L'ambition de cette thèse était de proposer un nouvel élan pour la création variétale chez la vigne, incluant les connaissances et les derniers outils de la recherche. En effet, la viticulture française comme d'autres filières agricoles doit aujourd'hui faire face à 3 grands défis: la réduction des intrants phytosanitaires (plan Ecophyto 2018), les changements climatiques, et de nouveaux concurrents, notamment les pays du Nouveau Monde. La création variétale, qui a été peu exploitée chez la vigne, peut être une des solutions pour répondre à ces défis.S'appuyant sur un génotypage dense, plusieurs outils et concepts innovants – réunis sous le terme de sélection génomique (GS) – ont vu le jour ces dernières années en sélection animale, qui permettent de prédire les phénotypes des individus seulement génotypés.Afin d'atteindre notre but, nous avons évalué et comparé l'efficacité de la GS et de la sélection assistée par marqueur (SAM) « classique », basée sur la génétique d'association « genome-wide » (GWAS) chez la vigne. Le potentiel théorique des deux méthodes a été évalué dans une étude de simulation, puis sur des données réelles.Nous montrons que la GS est plus pertinente que la SAM « classique » pour prédire les phénotypes et ce pour des caractères complexes et / ou structurés. Cependant la GS couplée aux résultats issus de la GWAS semble être une méthode intéressante lorsque le marquage moléculaire est non limitant. Finalement, nous discutons des conditions d'utilisation de la GS en termes économiques et d'efficacité au cours du temps. Nous proposons trois scénarios fonction de l'investissement de départ et des besoins en termes de création variétale. / The aim of this PhD project was to provide a new impulse for grapevine breeding, applying the latest knowledge and research tools on this species. Indeed, French viticulture, as well as various other agricultural sectors, faces today three major challenges: how to reduce phytosanitary inputs (Ecophyto 2018), impact of climatic changes and new competitors on the market, especially New World countries. Plant breeding in grapevine has not been much exploited until today, but could be a solution to these challenges.Several innovative tools and concepts have seen the light in animal breeding in the last decade. Using high density genome-wide marker information and advanced statistical models, phenotypes can be predicted for individuals that were merely genotyped. The method termed genomic selection (GS) is implementing this type of approach.To achieve our aim, we evaluated and compared the efficiency of GS and “classical” marker-assisted selection (MAS), based on genome-wide association study (GWAS) for grapevine. The theoretical potential of the two methods was evaluated in a simulation study but also on real data.We show that GS is more relevant than “classical” MAS to predict phenotypes of complex and / or structured traits. However, the combination of GS with results from GWAS seems to be of particular interest if the number of molecular markers available is adequate. Finally, we discuss GS implementation in terms of economic aspects and efficiency over time; we propose three scenarios differing by the initial investment required and the breeding objectives to be reached.

L’utilisation de pesticides permet de réduire les pertes de récolte mais génère des impacts environnementaux négatifs. Il est important de fournir des informations précises sur les risques épidémiques concernant les bioagresseurs afin de raisonner l’utilisation des pesticides, en particulier dans le cas du mildiou de la vigne, responsable en moyenne de 43% des traitements utilisés dans le Bordelais. Cette thèse évalue l’intérêt de la date d’apparition des symptômes de mildiou de la vigne pour raisonner l’usage des fongicides dans la lutte contre cette maladie.En nous basant sur des observations régionales et de l’expertise locale, nous montrons que dans le Bordelais, les premiers traitements sont réalisés en moyenne quatre semaines avant l’apparition des premiers symptômes. Nous montrons que reporter la date du premier traitement anti-mildiou à la date d’apparition de la maladie permet d’économiser en moyenne 56% des traitements, par rapport aux pratiques actuelles de cette région. Nos résultats montrent que combiner cette stratégie avec le port d’équipements de protection réduit l’exposition des opérateurs de plus de 70%.En utilisant des méthodes de machine learning, nous montrons que la précocité et la gravité des épidémies de mildiou sont fortement liées. Les prévisions de nos modèles peuvent être utilisées pour déclencher les traitements contre la maladie dans les cas de risques élevés, entraînant une réduction de plus de 50% des traitements anti-mildiou par rapport aux pratiques actuelles.Nos résultats et les méthodes employées sont discutés et mis en perspective avec d’autres moyens de réduction de l’usage des pesticides en viticulture. / Abstract: Pesticides reduce yield losses but have negative environmental consequences. It is important to provide precise information on the epidemic risks concerning harmful organisms in order to reason the use of pesticides, in particular in the case of grape downy mildew, which is responsible on average for 43% of pesticides used in Bordeaux vineyards.The objective of this work is to estimate the benefits of using downy mildew onset date to avoid unjustified sprays in the control of this disease. Based on regional observations and local expertise, we show that in Bordeaux, the first treatments are applied on average four weeks before the first symptoms appear.We show that postponing the date of the first downy mildew spray to disease onset reduces fungicide use by an average of 56% compared to current practices in this region. For operators, our results show that combining this strategy with the use of personal protective equipment reduces exposure by more than 70%.By using machine learning methods, we also show that the precocity and severity of downy mildew epidemics are strongly linked. Our predictions can be used to trigger disease treatments only in high-risk cases, resulting in a reduction of more than 50% in mildew treatments compared to current practices. Our results and the used methods are discussed and compared with other methods for reducing the use of pesticides in viticulture.

