Orientador: Marcelo de Carvalho Ramos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T11:07:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hofling_ChristianCruz_D.pdf: 21680576 bytes, checksum: d24a23695ef6089d59f1055b941a14a2 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Isoniazida, rifampicina e pirazinamida têm sido usadas como a base do tratamento da tuberculose no Brasil e na maioria dos países do mundo. O fenômeno da resistência bacteriana aos agentes quimioterápicos tem sido descrito desde que seu uso foi instituído. No caso da tuberculose, houve aumento expressivo do número de cepas resistentes, principalmente na década de 1990, devido à desestruturação dos serviços de vigilância e controle da doença e, também, à pandemia da AIDS. A resistência a antimicrobianos em cepas de Mycobacterium tuberculosis resulta em aumento da morbi-mortalidade e maiores custos para o serviço de saúde. A mutação no códon 315 do gene katG, responsável pela codificação da enzima catalase-peroxidase em M. tuberculosis, é um dos mecanismos de resistência desta bactéria à isoniazida. Para caracterizar as bases genéticas da resistência a drogas em cepas de M. tuberculosis no estado de São Paulo, foram selecionadas para estudo 91 amostras resistentes e 4 sensíveis à isoniazida. Essas cepas foram obtidas de culturas enviadas ao Instituto Adolfo Lutz central, em São Paulo, para identificação e realização de teste de sensibilidade a drogas. Um total de 467 cepas foram recebidas no período de agosto de 1999 a setembro de 2000. A genotipagem, utilizando a técnica de RFLP, foi realizada para o estabelecimento de parentesco entre as cepas. Estudos com as técnicas de SSCP e seqüenciamento de fragmento contendo o códon 315, amplificado do gene katG, foram realizados para triagem e confirmação de mutações associadas à resistência à isoniazida. A associação de resistência à isoniazida e rifampicina foi encontrada em 74.8% das cepas testadas. Resistência à isoniazidalpirazinamida e isoniazidaletambutol foi encontrada em 33 e 9,9%, respectivamente. Resistência concomitante a todas as drogas consideradas de primeira linha para o tratamento da tuberculose (isoniazida, rifampicina e pirazinamida) foi encontrada em 13,1 % das cepas. A genotipagem mostrou padrão heterogêneo de bandas, com formação de oito agrupamentos com apenas dua~ amostras cada. A substituição AGC~ACC (Serina~Tirosina) foi a mutação mais encontrada (48%). Não foram encontradas mutações em 39,5% das cepas resistentes estudadas e nos restantes 12,5% foram detectadas outras mutações. Conclui-se que no estado de São Paulo a resistência à rifampicina é freqüente entre as cepas resistentes à isoniazida. A resistência às três principais drogas para o tratamento da tuberculose também ocorreu em alta freqüência. A substituição AGC-.ACC foi a mutação mais encontrada, porém uma grande parte das cepas resistentes não apresentavam tais mutações. Pelos dados levantados, podemos também inferir que o fenômeno da resistência do M. tuberculosis a drogas não é, em São Paulo, uma conseqüência de disseminação clonal das cepas, mas casos isolados, provavelmente secundários a irregularidades no tratamento. Este trabalho, quando do seu início, foi um dos primeiros a endereçar a questão das bases genéticas para resistência a drogas em M. tuberculosis no Brasil, e estudos mais sistemáticos e abrangentes são necessários para melhor compreensão desta dinâmica em nosso meio / Abstract: Isoniazid, rifampin and pirazinamide have been used as the Standard treatment for tuberculosis in Brazil and most countries around the world. Antimicrobial resistance has been described since its use was instituted. As for tuberculosis, there has been an expressive rise in multidrug resistant strains in the decade of 1990, due mainly to the dismantling of tuberculosis vigilance programs and the AIDS pandemics. Antimicrobial resistance among Mycobacterium tuberculosis strains result in increase in morbidity and mortality and cost for health care. Mutations in codon 315 of the katG gene, responsible for coding catalaseperoxidase in M tuberculosis. has been associated as one of the key mechanisms of resistance of this bacteria to isoniazid. In Brazil, studies towards the molecular mechanisms involved in this process are still on its beginning. To characterize the genetic basis of M tuberculosis drug resistance in the state of São Paulo, 91 isoniazid resistant and 4 isoniazid sensitive strains were selected for study. These strains were drawn from samples (462 strains) sent to the Instituto Adolfo Lutz central laboratory in São Paulo for identification and drug susceptibility tests. The study period was from august 1999 through september 2000. Genotyping of mycobacterium was performed using RFLP technique. SSCP study and sequencing of the amplified fragment of katG gene that contained codon 315 were performed to screen and check for mutations conferring resistance to isoniazid. Concomitant resistance to isoniazid and rifampin was foud in 74,8% of strains tested. Resistance to both isoniazid/rifampin and isoniazid/ethambutol was found in 33 and 