A resistência antimicrobiana é um desafio atual à saúde públ ica. Agentes antimicrobianos são indispensáveis no controle de infecções bacterianas, não só em seres humanos, mas também em animais e plantas. A pressão seletiva imposta pela utilização sistemática de um antimicrobiano pode selecionar cepas com algum mecanismo de resistência e estas, disseminarem-se pelo ambiente. Muitas teorias e controvérsias existem a respeito da disseminação da resistência entre animais e humanos, além disso, a prevalência de genes que conferem resistência às cefalosporinas de espectro estendido, carbapenêmicos e col istina, em bactérias zoonóticas comensais é pouco conhecida. Este trabalho avaliou a prevalência dos principais genes de resistência de importância clínica (bla1MP -type, blav1M -type, blaNoM- 1. blaKPc -type, blaGEs -type, blaoXA-48, blarEM, blasHv, blacrx-M e mcr-1) em isolados de E. colí, originados de aves de produção. Foram coletados swab cloacal de frangos, em um abatedouro frigorífico localizado no Rio Grande do Sul. Foram obtidos 343 isolados de E. colí que cresceram em presença de ceftazidima. Entretanto, 57 isolados foram positivos para os genes que conferem resistência às cefalosporinas: 3 blasHv, 18 blacrx-M, 30 blarEM e 6 para blacrx-M e blarEM concomitantemente Destes, 25 isolados foram positivos no teste fenotípico para pesquisa de ESBL. De acordo com o perfil de susceptibilidade aos antibióticos, 56 (98%) isolados foram considerados m ultirresistentes. Quanto à pesquisa do gene mcr-1, 1 O isolados foram positivos (2,9%), sendo todos multirresistentes. Destes, 8 obtiveram valor de CIM para polimixina de 2mgiL, os outros dois isolados obtiveram CIM 0.25mg/L e 1mg/L. A 1 tipagem molecular realizada por PFGE demonstrou que 5 isolados do mesmo lote foram clonalmente re lacionados, enquanto outros 5 não tiveram relação clonal. A tipagem molecular real izada in silico a partir do sequenciamento completo do genoma bacteriano de 4 isolados positivos para o gene mcr-1 revelou a presença de 3 STs: ST38, ST58 e ST2491 . A ST38 é bastante disseminada e associada com infecções em humanos. Diante da emergência da propagação do gene mcr-1 a partir de bactérias comensais de animais, torna-se crucial a implementação de práticas interdisciplinares no controle do uso de antim icrobianos na medicina veterinária, humana e no ambiente, evitando a disseminação da resistência e o esgotamento das opções terapêuticas. Alternativas ao uso indiscriminado dos antibióticos na produção animal j unto a ações que procurem diminuir o potencial reservatório ambiental destes genes, devem ser implementadas. / Antimicrobial resistance is a current public health challenge. Antimicrobial agents are essential in lhe control of bacterial infections, not only in humans, but also in animais and plan ts. The pressure selection imposed by lhe systematic use of an antimicrobial, selects strains that harbor some resistance mechanism. The antibiotic resistance spread among animais and humans is controversial, furthermore, lhe prevalence of genes related to resistance to extended-spectrum cephalosporins, carbapenems and colistin in zoonotic commensal bacteria is no! completely known. This study evaluated lhe prevalence of important clinicai resistance genes (blatMP -type, b/avtM -type, b/aNoM- 1, b/aKPc -type, b/aGEs -type, b/aoXA-48, b/arEM, b/asHv, blacrx-M and mcr-1) in E. co/i isolates originated from poul try production. Cloacal swabs were collected from chickens in a slaughterhouse located in Rio Grande do Sul. A total of 343 E. co/i isolates were grown in the presence of ceftazidime. Genes encoding resistance to carbapenems, were not detected. However, 57 isolates were positive to cephalosporins resistance genes: 3 b/asHv, 18 b/acrx-M, 30 b/arEM and six isolates were co-producers of b/acrx-M and b/arEM. Phenotypic test for confirmation of ESBL, were positive for 25 isolates. According to lhe profile of susceptibility to antibiotics, 56 isolates were considered multiresistant (98%). Regarding the mcr-1 gene investigation, 10 isolates were positive, ali of them multiresistant. The polymixin MIC of 8 isolates was 2 mg/L, lhe other two isolates presented MIC = 0.25mg/L and MIC = 1 mg/L. The molecular typing analysis, performed by PFGE, showed that 5 isolates from lhe same batch were clonally related , while another 5 were not related. Molecular typing performed in silíco from complete sequencing of the bacterial genome of 4 mcr-1 positive isolates revealed the presence of 3 sequences type: ST38, ST58 e ST2491 . With lhe present data in our hands and lhe emergence of mcr-1 gene, detected in commensal bacteria, with animal origins, it is cru cial to implement interdisciplinary practices, to control lhe use of antimicrobials in veterinary medicine, human and the environment, avoiding lhe spread of resistance and depletion of therapeutic options. The indiscriminate use of antibiotics in animal production should be re-consider, as well as actions aiming to reduce lhe potential environmen tal reservoir of resistance genes, in order to prevent global spread.

