A mucopolissacaridose tipo VI (MPS VI) ou Síndrome de Maroteaux-Lamy, é uma doença autossômica recessiva causada pela deficiência da enzima lisossomal Nacetilgalactosamina- 4-sulfatase (ARSB), a qual resulta no armazenamento lisossômico de dermatan sufato em vários tecidos e órgãos, dando origem a uma condição clínica de espectro variável, desde formas mais graves até formas mais atenuadas. O acúmulo de substrato não degradado causa um importante comprometimento ósseo, problemas respiratórios, baixa estatura e outros problemas, afetando os olhos, o coração e outros órgãos. Embora a síndrome de Maroteaux-Lamy não tenha uma incidência definida no Brasil, é reconhecido que, no nosso meio, é muito mais freqüente do que em outros países e regiões. Ela é particularmente freqüente no município de Monte Santo (Bahia), de aproximadamente 50.000 habitantes e onde já foram registrados 13 casos da doença. O diagnóstico é importante porque existe hoje um tratamento específico para a doença, a terapia de reposição enzimática (TRE), que vem mostrando bons resultados, especialmente quando iniciada em idade precoce. Descrevemos neste trabalho uma adaptação para microplacas da medida fluorimétrica da atividade de ARSB, e uma nova metodologia de análise molecular, ambas padronizados para sangue total impregnado em papel-filtro (STIPF). Essas técnicas foram desenvolvidas para incluir um teste de triagem neonatal para MPS VI, realizado nas amostras coletadas para o “teste do pezinho” nos neonatos do município de Monte Santo. Esses métodos permitem a detecção de pacientes com MPS VI e dos portadores da mutação específica que parece ser responsável pela alta incidência de MPS VI nessa localidade, uma vez que todos os pacientes lá diagnosticados apresentavam a mesma mutação (p.H178L) em homozigose. O trabalho foi desenvolvido em três etapas: na primeira foi realizada a padronização das técnicas em 100 amostras de STIPF; na segunda foi feito um teste-piloto com amostras de neonatos de Monte Santo, para avaliação das técnicas padronizadas e para o estudo de termoestabilidade em controles hígidos; na terceira foram analisadas amostras de STIPF de neonatos provenientes de Monte Santo pelos dois métodos (bioquímico e molecular). A padronização para realização da medida fluorimétrica da atividade enzimática de ARSB em microplacas indicou que o método é sensível, permitiu diferenciar os valores da população normal dos valores dos pacientes afetados e possibilitou a identificação segura de pacientes com MPS VI. Nas padronizações da análise molecular da mutação p.H178L em STIPF foi possível diferenciar os indivíduos normais, heterozigotos e homozigotos. Os resultados preliminares disponíveis indicam que o protocolo de triagem neonatal para MPS VI desenvolvido no presente trabalho poderá ser facilmente incorporado por laboratórios de referência, contribuindo para a detecção e tratamento precoce dos pacientes afetados por MPS VI. / Mucopolysaccharidosis type VI (MPS VI) or Maroteux-Lamy syndrome, is an autosomal recessive disorder caused by deficiency of the lysosomal enzyme Nacetylgalactosamine- 4-sulfatase (ARSB), which results in lysosomal storage of dermatan sufate in various tissues and organs and leads to a variable clinical spectrum, including more severe and attenuated forms. The accumulation of undegraded substrate causes bone involvement, respiratory problems and short stature, among other signs and symptoms, affecting the eyes, heart and other organs. Although the Maroteaux-Lamy syndrome does not have a defined incidence in Brazil, it is recognized that in our environment it is much more frequent than in other countries and regions. It is particularly frequent in the municipality of Monte Santo (Bahia) approximately 50,000 inhabitants and where there have already been 13 cases of the disease. The diagnosis is important because today there is a specific treatment for the disease, enzyme replacement therapy (ERT) which has shown good results, especially when started at an early age. We describe herein the standardization of the microplate fluorometric method for the ARSB test and a new methodology of molecular analysis, both adapted for dried blood spots (DBS) samples. These techniques were developed for inclusion of MPS VI in the newborn screening program that already tests the neonates of the city of Monte Santo, Bahia, Brasil for metabolic diseases. The methods were developed to detect patients with MPS VI and also for carriers, once the disease seems to have a high incidence (around 1:5.000) at this location. Also, all patients that have already been diagnosed in this city presented the same mutation (p.H178L) in homozygosis. The study was conducted in three stages: in the first was performed in 100 DBS samples an standardization of the techniques; in the second was done a pilot test with samples of newborns of Monte Santo, for the evaluation of standardized techniques and for the thermostability study in healthy controls; in the third were analyzed newborns samples from Monte Santo for both biochemical and molecular methods. Standardization on microplate for fluorimetric enzyme activity of the ARSB showed the assay sensitivity, differentiating values between normal and affected and allowing a reliable detection of patients with MPS VI. On the standardization for molecular analysis in DBS it was possible to differentiate the results for normal individuals, heterozygous and affected for the mutation p.H178L. The preliminary results available indicate that the protocol of neonatal screening for MPS VI developed in this work can be easily incorporated by reference laboratories, contributing to the detection and premature treatment of MPS VI affected patients.

