Dans le domaine de l'ingénierie du logiciel, les systèmes de types sont souvent considérés pour la prévention de l'occurrence de termes dénués de sens par rapport à une spécification des types. Dans le cadre de l'extension d'un langage de programmation avec des caractéristiques dédiées, le typage de ces dernières doit être compatible avec les caractéristiques du langage hôte. Cette thèse se situe dans le contexte de la réécriture de termes embarquée dans la programmation orientée objet. Elle vise à développer un système de types avec sous-typage pour le support du filtrage de motifs associatif sur des termes algébriques construits sur des opérateurs variadiques. Ce travail s'appuie sur le langage de réécriture Tom qui fournit des constructions de filtrage de motifs et des stratégies de réécriture à des langages généralistes comme Java. Nous décrivons l'évaluation de code Tom à travers la définition de la sémantique opérationnelle de ce langage en tant qu'élément essentiel de la preuve de la sûreté du système de types. Celui-ci inclut la vérification de types ainsi que l'inférence de types à base de contraintes. Le langage de contraintes est composé d'une part, de contraintes d'égalité, résolues par unification, d'autre part, de contraintes de sous-typage, résolues par la combinaison de phases de simplification, de génération d'une solution et de ramassage de miettes. Le système de types a été intégré au langage Tom, ce qui permet une plus forte expressivité et plus de sûreté a fin d'assurer que les transformations décrites par des règles de réécriture préservent le type des termes.

La plate-forme .NET est un environnement d'exécution moderne et répandu, reposant sur une machine virtuelle qui interprète du code-octet typé. Elle prétend être parfaitement adaptée à l'exécution de composants écrits dans une grande variété de langages de programmation et faciliter leur interopération.<br /> En tant que langage fonctionnel statiquement typé avec polymorphisme paramétrique, Objective Caml présente des caractéristiques qui défient l'environnement d'exécution .NET et son système de types. Nous expérimentons ces difficultés dans un cadre pratique, par la conception et l'implantation de OCamIL, un compilateur complet pour Objective Caml qui produit du code-octet .NET vérifiable. Ses objectifs principaux sont la compatibilité et la possibilité d'interopérer.<br /> Ce travail met à l'épreuve les capacités de la plate-forme .NET autant que l'adéquation de l'implantation officielle de Objective Caml dans un tel projet (celle-ci est conçue pour un environnement d'exécution dénué de types ce qui explique qu'elle élimine les informations de types assez tôt dans la chaîne de compilation). Nous examinons la représentation des valeurs Caml et comparons deux stratégies : la reconstruction et la propagation de l'information de typage manquante. D'autres choix de conception décrits ici illustrent le compromis entre efficacité d'une part et lisibilité/interopérabilité de l'autre.<br /> Nous réalisons l'interopérabilité à l'aide d'un langage de description d'interface IDL qui construit un pont entre les deux systèmes de classes distincts utilisés par Objective Caml et l'environnement typé de .NET. Les bénéfices de l'interopération sont illustrés par des exemples non-triviaux.<br /> Au chapitre des performances, OCamIL occupe une place respectable au sein des compilateurs de langages fonctionnels sur .NET. Nous comparons également les exécutables .NET avec les programmes Objective Caml originaux.

Nous avons exploré dans la présente étude la diversité de la flore fermentaire indigène libanaise de Saccharomyces cerevisiae en collectant des échantillons de moûts de raisins en cours de fermentations naturelles de diverses localités dispersées sur le territoire libanais. Une grande diversité moléculaire de la flore libanaise a été mise en évidence, que ce soit entre différentes localités géographiques, au sein des caves ou au sein des fermentations naturelles. En dépit de cette diversité, plusieurs cas de dominance et de pérennité de souches ont été observés dans les caves vinicoles où les fermentations semblent être conduites par des lignées de souches apparentées. Une telle parenté a aussi été observée dans des zones géographiques restreintes, mais plus la zone s'élargissait moins apparente était la parenté entre souches. La flore libanaise, en dépit de sa diversité, pourrait être dotée d'une certaine spécificité en comparaison aux autres flores vinicoles. L'influence du milieu de fermentation sur la parenté des isolats semble en outre plus importante que l'effet géographique. Nous avons aussi évalué les méthodes moléculaires utilisées pour l'exploration de la diversité ; deux méthodes déjà mises au point auparavant (amplifications de séquences entre deux éléments delta et de loci microsatellites) et une nouvelle méthode que nous avons testé, le MLST. Les deux premières méthodes se sont avérées très utiles pour le typage vu la grande variabilité de leurs marqueurs et par conséquent leur grande capacité de discrimination. Par contre le schéma MLST a montré une capacité de discrimination inférieure à celle des deux autres méthodes. Il pourrait néanmoins être amélioré par l'utilisation de loci plus variables. Mais contrairement aux deux autres méthodes, le MLST est apparu plus utile pour l'inférence des relations phylogéniques, particulièrement pour les souches peu apparentées. La diversité phénotypique accompagnant la diversité moléculaire a été examinée elle aussi en vue d'une potentielle sélection de souches et pour envisager son éventuelle congruence avec la diversité moléculaire. Les souches étudiées de S. cerevisiae ont présenté des capacités fermentaires différentes ce qui pourrait être exploité pour pousser la sélection entamée dans cette étude en vue de futures utilisations oenologiques, notamment dans l'industrie vinicole libanaise. La diversité phénotypique qui a accompagné la diversité moléculaire a montré une certaine congruence avec elle. Cette congruence a été particulièrement reliée à la production élevée d'acétaldéhyde de certains profils moléculaires et elle pourrait éventuellement aider à prédire la production d'acétaldéhyde pour certaines souches.