Submitted by Ramon Santana (ramon.souza@ufpe.br) on 2015-03-10T14:31:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Lilian Rodrigues Alves.pdf: 2093175 bytes, checksum: 54aa27abf1609d8d44cc1ea5e02f0468 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T14:31:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Lilian Rodrigues Alves.pdf: 2093175 bytes, checksum: 54aa27abf1609d8d44cc1ea5e02f0468 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-03-08 / Propesq-UFPE, CNPq e CAPES / Pseudomonas aeruginosa é um patógeno oportunista associado a infecções relacionadas à assistência a saúde (IRAS), cuja principal característica é a capacidade de desenvolver resistência a diversos antimicrobianos através da produção de enzimas metalo-β-lactamases (MβLs) e KPC (Klebsiella pneumoniae-carbapenemase), além da hiperexpressão dos sistemas de efluxo multidroga. O objetivo do estudo foi caracterizar o perfil de fenotípico e genético de resistência, bem como determinar o grau de similaridade genética de isolados clínicos de P. aeruginosa provenientes de um hospital universitário em Recife, Pernambuco, no período de abril a agosto de 2011 e maio a setembro de 2012. O perfil de susceptibilidade dos isolados de P. aeruginosa foi determinado pela técnica de disco-difusão, segundo critérios do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, 2012). A pesquisa dos genes mexA, mexE e mexX foi realizada em isolados multidroga resistentes (MDR) e a pesquisa dos genes blaSPM, blaIMP, blaVIM e blaKPC foi realizada em isolados que apresentaram resistência a cefalosporinas e carbapenêmicos. Os genes descritos foram detectados pela Reação em Cadeia da Polimerase. Todos os isolados foram submetidos à tipagem molecular através da técnica de amplificação de sequências de consenso intergênicas repetitivas de enterobactérias (ERIC-PCR). Cento e vinte isolados de P. aeruginosa apresentaram taxas de resistência variando de 7,5% para polimixina e 52,5% para cefotaxima. Não foram observados genes MβL nos 17 isolados resistentes a ceftazidima e imipenem ou meropenem. O gene blaKPC foi encontrado em 4/33 isolados resistentes aos carbapenêmicos. Os genes mexA e mexE foram detectados em 67/69 isolados MDR e o mexX em 66/69. A ERIC-PCR demonstrou 82 perfis genéticos distintos entre os 120 isolados. Neste estudo, concluiu-se que os sistemas de efluxo e a KPC parecem contribuir para a resistência de isolados de P. aeruginosa. A heterogeneidade genética observada pode estar relacionada com a variabilidade genética desta espécie bacteriana oriunda de mutações não letais e recombinações, como a conjugação e transformação.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6313_1.pdf: 1481990 bytes, checksum: 994600fb8e4272b6f803e8477c45a54d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Pseudomonas aeruginosa é uma bacteria Gram-negativa ubíqua e oportunista. Na rotina hospitalar, os marcadores fenotípicos nem sempre revelam a diversidade das bactérias distribuídas nos diversos setores, assim, aplicamos três métodos moleculares baseados na amplificação por PCR do locus de rDNA e tDNA para caracterizar a diversidade genética de linhagens de P. aeruginosa isoladas em um hospital público em Recife-PE, Brasil. O rDNA-PCR detectou 15% de variabilidade genética, contra 23% do tDNA-PCR e 23% do Duplex-PCR. O setor com maior diversidade genética foi a Unidade de Tratamento Intensivo do hospital, o qual apresentou quatro genótipos bacterianos diferentes. A ocorrência de linhagens de P. aeruginosa pertencentes ao mesmo genótipo e mesmo perfil de resistência a múltiplas drogas (MDR), em diferentes setores do hospital, sugere que há infecção cruzada entre pacientes. Os dados apresentados pelo rDNA-PCR, tDNA-PCR e Duplex-PCR, em associação ao perfil de susceptibilidade antimicrobiana provêem valiosas informações epidemiológicas para o controle de infecções hospitalares causadas por P. aeruginosa

Nas últimas décadas observou-se um número crescente de relatos de infecções invasivas por Trichosporon em ambientes hospitalares, devido ao aumento da população suscetível e a melhoria dos métodos diagnósticos. Leveduras do gênero Trichosporon, depois de Candida, são as mais relacionadas à infecção fúngica invasiva em pacientes hematológicos, sendo Trichosporon asahii responsável por 90% dos casos. A identificação de espécies de Trichosporon é realizada através do sequenciamento da região IGS1 do DNA ribossomal, técnica considerada padrão-ouro. Através do estudo dos polimorfismos da região IGS1 do DNA ribossomal, diversos genótipos de T. asahii têm sido descritos, entretanto sem relação com a distribuição geográfica, perfil de suscetibilidade aos antifúngicos ou patogenicidade. O presente estudo teve como objetivo padronizar um método de análise por sequenciamento multilocus para a espécie T. asahii, definindo novos genes (loci) para melhor descrever a filogenia da espécie. Foram analisadas 21 cepas de T. asahii de diferentes origens (Brasil, Europa, Ásia) e genótipos (1,3,4,5,6,7). As sequências de genes estruturais (housekeeping genes) dos genomas de T. asahii (CBS2479 e CBS8904) disponíveis no GenBank foram alinhadas e analisadas in silico para o delineamento e avaliação dos novos primers. Após as reações de PCR e análise das sequências de DNA, quatro novos loci foram selecionados para a análise filogenética multilocus: phosphate carrier protein, topoisomerase 1 (TOP1), beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. As árvores filogenéticas demonstraram dois clados bem distintos, com altos valores de bootstraps. Além disso, os genótipos 1 e 3 foram alocados em clados diferentes. Nossos resultados sugerem uma reclassificação genética para a espécie T. asahii. Novos estudos, incluindo um maior número de cepas e outros marcadores genéticos, são necessários para melhor abordar a filogenia atual de T. asahii / In the last decades there has been