A doença de Chagas é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas, que vão desde a ausência de sintomas à doença grave com comprometimento cardíaco e/ou digestivo. A influência do parasito, Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente etiológico da doença, nessas apresentações clínicas têm sido largamente estudada, não se tendo demonstrado o papel da diversidade genética de populações de T. cruzi na determinação das diferentes formas clínicas em humanos. Este trabalho teve como objetivos: a) geral: analisar as características moleculares de T. cruzi em pacientes com doença de Chagas com e sem imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos com e sem reativação); b) específicos: 1. Analisar comparativamente isolados do parasito quanto à distribuição em DTU; 2. Relacionar os resultados obtidos pela análise molecular do gene ND7 com a forma clínica e origem; 3. Avaliar por LSSP-PCR a variabilidade da sequência do kDNA de T. cruzi diretamente de amostras biológicas assim como em isolados de T. cruzi obtidos pelos exames de hemocultura/xenodiagnóstico; 4. Comparar os padrões polimórficos obtidos por LSSP-PCR em amostras repetidas de um mesmo paciente no mesmo sítio ou distintos sítios biológicos. Foram incluídos, após aprovação do protocolo na CAPPesq e mediante assinatura de TCLE, 106 pacientes com doença de Chagas crônica ou com imunossupressão, provenientes dos ambulatórios e enfermarias do HCFMUSP, além de 75 indivíduos controle, com provas sorológicas e moleculares negativas. Foram analisadas 187 amostras isoladas de hemocultura/xenodiagnóstico e 236 diretamente de amostras sanguíneas de pacientes. Os seguintes grupos foram constituídos: Agudo-AG, Crônico-CR, Crônico Imunodeprimido-CRI (doenças autoimunes/neoplasias), Coinfecção-CO (infecção por HIV/T.cruzi), Coinfecção-CO/RE (infecção por HIV/T.cruzi e reativação da doença de Chagas), Transplantado-TX, Transplantado-TX/RE (Transplantado com reativação da doença de Chagas). Foram identificados DTU TcI, TcV, TcVI e em maior número TcII, por ensaios de tipagem molecular do parasito, com distribuição estatisticamente significantemente de acordo com a naturalidade dos pacientes (P=0,013). Quanto ao gene ND7, observou-se que a banda de ~900 bp ocorreu em 83,0% das amostras das regiões norte, nordeste, centro-oeste e Bolívia e a de ~400pb em 54% das amostras nas regiões sul e sudeste brasileiras sendo esta diferença estatisticamente significante (P < 0,001). A comparação dos perfis observados por LSSP-PCR a partir de amostras extraídas diretamente do sangue e de isolados obtidos de hemocultura/xenodiagnóstico mostrou maior variabilidade em amostras sanguíneas, confirmada pelo dendrograma. Adicionalmente, o estudo de amostras repetidas do mesmo paciente permitiu confirmar a maior variabilidade nas amostras diretamente extraídas do sangue, com mudança dos padrões durante e após o tratamento com reaparecimento de perfis antigos não presentes no período prétratamento imediato, além de presença de perfis diferentes em distintos sítios biológicos do mesmo paciente. O encontro de DTU diferentes de TcII nos grupos CR/CRI e AG enfatiza a necessidade de atentar para a diferença em limiares de reatividade segundo DTU na análise da parasitemia por PCRq (quantitativa), conforme registrado na literatura. Os dados observados por LSSP-PCR acrescentam informações adicionais não revelados por tipagem molecular, representando novos desafios para o entendimento da relação hospedeiro-parasito em pacientes com doença de Chagas sem e com imunossupressão, ao lado de fatores como nível de parasitemia e pressão seletiva de medicamentos antiparasitários e imunossupressores / Chagas\' disease is characterized by a broad spectrum of clinical manifestations, ranging from asymptomatic cases to severe cardiovascular and/or gastrointestinal involvement. The clinical presentations are thought to be determined primarily by genetic diversity of populations of Trypanosoma cruzi (T. cruzi), but no correlation was clearly demonstrated yet. This study aimed to: a) general: to analyze the molecular characteristics of T. cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression (HIV infection and organ transplantation with or without reactivation); b) specifics: 1.To analyze comparatively isolates from the parasite as for the distribution in DTU; 2. To describe the results obtained by molecular analysis of gene ND7 in relationship with the clinical form and origin; 3. To assess by LSSP-PCR the variability of the sequence of the T. cruzi kDNA directly from biological samples, as well as in T. cruzi isolates obtained by examination of blood culture/xenodiagnosis; 4. To compare the polymorphic patterns obtained by LSSP-PCR in repeated samples of the same patient on the same site or different biological sites. After approval of the protocol in CAPPesq and by signing an informed consent, 106 patients with chronic Chagas disease or immunosuppression, from the HCFMUSP\'s clinics and wards, and 75 control subjects with negative serological and molecular tests were included. They were analyzed 187 isolated samples from blood culture/xenodiagnosis and 236 directly from blood samples of patients. The following groups were formed: Acute-AC, Chronic-CR, Chronic immunocompromised-CRI (autoimmune diseases/ neoplasms), Coinfection-CO (HIV/T. cruzi infection), Coinfection-CO/RE (HIV/T. cruzi and reactivation of Chagas disease), Transplantation-TX, Transplantation-TX/RE (Transplantation/ with reactivation of Chagas\' disease). DTU TcI, TcV, TcVI and higher TcII number were identified for molecular typing assays of the parasite and the distribution of DTU was statistically significant according to patient´s naturality (P=0.013). As for ND7 gene, was observed that the band of ~ 900 bp was prevalent in 83% of the samples in the North, Northeast, Midwest regions and Bolivia and the band of ~400bp occurred in 54% of the samples of Brazilian\' South and Southeast regions, this distribution was statistically significant (P < 0.001). The comparison between the profiles observed by LSSP-PCR from samples taken directly from blood and isolates obtained from blood culture/xenodiagnosis showed greater variability in blood samples, confirmed by dendrogram. Additionally, the study of repeated samples from the same patient allowed to confirm the greater variability in blood samples taken directly, with changing patterns during and after the treatment with reappearance of old profiles not present in the immediate pre-treatment period, and the presence of different profiles at different biological sites in the same patient. The presence of other DTUs than TcII in chronic and chronic immunosuppressed patients and AC groups emphasizes the need to pay attention to the different reactivity thresholds for the various DTU in the analysis of parasitaemia by PCRq (quantitative), according to the data registered in the literature. The results observed by LSSP-PCR add further information not revealed by molecular typing, representing new challenges for the understanding of the host-parasite relationship in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression, alongside factors such as level of parasitaemia and selective pressure of antiparasitic drugs and immunosuppressive

