Made available in DSpace on 2014-06-12T15:58:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4705_1.pdf: 2915142 bytes, checksum: 012649ad1d7cc96f9995fc379be3179f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Pesquisas recentes têm mostrado que projetos de software de curta duração e que utilizam equipes pequenas possuem maiores chances de sucesso. Entretanto, a escolha da metodologia a ser utilizada neste tipo de projeto deve levar em consideração suas características, como a comunicação facilitada e o menor grau de formalismo nos artefatos. Para se utilizar metodologias de desenvolvimento pesadas, como o RUP e o OPEN, deve-se fazer uma adaptação da metodologia escolhida, pois elas se propõem servir a uma grande diversidade de projetos, possuindo um grande número de atividades, muitas vezes desnecessárias. Apesar do detalhamento de suas atividades ser útil para sua adoção, isto torna a adaptação da metodologia uma atividade complexa e custosa. Por outro lado, a adoção de metodologias ágeis, como XP e Scrum, muitas vezes não é suficiente. Por adotarem uma abordagem mais informal para o desenvolvimento de software, estas metodologias muitas vezes carecem de descrições mais detalhadas e deixam atividades importantes em segundo plano, como por exemplo, gerenciamento de riscos e planejamento de recursos. Caso se deseje estar alinhado ou de acordo com um modelo de qualidade como o Capability Maturity Model for Software (SW-CMM), esta informalidade é um obstáculo ainda maior. Todavia, várias práticas propostas por estas metodologias têm se mostrado eficazes em projetos pequenos. Como exemplos, temos a integração contínua e o uso de iterações de curta duração. Neste trabalho, apresentamos o RUP-pe, uma metodologia ágil, voltada para equipes de até 15 desenvolvedores. Ele foi elaborado com base no RUP e incorpora práticas de diversas metodologias ágeis. Além disto, também foi definido com base no TSP, um processo de software completamente alinhado com o SW-CMM. O objetivo do RUP-pe é ser uma metodologia adequada às pequenas equipes, sem ser excessivamente informal, e alinhada, desde sua definição, com um modelo de qualidade reconhecido mundialmente. São apresentadas as disciplinas Implementação e Gerenciamento de Projeto, e um website que possui todo o detalhamento das atividades propostas, servindo de guia para as equipes que desejem utilizá-lo

La paraparésie spastique tropicale ou la myélopathie associée à HTLV-1 (TSP/HAM) est une maladie neurologique chronique caractérisée par le développement de paralysies spastiques des membres inférieurs et de déficits sensoriels divers. Une infiltration périvasculaire souvent observée dans le système nerveux central des patients atteints de TSP/HAM correspondant essentiellement à des lymphocytes T CD4+, cibles préférentielles du HTLV-1 in vivo. Cependant, le facteur déclencheur du processus inflammatoire de la TSP/HAM est toujours méconnu. De ce fait, nous nous sommes intéressés à l'étude de l'implication d'une nouvelle population inflammatoire des T CD4+, les TH17, dans cette pathologie. Une quantification de l'expression de l'ARNm d'IL-17, la cytokine inflammatoire sécrétée par les TH17, a été menée sur les cellules du sang périphérique issues de patients infectés ainsi que sur des lignées cellulaires chroniquement infectées par HTLV-1. L'expression élevée de l'IL-17 détectée dans les lignées cellulaires est corrélée avec celle de la protéine transactivatrice du HTLV-1, Tax. Par ailleurs, Tax induit l'expression du régulateur transcriptionnel clé des TH17, RORγ, par l'intermédiaire de la cytokine pro-inflammatoire Ostéopontine. Finalement, nous avons pu montrer l'existence d'une relation dynamique entre l'expression de l'ARNm de Tax, OPN, RORγ, IL-17 et IL-22 chez les patients asymptomatiques et TSP/HAM avec une expression d'IL-17 et d'IL-22 plus élevée chez le groupe des TSP/HAM. Nos résultats suggèrent que l'infection par HTLV-1 in vivo induirait une réponse TH17 qui pourrait avoir un rôle majeur dans la pathogenèse de la TSP/HAM. / HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) is a neurological inflammatory disease of the central nervous system characterized by a chronic, progressive inflammatory demyelinating myelopathy. It is thought that the pathogenesis of this disease involves a predominant infiltration of CD4+ T cells which are the main subset of in vivo infected cells with HTLV-1. However, until now, the identity of the triggering factor which promotes the inflammatory process in HAM/TSP remains unclear. Therefore, we investigated the implication of the new CD4+ T cells inflammatory lineage TH17 in this disease. We quantified the mRNA expression levels of IL-17, a cytokine associated with the TH17 response, in peripheral blood from 10 HAM/TSP patients, 6 healthy asymotomatic carriers (HCs) and 4 normal uninfected controls as well as in HTLV-1-infected T-cell lines. Elevated production of IL-17 observed in HTLV-1-infected T-cell lines was correlated with the expression of Tax, the major HTLV-1 regulatory protein. Thus, we established that Tax increases the expression of RORγ, the TH17-lineage specific transactivator, by inducing Osteopontin expression, an inflammatory cytokine known to promote TH17 response. Finally, we demonstrated a dynamic relationship between the expression of Tax, Osteopontin, RORγ, IL-17 and IL-22 mRNAs in HCs and HAM/TSP patients, where higher expression of IL-17 and IL-22 were observed in HAM/TSP cases. These findings suggest that in vivo infection by HTLV-1 may lead to a deleterious deviation of CD4+ T Helper response to TH17, that could play a major role in HAM/TSP pathogenesis.

