L'objectif de ce travail est de caractériser le tissu musculaire en évaluant sa qualité à partir de données d'imagerie. Plus précisement, on se propose de développer des outils de prédiction de la tendreté de la viande bovine, basés sur le processus de vision artificielle, en étudiant le tissu conjonctif intramusculaire qui contribue de manière significative à la dureté intrinsèque de la viande. Les images des coupes de muscles, ont été acquises avec deux types d'éclairage : lumière blanche polarisée et ultraviolet. Notre contribution pour analyser ces images est basée sur une approche multiéchelle. Deux méthodes de segmentation ont été proposées, elles sont basées sur la transformée en ondelettes discrète, notamment l'algorithme "à trous". La première repose sur le seuillage universel et la seconde sur l'algorithme de K-moyennes appliqué à l'image résultante d'une sommation sur les plans d'ondelettes. Un autre volet de ce travail concerne l'extraction des paramètres et la décision. L'information retenue est la distribution des tailles d'objets éléments de la trame conjonctive de viande. Les outils statistiques que sont la régression linéaire et les réseaux de neurones ont été appliqués aux données issues des étapes de traitement des images. Le modèle final qui a été retenu pour la prévision de la tendreté a été déterminé selon un critère de maximisation du R2. Le choix du nombre de paramètres a été basé sur un critère de validation croisée (Leave one out). Les résultats de prédiction, issus de la base de données d'étude, sont très encourageants, mettant en évidence une corrélation certaine entre les paramètres d'images et la qualité sensorielle de la viande en particulier la tendreté.

Une exposition aux viandes comporte un risque pour la santé, et les maladies transmises par ces viandes causent un fardeau important mondialement. En Afrique centrale, le gibier est une viande communément consommée en zone urbaine. L’absence d’information sur le niveau de consommation de gibier, ainsi que sur sa contamination, limite l’évaluation des risques sanitaires associés au gibier. Une étude transversale a visé la description du niveau de consommation des viandes parmi 205 ménages de Port-Gentil (Gabon), ainsi que certains déterminants de la consommation de ces viandes. Une seconde étude transversale a quantifié la contamination musculaire de gibier vendu à Port-Gentil par Salmonella, Campylobacter et Shigella. Sur une base de trois jours, 86% des ménages ont consommé de la volaille, 84% du poisson, 44% du bœuf, 25% du porc et 24% du gibier. La consommation de gibier fut plus fréquente le dimanche et parmi les ménages à revenu élevé. Le gibier fut principalement acquis en carcasse entière sans conservation particulière, mais toujours consommé bouilli. Des trois bactéries ciblées, seule Salmonella a été isolée parmi un de 128 échantillons de gibier. Ces études fournissent des informations utiles pour mieux comprendre les facteurs de risque pour la santé associés à la consommation de viandes au Gabon. Des études sur la contamination des viandes, notamment celles des carcasses de gibier, seront nécessaires pour mieux apprécier les risques spécifiques à chaque différente bactérie pathogène. / Meat poses some risks to human health and meat-borne diseases constitute a high burden worldwide. In central Africa, bushmeat is commonly consumed in the urban setting. A lack of information on bushmeat consumption and contamination limits the evaluation of risks to human health linked to bushmeat. A cross-sectional survey was conducted among 205 households of Port-Gentil (Gabon) to quantify relative consumption levels of different meat types and to explore certain determinants of meat consumption. A separate cross-sectional study aimed to determine the prevalence of Campylobacter, Salmonella and Shigella within bushmeat sold in markets of Port-Gentil. Based on a three-day recall period, 86% of household consumed poultry compared to 84% for fish, 44% for beef, 25% for pork and 24% for bushmeat. Bushmeat consumption was more important on Sundays and within high monthly income households. Most bushmeat was acquired as whole carcasses without formal meat conservation methods, but all bushmeat was boiled prior to consumption. One Salmonella was detected among one of 128 bushmeat samples, whereas no Campylobacter or Shigella were detected. This study provides useful information to help better understand risk factors associated with the consumption of bushmeat in Gabon. Further studies on bacterial contamination of meat, including bushmeat carcasses, are required to better understand potential health risks specific to different bacterial pathogens.