9,9%, respectively. Concomitant resistance to all drugs considered as first line treatment of tuberculosis (isoniazid, rifampin and pirazinamid) was found in 23,1% of strains. Genotypic studies revealed a heterogeneous band pattern, with formation of 8 clusters with only two specimens each. The most prevalent substitution was AGC-+ACC (Ser-+Thr), found in 48% of strains. No mutation was noted in 39,5% of resistant strains studied, and the remaining 12,5% habored other I .5S frequent mutations. In conclusion, resistance to rifampin is a frequent event among isoniazid resistant strains collected in Sao Paulo, Brazil. Resistance to the three front drugs used for the treatment of tuberculosis also occurred in high frequency. The AGC-+ACC substitution was the most frequent mutation found, a1thougha high percentage of strains did not carry any mutation / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

A Mancha marrom é uma das principais doenças do trigo, causada pelo fitopatógeno Bipolaris sorokiniana, responsável por grandes perdas econômicas no cultivo do trigo em todo mundo. Este fungo apresenta uma grande diversidade morfológica, fisiológica e genética. O objetivo do trabalho foi utilizar marcadores moleculares e fenotípicos para avaliar a variabilidade genética em isolados monopóricos e polispóricos de Bipolaris sorokiniana de sementes de trigo oriundos do Brasil e outros países. A caracterização molecular envolveu as metodologias URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR assim como testes isoenzimáticos e de patogenicidade. A análise de patogenicidade revelou que isolados polispóricos são mais severos para as sementes que para as partes aéreas das plantas quando comparados com os monospóricos. A caracterização isoenzimática e molecular através das técnicas URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR exibiram uma grande diversidade intra-populacional. REP-PCR e ERIC-PCR revelaram maior diversidade entre os isolados, com uma similaridade inferior a 70%. No entanto, as amplificações realizadas com o BOX-PCR apresentaram um perfil com uma maior similaridade. Com os resultados obtidos a partir das amplificações com BOX-PCR um par de primers foi desenhado a partir de um fragmento comum a todos os isolados e que foi capaz de amplificar um produto único ao gênero Bipolaris sp. entre as amostras testadas. Com a realização de mais ensaios com outros microrganismos é possível que o mesmo possa ser utilizado como um marcador deste gênero. A técnica de PCR-RFLP utilizando as enzimas HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII apresentaram perfis de restrição com variação no número de fragmentos e no peso molecular. Uma possível explicação para à variabilidade observada em todas as técnicas utilizadas pode ser atribuída à condição multinucleada das células de B. sorokiniana bem como a heterocariose, que pode levar a recombinação mitótica e ao polimorfismo. / The brown spot is a major disease of wheat caused by the pathogen Bipolaris sorokiniana, responsible for large economic losses in wheat cultivation worldwide. This fungus has a wide morphological, physiological and genetic diversity. The main objective of this work was to characterize monosporic and polisporic B. sorokiniana isolates of wheat seeds from Brazil and other countries. Pathogenicity tests were conducted to evaluate the feasibility of virulence genes as well as different molecular methodologies were tested as: URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR and isoenzyme patterns of the isolates. The pathogenicity assay reveals that the polysporic isolates caused a more severe disease to seeds than to aerial parts of the plants when compared to single spore isolates. Isoenzyme and molecular characterization through the URP-PCR, PCR-RFLP, REP-PCR, BOX-PCR, ERIC-PCR techniques showed a large intra-population diversity among the isolates. REP and ERIC-PCR revealed greater diversity among the isolates with a similarity below 70%. However, the amplification results using with BOX- PCR showed a highest similarity. The PCR-RFLP using HaeIII, HinfI , HhaI , EcoRI and HindIII restriction enzymes showed a profile variation between all isolates in relation to the number and molecular weight of the fragments. However the results obtained with BOX- PCR amplifications a higher similarity was obtained. With this result a primer was designed, based on a fragment common to all isolates, and the amplifications using these primers produced a unique fragment with the Bipolaris genus among others isolates tested. More phytopatogeneic isolates must be tested in order to confirme the specificity for Bipolaris sp. With the PCR-RFLP assay, using the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, EcoRI e HindIII, variability was observed among the restriction patterns realated to the number of fragments and molecular weight. One possible explanation for the observed variability in all techniques used may be attributed to the condition of multinucleated cells of B. sorokiniana and the heterokaryosis which can lead to mitotic recombination and polymorphis.