La thrombospondine-1 (TSP-1) est une glycoprotéine multi-modulaire exprimée de façon ubiquitaire qui régule de nombreux processus pathophysiologiques tels que l'adhérence cellulaire, la prolifération, l'apoptose, l'inflammation et les réponses cardiovasculaires. La TSP-1 est reconnue comme un acteur moléculaire majeur au sein du microenvironnement tumoral et constitue une cible de choix pour le développement d'agents thérapeutiques anti- cancéreux. L'interaction de la TSP-1 avec le récepteur membranaire CD47 est largement rapportée comme étant impliquée dans la progression tumorale et la mise en place d'une résistance aux traitements chiomiothérapeutiques. De ce fait, nous avons cherché à identifier et à caractériser un agent moléculaire novateur se comportant comme antagoniste sélectif de l'interaction TSP-1:CD47. Des expériences de docking protéine-protéine et de simulation moléculaire ont été réalisées afin de concevoir un nouveau peptide dérivé du CD47, nommé TAX2. Le peptide TAX2 empêche l'interaction de la TSP-1 avec le CD47, comme cela a été confirmé par co-immunoprécipitation et test ELISA. De manière intéressante, le peptide TAX2 inhibe la migration des cellules endothéliales, la formation de structures multi- cellulaires de type capillaire ainsi que le développement de micro-vaisseaux à partir d'explants aortiques. De façon cohérente avec ces observations, nos résultats mettent en évidence que le peptide TAX2 promeut la liaison de la TSP-1 au sein de complexes moléculaires comprenant le récepteur CD36, et inhibe en conséquence la voie de signalisation associée au VEGF et au VEGFR2. Enfin, une approche d'imagerie multi-modale et multi-échelles combinant des marquages histologiques, l'analyse de la densité micro-vasculaire, des analyses d'imagerie de résonance magnétique et d'imagerie infra-rouge à transformée de Fourier, ainsi qu'un suivi longitudinal par micro-tomographie à rayons X a été conduite afin de quantifier l'angiographie tumorale in vivo. Les résultats obtenus chez la souris C57Bl/6 révèlent que des administrations intra-péritonéales du peptide TAX2 perturbent fortement le réseau vasculaire associé à la tumeur de mélanome et induisent une importante nécrose tumorale entrainant l'effondrement de la tumeur. De plus, nous avons démontré que le peptide TAX2 inhibe considérablement la dissémination métastatique sans affecter les organes sains. Nous avons donc identifié le premier antagoniste sélectif de l'interaction TSP-1:CD47 qui, en contournant le problème des molécules existantes ciblant aveuglément le CD47, présente des activités anti-angiogéniques, anti-tumorales et anti-métastatiques in vivo qui pourraient à terme fournir de nouvelles approches thérapeutiques en pathologie tumorale. / Thrombospondin-1 (TSP-1) is a ubiquitously expressed multi-modular glycoprotein involved in many pathophysiological processes including regulation of cell adhesion, proliferation, apoptosis, inflammation and cardiovascular response. TSP-1 is recognized as a major molecular actor within tumor microenvironment and constitutes an exciting target for the development of useful therapeutic agents against tumorigenesis. TSP-1 binding to CD47 membrane receptors is widely reported to support tumor progression and may drive chemotherapeutic drug resistance. Thus, we sought to identify and characterize an innovative molecular agent acting as selective antagonist for TSP-1:CD47 interaction. Protein-protein docking and molecular dynamics simulations were conducted to design a novel CD47-derived peptide, called TAX2. TAX2 prevents TSP-1 binding to CD47, as revealed by ELISA binding assays and co-immunoprecipitation experiments. Interestingly, TAX2 inhibits endothelial cell migration, formation of multi-cellular capillary-like structures and sprouting of microvessels from aortic explants. Consistently, our data highlighted that TAX2 peptide promotes TSP-1 binding to CD36-containing complexes, leading to disruption of VEGF/VEGFR2 signaling. Furthermore, a multi-modal and multi-scale imaging approach was conducted combining histopathological staining, tumor-associated microvessel density, magnetic resonance imaging analysis, Fourier transform infrared imaging and micro-computed tomography monitoring for 3D quantification and longitudinal follow-up of tumor angiography in vivo. The results obtained from C57Bl/6 mice revealed that intraperitoneal administration of TAX2 highly disturbs melanoma tumor vascularization network, inducing an extensive tumor necrosis and subsequent tumor collapse. Furthermore, we demonstrated that TAX2 drastically inhibits the melanoma lung metastases dissemination without affecting healthy organs. Overall, we designed the first selective antagonist for TSP-1:CD47 interaction. By bypassing the problem of existing molecules blindly targeting CD47, we revealed that TAX2 exhibits anti- angiogenic, anti-tumor and anti-metastatic activities in vivo that could supply new innovative therapeutic approaches against malignant diseases.

