L’émergence du génotypage à haut débit et le développement de méthodes statistiques reliant le génotype au phénotype ont donné lieu à des approches pangénomiques, c’est-à-dire à l’échelle du génome entier, exploitables en sélection des plantes. Ces approches ont d’abord permis d’examiner l'association entre génotype et phénotype via des analyses d'association pangénomique (GWAS en anglais) afin d’identifier des loci de caractères quantitatifs (« quantitative trait loci », QTL) utiles en sélection assistée par marqueurs (SAM). Plus récemment, ces approches ont été explorées pour la prédiction génomique, laquelle vise, d’une part, à identifier les croisements les plus prometteurs (la sélection des croisements), et d’autre part, à identifier les individus les plus prometteurs au sein d’une descendance (la sélection génomique). Dans les deux cas, ces prédictions reposent sur un modèle statistique reliant le génotype et le phénotype au sein d’une population de référence. Ces approches pangénomiques offrent un grand potentiel, mais sont encore émergentes et de nombreuses questions se posent encore chez l’orge. Notre étude s’intéresse à certaines de ces interrogations et elle est divisée en quatre volets de recherche. Les approches pangénomiques nécessitent un nombre important de marqueurs moléculaires de type SNP (« single nucleotide polymorphism »). Ainsi dans le premier volet nous avons optimisé le protocole de génotypage par séquençage. Ce volet détaille tout le processus, de la préparation des librairies de séquençage jusqu’à la production d’un catalogue de SNP de haute qualité. À titre d’illustration, nous avons généré un catalogue de 30 000 SNP ayant une distribution chromosomique intéressante et une grande exactitude des génotypes. Dans le deuxième volet, en utilisant les données phénotypiques et génotypiques d’une population d’amélioration, nous avons comparé l’efficacité de trois approches GWAS (Uni-SNP, Multi-SNP et Haplotypique) pour détecter des QTL pour des caractères agronomiques importants. Les approches Multi-SNP et Haplotypique ont identifié plus de QTL que l’approche Uni-SNP. Le chevauchement entre les approches était limité, chaque approche découvrant un sous-ensemble différent de QTL. / Dans le cadre du troisième volet, nous avons étudié l’impact de trois facteurs sur la justesse de la sélection génomique : (1) la performance de différents modèles statistiques (incluant ou non l’épistasie), (2) le nombre de marqueurs employés ainsi que (3) leur localisation (génique/nongénique). Le modèle qui intègre les effets additifs et épistatiques a montré les meilleures performances même si les différences entre les modèles étaient modestes. Jusqu’à 2K SNP, la justesse de la sélection génomique est restée comparable à celle basée sur le catalogue entier (35K), mais une diminution significative été observée à 500 SNP. Dans la plupart des cas, l’utilisation de SNP présents dans les régions géniques, voire codantes, n’a pas apporté une amélioration significative. Enfin, dans le quatrième volet, nous avons exploré la sélection génomique et la sélection des croisements. En premier lieu, nous avons constitué une population de référence pour bâtir un modèle de sélection génomique et prédire les performances de 350 descendants développés dans un programme d’amélioration. A partir des prédictions, 35 lignées ont été sélectionnées et testées au champ afin d’examiner la corrélation entre les performances prédites et observées. Les corrélations étaient satisfaisantes pour la résistance à la fusariose et le rendement. Ensuite, sur la base de ce modèle, nous avons prédit la moyenne (μ) ela variance génétique (Vg) de chacune des descendances simulées issues de tous les croisements possibles (30 000). La validation de ces prédictions a été réalisée rétrospectivement sur un sous-ensemble de croisements précédemment réalisés, en examinant leur persistance dans le processus de sélection. Tel qu’attendu les croisements les plus persistants (>F9) ont présenté des μ supérieures, mais des Vg modérées. Même si la résistance à la fusariose et le rendement sont corrélés défavorablement, nous avons pu identifier des croisements (650) où cette corrélation était rompue. Parmi ces croisements, certains (40) auraient un réel potentiel avec des performances égales ou supérieures à des lignées témoins performantes. Au terme de ce projet, nous avons démontré l'efficacité d'une procédure GWAS combinant des approches uni- et multi-locus à disséquer des caractères complexes et à détecter des QTL clés utilisables en SAM. Nous avons aussi démontré que la prédiction génomique peut être optimisée et efficacement intégrée en sélection génétique chez l’orge à six rangs pour identifier les meilleurs descendants, mais surtout pour identifier des croisements prometteurs. / Finally, in the fourth part, we explored genomic selection and