Étant donné l'immunogénicité de l’antigène Dal et sa prévalence élevée (> 98% des chiens sont Dal-positifs), il peut être extrêmement difficile de trouver du sang compatible pour un patient Dal-négatif précédemment transfusé et ayant besoin d’une deuxième transfusion sanguine. De plus, l’accès aux réactifs pour le typage sanguin est actuellement limité, notamment parce qu'il dépend d’anticorps polyclonaux (AcP) produits à la suite de la sensibilisation de trois rares chiens Dal-négatifs identifiés sporadiquement au cours de la dernière décennie dans la colonie d'enseignement de la Faculté de médecine vétérinaire de l'Université de Montréal. Par conséquent, l’objective de cette étude était de produire et de caractériser un anticorps monoclonal murin (AcM) dirigé contre l’antigène canin Dal afin d’assurer la pérennité du typage sanguin Dal. Utilisant la technologie conventionnelle des hybridomes, 5 souris femelles BALB/c ont été immunisées par des injections intrapéritonéales répétées avec des concentrés de globules rouges canines lavés (GRc) Dal-positifs jusqu'à ce que le titrage d’anticorps soit suffisant (> 1 : 10000). Après la fusion de cellules spléniques avec des cellules de myélome, 573 surnageants ont été récoltés à partir du jour 12 post-fusion pour le dépistage avec la technique d'agglutination sur colonne de gel utilisant des GRc Dal-négatif et Dal-positif connus. Parmi 15 surnageants qui ont montré une réaction d’agglutination, un seul avait le patron souhaité (c'est-à-dire anti-Dal). Afin d’évaluer la spécificité et la sensibilité de l’AcM, le typage sanguin Dal de 62 échantillons de GRc a été réalisé en utilisant le AcM anti-Dal et deux AcP canins préalablement caractérisés: 45 échantillons Dal-positifs et 17 Dal-négatifs ont été identifiés avec une concordance de 100 % entre les réactifs (kappa = 1). L’AcM anti-Dal produit a été déterminé comme étant une IgG1. / Given the immunogenicity of the Dal antigen and its high prevalence (>98% of dogs are Dal-positive), it can be extremely difficult to find compatible blood for a previously transfused Dal-negative patient in need of a second blood transfusion. Moreover, access to blood typing reagents is currently limited, in part because it relies on polyclonal antibodies (PAb) produced following the sensitization of three rare Dal-negative dogs identified sporadically over the last decade in the teaching colony of the Faculty of Veterinary Medicine of the University of Montreal. Therefore, the objective of this study was to produce and characterize a murine monoclonal antibody (MAb) directed against the canine Dal antigen, to ensure perennity for Dal blood typing. Using conventional hybridoma technology, 5 BALB/c female mice were immunized by repeated intraperitoneal injections with Dal-positive washed canine red blood cell (cRBC) concentrates until antibody titer was sufficient (>1 : 10000). After fusion of splenic cells with myeloma cells, 573 supernatants were collected starting 12 days post-fusion for screening with the gel column agglutination technique using known Dal-negative and Dal-positive cRBC. Among 15 supernatants that showed an agglutination reaction, only one had the desired pattern (i.e., anti-Dal). To assess the specificity and sensitivity of the MAb, the Dal blood typing of 62 cRBC samples was performed using the anti-Dal MAb and two previously characterized canine PAb: 45 Dal-positive and 17 Dal-negative samples were identified with 100% agreement between reagents (kappa = 1). The anti-Dal MAb produced was determined to be IgG1.

L’asthme équin est une condition inflammatoire fréquente affectant les voies respiratoires inférieures. Cette maladie est caractérisée par une bronchoconstriction, une hyperréactivité bronchique, ainsi que des changements des différentes couches tissulaires des voies respiratoires que l’on regroupe sous le terme de remodelage pulmonaire. Le remodelage du muscle lisse bronchique dans l’asthme comprend une hyperplasie, une hypertrophie, ainsi qu’une altération des propriétés contractiles des myocytes. Bien que ces changements aient été décrits dans la forme sévère de l’asthme équin, la présence de telles altérations chez les chevaux atteints des formes légères à modérées de l’asthme demeure incertaine. L’objectif de notre étude est donc de déterminer si le muscle lisse bronchique présente un remodelage chez les chevaux asthmatiques légers à modérés. Des biopsies endobronchiques provenant de 18 chevaux asthmatiques et de 7 chevaux contrôles ont été étudiées. Le diagnostic était basé sur les signes cliniques et confirmé par cytologie du lavage bronchoalvéolaire. La prolifération des cellules du muscle lisse bronchique était évaluée par l’expression du proliferating cell nuclear antigen marqué par immunohistochimie, et l’expression génique de l’isoforme rapide de la myosine, une protéine hypercontractile, a été mesurée par RT-qPCR. Cette étude a permis de mettre en évidence une surexpression de l’isoforme rapide de la myosine chez les chevaux asthmatiques légers à modérés. Malgré l’absence de différence dans le taux de prolifération cellulaire du muscle lisse bronchique entre les groupes, le pourcentage de myocytes en prolifération était corrélé à l’inflammation pulmonaire neutrophilique ainsi qu’à l’expression de l’isoforme rapide de la myosine chez les chevaux asthmatiques. Cette première étude évaluant le remodelage du muscle lisse bronchique chez les chevaux asthmatiques légers à modérés a démontré une altération fonctionnelle du muscle lisse bronchique dans les formes légères de l’asthme équin, une possible influence de la neutrophilie pulmonaire sur la prolifération du muscle lisse, ainsi qu’une association entre les phénotypes prolifératifs et contractiles. Les altérations identifiées pourraient servir de biomarqueurs potentiels dans l’évolution de la maladie et de la réponse aux traitements. / Equine asthma is a common inflammatory condition affecting the lower airways. This disease is characterised by bronchoconstriction, airway hyperreactivity, and changes in the different tissue layers of the airways, which are referred to as airway remodelling. Remodelling of the smooth muscle in asthma includes hyperplasia, hypertrophy, and altered contractile properties of the myocytes. Although these changes have been described in severe equine asthma, their presence in horses with milder forms of asthma remains unclear. The aim of our study was therefore to determine whether airway smooth muscle remodelling occurs in horses with mild to moderate asthma. Endobronchial biopsies from 18 asthmatic horses and 7 control horses were studied. The diagnosis was based on clinical signs and confirmed by bronchoalveolar lavage cytology results. Airway smooth muscle cell proliferation was assessed by the expression of immunohistochemically labelled proliferating cell nuclear antigen, and the gene expression of the fast contracting myosin isoform, a hypercontractile protein, was measured by RT-qPCR. This study showed overexpression of the fast contracting myosin isoform in horses with mild to moderate asthma. Although there was no difference in the proliferation rate of airway smooth muscle myocyte between groups, it was correlated with neutrophilic lung inflammation as well as with the expression of the fast myosin isoform in asthmatic horses. This first study evaluating airway smooth muscle remodelling in mild to moderate asthmatic horses has demonstrated a functional alteration of airway smooth muscle in mild equine asthma, as well as a possible influence of pulmonary neutrophilia on smooth muscle proliferation, and an association between proliferative and contractile phenotypes. The identified alterations could eventually serve as biomarkers in the evolution of the disease and the response to treatments.