O vírus linfotrópico de células T humanas (HTLV-1) foi o primeiro retrovírus descrito e está etiologicamente ligado a duas principais doenças: a leucemia/linfoma de célula T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Apenas 0,3 a 5% dos indivíduos infectados desenvolvem essas doenças associadas, enquanto a maioria permanece assintomática. A HAM/TSP é uma manifestação inflamatória do sistema nervoso central e o mecanismo pelo qual o HTLV-1 induz o surgimento de HAM/TSP ainda não está totalmente esclarecido. Atualmente, uma abordagem promissora no entendimento de mecanismos, bem como na fisiopatogênese das infecções virais tem sido a avaliação da função de microRNAs (miRNAs). Há poucos dados na literatura envolvendo estas moléculas na infecção pelo HTLV-1 em linfócitos T CD4+ bem como no estabelecimento da doença HAM/TSP. No presente estudo, foi avaliada a expressão de miRNAs dos linfócitos T CD4+ isolados de portadores sem HAM/TSP (HAC), pacientes HAM/TSP e indivíduos sadios (CT) por meio de PCR em tempo real. A análise do perfil de expressão dos miRNAs nessas células revelou que 56 e 10 miRNAs apresentavamse mais 1,5 vezes aumentados no grupo HAM/TSP e HAC, respectivamente. O miR- 125b-1-1 apresentou expressão significamente maior no grupo HAC e o miR-146a, no grupo HAM/TSP. A análise in silico de predição de alvo demonstrou que o gene IFNG era potencialmente alvo do miR-125b-1-1 e os genes IRAK1 e TRAF6 do miR- 146a. Foi demonstrado que a expressão do IFNG no grupo HAC era 1,3 vezes mais elevado que o grupo CT e 1,8 vezes mais elevado no grupo HAM que no grupo CT. Houve um aumento na expressão de TRAF6 de 15,7 e 1,5 vezes nos grupos HAM/TSP e HAC, respectivamente. Não foi observada diferença na expressão de IRAK1 entre os três grupos. O ensaios de superexpressão do miR-125b-1-1 alterou a expressão do IFNG e do miR-146a alterou a expressão do gene IRAK1 e sua proteína. Os resultados evidenciados neste trabalho ressaltam a importância dos miRNAs na modulação de genes e proteínas importantes durante a infeção pelo HTLV-1. A correlação entre o miR-125b-1-1 e gene IFNG sugere que este miRNA esteja envolvido nos mecanismos de desenvolvimento de HAM/TSP. Além disso, a interação entre o miR-146a e os genes IRAK1 e TRAF6 sugerem que este miRNA esteja relacionado a mecanismos de persistência viral da infecção pelo HTLV-1 em linfócitos T CD4+. / Human T-cell lymphotropic vírus type 1 (HTLV-1) was the first human retrovirus discovered and it is related with two major diseases: adult T cell lymphoma/leukaemia (ATLL) and HTLV-1 -associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TS). About 0.3 to 5% of infected individuals will develop HTLV-1 related diseases, while the majority will remain life-long asymptomatic carriers of the virus. HAM/TSP is an inflammatory manifestation of central nervous system and the mechanism involved in HAM/TSP development is noy well elucidated. Currently, a promising approach on understanding the mechanisms as well as physiopathogenesis of viral infections has been the evaluation of the role of microRNAs (miRNAs) roles. There are few data involving CD4+ T cells miRNA expression in HTLV-1 infection as well as HAM/TSP establishment. To identify miRNAs differentially expressed in CD4+ T cells among non-infected individuals (CT), asymptomatic (HAC) and HAM/TSP patients we applied quantitative real time PCR. The analysis of miRNA expression profile in these cells showed 56 and 10 miRNAs upregulated 1.5 times in HAM/TSP and HAC groups, respectively. miR- 125b-1-1 was upregulated in HAC group and miR-146a in HAM/TSP. In silico analysis of target prediction showed that IFNG was a potentially miR-125b-1-1 target and IRAK1 and TRAF6 were miR-146a targets. IFNG expression was 1.3 higher in HAC than CT group and 1.8 higher in HAM/TSP than CT group. It was observed that TRAF6 expression was 15.7 and 1.5 times higher in HAM/TSP and HAC groups, respectively. There was no difference of IRAK1 expression among the three groups. Overexpression assays of miR-125b-1-1 altered IFNG expression and overexpression of miR-146a altered IRAK1 gene and protein expression. The results revealed that miRNAs modulate genes and proteins during HTLV-1 infection. miR- 125b-1-1 and IFNG gene correlation suggests that miR-125b-1-1 seems to contribute to HAM/TSP development. Besides, miR-146a and IRAK1 and TRAF6 interaction suggests that miT-146a seems to contribute to HTLV-1 establishment in CD4+ T cells.

MALTA, T.M. Análise do perfil de expressão gênica em linfócitos T CD8+ isolados de pacientes infectados pelo HTLV-1. 2009. 137f. Dissertação de Mestrado. Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2009. O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 (HTLV-1) foi o primeiro retrovírus humano descrito e está etiologicamente associado a duas principais manifestações clínicas: a leucemia ou linfoma de células T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV-1 ou paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). É estimado que 3 a 5% das pessoas infectadas pelo HTLV-1 desenvolvem as doenças associadas, enquanto a maioria permanece assintomática. A HAM/TSP é uma manifestação inflamatória do sistema nervoso central e o mecanismo pelo qual o HTLV-1 induz o surgimento de HAM/TSP ainda é questão de debate. Os linfócitos T CD8+ citotóxicos (CTL) têm uma participação importante na resposta imunológica dirigida contra o HTLV-1 e a eficiência com que as CTLs eliminam as células infectadas pelo vírus está relacionada com a carga proviral (CPV) do indivíduo e consequentemente com o risco de desenvolvimento de HAM/TSP. No presente trabalho, foram avaliados os perfis de expressão gênica de linfócitos T CD8+ isolados de portadores assintomáticos (HAC), pacientes com HAM/TSP (HAM/TSP) e de indivíduos sadios (CT) por meio da metodologia de Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Os linfócitos T CD8+ utilizados foram isolados por meio de separação imunomagnética e um pool composto de quatro indivíduos infectados para cada grupo, HAC e HAM/TSP foi utilizado para a construção das bibliotecas. A análise do SAGE resultou num total de 51.017, 62.432 e 60.620 tags sequenciadas para as bibliotecas CT, HAC e HAM/TSP, respectivamente, o que permitiu a identificação de aproximadamente 12.000 transcritos diferentes em cada biblioteca. Foram identificados cerca de 900 genes diferencialmente expressos entre as bibliotecas CT e HAC ou HAM/TSP. A comparação dos grupos HAC e HAM/TSP revelou 290 genes. Um grande número destes genes diferencialmente expressos está envolvido com os processos de apoptose, adesão e migração celular. Os achados foram validados pela metodologia de PCR em tempo real em um total de 17 indivíduos assintomáticos, 14 com HAM/TSP e 24 indivíduos sadios. A validação evidenciou o aumento da expressão dos genes envolvidos na lise mediada por células PRF1, GZMB e GZMH, além do aumento de CCL5, ZAP70 e PXN nos indivíduos infectados pelo HTLV-1. Além disso, os resultados mostraram redução nos níveis de expressão de CXCR4 nesses pacientes. Adicionalmente, foi realizada a quantificação dos níveis protéicos de PRF1 e GZMB por citometria de fluxo e os resultados corroboraram com a PCR em tempo real. O perfil gênico dos linfócitos T CD8+ demonstrou a ocorrência de intensa ativação e migração celular durante a infecção pelo HTLV-1. Essas evidências indicam que as células CD8+ dos indivíduos infectados pelo HTLV-1 parecem contribuir mais para a proteção e controle da infecção pelo vírus, e menos para o desenvolvimento de HAM/TSP. Este foi o primeiro trabalho a analisar a expressão global de linfócitos T CD8+ nesta infecção por meio de SAGE e permitiu a geração de dados que serão empregados em diferentes abordagens na pesquisa com HTLV-1. / MALTA, T.M. Serial Analysis of Gene Expression in CD8+ T-cells isolated from HTLV-1 infected individuals. 