L'application du procédé de Déshydratation-Imprégnation par Immersion (DII) dans des solutions ternaires (eau, NaCl, sirop de glucose) à basse température a été proposée pour la transformation de la viande de dinde. La connaissance des propriétés des solutions utilisées conjuguée à celle des transports de matière entre le produit et la solution ont permis de dégager un domaine d'applications rationnelles du procédé de DII à la viande de dinde, en fonction des caractéristiques finales du produit transformé souhaité. Afin de s'affranchir en partie de la lenteur des mécanismes diffusifs qui régissent les transports de matière en DII et également d'élargir la gamme potentielle des produits pouvant être obtenus par immersion de viande de volaille dans des solutions concentrées, le procédé d'Immersion sous Vide Pulsé dans une solution saturée en sel a été proposé. Il s'agit d'immerger le produit dans une solution et de le soumettre à un traitement alternant des phases sous pression résiduelle et des phases à pression atmosphérique. L'IVP a pour effet une forte augmentation du gain en sel et une diminution de la perte en eau, ce qui a pour conséquence une augmentation du rendement massique. Les principales variables de commande de ce procédé ont été identifiées et leurs effets sur les transports de matière ont été quantifiés. Cette étude a montré l'importance de la structure de la viande et de la présence de gaz occlus et/ou dissous dans la viande. Les essais conduits sur viande et sur gels modèles ont permis de proposer un modèle de représentation des phénomènes intervenant dans les transports de matière en IVP. Ainsi, le traitement sous vide permet-il de dégazer les pores de la viande et la remise à pression atmosphérique se traduit par une infiltration de solution dans ces pores, les gaz encore présents dans ces pores étant alors comprimés. Cette infiltration se traduit également par une augmentation de la surface d'échanges entre la viande et la solution. Cependant, la solution infiltrée est très rapidement diluée et cette dilution diminue notablement, voire inverse, les transports d'eau. Enfin, le séquençage des opérations de DII et/ou d'IVP a été proposé pour obtenir plus rapidement certains produits et pour formuler d'autres produits, impossibles à obtenir par DII dans des conditions satisfaisantes.

Résumé: Lauthentification est un concept large dans lequel il sagit de pouvoir contrôler ladéquation entre le produit et les informations indiquées sur létiquette. Les techniques utilisant la spectrométrie dans le proche infrarouge dune part, et celles basées sur la PCR dautre part, permettent daborder lauthentification des produits alimentaires sous des angles totalement différents. Loriginalité de ce travail était de les associer pour résoudre deux problèmes précis : 1. lauthentification des poulets de chair à croissance lente utilisés dans des productions de qualité différenciée soumises à des cahiers des charges contraignants ; 2. la détection des farines animales dans lalimentation pour le bétail. Nos travaux sur les poulets de chair nous ont permis de développer des modèles de discrimination reposant sur les spectres dans le proche infrarouge de la viande de poulet. Ils distinguent, pour plus de 80 % des individus, les poulets issus de souches à croissance lente de ceux issus de souches à croissance rapide. Les résultats dune expérimentation animale ont également démontré que la spectrométrie dans le proche infrarouge était capable de mettre évidence des fraudes au niveau de lalimentation des animaux. Deux marqueurs moléculaires spécifiques du type de souche de poulets ont été mis en évidence et caractérisés. Pour le marqueur moléculaire caractéristique des poulets à croissance rapide, un test rapide utilisable en routine a été développé. Dans le cas de la détection des farines animales dans lalimentation du bétail, une méthode de PCR en temps réel sensible et spécifique a été mise au point participant avec succès à des études inter-laboratoires internationales. Associée dans une stratégie originale à la MPIR (microscopie dans le proche infrarouge), elle permet la détection spécifique de particules de farines de viande et dos. Summary: Authentication is a large concept focussing on the control of the correspondance between the product and the information provided on the label. Techniques based on near infrared spectroscopy on the one hand, and those based on PCR on the other hand, allow to tackle the authentication of food and feed products by different sides. The originality of this work was to associate both techniques to solve two specific problems : 1. authentication of slow growing chickens bred in high quality productions according to restricting specifications ; 2. the detection of meat and bone meals in feedingstuffs. The work on the chicken allowed us to develop discriminant models using the near infrared spectra of chicken meat. These models discriminate the chicken from slow- vs. fast-growing chicken for more than 80 % of the animals. The results of an animal experimentation also showed that near infrared spectroscopy was able to detect feeding frauds. Two molecular markers specific of the type of chicken strains were found and characterised. For the one related to the fast-growing chicken strains, a rapid assay applicable in routine testing was conceived. In the case of the meat and bone meal detection in feedingstuffs, a specific and sensitive real time PCR method was developed. It participated succesfully to international inter-laboratory studies. Its combination with NIRM (near infrared microscopy) through an original strategy allows the specific detection of meat and bone meal particles.

