in a steady state. Chapter 3 builds from Chapter 2's results and proposes a purely empirical analysis of the gender gap in unemployment in France. It examines in addition to the gender differences in the unemployment rate, the gender differences in mean duration and distribution of durations. The chapter also provides a comparative analysis of different methods of regression-based decomposition. It finishes with an analysis of the reduction of the gender gap in unemployment in France between 2003 and 2008 Chapter 4 provides an analysis of the gender difference in the number of unemployment spells and the distribution of these spells across the labour force. The importance of the matter relates to the fact that a repetitive unemployment may cause lower paid work and unstable jobs and therefore lead to poverty and social exclusion.

L'unité structurale de la chromatine, nommée nucléosome, est composée d'un double brin d'ADN enroulé autour d'un octamère d'histone, et subit une pléthore de modifications post-traductionnelles. Les conséquences biologiques de l’acétylation des lysines et de l’isomérisation des liaisons peptidyl-prolyl ont été étudiées à travers une analyse à l’échelle atomique par RMN de systèmes d'intérêt reconstitués in vitro. Les liaisons peptidyl-prolyl du domaine N-terminal de l'histone H3 sont substrats in vitro d’une isomérase chez S. cerevisiae nommée Fpr4p, laquelle exerce un contrôle catalyse-dépendant de la transcription. La résolution de la structure du domaine catalytique de Fpr4p, à partir de contraintes géométriques mesurées par RMN, révéla un domaine canonique de la famille FKBP (FK506-binding protein). Grâce à l'analyse de la séquence primaire et aux expériences RMN, nous proposons un modèle structural préliminaire de Fpr4p entière. L'analyse fonctionnelle est réalisée grâce à trois décapeptides construits à partir de la séquence primaire de H3 chez S. cerevisiae. Ils sont tous substrats de Fpr4p et la catalyse est équivalente pour Pro16 et Pro30. La proportion à l'équilibre du conformère cis fut déterminée pour les trois peptides et celle-ci n'est pas affectée par l'activité catalytique de Fpr4p. Les structures en solution des substrats en conformation trans ont été résolues par spectroscopie RMN, et seront utilisées pour des appariements moléculaires in silico sur le domaine catalytique de Fpr4p. Pour étudier le rôle biologique de l'acétylation des histones, une méthodologie de production de protéines acétylées a été développée. Le protocole repose sur la mutation d'une lysine en cystéine d'une protéine recombinante, suivie d'une alkylation contrôlée exploitant la nucléophilie du groupe thiol préalablement introduit. La production de l'agent alkylant adéquat est simple, rapide, réalisable dans un laboratoire de biologie et permet différents marquages isotopiques du groupe acétyle. L'alkylation d'une protéine repliée fut réalisée avec succès en conditions natives. Le dimère d'histone H2A-H2B, un intermédiaire de l'assemblage du nucléosome et siège d'acétylation in vivo, fut reconstruit in vitro. Les déplacements chimiques des domaines N et C-terminaux de H2A sont cohérents avec un état intrinsèquement déstructuré bien que leurs dynamiques moléculaires ne soient pas équivalentes. / The structural unit of chromatin, the nucleosome, is composed of double-stranded DNA wrapped around a histone octamer and is subject to a plethora of post-translational modifications. The biological consequences of peptidyl-prolyl isomerization and lysine acetylation were investigated at atomic scale through analysis of in vitro reconstituted systems by NMR. Peptidyl-prolyl bonds of histone H3 N-terminal domain are substrates in vitro of an isomerase from S. cerevisiae named Fpr4p, which underlies transcriptional control dependent on its catalytic activity. The solution structure of the catalytic domain of Fpr4p was calculated based on restraints from NMR spectroscopy, and reveals a canonical catalytic domain belonging to the FK506-binding protein (FKBP) family. Based on primary sequence analysis and NMR experiments, a preliminary structural model of full length Fpr4p is also presented. Functional analyses were performed with three decapeptides designed from the primary sequence from the N-terminal tail of S. cerevisiae histone H3. All three constitute substrates of Fpr4p, with equivalent catalysis observed for Pro16 and Pro30. The equilibrium proportion of the cis-proline conformer has been determined for all three decapeptides, and these populations are unaffected by Fpr4p catalytic activity. Structural ensembles of the substrates with proline in the trans conformation were determined by using NMR spectroscopy, and will be subsequently used for in silico molecular docking onto Fpr4p. To study a second form of histone regulation, a semi-synthetic method to produce acetylated protein was developed. The protocol relies on the site-specific mutation of lysine to cysteine in recombinant proteins followed by controlled alkylation thanks to nucleophilicity of the introduced thiol. The production of the required alkylation reagent is easy, quick, and suitable for biology laboratory and allows diverse isotopic labeling within the acetyl group. Alkylation of folded proteins has also been achieved in native conditions. As one target of acetylation in vivo, the histone H2A-H2B dimer is an intermediate of nucleosome assembly and was reconstituted in vitro. Chemical shift values of the N- and C-terminal domains of H2A are in agreement with an intrinsically disordered state although they display differences in dynamic mobility.