2009. 137f. Dissertação de Mestrado. Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2009. Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) was the first human retrovirus discovered and is related with two major diseases: adult T cell lymphoma/leukaemia (ATLL) and HTLV-I-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). About 3 to 5% of infected individuals will develop HTLV-1 related diseases, while the majority remains life-long asymptomatic carriers of the virus. HAM/TSP is an inflammatory manifestation of central nervous system and the mechanism involved in HAM/TSP development are not well elucidated. CD8+ cytotoxic T lymphocytes (CTL) have an important function in the immune response against the HTLV-1 and is related with the individual proviral load and so in the risk of HAM/TSP. To identify genes differentially expressed among non-infected individuals, asymptomatic (HAC) and HAM/TSP (HAM/TSP) patients we performed a serial analysis of gene expression (SAGE) using CD8+ T cells isolated from these individuals. The CD8+ T lymphocytes were isolated by magnetic cell separation system and HAC and HAM/TSP SAGE libraries were composed by pooled of four samples. SAGE analysis of 51,017, 62,432 and 60,620 tags from control, HAC and HAM/TSP groups respectively, allowed identification of approximately 12,000 different transcripts in each library. The expression profile revealed around 900 genes differentially expressed between control group and HAC or HAM/TSP, and 290 genes were identified between HAC and HAM/TSP groups. The expression profile revealed the presence of highly frequent transcripts related to apoptosis, cell adhesion and cell migration. These results were validated by real time PCR in 17 HTLV-1 asymptomatic carriers, 14 patients with HAM/TSP and 24 healthy individuals. The validation revealed the increased levels of expression of the cytolysis genes PRF1, GZMB and GZMH, and the increases of CCL5, ZAP70 and PXN in the HTLV-1 infected individuals. Besides, the CXCR4 was suppressed in these patients. Additionally, we performed the protein quantification of PRF1 and GZMB by flow cytometry and the real time PCR results were confirmed. The CD8+ T cells profiles showed strong cell activation and cell migration in HTLV-1 infection. These data suggests that CD8+ T cells from HTLV-1 individuals seem to contribute more to the protection and virus infection control than to the HAM/TSP development. This study represents the first extensive serial analysis of gene expression of CD8+T cells in HTLV-1 infection and allowed to generate data that will be used in different approaches in HTLV-1 research.

O HTLV-1 (human T-cell lymphotropic virus type 1) foi o primeiro retrovírus humano a ser identificado. O HTLV-1 tem a capacidade de ativar e gerar uma intensa resposta inflamatória, podendo levar a alterações em diversos tecidos que mimetizam uma doença autoimune. Do complexo de doenças associadas ao HTLV-1, a Síndrome de Sjögren (SS) figura entre as mais estudadas. No entanto, nenhuma relação definitiva foi ainda estabelecida. Este trabalho propõe-se a investigar indícios da presença do HTLV-1 em glândulas salivares menores de pacientes infectados por esse retrovírus e comparar as alterações morfológicas em glândulas salivares menores de pacientes com HTLV-1 e de pacientes com SS não infectados. Amostras de glândula salivar menor foram coletadas de 14 pacientes HTLV+ que apresentavam síndrome seca (grupo de estudo) e 5 pacientes diagnosticados com SS e negativos para o HTLV (grupo controle). No grupo de estudo, o infiltrado inflamatório visto era composto principalmente por linfócitos T CD4+, no grupo controle a população majoritária foi de linfócitos B CD20+. Alterações morfológicas como fibrose e infiltração gordurosa foram mais comumente vistas nas amostras do grupo de estudo, sendo a diferença estatisticamente significativa (p=0,038 e 0,033 respectivamente). Na análise por PCR 11 (78,57%) dos casos do grupo de estudo foi detectado o gene tax e/ou rex do HTLV-1, no entanto 4 (80%) das amostras do grupo controle também foram positivas. O HTLV-1 mostra indícios de estar presente nas glândulas salivares de indivíduos com síndrome seca, no entanto pacientes HTLV-1+ apresentam alterações morfológicas em padrões diferentes dos vistos em pacientes com SS, denotando uma provável diferença no processo de ativação imunológica. / Human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-1) was the first human retrovirus to be discovered. HTLV-1 has the ability to activate and generate an intense inflammatory response, which can lead to changes in several tissues that mimic an autoimmune disease Of the complex of diseases associated with HTLV-1, Sjögren\'s Syndrome (SS) is among the most studied. The aim of this study is to investigate the presence of HTLV-1 in the minor salivary glands of patients infected with this retrovirus and to compare the morphological alterations in the salivary glands of patients with HTLV-1 and patients with SS uninfected. Minor salivary gland samples were obtained from 14 HTLV + patients with dry syndrome (study group) and 5 patients diagnosed with SS and HTLV negative (control group). In the study group, the inflammatory infiltrate was mainly composed of CD4+ T lymphocytes, in the control group the majority population was of CD20+ B lymphocytes. Morphological changes such as fibrosis and adipose tissue infiltration were more common in the study group, the difference was statistically significant (p = 0.038 and 0.033, respectively). The HTLV-1 tax and/or rex genes were detected by PCR in 11 (78.57%) patients of the study group, but 4 (80%) samples from the control group were also positive. HTLV-1 shows signs of being present in the salivary glands of individuals with dry syndrome however, HTLV-1+ patients present morphological alterations in different patterns from those observed in SS patients, denoting a probable difference in the immunological activation process.

