Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000063.pdf: 1337362 bytes, checksum: fdc0d841069eb0184e4ae777bec25b84 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença infecciosa transmitida através da picada de pulgas infectadas. O homem se contamina acidentalmente ao entrar em contato com roedores ou outros animais infectados (raposas, cães e gatos) e suas pulgas. A Y. pestis é uma espécie muito homogênea, fenotipicamente, apresentando um sorotipo, um fagotipo e três biotipos. Diferentes métodos moleculares foram utilizados em estudos epidemiológicos para discriminar cepas bacterianas. No entanto, para Y. pestis isoladas em focos do Nordeste do Brasil, a maioria dos marcadores estudados não conseguiram discriminar as cepas originadas de diferentes hospedeiros, períodos e locais de isolamento. A eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é caracterizada pela separação de fragmentos de DNA obtidos por digestão dos cromossomos com endonucleases de restrição. Essa técnica é considerada o padrão ouro dos métodos de tipagem molecular, sendo altamente discriminatória e válida para muitos patógenos bacterianos, inclusive Y. pestis de outros focos do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis através do PFGE. Das 43 cepas de Y. pestis, 36 foram usadas para padronização da técnica e 22 cepas, obtidas antes e durante um surto de peste ocorrido no Estado da Paraíba, para avaliação do PFGE. De acordo com padrões encontrados com a endonuclease de restrição AscI, 19 perfis foram gerados. Esses genótipos foram enquadrados em oito grupos (A-H) geneticamente relacionados. A técnica do PFGE mostrou se capaz de diferenciar as cepas de Y. pestis obtidas em diferentes municípios, antes e durante o surto de peste. De acordo com a variabilidade dos padrões de restrição e o alto poder discriminatório, a técnica PFGE pode ser utilizada para diferenciação e análise de novos isolados. A padronização do protocolo do PFGE para genotipagem das cepas brasileiras de Y. pestis pode ser útil na compreensão e controle da expansão da peste

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 maria_carvalho_ipec_mest_2012.pdf: 3003635 bytes, checksum: 510838807146764c9ee0f462f0cf0ea7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dentre as espécies de Candida não-albicans, Candida parapsilosis vem emergindo como importante patógeno de infecções fúngicas invasivas com disseminação hematogênica nas últimas décadas em diferentes continentes, principalmente, na Europa e na América Latina. C. parapsilosis foi considerada por muito tempo um complexo de três grupos distintos nomeados I, II e III. Tavanti et al (2005), baseado na tipagem da sequência multilocus (MLST), propôs o reconhecimento dos grupos II e III, como duas novas espécies: C. orthopsilosis e C. metapsilosis, respectivamente, mantendo o grupo I como C. parapsilosis stricto sensu. Até agora só tem sido possível distinguir essas três espécies por análise molecular. Métodos comerciais para testes de susceptibilidade aos antifúngicos vêm sendo utilizados para avaliar o comportamento de Candida spp. frente às drogas de uso clínico, incluindo o Etest® e o sistema Vitek® 2. Neste trabalho, estes dois métodos foram comparados ao método de referência de microdiluição em caldo pelo CLSI (M27-A3) para determinar a susceptibilidade in vitro de isolados clínicos do complexo psilosis aos fármacos antifúngicos anfotericina B, fluconazol, voriconazol e itraconazol. Um total de 53 isolados do complexo psilosis oriundos de hemoculturas obtidas de pacientes hospitalizados no município do Rio de Janeiro, entre 1998 e 2006, associados a episódios de fungemia, foram analisados Cinquenta e um isolados foram discriminados pela PCR, utilizando primers espécie-específicos, e dois isolados, pelo sequenciamento, sendo caracterizados como C. parapsilosis stricto sensu (75,4%), C. orthopsilosis (20,8%) e C. metapsilosis (3,8%). Os testes de susceptibilidade aos antifúngicos indicaram que a maioria dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu foi sensível a todos os fármacos testados. Entretanto, um único isolado de C. parapsilosis stricto sensu apresentou uma CIM = 2 [g/mL para a anfotericina B. Três isolados de C. orthopsilosis apresentaram CIM entre 2 e 8 [g/mL para o fluconazol pelo Etest® e Vitek® 2 e CIM entre 0,19 e 0,25 [g/mL para o itraconazol pelo Etest®. Os isolados de C. metapsilosis foram sensíveis a todos os fármacos testados. A concordância essencial entre Etest® ou Vitek® 2 com CLSI foi excelente (100%), exceto para o itraconazol (90,9%). Por outro lado, a concordância categórica foi 72,7% para o itraconazol pelo Etest® e 100% para os outros fármacos por ambos os métodos. Para anfotericina B, a concordância categórica foi de 100% para o Etest® e de 97,5% pelo Vitek® 2 em relação ao CLSI. Este estudo reforça a importância dos métodos Etest® e Vitek® 2 que podem ser empregados nos laboratórios rotineiros de microbiologia clínica para monitorar e detectar diferenças no perfil de susceptibilidade aos antifúngicos dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu, C. orthopsilosis