Made available in DSpace on 2016-04-27T13:10:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosemeire Rodrigues Garcia.pdf: 3933193 bytes, checksum: e96a9dba8eac752ed32b04f2177c1b7e (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / Leprosy, also known as Hansen s disease, is an ancient illness which has always been surrounded by prejudice and uninformation. The physical incapacities and organic after-effects of neural damage, determined by the etiologic agent of Hansen s disease, can be diminished by guidelines on self-care provide by physiotherapists. There are a few moments that the patients come into contact with the multidisciplinary team of health, thus hindering these guidelines, so we produce an educational handbook highlighting the importance of self-care to prevent the incapacities caused by leprosy. Therefore, this study aims to identify the level of physical incapacities in patients with leprosy when they first arrive for treatment at the municipal polyclinic of specialties Dr. Edward Maluf , in Sorocaba (SP, Brazil). Using the documentary research method we have analyzed medical records from 2009-2013 from that institution to verify the patients clinical classification and epidemiological aspects in 200 patients seen in that 5 years period. The handbook contains guidelines for self-care and the prevention of incapacities and must be offered in the first consultation by the health team / A hanseníase (MH) é uma doença conhecida desde a Antiguidade e desde sempre esteve cercada por preconceito e desinformação. O comprometimento neuronal ocasionado pelo agente etiológico da hanseníase determinará as sequelas da doença. As consequências da neuropatia do MH podem ser minimizadas por práticas de autocuidados, a orientação sobre estas práticas é uma das atribuições do fisioterapeuta na equipe multiprofissional de saúde que acompanha estes pacientes. Trabalhando como fisioterapeuta atendo regularmente pacientes acometidos por essa doença e acolho suas dúvidas e ansiedades. Diante disso, o objetivo geral desta pesquisa é identificar o grau de incapacidades dos pacientes com hanseníase no atendimento inicial do Centro de Especialidades da Policlínica Municipal Dr. Edward Maluf , em Sorocaba/São Paulo e produzir material educativo para orientá-los sobre a importância do autocuidado na prevenção das incapacidades decorrentes da hanseníase. A pesquisa foi realizada na forma de análise documental, pelo estudo dos prontuários disponíveis nos arquivos do setor de Controle da Hanseníase da instituição, com o intuito de verificar a classificação dos pacientes atendidos neste Serviço no período de 2009 a 2013. O manual foi confeccionado contendo orientações para o autocuidado e a prevenção de incapacidades

A demanda criada pelos estudos biológicos resultou para predição da estrutura terciária de proteínas ser uma alternativa, uma vez que menos de 1% das sequências conhecidas possuem sua estrutura terciária determinada experimentalmente. As predições Ab initio foca nas funções baseadas da física, a qual se trata apenas das informações providas pela sequência primária. Por consequência, um espaço de busca com muitos mínimos locais ótimos deve ser pesquisado. Este cenário complexo evidencia uma carência de algoritmos eficientes para este espaço, tornando-se assim o principal obstáculo para este tipo de predição. A optimização Multi-Objetiva, principalmente os Algoritmos Evolutivos, vem sendo aplicados na predição da estrutura terciária já que na mesma se envolve um compromisso entre os objetivos. Este trabalho apresenta o framework ProtPred-PEO-GROMACS, ou simplesmente 3PG, que não somente faz predições com a mesma acurácia encontrada na literatura, mas também, permite investigar a predição por meio da manipulação de combinações de objetivos, tanto no aspecto energético quanto no estrutural. Além disso, o 3PG facilita a implementação de novas opções, métodos de análises e também novos algoritmos evolutivos. A fim de salientar a capacidade do 3PG, foi então discorrida uma comparação entre os algoritmos NSGA-II e SPEA2 aplicados na predição Ab initio da estrutura terciária de proteínas em seis combinações de objetivos. Ademais, o uso da técnica de refinamento por Dinâmica Molecular é avaliado. Os resultados foram adequados quando comparado com outras técnicas de predições: Algoritmos