O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 (HTLV-1) está associado etiologicamente à duas principais manifestações clínicas: a leucemia/linfoma de células T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV-1 ou paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Apenas 2 a 5% dos indivíduos infectados desenvolvem doenças associadas ao vírus, enquanto a maioria permanece assintomática. A HAM/TSP é uma manifestação inflamatória do sistema nervoso central e o mecanismo pelo qual o HTLV-1 induz o surgimento de HAM/TSP ainda não está totalmente esclarecido. Os linfócitos T CD4+ são os principais reservatórios do HTLV-1 in vivo e possuem uma participação importante na resposta imunológica dirigida a este retrovírus. Essas células são ativadas precocemente durante a infecção pelo HTLV-1 e auxiliam na resposta dos linfócitos T CD8 citotóxicos (CTLs), bem como na produção de anticorpos. No presente estudo, foi avaliado o perfil de expressão gênica global dos linfócitos T CD4+ isolados de portadores assintomáticos (HAC), pacientes com HAM/TSP e de indivíduos sadios (CT) por meio da metodologia de microarray. Os linfócitos T CD4+ utilizados foram isolados por separação imunomagnética e foram realizados microarrays de doze amostras individuais: quatro amostras do grupo CT, quatro amostras do grupo HAC e quatro do grupo HAM/TSP. Os dois últimos grupos continham duas amostras com alta e duas com baixa expressão da proteína Tax. As análises de agrupamento hierárquico revelaram que o perfil de expressão gênica dos indivíduos infectados pelo HTLV-1 difere dos indivíduos do grupo CT pela formação de dois agrupamentos distintos. Ademais, os indivíduos infectados pelo HTLV-1 se agruparam de acordo com o estado clínico e independente da expressão de Tax. Foram realizadas as comparações entre os grupos CT vs. HAC, CT vs. HAM/TSP e HAM/TSP vs. HAC e os dados demonstraram que 221, 254 e 70 genes estavam diferencialmente expressos, respectivamente. Além disso, foram observados 86 genes presentes nas intersecções entre CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP, 25 genes entre CT vs. HAM/TSP x HAM/TSP vs. HAC e apenas um gene entre CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP. Estes genes diferencialmente expressos estavam associados à citocinas, lise e migração celular. Os achados foram validados por PCR quantitativo em um total de 23 indivíduos assintomáticos, 17 com HAM/TSP e 25 indivíduos sadios. A validação evidenciou o aumento da expressão dos genes PXN, CXCR4, PRF1 e Foxp3 no grupo HAM/TSP em relação ao grupo HAC, além do aumento de IL-27 nos indivíduos do grupo HAC comparados com os indivíduos do grupo HAM/TSP. Adicionalmente, foi realizada a quantificação dos níveis protéicos de PRF1, GZMB, CXCR4 por citometria de fluxo. Entretanto, nenhuma diferença foi observada entre os diferentes grupos analisados. Ainda, por meio de citometria de fluxo, a população de células CD3+CD4+CD25hiFoxp3+, bem como CD4+Foxp3+ foram analisadas e observou-se maiores níveis de expressão de CD4+Foxp3+ nos indivíduos infectados pelo HTLV-1. A porcentagem de células CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ não mostrou diferença significativa entre os três grupos comparados. Os resultados evidenciados neste projeto ressaltam a importância das células CD4+ no controle da resposta imune contra a infecção pelo HTLV-1. O aumento na expressão gênica de PXN e CXCR4, que fazem parte da via de sinalização de CXCR4, sugere a ocorrência de migração celular nos indivíduos com HAM/TSP, provavelmente para o SNC. Além disso, o aumento das células Treg parecem suprimir a atividade das células T CD8+ pela via perforina/granzima, que por sua vez aumentaria a carga proviral, aumentando assim o risco de desenvolvimento de HAM/TSP. / Human T-cell lymphotropic vírus type 1 (HTLV-1) is etiologically associated with two major diseases: the adult T cell lymphoma/leukaemia (ATLL) and the HTLV-I-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). About 2 to 5% of infected individuals will develop HTLV-1-related diseases, while the majority remains life-long asymptomatic carriers of the virus. HAM/TSP is an inflammatory manifestation of central nervous system and the mechanism involved in HAM/TSP development is not well elucidated. CD4+ T cells are the predominant subset of cells infected with HTLV-1 in vivo and they are also important as effector cells against the infection. These cells are early activated during infection with HTLV-1 and assist the response of CD8 cytotoxic T lymphocytes (CTLs) and antibody production. To identify genes differentially expressed among non-infected individuals (CT), asymptomatic (HAC) and HAM/TSP patients we applied the microarray using CD4+ T cells isolated from these individuals. The CD4+ T lymphocytes were isolated by magnetic cell separation system and twelve samples underwent microarray analysis, as follows: 4 CT, 4 HAC and 4 HAM/TSP samples. Two samples had high tax expression and two samples had low tax expression for both infected groups. The hierarchical clustering analysis showed that the gene expression profile of infected individuals is distinct from healthy individuals because two separate clusters were observed. HTLV-1-infected individuals clustering meets with patients clinical status. However, HTLV-1 CD4+ T cells clustering did not correlate with Tax protein expression. We found 221 genes differently expressed between CT and HAC groups, 254 genes between CT and HAM/TSP and 70 genes between HAC and HAM/TSP. Moreover, we observed 86 genes differently expressed in the intersections between CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP, 25 genes between CT vs. HAM/TSP x HAM/TSP vs. HAC and only one gene between CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP. These genes were associated with cytokines, cell lysis and cell migration. These results were validated by quantitative PCR in 23 HTLV-1 asymptomatic carriers, 17 patients with HAM/TSP and 25 healthy individuals. The validation revealed increased levels of expression of the genes PXN, CXCR4, PRF1, and Foxp3 in the HAM/TSP group compared with HAC group. IL-27 gene expression was increased in HAC group when compared with HAM/TSP group. Additionally, we performed the protein quantification of PRF1, GZMB, and CXCR4 by flow cytometry. However, no difference was observed among the three groups. We also analyzed CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ and CD4+Foxp3+ populations by flow cytometry. There was an increase of CD4+Foxp3+ expression in HTLV-1-infected individual. No differences were observed in CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ population among the three groups. The results shown in this project highlight the importance of CD4+ cells in controlling the immune response against HTLV-1. The gene expression profile of PXN and CXCR4 was increased. These genes are related to CXCR4 signaling pathway that can result in CD4+ T cells migration, probably to the central nervous system. It is also suggested that Treg cells can suppress the T CD8+ activity through perforin/granzyme pathway. This pathway enhances the proviral load increasing the risk of HAM/TSP development.