Dans l'Arctique, le risque de transmission de maladies zoonotiques comme la rage est encore une préoccupation pour la santé publique, avec plusieurs cas rapportés chaque année chez différentes espèces animales. L’interface entre la faune sauvage, les animaux domestiques et les humains pour la transmission de maladies sera en augmentation en raison des pressions grandissantes du développement anthropique et du réchauffement climatique. Les interactions directes entre les chiens domestiques des villages nordiques et les renards sauvages, les principales sources d’exposition à la rage, sont des évènements critiques pour l’exposition des humains au virus, mais très peu d’études se sont attardées à ce sujet. Les objectifs de ce projet sont 1- de décrire et de quantifier l’activité spatiale et temporelle des renards et des chiens libres et d’identifier les facteurs anthropiques et environnementaux qui influencent leur présence à proximité et dans les villages nordiques, 2- de quantifier les contacts directs et le potentiel d’interactions entre les renards et les chiens libres afin de mieux identifier les périodes et les zones avec un risque de transmission de la rage, 3- de comparer et discuter des résultats de l’activité des renards et des chiens libres et leur potentiel d’interactions entre les deux villages nordiques à l’étude et 4- d’identifier des méthodes de gestion pour diminuer les opportunités d’interactions entre les renards et les chiens libres. Afin de détecter la présence des deux carnivores, un réseau de caméras automatiques a été installé sur une grille spatiale autour et à l’intérieur de deux villages typiques du Nord, Kuujjuaq (près de la limite des arbres) et Inukjuak (à > 100 km de la limite des arbres). Pour chaque station caméra, différents facteurs anthropiques et environnementaux ont été évalués (distance au dépotoir, distance à l’aéroport, densité d’habitations, densité de chiens de traîneau, distance aux rues, distance à l’eau, indice de végétation). Les contacts directs et les indices d’interaction ont été calculés pour évaluer le potentiel d’interactions entre les renards et les chiens libres. Les opportunités d’interactions entre les renards et les chiens sont plus élevées à l’aube et au crépuscule pendant les mois d'octobre et de novembre en périphérie des deux villages, particulièrement près des chiens de traîneau et légèrement près du dépotoir municipal (KU) et de l’aéroport (IN). Les renards roux et les renards arctiques ont été observés à proximité et dans les deux villages, mais les renards roux sont plus souvent observés à Kuujjuaq (87% des observations) qu’à Inukjuak (renards arctiques : 74% des observations), ce qui reflète également des particularités biotiques et abiotiques uniques à chaque village. Les résultats suggèrent que les opportunités d’interactions entre les renards et les chiens représentent un risque d’exposition à la rage pour les chiens et les humains, et possiblement pour d’autres pathogènes nordiques transmissibles entre les chiens et la faune. Cependant, les évènements de contacts directs interspécifiques renard-chien sont rares et les opportunités d’interactions sont concentrées dans le temps et dans des zones restreintes, ce qui peut aider à cibler des mesures préventives visant à limiter les évènements de transmission. Cette étude fournit la première documentation sur l'activité des renards et leurs interactions avec les chiens libres dans les villages de l'Arctique. L’application d’une approche « Une seule Santé » devrait être utilisée pour prévenir ou diminuer le risque de transmission de la rage entre les renards et les chiens. / In the Arctic, the risk of transmission of zoonotic diseases like rabies is still a public health concern, with several cases reported each year in different animal species. The interface between wildlife, domestic animals and humans for disease transmission will be increasing due to pressures from anthropogenic development and global warming. Direct interactions between domestic dogs in northern communities and wild foxes, the main source of rabies exposure, are critical of human exposure to the virus, but very few studies have focused on this. The objectives of this project are 1- to describe and quantify the spatial and temporal activity of free-ranging dogs and foxes, and identify the anthropogenic and environmental factors that influence their presence near and within northern villages, 2- to quantify direct contacts and the potential for interactions between free-ranging dogs and foxes in order to better identify periods and areas of higher risk of rabies transmission, 3- to compare and contrast dog-fox activity and interactions between the two northern villages under study, and 4- to identify management methods to reduce opportunities for fox-dog interactions. To detect the presence of the two carnivores, we set up a network of automatic cameras near and within two typical northern villages, i.e., Kuujjuaq (near the tree line) and Inukjuak (> 100 km from the tree line). For each camera, different anthropogenic and environmental factors were evaluated (distance to the landfill, distance to the airport, density of dwellings, density of sled dogs, distance to streets, distance to water, vegetation index). Direct contacts and interaction index were calculated to assess the potential for interactions between foxes and free-roaming dogs. Interaction opportunities between foxes and dogs are more likely to occur at dawn and dusk during the months of October and November, and on the outskirts of both villages, particularly near sled dogs and slightly nearer to the landfill (KU) and the airport (IN). Red and Arctic foxes were observed in and around both villages, but red foxes were more frequently observed in Kuujjuaq (87% of observations) while Arctic foxes were more frequent in Inukjuak (74% of observations), which also reflects the biotic and abiotic particularities specific to each village. These results suggest that fox-dog contacts around and within the village are likely, posing a real risk of peri-domestic rabies transmission to dogs and humans, and possibly for other northern pathogens transmissible between wildlife and dogs. Nevertheless, interspecific direct contact events are rare and interaction opportunities are concentrated in time and space, which may help target preventive measures aimed at limiting transmission events. This study provides the first documentation on the activity of foxes and their interactions with dogs and humans in Arctic communities. Considering the potential risk-by-proximity described in our study, a “One Health” approach could be applied to prevent or lower fox-dog rabies transmission.