Au sein des mycoplasmes pathogènes pour l’homme, il existe des mycoplasmes à tropisme respiratoire, parmi lesquels M. pneumoniae, et d’autres dont le tropisme est la sphère urogénitale, comme M. genitalium. M. genitalium est un agent émergent dont l’épidémiologie est encore mal connue. Il est responsable d’infections sexuellement transmissibles, urétrites chez l’homme et cervicites chez la femme. M. pneumoniae est responsable d’infections respiratoires aiguës chez l’enfant et l’adulte jeune. M. genitalium est une espèce extrêmement fastidieuse dont la culture est exceptionnelle à partir de prélèvements de patients. Dans le but d'enrichir notre collection de prélèvements positifs pour M. genitalium un protocole de recherche clinique (FeminIST) proposant un dépistage systématique par PCR du portage de M. genitalium chez les femmes infectées par le VIH de la cohorte Aquitaine a été mis en place. Les méthodes génotypiques ont été largement appliquées pour le typage moléculaire des Mollicutes, mais peu de méthodes simples, automatisées et discriminantes l’ont été à M. genitalium et M. pneumoniae. La MLVA (« Multi-Locus Variable-Number of Tandem-Repeats Analysis ») est une méthode qui analyse le polymorphisme associé aux répétitions en tandem, présentant de nombreux avantages, comme un pouvoir discriminant élevé et la possibilité d’être réalisée directement à partir des prélèvements. Cette technique a été appliquée à M. genitalium et M. pneumoniae et comparée aux méthodes de typage déjà disponibles. Six et cinq VNTR ont été respectivement identifiés comme discriminants pour M. genitalium et M. pneumoniae. Les PCR ont été multiplexées et les amorces marquées pour faciliter et automatiser l’analyse réalisée par électrophorèse capillaire. La méthode a été réalisée sur notre collection de 265 souches cliniques de M. pneumoniae et directement à partir de 123 prélèvements positifs de M. genitalium. La MLVA a permis de typer 89,4 % des prélèvements positifs pour M. genitalium et toutes les souches de M. pneumoniae. Elle s’est révélée plus discriminante que les autres méthodes pour les deux espèces. Les représentations hiérarchiques des résultats confirment l’hétérogénéité de l’espèce M. genitalium et, en revanche, l’homogénéité de l’espèce M. pneumoniae. En résumé, la MLVA s’avère être un outil de typage moléculaire performant pour M. genitalium et M. pneumoniae donnant des résultats facilement échangeables entre laboratoires. / Human pathogenic mycoplasmas include respiratory tract species, such as M. pneumoniae and urogenital species, such as M. genitalium. M. genitalium is an emerging agent for which epidemiology is unclear. It is involved in sexually transmitted infections, mainly urethritis in men and cervicitis in women. M. pneumoniae is responsible for acute respiratory infections especially in children. M. genitalium is a fastidious species for which culture remains extremely difficult. In order to extend our collection of samples positive for M. genitalium, a clinical research study (FeminIST) was conducted. It consisted in a PCR screening for M. genitalium in the urogenital tract of HIV-infected women of the Aquitaine cohort. Genotyping methods have been widely applied to Mollicutes, but few simple and automatized methods have been developed for M. genitalium and M. pneumoniae. The MLVA (Multi-Locus Variable-Number Tandem-Repeats Analysis) method analyzes the genome polymorphism associated with tandem repeats. Its advantages are a high discriminatory power and the possibility of being used directly from clinical samples. This technique was applied to M. genitalium and M. pneumoniae and compared with other available genotyping methods. Six and five VNTR were selected for M. genitalium and M. pneumoniae, respectively. The use of multiplex PCR and capillary electrophoresis enabled a high-throughput analysis and allowed an easy interpretation of the results. The method was applied to our collection of 265 M. pneumoniae clinical strains and used directly from 123 clinical samples positive for M. genitalium. 89.4% of M. genitalium PCR-positive samples and all the M. pneumoniae isolates were amplified and typed. We showed a higher discriminatory power for our MLVA than for other genotyping methods, without the need of a fastidious sequencing step. The hierarchical representation of results confirms the M. genitalium species heterogeneity and the M. pneumoniae species homogeneity. MLVA appears to be a good tool for molecular typing of these two mycoplasma species, allowing an easy exchange of data between laboratories.