O Brasil é o maior exportador de carne de frango e o terceiro maior produtor desta carne. O consumo desta fonte de proteína tem aumentado bastante nos últimos anos, tendo passado de 23,2 Kg/habitante em 1995 para 35,5 Kg/habitante em 2005. O mercado internacional tem se tornado cada vez mais exigente com relação aos padrões microbiológicos destes produtos. Pela importância das aves para a economia brasileira e por Listeria monocytogenes apresentar alta taxa de mortalidade, além de ser facilmente encontrada em carne de aves, decidiu-se verificar a ocorrência deste patógeno em dois matadouros, um com evisceração automática (Planta A) e outro com evisceração manual (Planta M), e traçar as possíveis rotas da disseminação do microrganismo na linha de processamento. Do total de 851 amostras coletadas de produtos, das superfícies de contato e de não contato com o produto, das mãos dos manipuladores e da água utilizada durante o processo de abate, 423 amostras foram da Planta A e 428 da Planta M. O teste VIP® Listeria foi utilizado para a triagem das amostras, sendo que aquelas positivas foram submetidas à caracterização fenotípica (provas bioquímicas e ágar cromogênico). A identificação e a tipagem das cepas foi realizada por técnicas moleculares (BAX® System, multiplex-PCR 16S rRNA, multiplex-PCR, ribotipagem e PFGE). L. monocytogenes foi isolada de 20,1% das amostras da Planta A, sendo 61,6% pertencentes ao sorogrupo 4b, 4d ou 4e; 19,2% ao sorogrupo 1/2a ou 3a; 15,2% ao sorogrupo 1/2c ou 3c; e 4,0% ao sorogrupo 1/2b, 3b ou 7. Na Planta M, 16,4% das amostras foram positivas para L. monocytogenes, havendo predomínio do sorogrupo 1/2a ou 3a (72,9%), seguido do sorogrupo 4b, 4d ou 4e (27,1%). Baseado nos resultados dos testes para caracterização fenotípica e genotípica, verificou-se que L. monocytogenes presente no produto final apresentou características semelhantes àquelas presentes na planta, e não no animal. Apenas uma cepa foi isolada na zona suja da Planta A, piso da seção de depenagem, e todas as demais foram isoladas da zona limpa de ambas as plantas. / Brazil is the first exporter of chicken meat and the third producer of this kind of meat in the world. The consumption of this protein source in Brazil has been increasing, having passed from 23.2 Kg/inhabitant in 1995 to 35.5 Kg/inhabitant in 2005. The international market has become more demanding for safety of these products. Because of the importance of this food commodity to Brazilian economy and because of Listeria monocytogenes importance as a foodborne pathogen this study was conducted. The presence of the pathogen in two facilities, one with automatic evisceration (Plant A) and another with manual evisceration (Plant M), was evaluated to identify possible routes of microorganism dissemination in the processing line. From a total of 851 collected samples of products, food contact and non-food contact surfaces, workers\' hands and water used in the process, 423 samples were from Plant A and 428 from Plant M. VIP® Listeria was used for the samples screening, positive ones were plated and suspected characteristic colonies submitted to biochemical characterization. Selected strains were submitted to identification and typing by molecular techniques (BAX® System, multiplex-PCR 16S rRNA, multiplex-PCR, ribotyping and PFGE). L. monocytogenes was isolated in 20.1% of the samples from Plant A with 61.6% belonging to serogroup 4b, 4d or 4e; 19.2% to serogroup 1/2a or 3a; 15.2% to serogroup 1/2c or 3c; and 4.0% to serogroup 1/2b, 3b or 7. From Plant M 16.4% of the samples were positive for L. monocytogenes, with predominance of serogroup 1/2a or 3a (72.9%) followed by serogroup 4b, 4d or 4e (27.1%). Based on the results of phenotypic and genotypic characterization, it was verified that L. monocytogenes present in the final product had similar characteristics to those isolated in the plant, and not in the animals. Only one strain was isolated in the dirty zone of Plant A, on the floor of defeathering section, and all others were isolated in the clean zone of both plants.

[pt] As características dinâmicas de linguagens de scripting introduzem um gargalo significativo no tempo de execução quando comparadas a linguagens de sistemas. A arquitetura scripting pode ser usada para melhorar o desempenho ruim de linguagens de scripting. O programador deve usar a linguagem de sistemas para tarefas que consomem muitos recursos, e a de scripting para flexibilidade. Entretanto, essa arquitetura tem duas falhas significativas quando usada para melhorar o desempenho de linguagens de scripting. Primeiro, existe uma lacuna conceitual entre as duas linguagens, logo migrar da linguagem de scripting para linguagem de sistemas pode exigir enorme esforço. Segundo, existe um gargalo escondido ao manipular as estruturas de dados da linguagem de scripting a partir da linguagem de sistemas. Pallene é uma linguagem de sistemas projetada particularmente para Lua que almeja resolver essas duas falhas. Pallene é um subconjunto estaticamente tipado de Lua, o que facilita o processo de migração. Além disso, Pallene manipula diretamente as estruturas de dados de Lua sem introduzir gargalo. Neste trabalho, nós propomos dois tipos de registros para Pallene, e nós apresentamos a implementação do compilador de Pallene. Nós avaliamos o desempenho do nosso compilador para compará-la com Lua padrão, LuaJIT, e programas C que utilizam a API C de Lua. Nossos experimentos mostram que Pallene é competitiva com as soluções existentes para melhorar o desempenho de Lua. / [en] The dynamic features of scripting languages introduce significant overhead in execution time when compared to system languages. The scripting architecture can be used to improve the poor performance of scripting languages. The programmer should use a system language for resourceintensive tasks, and a scripting one for flexibility. However, this architecture has two significant flaws when used to improve the performance of scripting languages. First, there is a conceptual gap between both languages; so migrating from the scripting language to the system language may require enormous effort. Second, there is a hidden overhead when manipulating the scripting-language data structures from the system language. Pallene is a system language designed particularly for Lua that aims to solve these two issues. Pallene is a statically-typed subset of Lua, which facilitates the migration process. Moreover, Pallene manipulates Lua s data structures directly without introducing overhead. In this work, we propose two types of records for Pallene, and we present the implementation of the Pallene compiler. We benchmarked our compiler to compare it to standard Lua, LuaJIT, and C programs using the Lua-C API. Our experiments show that Pallene is competitive with the existing solutions to improve Lua s performance.