Evolutivo Multi-Objetivo, Replica Exchange Molecular Dynamics, PEP-FOLD e Folding@Home. / The demand created by biological studies resulted the structure prediction as an alternative, since less than 1% of the known protein primary sequences have their 3D structure experimentally determined. Ab initio predictions focus on physics-based functions, which regard only information about the primary sequence. As a consequence, a search space with several local optima must be sampled, leading to insucient sampling of this space, which is the main hindrance towards better predictions. Multi-Objective Optimization approaches, particularly the Evolutionary Algorithms, have been applied in protein structure prediction as it involves a compromise among conicting objectives. In this paper we present the ProtPred-PEO-GROMACS framework, or 3PG, which can not only make protein structure predictions with the same accuracy standards as those found in the literature, but also allows the study of protein structures by handling several energetic and structural objective combinations. Moreover, the 3PG framework facilitates the fast implementation of new objective options, method analysis and even new evolutionary algorithms. In this study, we perform a comparison between the NSGA-II and SPEA2 algorithms applied on six dierent combinations of objectives to the protein structure. Besides, the use of Molecular Dynamics simulations as a renement technique is assessed. The results were suitable when comparated with other prediction methodologies, such as: Multi-Objective Evolutionary Algorithms, Replica Exchange Molecular Dynamics, PEP-FOLD and Folding@Home.

A polpa dentária pode responder a uma agressão pela produção de dentina reacional e reparativa. Osteopontina (OPN), proteína abundante no osso, e proteína da matriz dentinária 1 (DMP1) podem estar presentes nessas dentinas. O objetivo do trabalho foi examinar a ultra-estrutura e a presença da OPN e DMP1 na dentina induzida pela extrusão de incisivos. Os incisivos de ratos foram extruídos e depois reposicionados. Após períodos de tempo determinados, as maxilas foram processadas para MET, MEV e imunocitoquímica. Após extrusão, houve formação de dentina reacional e reparativa, as quais variaram em aspecto, espessura e células secretoras. A OPN foi observada apenas na dentina reparativa num padrão semelhante ao encontrado no osso. A DMP1 foi detectada na matriz em mineralização de todas as dentinas estudadas, mas praticamente não foi observada nas suas pré-dentinas, o que confirmou o seu papel na mineralização. Tais achados mostraram que a dentina reparativa e o osso primário, além de semelhantes morfologicamente, são também similares com relação às suas composições / Reactionary dentine (Rc) and (Rp) reparative dentine are two strategies used by the dentine?pulp complex to respond to injury. Osteopontin (OPN) and dentine matrix protein 1 (DMP1) may be present in the matrix secreted after tissue injury. The aim of the present study was to examine the ultrastructure, as well as the presence of OPN and DMP1 in Rc and Rp by provoking extrusion of the rat incisor. The right upper incisors of rats were extruded and then repositioned. After certain periods of time, the maxillae were processed for scanning and transmission electron microscopy and for immunocytochemistry. After extrusive trauma, there was formation of Rc and Rp, which varied in aspect and thickness. OPN was only detected in the Rp in a pattern similar to bone. DMP1 was immunodetected in all the dentine types, but rare colloidal gold particles were observed in predentin, that confirmed its role in mineralization. The present findings showed that Rp shares some compositional characteristics with primary bone, especially in relation to its OPN content