e C. metapsilosis / Among non-albicans Candida species, Candida parapsilosis has emerged as an important agent of invasive fungal infections, and several cases associated with fungemia have been reported worldwide in last decade, mostly in Europe and Latin America. For many years, C. parapsilosis has been characterized as a complex composed of three genetically distinct groups (groups I, II, and III). Tavanti et al. (2005) based on multilocus sequence typing (MLST) technique, proposed the recognition of groups II and III as two different species: C. orthopsilosis and C. metapsilosis, respectively, maintaining the group I as C. parapsilosis sensu stricto. Up to now only has been possible to distinguish these three species just by molecular analysis. Commercial antifungal susceptibility methods including Etest® and Vitek® 2 system have been used to test the antifungal susceptibility of Candida spp. In this study, these methods were compared to the CLSI broth microdilution (BMD) reference method to determine in vitro susceptibility of clinical C. parapsilosis complex isolates to amphotericin B, fluconazole, voriconazole, and itraconazole. A total of 53 C. parapsilosis complex isolates from blood cultures obtained of patients who were hospitalized in the city of Rio de Janeiro between 1998 and 2006 associated with episodes of fungemia were analysed. Fifty-one isolates were discriminated by PCR using species-specific primers and two isolates by sequencing, being characterized as C. parapsilosis sensu stricto (75.4%), C. orthopsilosis (20.8%), and C. metapsilosis (3.8%). Antifungal susceptibility tests indicated that most of C. parapsilosis sensu stricto isolates were susceptible to all tested drugs. However, a single C. parapsilosis sensu stricto isolate presented MIC = 2 [g/ml for amphotericin B. Three C. orthopsilosis isolates showed MIC between 2-8 [g/ml for fluconazole by Vitek® 2 and MIC between 0.19-0.25 [g/ml for itraconazole by Etest®. C. metapsilosis isolates were susceptible to all tested drugs. The essential agreement between the Etest® or Vitek® 2 with the CLSI BMD for all drugs was excellent (100%), except for itraconazole (90.9%). The categorical agreement was 72.7% for itraconazole by Etest®, 97.5% for amphotericin B by Vitek® 2, and 100% for the other drugs by both methods compared with CLSI BMD. This study reinforces the importance of Etest® and Vitek® 2 methods in routine clinical microbiologycal laboratories to survey and detect differences in the profile of the antifungal susceptibility of C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis, and C. metapsilosis isolates.

Submitted by Gilvan Almeida (gilvan.almeida@icict.fiocruz.br) on 2016-09-20T14:28:59Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), as Doenças Tropicais Negligenciadas (DTNs), como a doença de Chagas, tripanossomíase africana, entre outras, afetam cerca de 1 bilhão de pessoas no mundo. Apesar do impacto causado por estas doenças, as mesmas continuam sendo pouco estudadas. O reino Protista, ao qual os agentes etiológicos dessas doenças pertencem, incluem espécies de importância veterinária que causam muitas perdas para a indústria pecuária. Com os avanços da genética molecular, técnicas como a genotipagem estão sendo usado cada vez mais utilizadas para o estudo de protozoários parasitos. Genes ortólogos conservados em protozoários podem ser utilizados como loci para genotipagem desses protozoários, de modo a obter uma melhor caracterização interespecífica. Neste estudo, foram utilizadas técnicas de PCR singleplex e multiplex para a genotipagem de 16 espécies de protozoários de três diferentes gêneros: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (classe Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (filo Apicomplexa). Como metodologia de biologia molecular foram utilizados PCR e sequenciamento, bem como em bioinformática, onde foi utilizado filogenia molecular. Para esta finalidade, foram desenhados 39 pares de iniciadores degenerados e usados com o DNA genômico de espécies de protozoários de dois grupos: filo Apicomplexa e classe Kinetoplastea, em seguida, as reações de PCR foram realizadas a fim de padronizar as reações para um PCR multiplex. Além disso, os seguintes parasitos de importância para a saúde pública: T. cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. Vivax, foram utilizados neste trabalho A partir dos 39 pares de iniciadores, 9 pares foram selecionados compreendendo 7 loci para o presente estudo: metionil-tRNA sintetase, leucil-tRNA sintetase, seril-tRNA sintetase, subunidade U5 snRNP do spliceossomo, mismatch repair ATPase, triosefosfato isomerase e GTP-binding protein. Os testes a partir de diluições seriadas dos DNAs de Trypanosoma spp., Leishmania spp. e Plasmodium spp., onde mostraram uma sensibilidade de até 1 pg/\03BCL de DNA (para o locus Leucyl-tRNA synthetase em Trypanosoma e Leishmania). A reação inicial de PCR singleplex padronizada foi eficiente para todos os loci, o que proporcionou o desenho da reação de PCR multiplex, onde o melhor resultado foi a reação número 5, a qual foi utilizada