Le déoxynivalénol (DON) est l'une des mycotoxines trichothécènes les plus abondantes et les plus importantes produites par les espèces de Fusarium. Les aliments contaminés par les mycotoxines peuvent affecter négativement la santé des poulets de chair. La présente étude a été menée pour évaluer les effets du déoxynivalénol (DON) sur les performances des poulets de chair, le poids des organes, les paramètres biochimiques sériques, la réponse immunitaire et l'histologie intestinale. L’expérience a permis d’évaluer l'efficacité d'un additif alimentaire commercial, basé sur les synbiotiques (SFA), et ayant la capacité d'oxyder le DON. Au total, six cents poussins mâles d'un jour d'une souche commerciale (Ross 308) ont été vaccinés avec un vaccin vivant combiné contre le virus de la maladie de Newcastle (NDV) et le virus de la bronchite infectieuse (IBV) et ont été répartis de façon aléatoire entre 6 traitements (100 oiseaux dans chaque groupe) pour 5 semaines. Ces groupes ont été nourris avec la même nourritures naturellement contaminés par DON mais à des concentrations différentes : < 0,5 (régime témoin), 1,5 et 3 mg/kg avec et sans SFA à 250 g/tonne. Les paramètres, y compris le poids corporel, la consommation d'aliments, et le taux de mortalité, ont été enregistrés sur une base hebdomadaire. De plus, des échantillons de sang ont été prélevés sur quatre oiseaux de chaque groupe pour déterminer les caractéristiques biochimiques sériques, et les titres d'anticorps contre NDV et IBV. Au cours de la semaine 5, quatre des poulets sélectionnés ont été euthanasiés, et les organes, coeur, foie, rate, bourse de Fabricius, ont été pesés. Des tissus de l'intestin, segments de 2 cm du duodénum, du jéjunum, de l'iléon et du cæcum, et de la bourse de Fabricius et thymus ont été prélevés pour des examens histologiques. Les résultats obtenus démontrent que les oiseaux dont l’alimentation était contaminée au DON présentaient une diminution (P < 0,05) du poids moyen aux jours 28 et 35 par rapport aux groupe témoin et groupes traités avec le SFA. De plus, l'inclusion de DON dans l'alimentation a réduit le titre d'anticorps contre le NDV (P < 0,05) et l'IBV (P < 0,001). Les paramètres biochimiques sériques, et le poids des organes pendant toute la période expérimentale (P > 0,05) n’ont pas montré de différences significatives. De plus, chez les oiseaux nourris avec des aliments contaminés, le DON a provoqué un processus de nécrose au niveau des villosités du duodénum et du thymus. Cependant, cela n'a pas modifié la morphométrie du tissu intestinal et de la bourse de Fabricius. Il a été conclu que les performances des poulets de chair, ainsi que la réponse vaccinale et paramètres histologiques, étaient négativement affectées par une alimentation contaminée par le DON. La supplémentation alimentaire avec un additif alimentaire à base de synbiotiques, serait une alternative pour atténuer les effets causés par cette mycotoxine chez les oiseaux. / Deoxynivalenol (DON) is one of the most abundant and important trichothecene mycotoxins produced by Fusarium species. Mycotoxin-contaminated feeds may negatively affect broiler chickens’ health, a sustainable approach to achieve mycotoxin elimination is necessary. An experiment was conducted to study the effects of deoxynivalenol (DON) on the performance of broilers, organ weights, serum biochemical parameters, immune response, and intestinal histology and to evaluate the efficacy of a commercial feed additive, based on synbiotics (SFA), with the ability to deepoxidize DON. In total, six hundred 1-d-old male broiler of a commercial strain (Ross 308) were vaccinated with combined live Newcastle disease virus (NDV) and infectious bronchitis virus (IBV) vaccine and were randomly allotted to 6 dietary treatments (100 birds in each group) for 5 wk. These groups were fed 3 diets naturally contaminated with DON at concentrations of < 0.5 (control diet), 1.5, and 3 mg/kg with and without SFA at 250 g/ton. The parameters including body weight, feed intake, and mortality rate were recorded on a weekly basis. In addition, weekly blood samples were collected from four birds in each group to determine serum biochemical characteristics and antibody titers to NDV and IBV. In week 5, four selected chickens were euthanized, and organs (heart, liver, spleen, bursa of Fabricius) were weighed. Tissues from intestine (2-cm segments of duodenum, jejunum, ileum, and caecum) and immune system (bursa of Fabricius and thymus) were collected for further histological examinations. The results indicated that DON-challenged birds had decreased (P < 0.05) average body weight (ABW) at days 28 and 35 as compared to control and treated groups with SFA. Furthermore, the inclusion of DON in the diet reduced antibody titer against NDV (P < 0.05), and IBV (P < 0.001). However, there were no significant differences in serum biochemical parameters and organs weight during the whole experimental period (P > 0.05). Moreover, in birds fed contaminated diets, DON caused necrosis in duodenum villus and in the thymus but did not alter the intestinal or the immune system morphometrics. It was concluded that broiler performance, histological, and immunological parameters were adversely affected by feeding diets contaminated with DON. However, the dietary supplementation with Synbiotics as a detoxifying agent would be an alternative to alleviate adverse effects on birds.