MicroRNAs (miRNAs) são RNA de fita simples (22 nucleotídeos) que atuam como reguladores da expressão gênica celular. Estudos recentes têm demonstrado o papel dos miRNAs como moduladores da resposta celular frente às infecções virais. O vírus linfotrópico de células T humanas do tipo 1 (HTLV-1) é um retrovírus que apresenta genes estruturais comuns aos demais, além dos genes tax e rex, os quais dão origem às proteínas regulatórias. Entre elas, destaca-se a oncoproteína Tax, que é capaz de modular a expressão de genes celulares e virais, além de estar associada ao desencadeamento de patologias. Destacam-se duas manifestações clínicas associadas: a leucemia/linfoma de células T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Fatores relacionados ao hospedeiro também estão correlacionados ao aparecimento das patologias. No intuito de estabelecer se miRNAs humanos podem influenciar em processos celulares que se encontram desregulados pela Tax (diferenciação, transdução de sinais, apoptose, proliferação celular e tumorigênese), o objetivo deste projeto foi analisar a expressão de miRNAs em células mononucleares de sangue periférico (PBMC) de indivíduos infectados HTLV-1. Para tanto, realizamos análises in silico para mapear alvos de miRNAs humanos no gene tax do HTLV-1. Foram utilizados dois algoritmos (miRanda e RNAhybrid), com os seguintes parâmetros: score de 120 na região da semente; energia livre de até -15 kcal/mol. Assim, selecionou-se os hsa-miRNAs:149a, 648, 221, 222, 142-5p, 26a, 29a, 374 e 125b. Adicionalmente, foi observado que as regiões do gene tax, onde se ligam os miRNAs selecionados, são extremamente conservadas entre os diferentes subtipos de HTLV-1. Após estas análises in silico, realizou-se a validação dos miRNAs eleitos. Para tanto, foram isolados PBMC de 21 amostras de indivíduos-controle (CT), 10 portadores assintomáticos do HTLV-1 (HAC) e 12 com HAM/TSP (HAM). Do total de células, 1x106 tiveram seu DNA genômico extraído para quantificação da carga proviral (CPV) pela metodologia de PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR); 1x106 foram criopreservadas para quantificação de Tax por citometria de fluxo; 1x 107células foram utilizadas na extração de RNA para validação dos miRNAs por qRT-PCR. A fase orgânica do Trizol® foi utilizada para extração de proteínas totais e posterior análise da expressão de Tax por Western blot. A CPV apresentou-se significativamente aumentada (p= 0,0046) no grupo HAM, quando utilizado teste de Mann-Whitney. A expressão de Tax apresentou correlação significativa (p=0,0128) com a CPV, pelo teste de Spearmann e auxiliou na caracterização dos pacientes. O nível de expressão dos miRNAs foi avaliado nos grupos: CT vs Pacientes e CT vs HAC vs HAM por testes não-paramétricos de Mann-Whitney e Kruskal-wallis, respectivamente. Os miRNAs se mostraram desregulados no grupo de pacientes quando comparado ao grupo CT. Dentre estes, o hsa-miR-125b encontra-se aumentado significativamente no grupo de pacientes em relação ao controle (p=0,0285). Utilizou-se o teste de correlação de Spearmann, para associar a expressão de Tax com os miRNAs, porém os resultados encontrados não foram significativos. Apesar de não estar correlacionado com expressão de Tax, o hsa-miR-125b é responsável pela regulação de diversas proteínas, como TNF-, uma proteína inflamatória hiper-expressa em portadores do HTLV-1. Deste modo, acreditamos que este miRNA estaria aumentado proporcionalmente na tentativa de inibir a tradução desta proteína. Os resultados deste projeto sugerem a importância de esclarecer como os miRNAs humanos podem regular a infecção pelo HTLV-1 e gerar informações para o desenvolvimento de estratégias que possam interferir com a replicação e patogênese viral. / MicroRNAs (miRNAs) are simple strand RNA (22 nucleotides), which are regulators of cellular gene expression. Recent studies have been showed miRNAs role as modulators of cellular responses, when viral infection occurs. The human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a retrovirus that presents the same regular structural genes compared to the other retrovirus, besides tax and rex genes, which encode regulatory proteins. In regard to this, Tax oncoprotein is a major determinant of viral persistence and pathogenesis. Two major diseases are related to this virus adult T cell leukemia (ATLL) and HTLV-I-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). Host-related factors are also correlated with HAM/TSP development. To establish if human miRNAs could influence in the unregulated cellular process caused by Tax (differentiation, signal transduction, apoptosis, cellular proliferation and tumorigenesis), this study analyzed miRNA expression in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from HTLV-1 infected patients. For this purpose, we performed in silico analyses to find human miRNAs that could targeted HTLV-1 tax region. We performed two algorithms (miRanda e RNAhybrid) and we set up two distinct parameters: score more than 120 in the seed region and minimum free energy until -15 kcal/mol. So, we have selected these hsa-miRNAs:149a, 648, 221, 222, 142-5p, 26a, 29a, 374 e 125b. Besides this, we compared several HTLV-1 sub-types and we observed that regions, where miRNAs are regulating, are extremely conserved. After