A mucopolissacaridose tipo VI (MPS VI) ou Síndrome de Maroteaux-Lamy, é uma doença autossômica recessiva causada pela deficiência da enzima lisossomal Nacetilgalactosamina- 4-sulfatase (ARSB), a qual resulta no armazenamento lisossômico de dermatan sufato em vários tecidos e órgãos, dando origem a uma condição clínica de espectro variável, desde formas mais graves até formas mais atenuadas. O acúmulo de substrato não degradado causa um importante comprometimento ósseo, problemas respiratórios, baixa estatura e outros problemas, afetando os olhos, o coração e outros órgãos. Embora a síndrome de Maroteaux-Lamy não tenha uma incidência definida no Brasil, é reconhecido que, no nosso meio, é muito mais freqüente do que em outros países e regiões. Ela é particularmente freqüente no município de Monte Santo (Bahia), de aproximadamente 50.000 habitantes e onde já foram registrados 13 casos da doença. O diagnóstico é importante porque existe hoje um tratamento específico para a doença, a terapia de reposição enzimática (TRE), que vem mostrando bons resultados, especialmente quando iniciada em idade precoce. Descrevemos neste trabalho uma adaptação para microplacas da medida fluorimétrica da atividade de ARSB, e uma nova metodologia de análise molecular, ambas padronizados para sangue total impregnado em papel-filtro (STIPF). Essas técnicas foram desenvolvidas para incluir um teste de triagem neonatal para MPS VI, realizado nas amostras coletadas para o “teste do pezinho” nos neonatos do município de Monte Santo. Esses métodos permitem a detecção de pacientes com MPS VI e dos portadores da mutação específica que parece ser responsável pela alta incidência de MPS VI nessa localidade, uma vez que todos os pacientes lá diagnosticados apresentavam a mesma mutação (p.H178L) em homozigose. O trabalho foi desenvolvido em três etapas: na primeira foi realizada a padronização das técnicas em 100 amostras de STIPF; na segunda foi feito um teste-piloto com amostras de neonatos de Monte Santo, para avaliação das técnicas padronizadas e para o estudo de termoestabilidade em controles hígidos; na terceira foram analisadas amostras de STIPF de neonatos provenientes de Monte Santo pelos dois métodos (bioquímico e molecular). A padronização para realização da medida fluorimétrica da atividade enzimática de ARSB em microplacas indicou que o método é sensível, permitiu diferenciar os valores da população normal dos valores dos pacientes afetados e possibilitou a identificação segura de pacientes com MPS VI. Nas padronizações da análise molecular da mutação p.H178L em STIPF foi possível diferenciar os indivíduos normais, heterozigotos e homozigotos. Os resultados preliminares disponíveis indicam que o protocolo de triagem neonatal para MPS VI desenvolvido no presente trabalho poderá ser facilmente incorporado por laboratórios de referência, contribuindo para a detecção e tratamento precoce dos pacientes afetados por MPS VI. / Mucopolysaccharidosis type VI (MPS VI) or Maroteux-Lamy syndrome, is an autosomal recessive disorder caused by deficiency of the lysosomal enzyme Nacetylgalactosamine- 4-sulfatase (ARSB), which results in lysosomal storage of dermatan sufate in various tissues and organs and leads to a variable clinical spectrum, including more severe and attenuated forms. The accumulation of undegraded substrate causes bone involvement, respiratory problems and short stature, among other signs and symptoms, affecting the eyes, heart and other organs. Although the Maroteaux-Lamy syndrome does not have a defined incidence in Brazil, it is recognized that in our environment it is much more frequent than in other countries and regions. It is particularly frequent in the municipality of Monte Santo (Bahia) approximately 50,000 inhabitants and where there have already been 13 cases of the disease. The diagnosis is important because today there is a specific treatment for the disease, enzyme replacement therapy (ERT) which has shown good results, especially when started at an early age. We describe herein the standardization of the microplate fluorometric method for the ARSB test and a new methodology of molecular analysis, both adapted for dried blood spots (DBS) samples. These techniques were developed for inclusion of MPS VI in the newborn screening program that already tests the neonates of the city of Monte Santo, Bahia, Brasil for metabolic diseases. The methods were developed to detect patients with MPS VI and also for carriers, once the disease seems to have a high incidence (around 1:5.000) at this location. Also, all patients that have already been diagnosed in this city presented the same mutation (p.H178L) in homozygosis. The study was conducted in three stages: in the first was performed in 100 DBS samples an standardization of the techniques; in the second was done a pilot test with samples of newborns of Monte Santo, for the evaluation of standardized techniques and for the thermostability study in healthy controls; in the third were analyzed newborns samples from Monte Santo for both biochemical and molecular methods. Standardization on microplate for fluorimetric enzyme activity of the ARSB showed the assay sensitivity, differentiating values between normal and affected and allowing a reliable detection of patients with MPS VI. On the standardization for molecular analysis in DBS it was possible to differentiate the results for normal individuals, heterozygous and affected for the mutation p.H178L. The preliminary results available indicate that the protocol of neonatal screening for MPS VI developed in this work can be easily incorporated by reference laboratories, contributing to the detection and premature treatment of MPS VI affected patients.

O gênero Trichosporon é composto por leveduras artrosporadas do Filo Basidiomycota e é conhecido agente de infecção fúngica invasiva (IFI) em pacientes imunodeprimidos ou com outros fatores de risco. Em pacientes onco-hematológicos é a principal levedura responsável por IFI depois do gênero Candida. Entre as espécies responsáveis por infecções no homem encontram-se: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. A tecnologia de identificação de fungos por espectrometria de massa (SM) MALDI-TOF ainda carece de padronização para identificação de fungos do gênero Trichosporon, mas a literatura mostra resultados encorajadores. O objetivo deste estudo é padronizar a técnica de espectrometria de massa MALDI-TOF para a identificação das espécies do gênero Trichosporon de importância médica. O estudo foi realizado em cooperação entre a Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (DLC, HC-FMUSP), Instituto de Medicina Tropical da USP (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) e Laboratoire de Parasitologie-Mycologie do Hospital Saint Antoine de Paris, vinculado ao grupo de pesquisa INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\" Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie de Paris. Noventa e três cepas/isolados foram analisado(a)s, sendo dezenove cepas de referência adquiridas junto à coleção holandesa Centraalbureau Schimmelcultures (CBS), 19 isolados do HC-FMUSP e IAL, e 55 isolados de diferentes hospitais franceses. A identificação molecular foi realizada através do sequenciamento da região IGS1 do rDNA e foi considerada como método de referência. O protocolo de extração de proteínas foi estabelecido através da comparação do desempenho de três metodologias (Bruker®, Cassagne et al., Sendid et al.). Os espectros de massa foram obtidos no laboratório de bacteriologia do Hospital Saint Antoine de Paris através do aparelho Microflex LT®. A interpretação dos resultados qualitativos e quantitativos (logscore) foi realizada através do Software Biotyper 3.0®. O desempenho de identificação do banco de espectros de referência Biotyper 3.0® foi comparado a outros cinco bancos criados a partir de espectros de referência (ERs) derivados de 18 cepas de referência CBS, sete isolados clínicos e 11 ERs do banco Biotyper 3.0. O protocolo de extração de proteínas descrito por Sendid et al. foi escolhido como protocolo de referência pois os espectros produzidos tiveram logscore superiores àqueles obtidos através do método do fabricante. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou 32,3% de identificações corretas das espécies, sendo que o banco de ERs in house (número 5, constituído cepas CBS e isolados clínicos) apresentou 98,5% de identificações de espécies. Espectros de referência do banco de dados Biotyper 3.0® foram submetidos à identificação com a utilização dos ERs criados a partir de cepas CBS e isolados clínicos e foram evidenciados com erros de identificação: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). Após padronização do protocolo de extração e criação de banco de ERs com cepas CBS e isolados clínicos caracterizados pelo sequenciamento da região IGS, a SM por MALDI-TOF apresentou-se como potente uma ferramenta para a identificação de fungos do gênero Trichosporon. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou um fraco desempenho, relacionado a ERs que foram criados a partir de cepas mal identificadas / Trichosporon spp. are arthrospored yeasts from the Filum Basidiomycota that are known to produce invasive fungal infection (IFI) in patients with immunosupression or other risk factors. After Candida, Trichosporon is the second genus of yeasts responsible for IFI in patients with onco-hematological diseases. The most important species related to human infection are: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. The technology of mass spectrometry (MS) for identification of Trichosporon species has not yet been standardized. However, preliminary promising results can be found in the literature. The objective of this study is to analyse and validate MS MALDI-TOF for the identification of Trichosporon species of medical relevance. This was a multicentric study with collaboration from the Central Laboratory Section from Clinics Hospital of the Medical School from the University of São Paulo (DLC-HCFMUSP), Tropical Medicine Institute from the University of São Paulo (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) and Laboratoire de Parasitologie-Mycologie from the Hospital Saint Antoine of Paris and INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\", Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie of Paris. Ninety three strains/isolates belonging to sixteen Trichosporon species were analysed. Nineteen were purchased from Centraalbureau Schimmelcultures (CBS) yeast collection, 19 belonged to HC-FMUSP and IAL collections, 55 belonged to different French collections. The reference identification method was the IGS1 rDNA sequencing. A protein extraction protocol was first established after comparing the performance of three different methodologies (Bruker(TM), Cassagne et al., Sendid et al.). The mass spectra were obtained through a Microflex LT(TM) mass spectrometer located at the bacteriology laboratory from Saint Antoine Hospital, Paris. Mass spectra, qualitative and quantitative results were produced through the software Biotyper 3.0(TM). The performance of the original main spectrum (MSP) library was compared to other 5 in house libraries built with the combination of MSPs derived from CBS strains (18), clinical strains (7) or (Bruker Daltonics/BD, Germany/USA) (11). The extraction protocol described by Sendid et al. showed better performance when compared to the manufacturer\'s one and was chosen for the subsequent extractions. Among the 6 different reference spectra databases tested, a specific one composed of 18 reference strains plus 7 clinical isolates (database 5) allowed the correct identification of 66 amongst 67 clinical isolates (98,5%). Biotyper 3.0 library produced only 32,3% of correct identifications. Biotyper\'s MSPs were submitted to cross-identification with MSPs derived from CBS strains and clinical isolates and misidentified original MSPs were identified: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). While until now less widely applied to basidiomycetous fungi, MALDI-TOF appears to be a valuable tool for identifying clinical Trichosporon isolates at the species level. The MSP library Biotyper 3.0 showed a poorer performance which was due to misidentified strains utilized as reference for the MSPs

A produção de alimentos inócuos, aptos ao consumo humano, é de extrema importância tanto à saúde pública quanto para atividade econômica. O queijo colonial é tipicamente consumido pela população do Rio Grande do Sul, porém ainda há poucos dados sobre a qualidade microbiológica desse produto. Sendo assim, os objetivos do presente estudo foram: (i) avaliar a qualidade microbiológica de queijos coloniais comercializados em feiras modelo e mercado público de Porto Alegre; (ii) caracterizar as cepas de Staphylococcus aureus e Listeria monocytogenes presentes neste produto quanto a alguns fatores de patogenicidade, resistência e tipificação genotípica. Para tanto, no período de novembro de 2014 a maio de 2015, foram analisadas 205 amostras de queijo colonial inspecionado, compreendendo 17 marcas distintas comercializadas em feiras modelos e no Mercado Público de Porto Alegre. As análises microbiológicas evidenciaram que 47,31% dos queijos estavam não conformes com pelo menos um dos parâmetros microbiológicos estabelecidos na RDC nº12, portanto impróprios ao consumo humano. Com relação à quantificação de coliformes termotolerantes e Staphylococcus coagulase positiva, 10,73% e 40,48% das amostras apresentaram contagens superiores ao limite máximo estabelecido na legislação, respectivamente. Valores acima do padrão aceitável foram observados em 5,85% dos queijos amostrados para ambos os parâmetros. No que diz respeito à pesquisa de Salmonella sp., todas as amostras apresentaram-se em conformidade. Listeria sp. foi detectado em 12,19% dos queijos, dos quais 24% foram classificados como L. monocytogenes, 52% L. inoccua, 16% L. welshimeri/L. seeligeri e 8% L. grayi. / The production of innocuous food, fit for human consumption, is of extreme importance to both public health and economic activity. Colonial cheese is typically consumed by the population of Rio Grande do Sul, but there is still limited data on the microbiological quality of this product. Thus, the objectives of the present study were: (i) to evaluate the microbiological quality of colonial cheeses marketed in model fairs and central market in Porto Alegre; (ii) to characterize Staphylococcus aureus and Listeria monocytogenes strains present in these products according to some pathogenicity and resistance factors as well as to their genotype. Thus, from November 2014 to May 2015, we analyzed 205 samples of colonial cheese, comprising 17 different brands marketed in model fairs and in the Public Market of Porto Alegre. Microbiological analyzes showed that 47.31% of the samples were not compliant with at least one of the microbiological parameters established in RDC nº12, therefore unfit for human consumption. Regarding the quantification of thermotolerant coliforms and Staphylococcus coagulase positive, 10.73% and 40.48% of the samples presented counts higher than the maximum limit established in the legislation, respectively. Values above the acceptable standard were observed in 5.85% of the samples for both parameters. With regard to Salmonella sp., all samples were negative. Listeria sp. was detected in 12.19% of the samples, of which 24% were classified as L. monocytogenes, 52% L. inoccua, 16% L. welshimeri / L. seeligeri and 8% L. grayi. Concomitant isolation of L. monocytogenes and L. inoccua species was observed in one sample. Two samples presented counts of 3.6 NMP.g-1 and 11 NMP.g-1 of Listeria sp.,; in the others, the population found was <3.0 NMP.g-1. Serotyping of L. monocytogenes indicated the presence of serovars 1 / 2a, 1 / 2b and 1 / 2c and the PFGE profile showed five pulse types. The amplification of the nuc gene, confirmed the 83 isolates of Staphylococcus coagulase positive as S. aureus. Regarding the antimicrobial susceptibility profile, all strains were susceptible to cefoxetin, oxacillin and vancomycin. Strains resistant to: penicillin (26.5%) were detected, all of them confirmed as beta-lactamase producers; ciprofloxacin and erythromycin (9.63%); tetracycline (7.22%) and gentamicin (4.81%). Of the total strains, 66.26% were susceptible to all antimicrobials tested, while 6.02% were considered multiresistant. The gene blaZ was detected in 31.32% of the strains. All strains were negative for mecA and lukS-F genes. As for the presence of genes coding for classical SEs, 16.86% amplified some gene being sea and sec the most frequent. From the molecular typing of the 83 strains of S. aureus it was possible to detect 19 different spa types among the 11 brands of cheeses commercialized; the t127 and t002 genotypes were predominant. Three different types of sequences were detected in the four strains of S. aureus selected for typing by the MLST technique performed in silico: ST-133, ST-5 and ST-1. The colonial cheese marketed in model fairs and in the public market of Porto Alegre, was confirmed as a possible carrier of microorganisms that cause DTA. Among these pathogens, the frequency of isolation of L. monocytogenes and, especially, of S. aureus is noteworthy.