Une exposition aux viandes comporte un risque pour la santé, et les maladies transmises par ces viandes causent un fardeau important mondialement. En Afrique centrale, le gibier est une viande communément consommée en zone urbaine. L’absence d’information sur le niveau de consommation de gibier, ainsi que sur sa contamination, limite l’évaluation des risques sanitaires associés au gibier. Une étude transversale a visé la description du niveau de consommation des viandes parmi 205 ménages de Port-Gentil (Gabon), ainsi que certains déterminants de la consommation de ces viandes. Une seconde étude transversale a quantifié la contamination musculaire de gibier vendu à Port-Gentil par Salmonella, Campylobacter et Shigella. Sur une base de trois jours, 86% des ménages ont consommé de la volaille, 84% du poisson, 44% du bœuf, 25% du porc et 24% du gibier. La consommation de gibier fut plus fréquente le dimanche et parmi les ménages à revenu élevé. Le gibier fut principalement acquis en carcasse entière sans conservation particulière, mais toujours consommé bouilli. Des trois bactéries ciblées, seule Salmonella a été isolée parmi un de 128 échantillons de gibier. Ces études fournissent des informations utiles pour mieux comprendre les facteurs de risque pour la santé associés à la consommation de viandes au Gabon. Des études sur la contamination des viandes, notamment celles des carcasses de gibier, seront nécessaires pour mieux apprécier les risques spécifiques à chaque différente bactérie pathogène. / Meat poses some risks to human health and meat-borne diseases constitute a high burden worldwide. In central Africa, bushmeat is commonly consumed in the urban setting. A lack of information on bushmeat consumption and contamination limits the evaluation of risks to human health linked to bushmeat. A cross-sectional survey was conducted among 205 households of Port-Gentil (Gabon) to quantify relative consumption levels of different meat types and to explore certain determinants of meat consumption. A separate cross-sectional study aimed to determine the prevalence of Campylobacter, Salmonella and Shigella within bushmeat sold in markets of Port-Gentil. Based on a three-day recall period, 86% of household consumed poultry compared to 84% for fish, 44% for beef, 25% for pork and 24% for bushmeat. Bushmeat consumption was more important on Sundays and within high monthly income households. Most bushmeat was acquired as whole carcasses without formal meat conservation methods, but all bushmeat was boiled prior to consumption. One Salmonella was detected among one of 128 bushmeat samples, whereas no Campylobacter or Shigella were detected. This study provides useful information to help better understand risk factors associated with the consumption of bushmeat in Gabon. Further studies on bacterial contamination of meat, including bushmeat carcasses, are required to better understand potential health risks specific to different bacterial pathogens.

Escherichia coli O157:H7 est le sérotype le plus souvent incriminé lors de toxi-infection alimentaire par les E. coli entérohémorragiques (EHEC). Il peut être associé, dans les cas les plus graves, à des colites hémorragiques mortelles et au syndrome hémolytique et urémique (SHU), touchant essentiellement les jeunes enfants. Le vecteur alimentaire le plus courant lors de ces contaminations est le boeuf haché. L’étape primaire de la contamination bactérienne se situe lors de l'abattage où les bactéries peuvent être transférées de la peau à la carcasse. Une gaine conjonctive entoure les muscles, sa composition protéique, similaire à la matrice extracellulaire (ECM), pourrait jouer un rôle dans l'adhésion bactérienne. Dans un premier temps, l’étude de l'adhésion et de la colonisation des bactéries aux protéines majeures de l’ECM musculaire, a révélé une forte influence des conditions de croissances sur l’adhésion, l'adhésion étant maximale à 25°C et pH7, en particulier aux collagènes I et III. Chez les EHEC, diverses protéines de surfaces peuvent être potentiellement impliquées dans l’adhésion à l’ECM. Le rôle d'un autotransporteur, l'antigène 43 (Ag43), dans l'autoagrégation, l'adhésion et la formation de biofilm, a été établit chez E. coli O157:H7 EDL933. Par la suite, les interactions entre E. coli O157:H7 et la viande ont été étudiées sur deux muscles modèles de types métabolique et contractile opposés (Soleus oxidatif lent et EDL, glycolytique rapide), caractérisés par microspectroscopie de fluorescence UV couplée au rayonnement synchrotron. Les différents types de fibres musculaires ainsi que l’effet d’une anoxie prolongée simulant la maturation des viandes ont été discriminés par leurs réponses spectrales après une excitation à 275 nm. Un