the in silico analysis, we validated miRNAs that we have been chosen. We isolated PBMC samples from 21 control-individuals (CT), 10 from asymptomatic carriers and 12 from HAM/TSP (HAM). After the procedure, genomic DNA were extracted from 1x106 cells, in order to quantify the proviral load (PL) performing quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR). Tax was measured by flow cytometry and for this procedure, we used 1x106 criopreserved cells. Amount 1x 107cells were used to total RNA extraction that was used to miRNAs validation by qRT-PCR. The organic phase from Trizol® was employed to extract total proteins, which were used to analyze Tax expression by Western blot. The PL was significantly higher in HAM group than HAC (p= 0,0046), when Mann-Whitney statistical test was employed. The Tax expression was significantly correlated to PL (p=0,0128) by Spearmann test and this finding provided us a better characterization of the patients. The miRNAs expression was detected in the following groups: CT vs Patients and CT vs HAC vs HAM by non-parametrical tests Mann-Whitney and Kruskal-wallis, respectively. The miRNAs presented unregulated themselves in the patient group, when we compared to CT group. We observed that hsa-miR-125b expression are significantly higher in patients group than controls (p=0,0285). We have tried to associate miRNAs with Tax expression, employing Spearmann test, but this analysis did not show significant values. Despite this, hsa-miR-125b is responsible for regulating several proteins, such as TNF-, which is an inflammatory protein overexpressed in HTLV-1 carriers. In conclusion, we propose that this miRNA could be increased as a way to inhibit TNF- translation. These results suggest the importance in understanding how human miRNAs could regulated the HTLV-1 infection. In addition to this, they could generate data to be used as therapeutic strategies for the control of viral replication and pathogenic processes.

O HTLV-1 (human T-cell lymphotropic virus type 1) foi o primeiro retrovírus humano a ser identificado. O HTLV-1 tem a capacidade de ativar e gerar uma intensa resposta inflamatória, podendo levar a alterações em diversos tecidos que mimetizam uma doença autoimune. Do complexo de doenças associadas ao HTLV-1, a Síndrome de Sjögren (SS) figura entre as mais estudadas. No entanto, nenhuma relação definitiva foi ainda estabelecida. Este trabalho propõe-se a investigar indícios da presença do HTLV-1 em glândulas salivares menores de pacientes infectados por esse retrovírus e comparar as alterações morfológicas em glândulas salivares menores de pacientes com HTLV-1 e de pacientes com SS não infectados. Amostras de glândula salivar menor foram coletadas de 14 pacientes HTLV+ que apresentavam síndrome seca (grupo de estudo) e 5 pacientes diagnosticados com SS e negativos para o HTLV (grupo controle). No grupo de estudo, o infiltrado inflamatório visto era composto principalmente por linfócitos T CD4+, no grupo controle a população majoritária foi de linfócitos B CD20+. Alterações morfológicas como fibrose e infiltração gordurosa foram mais comumente vistas nas amostras do grupo de estudo, sendo a diferença estatisticamente significativa (p=0,038 e 0,033 respectivamente). Na análise por PCR 11 (78,57%) dos casos do grupo de estudo foi detectado o gene tax e/ou rex do HTLV-1, no entanto 4 (80%) das amostras do grupo controle também foram positivas. O HTLV-1 mostra indícios de estar presente nas glândulas salivares de indivíduos com síndrome seca, no entanto pacientes HTLV-1+ apresentam alterações morfológicas em padrões diferentes dos vistos em pacientes com SS, denotando uma provável diferença no processo de ativação imunológica. / Human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-1) was the first human retrovirus to be discovered. HTLV-1 has the ability to activate and generate an intense inflammatory response, which can lead to changes in several tissues that mimic an autoimmune disease Of the complex of diseases associated with HTLV-1, Sjögren\'s Syndrome (SS) is among the most studied. The aim of this study is to investigate the presence of HTLV-1 in the minor salivary glands of patients infected with this retrovirus and to compare the morphological alterations in the salivary glands of patients with HTLV-1 and patients with SS uninfected. Minor salivary gland samples were obtained from 14 HTLV + patients with dry syndrome (study group) and 5 patients diagnosed with SS and HTLV negative (control group). In the study group, the inflammatory infiltrate was mainly composed of CD4+ T lymphocytes, in the control group the majority population was of CD20+ B lymphocytes. Morphological changes such as fibrosis and adipose tissue infiltration were more common in the study group, the difference was statistically significant (p = 0.038 and 0.033, respectively). The HTLV-1 tax and/or rex genes were detected by PCR in 11 (78.57%) patients of the study group, but 4 (80%) samples from the control group were also positive. HTLV-1 shows signs of being present in the salivary glands of individuals with dry syndrome however, HTLV-1+ patients present morphological alterations in different patterns from those observed in SS patients, denoting a probable difference in the immunological activation process.