genomic mating in a breeding program. First, we established a training population to build a genomic selection model and to predict the performance of 350 progeny developed in a breeding program. Based on these predictions, 35 lines were selected and tested in the field to examine the correlation between predicted and observed performances. The correlations were satisfactory for Fusarium head blight (FHB) resistance and yield. Then, based on this model, we predicted the mean (μ) and the genetic variance (VG) of each simulated progeny from all possible crosses (n = 30,000) between lines of the training population. The validation of these predictions was carried out retrospectively on a subset of previously performed crosses by examining their persistence in the selection process. As expected, the most persistent crosses (> F9) displayed high μ but moderate VG. Although resistance to FHB and yield are unfavorably correlated, we could identify crosses (650) where this correlation was weakened. Among these crosses, some (40) are predicted to offer equal or better performance than current checks. Through this project, we demonstrated the efficiency of a GWAS procedure combining single- and multi-locus approaches to dissect complex characters and to detect key QTLs that can be used in MAS. We also demonstrated that genomic prediction can be optimized and efficiently integrated in genetic improvement of six-row barley to identify the best progeny but also to identify promising crosses. / The emergence of high-throughput genotyping and the development of statistical methods linking genotype to phenotype have led to pangenomic approaches, performed on a genome-wide scale, exploitable in plant breeding. First, these approaches were used to examine the association between genotype and phenotype in genome-wide association studies (GWAS) in order to identify quantitative trait loci (QTLs) useful in marker-assisted selection (MAS). More recently, these approaches have been explored in genomic prediction which aims, on the one hand, to identify the most promising crosses (genomic mating), and on the other hand, to identify the most promising lines within a set of progeny (genomic selection). In both cases, these predictions are based on a statistical model linking genotype to phenotype in a training population. These genome-wide approaches offer great potential but are still emerging and many questions remain unanswered in barley. Our study focuses on some of these questions and is divided into four areas of research. Genome-wide approaches require a large number of single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Thus, in the first part of this project, we optimized the protocol of genotyping by sequencing (GBS). This part details the entire process, from the preparation of GBS libraries until the production of a high-quality SNP catalog. As an illustration, we generated a catalog of 30,000 SNPs with a broad chromosome distribution and high genotype accuracy. In the second part, using phenotypic and genotypic data from a breeding population, we compared the effectiveness of three GWAS approaches (Single-SNP, Multi-SNP and Haplotype-based) to detect QTLs for important agronomic traits. The Multi-SNP and Haplotype-based approaches identified more QTLs than the Single-SNP approach. The overlap between the approaches was limited, as each approach uncovered a different subset of previously validated QTLs. In the third part we studied the impact of three factors on the accuracy of genomic selection: (1) the performance of different statistical models (including epistasis or not), (2) the number of SNP markers included in the model as well as (3) their localization (genic/non-genic regions). The model that incorporates both the additive and epistatic effects of SNPs showed the best performance even though the differences between the models were modest. With as few as 2K SNP, the accuracy of genomic selection remained comparable to that based on the entire catalog (35K), while a significant decrease in accuracy was observed at 500 SNPs. In most cases, the use of SNPs located in genic regions, even coding regions, did not provide a significant improvement.