tropisme bactérien plus élevé pour le muscle soleus que pour le muscle EDL a été clairement observé. Bien qu'E. coli O157:H7 adhère de manière similaire aux différents types de fibres musculaires, l'adhésion des bactéries se fait essentiellement au niveau de l'ECM, mettant en évidence le rôle clé de l'ECM et du tissu conjonctif musculaire dans l’adhésion des E. coli O157:H7 à la viande. Ces travaux de recherche sur l’adhésion bactérienne aux muscles squelettiques aux niveaux moléculaires, cellulaires et tissulaires fournissent les premières connaissances sur la physiologie des EHEC lors de la contamination de la viande et constituent un pré-requis indispensable au développement de pratiques et de stratégies innovantes afin de réduire le risque de contamination des viandes. / Escherichia coli O157:H7 is the most prevalent serotype involved in foodborne infection by enterohemorrhagic E. coli (EHEC). It is associated with life-threatening hemorrhagic colitis and the hemolyticuremic syndrome (HUS), which essentially affect young children. The major food vector of EHEC contamination is ground beef. The primary bacterial contamination occurs during the slaughter, essentially at dehiding stage where bacteria can be transferred from hides to carcasses. The connective tissue surrounding the muscle, highly similar to extracellular matrix (ECM) could potentially be a support for bacterial adhesion. When investigating the adhesion and colonization to the main muscle fibrous ECM proteins, the great influence of growth conditions on subsequent bacterial attachment was shown. Maximal adhesion to ECM proteins occurred at 25°C and pH 7, especially to collagens I and III. In EHEC, various surface-exposed protein determinants can be expressed and potentially involved in ECM adhesion. Investigating the autoaggregation, bacterial adhesion and biofilm formation, the involvement of Antigen 43 (Ag43), an autotransporter protein, was demonstrated in E. coli O157:H7 EDL933. Then, the attachment of E. coli O157:H7 to the meat was determined on two different model muscles, with different contractile and metabolic characteristic (Soleus oxidative, slow and EDL glycolytic, fast), previously characterized by UV microspectroscopy coupled to synchrotron radiation fluorescence. The different of muscle fiber types and the effect of a prolonged anoxia simulating maturing meat were discriminated by their spectral responses after excitation at 275 nm. It clearly appeared that bacteria displayed differential tropism as function of the muscle types, higher for the Soleus than the EDL muscles. While E. coli O157:H7 adhered similarly to the different types of muscle fibers, bacterial adherence essentially occurred at the ECM, pinpointing the key role of connective tissue for E. coli O157:H7 adhesion to meat. This first comprehensive investigation of bacterial adhesion to skeletal muscles at molecular, cellular and tissue levels provides new insight in the physiology of the colonization of meat by EHEC and constitutes a prerequisite for the development of innovative practices and strategies to minimize the risk of meat contamination.

L’un des objectifs du programme de recherche Opticook est d’équiper les fours avec des capteurs spectroscopiques qui permettront de piloter de façon non intrusive la cuisson de viande et de poisson. Le développement de ces capteurs est basé sur l’hypothèse que les protéines de ces aliments sont de bons marqueurs du degré de cuisson. Dans ce contexte, dans un premier temps, plusieurs outils ont été mis en œuvre pour caractériser l’effet de différents barèmes de cuisson sur les propriétés macroscopiques (texture, couleur) d’échantillons de bœuf, de poulet et de dos de cabillaud. Puis, pour étudier les transformations que subissent ces échantillons à l’échelle moléculaire, nous avons utilisé la calorimétrie et différentes spectroscopies. La spectroscopie dans le domaine du visible nous a permis d’observer la dénaturation des hémoprotéines grâce à l’évolution de l’état (oxy à met ). Ces protéines sont responsables du changement de couleur observé entre 50 et 75 °C. Les spectroscopies dans le moyen infrarouge et de fluorescence ont été utilisées pour suivre les changements de structures associées à la dénaturation des protéines fibrillaires. La myosine, purifiée à partir du blanc de poulet, a été étudiée en fonction de la température par fluorescence. Les résultats nous ont montré que des évolutions de la structure protéique se produisent dès 50 °C. À l’échelle microscopique, nous avons réalisé des expériences sur des échantillons de bœuf par RMN bas champ (séquences d’impulsion et gradient de champ), et par tomographie de neutrons pour rendre compte de la contraction des fibres et de la libération