La Flavescence dorée est une maladie contagieuse et incurable de la vigne détectable sur les feuilles. Le projet DAMAV (Détection Automatique des MAladies de la Vigne) a été mis en place, avec pour objectif de développer une solution de détection automatisée des maladies de la vigne à l’aide d’un micro-drone. Cet outil doit permettre la recherche des foyers potentiels de la Flavescence dorée, puis plus généralement de toute maladie détectable sur le feuillage à l’aide d’un outil multispectral dédié haute résolution.Dans le cadre de ce projet, cette thèse a pour objectif de participer à la conception et à l’implémentation du système d’acquisition multispectral et de développer les algorithmes de prétraitement d’images basés sur les caractéristiques spectrales et texturales les plus pertinentes reliées à la Flavescence dorée.Plusieurs variétés de vigne ont été considérées telles que des variétés rouges et blanches; de plus, d’autres maladies que ‘Flavescence dorée’ (FD) telles que Esca et ‘Bois noir’ (BN) ont également été testées dans des conditions de production réelles. Le travail de doctorat a été essentiellement réalisé au niveau feuille et a impliqué une étape d’acquisition suivie d’une étape d’analyse des données.La plupart des techniques d'imagerie, même multispectrales, utilisées pour détecter les maladies dans les grandes cultures ou les vignobles, opèrent dans le domaine du visible. Dans DAMAV, il est conseillé que la maladie soit détectée le plus tôt possible. Des informations spectrales sont nécessaires, notamment dans l’infrarouge. Les réflectances des feuilles des plantes peuvent être obtenues sur les longueurs d'onde les plus courtes aux plus longues. Ces réflectances sont intimement liées aux composants internes des feuilles. Cela signifie que la présence d'une maladie peut modifier la structure interne des feuilles et donc altérer sa signature.Un spectromètre a été utilisé sur le terrain pour caractériser les signatures spectrales des feuilles à différents stades de croissance. Afin de déterminer les réflectances optimales pour la détection des maladies (FD, Esca, BN), une nouvelle méthodologie de conception d'indices de maladies basée sur deux techniques de réduction de dimensions, associées à un classifieur, a été mise en place. La première technique de sélection de variables utilise les Algorithmes Génétiques (GA) et la seconde s'appuie sur l'Algorithme de Projections Successives (SPA). Les nouveaux indices de maladies résultants surpassent les indices de végétation traditionnels et GA était en général meilleur que SPA. Les variables finalement choisies peuvent ainsi être mises en oeuvre en tant que filtres dans le capteur MS.Les informations de réflectance étaient satisfaisantes pour la recherche d’infections (plus que 90% de précision pour la meilleure méthode) mais n’étaient pas suffisantes. Ainsi, les images acquises par l’appareil MS peuvent être ensuite traitées par des techniques bas-niveau basées sur le calcul de paramètres de texture puis injectés dans un classifieur. Plusieurs techniques de traitement de texture ont été testées mais uniquement sur des images couleur. Une nouvelle méthode combinant plusieurs paramètres texturaux a été élaborée pour en choisir les meilleurs. Nous avons constaté que les informations texturales pouvaient constituer un moyen complémentaire non seulement pour différencier les feuilles de vigne saines des feuilles infectées (plus que 85% de précision), mais également pour classer le degré d’infestation des maladies (plus que 74% de précision) et pour distinguer entre les maladies (plus que 75% de précision). Ceci conforte l’hypothèse qu’une