Objetivo: Analisar através de metodologia molecular a microbiota fecal de recém-nascidos (RN) saudáveis, em aleitamento materno exclusivo. Materiais e métodos: Amostras fecais de dez RN foram avaliadas no 2º, 7º e 30º dias de vida (DV), através de sequenciamento do 16S rDNA bacteriano. Real-time PCR para bifidobacterias foi empregado nas amostras de 30 dias. Resultados: A diversidade bacteriana fecal aumentou do 2º para o 30º DV. E. coli predominou no 2º e 7º DV, e Clostridium no 30º DV. Usando real-time PCR, bifidobacterias foram identificadas em todas as amostras de 30 dias. Conclusão: Enterobacterias predominaram na primeira semana de vida. Aos 30 DV observou-se uma maior diversidade bacteriana, com predomínio de Clostridium.. A técnica inicial não permitiu identificar bifidobacterias. / Purpose: To evaluate by molecular methodology the fecal microbiota of healthy newborns, exclusively breastfed. Materials and methods: Fecal samples from ten neonates were analyzed on 2nd, 7th and 30th day of life, using 16S rDNA sequencing and real-time PCR for bifidobacteria. Results: The fecal bacteria diversity increased from the second to the 30th day of life. E. coli was predominant in the fecal samples from the 2nd and 7th day of life, and Clostridium.in the samples of the 30th day. Using real-time PCR bifidobacteria were identified in all 30th day samples. Conclusion: Enterobacteria were predominant in the first week of life. On 30th day of life a greater bacterial diversity was observed with predominance of Clostridium. The initial technique didnt allow the identification of bifidobacteria.

Introdução: Testes de histocompatibilidade são indispensáveis para viabilizar o transplante renal. A prova cruzada por citotoxicidade dependente de complemento (CDC) tem sido a técnica padrão para avaliar risco imunológico pré-transplante, no entanto, a prova cruzada por citometria de fluxo (FCXM) possui benefícios adicionais, como maior sensibilidade e análise semi-quantitativa através do Median Channel Shift (MCS). Objetivo: Definir pontos de corte de MCS baseado em correlação inter-técnicas e desfechos clínicos pós-transplante. Método: Estudo retrospectivo com pacientes candidatos a transplante renal no Hospital de Clínicas de Porto Alegre, entre janeiro/2016-agosto/2017. Foram avaliadas 1705 provas cruzadas e 221 pacientes submetidos ao transplante. Resultados: A FCXM, relacionada ao CDC, apresentou sensibilidade=87%(FCXM-T) e 90%(FCXM-B), e VPN=98% para ambos. FCXM-B apresentou especificidade=43%, relacionada aos casos CDC-/FCXMB+. FCXM-T e -B detectaram 53% e 76% dos casos de DSA≥5001 (Donor Specific Antibody). MCS apresentou desempenho satisfatório em detectar CDC+ (AUC/IC): MCST=0,909(0,886-0,933) e MCSB=0,775(0,724-0,826). Pontos de corte de MCST=245 e MCSB=282 apresentaram melhor predição de CDC+. Não houve diferença na função do enxerto de pacientes transplantados com FCXM+. Apenas 30% das FCXM+ estiveram diretamente relacionadas com DSA pré-tx. No entanto, episódios de rejeição foram mais frequentes no grupo FCXM+vs.FCXM- (95%vs.86%, p=0,04). Conclusão: É possível calibrar o MCS baseado no CDC+, no entanto, significa um risco em termos da não detecção de anticorpos de baixo título. A FCXM+, em curto prazo, não deve ser por si só um fator impeditivo para o transplante. A análise conjunta do MCS e DSA parece ser uma boa ferramenta de seleção dos receptores renais. / Introduction: Histocompatibility tests are indispensable for enable the renal transplantation. Crossmatching tests for complement dependent cytotoxicity (CDC) has been a standard technique for assess pre-transplant immunological risk, however, the flow cytometry crossmatching test (FCXM) has additional benefits, such as increased sensitivity and semi-quantitative analysis through the Median Channel Shift (MCS). Objective: Define MCS cutoff values based on inter-technical correlation and post-transplant clinical outcomes. Methods: A retrospective study with renal transplant candidates at the Hospital de Clínicas of Porto Alegre, between January/2016-August/2017. A total of 1705 crossmatching and 221 patients submitted to transplantation were evaluated. Results: The FCXM, related to CDC, resulted in sensitivity=87% (FCXM-T) and 90% (FCXM-B), and NPV=98%, for both. FCXM-B resulted in specificity=43%, related to cases CDC-/FCXMB+. FCXM-T and -B detected 53% and 76% of cases of DSA≥5001 (Donor Specific Antibody). The MCS showed satisfactory performance in detecting CDC + (AUC/IC): MCST=0.909(0.886-0.933) and MCSB=0.775(0.724-0.826). Cutoff values of MCST=245 and MCSB=282 showed better prediction of CDC+. There was no difference in the graft function of patients transplanted with FCXM+. Only 30% of FCXM + were directly related to pre-tx DSA. However, rejection episodes were more frequent in the group FCXM+vs.FCXM- (95%vs.86%, p=0,04). Conclusion: it is possible to calibrate MCS based on CDC +, however, that means a risk in terms as to the non-detection of low-titre antibodies. The FCXM+, in the short term, should not be by itself an impediment to transplantation. Joint analysis of MCS and DSA seems to be a good tool for selection of renal receptors.