Le complexe d'espèces Fusarium solani regroupe des champignons phytopathogènes également impliqués en pathologie humaine dans des infections parfois profondes et souvent de mauvais pronostic. Dans un premier temps, une méthode de MLST, s'appuyant sur 5 gènes de ménage a donc été développée. Validée sur 51 isolats épidémiologiquement distincts, cette méthode stable et reproductible présente un pouvoir discriminant de 99,1 %. Après comparaison à la technique de référence utilisée en phylogénie, un schéma consensus à 8 loci a été proposé. Dans un second temps, une étude de la sensibilité de ce pathogène à l'amphotéricine B et au voriconazole a été menée par deux techniques d'évaluation des CMI : microdilution CLSI M38-A2 et bandelettes E-test. Devant le paradoxe entre une sensibilité diminuée in vitro au voriconazole et la recommandation de cette molécule pour le traitement curatif de la fusariose humaine, des mécanismes de résistance ont été exploré. L'hypothèse d'un phénomène d'efflux n'a pas été retenue alors que celle d'une modification de la cible, la 14 alpha stérol déméthylase, peut être envisagée après la description de différentes mutations pour les isoformes CYP51A, B et C / Fusarium solani species complex includes phytopathogenic fungi also involved in human infections with poor prognosis. Firstly, MLST method, based on five housekeeping genes has been developed. This method has been validated on 51 isolates epidemiologically distinct, and has been shown to be stable and reproducible and provides a discriminating power of 99.1%. After comparison with the reference technique used in phylogeny, a consensus method with 8 loci has been proposed. Secondly, a study of the susceptibility to amphotericin B and voriconazole has been conducted with two MIC determination methods : CLSI M38-A2 microdilution and E-test. The paradox between decreased susceptibility to voriconazole in vitro and recommendation of this molecule for the curative treatment of Fusarium infections has lead to the exploration of resistance mechanisms. The hypothesis of an efflux phenomenon has not been retained whereas a change in the target, the sterol 14 alpha demethylase may be considered following the description of different mutations on proteins CYP51A, B and C

Dans le domaine de l'ingénierie du logiciel, les systèmes de types sont souvent considérés pour la prévention de l'occurrence de termes dénués de sens par rapport à une spécification des types. Dans le cadre de l'extension d'un langage de programmation avec des caractéristiques dédiées, le typage de ces dernières doit être compatible avec les caractéristiques du langage hôte. Cette thèse se situe dans le contexte de la réécriture de termes embarquée dans la programmation orientée objet. Elle vise à développer un système de types avec sous-typage pour le support du filtrage de motifs associatif sur des termes algébriques construits sur des opérateurs variadiques. Ce travail s'appuie sur le langage de réécriture Tom qui fournit des constructions de filtrage de motifs et des stratégies de réécriture à des langages généralistes comme Java. Nous décrivons l'évaluation de code Tom à travers la définition de la sémantique opérationnelle de ce langage en tant qu'élément essentiel de la preuve de la sûreté du système de types. Celui-ci inclut la vérification de types ainsi que l'inférence de types à base de contraintes. Le langage de contraintes est composé d'une part, de contraintes d'égalité, résolues par unification, d'autre part, de contraintes de sous-typage, résolues par la combinaison de phases de simplification, de génération d'une solution et de ramassage de miettes. Le système de types a été intégré au langage Tom, ce qui permet une plus forte expressivité et plus de sûreté a fin d'assurer que les transformations décrites par des règles de réécriture préservent le type des termes / In software engineering, type systems are often considered in order to prevent the occurrence of meaningless terms in regard to a type specification. When extending a given programming language with new dedicated features, the typing of these features must be compatible with the ones in the host language. This thesis is situated in the context of term rewriting embedded in object-oriented programming and aims to develop a safe type system featuring subtyping for the support of associative pattern matching on algebraic terms built from variadic operators. In this work we consider the Tom rewriting language that provides associative pattern matching constructs and rewrite strategies for Java. We describe Tom code evaluation through the definition of the operational semantics of the Tom language as an essential element to show that the type system is safe. The type system includes type checking and constraint-based type inference. The constraint language is composed of equality constraints solved by unification and subtyping constraints solved by a combination of simplification, generation of solution and garbage collecting. The type system was integrated in Tom which provides both stronger expressiveness and more safety able to ensure that the transformations described by rewrite rules preserve the type of terms