[pt] Linguagens dinamicamente tipadas, tais como Lua, não usam tipos estáticos em favor de simplicidade e exibilidade, porque a ausência de tipos estáticos significa que programadores não precisam se preocupar em abstrair tipos que devem ser validados por um verificador de tipos. Por outro lado, linguagens estaticamente tipadas ajudam na detecção prévia de diversos bugs e também ajudam na estruturação de programas grandes. Tais pontos geralmente são vistos como duas vantagens que levam programadores a migrar de uma linguagem dinamicamente tipada para uma linguagem estaticamente tipada, quando os pequenos scripts deles evoluem para programas complexos. Sistemas de tipos opcionais nos permitem combinar tipagem dinâmica e estática na mesma linguagem, sem afetar a semântica original da linguagem, tornando mais fácil a evolução de código tipado dinamicamente para código tipado estaticamente. Desenvolver um sistema de tipos opcional para uma linguagem dinamicamente tipada é uma tarefa desafiadora, pois ele deve ser o mais natural possível para os programadores que já estão familiarizados com essa linguagem. Neste trabalho nós apresentamos e formalizamos Typed Lua, um sistema de tipos opcional para Lua, o qual introduz novas características para tipar estaticamente alguns idiomas e características de Lua. Embora Lua compartilhe várias características com outras linguagens dinamicamente tipadas, em particular JavaScript, Lua também possui várias características não usuais, as quais não estão presentes nos sistemas de tipos dessas linguagens. Essas características incluem funções com aridade flexível, atribuições múltiplas, funções que são sobrecarregadas no número de valores de retorno e a evolução incremental de registros e objetos. Nós discutimos como Typed Lua tipa estaticamente essas características e também discutimos nossas decisões de projeto. Finalmente, apresentamos uma avaliação de resultados, a qual obtivemos ao usar Typed Lua para tipar código Lua existente. / [en] Dynamically typed languages such as Lua avoid static types in favor of simplicity and exibility, because the absence of static types means that programmers do not need to bother with abstracting types that should be validated by a type checker. In contrast, statically typed languages provide the early detection of many bugs, and a better framework for structuring large programs. These are two advantages of static typing that may lead programmers to migrate from a dynamically typed to a statically typed language, when their simple scripts evolve into complex programs. Optional type systems allow combining dynamic and static typing in the same language, without affecting its original semantics, making easier this code evolution from dynamic to static typing. Designing an optional type system for a dynamically typed language is challenging, as it should feel natural to programmers that are already familiar with this language. In this work we present and formalize the design of Typed Lua, an optional type system for Lua that introduces novel features to statically type check some Lua idioms and features. Even though Lua shares several characteristics with other dynamically typed languages such as JavaScript, Lua also has several unusual features that are not present in the type system of these languages. These features include functions with exible arity, multiple assignment, functions that are overloaded on the number of return values, and the incremental evolution of record and object types. We discuss how Typed Lua handles these features and our design decisions. Finally, we present the evaluation results that we achieved while using Typed Lua to type existing Lua code.

The present study aimed to evaluate bacterial isolates and the microbiome of dairies. The specific aims were: to characterize Staphylococcus spp. isolated from mastitic milk, to evaluate the presence of Lactococcus in mastitic milk as a potential causative agent of mastitis, to evaluate the association between microbiome and milk quality parameters, and to characterize Staphylococcus spp. isolated from production lines of Minas Frescal cheese. The detection of genes encoding virulence factors (enterotoxins (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, and selx), hemolysins (hla, hlb, hld, hlg, and hlgv), exfoliative toxins (eta, etb, and etd), Panton-Valentine leukocidin (pvl), and toxic shock syndrome toxin (tst)), genes encoding antibiotic resistance (resistance to tetracycline (tetK, tetL, and tetM), erythromycin (ermA, ermB, and ermC), methicillin (mecA and mecC), and tobramycin (ant(4\')-Ia)), molecular typing (spa, SCCmec, and agr types), and phenotyping regarding antibiotic resistance were performed in staphylococci isolates from mastitic milk, and from cheese processing plant samples. Staphylococcus aureus was identified in the majority of isolates from both origins. Several virulence factor genes were detected. The distribution of genes encoding staphylococcal enterotoxins (85.0% - 85.7% of isolates were positive for one or more enterotoxin gene) was highlighted and the gene related to H toxin was the most prevalent. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus were identified in isolates from mastitic milk (4.1%) and cheese processing (6.0%); the genotyping and phenotyping of these isolates were described. t605 had the highest frequency in the S. aureus population studied. In mastitic milk, Lactococcus was suggested as the causative agent of an outbreak of mastitis in a dairy farm. Using next generation sequencing, the abundance of Lactococcus was observed in microbiome samples. Bacterial isolation and DNA sequencing confirmed the presence of Lactococcus lactis and Lactococcus garvieae. The microbiome of environmental samples and bulk tank milk from the dairy farm showed the Lactococcus genus among the most common bacterial taxa, suggesting other sources of this genus. Regarding milk quality parameters, the microbiome of bulk tank milk from several dairy farms was associated with somatic cell count and bacterial count. The core microbiome was described and many genera of importance were identified. Among the associations performed between microbiome and milk quality parameters, the identification of Streptococcus in samples classified with high somatic cell count and high bacterial count was highlighted. Several bacterial taxa with relative abundance significantly higher in samples classified as high and low cell count and bacterial count were shown. Real-time polymerase chain reaction was also performed associated with bacterial diversity, bacterial taxa, and bacterial count. These findings highlight the need to control and prevent bacterial contamination in the dairy industry, from herd to consumers. / O presente estudo apresentou como objetivo avaliar isolados bacterianos e microbioma de lácteos. Os objetivos específicos foram: caracterizar Staphylococcus spp. isolados de leite de vacas com mastite, avaliar a presença de Lactococcus em leite de vacas com mastite como um potencial agente causador de mastite, avaliar a associação entre microbioma de leite de tanque e parâmetros da qualidade de leite, e caracterizar Staphylococcus spp. isolados de linhas de processamento de queijo Minas frescal. A detecção de genes codificadores de fatores de virulência (enterotoxinas (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, selj, selk, sell, selm, seln, selo, selp, seIq, ser, ses, set, selu, selv, e selx), hemolisinas (hla, hlb, hld, hlg, e hlgv), toxinas exfoliativas (eta, etb e etd), leucocidina de Panton-Valentine (pvl), toxina da síndrome do choque tóxico (tst)), genes codificadores de resistência a antibióticos (resistência a tetraciclina (tetK, tetL e tetM), eritromicina (ermA, ermB e ermC), meticilina (mecA e mecC) e tobramicina (ant(4\')-Ia)), tipagem molecular (spa, SCCmec e agr types), e fenotipagem quanto à resistência a antibióticos foram realizadas em estafilococos isolados de leite de vacas com mastite e de amostras de planta de processamento de queijo. Staphylococcus aureus foi identificado na maioria dos isolados de ambas as origens. Diversos genes de fatores de virulência foram detectados, com destaque para a distribuição de genes codificadores de enterotoxinas estafilocócicas (85,0%-85,7% dos isolados foram positivos para um ou mais genes codificadores de enterotoxinas), sendo o gene relacionado com a toxina H o mais frequente. Staphylococcus aureus meticilina resistente foram identificados em isolados de leite de vacas com mastite (4.1%) e em processamento de queijo (6.0%); o perfil genotípico e fenotípico destes isolados foram descritos. t605 foi o mais freqüente na população de S. aureus estudada. Em leite de vacas com mastite, Lactococcus foi sugerido como o agente causador de um surto de mastite numa fazenda leiteira. Usando sequenciamento de nova geração, a abundância de Lactococcus foi observada no microbioma das amostras. O isolamento e sequenciamento de DNA confirmaram a presença de Lactococcus lactis e Lactococcus garvieae. O microbioma de amostras ambientais e de leite de tanque da fazenda mostrou o gênero Lactococcus entre os mais comuns, sugerindo outras fontes deste gênero. Contemplando parâmetros da qualidade de leite, o microbioma de leite de tanque de várias fazendas leiteiras foi relacionado com contagem de células somáticas e contagem bacteriana. O core microbiome foi descrito e muitos gêneros bacterianos de importância foram identificados. Dentre as análises realizadas associando microbioma com parâmetros da qualidade de leite, foi destacada a identificação de Streptococcus em amostras classificadas com alta contagem de células somáticas e alta contagem bacteriana. Diversos táxons bacterianos com abundância relativa significativamente maior em amostras classificadas com alta e baixa contagem de células somáticas e contagem bacteriana foram mostrados. Reação em cadeia da polimerase em tempo real também foi realizada e associada com diversidade bacteriana, táxons bacterianos e contagem bacteriana. Estes levantamentos confirmam a necessidade de controlar e prevenir a contaminação bacteriana na indústria de lácteos, do rebanho leiteiro até os consumidores.