Le virus du Nil occidental (VNO) est un flavivirus présent au Canada depuis 2001, affectant principalement les oiseaux, les chevaux et les humains. En 2003, l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) a inscrit le VNO sur la liste des maladies à notification immédiate (MANI) et depuis, les cas chez les animaux domestiques sont rapportés dès l’obtention d’un résultat positif à l’autorité fédérale. Aucune étude au Canada n’a encore colligé tous les cas de VNO chez une espèce animale afin d’améliorer la compréhension de la distribution du VNO au pays et de formuler des recommandations pour la prévention de futures infections. Dans le cadre de cette étude, tous les cas de VNO rapportés à l’ACIA chez les chevaux ont été analysés afin de décrire, dans un premier temps, l’incidence des cas rapportés de VNO au Canada (2003 à 2019) et les caractéristiques principales des cas récents (2015 à 2019). Dans un second temps, une analyse géospatiale a été effectuée afin de décrire les patrons spatiotemporels de la distribution des cas de VNO rapportés de 2003 à 2020 chez les chevaux. Au cours de la période d’étude, 848 cas de VNO chez les chevaux ont été rapportés à l’ACIA. Ces cas étaient répartis dans toutes les provinces, à l’exception des quatre provinces de l’Atlantique (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Terre-Neuve-et-Labrador). La région de l’Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba) a déclaré un plus haut taux d’incidence (15,4 cas/100 000 chevaux-année) que la région de l’Est (8,3 cas/100 000 chevaux-année) (Ontario, Québec, Atlantique). Les taux d’incidence étaient particulièrement élevés en Saskatchewan avec en moyenne 33,2 cas/100 000 chevaux-année entre 2003 et 2019. L’analyse descriptive des caractéristiques des cas a démontré que 96 % de ceux-ci n’étaient pas vaccinés et que le taux de létalité était de 31,9 %. La distribution spatiotemporelle des cas a été décrite par région en analysant d’abord la récurrence annuelle des cas dans les divisions de recensement et ensuite la présence d’agrégats spatiotemporels pour investiguer les excès de risque. L’analyse des patrons spatiotemporels a révélé une dispersion vaste et rapide ainsi qu’une récurrence élevée du VNO dans la région de l’Ouest. En revanche, pour la région de l’Est, la dispersion du VNO a été plus lente et graduelle. Les agrégats spatiotemporels identifiés ont permis de démontrer que, malgré la présence répétée des cas dans certaines divisions de recensement, des excès de risque spatiotemporels peuvent être observés. Ces patrons indiquent que les cas de fièvre du VNO peuvent être anticipés dans les endroits où la récurrence annuelle est plus élevée et, parfois, conduire à des éclosions de la maladie. En somme, cette étude a mis en évidence l’importance de la surveillance du VNO chez les chevaux en décrivant notamment la saisonnalité du VNO et en délimitant des zones avec une forte récurrence de cas. Ces caractéristiques illustrent l’apport considérable de la surveillance chez les chevaux à un système de surveillance intégrée. Les résultats pourront aussi aider les autorités sanitaires et les médecins vétérinaires praticiens à cibler leurs efforts de prévention et de contrôle dans les zones les plus touchées. / West Nile virus (WNV) is a flavivirus which has been present in Canada since 2001, affecting mostly birds, horses and humans. In 2003, the Canadian Food Inspection Agency (CFIA) included WNV on its list of immediately notifiable diseases (INDs), and since then, cases in domestic animals are reported to the federal authority as soon as positive samples are obtained from diagnostic laboratories. To date, no study in Canada has compiled all reported WNV cases in an animal species to describe the distribution of this virus in the country and formulate recommendations for future prevention strategies. In this study, all WNV cases reported to the CFIA in horses were analyzed to describe their incidence in Canada (2003 to 2019) and the main characteristics of the recent ones (2015 to 2019). A geospatial analysis was also conducted to describe the spatiotemporal patterns of reported WNV cases in horses from 2003 to 2020. Over the study period, 848 cases of WNV in horses were reported to the CFIA. These cases were distributed in all provinces, except for the Atlantic provinces (New Brunswick, Nova Scotia, Prince Edward Island, Newfoundland and Labrador). The western region of Canada (British Columbia, Alberta, Saskatchewan, Manitoba) reported a higher incidence rate (15.4 cases/100,000 horse-year) than the eastern region (8.3 cases/100,000 horse-year) (Ontario, Quebec, Atlantic). The reported incidence rates were particularly high in Saskatchewan, with an average of 33.2 cases/100,000 horse-year between 2003 and 2019. The descriptive analysis of case characteristics showed that 96% of cases were not vaccinated, and the case fatality rate was 31.9%. The regional spatiotemporal distribution of cases was described by first analyzing the annual recurrence of cases in census divisions and then the presence of spatiotemporal high-risk clusters. The analysis of spatiotemporal patterns revealed a swift spread and a high recurrence of WNV cases in the western region. In contrast, in the eastern region, the dispersion was slower and more gradual. The identified clusters showed that, despite the repeated presence of cases in some census divisions, excess in spatiotemporal risk can be observed. These patterns indicate that cases of WNV fever can be anticipated in areas with higher annual recurrence, and in some instances, can result in disease outbreaks. This study highlights the importance of WNV surveillance in horses, enabling a better understanding of the seasonality of WNV in horses and the identification of areas with a high recurrence of cases. The findings are a considerable contribution in an integrated surveillance system. The results can also assist health authorities and veterinary practitioners in targeting prevention and control efforts to the most affected areas.