Toxoplasma gondii é o agente etiológico da toxoplasmose, podendo causar diferentes formas da doença, entre elas, a toxoplasmose congênita cuja frequência varia significativamente de acordo com o país estudado. Na França, foi estimada em 1-3 casos/1.000 nativivos, enquanto nos EUA cerca de 1/10.000, porém não existem estimativas da prevalência de infecção congênita no Brasil. Toxoplasma gondii possui três linhagens clonais conhecidas como genótipos I, II e III que se relacionam aos três tipos descritos de acordo com a classificação da patogenicidade do parasita em camundongos, estando os três tipos associados a infecções humanas de maior patogenicidade, menor patogenicidade e patogenicidade intermediária, respectivamente. Os três genótipos já foram identificados na América do Norte e Europa, sendo o genótipo II predominante em infecções congênitas. O presente estudo teve como objetivo determinar a freqüência dos genótipos I, II e III de T. gondii em 85 amostras de líquido amniótico de gestantes brasileiras com toxoplasmose confirmada e adquirida durante a gestação, todas oriundas de São Paulo. Para tal, foi utilizada a técnica de multiplexnested- PCR-RFLP com amplificação simultânea de quatro fragmentos pertencentes a três genes do parasita: 3-SAG2, 5-SAG2, SAG3 e GRA6 Das 85 amostras iniciais, 76 foram positivas pelo sistema de multiplexnested- PCR (92,7%), tendo sido possível analisar o maior número de amostras no sistema que amplifica a região do gene SAG3 (69,7%), seguido do sistema 3-SAG2 (44,7%), do sistema 5-SAG2 (40,8%), e finalmente do sistema GRA6 (25%). Nas 76 amostras submetidas à genotipagem foram encontrados: 1,3% (1 amostra) do genótipo I; 71,1% (54 amostras) do genótipo II; 6,6% (5 amostras) do genótipo III; e 21% (16 amostras) para as quais não foi possível definir o genótipo parasitário após clivagem enzimática, tendo sido as mesmas submetidas ao sequenciamento. Das 16 amostras, duas não puderam seqüenciadas por falta de DNA remanescente e das 14 analisadas: duas foram definidas como tipo III, apresentando 100% de homologia com o protótipo VEG, e duas foram definidas como tipo II apresentando 100% de homologia com o protótipo ME49. Em 10 amostras foram observadas misturas de duas ou mais bases, em uma ou mais posições nucleotídicas da sequência de DNA do fragmento amplificado, sendo identificadas como recombinantes. Além disso, seis amostras identificadas pela técnica de multiplex-nested-PCR-RFLP como tipo II foram selecionadas aleatoriamente para a confirmação dos resultados e, em quatro das seis amostras, foi observada mistura de bases em outras posições nucleotídicas do fragmento amplificado, regiões estas não analisadas pela RFLP. A técnica de multiplex-nested-PCR seguida de RFLP mostrou-se útil, porém apresenta limitações no que se refere à genotipagem de amostras de líquido amniótico, uma vez que, após sequenciamento, foram reveladas várias recombinações genéticas nos fragmentos amplificados que haviam sido previamente identificados como tipo II. Sendo assim, sugerimos que, a genotipagem de T. gondii, diretamente de amostras biológicas ou após isolamento do parasita deva ser realizada pela amplificação de múltiplos genes de T. gondii e sequenciamento de todos os fragmentos amplificados / Toxoplasma gondii is the etiologic agent of toxoplasmosis and may cause different forms of the disease, including congenital toxoplasmosis whose frequency varies significantly according to the country. In France, it was estimated in 1-3 cases/1,000 live births, while in the U.S. it is 1/10.000. The prevalence of congenital infection in Brazil is unknown. Toxoplasma gondii has three clonal lineages known as genotypes I, II and III which are related to the three types described according to the pathogenicity in mice, associated with human infections of high pathogenicity, low pathogenicity and intermediate pathogenicity, respectively. The three genotypes have been identified in North America and Europe, and the genotype II is the predominant one in congenital infections. This study aimed at determining the frequency of genotypes I, II and III of T. gondii in 85 amniotic fluid samples from pregnant women living in Sao Paulo, Brazil who presented with seroconversion to Toxoplasma gondii during gestation. The multiplex-nested- PCR-RFLP was performed using four different markers: 3\'-SAG2, 5\'-SAG2, SAG3 and GRA6. Eighty-five samples were initially included, but only 76 were positive in the multiplex-nested-PCR (92.7%). It was possible to examine the larger number of samples by the SAG3 gene system (69.7%), followed by 3\'-SAG2 gene (44.7%), 5\'-SAG2 gene (40.8%), and finally GRA6 gene (25%). From the 76 samples that were genotyped by the multiplexnested- PCR-RFLP, 1.3% (1 sample) was genotype I; 71.1% (54 samples) were genotype II; 6,6% (5 samples) were genotype III, and 21% (16 samples) could not be identified by RFLP and were therefore sequenced. Sequencing analysis revealed: two genotype II