a significant increase of the reported cases of invasive fungal infections by Trichosporon in hospital settings, related to the increase of the susceptible population and to the improvement of diagnostic methods. Trichosporon are the most frequent yeast related to invasive fungal infection in hematological patients after Candida, with Trichosporon asahii accounting for 90% of the cases. The gold standard method for Trichosporon species identification is the sequence analysis of the intergenic spacer region 1 (IGS1) from the ribosomal DNA. Based on the polymorphisms of the IGS region of ribosomal DNA, several T. asahii genotypes have been described, without relation with geographical distribution, antifungal susceptibility profile or pathogenicity. The objective of the study was to evaluate a multilocus sequencing method for the T. asahii species, defining new loci to better describe the phylogeny of the species. Twenty-one strains of T. asahii from different origins (Brazil, Europe, Asia) and genotypes (1,3,4,5,6,7) were analyzed. Housekeeping genes from T. asahii genomes (CBS2479 and CBS8904) available in GenBank were aligned and in silico analyses were carried out to design and evaluate the new primers. After PCR reactions and DNA sequence analysis, four new loci were selected for the multilocus plylogenetic analysis along with the IGS1 region from the rDNA: topoisomerase 1 (TOP1), phosphate carrier protein, beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. Phylogenetic trees revealed two well-distinct clades, with high bootstraps values. Moreover, IGS genotypes 1 and 3 strains were split into the different clades. Our results suggest a different genetic background for the species T. asahii. Further studies including more T. asahii strains and other genetic markers are necessary to better address the current phylogeny of T. asahii

Infecções causadas por Candida tropicalis (C. tropicalis) são associados à elevada morbi-mortalidade, e foram consideradas como importantes causas de infecção de corrente sanguínea no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) de março de 1998 a março de 2001. Adicionalmente, são responsáveis pelo aumento do tempo e dos custos de hospitalização e necessidade de cuidados intensivos. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular e perfil de sensibilidade de 61 isolados de C. tropicalis a partir de candidemias no HCFMUSP e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), através das técnicas de amplificação aleatória do DNA polimórfico (RAPD), eletroforese em campo pulsátil (PFGE), tipagem de sequências de múltiplos locus gênicos (MLST) e antifungigrama por microdiluição pelos métodos propostos, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) e European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A análise filogenética por RAPD evidenciou que os iniciadores P1 e P2 mostraram maior capacidade de discriminação que P3. Na análise por PFGE com enzimas de restrição SfiI, SmaI, BssHII e NaeI, a enzima BssHII mostrou maior poder discriminatório. MLST contribuiu com 36 novas diploid sequence type (DSTs) e 23 novos alelos, de acordo com o banco de dados oficial do MLST (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representando o primeiro estudo que caracterizaram isolados sequenciais na América do Sul. Entre os isolados sequenciais de um mesmo paciente, as microvariações foram mais frequentes no fragmento de gene XYR1 em 8 pacientes e macrovariações ocorreram em quatro pacientes com mais de um isolado, destacando-se três que apresentaram diferença nos seis alelos estudados. A análise comparativa entre os métodos evidenciou diferenças entre os isolados múltiplos dos pacientes 3, 7 e 11, considerados diferentes pelos três métodos. O poder discriminatório foi de 83,47% para RAPD, 82,18% para PFGE e 97,4 % para MLST. Os resultados do antifungigrana mostraram concordância entre os métodos CLSI e EUCAST de 73,8% para o fluconazol, 67,2% para o itraconazol e 80,3% para o voriconazol. Do total de 61 isolados estudados, 3 isolados de diferentes pacientes foram resistentes ao fluconazol, com MIC de 64 g/mL. O fenômeno de trailing foi observado em 50% das amostras testadas frente ao fluconazol, 23% ao voriconazol e 21,3% ao itraconazol. O uso de pH 5,0 para re-análise do CLSI frente ao fluconazol revelou-se como uma ferramenta útil para esclarecer o perfil de sensibilidade de isolados que apresentaram o fenômeno de trailing. Não houve correlação entre perfil genético gerado pelas técnicas de caracterização molecular estudadas e o perfil fenotípico através do teste de sensibilidade aos antifúngicos / Infections caused by Candida tropicalis (C. tropicalis) have been characterized as important causes of candidemia at the Hospital of the Medical school, University of São Paulo (HCFMUSP) from March 1998 to March 2001 and are associated with high morbidity and mortality. Additionally, they have been related to higher hospitalization costs because of longer hospitalization times and intensive care needs. This study aims to analyze the molecular typing and antifungal susceptibility profile of 61 isolates of C. tropicalis from 41 patients with candidemia in HCFMUSP and University of Campinas (UNICAMP), through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) and broth microdilution antifungal susceptibility methodologies proposed by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Phylogenetic analysis showed higher discriminatory power index of P1 and P2 primers than P3 by RAPD analysis. PFGE was performed with restriction enzymes SfiI, SmaI, NaeI and BssHII) and the enzyme BssHII presented the best performance. MLST analyses revealed 36 new diploid sequence type (DSTs) and 23 new alleles according to the C. tropicalis MLST database (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representing the first study to characterize the sequential