um conjunto de iniciadores dos genes GTP-binding protein, U5 snRNP spliceosome subunit e Leucyl-tRNA synthetase, que quando integrados permitiram a genotipagem multilocus de tripanossomatídeos dos gêneros Leishmania spp. e Trypanosoma spp. A metodologia aplicada para a genotipagem destas espécies de parasitas foi bem-sucedida, e pode-se destacar após a observação de conjunto de resultados que o melhor locus em termos de especificidade, sensibilidade e fidelidade aos dados encontrados na literatura, foi Leucyl-tRNA synthetase, que apresentou resultados satisfatórios em todas as análises / According to the World Health Organization (WHO), Neglected Tropical Diseases (NTDs), examples being Chagas disease, African trypanosomiasis, among others, affect about 1 billion people in the world. However, they are little studied, despite its great impact on health. Also, they include species of veterinary importance that cause great harm to the livestock industry. The kingdom Protista, containing etiological agents of NTDs, they include species of veterinary importance and that cause great harm to the livestock industry. With advances in molecular genetics, techniques such as genotyping are being used increasingly used for the study of parasitic protozoans. Orthologous genes conserved in protozoa can be used as loci for genotyping, in order to obtain a better interspecific characterization. In this study, we used singleplex and multiplex PCR techniques for genotyping of 16 species of three different genus of protozoans: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (class Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (phylum Apicomplexa). As molecular biology methods were used PCR and sequencing of PCR fragments, as well as bioinformatics, using molecular phylogeny. For this purpose, were designed 39 degenerated primers for species of 2 groups: phylum Apicomplexa and class Kinetoplastea, then, the PCR reactions were performed with the aim of standardizing multiplex PCR reactions. Moreover, parasites of importance to public health such as Trypanosoma cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum and P. vivax were used in this study Based on the 39 pairs of primers, 9 pairs were selected comprising 7 loci for this study: methionyl-tRNA synthetase, leucyl-tRNA synthetase, seryl-tRNA synthetase, subunit U5 snRNP the spliceosome, mismatch repair ATPase, triosephosphate isomerase, and GTP- binding protein. The tests from serial dilutions of DNA from Trypanosoma spp., Leishmania spp. and Plasmodium spp., which showed a sensitivity of up to 1 pg/\03BCL DNA (for Leucyl-tRNA synthetase locus on Trypanosoma and Leishmania). The initial standardized singleplex PCR reaction was efficient for all loci, which resulted in the design of multiplex PCR reaction, where the best result was the number 5 reaction which was used a set of primers of the GTP-binding protein genes, U5 snRNP spliceosome subunit and Leucyl-tRNA synthetase, which when integrated allowed genotyping trypanosomatides multilocus of the genus Leishmania spp. and Trypanosoma spp. The methodology used for genotyping of these parasite species was successful, and can highlight after observation of the result set that the best locus in terms of specificity, sensitivity and fidelity to data found in literature, was LeucyltRNA synthetase, which showed satisfactory results in all analyzes

O Brasil é o segundo maior produtor de inoculantes do mundo e possui uma das legislações mais rigorosas para qualidade de inoculantes, entretanto com o grande desenvolvimento de novas estirpes e produtos, novas metodologias de análise dos produtos devem ser pesquisadas visando melhor qualidade e praticidade. A utilização de métodos de análise de perfis genômicos, direto do produto inoculante, para a caracterização dos microrganismos recomendados para inoculação no País foi o objetivo do presente estudo. Foram utilizadas as quatro estirpes recomendadas para soja, duas recomendadas pra milho/trigo e vinte produtos inoculantes com misturas dos referidos microrganismos, em diversas formulações. As estirpes isoladas, suas misturas e os inoculantes foram caracterizados quanto ao melhor tipo de extração de DNA, coloração do gel de agarose e através de técnicas moleculares, com análise da distribuição dos elementos repetitivos BOX e ERIC, de oligonucleotídeos iniciadores específicos para bradirrizóbios e eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE). Os resultados obtidos mostram que a extração realizada com kit apresenta maior concentração de DNA extraído e melhor qualidade, quando comparada às demais. A coloração dos géis de agarose foi padronizada para utilização do corante Blue green. As análises com a técnica de DGGE permitiu a identificação das estirpes recomendadas para soja dentro do produto inoculante. / Brazil is the second largest producer of inoculants in the world and has one of the more stringent law´s quality, however with the development of new strains and products, new methodologies for analyzing the products should be investigated in order to better quality and practicality. The