A presente pesquisa teve por objetivo avaliar as fontes de contaminação por Listeria monocytogenes em uma linha de processamento de \"nuggets\" congelados de frango. Linhagens de L. monocytogenes isoladas de diferentes pontos de uma usina de processamento industrial nas diversas etapas do processamento foram avaliadas quanto à sua diversidade genética. A técnica empregada foi o RAPO com metodologia modificada da Organização Mundial da Saúde (OMS/WHO). Os perfis RAPO gerados com os \"primers\" M13 e UBC155 foram agrupados, combinados e analisados quanto à sua similaridade. As cepas foram também sorotipadas e 189 pertenciam ao sorogrupo 1 e 63 ao sorogrupo 4. A correlação entre a diversidade genética e a distribuição do microrganismo na linha de processamento foi estabelecida. As 252 L. monocytogenes estudadas puderam ser divididas em dois grandes \"clusters\" cada qual dividido em dois grupos. Os resultados da análise de \"clusters\" foram relacionados aos da sorologia, determinando sete subtipos. Verificou-se que três subtipos são introduzidos no ambiente de processamento juntamente com a matériaprima. Um deles foi encontrado somente na matéria-prima e os outros dois também foram detectados em superfícies de equipamentos e no ambiente de processamento. Outros subtipos encontrados em superfícies de equipamentos e no ambiente foram encontrados no produto em etapas subseqüentes. A contaminação da matéria-prima por cepas diferentes daquelas encontradas no ambiente de processamento mostra a sua importância como fonte de contaminação. Formas de controle da presença de L. monocytogenes na matéria-prima devem ser buscadas assim como o controle da contaminação ambiente. / This research was carried out in order to evaluate the sources of Listeria monocytogenes contamination in a frozen chicken nugget processing line. Strains of L. monocytogenes from different origins and isolated from different steps of the processing line were analysed for their genetic diversity. RAPO methodology modified from a WHO protocol was used. The RAPO profiles generated by primers UBC155 and M13 were grouped, combined and the similarities analysed. The strains were also serotyped and 189 belonged to serogroup 1 and 63 to serogroup 4. The correlation between genetic diversity and the strain distribution along the processing line was established. The 252 L. monocytogenes strains analysed were divided in two clusters, each of them containing 2 groups. Seven subtypes could be determined when the results of RAPO and serotyping were combined. It could be established that from the three sub-types of L. monocytogenes that belonged to the raw material, two could establish themselves in the processing line. These sub-types were detected latter in the environmental samples (food contact and non-food contact surfaces). On the other hand, other sub-types found initially in environmental samples were detected in the product in subsequent steps. The introduction of L. monocytogenes into the plant by raw material highlights its importance as a contamination source. Measures must be taken to control the presence of L. monocytogenes in the raw material as well as in the processing environment.

Infecções invasivas por Trichosporon spp. ocorrem com maior frequência em pacientes neutropênicos, principalmente portadores de doenças hematológicas malignas, e estão associadas a elevados índices de mortalidade devido às dificuldades na identificação do patógeno e à resistência aos fármacos mais empregados na terapêutica antifúngica. A identificação das espécies de Trichosporon é importante tanto para estudos epidemiológicos, como para associar aspectos clínicos com as espécies causadoras das infecções. Além disso, auxilia no tratamento da enfermidade, uma vez que a suscetibilidades aos fármacos antifúngicos pode variar de acordo com a espécie. Além disso, as leveduras do gênero Trichosporon sintetizam a glucuronoxilomanana (GXM) em sua parede celular, que pode estar envolvida no mecanismo de virulência do patógeno. Este estudo teve como objetivo determinar, por identificação fenotípica e molecular, espécies isoladas de pacientes internados em unidades hospitalares, comparando os resultados obtidos por ambos os métodos; avaliar diferenças na distribuição dessas espécies em relação às formas invasivas e não invasivas da infecção; determinar o perfil de suscetibilidade dessas leveduras aos antifúngicos, empregando um método de micro-diluição de referência e um método comercial; e avaliar a presença de GXM na parede celular dos isolados. Foram avaliados 74 isolados obtidos de amostras clínicas de pacientes do Hospital das Clinicas da FMUSP e de outras unidades hospitalares do Estado de São Paulo, no período de 2003 a 2011. Dezenove amostras foram isoladas de sítios estéreis do organismo (infecções invasivas) e 55 foram isoladas de urina e cateter (isolados não invasivos). Para a identificação das espécies, os isolados foram submetidos a análises fenotípicas, que incluíram estudo macro e micromorfológico, provas fisiológicas e avaliação do perfil bioquímico por sistema automatizado VITEK 2. A identificação molecular foi realizada pelo sequenciamento das regiões IGS e D1/D2 do DNA ribossomal. O perfil de suscetibilidade dos 74 isolados foi analisado pelo método de micro-diluição EUCAST (referência) com os fármacos fluconazol (FCZ), itraconazol (ITZ), voriconazol (VCZ), cetoconazol (CTZ), anfotericina B (AMB) e 5-fluocitosina (5FC); e pelo método de micro-diluição comercial Sensititre YeastOne, com os mesmos fármacos empregados no EUCAST, acrescidos do posaconazol (POS) e caspofungina (CAS). Os valores das concentrações inibitórias mínimas (CIM), erros categórico e essencial, bem como outros parâmetros foram comparados entre os dois métodos. A presença de GXM na parede celular dos 74 isolados foi determinada por citometria de fluxo, empregando anticorpo monoclonal anti-GXM. Os resultados dos estudos morfológicos e fisiológicos foram insuficientes para definir as espécies dos 74 isolados. Pela assimilação de carboidratos analisada pelo sistema VITEK 2, verificou-se que 71 isolados foram identificados como T. asahii (17 de infecção invasiva e 54 não invasivos), um isolado como T. mucoides (invasivo), e para dois isolados (um invasivo e um não invasivo), a identificação não foi conclusiva. Para estes últimos foi realizado o auxanograma (método manual), e a identificação permaneceu inconclusiva, pois pelo perfil de assimilação, os isolados poderiam ser identificados como T. asahii ou T. faecale. Pela técnica de sequenciamento, 62 dos 74 isolados foram identificados