isolates of C. tropicalis candidemia in South America. Microvariation in a single gene was found in the sequential isolates from 8 patients. The main polymorphisms occurred in the alleles of the XYR1 gene. Macrovariation was detected in isolates from four patients, where 3 patients presented polimorphisms in six gene fragments. The comparative analysis revealed differences among sequential isolates from patients 3, 7 and 11, considered by three different methods. The discriminatory power was 83.47% for RAPD, 82.18% for PFGE and 97.4% for MLST. The agreement between the CLSI and EUCAST methods was 73.8% to fluconazole susceptibility, 67.2% to itraconazole and 80.3% to voriconazole. Of the 61 isolates tested, 3 isolates from different patients were resistant to fluconazole, MIC of 64 mg/mL. The trailing phenomenon was observed in 50% to fluconazole, 23% to voriconazole and 21.3% to itraconazole. Among the isolates studied, the use of pH 5.0 facilitated the determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) for the re-analysis of fluconazole by CLSI, proving to be an important tool for the trailing phenomenon. No correlation was observed between genetic profile generated by the techniques of molecular characterization and phenotypic profile determined by susceptibility tests to antifungal drugs

Infecções causadas por Candida tropicalis (C. tropicalis) são associados à elevada morbi-mortalidade, e foram consideradas como importantes causas de infecção de corrente sanguínea no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) de março de 1998 a março de 2001. Adicionalmente, são responsáveis pelo aumento do tempo e dos custos de hospitalização e necessidade de cuidados intensivos. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular e perfil de sensibilidade de 61 isolados de C. tropicalis a partir de candidemias no HCFMUSP e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), através das técnicas de amplificação aleatória do DNA polimórfico (RAPD), eletroforese em campo pulsátil (PFGE), tipagem de sequências de múltiplos locus gênicos (MLST) e antifungigrama por microdiluição pelos métodos propostos, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) e European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A análise filogenética por RAPD evidenciou que os iniciadores P1 e P2 mostraram maior capacidade de discriminação que P3. Na análise por PFGE com enzimas de restrição SfiI, SmaI, BssHII e NaeI, a enzima BssHII mostrou maior poder discriminatório. MLST contribuiu com 36 novas diploid sequence type (DSTs) e 23 novos alelos, de acordo com o banco de dados oficial do MLST (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representando o primeiro estudo que caracterizaram isolados sequenciais na América do Sul. Entre os isolados sequenciais de um mesmo paciente, as microvariações foram mais frequentes no fragmento de gene XYR1 em 8 pacientes e macrovariações ocorreram em quatro pacientes com mais de um isolado, destacando-se três que apresentaram diferença nos seis alelos estudados. A análise comparativa entre os métodos evidenciou diferenças entre os isolados múltiplos dos pacientes 3, 7 e 11, considerados diferentes pelos três métodos. O poder discriminatório foi de 83,47% para RAPD, 82,18% para PFGE e 97,4 % para MLST. Os resultados do antifungigrana mostraram concordância entre os métodos CLSI e EUCAST de 73,8% para o fluconazol, 67,2% para o itraconazol e 80,3% para o voriconazol. Do total de 61 isolados estudados, 3 isolados de diferentes pacientes foram resistentes ao fluconazol, com MIC de 64 g/mL. O fenômeno de trailing foi observado em 50% das amostras testadas frente ao fluconazol, 23% ao voriconazol e 21,3% ao itraconazol. O uso de pH 5,0 para re-análise do CLSI frente ao fluconazol revelou-se como uma ferramenta útil para esclarecer o perfil de sensibilidade de isolados que apresentaram o fenômeno de trailing. Não houve correlação entre perfil genético gerado pelas técnicas de caracterização molecular estudadas e o perfil fenotípico através do teste de sensibilidade aos antifúngicos / Infections caused by Candida tropicalis (C. tropicalis) have been characterized as important causes of candidemia at the Hospital of the Medical school, University of São Paulo (HCFMUSP) from March 1998 to March 2001 and are associated with high morbidity and mortality. Additionally, they have been related to higher hospitalization costs because of longer hospitalization times and intensive care needs. This study aims to analyze the molecular typing and antifungal susceptibility profile of 61 isolates of C. tropicalis from 41 patients with candidemia in HCFMUSP and University of Campinas (UNICAMP), through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) and broth microdilution antifungal susceptibility methodologies proposed by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Phylogenetic analysis showed higher discriminatory power index of P1 and P2 primers than P3 by RAPD analysis. PFGE was performed with restriction enzymes SfiI, SmaI, NaeI and BssHII) and the enzyme BssHII presented the best performance. MLST analyses revealed 36 new diploid sequence type (DSTs) and 23 new alleles according to the C. tropicalis MLST database (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representing the first study to characterize the sequential isolates of C. tropicalis candidemia in South America. Microvariation in a single gene was found in the sequential isolates from 8 patients. The main polymorphisms occurred in the alleles of the XYR1 gene. Macrovariation was detected in isolates from four patients, where 3 patients presented polimorphisms in six gene fragments. The comparative analysis revealed differences among sequential isolates from patients 3, 7 and 11, considered by three different methods. The discriminatory power was 83.47% for RAPD, 82.18% for PFGE and 97.4% for MLST. The agreement between the CLSI and EUCAST methods was 73.8% to fluconazole susceptibility, 67.2% to itraconazole and 80.3% to voriconazole. Of the 61 isolates tested, 3 isolates from different patients were resistant to fluconazole, MIC of 64 mg/mL. The trailing phenomenon was observed in 50% to fluconazole, 23% to voriconazole and 21.3% to itraconazole. Among the isolates studied, the use of pH 5.0 facilitated the determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) for the re-analysis of fluconazole by CLSI, proving to be an important tool for the trailing phenomenon. No correlation was observed between genetic profile generated by the techniques of molecular characterization and phenotypic profile determined by susceptibility tests to antifungal drugs