use of methods of analysis of genomic profiles, direct from the product, for the characterization of microorganisms recommended for inoculation in the country was the aim of this study. Four strains recommended for soybean, two recommended to corn / wheat and twenty inoculant products with mixtures of such microorganisms, in various formulations, were used for the tests. The methodology of analysis of the isolated strains, inoculants and their mixtures were characterized as the best type of DNA extraction, staining of the agarose gel and using molecular techniques to analyze the distribution of consensus elements BOX and ERIC primer specific for bradhyirizobia and electrophoresis in denaturing gradient gel (DGGE). The results show that the extraction performed with kit has a higher concentration of DNA extracted and better quality when compared to the other. The staining of agarose gels has been standardized for use of the Blue green dye. The DGGE technique allowed the identification of the strains recommended for soybean inoculant into the product.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-05-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:45:46Z : No. of bitstreams: 1 000846304.pdf: 3321509 bytes, checksum: c673b1568c327961a322434f621d5c56 (MD5) / Acinetobacter baumannii é frequentemente encontrado em infecções hospitalares, ocasionando pneumonia associada à ventilação, bacteremia, infecções de trato urinário e meningite secundária. Nos últimos anos, o uso extensivo de antimicrobianos em hospitais contribuiu para o aumento e emergência de cepas resistentes, incluindo os carbapenêmicos, os principais recomendados no tratamento. Assim, os aminoglicosídeos ganham importância como opção terapêutica. A resistência a estes antimicrobianos é decorrente, principalmente, da produção de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs) e de enzimas 16S rRNA Metilases. No Brasil, informações sobre o perfil de suscetibilidade e genes que codificam estas enzimas são escassas. Assim, é fundamental a identificação de mecanismos de resistência e reservatórios potenciais, bem como realizar comparação de isolados para controlar a disseminação de A. baumannii no ambiente hospitalar. O presente estudo teve como objetivos avaliar e comparar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, genes de enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (AMEs), genes de enzimas 16S rRNA Metilases e similaridade genética entre isolados de A. baumannii com importância clínica no Hospital de Base (HB) de São José do Rio Preto, SP. Além disso, estes resultados foram comparados com um estudo anterior realizado no mesmo hospital. Foram avaliados 32 isolados coletados no período entre dezembro de 2013 a maio de 2014. A identificação da espécie foi realizada por metodologias automatizadas e confirmada por Duplex-PCR. Os testes de suscetibilidade aos antimicrobianos foram resultantes de teste automatizado de microdiluição e disco-difusão, para aminoglicosídeos Amicacina (AK), Gentamicina (CN), Tobramicina (TOB) e Canamicina (CAN), de acordo com o CLSI, 2014 e FDA, 2013. Primers específicos e PCRmultiplex foram usados para a detecção dos genes... / Acinetobacter baumannii is found in nosocomial infections, causing ventilator-associated pneumonia, bacteremia, urinary tract infections and secondary meningitis. In recent years, the extensive use of antibiotics in hospitals has contributed to the rise and emergence of A. baumannii strains resistant to a wide range of antimicrobials, including carbapenems, main antibiotics recommended on treatment. In this context, aminoglycosides gain importance as therapeutic options. Resistance to aminoglycosides is mainly due to the Aminoglycoside Modifying Enzymes (AMEs) and 16S rRNA Methylases production. In Brazil, high infection rates to carbapenem-resistant A. baumannii are observated, however information about aminoglycoside susceptibility profile and occurance of this genes are scarce. Thus, it is essential to identify resistance mechanisms and potential reservoirs, as well as perform comparison of isolates to control the spread of A. baumannii in the hospital environment. This study aimed to evaluate and compare the antimicrobial susceptibility profile, genes of aminoglycoside modifying enzymes and 16S rRNA Methylases and genetic similarity among A. baumannii isolates with clinical importance at Hospital de Base (HB) in São José do Rio Preto, SP. Additionally, the results were compared to another previous study achieved in the same hospital. 32 isolates collected between December 2013 and May 2014 were evaluated. Specie identification was performed using automated methodology and confirmed by Duplex- PCR. The susceptibility tests were the result of automated and disc-diffusion tests - for aminoglycosides Amikacin (AK), Gentamicin (CN), Tobramycin (TOB) and Kanamycin (K) - according to CLSI, 2014 and FDA, 2013. Specific primers and Multiplex-PCR were used in AMEs' and 16S rRNA Methylases' genes detection and primers REP1-REP2 were used in molecular typing by REP-PCR. All the isolates of this study...