como T. asahii, demonstrando 82,4% de concordância com o sistema VITEK 2. Onze isolados com identificações discordantes pertenciam às espécies T. inkin (8), T. faecale (2) e T. dermatis (1), como determinado por sequenciamento. Dos dois isolados com identificação inconclusiva pelo VITEK 2, um foi identificado pela técnica molecular como T. asahii, enquanto para o outro isolado não foi possível definir a espécie. Portanto, dos 74 isolados do estudo, 62 foram identificados como T. asahii, 8 como T. inkin, 2 como T. faecale e 1 T. dermatis; dois isolados permaneceram sem identificação conclusiva. Os resultados dos testes de suscetibilidade in vitro mostraram que, em ambos os métodos, VCZ apresentou a melhor atividade antifúngica. Pelo método EUCAST, foram obtidos valores elevados de CIM para AMB, enquanto o mesmo não foi observado no teste comercial. Neste último, foram observados valores elevados de CIM para FCZ, POS e CAS. Em relação à 5FC, os valores de CIM 90% por ambos os testes foram elevados (16mg/L). Diferenças significantes foram observadas entre os valores de CIM obtidas pelos dois métodos, e percentuais relativamente elevados de erros categóricos graves quando o método comercial foi comparado ao de referência. Não houve diferença estatística significante de valores de CIM entre isolados de infecção invasiva e não invasiva, exceto para ITZ e 5FC. Cerca de 30% dos isolados obtidos de casos de infecção invasiva e não invasivos apresentaram resistência cruzada entre os azóis FCZ e VCZ, e uma pequena porcentagem apresentou multirresistência. Para a análise de GXM na parede celular dos 74 isolados do estudo, foi avaliada a intensidade de fluorescência emitida pela citometria de fluxo, não tendo sido observada diferença estatística significante entre isolados invasivos e não invasivos. O estudo permitiu concluir que T. asahii foi a espécie mais isolada das amostras clínicas obtidas de sítios estéreis e não estéreis. A metodologia clássica de identificação fenotípica não foi suficiente para definir as espécies do gênero Trichosporon, e o sistema VITEK 2 apresentou discordância quando comparado à técnica molecular para as espécies não T. asahii. Em relação aos testes de suscetibilidade in vitro, VCZ apresentou-se mais adequado para a inibição das leveduras, enquanto os fármacos AMB, FCZ e POS não foram eficazes para a maior parte dos isolados. As discordâncias encontradas entre o método de referência e o comercial sugerem que, para o segundo, são necessárias mais avaliações para seu emprego em rotina laboratorial para o gênero Trichosporon. A detecção de GXM não resultou em diferenças entre os isolados de ambos os grupos; no entanto, para se determinar o efeito protetor do polissacarídeo contra a ação de macrófagos, ensaios de fagocitose devem ser realizados / Invasive Trichosporon spp. infections occur more frequently in neutropenic patients, especially those with hematologic malignancies, and are associated with high mortality rates due to difficulties in identifying the pathogen and treating patients with drugs most currently employed in antifungal therapy. Trichosporon species identification is important for epidemiological studies and to better define eventual species-specific clinical association. Additionally, antifungal susceptibility may vary according to the species. Furthermore, glucuronoxylomannan (GXM) is a cell wall-associated polysaccharide produced by genus Trichosporon, which may be involved in virulence mechanisms of this pathogen. This study aimed (i) to identify Trichosporon species isolated from hospitalized patients by both phenotypic and molecular methods, comparing results; (ii) to verify the distribution of these species in invasive and non-invasive infection episodes; (iii) to determine the in vitro activities of various antifungals agents against the Trichosporon spp. isolates, employing a reference micro-dilution method and a commercial system; (iv) and to analyze the surface expression of GXM. Seventy-four Trichosporon spp. isolates obtained from clinical specimens of patients admitted to the Hospital das Clínicas-FMUSP and to other hospitals in the state of São Paulo, from 2003 to 2011, were included in the study. Nineteen samples were isolated from sterile deep sites (invasive infections) and 55 were isolated from catheter and urine samples (non-invasive isolates). All isolates were submitted to phenotypic analysis, which consisted in morphological features observation, physiological tests and determination of the biochemical profile by VITEK 2 system. Molecular identification was performed by sequencing of IGS1 and D1/D2 regions from the ribosomal DNA. The susceptibility antifungal profiles of the 74 isolates were analyzed by both the EUCAST micro-dilution method (reference) employing fluconazole (FCZ), itraconazole (ITZ), voriconazole (VCZ), ketoconazole (CTZ), amphotericin B (AMB) and 5 - flucytosine (5FC), and the commercial micro-dilution test Sensititre YeastOne, with the same drugs employed in EUCAST plus posaconazole (POS) and caspofungin (CAS). The minimum inhibitory concentration values (MIC), categorical and essential errors as well as other susceptibility parameters were compared between both methods. The cell wall expression of GXM of all isolates was measured by flow cytometry employing an anti-GXM monoclonal antibody. The morphological and physiological features of the Trichosporon spp. isolates were insufficientto define species. The carbohydrate assimilation analysis, performed by VITEK 2 system, has resulted in 71 isolates identified as T. asahii (17 from invasive infections and 54 non-invasive isolates) and one isolate as T. mucoides (invasive). The species identification for the two remaining isolates (one invasive and one non-invasive) was inconclusive. For this reason, a manual auxanogram was performed with these isolates, resulting again in non-conclusive species identification. By the automated sequencing method, 62 of the 74 isolates were identified as T. asahii, showing 82.4% of agreement with the VITEK 2 identification. Eleven isolates were identified by sequencing as T. inkin (8), T. faecale (2) and T. dermatis (1), showing disagreement identification with the VITEK 2 system. Regarding the two isolates with inconclusive results by the carbohydrate assimilation, the molecular technique identified one as T. asahii, whereas for the other isolate the sequencing was also unable to define species. Therefore, among the 74 studied isolates, 62 were identified as T. asahii, eight as T. inkin, two as T. faecale and one as T. dermatis; and