A Determinação da Estrutura tridimensional de Proteínas (DEP) a partir da sua seqüência de aminoácidos é importante para a engenharia de proteínas e o desenvolvimento de novos fármacos. Uma alternativa para este problema tem sido a aplicação de técnicas de computação evolutiva. As abordagens utilizando Algoritmos Evolutivos (AEs) tem obtido resultados relevantes, porém estão restritas a pequenas proteínas, com dezenas de aminoácidos e a algumas classes de proteínas. Este trabalho propõe a investigação de uma abordagem utilizando AEs para a predição da estrutura terciária de proteínas independentemente do seu tamanho e classe. Os resultados obtidos demonstram que apesar das dificuldades encontradas a abordagem investigada constitue-se em uma alternativa em relação aos métodos clássicos de determinação da estrutura terciária das proteínas. / Protein structure determination (DEP) from aminoacid sequences is very importante to protein engineering and development of new drugs. Evolutionary computation has been aplied to this problem with relevant results. Nevertheless, Evolutionary Algorithms (EAs) can work with only proteins with few aminoacids and some protein classes. This work proposes an approach using AEs to predict protein tertiary structure independly from their size and class. The obtained results show that, despite of the difficulties that have been found, the investigate approach is a relevant alternative to classical methods to protein structure determination.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-01-18T16:28:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Michelle Duarte Marciano - 2016.pdf: 2336395 bytes, checksum: 6cdabbc6871d88785ffc1b1561c3c1c7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-19T10:32:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Michelle Duarte Marciano - 2016.pdf: 2336395 bytes, checksum: 6cdabbc6871d88785ffc1b1561c3c1c7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-19T10:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Michelle Duarte Marciano - 2016.pdf: 2336395 bytes, checksum: 6cdabbc6871d88785ffc1b1561c3c1c7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-12-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Determining the tertiary structure of a protein is very important, once that this is the structure that allow us to know the function of a protein on living beings. There are many algorithms that intend to do this prediction, but none of them does it with one hundred percent of accuracy, being a case of NP-complete problem. Even sill not being able to predict the tertiary structure of proteins with total precision, these algorithms are already used in areas such as pharmacology and are extremely important. This project presents a multiobjective framework for the classification and ranking of these algorithms, thus allowing a comparison among them. The goal is to help improving researches in the area, either in individual algorithms or groups of research in the bioinformatics field. / A determinação da estrutura tridimensional de uma proteína é muito importante, uma vez que esta estrutura é que fornece a função de uma proteína no corpo de seres vivos. Existem muitos algoritmos que buscam fazer essa predição, mas nenhum deles faz isso com cem por cento de eficiência, tratando-se de um problema NP-completo. Mesmo ainda não sendo capazes de predizer com total precisão a estrutura terciária das proteínas, tais algoritmos já são aproveitados em áreas como a farmacologia e são de grande importãncia. Este projeto apresenta um framework multi-objetivo para classificação e ranqueamento desses algoritmos, permitindo assim uma comparação entre eles. O objetivo é ajudar a melhorar as pesquisas na área, seja em algoritmos isolados ou grupos de pesquisa da área de bioinformática.

Submitted by Rosina Valeria Lanzellotti Mattiussi Teixeira (rosina.teixeira@unisantos.br) on 2015-03-31T14:16:43Z No. of bitstreams: 1 Antonio M. Galleao.pdf: 2800324 bytes, checksum: 2c116c6b576bf1b760a81ad0fb34a631 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-31T14:16:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Antonio M. Galleao.pdf: 2800324 bytes, checksum: 2c116c6b576bf1b760a81ad0fb34a631 (MD5) Previous issue date: 2014-02-12 / Universidade Católica de Santos - Católica de Santos / In face of a scenario characterized by privatization and mercantilization of education, this study has the purpose of understanding the meaning and pedagogical possibilities of a university class, considered, within this work, as the core element of the formal teaching and learning process. Based on the assumption that the class influences and is influenced by the environment, a bibliographic / documental research of exploratory character was initially developed, aiming at providing foundation to the theoretical assumptions of this subject of study: the university class. That phase was