Submitted by ELIANE PATRICIA LINO PEREIRA FRANCHI null (fliane24@yahoo.com.br) on 2016-03-16T12:22:17Z No. of bitstreams: 1 TeseEliane2016_final.pdf: 1593298 bytes, checksum: 660e47b876115bc8cd5e60c3800f6ecd (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-18T13:01:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 franchi_eplp_dr_bot.pdf: 1593298 bytes, checksum: 660e47b876115bc8cd5e60c3800f6ecd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-18T13:01:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 franchi_eplp_dr_bot.pdf: 1593298 bytes, checksum: 660e47b876115bc8cd5e60c3800f6ecd (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Diante da importância de S. aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus - MRSA) em feridas, este estudo objetivou estudar a prevalência, fatores de risco e epidemiologia molecular de S. aureus coletados de feridas e narinas de pacientes atendidos nas 17 Unidades Básicas de Saúde do município de Botucatu-SP, Brasil. Após a identificação dos isolados de S. aureus, foram realizados: teste de susceptibilidade à 13 drogas antimicrobianas, identificação do gene de resistência (mecA) e dos genes codificadores da Leucocidina PantonValentine- PVL (pvl), enterotoxinas A-E (sea, seb, sec, sed, e see), hemolisinas α, β e δ (hla, hlb e hld), esfoliatinas A, B e D (eta, etb e etd), biofilme (icaAD) e Toxina-1 da Sindrome do choque tóxico – TSST-1 (tst); tipagem molecular por Pulsed-Field Gel Eletroforese (PFGE), Multilocus sequence typing (MLST) e spa typing. Foram incluídos 171 pacientes, dos quais foram isolados 119 S. aureus. Amostras nasais foram coletadas apenas em 74 pacientes do total estudado. A prevalência de S. aureus e MRSA foi de 51,5% e 8,7%, respectivamente. No geral foram isolados 101 MSSA de 73 pacientes, destes 98 foram isolados de feridas e 21 de narinas; e 18 MRSA de 15 pacientes, sendo 4 isolados de narinas e 14 de feridas, com 6 MRSA com SCCmec tipo II e 12 com SCCmec tipo IV. Os isolados mostraram alto nível de resistencia a penicilina (85%), seguido pela eritromicina (27%), gentamicina (12%), clindamicina (11%), e levofloxacina (6%). Não houve resistência ao sulfametoxazol/trimetoprim, ácido fusídico, tigeciclina, quinupristina/dalfopristina e linezolida. A pesquisa por genes de virulência nos 119 isolados de S. aureus sensíveis e resistentes demonstrou que 42% possuem genes para enterotoxina A, 11% para enterotoxina B, 26% para enterotoxina C e 0,8% para enterotoxina D, 100% para o gene icaA, 95,8% para o gene icaD, 97,5% para o gene da hemolisina alfa, 65% para hemolisina beta, 95% para hemolisina delta, 4,2% para TSST-1 e 2,5% para o gene da PVL. Houve associação entre a presença de S. aureus nas narinas a nas feridas (p<0,01), o mesmo ocorreu para MRSA (p<0,01). A análise multivariada para S. aureus, demonstrou associação negativa com idade (OR: 0,94, IC95%: 0,90-0,98, p<0,01), uso de amoxicilina (OR: 0,16, IC95%: 0,04-0,60, p<0,01) e de ciprofloxacina (OR: 0,28, IC95%: 0,08-0,98, p=0,04). Por outro lado, observou-se associação positiva com uso de benzilpenicilina (OR:3,81, IC95%:1,23-11,82, p=0,02). Houve a formação de oito clusters, com predominância de MSSA que apresentaram as STs: 5, 30, 188, 1635 e spa t002. Os 18 MRSA foram caracterizados pelos STs: 5, 8 e 1176 e pelos spas t002, t008 e t062. Foram isoladas linhagens semelhantes aos clones internacionais USA300, USA500 e USA800. Nossos resultados demonstram a presença de clones importantes de MRSA resistentes e virulentos em pacientes atendidos nas diferentes UBSs estudadas. / Given the importance of methicillin resistant S. aureus (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus - MRSA) and wounds, this study aimed to study the prevalence, risk factors and molecular epidemiology related to the presence of S. aureus sensitive and resistant to methicillin in wounds of patients who attended BHUs in a city in Sao Paulo state, Brazil. After the identification of S. aureus isolates was performed: susceptibility testing to 13 antimicrobial drugs, identification of the resistance gene (mecA) and the genes encoding Panton-Valentine Leukocidin - PVL (pvl), enterotoxins AE (sea , seb, sec, sed and see) hemolysins α, β and δ (hla, hlb and hld), esfoliatinas A, B and D (eta, etb and etd), biofilm (icaAD) and Toxin-1 syndrome of toxic shock - TSST-1 (tst); Molecular typing by Pulsed-Field gel electrophoresis (PFGE), multilocus sequence typing (MLST) and spa typing. 171 patients were included and 119 S. aureus isolates. Nasal samples were collected only in 74 patients of the total sample. The prevalence of S. aureus and MRSA was 51.5% and 8.7%, respectively. Overall 101 MSSA were isolated from 73 patients, 98 of these were isolated from wounds and 21 nostrils; MRSA and 18 of 15 patients, 4 isolates from nostrils and 14 wounds, with six MRSA with SCCmec type II and 12 SCCmec type IV. The strains showed high-level resistance to penicillin (85%) followed by erythromycin (27%), gentamicin (12%), clindamycin (11%) and levofloxacin (6%). There was no resistance to sulfamethoxazole / trimethoprim, fusidic acid, tigecycline, quinupristin / dalfopristin and linezolid. The search for virulence genes in the 119 isolates of S. aureus sensitive and resistant, 42% demonstrated presence of genes sea, 11% to seb, 26% to sec , 0.8% to sed, 100% to icaA, 95.8% icaD, 97.5% to hla, 65% to hlb, 95% to hld, 4.2% to tst and 2.5% to pvl. There was an association between the presence of S. aureus in the nostrils to the wounds (p<0.01), the same was true for MRSA (p<0.01). Multivariate analysis for S. aureus, showed a negative association with age (OR: 0.94, 95% CI: 0.90-0.98, p<0.01), use of amoxicillin (OR: 0.16, 95% CI: 0.04-0.60, p<0.01) and ciprofloxacin (OR: 0.28, 95% CI: 0.08-0.98, p=0.04). On the other hand, there was a positive association with use of penicillin G (OR: 3.81, 95% CI: 1.23-11.82, p=0.02). There was the formation of eight clusters, with a predominance of MSSA presenting the STs: 5, 30, 188, 1635 and spa t002. The 18 MRSA were characterized by STs 5, 8 and spas 1176 and the t002, t008 and t062. Strains were isolated similar to international clones USA300, USA500 and USA800. Our results demonstrate the presence of important clones resistant and virulent MRSA patients studied in different UBS. / FAPESP: 2011/10146-7 / FAPESP: 2012/00257-9 / FAPESP: 2013/10975-9