two isolates remained with unconclusive identification. Almost all Trichosporon spp. isolates displayed susceptibility to VCZ with both methods. By the EUCAST method, high values of MIC were observed for AMB, while by the commercial test especially the invasive isolates showed susceptibility to this drug. Additionally, the Sensititre kit provided elevated MIC values for FCZ, POS and CAS. In regards to 5FC, the MIC 90% values were consistently high (16 mg/L) in both methodologies. The MIC values obtained by both EUCAST and commercial methods were compared, resulting in significant differences of MIC values for all tested antifungal drugs; major categorical errors occurred at relatively high percentage with the commercial method. No statistically significant differences in MIC values were verified when invasive and non-invasive isolates were compared. Around 30% of both invasive and non-invasive isolates showed cross-resistance to FCZ and VCZ, while a small number of isolates was multiresistant. The GXM analysis by cytometry demonstrated no significant differences between invasive and non- invasive isolates. This study demonstrated that T. asahii was the most frequently isolated species from both deep and non-sterile sites of the patients. The classical phenotypic methodology was not able to define Trichosporon species, and the VITEK 2 system identification showed disagreement with the sequencing technique for the non-T. asahii species. Regarding the in vitro susceptibility tests, VCZ was the most effective drug against the isolates, whereas most of them appear to be less susceptible to AMB, FCZ and POS. The discrepancies in the Trichosporon spp. susceptibility results between the reference and commercial methods suggest that the latter requires further evaluation tests before it can be used in routine laboratory. Although the GXM expression seemed to be equal in both invasive and non-invasive Trichosporon spp. isolates, phagocytic assays should be performed in order to determine the protective effect of the polysaccharide against phagocytosis

MRSA é um importante agente de colonização e infecção em pacientes hepatopatas e transplantados de fígado. Este estudo tem como objetivo avaliar a clonalidade e a virulência de isolados MRSA de pacientes hepatopatas atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. De agosto de 2010 a janeiro de 2012, foram coletados swabs nasais e inguinais de 190 pacientes (126 pré-transplante e 64 de pós-transplante). Isolados de MRSA foram identificados fenotipicamente e foi realizada detecção de genes de virulência, caracterização do tipo de SCCmec, análise de polimorfismo genômico por PFGE e técnica de microarranjo. Além disso, determinou-se a CIM para dez antimicrobianos pelo método de microdiluição em caldo. MRSA foi detectado em 20% dos pacientes pelo método de cultura e em 82% por PCRs. Apenas três pacientes colonizados desenvolveram infecção após o transplante. Entre os 69 isolados de MRSA, 42,0% (29/69) apresentaram SCCmec tipo II, 20,3% (14/69) SCCmec tipo I, 20,3% (14/69) SCCmec tipo III, 13,0% (9/69) SCCmec tipo IVa, 2,9% (2/69) SCCmec tipo IV e 1,5% (1/69) SCCmec tipo V. O gene tst foi detectado em 5,8% (4/69) dos isolados MRSA e todos eles foram definidos como SCCmec tipo I. Outros genes identificados por PCR foram: lukD (89,9%; 62/69), lukE (89,9%; 62/69), clf (91,3%; 63/69) e fnbA (89,9%; 62/69). A análise por PFGE dos 69 isolados mostrou a presença de um clone predominante chamado cluster A em 36,2% (25/69) e este cluster apresentou 84,6% de similaridade com o clone NewYork/Japan (BK2464). O dendrograma demonstrou também a presença de um cluster relacionado com BEC (Clone Endêmico Brasileiro) HSJ216. Atualmente o tipo de SCCmec mais prevalente em nosso hospital é o tipo II. Neste estudo, observou-se a presença de isolados virulentos tanto em pacientes hepatopatas como em pacientes transplantados. Nossos resultados mostraram que o clone predominante (cluster A) apresentou diferentes genes de virulência (genes fnbA, clf e lukD-lukE) e foi resistente a pelo menos seis diferentes drogas, além de ser caracterizado como HA-MRSA SCCmec tipo II. Em conclusão, a técnica de microarranjo permite a genotipagem e detecção de genes estafilocócicos clinicamente relevantes, e pode, na maioria dos casos, ser utilizada como uma importante ferramenta para a triagem da virulência e resistência a antimicrobianos em isolados de MRSA / MRSA is an important agent of colonization and infection in patients with liver disease and liver transplant. This study aims to evaluate clonality and virulence of MRSA isolates from liver diseases patients treated at Hospital of Clinics Faculty of Medicine from University of Sao Paulo. From August 2010 to January 2012, we collected nasal and groin swabs from 190 patients (126 pre-liver and 64 post-liver). MRSA isolates were identified phenotypically and the detection of virulence genes, characterization of SCCmec type, microarray and genomic polymorphism analysis by PFGE were done. In addition, it was determined the MIC for ten antibiotics by broth microdillution method. MRSA was detected in 20% patients by culture method and 82% by PCR. Only three patients colonized developed infection post-transplantation. Among the 69 MRSA isolates, 42.0% (29/69) had type II SCCmec, 20.3% (14/69) SCCmec type I, 20.3% (14/69) SCCmec type III, 13.0% (9/69) SCCmec type IVa, 2.9% (2/69) SCCmec type IV and 1.5% (1/69) SCCmec type V. The tst gene was detected in 5.8% (4/69) of MRSA isolates and all of them were defined as SCCmec type I. Other genes were identified by PCR: lukD (89.9%; 62/69), lukE (89.9%; 62/69), clf (91.3%; 63/69) and fnbA (89.9%; 62/69). The PFGE analysis of 69 isolates showed the presence of a predominant cluster named cluster A in 36.2% (25/69) and this cluster had 84.6% similarity with New York/Japan clone (BK2464). Dendrogram also demonstrated presence of one cluster related with BEC (Brazilian Endemic Clone) HSJ216. Currently the most prevalent SCCmec type in our hospital is type II. In this study, we observed virulent isolates in pre and post-transplantation patients. Our results showed that the predominant clone (cluster A) had different virulence genes (genes fnbA, clf and lukD-lukE) and was resistant to at least six different drugs, in addition to being characterized as HA-MRSA SCCmec type II. In conclusion, microarray profiling allows genotyping and detection of clinically relevant staphylococcal genes, and can, in most cases, be used as an important tool to screening virulence and antibiotic resistance genes in MRSA isolates