La résistance aux lactones macrocycliques (LM) constitue une préoccupation croissante dans le contrôle des nématodes parasitaires, notamment l'Haemonchus contortus chez les ruminants. Parmi les mécanismes étudiés dans la résistance aux LM chez les nématodes d’importance en santé animale, il y a les pompes ABC, principalement les glycoprotéines-p, connues pour leur rôle dans la détoxification des LM chez les strongles. Il n'existe toutefois aucune étude sur l'extrusion des lipides par les pompes ABC en tant que produits excrétoires/sécrétoires provenant d'H. contortus (Hc-PES). Nous émettons l’hypothèse que les pompes ABC chez H. contortus sont à la fois impliquées dans l’extrusion de LM (contribuant à la résistance aux antihelminthiques) et dans l’efflux de lipides secrétés par le parasite. Notre objectif était de caractériser le rôle des pompes ABC chez H. contortus dans le contexte de la résistance aux LM et de l'extrusion des lipides. L'efficacité de l'ivermectine, un membre de LM, a été évaluée dans 8 fermes étudiées par un test de réduction de la numération des œufs dans les selles (TRNOS). Les niveaux d'expression des pompes ABC ont été évalués dans des isolats de champ d’H. contortus avec des résultats TRNOS faibles (présumé souches résistantes). D’ailleurs, des vers adultes d’H. contortus ont été incubés avec trois inhibiteurs de pompes ABC, dont le Fumitremorgin C, le Kétoconazole et le Mk-571 à concentrations différentes. Les lipides ont été identifiés par CL/SM dans les milieux de culture récupérés à 2 h, à 4 h et à 8 h après l'incubation d’H. contortus dans les groupes contrôle et traités. L'expression des gènes Hco-pgp-2 et Hco-pgp-3 était augmentée chez les isolats de champ d’H. contortus. Nous avons identifié 1045 lipides appartenant à diverses catégories. L'extrusion des lipides en Hc-PES a changé en présence d'inhibiteurs de pompes ABC, en particulier pour les lipides composés de structures correspondant à celles pour le transport par les pompes ABC. Nous avons donc conclu que les pompes ABC chez H. contortus représentent un système de multi-extrusion et sont impliquées dans la sécrétion de lipides avec importance dans l’interaction avec l’hôte, mais aussi dans la résistance aux LM chez le nématode. / Macrocyclic lactones (MLs) resistance is a growing concern in controlling parasitic nematodes, particularly Haemonchus contortus in the ruminants’ industry. ABC transporters are known to participate in translocating various lipophilic molecules, including MLs and lipids. Some ABC transporters, mostly P-glycoproteins are known to be involved in MLs detoxification in parasitic nematodes; but there is no data about extrusion of lipids by ABC transporters as Excretory/Secretory Products in H. contortus (Hc-ESP). We hypothesize that ABC transporters in H. contortus have a dual role participating in the efflux of MLs, thus contributing to anthelmintic resistance, and in the extrusion of lipids out of the parasite. This study aimed to characterize the role of H. contortus ABC transporters in the context of ML resistance and the extrusion of lipids. Ivermectin (a member of MLs) efficacy was evaluated in 8 studied farms by the fecal egg count reduction test (FECRT). The expression levels of ABC transporters were evaluated in field isolates of H. contortus with low FECRT results (suspected of resistance). H. contortus adult worms were incubated with three ABC inhibitors, such as Fumitremorgin C, Ketoconazole and Mk-571 with different concentrations. Lipids were identified by LC/MS in culture media at 2h, 4h and 8h post incubation with H. contortus in control and treated groups. Hco-pgp-2 and Hco-pgp-3 were found upregulated in H. contortus field isolates. We identified 1045 lipid molecules belonging to different categories. Interestingly, the lipid profile in Hc-ESP was altered in the presence of ABC transporter inhibitors, which shows structural features compatible as substrates for nematode transporters’ activity. Therefore, ABC transporters in H. contortus participate in extrusion of lipids and also may help in detoxification of MLs, becoming a multipurpose pumping system involved in ML resistance and secretion of lipids at the interplay with the host and among nematodes.

Clostridium perfringens entérotoxinogène figure parmi les principales causes de toxi-infection alimentaire dans le monde. L’utilisation d’une approche par culture bactérienne classique pour isoler C. perfringens entérotoxinogène dans la viande de volailles est courante. Cependant, cette méthode d’isolement de ce microorganisme s’appuie sur le phénotype d’une double hémolyse attribuable, alors que peu des souches entérotoxinogènes de C. perfringens n’en produisent. Cet aspect complique ainsi l’étude des réservoirs de cet important pathogène. Les objectifs de cette étude étaient de valider la capacité d’une sonde marquée à la digoxigénine à détecter le gène cpe codant pour l’entérotoxine de C. perfringens et de valider l’utilisation d'une approche d'isolement combinée à l'hybridation sur colonie pour détecter C. perfringens entérotoxinogène. Des échantillons de liquides de rinçage de carcasses de poulets de chair ont été utilisés pour la réalisation de la présente étude. L’ADN et colonies lysées de souches entérotoxingènes de C. perfringens, et des échantillons de liquides de rinçage de carcasses de poulets de chair ont été soumis à la méthode d'hybridation sur colonie afin d'identifier la présence du gène cpe de C. perfringens. Les résultats de cette étude ont montré que la sonde d’ADN synthétisée est spécifique et sensible, permettant ainsi la détection du gène cpe de C. perfringens à partir de séquences d’ADN et de colonies lysées d’une souche contrôle de C. perfringens positifs au gène cpe, mais aussi à partir de colonies isolées des échantillons de liquides de rinçage de carcasses de poulets de chair contaminés artificiellement par C. perfringens entérotoxinogène. Notre étude suggère que cette méthode d’isolement combinée à l’hybridation sur colonie permet de récupérer C. perfringens entérotoxinogène à partir d’échantillons de liquides de rinçage de carcasses de poulets de chair. / Enterotoxigenic Clostridium perfringens is one of the main causes of foodborne illness worldwide. The use of a conventional bacterial culture approach to isolate enterotoxigenic C. perfringens from poultry meat is common. However, this method relies on the phenotype of attributable double hemolysis, whereas few enterotoxigenic strains of C. perfringens produce it. This aspect complicates the study of the reservoirs of this important pathogen. The objectives of this study were to validate the ability of a digoxigenin-labeled probe to detect the cpe gene encoding C. perfringens enterotoxin and to validate the use of an isolation approach combined with hybridization on colony to detect enterotoxigenic C. perfringens. DNA and pure colonies of enterotoxigenic strains of C. perfringens, and samples of broiler carcass rinses were subjected to the colony hybridization method to identify the presence of the cpe gene encoding the C. perfringens enterotoxin. The results of the present study revealed that the synthesized DNA probe is sensitive, thus allowing the detection of the cpe gene of C. perfringens from DNA sequences and from lysed colonies of a control strain of C. perfringens positive for the cpe gene. The probe also hybridized to the DNA of lyzed colonies isolated from carcass rinsates artificially contaminated with cpe-positive C. perfringens. Our study suggests that this isolation method combined with colony hybridization allows the recovery of enterotoxigenic C. perfringens from broiler carcass rinse fluid samples.