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2018-2019 / Les changements climatiques pourraient induire un déplacement des conditions favorables aux espèces arborescentes entrainant une mésadaptation des populations locales. La migration assistée est une stratégie proactive qui permettrait de maintenir la productivité forestière et réduire la vulnérabilité des écosystèmes dans les nouvelles conditions climatiques. L’objectif de cette étude est d’évaluer les traits morpho-physiologiques des plants de huit sources génétiques d’épinette blanche (Picea glauca [Moench] Voss) mis en terre dans trois sites de plantation représentant un gradient climatique nord-sud de 1,7°C. Six des sources de semences provenaient de vergers à graines locaux de première génération alors que deux autres provenaient de vergers à graines de seconde génération constitués d’arbres originaires du Québec et de l’Ontario et sélectionnés dans des tests génécologiques. Aucune interaction n’a été observée entre les vergers à graines et les sites pour aucun des traits étudiés. La croissance en hauteur variait entre les vergers à graines, étant plus grande pour les sources de semences du sud et les vergers à graines de deuxième génération. Ces différences ont été maintenues pendant les quatre premières années en plantation. Le site central a montré la meilleure croissance en hauteur et la meilleure séquestration totale du carbone. Une analyse vectorielle n’a montré aucune carence en éléments minéraux durant les quatre premières années en plantation dans chacun des trois sites. La photosynthèse avant le débourrement des bourgeons n’a pas différé entre les vergers (sources de semences) et les sites, reflétant une forte plasticité. Ces résultats obtenus sur de jeunes plants laissent présager qu’une migration assistée des sources du sud vers des sites plus froids pourrait optimiser le rendement des plantations. Les sources septentrionales devraient bénéficier du réchauffement climatique sans toutefois égaler les performances des sources méridionales déplacées vers le nord. Ces recherches doivent toutefois se poursuivre pour confirmer que ces résultats se maintiennent à long terme. / Climate change could induce a shift of favorable conditions of tree species, leading to maladaptation of local populations. Assisted migration is a proactive strategy to face climate changes that aims to maintain forest productivity and reduce the vulnerability of ecosystems. The main objective of this study was to evaluate the difference of performance between eight white spruce genetics sources, each constituted of seed orchard seedlings and established in three plantation sites along a latitudinal transect representing a temperature gradient of 1.7°C simulating climate change. Six of these seed sources were from first-generation local seed orchards while the other two were from second-generation seed orchards constituted of trees originating from Quebec and Ontario and selected in genecological tests. No interaction for all traits studied was found significant between sites and seed sources. Height growth significantly varied between seed orchards, being greater for southern seed sources and second-generation seed orchards. These differences were maintained during the four years in the plantation. The central site showed the best growth in height and the greatest total carbon sequestration. Vector analysis showed that no nutrient deficiencies occurred during the first four years in plantation for each site. Photosynthesis before bud break did not significantly differ between seed orchards and sites, showing a strong plasticity. These results on young seedlings indicate that assisted migration could improve performance of southern seed sources and that the northern seed sources should benefit of warming temperature but would not match the growth performance of the southern seed sources moved to northern sites. Research must however continue to confirm over the long term these early results

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal. / Le genre Aster (Asteraceae, Astereae) contient approximativement 250 espèces, dont 150 d'origine nord-américaine. L'Eurasie, l'Amérique du Sud et l'Afrique se partagent le reste du genre (Brouillet, 1981). Aster cordifolius L. appartient à la sous-section Heterophylli (x=8), section Dumosi (x=8), du sous-genre Aster (x=7, 8, 9) (Semple & Brouillet, 1980a, b). C'est une espèce indigène de l'Amérique du Nord confinée à la région appalachienne du continent (Rousseau, 1974). Quatre taxons infraspécifiques sont rapportés au Québec : A. cordifolius L. var. cordifolius, var. polycephalus Porter, var. racemiflorus Fern. et var. Furbishiae Fern. (Fernald, 1950). Deux races chromosomiques (2n=16, 32) sont connues chez l'espèce (Jones, 1977) et leur patron de distribution est fort complexe (Brouillet, 1983a). Le but de cette étude est de définir la distribution des cytotypes de Aster cordifolius L. au Québec et de vérifier la validité des taxons infraspécifiques décrits par Fernald (1950). Nos travaux de cytologie, la morphométrie et les comparaisons sur le terrain nous permettent de tirer les conclusions suivantes : Au Québec, Aster cordifolius L. est constitué de deux cytotypes (2n=16, 32). Les diploïdes sont significativement différents des tétraploïdes pour 6 des variables étudiées. Les variétés Furbishiae Fern., racemiflorus Fern. et polycephalus Porter décrites dans la littérature sont des phénotypes environnementaux et ne méritent pas le statut de variété.