caméra multispectrale permet la détection et l’identification de maladies de la vigne en plein champ. / ‘Flavescence dorée’ is a contagious and incurable disease present on the vine leaves. The DAMAV project (Automatic detection of Vine Diseases) aims to develop a solution for automated detection of vine diseases using a micro-drone. The goal is to offer a turnkey solution for wine growers. This tool will allow the search for potential foci, and then more generally any type of detectable vine disease on the foliage. To enable this diagnosis, the foliage is proposed to be studied using a dedicated high-resolution multispectral camera.The objective of this PhD-thesis in the context of DAMAV is to participate in the design and implementation of a Multi-Spectral (MS) image acquisition system and to develop the image pre-processing algorithms, based on the most relevant spectral and textural characteristics related to ‘Flavescence dorée’.Several grapevine varieties were considered such as red-berried and white-berried ones; furthermore, other diseases than ‘Flavescence dorée’ (FD) such as Esca and ‘Bois noir’ (BN) were also tested under real production conditions. The PhD work was basically performed at a leaf-level scale and involved an acquisition step followed by a data analysis step.Most imaging techniques, even MS, used to detect diseases in field crops or vineyards, operate in the visible electromagnetic radiation range. In DAMAV, it is advised to detect the disease as early as possible. It is therefore necessary to investigate broader information in particular in the infra-red. Reflectance responses of plants leaves can be obtained from short to long wavelengths. These reflectance signatures describe the internal constituents of leaves. This means that the presence of a disease can modify the internal structure of the leaves and hence cause an alteration of its reflectance signature.A spectrometer is used in our study to characterize reflectance responses of leaves in the field. Several samples at different growth stages were used for the tests. To define optimal reflectance features for grapevine disease detection (FD, Esca, BN), a new methodology that designs spectral disease indices based on two dimension reduction techniques, coupled with a classifier, has been developed. The first feature selection technique uses the Genetic Algorithms (GA) and the second one relies on the Successive Projection Algorithm (SPA). The new resulting spectral disease indices outperformed traditional vegetation indices and GA performed in general better than SPA. The features finally chosen can thus be implemented as filters in the MS sensor.In general, the reflectance information was satisfying for finding infections (higher than 90% of accuracy for the best method) but wasn’t enough. Thus, the images acquired with the developed MS device can further be pre-processed by low level techniques based on the calculation of texture parameters injected into a classifier. Several texture processing techniques have been tested but only on colored images. A method that combines many texture features is elaborated, allowing to choose the best ones. We found that the combination of optimal textural information could provide a complementary mean for not only differentiating healthy from infected grapevine leaves (higher than 85% of accuracy), but also for grading the disease severity stages (higher than 73% of accuracy) and for discriminating among diseases (higher than 72% of accuracy). This is in accordance with the hypothesis that a multispectral camera can enable detection and identification of diseases in grapevine fields.