La pathogenèse de la sacculite anale demeure incomprise. Cette condition semble cependant être plus fréquente chez les chiens atopiques. La sacculite anale se traite principalement avec un antibiotique. Avec la montée de l’antibiorésistance, il est important de mieux comprendre sa pathogenèse afin de prévenir la maladie et trouver des traitements alternatifs aux antibiotiques. Cette étude visait donc à comparer le microbiote bactérien et les cytokines pro-inflammatoires dans les sacs anaux de chiens sains à ceux de chiens atopiques, afin de déterminer si des changements pourraient être à l’origine des sacculites anales chez les chiens atopiques. L’hypothèse de ce projet était que le microbiote bactérien et les cytokines pro-inflammatoires dans les sacs anaux des chiens sains diffèrent de ceux des chiens atopiques traités ou non traités. Les principaux objectifs de cette étude étaient donc de caractériser le microbiote bactérien (MB) des sacs anaux des chiens atopiques recevant ou non un traitement (oclacitinib, cetirizine ou immunothérapie allergénique) et de déterminer si la concentration de certaines cytokines pro-inflammatoires libérées dans les sacs anaux variait entre les chiens sains et les chiens atopiques non traités (CANT) et les chiens atopiques traités (CAT). Des écouvillons floqués ont été utilisés pour échantillonner le rectum et les sécrétions provenant des sacs anaux de 15 chiens sains, six CAT et 14 CANT pour l’analyse du microbiote bactérien. L’extraction de l’acide désoxyribonucléique a été effectuée avec le kit commercial DNeasy PowerSoil. Le séquençage de la région V4 du gène de l’acide ribonucléique ribosomique 16S a ensuite été réalisé avec la plateforme Illumina MiSeq. Pour l’analyse des cytokines, le contenu des sacs anaux de 15 chiens sains, 12 CANT et cinq CAT a été prélevé dans un microtube. Chaque microtube a été mélangé au vortex. Le surnageant a ensuite été prélevé. Les microtubes contenant le surnageant ont ensuite été congelés à -80°C jusqu’à leur analyse. La concentration de l’interféron gamma, des interleukines (IL)-2, 6, 8, 10 et 12/23p40, de la protéine chimiotactique 1 des monocytes, du facteur de croissance des nerfs bêta, du facteur de cellules souches, du facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-α) et du facteur de croissance de l’endothélium vasculaire A a été mesurée avec le test multiplex de Luminex. L’appartenance à la communauté était différente entre les sacs anaux des chiens sains et des CANT, des chiens sains et des CAT et des CANT et des CAT (P = 0,002, P = 0,013 et P = 0,012, respectivement). La structure de la communauté était différente entre les chiens sains et les CANT (P = 0,003) et entre les CANT et les CAT (P = 0,017), mais pas entre les chiens sains et les CAT (P = 0,332). Toutes les cytokines pro-inflammatoires évaluées ont été détectées dans les sacs anaux de chiens sains, de CANT et de CAT. Il n’y avait aucune différence significative entre les groupes, excepté pour l’IL-8 et le TNF-α, où l’IL-8 était plus élevée dans les sacs anaux des CANT en comparaison avec ceux des CAT (P = 0,02), et le TNF-α était en concentration plus faible dans les sacs anaux des chiens sains comparativement aux sacs anaux des CAT (P = 0,04). Il y a une dysbiose dans les sacs anaux de chiens atopiques, ce qui pourrait expliquer pourquoi les chiens atopiques semblent prédisposés à développer des sacculites anales bactériennes. Les traitements (oclacitinib, cetirizine et immunothérapie allergénique) semblent également modifier la composition du microbiote bactérien dans les sacs anaux des chiens atopiques pour qu’elle se rapproche de celle des chiens sains. L'IL-8 pourrait également jouer un rôle dans le développement de la sacculite anale. D’autres études évaluant un plus large nombre de cytokines permettraient possiblement de mettre en évidence des cytokines ayant un rôle important lors de sacculite anale chez les chiens atopiques. / The pathogenesis of anal sacculitis is not well understood. However, this condition appears to be more common in atopic dogs. Anal sacculitis is primarily treated with antibiotic therapies. With the rise of antimicrobial resistance, it is important to better understand the pathogenesis of anal sacculitis in order to prevent the disease and find alternative treatments to antibiotics. The present study aimed to compare the bacterial microbiota and pro-inflammatory cytokines in the anal sacs of healthy dogs with those of atopic dogs, in order to determine if there are changes that could explain anal sacculitis in atopic dogs. The hypothesis of this project was that the bacterial microbiota and proinflammatory cytokines in the anal sacs of healthy dogs differ from those of treated and untreated atopic dogs. The main objectives of this study were therefore to characterize the bacterial microbiota of the anal sacs of atopic dogs receiving or not a treatment (oclacitinib, cetirizine or allergen-specific immunotherapy) and to determine if the concentration of certain proinflammatory cytokines released in the anal sacs differed between healthy, untreated atopic dogs (UAD) and treated atopic dogs (TAD). Flocked swabs were used to sample the rectum and secretions from the anal sacs of 15 healthy dogs, six TAD and 14 UAD for bacterial microbiota analysis. Deoxyribonucleic acid extraction was performed with the commercial DNeasy PowerSoil kit. Sequencing of the V4 region of the 16S ribosomal ribonucleic acid gene was then performed with the Illumina MiSeq platform. For cytokine analysis, the contents of the anal sacs of 15 healthy dogs, 12 UAD, and five TAD were collected in a microtube. Each microtube was vortexed before the supernatant was collected. The microtubes containing the supernatant were then frozen at -80°C until analysis. The concentration of interferon gamma, interleukin (IL)-2, 6, 8, 10, and 12/23p40, monocyte chemotactic protein 1, nerve growth factor beta, stem cell factor, tumor necrosis factor-alpha (TNF-α), and vascular endothelial growth factor-A were measured with the Luminex multiplex assay. Community membership was different between the anal sacs of healthy dogs and UAD, healthy dogs and TAD, and UAD and TAD (P = 0.002, P = 0.013, and P = 0.012, respectively). Community structure was different between healthy dogs and UAD (P = 0.003) and between UAD and TAD (P = 0.017), but not between healthy dogs and TAD (P = 0.332). All proinflammatory cytokines assessed were detected in the anal sacs of healthy dogs, UAD, and TAD. There were no significant differences between groups except for IL-8 and TNF-α. IL-8 was higher in UAD anal sacs compared to TAD anal sacs (P = 0.02) and TNF-α was in lower concentration in healthy dog anal sacs compared to TAD anal sacs (P = 0.04). There is a dysbiosis between the anal sacs of UAD and TAD which might explain why atopic dogs seem predisposed to bacterial anal sacculitis. Treatments received by atopic dogs (oclacitinib, cetirizine and allergen-specific immunotherapy) shift the microbiota of the anal sacs towards that of healthy dogs. IL-8 may also play a role in the development of anal sacculitis. Further studies on a larger number of cytokines may identify cytokines that are important in the pathogenesis of anal sacculitis in atopic dogs.