supported by Almeida; Bernheim; Buarque; Chauí; Cunha, L.; Demo; Freire; Imbernón; Masetto; Neves, C.; Nogaro; Rué; Santos; Silva; Snyders; Teixeira; Zabala and Zabalza. The field research, carried out on students of three Engineering night courses from a Higher Education institution in the Baixada Santista Region, highlighted the voice of students regarding university classes. The qualitative approach research was structured in three stages: first, gathering data on the perception of students regarding the classes already attended before this research was established; second, an action research with the purpose of experiencing classes that moved away from the reproductive class model; and a third stage, aimed at providing reflection on the experience lived by the participants of stage 2. The analysis of data collected in the study was based on the dialectical hermeneutics with operational support of Content Analysis. From the methodological standpoint, the work counted on the following authors: Bardin; Bodgan and Biklen; Ghedin and Franco; Lüdke and André; Franco, M. A; Franco, M. L.; Minayo; Thiollent and Tripp. Data analysis made possible to infer that students that took part in this research also bring with them a concept of class that is compatible with the one established from the theoretical studies: the class as spacetime of human formation, based on the active participation of students and professor; a spacetime in which all participants can learn, which provides incentive to the critic spirit, research, reflection, dialogue; a class that allows the attendee to go beyond the contents studied therein, and that seeks a deeper level of learning. At the end of the work, it was possible to reach the conclusion that the class can constitute a privileged spacetime of human formation, despite the complex and contradictory context of Graduate Higher Education currently made available in Brazil. / Diante de um cenário caracterizado pela privatização e mercantilização da educação, esta pesquisa teve por objetivo principal compreender o significado e as possibilidades pedagógicas da aula universitária, considerada, neste trabalho, como elemento central do processo formal de ensino e aprendizagem. Partindo do pressuposto de que a aula influencia e é influenciada pelo meio, desenvolveu-se inicialmente uma pesquisa bibliográfica/documental, de caráter exploratório, a fim de fundamentar os pressupostos teóricos deste objeto de estudo: a aula universitária. Essa fase contou com o apoio de autores como Almeida; Bernheim; Buarque; Chauí; Cunha, L.; Demo; Freire; Imbernón; Masetto; Neves, C.; Nogaro; Rué; Santos; Silva; Snyders; Teixeira; Zabala e Zabalza. A pesquisa de campo, realizada com alunos de três cursos noturnos de Engenharia de uma instituição de ensino superior da Baixada Santista, destacou a voz dos alunos a respeito de aulas universitárias. Sob uma abordagem qualitativa, foi estruturada em três etapas: a primeira para colher dados sobre a percepção dos alunos a respeito das aulas já vivenciadas antes da pesquisa; na segunda etapa, uma pesquisa-ação com o intuito de vivenciar aulas que se afastassem do modelo de aula reprodutiva; e uma terceira etapa com a finalidade de proporcionar reflexão sobre a experiência vivida pelos participantes na etapa 2. Para a análise dos dados colhidos, o estudo utilizou a Hermenêutica-dialética com o apoio operacional da Análise de Conteúdo. Sob o ponto de vista metodológico, contou com o apoio de Bardin; Bodgan e Biklen; Ghedin e Franco; Lüdke e André; Franco, M. A; Franco, M. L.; Minayo; Thiollent e Tripp. Por meio da análise dos dados, pode-se inferir que os alunos participantes desta pesquisa também trazem uma concepção de aula compatível com aquela estabelecida a partir dos estudos teóricos: a aula como espaçotempo de formação humana, baseada na participação ativa de alunos e professor; um espaçotempo em que todos os participantes podem aprender, que incentiva o espírito crítico, a pesquisa, a reflexão, o diálogo; uma aula que permite ir além do conteúdo nela estudado, que busca um nível mais profundo de aprendizagem. Ao final do trabalho, foi possível concluir que a aula pode constituir-se em um espaçotempo privilegiado de formação humana, apesar do contexto complexo e contraditório do ensino superior de graduação atualmente oferecido no Brasil.