Within the ABO system there are several blood subgroups: subgroup A, subgroup B and subgroup H, and the most frequently encountered in practice are the subgroups A1, A2, A1B and A2B. The cells of, approximately, 80% of adults in group A are A1. The remaining 20% are A2 or weaker subgroups. However, in newborns is very little literature about the frequency of the subgroups of A. At birth most of the blood group A infants seems to present itself as belonging to subgroup A2, since all the ABO antigens are not fully developed in this period. Since iron deficiency, widespread in this age group, often discussed by the scientific community is related to the disproportion between the expansion of erythroid mass and iron obtained from the diet. Around four months of age, iron stores are reduced by half, and the exogenous iron is required to maintain hemoglobin concentration during this phase of rapid growth, between four and 12 months. Our objectives were to determine the frequency of newborns belonging to subgroups A1 and A2, to identify the frequency of antigen expression A1, between six and 12 months of age, infants initially typed as belonging to subgroup A2 and check the hemoglobin levels for the detection of anemia in these children. The results showed that the frequency of newborn belonging to the A1 blood subgroup was 67% (319) and the A2 subgroup was 33% (152), from a total of 471 newborns belonging to blood group A. We found a great predominance of the A1 subgroup, contradicting the literature that reports the prevalence of subgroup A2 in newborn infants. Regarding the identification of the frequency of A1antigen expression, between six and 12 months of age (n = 40), the percentage of children who express the A1 antigen, after being with six months to one year of age was 67.5% (27), the rest remained as A2 (13). The verification of hemoglobin levels in these children (n = 71), by the method of cianometa-hemoglobin, resulting in 34% of anemic children, pointing to the presence of anemia in this age group. The rates found ranged from 6.56 g/dl to 10.8 g/dl. Thus, in relation to A1 antigen expression between six and 12 months of age further studies are needed, and for the prevalence of anemia is necessary to emphasize in public health programs, intervention measures and more effective control of this nutritional disorder. / Dentro do sistema ABO existem diversos subgrupos sanguíneos: subgrupos A, subgrupos B e subgrupo H, sendo que os mais frequentemente encontrados na prática são os subgrupos A1, A2, A1B e A2B. As células de, aproximadamente, 80% da população adulta do grupo A são A1. Os 20% restantes são A2 ou subgrupos mais fracos. Porém, em recém-nascidos é muito escassa a literatura a respeito de dados quanto à frequência dos subgrupos de A . A maioria dos lactentes do grupo sanguíneo A parece apresentar-se como pertencente ao subgrupo A2, no nascimento, já que todos os antígenos ABO não estão completamente desenvolvidos neste período. Já a carência de ferro, generalizada nesse grupo etário, muitas vezes discutida pela comunidade científica, é relacionada à desproporção entre a expansão da massa eritróide e o ferro obtido da dieta. Por volta dos quatro meses de idade, os estoques de ferro estão reduzidos pela metade, e o ferro exógeno é necessário para manter a concentração de hemoglobina durante esta fase de rápido crescimento, entre quatro e 12 meses. Os objetivos deste trabalho foram determinar a frequência de recém-nascidos pertencentes aos subgrupos A1 e A2; identificar a frequência da expressão do antígeno A1, no período entre seis e 12 meses de idade, em lactentes inicialmente tipados como pertencentes ao subgrupo A2 e verificar os níveis de hemoglobina para a detecção de anemia nestas crianças. Os resultados mostraram que a frequência de recém-nascidos pertencentes ao subgrupo sanguíneo A1 foi de 67% (319) e para o subgrupo A2 foi de 33% (152), de um total de 471 recém-nascidos pertencentes ao grupo sanguíneo A. Constatou-se uma grande predominância do subgrupo A1, contrariando a literatura que relata a prevalência de subgrupo A2 em recém-nascidos. Em relação à identificação da frequência da expressão do antígeno A1, no período entre seis e 12 meses de idade (n=40), a porcentagem de crianças que passaram a expressar o antígeno A1, depois de estarem com seis meses a um ano de idade foi de 67,5% (27), o restante permaneceu como A2 (13). A verificação dos níveis de hemoglobina nestas crianças (n=71), através do método da cianometa-hemoglobina, resultou em 34% de crianças anêmicas, apontando a presença de anemia para essa faixa etária. Os índices encontrados variaram de 6,56g/dl a 10,8g/dl. Assim, em relação à expressão do antígeno A1 entre seis e 12 meses de idade são necessários mais estudos; e, para a prevalência da anemia é necessário enfatizar, nos programas de saúde pública, medidas de intervenção mais eficazes e controle desse distúrbio nutricional.