Après 30 années de recherche, de nombreux obstacles s'opposent encore à la conception d'un vaccin contre le SIDA. En effet, il n'existe pas de consensus sur les corrélats immunitaires de protection qu'il devra induire ni sur les mécanismes à l'origine de la progression vers le SIDA chez les individus infectés. Dans un premier temps, nous avons cherché à concevoir un virus hybride structuralement semblable au VIH-1 et capable de se répliquer exclusivement dans le cytoplasme des cellules infectées. Dans cet objectif, nous avons développé des nouveaux vecteurs bi et tri-cistroniques dérivés du poliovirus et contenant les séquences des gènes gag et/ou env du VIH-1. Nous avons montré que ces réplicons permettaient l'expression des protéines structurales du VIH-1 sous leur forme mature. Dans un second temps, nous avons mis en évidence une corrélation indiquant que, plus la composition nucléotidique (% A/T/G/C) d'un lentivirus diverge de celle de son hôte, plus la probabilité qu'il soit pathogène est élevée. Nous avons montré que l'optimisation artificielle de la composition nucléotidique de séquences d'ARN lentivirales diminuait leur capacité d'induction d'interféron (IFN-I) après transfection. Nous avons ensuite synthétisé un virus de l'immunodéficience simienne (VIS) dont la séquence a été artificiellement optimisée à la composition nucléotidique moyenne du macaque. Ce virus présente une capacité d'induction d'IFN-I in vitro réduite par rapport au VIS sauvage. Ces données indiquent pour la première fois un lien entre la composition nucléotidique du génome des lentivirus et la progression vers le SIDA. Elles suggèrent de nouvelles stratégies vaccinales d'atténuation du VIH-1. / After over thirty years of AIDS epidemic, we still need to identify immunological correlates of protection against AIDS and we do not properly understand how HIV causes AIDS in infected individuals. In order to reproduce the protective capacity of live attenuated viruses, we first aimed at generating a hybrid virus structurally similar to HIV-1 and able to replicate exclusively in the cytoplasm of infected cells. We developed new polioviral pluricistronic vectors that contain HIV-1 packaging sequences, gag gene and/or env gene. We then showed that the use of these replicons was compatible with the production of processed and mature HIV structural proteins. Secondly, we investigated the consequences of the lentivirus nucleotide composition (% A/T/G/C) bias on their pathogenicity. We found a correlation, indicating that AIDS results from infection by primate lentiviruses having the most divergent nucleotide composition compared to their hosts, whereas less divergent lentiviruses cause non-pathogenic infections. A strong type I interferon (IFN-I) response during the chronic phase of infection is a typical feature of lentiviral pathogenic infection. We showed that nucleotide optimization of lentiviral RNA sequences dramatically reduce their in vitro capacity to induce IFN-I. We synthesized a simian immunodeficiency virus (SIV), whose genome sequence was artificially optimized to the macaque average nucleotide composition. This virus showed a reduced capacity to stimulate IFN-I in vitro than wt SIV. These data indicate for the first time a link between the nucleotide composition of lentiviruses and their pathogenicity. They suggest new vaccine attenuation strategies against AIDS.