samples, presenting with 100% of homology with the ME49 prototype, and two were genotype III showing 100% of homology with the VEG prototype. Ten samples presented with mixture of two or more nucleotide bases in one or more nucleotide positions of the total amplified DNA sequence, so they were classified as recombinant. In addition, six samples identified by the multiplex-nested-PCR-RFLP as type II were randomly selected to confirm the results, and in four of the six samples, we observed a mixture of nucleotide bases in positions that were not analyzed by the RFLP. The technique of multiplex-nested-PCR-RFLP has proved to be useful, however, it is limited when amniotic fluid samples genotyping is concerned because after sequencing, several genetic recombinations were evidenced in samples that had been previously identified as genotype II. Therefore, we suggest that the genotyping of T. gondii, directly from biological samples or after isolation of the parasite should be performed using different targets to amplify multiple T. gondii genes followed by sequencing of all amplified fragments

Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2018-01-09T11:15:21Z No. of bitstreams: 1 marcospaulomiola_dissert.pdf: 10829870 bytes, checksum: 279acd690e09b25b71e67463ae29eb6b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-09T11:15:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marcospaulomiola_dissert.pdf: 10829870 bytes, checksum: 279acd690e09b25b71e67463ae29eb6b (MD5) Previous issue date: 2017-03-13 / Introduction. ABO histo-blood group system is the most important transfusional system and the identification of its phenotypes is often performed by means of direct and reverse typing, which must always present concordant results. However, some genetic factors such as natural chimerisms and point mutations in the ABO gene may affect the expression of the antigens and antibodies of this system, contributing to the discrepancy in the phenotyping, requiring investigations to define the correct phenotype of receptors and blood donors. Objectives. The main objective of this study was to investigate the variations in the expression of the antigens of the ABO histo-blood group system. Its specific objectives were: 1. Selection of recipients and blood donors that presented discrepancies between the results of the direct and reverse phenotyping of the ABO histo-blood group system; 2. Investigation, using serological and molecular methods, of the causes of phenotypic changes and discrepancies between the results of direct and reverse phenotypes in the ABO histo-blood group system in the recipients and donors of blood. Material and Methods. Samples of recipients (n = 2) and blood donors (n = 7) presenting discrepancies between the direct and reverse phenotyping were selected. Phenotyping were performed using conventional and modified hemagglutination methods in tubes and gel columns with commercial antisera and lectins. Molecular investigations were performed using PCR-RFLP method and sequencing of exons 6 and 7 of the ABO gene and exon 2 of the FUT2 gene. Results. Four cases with poor expression of antigen A and absence of expected antibody, observed in hemagglutination, were identified as A2B, Ael and Aw. Four cases without antigenic alteration but carrying an irregular antibody anti-A1 or absence of expected antibody were characterized as AB, A1 and O and presented common ABO alleles. A case of non-dizygotic twins, phenotyped as AB and with double red blood cell population was characterized as hematopoietic chimera after extensive family analysis. The DNA extracted from buccal swab revealed the ABO (A101/B101) and FUT2 (SE*25.01.01/SE*25.01.01) genotypes in the male twin and the ABO (O01/O02) and FUT2 (SE*01.04.01/SE*01.06.03) genotypes in the female twin. Sequences of two new ABO (ABO*Aw.38; KT906366.1) and FUT2 (SE*01.06.03; KX550421) allele sequences were deposited on GenBank. Conclusions. Our results demonstrate that the use of serum and salivary serological assays combined with molecular methods are good tools to solving discrepancies between the direct and reverse phenotyping of the ABO histo-blood group system as well as elucidate cases of twin chimerism in humans, with a double population of red blood cells. In addition, they contribute to the identification of new alleles of the ABO and FUT2 genes. / Introdução. O sistema histo-sanguíneo ABO é o de maior importância transfusional e a identificação de seus fenótipos é frequentemente realizada por meios das tipagens direta e reversa as quais sempre devem apresentar resultados concordantes. Entretanto, alguns fatores genéticos como quimerismos naturais e mutações pontuais no gene ABO, podem afetar a expressão dos antígenos e anticorpos deste sistema, contribuindo com a discrepância nas fenotipagens, requerendo investigações para se definir o correto fenótipo de receptores e doadores de sangue. Objetivos. O objetivo geral deste estudo foi investigar