Orientador: Alessandro Lia Mondelli / Resumo: Introdução: Os serviços de urgência e emergência têm o objetivo de diminuir a morbimortalidade e as sequelas incapacitantes. A capacidade médica e da equipe de enfermagem para a passagem do cateter venoso central se explica pelo fato dos riscos existentes na realização desse procedimento. As complicações relacionadas a cateter venoso central incluem punção de artéria carótida, pneumotórax, hemotórax, tamponamento cardíaco, infecções, embolia e hidrotórax. Objetivo: O objetivo deste estudo foi avaliar o procedimento de passagem de cateter venoso central realizado pela equipe médica em pacientes atendidos em sala de emergência. Metodologia: Trata-se de estudo clínico epidemiológico, transversal, descritivo e observacional com 104 pacientes que deram entrada na sala de emergência adulto do pronto-socorro referenciado de um hospital público do interior de São Paulo, caracterizado como hospital terciário, onde realiza atendimento ao paciente pelo Sistema Único de Saúde. A coleta de dados foi realizada no período de 01/08/2016 a 01/12/2016 pela pesquisadora e por cinco enfermeiros previamente treinados contemplando os turnos de trabalho diurno e noturno. Para as avaliações foi utilizado um instrumento de coleta de dados baseado nos padrões de conformidade do ministério da saúde para a passagem de cateter venoso central, dados do prontuário eletrônico do paciente e resultados de cultura de ponta de cateter e hemocultura central e periférica dos pacientes que foram submetidos ao proc... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

A Determinação da Estrutura tridimensional de Proteínas (DEP) a partir da sua seqüência de aminoácidos é importante para a engenharia de proteínas e o desenvolvimento de novos fármacos. Uma alternativa para este problema tem sido a aplicação de técnicas de computação evolutiva. As abordagens utilizando Algoritmos Evolutivos (AEs) tem obtido resultados relevantes, porém estão restritas a pequenas proteínas, com dezenas de aminoácidos e a algumas classes de proteínas. Este trabalho propõe a investigação de uma abordagem utilizando AEs para a predição da estrutura terciária de proteínas independentemente do seu tamanho e classe. Os resultados obtidos demonstram que apesar das dificuldades encontradas a abordagem investigada constitue-se em uma alternativa em relação aos métodos clássicos de determinação da estrutura terciária das proteínas. / Protein structure determination (DEP) from aminoacid sequences is very importante to protein engineering and development of new drugs. Evolutionary computation has been aplied to this problem with relevant results. Nevertheless, Evolutionary Algorithms (EAs) can work with only proteins with few aminoacids and some protein classes. This work proposes an approach using AEs to predict protein tertiary structure independly from their size and class. The obtained results show that, despite of the difficulties that have been found, the investigate approach is a relevant alternative to classical methods to protein structure determination.

A redução da mortalidade é um objetivo fundamental das unidades de terapia intensiva pediátrica (UTIP). O estágio de gravidade da doença reflete a magnitude das comorbidades e distúrbios fisiológicos no momento da internação e pode ser avaliada pelos escores prognósticos de mortalidade. Os dois principais escores utilizados na UTIP são o Pediatric Risk of Mortality (PRISM) e o Pediatric Index of Mortality (PIM). O PRISM utiliza os piores valores de variáveis fisiológicas e laboratoriais nas primeiras 24 horas de internação enquanto o PIM2 utiliza dados da primeira hora de internação na UTIP e apenas uma gasometria arterial. Não há consenso na literatura, entre PRISM e PIM2, quanto à utilidade e padronização na admissão na terapia intensiva para as crianças e adolescentes, principalmente em uma UTI de nível de atendimento terciário. O objetivo do estudo foi estabelecer o escore de melhor performance na avaliação do prognóstico de mortalidade que seja facilmente aplicável na rotina da UTIP, para ser utilizado de forma padronizada e contínua. Foi realizado um estudo retrospectivo onde foram revisados os escores PRISM e PIM2 de 359 pacientes internados na unidade de terapia intensiva pediátrica do Instituto da Criança do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP, considerada uma unidade de atendimento de nível terciário. A mortalidade foi de 15%, o principal tipo de admissão foi