O gênero Candida é responsável pela maioria das infecções fúngicas nosocomiais. A identificação do provável foco de origem é de extrema importância para elucidar a epidemiologia desse tipo de infecção e nesse sentido, a utilização de métodos de tipagem, que avaliam características fenotípicas e moleculares dos isolados, é essencial. Assim, o objetivo desse estudo foi tipar isolados de C. albicans, antes e após armazenamento e em diferentes ocasiões de coleta, a fim de verificar a manutenção dos biotipos apresentados, e o poder de discriminação dos métodos utilizados. Foi avaliada a microbiota leveduriforme da saliva de 73 estudantes universitários (tempo 0) sendo que após 180 dias (tempo 180) foi realizada nova coleta de saliva daqueles que apresentaram isolamento de C. albicans na primeira coleta. Os isolados foram analisados por ocasião das duas coletas, quanto à produção de exoenzimas fosfolipase e proteinase, pela morfologia das colônias, pelo perfil de suscetibilidade frente à anfotericina B, fluconazol e itraconazol e pela tipagem molecular por RAPD. As leveduras, após isoladas, foram armazenadas em ágar Sabouraud dextrose (ASD) e água destilada esterilizada. Após 180 dias, foram realizadas, novamente, as provas de tipagem. Todos isolados de C. albicans foram produtores de fosfolipase, nas duas coletas, embora tenha havido oscilação de atividade enzimática entre moderada e alta, no período. O enzimotipo prevalente nos tempos 0 e 180 foi, respectivamente, 22 e 32. Com relação à proteinase, 100% das leveduras apresentaram atividade moderada da enzima no tempo 0. No tempo 180 esse percentual foi de 85%, sendo que os demais não apresentaram atividade dessa enzima. Após armazenamento em ASD e água destilada, foi detectada alteração da atividade de ambas enzimas e conseqüente mudança de enzimotipos, em 40 e 30% dos isolados, respectivamente. Foram identificados 8 morfotipos diferentes de C.albicans no tempo 0 e apenas 50% foi mantido no tempo 180. O morfotipo mais comum foi 000-0. Após armazenamento, a maioria dos isolados apresentou alteração no morfotipo. Todos isolados mostraram-se sensíveis aos antifúngicos analisados nos tempos 0 e 180, denotando apenas um antifungotipo, o 111. Somente um isolado após estocagem em ASD, teve mudança de perfil de sensível para dose dependente ao itraconazol de modo que o antifungotipo foi alterado. A tipagem molecular por RAPD, com os primers OPA-09, OPB-11 e OPE-18, mostrou 19 tipos moleculares distintos entre os isolados obtidos na primeira coleta e permitiu identificar que um isolado de C.albicans obtido no tempo 180, não era relacionado ao obtido, do mesmo indivíduo, no tempo 0. Os demais mostraram perfil de fragmentos de DNA relacionado entre as coletas. Após estocagem, por ambos métodos, todos isolados mostraram correlação genética com o padrão obtido no tempo 0. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo não permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas avaliadas. Por outro lado, além da estabilidade dos biotipos gerados, a tipagem molecular por RAPD mostrou o melhor índice discriminatório, dentre as metodologias utilizadas, ratificando sua capacidade em diferenciar isolados, de uma mesma espécie e, portanto a sua utilidade em inquéritos epidemiológicos. / The Candida genus is responsible for most nosocomial fungal infections. The identification of the probable origin focus is very important to elucidate the epidemiology of this kind of infection and so, the usage of typing methods that evaluate phenotypic and molecular characteristics are essential. Therefore, the objective of this study was to type C. albicans isolates, before and after culture storage and in two different collection occasions to verify the biotype maintenance and the discriminatory power of the utilized methods. The salivary yeast microbiota of 73 university students (time 0) was evaluated and after 180 days (time 180) a new saliva collection of those that had presented C. albicans on the first collection was made. The isolates were analysed, in the two collection occasions on the basis of exoenzymes phospholipase and proteinase production, by colonial morphology, susceptibility profile to amphotericin B, fluconazole and itraconazole and according to molecular typing by RAPD. After isolation, the yeasts were storaged on Sabouraud dextrose agar (SDA) and in sterile distilled water. After 180 days, typing tests were carried out again. All C. albicans isolates were phospholipase productors, in both collections, even though enzyme activity had oscillated between moderate and high at that period. The prevalent enzymotype at time 0 and 180 were, respectively, 22 and 32. In relation to the proteinase, 100% of the yeasts showed moderate enzyme activity at time 0. At time 180, this percentage was 85%, and the others didn`t show enzyme activity. After storage on SDA and in distilled water, it was detected activity alteration of both enzymes and consequent enzymotype change, in 40 and 30% of isolates, respectively. Eight different C. albicans morphotypes were identified at time 0 and just 50% were maintained at time 