as variações na expressão dos antígenos do sistema histo-sanguíneo ABO. Seus objetivos específicos compreenderam: 1. Seleção de receptores e doadores de sangue que apresentaram discrepâncias entre os resultados das fenotipagens direta e reversa do sistema histo-sanguíneo ABO; 2. Investigação, com o uso de métodos sorológicos e moleculares, das causas das alterações fenotípicas e discrepâncias entre os resultados das fenotipagens direta e reversa no sistema histo-sanguíneo ABO nos receptores e doadores de sangue. Material e Método. Foram selecionadas amostras de receptores (n=2) e doadores (n=7) de sangue com discrepâncias entre as fenotipagens direta e reversa. As fenotipagens foram realizadas com o uso dos métodos de hemaglutinação convencional e modificada, em tubos e colunas de gel, com antissoros comerciais e lectinas. As investigações moleculares foram realizadas com o uso dos métodos PCR-RFLP e sequenciamento dos exons 6 e 7 do gene ABO e do exon 2 do gene FUT2. Resultados: Quatro casos com fraca expressão do antígeno A e ausência do anticorpo esperado, observados na hemaglutinação, foram identificados como A2B, Ael e Aw. Quatro casos sem alteração antigênica, mas com presença de anticorpo irregular ou ausência do anticorpo esperado, foram caracterizados como AB, A1 e O e apresentaram alelos comuns. Um caso de gêmeos não dizigóticos, fenotipados como AB e com dupla população de hemácias foi caracterizado como quimera hematopoiética, após extensa análise familiar. O DNA extraído de swab bucal revelou os genótipos ABO (A101/B101) e FUT2 (SE*25.01.01/SE*25.01.01) no gêmeo masculino e os genótipos ABO (O01/O02) e FUT2 (SE*01.04.01/SE*01.06.03) no gêmeo feminino. As sequências de dois novos alelos dos genes ABO (ABO*Aw.38; KT906366.1) e FUT2 (SE*01.06.03; KX550421) foram depositadas no GenBank. Conclusões: Nossos resultados demonstram que o uso de análises sorológicas eritrocitárias e salivares combinadas a métodos moleculares são fundamentais na resolução de discrepâncias entre as fenotipagens direta e reversa do sistema histo-sanguíneo ABO bem como no esclarecimento de casos de quimerismo gemelar em humanos, contendo dupla população de hemácias. Além disso, contribuem para a identificação de novos alelos dos genes ABO e FUT2.

Toxoplasma gondii é o agente etiológico da toxoplasmose, podendo causar diferentes formas da doença, entre elas, a toxoplasmose congênita cuja frequência varia significativamente de acordo com o país estudado. Na França, foi estimada em 1-3 casos/1.000 nativivos, enquanto nos EUA cerca de 1/10.000, porém não existem estimativas da prevalência de infecção congênita no Brasil. Toxoplasma gondii possui três linhagens clonais conhecidas como genótipos I, II e III que se relacionam aos três tipos descritos de acordo com a classificação da patogenicidade do parasita em camundongos, estando os três tipos associados a infecções humanas de maior patogenicidade, menor patogenicidade e patogenicidade intermediária, respectivamente. Os três genótipos já foram identificados na América do Norte e Europa, sendo o genótipo II predominante em infecções congênitas. O presente estudo teve como objetivo determinar a freqüência dos genótipos I, II e III de T. gondii em 85 amostras de líquido amniótico de gestantes brasileiras com toxoplasmose confirmada e adquirida durante a gestação, todas oriundas de São Paulo. Para tal, foi utilizada a técnica de multiplexnested- PCR-RFLP com amplificação simultânea de quatro fragmentos pertencentes a três genes do parasita: 3-SAG2, 5-SAG2, SAG3 e GRA6 Das 85 amostras iniciais, 76 foram positivas pelo sistema de multiplexnested- PCR (92,7%), tendo sido possível analisar o maior número de amostras no sistema que amplifica a região do gene SAG3 (69,7%), seguido do sistema 3-SAG2 (44,7%), do sistema 5-SAG2 (40,8%), e finalmente do sistema GRA6 (25%). Nas 76 amostras submetidas à genotipagem foram encontrados: 1,3% (1 amostra) do genótipo I; 71,1% (54 amostras) do genótipo II; 6,6% (5 amostras) do genótipo III; e 21% (16 amostras) para as quais não foi possível definir o genótipo parasitário após clivagem enzimática, tendo sido as mesmas submetidas ao sequenciamento. Das 16 amostras, duas não puderam seqüenciadas por falta de DNA remanescente e das 14 analisadas: duas foram definidas como tipo III, apresentando 100% de homologia com o protótipo VEG, e duas foram definidas como tipo II apresentando 100% de homologia com o protótipo ME49. Em 10 amostras foram observadas misturas de duas ou mais bases, em uma ou mais posições nucleotídicas da sequência de DNA do fragmento amplificado, sendo identificadas como recombinantes. Além disso, seis amostras identificadas pela técnica de multiplex-nested-PCR-RFLP como tipo II foram selecionadas aleatoriamente para a confirmação dos resultados e, em quatro das seis amostras, foi observada mistura de bases em outras posições nucleotídicas do fragmento amplificado, regiões estas não analisadas pela RFLP. A técnica de