du jus selon le degré de cuisson. L’analyse des images 3D enregistrées par tomographie de neutrons et le traitement des données de RMN montrent des changements importants de la morphologie et de la densité de fibres des échantillons après la cuisson à haute température. Pour associer les deux approches (moléculaire et microscopique) des mesures couplées de spectroscopie et d’imagerie de neutrons ont été menées dans le four Opticook pendant la cuisson de tranches de bœuf. Ce couplage nous a permis de suivre l’évolution de la morphologie due à la contraction des fibres, la migration du jus, ainsi que le changement de couleur associé à la dénaturation des hémoprotéines. Nous en concluons qu’il est en effet possible de suivre le degré de cuisson de viande et de poisson à l’aide de différentes spectroscopies (la fluorescence et le visible) grâce aux signatures spectroscopiques de plusieurs marqueurs internes à ces matrices : la myosine, le collagène et les hémoprotéines. / One of the purposes of the Opticook project is to install spectroscopic sensors in ovens, so equipping them with non intrusive tools allowing following cooking process of meat and fish. The hypothesis on which sensors were developed was: are muscular proteins proper probes to discriminate among several cooking degrees? Thus, at the beginning of the project several tools were used to characterise effect of several cooking degrees on macroscopic properties (texture and colour) of beef, chicken and cod fillet samples. Following, calorimetry and spectroscopic techniques were used to study transformations at molecular scale. In particular, visible spectroscopy followed denaturation of haemproteins observing their evolution from oxy to met state. Colour change was observed between 50 and 75 °C. Middle infrared and fluorescence spectroscopies were used to observe evolution of fibrillar proteins which are associated with meat texture changes. One of myofibrils, myosin, was purified from chicken breast and was studied depending on temperature by fluorescence spectroscopy. Observations showed evolution of protein structure occurred around 50 °C. At microscopic scale, low field NMR (spin echo and gradient field configurations) and neutron tomography were used to observe morphology changes and juice release on beef samples according to cooking degree. 3D image analysis and NMR data showed morphology and fibre density changes at high temperature.We associated the two approaches (molecular and microscopic) in the last part of the research. So coupled measures were realised by combining neutron imaging and spectroscopy techniques during cooking process on beef slices by Opticook oven. Coupled measures allowed following morphology evolution because of fibre contractions, juice migration and colour modification as well associated to haemprotein denaturation. In conclusion, it is possible to follow cooking process of meat and fish by following several spectroscopic signatures (fluorescence and visible ones) of matrix own probes: myosin, collage and haemproteins.

Listeria monocytogenes est une bactérie Gram positif, largement présente dans différents types d’environnement, qui peut causer une maladie rare, mais grave, la listériose. Les caractéristiques de cette bactérie, sa pathogénie et sa capacité à survivre dans des conditions difficiles, font d’elle une bactérie qui suscite des inquiétudes particulièrement dans les industries agroalimentaires. Par son caractère ubiquitaire, elle se retrouve aussi dans ce type d’environnement et, par conséquent, peut contaminer les aliments. La persistance de L. monocytogenes dans l’environnement des industries agroalimentaires est un phénomène établi, mais les mécanismes qui y conduisent font encore aujourd’hui débat. Par ailleurs, alors qu’une réglementation stricte a été mise en place dans les industries de transformation de produits prêt-à-manger en rapport avec les risques de contamination par L. monocytogenes, il n’y a, à ce jour que peu d’information disponible au Québec sur la présence de cette bactérie en amont de cette production, soit au niveau de la viande crue. Les objectifs de ce projet de thèse visent, d’une part, à étudier la distribution, la diversité et la persistance des souches de L. monocytogenes dans l’environnement de quatre abattoirs de porcs au Québec; de vérifier la présence de génotypes identifiés comme persistants dans les aliments et les cas de listériose humaine et d’établir les mécanismes de persistance de la bactérie dans l’environnement de ces industries. Les résultats de ce projet de thèse ont montré qu’après les opérations de nettoyage et de désinfection, la composition de la contamination par L. monocytogenes selon les abattoirs et les secteurs était