180. The most common morphotype was 000-0. After storage most isolates presented changes in the morphotype. All isolates showed susceptibility to the analysed antifungals at times 0 and 180, showing just one antifungaltype, the 111. Only one isolate, after storage on SDA had a profile change from susceptible to dose dependent susceptible to itraconazole in a way that the antifungaltype wasn`t changed. The molecular typing by RAPD, with primers OPA-09, OPB-11 and OPE-18, showed 19 distinct molecular types among first collection isolates and allowed to identify that one C. albicans isolate from time 180 wasn`t related with the isolate obtained at time 0, from the same individual. The others showed DNA fragment profiles related between collection occasions. After storage by both methods, every isolate showed genetic relatedness with the profile obtained at time 0. The obtained results showed that the preservation methods used in this study don`t allow stability maintenance of the phenotypical characteristics evaluated. On the other hand, besides biotypes generated stability, the molecular typing by RAPD showed the best discriminatory index, between methodologies used, ratifying its ability in discriminating isolates of the same specie and so, its utility in epidemiological inquiries

O gênero Candida é responsável pela maioria das infecções fúngicas nosocomiais. A identificação do provável foco de origem é de extrema importância para elucidar a epidemiologia desse tipo de infecção e nesse sentido, a utilização de métodos de tipagem, que avaliam características fenotípicas e moleculares dos isolados, é essencial. Assim, o objetivo desse estudo foi tipar isolados de C. albicans, antes e após armazenamento e em diferentes ocasiões de coleta, a fim de verificar a manutenção dos biotipos apresentados, e o poder de discriminação dos métodos utilizados. Foi avaliada a microbiota leveduriforme da saliva de 73 estudantes universitários (tempo 0) sendo que após 180 dias (tempo 180) foi realizada nova coleta de saliva daqueles que apresentaram isolamento de C. albicans na primeira coleta. Os isolados foram analisados por ocasião das duas coletas, quanto à produção de exoenzimas fosfolipase e proteinase, pela morfologia das colônias, pelo perfil de suscetibilidade frente à anfotericina B, fluconazol e itraconazol e pela tipagem molecular por RAPD. As leveduras, após isoladas, foram armazenadas em ágar Sabouraud dextrose (ASD) e água destilada esterilizada. Após 180 dias, foram realizadas, novamente, as provas de tipagem. Todos isolados de C. albicans foram produtores de fosfolipase, nas duas coletas, embora tenha havido oscilação de atividade enzimática entre moderada e alta, no período. O enzimotipo prevalente nos tempos 0 e 180 foi, respectivamente, 22 e 32. Com relação à proteinase, 100% das leveduras apresentaram atividade moderada da enzima no tempo 0. No tempo 180 esse percentual foi de 85%, sendo que os demais não apresentaram atividade dessa enzima. Após armazenamento em ASD e água destilada, foi detectada alteração da atividade de ambas enzimas e conseqüente mudança de enzimotipos, em 40 e 30% dos isolados, respectivamente. Foram identificados 8 morfotipos diferentes de C.albicans no tempo 0 e apenas 50% foi mantido no tempo 180. O morfotipo mais comum foi 000-0. Após armazenamento, a maioria dos isolados apresentou alteração no morfotipo. Todos isolados mostraram-se sensíveis aos antifúngicos analisados nos tempos 0 e 180, denotando apenas um antifungotipo, o 111. Somente um isolado após estocagem em ASD, teve mudança de perfil de sensível para dose dependente ao itraconazol de modo que o antifungotipo foi alterado. A tipagem molecular por RAPD, com os primers OPA-09, OPB-11 e OPE-18, mostrou 19 tipos moleculares distintos entre os isolados obtidos na primeira coleta e permitiu identificar que um isolado de C.albicans obtido no tempo 180, não era relacionado ao obtido, do mesmo indivíduo, no tempo 0. Os demais mostraram perfil de fragmentos de DNA relacionado entre as coletas. Após estocagem, por ambos métodos, todos isolados mostraram correlação genética com o padrão obtido no tempo 0. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo não permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas avaliadas. Por outro lado, além da estabilidade dos biotipos gerados, a tipagem molecular por RAPD mostrou o melhor índice discriminatório, dentre as metodologias utilizadas, ratificando sua capacidade em diferenciar isolados, de uma mesma espécie e, portanto a sua utilidade em inquéritos epidemiológicos. / The Candida genus is responsible for most nosocomial fungal infections. The identification of the probable origin focus is very important to elucidate the epidemiology of this kind of infection and so, the usage of typing methods that evaluate phenotypic and molecular characteristics are essential. Therefore, the objective of this study was to type C. albicans isolates, before and after culture storage and in two different collection occasions to verify the biotype maintenance and the discriminatory power of the utilized methods. The salivary yeast microbiota of 73 university students (time 0) was evaluated and after 180 days (time 180) a new saliva collection of those that had presented C. albicans on the first collection was made. The isolates were analysed, in the two collection occasions on the basis of exoenzymes phospholipase and proteinase production, by colonial morphology, susceptibility profile to amphotericin B, fluconazole and itraconazole and according to molecular typing by RAPD. After isolation, the yeasts were storaged on Sabouraud dextrose agar (SDA) and in sterile distilled water. After 180 days, typing tests were carried out again. All C. albicans isolates were phospholipase productors, in both collections, even though enzyme activity had oscillated between moderate and high at that period. The