O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 (HTLV-1) está associado etiologicamente à duas principais manifestações clínicas: a leucemia/linfoma de células T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV-1 ou paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Apenas 2 a 5% dos indivíduos infectados desenvolvem doenças associadas ao vírus, enquanto a maioria permanece assintomática. A HAM/TSP é uma manifestação inflamatória do sistema nervoso central e o mecanismo pelo qual o HTLV-1 induz o surgimento de HAM/TSP ainda não está totalmente esclarecido. Os linfócitos T CD4+ são os principais reservatórios do HTLV-1 in vivo e possuem uma participação importante na resposta imunológica dirigida a este retrovírus. Essas células são ativadas precocemente durante a infecção pelo HTLV-1 e auxiliam na resposta dos linfócitos T CD8 citotóxicos (CTLs), bem como na produção de anticorpos. No presente estudo, foi avaliado o perfil de expressão gênica global dos linfócitos T CD4+ isolados de portadores assintomáticos (HAC), pacientes com HAM/TSP e de indivíduos sadios (CT) por meio da metodologia de microarray. Os linfócitos T CD4+ utilizados foram isolados por separação imunomagnética e foram realizados microarrays de doze amostras individuais: quatro amostras do grupo CT, quatro amostras do grupo HAC e quatro do grupo HAM/TSP. Os dois últimos grupos continham duas amostras com alta e duas com baixa expressão da proteína Tax. As análises de agrupamento hierárquico revelaram que o perfil de expressão gênica dos indivíduos infectados pelo HTLV-1 difere dos indivíduos do grupo CT pela formação de dois agrupamentos distintos. Ademais, os indivíduos infectados pelo HTLV-1 se agruparam de acordo com o estado clínico e independente da expressão de Tax. Foram realizadas as comparações entre os grupos CT vs. HAC, CT vs. HAM/TSP e HAM/TSP vs. HAC e os dados demonstraram que 221, 254 e 70 genes estavam diferencialmente expressos, respectivamente. Além disso, foram observados 86 genes presentes nas intersecções entre CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP, 25 genes entre CT vs. HAM/TSP x HAM/TSP vs. HAC e apenas um gene entre CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP. Estes genes diferencialmente expressos estavam associados à citocinas, lise e migração celular. Os achados foram validados por PCR quantitativo em um total de 23 indivíduos assintomáticos, 17 com HAM/TSP e 25 indivíduos sadios. A validação evidenciou o aumento da expressão dos genes PXN, CXCR4, PRF1 e Foxp3 no grupo HAM/TSP em relação ao grupo HAC, além do aumento de IL-27 nos indivíduos do grupo HAC comparados com os indivíduos do grupo HAM/TSP. Adicionalmente, foi realizada a quantificação dos níveis protéicos de PRF1, GZMB, CXCR4 por citometria de fluxo. Entretanto, nenhuma diferença foi observada entre os diferentes grupos analisados. Ainda, por meio de citometria de fluxo, a população de células CD3+CD4+CD25hiFoxp3+, bem como CD4+Foxp3+ foram analisadas e observou-se maiores níveis de expressão de CD4+Foxp3+ nos indivíduos infectados pelo HTLV-1. A porcentagem de células CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ não mostrou diferença significativa entre os três grupos comparados. Os resultados evidenciados neste projeto ressaltam a importância das células CD4+ no controle da resposta imune contra a infecção pelo HTLV-1. O aumento na expressão gênica de PXN e CXCR4, que fazem parte da via de sinalização de CXCR4, sugere a ocorrência de migração celular nos indivíduos com HAM/TSP, provavelmente para o SNC. Além disso, o aumento das células Treg parecem suprimir a atividade das células T CD8+ pela via perforina/granzima, que por sua vez aumentaria a carga proviral, aumentando assim o risco de desenvolvimento de HAM/TSP. / Human T-cell lymphotropic vírus type 1 (HTLV-1) is etiologically associated with two major diseases: the adult T cell lymphoma/leukaemia (ATLL) and the HTLV-I-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). About 2 to 5% of infected individuals will develop HTLV-1-related diseases, while the majority remains life-long asymptomatic carriers of the virus. HAM/TSP is an inflammatory manifestation of central nervous system and the mechanism involved in HAM/TSP development is not well elucidated. CD4+ T cells are the predominant subset of cells infected with HTLV-1 in vivo and they are also important as effector cells against the infection. These cells are early activated during infection with HTLV-1 and assist the response of CD8 cytotoxic T lymphocytes (CTLs) and antibody production. To identify genes differentially expressed among non-infected individuals (CT), asymptomatic (HAC) and HAM/TSP patients we applied the microarray using CD4+ T cells isolated from these individuals. The CD4+ T lymphocytes were isolated by magnetic cell separation system and twelve samples underwent microarray analysis, as follows: 4 CT, 4 HAC and 4 HAM/TSP samples. Two samples had high tax expression and two samples had low tax expression for both infected groups. The hierarchical clustering analysis showed that the gene expression profile of infected individuals is distinct from healthy individuals because two separate clusters were observed. HTLV-1-infected individuals clustering meets with patients clinical status. However, HTLV-1 CD4+ T cells clustering did not correlate with Tax protein expression. We found 221 genes differently expressed between CT and HAC groups, 254 genes between CT and HAM/TSP and 70 genes between HAC and HAM/TSP. Moreover, we observed 86 genes differently expressed in the intersections between CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP, 25 genes between CT vs. HAM/TSP x HAM/TSP vs. HAC and only one gene between CT vs. HAC x CT vs. HAM/TSP. These genes were associated with cytokines, cell lysis and cell migration. These results were validated by quantitative PCR in 23 HTLV-1 asymptomatic carriers, 17 patients with HAM/TSP and 25 healthy individuals. The validation revealed increased levels of expression of the genes PXN, CXCR4, PRF1, and Foxp3 in the HAM/TSP group compared with HAC group. IL-27 gene expression was increased in HAC group when compared with HAM/TSP group. Additionally, we performed the protein quantification of PRF1, GZMB, and CXCR4 by flow cytometry. However, no difference was observed among the three groups. We also analyzed CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ and CD4+Foxp3+ populations by flow cytometry. There was an increase of CD4+Foxp3+ expression in HTLV-1-infected individual. No differences were observed in CD3+CD4+CD25hiFoxp3+ population among the three groups. The results shown in this project highlight the importance of CD4+ cells in controlling the immune response against HTLV-1. The gene expression profile of PXN and CXCR4 was increased. These genes are related to CXCR4 signaling pathway that can result in CD4+ T cells migration, probably to the central nervous system. It is also suggested that Treg cells can suppress the T CD8+ activity through perforin/granzyme pathway. This pathway enhances the proviral load increasing the risk of HAM/TSP development.