significativement différente. Ainsi, deux abattoirs ont montré une contamination plus élevée comparativement à un autre abattoir. Une importante diversité de souches de L. monocytogenes est présente dans l’environnement des abattoirs et des usines de découpe de viande. Cette diversité était généralement similaire entre les abattoirs sauf pour un seul abattoir qui a montré une diversité significativement plus élevée. La diversité des souches n’était pas variable en fonction de l’étape du processus d’abattage, soulignant la tolérance de ces souches aux stress spécifiques des différents environnements de ces industries. Cette étude a montré que la présence de souches persistantes de L. monocytogenes était plus importante au niveau des étapes post-éviscération de l’abattage, et particulièrement en découpe. Dans ces conditions, le risque de contamination des produits est très présent. La comparaison des caractéristiques génotypiques des souches persistantes avec celles des souches isolées des aliments transformés et des cas de listériose humaine a montré un lien significatif entre ces souches. La relation entre la fréquence importante de détections de souches présentant ces profils au Québec, mais aussi au Canada et leur persistance dans les nombreux environnements agroalimentaires autres que celui des abattoirs et des salles de découpe des viandes reste à être documentée pour une meilleure compréhension de l’origine des listérioses humaines. L’étude des différents mécanismes de persistance des souches de L. monocytogenes réalisée au cours de cette thèse a montré que la présence de gènes de résistance aux ammoniums quaternaires (QACs) dans certaines souches est particulièrement associée au caractère de persistance, alors qu’aucune différence dans la capacité à former du biofilm n’a été mise en évidence entre les souches persistantes et celles non persistantes. L’absence de caractère génétique évident et spécifique à la capacité de former le biofilm rend difficile l’association de ce dernier à la persistance des souches de L. monocytogenes. Néanmoins, le biofilm reste un phénomène pouvant expliquer en partie la persistance de L. monocytogenes. Par ailleurs l’étude de l’impact de la concentration en nutriments sur le biofilm de L. monocytogenes a montré qu’en conditions de limitation en nutriments, la structure du biofilm de L. monocytogenes était en forme de nid d’abeille attribuée à la présence d’une plus grande quantité d’ADN extracellulaire. Cette structure confère une meilleure stabilité au biofilm ce qui explique une plus forte biomasse. Nous avons également démontré ici une association du genre Listeria avec d’autres genres bactériens de l’écosystème microbien résiduel de la surface de l’environnement de découpe des viandes. Ainsi, la co-occurrence de Listeria spp. avec Pseudomonas spp. laisse croire à la présence d’une interaction entre les espèces de ces genres. D’autre part, la présence de plusieurs genres dont Sphingomonas, Paracoccus et Caulobacter est négativement corrélée avec celle de Listeria spp. Ceci ouvre la voie à des études portant sur les interactions spécifiques entre ces genres bactériens et Listeria, et particulièrement l’espèce monocytogenes. L’ensemble de ces études éclaire le phénomène de persistance chez L. monocytogenes : il ne s’agit pas d’un mécanisme unique pour toutes les souches présentant ce caractère mais plutôt le résultat d’une sélection basée sur la résistance aux antimicrobiens, la capacité à former du biofilm en interaction avec d’autres espèces bactériennes, le premier pouvant être nécessaire et suffisant. Cette sélection peut être favorisée également par l’existence d’une niche écologique favorable telle que des endroits difficiles d’accès au nettoyage et à la désinfection. L’importance de considérer les risques de contamination de L. monocytogenes en amont de la production des produits prêts à manger à base de viande a été démontrée dans ce travail, dans la mesure où, à partir d’une grande diversité de souches présentes dans ce secteur, émerge une population présentant des profils génotypiques similaires à ceux retrouvés dans les aliments et les cas de listériose humaine. Cette étude permettra donc une reconsidération de l’importance d’une surveillance cohérente de L. monocytogenes en amont de la production de prêt à manger, afin de limiter ainsi les risques de contamination des matières premières des industries de transformation. / Listeria monocytogenes is a Gram-positive bacterium widely distributed in various types of environment and can cause listeriosis, a rare but serious disease. The characteristics of this bacterium related to its pathogenesis and its ability to survive in harsh environments make it a harmful bacterium especially in the