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-12Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000809517.pdf: 1406671 bytes, checksum: 300a5db1601aa75ec0cdf0efcca6e5bd (MD5) / O gênero Acinetobacter compreende bacilos Gram-negativos ubíquos na natureza e suas principais espécies, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii e A. nosocomialis, foram agrupadas no complexo Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus (complexo ACB) por apresentarem alta similaridade genética e por serem de difícil diferenciação por métodos bioquímicos. As infecções mais causadas pelo complexo ACB são pneumonias e bacteremias e, para o tratamento destas, são muito utilizados os beta-lactâmicos, aminoglicosídeos e polimixinas. Entretanto, a resistência aos beta-lactâmicos e aminoglicosídeos tem aumentado em Acinetobacter spp., principalmente, devido à produção de enzimas chamadas beta-lactamases e enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (EMAs). Neste contexto, os objetivos do estudo foram avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, investigar genes de carbapenemases (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES,blaVIM, blaIMPe blaSPM), e de EMAs [aac(3)-Ia, aac(3’)-II, aaac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia e aac(6’)-Ib] por PCR e determinar a similaridade genéticados isolados de A. baumannii por REP-PCR. Cem isolados do complexo ACB resistentes aos carbapenêmicos provenientes de pacientes admitidos em unidades de terapia intensiva (UTIs) do Hospital de Base de São José do Rio Preto (HB) foram encaminhados ao laboratório de Microbiologia da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), onde foram realizadas a extração de DNA, a identificação da espécie, a investigação dos genes e a tipagem molecular por REP-PCR. Todos os isolados apresentaram fenótipo de multirresistência e foram identificados como pertencentes à espécie A. baumannii. Os genes blaOXA-23like e blaOXA-51like foram detectados em 100% dos isolados, e, em todos, ISAba1 estava localizado “upstream” ao gene blaOXA-23like ... / The Acinetobacter genus comprises ubiquitous Gram-negative bacilli and its main species, A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pittii and A. nosocomialis were grouped in the the Acinetobacter baumannii - Acinetobacter calcoaceticus Complex (ACB Complex) due to their high genetic similarity and for their difficult differentiation by biochemical methods. Most infections caused by ACB complex are pneumonia and bacteremias, and, to treat these, beta-lactams, aminoglycosides and polymyxins are widely used. Nevertheless, beta-lactams and aminoglycosides resistance has been increasing in Acinetobacter spp., mainly, due to the enzymes production called beta-lactamases and aminoglycosides modifying enzymes (AMEs). Thus, the study objectives were to evaluate the antimicrobial susceptibility profile, investigate the carbapenemases gene (blaOXA-23like, blaOXA-51like, blaOXA-58like, blaOXA24-40like, blaOXA-143like, blaOXA-48like, blaKPC, blaGES, blaVIM, blaIMPand blaSPM), the AMEs genes [aac(3)-Ia, aac(3)-II, aac(6’)-Ih, aph(3’)-VI, ant(2’)-Ia, aph(3’)-Ia and aac(6’)-Ib], and to determine the genetic similarity by REP-PCR. One hundred carbapenem resistant isolates of ACB complex were sent to the Microbiology Laboratory of the Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, where DNA extraction, species identification, PCRs and molecular typing by REP-PCR were carried out. All of the isolates showed multidrug resistance phenotype and were identified as A. baumannii. The genes blaOXA-23like and blaOXA-51like were present in 100% of the isolates andISAba1 was “upstream” to the blaOXA-23likegene. The AMES genes detected were aph(3')-VI (55%), aac(6')-Ib (46%), aac(3)-Ia (30%) and aph(3')-Ia (24%). The REP-PCR typing generated five groups (A, B, C, D and E) with 20 clusters. Of these, many were endemic clusters, because they were isolated during all the collection period and in all the HB´s ICUs. Furthermore, the horizontal transmission ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:58:06Z : No. of bitstreams: 1 000788226.pdf: 1131808 bytes, checksum: 28d833162bb9319534cd3abb7cdc566f (MD5) / Staphylococcus aureus apresenta vários mecanismos de evasão contra o sistema imune humano, muitos deles carreados por elementos móveis permitindo a transferência horizontal de genes entre as cepas, como ocorre com o Cluster de Imuno Evasão (IEC), sendo um micro-organismo com grande capacidade de evasão e desenvolvimento de doenças, que podem variar de intoxicações alimentares até a morte por bacteremia em pessoas imuno-comprometidas, crianças e idosos. S.aureus é colonizador frequente da pele e membranas mucosas e pode facilmente se infiltrar na cadeia de alimentos, possuindo alta transmissibilidade entre pessoas, animais e alimentos, podendo ser um problema levando em conta sua capacidade de evasão, adaptação e evolução. Por esses motivos, o objetivo do trabalho foi caracterizar cepas de S. aureus, isoladas de mãos e nariz de manipuladores de alimentos, quanto à presença do IEC e à tipagem molecular por