clinico (78%) sendo a principal causa de internação a disfunção respiratória (37,3%). Os escores dos pacientes que foram a óbito mostraram-se maiores do que o dos sobreviventes. Para o PRISM foi 15 versus 7 (p = 0,0001) e para o PIM2, 11 versus 5 (p = 0,0002), respectivamente. Para a amostra geral, o Standardized Mortality Ratio (SMR) subestimou a mortalidade tanto para o PIM2 quanto para o PRISM [1,15 (0,84 - 1,46) e 1,67 (1,23 - 2,11), respectivamente]. O teste de Hosmer-Lemeshow mostrou calibração adequada para ambos os escores [x2 = 12,96 (p = 0,11) para o PRISM e x2 = 13,7 (p = 0,09) para o PIM2]. A discriminação, realizada por meio da área sob a curva ROC, foi mais adequada para o PRISM do que para o PIM2 [0,76 (IC 95% 0,69 - 0,83) e 0,65 (IC 95% 0,57 - 0,72), respectivamente, p= 0,002]. No presente estudo, a melhor sensibilidade e especificidade para o risco de óbito do PRISM foi um escore entre 13 e 14, mostrando que, com o avanço tecnológico, o paciente precisa ter um escore mais elevado, ou seja, maior gravidade clínica do que a população original, para um maior risco de mortalidade. Os escores de gravidade podem ter seus resultados modificados em consequência: do sistema de saúde (público ou privado), da infraestrutura da UTIP (número de leitos, recursos humanos, parque tecnológico) e indicação da internação. A escolha de um escore de gravidade depende das características individuais da UTIP, como o tempo de espera na emergência, presença de doença crônica complexa (por exemplo, pacientes oncológicos) e como é realizado o transporte para a UTIP. Idealmente, estudos multicêntricos têm maior significância estatística. No entanto, estudos com populações maiores e mais homogêneas, especialmente nos países em desenvolvimento, são difíceis de serem realizados / The decrease in mortality is a fundamental goal of the pediatric intensive care unit (PICU). The disease severity reflects the magnitude of comorbidities and physiological disorders on admission and can be assessed by the mortality prognostic scores. The two main scores used in the PICU are the Pediatric Risk of Mortality (PRISM) and Pediatric Index of Mortality (PIM). PRISM uses the worst values of physiological and laboratory variables in the first 24 hours of hospitalization while PIM2 uses data from the first hour after admission to the PICU and only one arterial blood gas. There is no consensus in the literature, between PRISM and PIM2, about usefulness and standardization on admission to intensive care for children and adolescents, especially in a tertiary care level ICU. The aim of the study was to establish the score of best performance in assessing the mortality prognosis that is easily applicable in routine PICU, to be used in a standardized and continuously manner. A retrospective study was conducted and PRISM and PIM2 scores of 359 patients were reviewed. All of them were admitted to the pediatric intensive care unit of the Instituto da Criança do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, considered a tertiary care unit. Mortality was 15%, the main type of admission was clinical (78%) being the main cause of hospitalization, respiratory dysfunction (37.3%). The scores of the patients who died were higher than that of survivors. For PRISM was 15 versus 7 (p = 0.0001) and the PIM2, 11 versus 5 (p = 0.0002), respectively. For the overall sample, the Standardized Mortality Ratio (SMR) underestimated mortality for both PIM2 and PRISM [1.15 (0.84 to 1.46) and 1.67 (1.23 to 2.11), respectively]. The Hosmer-Lemeshow test showed adequate calibration for both scores [x2 = 12.96 (p = 0.11) for the PRISM and x2 = 13.7 (p = 0.09) for PIM2]. The discrimination performed by the area under the ROC curve was more than adequate for the PRISM than for PIM2 [0.76 (95% CI 0.69 - 0.83) and 0.65 (95% CI 0, 57 - 0.72), respectively, p = 0.002]. In this study, the greatest sensitivity and specificity for this risk would be a PRISM score between 13 and 14, showing that with technological advances, the patient needs a score that is higher and indicates greater clinical severity compared with the original population to reflect an increased risk of mortality. The severity scores may have their results changed as a result: the health system (public or private), the infrastructure PICU (number of beds, human resources, technology park) and statement of admission. The choice of a severity score depends on the individual characteristics of the PICU, as the waiting time in the emergency, the presence of complex chronic disease (for example, oncological patients) and how the transport to the PICU is carried out. Ideally, multicenter studies have greater statistical significance. However, studies with larger and more homogeneous populations, especially in developing countries, are difficult to perform