prevalent enzymotype at time 0 and 180 were, respectively, 22 and 32. In relation to the proteinase, 100% of the yeasts showed moderate enzyme activity at time 0. At time 180, this percentage was 85%, and the others didn`t show enzyme activity. After storage on SDA and in distilled water, it was detected activity alteration of both enzymes and consequent enzymotype change, in 40 and 30% of isolates, respectively. Eight different C. albicans morphotypes were identified at time 0 and just 50% were maintained at time 180. The most common morphotype was 000-0. After storage most isolates presented changes in the morphotype. All isolates showed susceptibility to the analysed antifungals at times 0 and 180, showing just one antifungaltype, the 111. Only one isolate, after storage on SDA had a profile change from susceptible to dose dependent susceptible to itraconazole in a way that the antifungaltype wasn`t changed. The molecular typing by RAPD, with primers OPA-09, OPB-11 and OPE-18, showed 19 distinct molecular types among first collection isolates and allowed to identify that one C. albicans isolate from time 180 wasn`t related with the isolate obtained at time 0, from the same individual. The others showed DNA fragment profiles related between collection occasions. After storage by both methods, every isolate showed genetic relatedness with the profile obtained at time 0. The obtained results showed that the preservation methods used in this study don`t allow stability maintenance of the phenotypical characteristics evaluated. On the other hand, besides biotypes generated stability, the molecular typing by RAPD showed the best discriminatory index, between methodologies used, ratifying its ability in discriminating isolates of the same specie and so, its utility in epidemiological inquiries

O Brasil é o maior exportador de carne de frango e o terceiro maior produtor desta carne. O consumo desta fonte de proteína tem aumentado bastante nos últimos anos, tendo passado de 23,2 Kg/habitante em 1995 para 35,5 Kg/habitante em 2005. O mercado internacional tem se tornado cada vez mais exigente com relação aos padrões microbiológicos destes produtos. Pela importância das aves para a economia brasileira e por Listeria monocytogenes apresentar alta taxa de mortalidade, além de ser facilmente encontrada em carne de aves, decidiu-se verificar a ocorrência deste patógeno em dois matadouros, um com evisceração automática (Planta A) e outro com evisceração manual (Planta M), e traçar as possíveis rotas da disseminação do microrganismo na linha de processamento. Do total de 851 amostras coletadas de produtos, das superfícies de contato e de não contato com o produto, das mãos dos manipuladores e da água utilizada durante o processo de abate, 423 amostras foram da Planta A e 428 da Planta M. O teste VIP® Listeria foi utilizado para a triagem das amostras, sendo que aquelas positivas foram submetidas à caracterização fenotípica (provas bioquímicas e ágar cromogênico). A identificação e a tipagem das cepas foi realizada por técnicas moleculares (BAX® System, multiplex-PCR 16S rRNA, multiplex-PCR, ribotipagem e PFGE). L. monocytogenes foi isolada de 20,1% das amostras da Planta A, sendo 61,6% pertencentes ao sorogrupo 4b, 4d ou 4e; 19,2% ao sorogrupo 1/2a ou 3a; 15,2% ao sorogrupo 1/2c ou 3c; e 4,0% ao sorogrupo 1/2b, 3b ou 7. Na Planta M, 16,4% das amostras foram positivas para L. monocytogenes, havendo predomínio do sorogrupo 1/2a ou 3a (72,9%), seguido do sorogrupo 4b, 4d ou 4e (27,1%). Baseado nos resultados dos testes para caracterização fenotípica e genotípica, verificou-se que L. monocytogenes presente no produto final apresentou características semelhantes àquelas presentes na planta, e não no animal. Apenas uma cepa foi isolada na zona suja da Planta A, piso da seção de depenagem, e todas as demais foram isoladas da zona limpa de ambas as plantas. / Brazil is the first exporter of chicken meat and the third producer of this kind of meat in the world. The consumption of this protein source in Brazil has been increasing, having passed from 23.2 Kg/inhabitant in 1995 to 35.5 Kg/inhabitant in 2005. The international market has become more demanding for safety of these products. Because of the importance of this food commodity to Brazilian economy and because of Listeria monocytogenes importance as a foodborne pathogen this study was conducted. The presence of the pathogen in two facilities, one with automatic evisceration (Plant A) and another with manual evisceration (Plant M), was evaluated to identify possible routes of microorganism dissemination in the processing line. From a total of 851 collected samples of products, food contact and non-food contact surfaces, workers\' hands and water used in the process, 423 samples were from Plant A and 428 from Plant M. VIP® Listeria was used for the samples screening, positive ones were plated and suspected characteristic colonies submitted to biochemical characterization. Selected strains were submitted to identification and typing by molecular techniques (BAX® System, multiplex-PCR 16S rRNA, multiplex-PCR, ribotyping and PFGE). L. monocytogenes was isolated in 20.1% of the samples from Plant A with 61.6% belonging to serogroup 4b, 4d or 4e; 19.2% to serogroup 1/2a or 3a; 15.2% to serogroup 1/2c or 3c; and 4.0% to serogroup 1/2b, 3b or 7. From Plant M 16.4% of the samples were positive for L. monocytogenes, with predominance of serogroup 1/2a or 3a (72.9%) followed by serogroup 4b, 4d or 4e (27.1%). Based on the results of phenotypic and genotypic characterization, it was verified that L. monocytogenes present in the final product had similar characteristics to those isolated in the plant, and not in the animals. Only one strain was isolated in the dirty zone of Plant A, on the floor of defeathering section, and all others were isolated in the clean zone of both plants.