Huit régimes hormonaux ont été comparés en culture d’anthères chez deux génotypes d’orge de printemps à six rangs. Quatre paramètres ont été notés : le nombre de cals, d’embryons, de plantes vertes et d’albinos. L’analyse de la variance a montré que les génotypes (G), les traitements (T), le rang de récolte des épis (R) et l’interaction R x G avaient des impacts significatifs sur les paramètres à l’étude. Le génotype Altona s’est montré beaucoup plus prolifique que le génotype C97-21-38-3 (19,6 vs 1,3 plantes vertes par 100 anthères). Les traitements 3 (0,1 mg/L de BAP ; 0,1mg/L de 2,4-D) et 6 (0,3 mg/L de BAP ; 0,3 mg/L de 2,4-D) ont permis d’obtenir entre 2 et 3 fois plus de plantes vertes que les traitements témoins. Finalement, chez Altona, les deuxième et troisième épis ont produit significativement plus de plantes vertes, alors que chez C97-21-38-3 aucune différence n’a été observée. / Eight hormonal regimes were compared in anther culture on two genotypes of six-row spring barley. Observations were made on four parameters: the number of calli, embryos, green plants and albinos. An analysis of variance showed that the genotype (G), the treatment (T), the harvest rank of the spike (R) and the R X G interaction all had significant impacts on the studied parameters. Altona proved much more productive in anther culture than C97-21-38-3 (19.6 vs 1.3 green plants per 100 anthers). Treatments 3 (0.1 mg/L BAP; 0.1mg/L 2,4-D) and 6 (0.3 mg/L BAP; 0.3 mg/L 2,4-D) yielded between 2 and 3-fold more green plants than the control treatments. Finally, whereas the second and third spikes produced significantly more green plants than the first spike with Altona, no such difference was observed with C97-21-38-3.

La tomate (Solanum lycopersicum) est largement appréciée par les consommateurs. La flaveur distinctive des tomates provient des interactions entre les acides, les sucres et un mélange complexe de composés volatils. Ces substances volatiles sont principalement dérivées de nutriments tels que les caroténoïdes, les acides gras et les acides aminés. Bien que la tomate soit considérée comme un modèle pour le développement des fruits, la plupart des voies métaboliques menant à la synthèse de volatils ne sont pas encore bien comprises. Afin de mieux interpréter les sentiers métaboliques, nous avons quantifié une centaine de composés volatils dans 254 accessions de tomates ancestrales, modernes et sauvages. Nous avons sélectionné 64 de ces cultivars en fonction de leur profil aromatique et réalisé une étude transcriptomique. Nous avons utilisé un modèle de régression linéaire et une étude d'association pangénomique pour évaluer la relation entre les composés volatils et l'expression génique afin de mieux comprendre la régulation génétique des diverses voies métaboliques. L'analyse de la population a démontré que le profil en composés volatils varie considérablement entre les divers cultivars de tomates. Les composés volatils à l'intérieur d'un même sentier métabolique sont par contre fortement corrélés entre eux. La force de ces corrélations diffère considérablement, indiquant la présence d'étapes limitantes. De fortes corrélations entre des composés volatils non apparentés indiquent également des liens possibles entre différentes voies de biosynthèse. L'émission différentielle de plusieurs volatils dans la population de cultivars de tomates corrèle fortement avec l'expression des gènes caractérisés et d'autres gènes candidats. L'étude d'association pangénomique a permis de cibler de courtes régions chromosomiques associées à l'émission de certains groupes de composés volatils dans le fruit. Nos résultats démontrent le potentiel de ces différentes approches pour mieux comprendre les voies métaboliques de biosynthèse des composés volatils et découvrir de nouveaux gènes candidats. / Tomato (Solanum lycopersicum) is widely appreciated by consumers. The distinctive flavor of tomatoes comes from the interactions between acids, sugars and a complex mixture of volatile compounds. These volatiles are mainly derived from nutrients such as carotenoids, fatty acids and amino acids. Although tomato is considered a