Listeria monocytogenes est responsable de la listériose, une toxi-infection alimentaire présentant un taux de mortalité élevé (20 à 30%) chez les populations à risque. Les produits de la filière porcine ont été incriminés à plusieurs reprises dans des éclosions de listériose. En transformation, la contamination des produits prêts-à-manger est d’une importance particulière puisque ces aliments sont consommés sans préparation subséquente. Le pathogène, par son caractère psychrophile et sa capacité à former des biofilms est en mesure de s’établir et de persister dans les environnements de production alimentaire. Il peut alors être transféré de niches environnementales vers les produits de viande. Cette contamination croisée est inhérente à l’introduction préalable de L. monocytogenes dans l’environnement de transformation. Il a été rapporté que les pièces de viande crue provenant des étapes en amont de la transformation constituent la principale voie d’entrée de L. monocytogenes en atelier de transformation. Dans la nature, les biofilms sont composés de plusieurs microorganismes dont l’identité et les interactions façonnent le développement des communautés microbiennes. Le microbiote d’accompagnement a été proposé comme facteur pouvant influencer la présence et la persistance de L. monocytogenes. Ainsi, la présente thèse a pour but d’identifier des déterminants bactériens présents dans le microbiote des surfaces en contact avec les produits de viande en salle de découpe en abattoir porcin associés à la présence ou à l’absence de L. monocytogenes. La caractérisation du microbiote ainsi que la détection de L. monocytogenes ont été réalisées en parallèle sur les échantillons de surfaces recueillis. Les analyses de diversité menées sur les résultats issus du séquençage de l’ARNr 16S ont révélé une hétérogénéité dans la répartition des genres bactériens sur ces surfaces en fonction des lignes de production ainsi qu’en fonction des différentes visites. La présence de déterminants microbiens a permis la construction de deux modèles prédictifs basés sur les forêts d’arbres décisionnels permettant, sur la base du microbiote de chaque échantillon, de prédire son appartenance à une visite (à 94%) et à une ligne de production (à 88%). L. monocytogenes a été retrouvée dans 12,24% des échantillons de surfaces de découpe récoltés. Une distribution non stochastique des isolats a été observée (sur trois des six lignes de production) suggérant une localisation préférentielle de L. monocytogenes en salle de découpe. La caractérisation des isolats a révélé une faible diversité génétique ainsi que la présence de plusieurs caractéristiques associées à une adaptation à l’environnement de production et à une atténuation de la virulence. L’outil statistique MaAsLin a permis d’identifier le taxon Veillonella comme déterminant bactérien de la présence de L. monocytogenes sur les surfaces de découpe. Il a pu être démontré par approche culturale, en laboratoire, que Veillonella dispar et Veillonella atypica augmentaient significativement la croissance et la survie de L. monocytogenes en cocultures planctoniques ainsi qu’en biofilms. Les résultats obtenus suggèrent que l’action de Veillonella serait médiée par des composés sécrétés ou rendus disponibles par la bactérie. Les résultats de la présente étude contribuent à une meilleure compréhension des patrons de contamination associés à L. monocytogenes en abattoir. / Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen that can cause severe illness in high-risk groups such as the immunocompromised and the elderly, who face a mortality rate of 20 to 30% with exposure to this deadly bacterium. Pork products have been incriminated on several occasions in listeriosis outbreaks. Contamination of ready-to-eat products is of particular importance since this kind of food is consumed without prior cooking. The pathogen's psychrophilic nature and its ability to form biofilms enable its establishment and persistence in food production environments. The bacterium can then be transferred from environmental niches to the food products. This cross-contamination is inherent to the prior introduction of L. monocytogenes into the ready-to-eat processing environment. It has been reported that raw meat cuts from the upstream processing stages constitute the main route of entry of L. monocytogenes into the ready-to-eat processing environment. The accompanying microbiota has been proposed as a factor that can influence the presence and persistence of L. monocytogenes. In processing environments, biofilms are composed of several microorganisms whose identity and interactions shape the development of microbial communities. Thus, the aim of the present thesis was to identify bacterial determinants, present in the microbiota of surfaces in contact with meat products in the cutting room of a pig slaughterhouse, associated with the presence or absence of L. monocytogenes. The characterization of the surface’s microbiota and the detection of L. monocytogenes were carried out in parallel on the surface samples collected. Diversity analyses carried out following 16S rRNA sequencing revealed heterogeneity in the distribution of bacterial genera on these surfaces, depending on the production line and the visit. The presence of microbial determinants enabled the development of two predictive models based on random forests classification algorithms, which, based on the microbiota of a sample, predicted its belonging to a visit (at 94%) and to a production line (at 88%). L. monocytogenes was found in 12,24% of the cutting room surfaces samples. A non-stochastic distribution of the isolates was observed (only three of the six production lines were contaminated) suggesting a preferential localization of L. monocytogenes in the cutting room. Isolates characterization revealed low genetic diversity and the presence of several genes associated with adaptation to the production environment and attenuation of virulence. Using the MaAsLin statistical tool, the Veillonella taxon was identified as a bacterial determinant of the presence of L. monocytogenes on the cutting room surfaces. Using a cultural approach, it was demonstrated that Veillonella dispar and Veillonella atypica significantly increased the growth and survival rates of L. monocytogenes in planktonic cocultures and biofilms. The results suggested that the action of Veillonella is mediated by compounds secreted or made available by the bacterium. The results of the present study contribute to a better understanding of L. monocytogenes contamination patterns in swine slaughterhouses.