multiplex-nested-PCR seguida de RFLP mostrou-se útil, porém apresenta limitações no que se refere à genotipagem de amostras de líquido amniótico, uma vez que, após sequenciamento, foram reveladas várias recombinações genéticas nos fragmentos amplificados que haviam sido previamente identificados como tipo II. Sendo assim, sugerimos que, a genotipagem de T. gondii, diretamente de amostras biológicas ou após isolamento do parasita deva ser realizada pela amplificação de múltiplos genes de T. gondii e sequenciamento de todos os fragmentos amplificados / Toxoplasma gondii is the etiologic agent of toxoplasmosis and may cause different forms of the disease, including congenital toxoplasmosis whose frequency varies significantly according to the country. In France, it was estimated in 1-3 cases/1,000 live births, while in the U.S. it is 1/10.000. The prevalence of congenital infection in Brazil is unknown. Toxoplasma gondii has three clonal lineages known as genotypes I, II and III which are related to the three types described according to the pathogenicity in mice, associated with human infections of high pathogenicity, low pathogenicity and intermediate pathogenicity, respectively. The three genotypes have been identified in North America and Europe, and the genotype II is the predominant one in congenital infections. This study aimed at determining the frequency of genotypes I, II and III of T. gondii in 85 amniotic fluid samples from pregnant women living in Sao Paulo, Brazil who presented with seroconversion to Toxoplasma gondii during gestation. The multiplex-nested- PCR-RFLP was performed using four different markers: 3\'-SAG2, 5\'-SAG2, SAG3 and GRA6. Eighty-five samples were initially included, but only 76 were positive in the multiplex-nested-PCR (92.7%). It was possible to examine the larger number of samples by the SAG3 gene system (69.7%), followed by 3\'-SAG2 gene (44.7%), 5\'-SAG2 gene (40.8%), and finally GRA6 gene (25%). From the 76 samples that were genotyped by the multiplexnested- PCR-RFLP, 1.3% (1 sample) was genotype I; 71.1% (54 samples) were genotype II; 6,6% (5 samples) were genotype III, and 21% (16 samples) could not be identified by RFLP and were therefore sequenced. Sequencing analysis revealed: two genotype II samples, presenting with 100% of homology with the ME49 prototype, and two were genotype III showing 100% of homology with the VEG prototype. Ten samples presented with mixture of two or more nucleotide bases in one or more nucleotide positions of the total amplified DNA sequence, so they were classified as recombinant. In addition, six samples identified by the multiplex-nested-PCR-RFLP as type II were randomly selected to confirm the results, and in four of the six samples, we observed a mixture of nucleotide bases in positions that were not analyzed by the RFLP. The technique of multiplex-nested-PCR-RFLP has proved to be useful, however, it is limited when amniotic fluid samples genotyping is concerned because after sequencing, several genetic recombinations were evidenced in samples that had been previously identified as genotype II. Therefore, we suggest that the genotyping of T. gondii, directly from biological samples or after isolation of the parasite should be performed using different targets to amplify multiple T. gondii genes followed by sequencing of all amplified fragments

Objetivo: Analisar através de metodologia molecular a microbiota fecal de recém-nascidos (RN) saudáveis, em aleitamento materno exclusivo. Materiais e métodos: Amostras fecais de dez RN foram avaliadas no 2º, 7º e 30º dias de vida (DV), através de sequenciamento do 16S rDNA bacteriano. Real-time PCR para bifidobacterias foi empregado nas amostras de 30 dias. Resultados: A diversidade bacteriana fecal aumentou do 2º para o 30º DV. E. coli predominou no 2º e 7º DV, e Clostridium no 30º DV. Usando real-time PCR, bifidobacterias foram identificadas em todas as amostras de 30 dias. Conclusão: Enterobacterias predominaram na primeira semana de vida. Aos 30 DV observou-se uma maior diversidade bacteriana, com predomínio de Clostridium.. A técnica inicial não permitiu identificar bifidobacterias. / Purpose: To evaluate by molecular methodology the fecal microbiota of healthy newborns, exclusively breastfed. Materials and methods: Fecal samples from ten neonates were analyzed on 2nd, 7th and 30th day of life, using 16S rDNA sequencing and real-time PCR for bifidobacteria. Results: The fecal bacteria diversity increased from the second to the 30th day of life. E. coli was predominant in the fecal samples from the 2nd and 7th day of life, and Clostridium.in the samples of the 30th day. Using real-time PCR bifidobacteria were identified in all 30th day samples. Conclusion: Enterobacteria were predominant in the first week of life. On 30th day of life a greater bacterial diversity was observed with predominance of Clostridium. The initial technique didnt allow the identification of bifidobacteria.