model for fruit development, most of the metabolic pathways leading to volatiles synthesis are not yet fully understood. In order to better understand these metabolic pathways, we quantified about 100 volatile compounds in 254 accessions of heirloom, modern and wild tomatoes. We selected 64 tomatoes cultivars based on their aroma profile and performed a transcriptomic analysis. We used a linear regression model and a genome-wide association study to evaluate the relationship between volatile compounds and gene expression, in an effort to better understand the genetic regulation of the various metabolic pathways. The volatiles profile varied considerably among tomatoes cultivars. Volatile compounds within the same metabolic pathway were strongly correlated with each other. On the other hand, the strength of these correlations differed considerably, indicating the presence of limiting steps. Strong correlations between unrelated volatile compounds also indicate possible links between different biosynthetic pathways. The differential emission of several volatiles in the tomato cultivar population strongly correlates with the expression of characterized genes and other candidate genes. A genome-wide association study was used to target short chromosomal regions associated with the emission of certain groups of volatiles in the fruits. Our results demonstrate the potential of these different approaches to better understand the metabolic pathways leading to the biosynthesis of volatile compounds and to uncover new candidate genes.

La conjecture de Zilber-Pink est une conjecture diophantienne concernant les intersections atypiques dans les variétés de Shimura mixtes. C’est une généralisation commune de la conjecture d’André-Oort et de la conjecture de Mordell-Lang. Le but de cette thèse est d’étudier Zilber-Pink. Plus concrètement, nous étudions la conjecture d’André-Oort, selon laquelle une sous-variété d’une variété de Shimura mixte est spéciale si son intersection avec l’ensemble des points spéciaux est dense, et la conjecture d’André-Pink-Zannier, selon laquelle une sous-variété d’une variété de Shimura mixte est faiblement spéciale si son intersection avec une orbite de Hecke généralisée est dense. Cette dernière conjecture généralise Mordell-Lang comme expliqué par Pink.Dans la méthode de Pila-Zannier, un point clef pour étudier la conjecture de Zilber-Pink est de démontrer le théorème d’Ax-Lindemann qui est une généralisation du théorème classique de Lindemann-Weierstrass dans un cadre fonctionnel. Un des résultats principaux de cette thèse est la démonstration du théorème d’Ax-Lindemann dans sa forme la plus générale, c’est- à-dire le théorème d’Ax-Lindemann mixte. Ceci généralise les résultats de Pila, Pila-Tsimerman, Ullmo-Yafaev et Klingler-Ullmo-Yafaev concernant Ax-Lindemann pour les variétés de Shimura pures.Un autre résultat de cette thèse est la démonstration de la conjecture d’André-Oort pour une grande collection de variétés de Shimura mixtes : in- conditionnellement pour une variété de Shimura mixte arbitraire dont la par- tie pure est une sous-variété de AN6 (par exemple les produits des familles universelles des variétés abéliennes de dimension 6 et le fibré de Poincaré sur A6) et sous GRH pour toutes les variétés de Shimura mixtes de type abélien. Ceci généralise des théorèmes connus de Klinger-Ullmo-Yafaev, Pila, Pila-Tsimerman et Ullmo pour les variétés de Shimura pures.Quant à la conjecture d’André-Pink-Zannier, nous démontrons plusieurs cas valables lorsque la variété de Shimura mixte ambiante est la famille universelle des variétés abéliennes. Tout d’abord nous démontrons l’intersection d’André-Oort et André-Pink-Zannier, c’est-à-dire que l’on étudie l’orbite de Hecke généralisée d’un point spécial. Ceci généralise des résultats d’Edixhoven-Yafaev et Klingler-Ullmo-Yafaev pour Ag. Nous prouvons ensuite la conjecture dans le cas suivant : une sous-variété d’un schéma abélien au dessus d’une courbe est faiblement spéciale si son intersection avec l’orbite de Hecke généralisée d’un point de torsion d’une fibre non CM est Zariski dense. Finalement pour une orbite de Hecke