Cryptococcus neoformans e C. gattii são as principais espécies do gênero que causam infecção no homem, C. albidus e C. laurentii são espécies menos envolvidas. O presente trabalho teve por objetivos avaliar a patogenicidade in vivo, os fatores e os genes relacionados à virulência, e verificar o perfil de suscetibilidade ao fluconazol de 10 isolados ambientais de cada uma das espécies: C. neoformans, C. albidus e C. laurentii, antes e após a inoculação em camundongos BALB/c imunocompetentes; pesquisar os sorotipos, mating types e realizar a tipagem molecular. Proteinase, fosfolipase, urease, produção de melanina e crescimento à 37ºC foram pesquisados utilizando metodologias clássicas, e a pesquisa dos genes e determinação dos sorotipos e mating types foram feitas por PCR. A tipagem molecular foi realizada por PCR-fingerprinting, com os iniciadores (GACA)4 e M13. A determinação da CIM do fluconazol foi realizada pelo método da microdiluição em caldo. Todos os isolados de C. neoformans foram sorotipos A e MAT-alfa. A inoculação em animais mostrou que 9 isolados de C. neoformans mataram 100% deles em até 33 dias, e 1 levou os animais à morte num período entre 40 e 82 dias; 9 isolados foram recuperados dos pulmões e cérebro dos animais em 7 e 14 dias, e um deles levou todos os animais à morte em 12 dias, sendo possível recuperá-lo somente no 7º dia. Os animais inoculados com C. albidus e C. laurentii permaneceram vivos até negativação das culturas dos órgãos avaliados. C. albidus foi isolado principalmente do fígado e dos pulmões até 10 dias após a inoculação, C. laurentii dos pulmões e do cérebro até 120 dias. Todos os isolados das 3 espécies produziram cápsula antes e após a inoculação. Todos C. neoformans, 6 C. albidus e 6 C. laurentii cresceram à 37ºC antes e depois da inoculação. Melanina foi produzida por todos os isolados de C. neoformans e nenhum C. albidus nas duas ocasiões; e por 6 e 9 isolados de C. laurentii, antes e depois da inoculação, respectivamente. Seis isolados de C. neoformans e 1 de C. laurentii produziram proteinase nas duas ocasiões. Sete isolados de C. albidus produziram proteinase antes e todos depois da inoculação. Fosfolipase foi produzida por todos C. neoformans e C. albidus, e por 6 C. laurentii nas duas ocasiões. A avaliação da atividade da urease realizada em meio líquido foi positiva em 24 a 48 horas pelos isolados de C. neoformans e C. laurentii, e em 24 a 96 horas por C. albidus. A CIM de fluconazol variou de 2 a 8 ug/mL para C. neoformans, de 8 a >= 64 ug/mL para C. albidus, e de 1 a 64 ug/mL para C. laurentii, nas duas ocasiões. Todos os isolados de C. neoformans apresentaram os genes lacase (Lac1), fosfolipase (PLB1), proteinase (cnap1), calcineurina (CNA1), urease (URE1), e ERG11, com os oligonucleotídeos utilizados. A PCR com ERG11 mostrou uma banda no gel de agarose para todos C. albidus, porém nenhum dos outros genes pesquisados foram amplificados em C. albidus e C. laurentii. A tipagem molecular por PCR-fingerprinting dos isolados de C. neoformans revelou 2 tipos moleculares: VNI (7 isolados) e VNII (3 isolados). A maioria dos isolados de C. albidus apresentou homogeneidade nos padrões de bandas gerados, e C. laurentii foi a espécie que demonstrou maior diversidade genética por esta metodologia. Concluímos que a passagem dos isolados pelos animais não alterou os fenótipos estudados e nenhuma alteração foi detectada pela análise molecular. No entanto, verificamos a grande heterogeneidade molecular dos isolados de C. laurentii estudados. / Species of Cryptococcus neoformans and C. gattii are the main ones in the genus causing infection in man while C. albidus and C. laurentii are less involved. This study evaluated the in vivo pathogenicity, factors and genes related to virulence and the susceptibility to fluconazole before and after inoculation in immunocompetent BALB/c mice of ten environmental isolates of C. neoformans, C. albidus and C. laurentii. Serotypes, mating types and molecular typing were also determined to complete the evaluation. Enzymes like proteinases, phospholipase, urease, production of melanin and growth at 37oC were investigated by classical methods, but gene characterization and determination of serotypes and mating types were investigated by PCR. Molecular typing was done by PCR-fingerprinting with primers (GACA)4 and M13. The microdilution method was used to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) of flucozanole. All C. neoformans isolates were serotype A and MAT-alfa and 9 of them when inoculated in animals killed 100% in up to 33 days. One isolate inoculated killed the animals in 40 to 82 days. Nine isolates were recovered from the animal lungs and brain in 7 and 14 days and the one which killed all animals in 12 days was only recovered on the 7th day. Animals inoculated with C. albidus and C. laurentii were alive until the tissue cultures of evaluated organs were negative. C. albidus was isolated mainly from the liver and lungs in up to 10 days after inoculation and strains of C. laurentii from the lungs and brain in up to 120 days. All isolates in the 3 species were capsule producers before and after inoculation. All strains of C. neoformans, 6 C. albidus and 6 C. laurentii grew at 37oC both before and after inoculation. All C. neoformans produced melanin and 6 C. laurentii produced it before inoculation and nine after. None was produced by C. albidus. Six isolates of C. neoformans and one of C. laurentii produced proteinases in both situations, before and after inoculation. Seven C. albidus isolates produced the protein hydrolyzing enzyme before inoculation and all after. Phospholipase enzyme was produced by all C. neoformans, and C. albidus and by 6 C. laurentii in both conditions, before and after inoculation. Urease activity was detected between 24 and 48 hours after incubation in a liquid medium for C. neoformans and C. laurentii cultures and after 24 to 96 hours for C. albidus. Fluconazole MICs ranged from 2 to 8 ug/ mL for C. neoformans isolates, from 8 to >= 64 ug/mL for C. albidus and from 1 to 64 ug/mL for C. laurentii in both conditions. Genes laccase (Lac1), phopholipase (PLB1) proteinase (cnap1), calcineurine (CNA1), urease (URE1) and ERG11, detected with the primers used were present in all C. neoformans. With exception of ERG11, which showed a band in agarose electrophoresis by all C. albidus, the other genes were not amplified in C. albidus and C. laurentii. Molecular typing by PCR-fingerprinting showed two molecular types in C. neoformans: VNI in 7 isolates and VNII in 3 isolates. Most C. albidus showed homogenous patterns in the bands generated and C. laurentii was the species with the higher genetic diversity by this methodology. It is concluded that isolate inoculations in animals does not alter phenotypes and no alteration is detected by molecular analysis. However, the high molecular heterogeneity of C. laurentii was detected.