agri-food industries. Indeed, being an ubiquitous bacterium, it is also found in this type of environment leading to food contamination. The persistence of L. monocytogenes in the environmental food processing plants is a well-known phenomenon, but the mechanisms of persistence are still debated today. In addition, while strict regulations have been established in ready-to-eat industries in relation to the risk of contamination by L. monocytogenes, there is currently no information on the presence of this bacterium in early steps of pork product production in Canada. The aims of this project were 1) to investigate the distribution, diversity and persistence of L. monocytogenes isolates across slaughtering and cutting processes in four slaughterhouses, 2) to evaluate the association between the persistence attribute of L. monocytogenes genotypes and their detection in food and human listeriosis cases and 3) to study mechanisms involved in the persistence of L. monocytogenes, including biofilm formation ability, resistance to disinfectants and interaction with other bacteria from meat conveyor surfaces. Results showed that after cleaning and disinfection operations, the composition of L.monocytogenes contamination according to slaughterhouses and sectors was significantly different. Thus, two slaughterhouses showed higher contamination compared to another slaughterhouse. Results have shown also that a significant diversity of L. monocytogenes strains was present in the environment of slaughterhouses and cutting areas. Overall, the diversity did not vary depending on slaughterhouses except for one slaughterhouse which exhibited a higher strain diversity. According to the stage of slaughter process, this diversity was not variable underlying the tolerance of these strains to the stress encountered within the different environments in these plants. This study showed that the presence of persistent strains of L. monocytogenes in the post-evisceration stages was greater, particularly in cutting areas, suggesting a possibility of repeated contamination of meat products. When comparing the genetic profiles of persistent strains with strains isolated from processed and ready-to-eat foods and human listeriosis cases, a significant association was found, suggesting a persistence in other processing environments in addition to slaughterhouses. Our studies of the different persistence mechanisms of L. monocytogenes strains have shown that Quaternary ammonium compounds (QAC) resistance genes are particularly associated with persistent strains while no difference in the ability to generate a biofilm was observed between persistent and non-persistent strains. The lack of obvious genetic attribute(s) and specificity in the various isolates biofilm formation ability makes it difficult to solely attribute to the latter to the persistence of L. monocytogenes strains. Nevertheless, biofilm remains a phenomenon that can partly explain the persistence of L. monocytogenes. Furthermore, the study of the co-occurrence of Listeria spp. with other bacterial genera of the cutting surfaces microflora showed that Listeria spp. co-occurs with Pseudomonas spp. suggesting a possible interaction between species from these two genera. In the other hand, several other genera, of which Sphingomonas, Paracoccus and Caulobacter, negatively affect Listeria, which would suggest that these bacteria inhibit or limit the growth of the genus Listeria, and potentially L. monocytogenes, by competition for colonizing this habitat or, more particularly, for nutrients. Studies of these mechanisms have demonstrated that persistence of L. monocytogenes could not be explained by a single mechanism for all strains but through a selection phenomenon based on one or several attributes such as antimicrobial resistance, biofilm formation, and capacity to interact with other bacterial species. This selection pressure can also be affected by the existence of a favorable ecological niche such as difficult areas to access to disinfect. In conclusion, the importance of contamination risks by L. monocytogenes in the pig slaughterhouses was demonstrated by the presence of a great diversity of strains at this level but, more importantly, by the finding that the likelihood to recover persistent strains may be enhanced through resistance to industrials disinfectants and, to a lesser extent, by biofilm formation. These persistent strains shared similar genetic profiles to those found in foods and human listeriosis. This study supports the importance of a consistent and comprehensive monitoring of L. monocytogenes upstream of the ready-to-eat production, as a tool for limiting the risk of contamination of the raw materials of the processing industries.