spa-typing. Foram utilizadas 35 cepas de S.aureus, nas quais foram encontrados os clusters tipo A, B, D e F, presentes em 10 isolados (28,5%). Foram encontrados 15 spa-types diferentes, sendo os mais prevalentes t127 e t002, além de um spa-type descrito pela primeira vez neste trabalho, registrado como t13335. As cepas de MSSA podem ser fontes de genes que contribuem para a virulência de S. aureus meticilina resistentes. Uma vez que a frequencia do IEC parece ser alta em S. aures isolados de seres humanos e baixa em cepas isoladas de animais, pode ser que tenha ocorrido contaminação dos manipuladores, através de alimentos de origem animal / Staphylococcus aureus has various evasion mechanisms againt human innate immunity, many of them are carried by mobile elements enabling horizontal transfer of genes between strains, as with Immune Evasion Cluster (IEC) having great capacity for evasion and disease development which may vary from food poisoning to death for bacteremia when related to immuno compromised people, children and elderly. S. aureus is a frequent colonizer of skin and mucous membranes and can easily enter in food chain having hight transmissibility between people, animals and food which may be a problem when we think of evasion, adaptation ability and evolution. For these reasons the aim of this work was characterize S.aureus strains, isolated from hands and nare of food handlers, as to presence of IEC and molecular typing using spa-typing technique. We used 35 S. aureus strains and found the cluster types A, B, D e F, present in 10 isolates (28,5%). We found 15 different spa-types, being the most prevalent t127 and t002, besides a new spa-type described for the first time in this work, registered as t13335. The MSSA strains can be source of genes that contribute to meticillin resistant S. aureus virulence. Since frequency of IEC seems to be high in S. aures from human being and low is animal strains, may have occurred contamination of food handlers by foods of animal origin

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Coorientador: Nathalia Cristina Cirone Silva / Banca: Rodrigo Tavanelli Hernandes / Banca: Sandra de Moraes Gimenes Bosco / Resumo: Staphylococcus aureus apresenta vários mecanismos de evasão contra o sistema imune humano, muitos deles carreados por elementos móveis permitindo a transferência horizontal de genes entre as cepas, como ocorre com o Cluster de Imuno Evasão (IEC), sendo um micro-organismo com grande capacidade de evasão e desenvolvimento de doenças, que podem variar de intoxicações alimentares até a morte por bacteremia em pessoas imuno-comprometidas, crianças e idosos. S.aureus é colonizador frequente da pele e membranas mucosas e pode facilmente se infiltrar na cadeia de alimentos, possuindo alta transmissibilidade entre pessoas, animais e alimentos, podendo ser um problema levando em conta sua capacidade de evasão, adaptação e evolução. Por esses motivos, o objetivo do trabalho foi caracterizar cepas de S. aureus, isoladas de mãos e nariz de manipuladores de alimentos, quanto à presença do IEC e à tipagem molecular por spa-typing. Foram utilizadas 35 cepas de S.aureus, nas quais foram encontrados os clusters tipo A, B, D e F, presentes em 10 isolados (28,5%). Foram encontrados 15 spa-types diferentes, sendo os mais prevalentes t127 e t002, além de um spa-type descrito pela primeira vez neste trabalho, registrado como t13335. As cepas de MSSA podem ser fontes de genes que contribuem para a virulência de S. aureus meticilina resistentes. Uma vez que a frequencia do IEC parece ser alta em S. aures isolados de seres humanos e baixa em cepas isoladas de animais, pode ser que tenha ocorrido contaminação dos manipuladores, através de alimentos de origem animal / Abstract: Staphylococcus aureus has various evasion mechanisms againt human innate immunity, many of them are carried by mobile elements enabling horizontal transfer of genes between strains, as with Immune Evasion Cluster (IEC) having great capacity for evasion and disease development which may vary from food poisoning to death for bacteremia when related to immuno compromised people, children and elderly. S. aureus is a frequent colonizer of skin and mucous membranes and can easily enter in food chain having hight transmissibility between people, animals and food which may be a problem when we think of evasion, adaptation ability and evolution. For these reasons the aim of this work was characterize S.aureus strains, isolated from hands and nare of food handlers, as to presence of IEC and molecular typing using spa-typing technique. We used 35 S. aureus strains and found the cluster types A, B, D e F, present in 10 isolates (28,5%). We found 15 different spa-types, being the most prevalent t127 and t002, besides a new spa-type described for the first time in this work, registered as t13335. The MSSA strains can be source of genes that contribute to meticillin resistant S. aureus virulence. Since frequency of IEC seems to be high in S. aures from human being and low is animal strains, may have occurred contamination of food handlers by foods of animal origin / Mestre