Ce travail, sur la dépollution de l’eau par OVHC sur charbon actif (CA), étudie l'interaction oxydation - adsorption : comment l'oxydation sur charbon de produits aromatiques modifie ses propriétés et en particulier sa capacité d'adsorption et d'oxydation (désactivation). Divers charbons commerciaux, mais aussi issus de boues activées, ont été caractérisés avant et après oxydation : propriétés texturales, composition élémentaire (CHNSO), fonctions de surface, pH au point de charge nulle et allure des courbes ATG. Seule leur teneur en cendres semble différer notablement. Les charbons actifs de boues ont une surface spécifique bien moindre (de 90 à 265 m².g-1) et un taux de cendres supérieur à 50% qui en font de moins bons adsorbants. Cependant la présence de métal, notamment le fer, a un effet positif sur l'oxydation catalytique. L'étude comparative en oxydation catalytique de 4 CA commerciaux en grains montre une désactivation intense (qui augmente avec la concentration de polluant) sur les 3-4 premières utilisations, puis une stabilisation. Le charbon résultant est nettement moins adsorbant. Les CA S23 et F22 ainsi stabilisés ont ensuite été utilisés pour déterminer la cinétique d'oxydation catalytique apparente et intrinsèque du phénol, grâce à un modèle incluant la diffusion. La comparaison de l'OVHC de 4 polluants aromatiques seuls et en divers mélanges synthétiques met en évidence des effets de mélange significatifs: les polluants les plus réfractaires en oxydation catalytique se dégradent beaucoup plus vite en mélange (ex 4NP) et inversement, les polluants les plus oxydés, lorsqu'ils sont seuls en solution, voient leur cinétique diminuer lorsqu'ils sont mélangés aux autres polluants (ex phénol, 4chlorophénol). Le mélange tend donc à uniformiser les comportements particuliers. Enfin, les essais de faisabilité du procédé de régénération oxydante AD-OX ont été effectués sur des effluents industriels. La régénération du charbon actif comme adsorbant est moins limitée qu'avec des mélanges de phénols substitués. / This work, on water treatment by catalytic Wet Air Oxidation (CWAO) using activated carbon (AC), aimed to study the interaction between oxidation-adsorption phenomena: how the oxidation of aromatic compounds on AC can modify its properties and specially its adsorption and oxidation characteristics (deactivation). Various commercials AC, and AC produced from activated sludge, have been characterized before and after oxidation by according methods such as textural characterization, elemental analysis (CHNSO), functional groups on carbon surfaces analysis, pH of the point of zero charge (pHpzc) analysis and thermogravimetric analysis (TGA); however, only their ash level was significantly different. In addition, the sludge based AC (SBAC) have a specific surface range of 90 to 265 m².g-1, which is lower than commercial AC, and with an ash level over 50%. Consequently they are less good adsorbents. However, the presence of metal, e.g. iron, has a positive affect on catalytic oxidation. The comparative study of catalytic oxidation with 4 commercial AC, show a severe deactivation (which increase with the pollutant concentration) on the first 3-4 utilizations before stabilization. The residual AC is clearly poor adsorbent. After stabilization, 2 commercials AC, only S23 and F22 CA, were studied on catalytic oxidation of phenol in term of apparent and intrinsic kinetics with including the diffusion effect in the model. The CWAO of 4 pure aromatic pollutants, and their various synthetic mixtures, showed mixing effects significantly: the most oxidation catalytic refractory pollutants were degraded rapidly when they mixed (e.g. 4-nitrophenol) but the kinetic was slow down for the pure pollutant whereas, the most oxidised pollutants, for pure solution, have an oxidation kinetic slower than when they mixed with others pollutants (e.g. Phenol, 4-chlorophenol). Therefore, the mixture tends to standardize from the individual behaviour. In conclude, the feasibility study of the oxidative regeneration process (AD-OX) was performed on industrial waste water. The regeneration AC as adsorbent is less limited than with mixtures of substituted phenols.

Avec l’apparition de plus en plus de souches de bactérie résistante aux antibiotiques, le développement de nouveaux antibiotiques est devenu une important problématique pour les agences de santé. C’est pour cela que la création de nouvelles plateformes pour accélérer la découverte de médicaments est devenu un besoin urgent. Dans les dernières décennies, la recherche était principalement orientée sur la modification de molécules préexistantes, la méta-analyse d’organismes produisant des molécules activent et l’analyse de librairies moléculaires pour trouver des molécules synthétiques activent, ce qui s’est avéré relativement inefficace. Notre but était donc de développer de nouvelles molécules avec des effets thérapeutiques de façon plus efficace à une fraction du prix et du temps comparé à ce qui se fait actuellement. Comme structure de base, nous avons utilisé des métabolites secondaires qui pouvaient altérer le fonctionnement des protéines ou l’interaction entre deux protéines. Pour générer ces molécules, j’ai concentré mes efforts sur les terpènes, une classe de métabolites secondaires qui possède un large éventail d’activités biologiques incluant des activités antibactériennes. Nous avons développé un système de chromosome artificiel de levure (YAC) qui permet à la fois l’assemblage directionnel et combinatoire de gènes qui permet la création de voies de biosynthèse artificielles. Comme preuve de concept, j’ai développé des YACs qui contiennent les gènes pour l’expression des