généralisée d’un point algébrique arbitraire, nous démontrons la conjecture pour toutes les courbes. Ces deux derniers cas généralisent des résultats de Habegger-Pila et Orr pour Ag.Dans toutes les démonstrations, la théorie o-minimale, en particulier le théorème de comptage de Pila-Wilkie, joue un rôle important. / The Zilber-Pink conjecture is a diophantine conjecture concerning unlikely intersections in mixed Shimura varieties. It is a common generalization of the André-Oort conjecture and the Mordell-Lang conjecture. This dissertation is aimed to study the Zilber-Pink conjecture. More concretely, we will study the André-Oort conjecture, which predicts that a subvariety of a mixed Shimura variety having dense intersection with the set of special points is special, and the André-Pink-Zannier conjecture which predicts that a subvariety of a mixed Shimura variety having dense intersection with a generalized Hecke orbit is weakly special. The latter conjecture generalizes the Mordell-Lang conjecture as explained by Pink.In the Pila-Zannier method, a key point to study the Zilber-Pink conjec- ture is to prove the Ax-Lindemann theorem, which is a generalization of the functional analogue of the classical Lindemann-Weierstrass theorem. One of the main results of this dissertation is to prove the Ax-Lindemann theorem in its most general form, i.e. the mixed Ax-Lindemann theorem. This generalizes results of Pila, Pila-Tsimerman, Ullmo-Yafaev and Klingler-Ullmo-Yafaev concerning the Ax-Lindemann theorem for pure Shimura varieties.Another main result of this dissertation is to prove the André-Oort conjecture for a large class of mixed Shimura varieties: unconditionally for any mixed Shimura variety whose pure part is a subvariety of AN6 (e.g. products of universal families of abelian varieties of dimension 6 and the Poincaré bundle over A6) and under GRH for all mixed Shimura varieties of abelian type. This generalizes existing theorems of Klinger-Ullmo-Yafaev, Pila, Pila-Tsimerman and Ullmo concerning pure Shimura varieties.As for the André-Pink-Zannier conjecture, we prove several cases when the ambient mixed Shimura variety is the universal family of abelian varieties. First we prove the overlap of André-Oort and André-Pink-Zannier, i.e. we study the generalized Hecke orbit of a special point. This generalizes results of Edixhoven-Yafaev and Klingler-Ullmo-Yafaev for Ag. Secondly we prove the conjecture in the following case: a subvariety of an abelian scheme over a curve is weakly special if its intersection with the generalized Hecke orbit of a torsion point of a non CM fiber is Zariski dense. Finally for the generalized Hecke orbit of an arbitrary algebraic point, we prove the conjecture for curves. These generalize existing results of Habegger-Pila and Orr for Ag.In all these proofs, the o-minimal theory, in particular the Pila-Wilkie counting theorems, plays an important role.

Nous généralisons au contexte des faisceaux analytiques cohérents un résultat classique de Koszul-Malgrange concernant l'intégrabilité des connexions de type $(0,1)$ sur un fibré vectoriel complexe $(\cal C)^(\infty)$ au dessus d'une variété complexe. En introduisant la notion de faisceau $\bar(\partial)$-cohérent, qui est une notion qui vit dans le contexte $(\cal C)^(\infty)$, nous montrons l'existence d'une équivalence (exacte) entre la catégorie des faisceaux analytiques cohérents et la catégorie des faisceaux $\bar(\partial)$-cohérents. L'application principale de cette caractérisation est une méthode (la $\bar(\partial)$-stabilité) qui permet de trouver des structures analytiques lesquelles sont obtenues par déformation $\ci$ d'autres structures analytiques. En suite nous conjecturons, comme dans le cas analytique complexe, que la notion de plurisousharmonicité pour une fonction $u$ sur une variété presque complexe est équivalente à la positivité du $(1,1)$-courant $i\partial\bar(\partial)u$. Nous montrons la nécessité de la positivité de ce courant. Nous montrons aussi la suffisance de la positivité dans le cas particulier d'une fonction semi-continue supérieurement et continue en dehors du lieu ou elle vaut $-\infty$.