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un problème de santé publique mondial avec des répercussions importantes en médecine vétérinaire et humaine. Elle est classiquement associée à une surutilisation des antimicrobiens. Les bactéries commensales des animaux et des humains, tel Escherichia coli, sont souvent utilisées comme bactéries indicatrices pour surveiller la RAM. Parmi les mécanismes de résistance de E. coli, la production de β-lactamases à spectre étendue (BLSE) ou de type AmpC est particulièrement inquiétante. Ces enzymes peuvent inactiver une classe d’antimicrobien de très haute importance en santé humaine également utilisée en médecine vétérinaire : les céphalosporines de 3e génération. La prévalence générale de la RAM ainsi que la présence de E. coli producteur de BLSE/AmpC dans les troupeaux laitiers québécois sont inconnues. De plus, la transmission de ces bactéries résistantes et les facteurs de risque associés à leurs excrétions par les bovins laitiers sont actuellement peu documentés. L’objectif général de cette thèse était d’explorer la RAM par une étude transversale observationnelle sur des fermes québécoises de bovins laitiers sélectionnées aléatoirement (n = 101). La première étape du projet constituait à décrire la prévalence de cette RAM pour la bactérie E. coli isolée des matières fécales des animaux (vaches en lactation, veaux pré-sevrage) et de l’environnement (fosse à fumier). La prévalence de RAM observée pour les E. coli indicateurs était faible (<5%) pour les antimicrobiens de très haute importance en médecine humaine (céphalosporines de 3e génération et fluoroquinolones). Cependant, il y avait une prévalence élevée (85%) de fermes avec la présence d’au moins un E. coli producteur de BLSE/AmpC. La RAM était particulièrement importante pour les E. coli isolés chez les veaux pré-sevrage. Pour la deuxième étape, cette RAM était analysée au niveau génétique par le séquençage du génome entier des E. coli les plus résistants. La grande majorité de la RAM (>95%) était expliquée par des mutations ou des gènes de résistance. Certains de ceux-ci étaient à proximité l’un de l’autre et leur configuration laissait supposer qu’une partie de ces gènes étaient présents sur des éléments génétiques mobiles. De plus, il y avait une dissémination clonale de E. coli résistant entre les fermes. La dernière étape constituait à déterminer des facteurs de risque (utilisation des antimicrobiens ou pratiques à la ferme) de la RAM. Grâce à des analyses multivariées utilisant l’intelligence artificielle, il a été possible d’observer des facteurs de risque significatifs associés à la taille de la ferme et à la santé des animaux. Bref, un portrait de la situation de la RAM est maintenant établi dans les troupeaux de bovins laitiers du Québec pour 2017. Il s’agit d’un phénomène complexe qui ne se limite pas simplement à un lien direct avec l’utilisation des antimicrobiens. Ces travaux serviront de bases pour suivre l’évolution temporelle de la RAM. De plus, des études prospectives pourraient être réalisées afin de confirmer les impacts des observations notées dans cette thèse. L’ensemble de ces informations seront déterminantes en vue d’établir des mesures concrètes pour tenter de limiter cette importante problématique. / Antimicrobial resistance (AMR) is a global public health problem with major repercussions in both veterinary and human medicine. It is classically associated with the overuse of antimicrobials. Animal and human commensal bacteria, such as Escherichia coli, are often used as indicator bacteria to monitor AMR. Among the resistance mechanisms of E. coli, the production of an extended-spectrum β-lactamase (ESBL) or AmpC-type is of particular concern. These enzymes can inactivate a class of antimicrobials of great importance in human health also used in veterinary medicine: third-generation cephalosporins. The overall prevalence of AMR and the presence of ESBL/AmpC-producing E. coli are unknown in Québec dairy herds. Furthermore, the transmission of these resistant bacteria and the risk factors associated with their excretion by dairy cattle are currently poorly documented. The overall objective of this thesis was to explore AMR through an observational cross-sectional study on randomly selected Québec dairy farms (n = 101). The first step of the project was to describe the prevalence of AMR for E. coli isolated from animal feces (lactating cows, pre-weaned calves) and the environment (manure pit). The prevalence of AMR observed for indicator E. coli was low (<5%) for antimicrobials of very high importance in human medicine (third-generation cephalosporins and fluoroquinolones). However, there was a high prevalence (85%) of farms with at least one ESBL/AmpC-producing E. coli. AMR was particularly high for E. coli isolated from pre-weaned calves. In the second step, AMR was analyzed at the genetic level by whole genome sequencing of the most resistant E. coli isolates. The vast majority of AMR (>95%) was explained by mutations or resistance genes. Some of these were in close proximity to each other, and their configuration suggested that some of these genes were present on mobile genetic elements. In addition, there was clonal dissemination of resistant E. coli between farms. The final step was to identify risk factors (antimicrobial use or farm practices) for AMR. Using artificial intelligence methods for multivariate analyses, it was possible to identify significant risk factors associated with farm size and the health of animals. In summary, our results provide a portrait of the AMR situation in Québec dairy herds. This complex phenomenon is not simply limited to a direct link with antimicrobial use. This work will serve as a baseline for monitoring the temporal evolution of AMR. In addition, prospective studies could be carried out to confirm the impacts of the observations noted in this thesis. All this information will be decisive in establishing concrete measures to try and limit this major problem.