Les langages à objets offrent une forme particulière de polymorphisme en permettant l'écriture de « méthodes » dont l'exécution dépend du type dynamique des arguments. Ce « dispatch dynamique » ne prend généralement en compte qu'un argument unique. Certains langages permettent le dispatch simultané sur tous les arguments et on parle alors de « multi-méthodes ». Cette thèse s'intéresse à la définition et au typage d'un langage dérivant de ML avec multiméthodes. Celles-ci sont introduites comme un cas particulier de filtrage sur les objets. La présentation du système de types utilise une approche algébrique. Plutôt que de figer l'ensemble des types, on en axiomatise les propriétés nécessaires pour la correction du système. Cela permet d'écrire des preuves génériques qui ne dépendent pas du choix de l'algèbre. On montre ainsi comment réduire la vérification automatique du typage à la résolution de problèmes simples du premier ordre (contraintes). La résolution des problèmes de contraintes peut alors réutiliser le corpus de résultats disponibles dans la littérature. L'avantage de cette approche algébrique est qu'elle permet de traiter d'un coup toute une classe de langages possibles se distinguant par la nature de l'algèbre de types, du langage d'expression des contraintes et du modèle d'interprétation de ces contraintes. Elle offre également un outil intéressant pour étudier le typage dans un contexte où le monde d'interprétation est ouvert, c'est-à-dire quand on souhaite que le typage d'un module apporte une garantie pour toutes les utilisations possibles de ce module.

Deux enquêtes épidémiologiques mises en place dans les forêts de Brotonne et de Mauny, en Normandie, ont montré que la tuberculose à Mycobacterium bovis était présente à des pourcentages de prévalence importants chez les cerfs élaphes (Cervus elaphus) et les sangliers (Sus scrofa). La souche de M. bovis isolée est la même que celle qui circule dans les élevages bovins voisins depuis au moins 1995. Les sensibilité, spécificité et valeurs prédictives de l'examen nécropsique en tant qu'outil diagnostique indiquent qu'il peut être utilisé pour suivre la maladie dans les populations de cerfs élaphes où la tuberculose bovine est bien installée. La différence du cadre lésionnel entre les cerfs et les sangliers suggère que le cerf joue un rôle plus important dans la dissémination de l'infection. Un modèle déterministe montre qu'une stratégie de lutte fondée sur l'éradication des cerfs élaphes et sur un ramassage exhaustif de viscères permettrait d'obtenir une disparition de l'infection.

Thèse d'exercice : Médecine. Pédiatrie : Paris 12 : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. 69 f. : ill. Bibliogr. f. 49-57.

Le lambda calcul avec constructeurs (de Arbiser, Miquel et Rios) est une extension du lambda calcul avec un mécanisme de filtrage. Le filtrage à la ML y est décomposé en deux étapes: une analyse de cas sur des constantes (telle l'instruction "case" de Pascal), et une commutation de l'application avec la construction de filtrage. Cette règle de commutation entre deux constructions de natures différentes induit une géométrie de calcul surprenante, a priori incompatible avec les intuitions habituelles de typage. Cependant il a été montré que ce calcul est confluent, et vérifie la propriété de séparation (à la Böhm). Cette thèse propose un système de types du polymorphique pour ce calcul, et décrit ensuite un modèle de réalisabilité, qui adapte les candidats de réductibilité de Girard au lambda calcul avec constructeurs. La normalisation forte du calcul typé et l'absence d'erreur de filtrage lors de l'évaluation en découlent immédiatement. Nous nous intéressons ensuite à la sémantique du lambda calcul avec constructeurs non typé. Une notion générique de modèle catégorique pour ce calcul est définie, puis un modèle particulier (le modèle syntaxique dans la catégorie des PERs) est construit. Nous en déduisons un résultat de complétude. Enfin, nous proposons une traduction CPS du lambda calcul avec constructeurs dans le lambda calcul simplement typé avec paires. Le lambda calcul avec constructeurs peut ainsi être simulé dans un calcul bien connu, et cette traduction nous permet aussi de transformer tout modèle par continuation en modèle du lambda calcul avec constructeurs. Une équation catégorique caractéristique de ces modèles apparait alors, qui permet de construire des modèles non syntaxiques (dans les domaines) de Scott du lambda calcul avec constructeurs.