L’objet de cette thèse était de comprendre les multiples relations qui unissaient activités économiques (industrielles et commerciales) et habitants des quartiers populaires, envisagés l’un et l’autre au prisme de la notion de « ressource ». Fortement centrée autour du cas d’étude du site des Abattoirs et Marchés de Cureghem et de son quartier d’implantation, Cureghem, cette thèse avait en effet pour objectif principal d’identifier les éléments qui permettaient de « faire ressource » du point de vue des classes populaires bruxelloises ainsi que de celui des acteurs économiques du site des Abattoirs. Ce travail de thèse a ainsi permis de mettre en évidence différents types de ressources, à la fois matérielles et symboliques, bénéficiant, d’une part, aux habitants des classes populaires et, de l’autre, aux acteurs économiques du secteur de la viande. Parmi les premières, on peut notamment mentionner le rôle particulièrement important du marché des Abattoirs en tant que lieu pourvoyeur de produits abordables et adaptés culturellement, mais également d’opportunités d’emplois, en particulier pour des personnes primo-arrivantes. Ce marché constitue en outre un lieu de ressourcement et de sociabilité favorisant les rencontres et la circulation de l’information au sein des classes populaires. Concernant les secondes, outre les avantages résultant des logiques d’économie d’agglomération et de centralité, les activités du secteur de la viande bénéficient en particulier de la vitalité du secteur de la boucherie halal ainsi que des possibilités de vente au détail sur le marché des Abattoirs, qui constituent des alternatives au secteur de la boucherie non-halal, sur le déclin. Cette entrée par les ressources permet donc de changer de perspective sur les membres des classes populaires et ces acteurs économiques qui, s’ils se situent dans une position dominée économiquement et socialement, disposent malgré tout d’une certaine marge de manœuvre dans la production de leurs propres moyens de subsistance, de leurs propres facteurs de maintien et, par extension, de leurs propres espaces de centralité. Cependant, en l’absence d’une reconnaissance par les acteurs institutionnels des moyens de subsistance dont disposent les classes populaires, les politiques de rénovation urbaine et les dynamiques de gentrification qui touchent actuellement les quartiers populaires centraux, menacent de détruire les ressources constitutives de ces espaces populaires. Ceci pourrait donc remettre en question l’occupation populaire du quartier et déstabiliser l’équilibre fragile sur lequel repose la subsistance des classes populaires. / Option Géographie du Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Dans un contexte de libéralisation des marchés agroalimentaires, la taille des firmes et des filières semble être un facteur déterminant de leur compétitivité. L'objectif de cette étude est de déterminer s'il existe des économies de taille dans l'industrie canadienne de la transformation alimentaire. L'analyse est effectuée pour les provinces canadiennes dans les secteurs de la boulangerie, de la viande et des produits laitiers. Une fonction de coût de type translog est construite pour chaque secteur afin de mesurer l'impact d'un accroissement marginal de la production sur le coût moyen de l'industrie. La fonction de coût inclut quatre intrants, soit le matériel, le capital, la main-d'œuvre et l'énergie. Les données proviennent de l'enquête annuelle sur les manufactures administrée par Statistique Canada. Elles couvrent la période de 1990 à 1999. Une procédure économétrique est utilisée pour désagréger les dépenses en capital au niveau des provinces puisque les données ne sont disponibles qu'au niveau national. Une technologie à proportions fixes de type Léontief a aussi été utilisée dans le secteur des produits laitiers pour intégrer le système de contingentement de la production de lait à la ferme et son impact sur la structure de coût des transformateurs de produits laitiers. Les économies de taille sont mesurées au niveau de l'industrie. Elles incluent donc les économies de taille au niveau des usines et des firmes ainsi que les économies de taille externes à la firme. D'une manière générale, il existe des économies de taille dans l'industrie de la transformation alimentaire. Ces économies de taille dépendent cependant de la taille de l'industrie dans les provinces canadiennes. Des économies de taille sont présentes dans la majorité des provinces pour l'industrie de la viande. Cependant, les provinces les plus importantes au niveau de la transformation des produits laitiers ne semblent pas posséder des économies de taille lorsqu'elles sont évaluées au niveau de production de 1999. Dans les secteurs des produits laitiers et de la boulangerie, les petites provinces ont un potentiel plus élevé d'exploiter les économies de taille que les provinces dont la taille est plus importante. / Broad globalization forces are changing the competitive environment of Canadian agri-business firms. One important factor that potentially increases processing firms' competitiveness is the ability to achieve economies of scale. This paper uses Statistics Canada's Annual survey of manufactures to estimate economies of scale at the industry level in the meat, dairy and bread and bakery sectors of each province. The data cover the period 1990-1999. Capital expenses in each province were imputed from available observations at the national level and cross-sectional variations in input price indices were computed using retail price indexes at the provincial level. A translog cost function with four inputs (material, capital, labour and energy) was specified to estimate potential economies of scale in each sector. The homogeneity property was imposed through cross-equations restrictions while concavity was imposed at one sample point following the methodology of Ryan and Wales (2000). The existence of supply management at the farm level was introduced in the empirical model through the assumption of fixed proportions between output, raw milk and the basket of other inputs. The empirical model reveals that there exist statistically significant economies of scale in the meat sector for many provinces. In the other two sectors (dairy and bread and bakery), the presence of economies of scale is dependent on industry output. The two largest producing provinces in the dairy sector (Québec and Ontario) did not have economies of scale to exploit in 1999. Economies of scale in the bread and bakery sector are particularly important for the small provinces.