enzymes impliquées dans la biosynthèse de la -carotène et de l’albaflavenone et produit ces molécules avec un haut rendement. Finalement, Des YACs produits à partir de librairies de gènes ont permis de créer une grande diversité de molécules. / With the appearance of more and more antibiotic resistant strains of bacteria, the development of new antibiotics becomes an issue of utmost importance for society. It is for that reason that new platforms and methodologies to accelerate the discovery of novel antibiotics are urgently needed. For the last decades, research was mainly oriented on modifying existing antibiotics, mining natural producers or screening for synthetic molecules from giant chemical libraries but these approaches did not manage to keep the pipelines filled with a sufficient number of novel antibiotics. Therefore, our goal was to develop a way to create and screen new molecules more efficiently at a fraction of the cost when compared to traditional approaches and within a short time frame. As chemical scaffolds we use natural product-like compounds that modulate the function of individual proteins or of protein-protein interactions. To generate these compounds, I focused first on the terpene scaffold class, a class containing molecules with a wide range of biological activities and includes compounds with antibacterial activities. We developed a yeast artificial chromosome (YAC) platform that allows both directional and combinatorial assembly of biosynthetic genes that can be used to create artificial biosynthetic pathways. As a proof of principle, YACs were successfully assembled containing genes coding for enzymes involved in the biosynthesis of both B-carotene and albaflavenone, and that allowed high yield production of these compounds. Finally, YACs encoding terpene gene libraries were also created and which produced a diversity of terpenoid molecules.

Cette thèse adopte une approche analytique interrégionale de trois régions économiques pour évaluer les connaissances productives et la diplomatie dans le contexte d’intégration régionale, et en parallèle, les déterminants de la création d'entreprises. Du point de vue de l'intégration européenne, nous introduisons une nouvelle méthodologie de contrôle synthétique pour évaluer l'impact de l'adhésion à l'UE sur l'indice de complexité économique des nouveaux États membres d'Europe centrale et orientale. Nos résultats indiquent que l'adhésion à l'UE a joué un rôle catalyseur pour la connaissance productive des pays portant de faibles niveaux de complexité avant l'adhésion, permettant un taux de développement plus élevé dans la sophistication de l'espace d'exportation de leurs produits. En élargissant notre analyse à tous les pays européens et aux États d’Afrique du Nord, nous procédons dans un deuxième temps à l’analyse des déterminants du commerce des infrastructures institutionnelles et logistiques en élargissant le modèle de Gravité pour y incorporer des éléments de diplomatie (notamment la présence d’ambassades et d’ambassadeurs). Nos résultats démontrent les avantages des infrastructures immatérielles et matérielles ainsi que de l'activité diplomatique sur le commerce bilatéral des PECO et de l'Afrique du Nord, confirmant l'importance de ces variables en tant que moteurs de l'intégration régionale. Dans une dernière partie, nous concentrons notre analyse sur Fédération de Russie en tant que région géographique en introduisant une régression panel des déterminants de l’entrée et de la sortie d’entreprises. Cette évaluation empirique conclut que les défaillances institutionnelles et l’environnement politico-économique ont des effets significatifs sur la création et la destruction d’entreprises russes, avec une estimation robuste du prix mondial du pétrole (quelle que soit la différence entre les régions cibles) suggérant une forte exposition de chaque région russe à une crise mondiale. / This thesis takes a cross-regional analytical approach of three distinct economic areas to evaluate productive knowledge and diplomacy in the context of regional integration alongside determinants of business creation. From the angle of European integration, we introduce a new synthetic control methodology to evaluate the impact of EU accession on the economic complexity index of new CEE member states its results indicating that accession to the EU acted as a catalyst for the productive knowledge of countries with low levels of complexity before accession, allowing a higher rate of development in the sophistication of their product export space. Expanding our analysis to include all European countries and North African states, we proceed in a second stage to analyse institutional and logistical infrastructure determinants of trade by extending the traditional Gravity model to incorporate elements of diplomacy (including the presence of embassies and ambassadors). Our results demonstrate the benefits of soft and hard infrastructure as well as diplomatic activity on the bilateral trade fixed effect CEE and North African countries, validating their importance of these variables as powerful drivers of regional integration. In a final part, we turn our analysis to the Russian Federation as a regional geography with a panel regression analysis of the determinants of firm entry and exit. The empirical evaluation concludes that institutional failures and the politico-economic environment exhibit statistically significant and economically meaningful effects both on the creation and destruction of Russian firms, with a robust estimate of the world oil price (irrespective of the difference in target regions) suggesting a possible high exposure of each Russian region to a global crisis.