Le travail effectué dans cette thèse consiste à construire et adapter dans d'autres cadres des objets issus de la géométrie algébrique. Nous nous intéressons d'abord à la théorie des classes de Chern pour les faisceaux cohérents. Sur les variétés projectives, elle est complètement achevée dans les anneaux de Chow grâce à l'existence de résolutions globales localement libres et se ramène formellement à la théorie pour les fibrés. Un résultat de Voisin montre que ces résolutions n'existent pas toujours sur des variétés complexes compactes générales. Nous construisons ici par récurrence sur la dimension de la variété de base des classes de Chern en cohomologie de Deligne rationnelle pour les faisceaux analytiques cohérents en imposant la formule de Grothendieck-Riemann-Roch pour les immersions et en utilisant des méthodes de dévissage. Ces classes sont les seules à vérifier la formule de fonctorialité par pull-back, la formule de Whitney et la formule de Grothendieck-Riemann-Roch pour les immersions; elles coïncident donc avec les classes topologiques et les classes d'Atiyah. Elles vérifient aussi le théorème de Grothendieck-Riemann-Roch pour les morphismes projectifs. Notre second travail est l'étude des schémas de Hilbert ponctuels d'une variété symplectique ou presque complexe de dimension 4. Ils ont été construits par Voisin et généralisent les schémas de Hilbert connus pour les surfaces projectives. En utilisant les structures complexes relatives intégrables introduites dans la construction de Voisin, nous pouvons étendre au cas presque complexe ou symplectique la théorie classique. Nous calculons les nombres de Betti, nous construisons les opérateurs de Nakajima, nous étudions l'anneau de cohomologie et la classe de cobordisme de ces schémas de Hilbert, et nous prouvons dans ce contexte un cas particulier de la conjecture de la résolution crêpante de Ruan.

L'objet principal de cette thèse est de généraliser un certain nombre de résultats bien connus de la géométrie algébrique au cas kählerien non nécessairement projectif. On généralise d'abord le théorème d'annulation de Nadel au cas kählerien arbitraire. On obtient aussi un cas particulier du théorème d'annulation de Kawamata-Viehweg pour les variétés qui admettent une fibration vers un tore dont la fibre générique est projective. En utilisant ce résultat, on étudie le problème de déformation pour les variétés kählériennes compactes sous une hypothèse portant sur leurs fibrés canoniques. On étudie enfin les variétés à fibré anticonique nef. On montre que si le fibré anticanonique est nef, alors le fibré tangent est à pentes semi-positif relative à la filtration de Harder-Narasimhan pour la polarization $\omega_X ^{n-1}$. Comme application, on donne une preuve simple de la surjectivité de l'application d'Albanese, et on étudie aussi la trivialité locale de l'application d'Albanese.

L'objectif principal de ce travail est d'examiner les capacités de perception et de compréhension des francophones lorsqu'ils sont confrontés aux différentes variétés régionales de l'anglais britannique. Pour ce faire, nous avons mené quatre expériences sous forme de tests de perception (expériences d'identification des accents et de compréhension). Les enregistrements que nous avons choisis, extraits du corpus IViE, incluent neuf accents : Cambridge, Londres (ascendance jamaïcaine), Liverpool, Leeds, Bradford (bilingues anglais-Panjabi), Cardiff (bilingues anglais-gallois), Newcastle, Belfast et Malahide (Dublin). L'expérience d'identification des accents par région a démontré que les apprenants francophones ont plus de facilités à catégoriser les accents aux sonorités non-natives (jamaïcain et panjabi) que les autres variétés. La plupart des erreurs de compréhension et de perception concernaient la réduction de mots qui est commune à tous les accents et présente dans la parole continue. Toutefois, les traits les plus caractéristiques de ces accents ont été également difficiles à traiter pour les sujets francophones. Ce travail souligne l'importance de l'attention qu'il faut prêter à ce type d'erreurs afin d'en faciliter la compréhension et ce, dans une perspective d'application didactique.