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-08-05T17:38:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alexandre Barbosa de Almeida - 2016.pdf: 11943401 bytes, checksum: 94f2e941bbde05e098c40f40f0f2f69c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-09T11:57:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alexandre Barbosa de Almeida - 2016.pdf: 11943401 bytes, checksum: 94f2e941bbde05e098c40f40f0f2f69c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T11:57:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alexandre Barbosa de Almeida - 2016.pdf: 11943401 bytes, checksum: 94f2e941bbde05e098c40f40f0f2f69c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-06-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Proteins are vital for the biological functions of all living beings on Earth. However, they only have an active biological function in their native structure, which is a state of minimum energy. Therefore, protein functionality depends almost exclusively on the size and shape of its native conformation. However, less than 1% of all known proteins in the world has its structure solved. In this way, various methods for determining protein structures have been proposed, either in vitro or in silico experiments. This work proposes a new in silico method called Monte Carlo with Dominance, which addresses the problem of protein structure prediction from the point of view of ab initio and multi-objective optimization, considering both protein energetic and structural aspects. The software GROMACS was used for the ab initio treatment to perform Molecular Dynamics simulations, while the framework ProtPred-GROMACS (2PG) was used for the multi-objective optimization problem, employing genetic algorithms techniques as heuristic solutions. Monte Carlo with Dominance, in this sense, is like a variant of the traditional Monte Carlo Metropolis method. The aim is to check if protein tertiary structure prediction is improved when structural aspects are taken into account. The energy criterion of Metropolis and energy and structural criteria of Dominance were compared using RMSD calculation between the predicted and native structures. It was found that Monte Carlo with Dominance obtained better solutions for two of three proteins analyzed, reaching a difference about 53% in relation to the prediction by Metropolis. / As proteínas são vitais para as funções biológicas de todos os seres na Terra. Entretanto, somente apresentam função biológica ativa quando encontram-se em sua estrutura nativa, que é o seu estado de mínima energia. Portanto, a funcionalidade de uma proteína depende, quase que exclusivamente, do tamanho e da forma de sua conformação nativa. Porém, de todas as proteínas conhecidas no mundo, menos de 1% tem a sua estrutura resolvida. Deste modo, vários métodos de determinação de estruturas de proteínas têm sido propostos, tanto para experimentos in vitro quanto in silico. Este trabalho propõe um novo método in silico denominado Monte Carlo com Dominância, o qual aborda o problema da predição de estrutura de proteínas sob o ponto de vista ab initio e de otimização multiobjetivo, considerando, simultaneamente, os aspectos energéticos e estruturais da proteína. Para o tratamento ab initio utiliza-se o software GROMACS para executar as simulações de Dinâmica Molecular, enquanto que para o problema da otimização multiobjetivo emprega-se o framework ProtPred-GROMACS (2PG), o qual utiliza algoritmos genéticos como técnica de soluções heurísticas. O Monte Carlo com Dominância, nesse sentido, é como uma variante do tradicional método de Monte Carlo Metropolis. Assim, o objetivo é o de verificar se a predição da estrutura terciária de proteínas é aprimorada levando-se em conta também os aspectos estruturais. O critério energético de Metropolis e os critérios energéticos e estruturais da Dominância foram comparados empregando o cálculo de RMSD entre as estruturas preditas e as nativas. Foi verificado que o método de Monte Carlo com Dominância obteve melhores soluções para duas de três proteínas analisadas, chegando a cerca de 53% de diferença da predição por Metropolis.