Les études portant sur le changement climatique prévoient des modifications significatives de la température pour les décennies à venir. Ces prévisions envisagent un réchauffement global qui risque de perturber le développement des plantes cultivées. Les stress thermiques affectent en effet presque tous les aspects du développement des plantes et notamment la croissance, le développement floral et donc le rendement. Les plantes doivent modifier leur métabolisme afin de prévenir les dommages causés par les stress environnementaux. La température joue un rôle important sur la phénologie, la vigueur et surtout le développement floral de la vigne. Ainsi, quelques degrés d’élévation de la température pendant la floraison peuvent entrainer la perte de la totalité des fleurs et donc des fruits. De plus, en stimulant le développement végétatif, l’augmentation de température accroit la demande en glucides, tandis que la photosynthèse nette diminue en raison de l’augmentation de la respiration en réponse à l’élévation de température. Au cours de cette étude, nous nous sommes intéressés à l’impact d’une augmentation de température sur le métabolisme carboné, acteur majeur de la floraison, et plus particulièrement aux modifications physiologiques de la feuille et de l’inflorescence de vigne. De plus, des analyses d’expression de gènes clés de la photosynthèse et du métabolisme ont permis d’améliorer la compréhension des mécanismes de distribution des glucides entre les organes végétatifs et reproducteurs lors d’une augmentation de la température. / Studies on climate change predict significant changes in temperature for next decades. The global warming could impact the crop plants development. Indeed, thermal stresses affect almost all aspects of plant development including growth, floral development and yield. Plants modify their metabolism to prevent damage caused by environmental changes. Temperature is an important factor for the phenology, the vigor and especially the floral development in grapevine. So, a few degrees increase during flowering can result in a complete flowers loss and therefore fruits. In addition, an increase of temperature stimulates vegetative development and thus rises the carbohydrates consumption, while net photosynthesis decreases due to the respiration raise. In this study, we investigated the temperature increase impacts on the carbon metabolism which has a major role in the flowering process in grapevine. We particularly focused our attention on the physiological modifications in leaves and inflorescences. at the level of the photosynthesis and the respiration with the increase of the day temperature. Moreover, expression analyzes of some key genes involved in photosynthesis and metabolism allowed to improve the understanding in the carbohydrate distribution mechanisms, between vegetative and reproductive organs, during a temperature increase.

Au Québec, la température hivernale atteint -35 °C et les cépages non-rustiques (Vitis vinifera L.) doivent être protégés du gel par l'installation de géotextiles ou par buttage qui consiste en un travail du sol intensif et bisannuel pour recouvrir et découvrir les vignes. Ces conditions restreignent l'implantation de cultures intercalaires : (1) leur établissement et leur croissance sont limités à la saison de production, (2) le buttage détruit la végétation intercalaire à l'automne et (3) l'installation de géotextiles permet la culture d'espèces pérennes, mais elle est plus coûteuse. Au Québec, l'adoption de cultures intercalaires demeure donc marginale, malgré les bienfaits reconnus de ces cultures, dont le contrôle des adventices et l'atténuation de l'érosion hydrique. Leur impact sur la croissance et la production de la vigne sont également méconnus sous le climat continental du Québec. Une expérience en blocs aléatoires complets a été établie (2018-2020) dont l'objectif était de comparer l'effet du désherbage mécanique à deux mélanges de graminées intercalaires (annuelles vs pérennes) sur le contrôle des adventices et leur diversité, la stabilité des agrégats du sol ainsi que la croissance et la productivité de la vigne durant la période d'implantation. L'expérience incluait aussi un témoin enherbé (adventices). Le désherbage mécanique a mieux contrôlé les adventices, et a diminué la richesse et la diversité de la flore comparativement aux couverts végétaux. La densité des adventices annuelles et vivaces n'a pas diminué sous cultures intercalaires et le recouvrement des adventices au sol surpassait les 50 % en fin de saison. Néanmoins, la biomasse aérienne des adventices est demeurée en-dessous de celle du traitement enherbé durant les deux premières années. En fin de saison, la stabilité des agrégats du sol était plus élevée sous couvert végétal comparativement au désherbage mécanique. Ni le rendement, ni la qualité des raisins n'ont été affectés par la régie de culture dans l'entre-rang. / Non-hardy grapevine varieties require winter protection in southern Quebec because temperature can drop to –35 °C and cause irreversible frost damage. Winter protection is provided either by geotextiles or hilling, the latter generating intensive soil disturbance twice a year. These constraints limit the adoption of intercrops because 1) their establishment and growth are concurrent with the crop, 2) hilling destroys intercrops every fall, and 3) the use of geotextiles allows the adoption of perennial intercrops but is more expensive. Although it can control weeds and mitigate soil erosion, intercropping in Quebec vineyards is limited. Moreover, grapevine response to intercropping is poorly documented under Quebec's continental climate. A randomized complete block design experiment was conducted (2018-2020) to compare mechanical weeding to two grass mixture intercrops (annual vs perennial), during vineyard establishment. Variables tested included weed control and diversity, soil aggregate stability, vine growth, and grape yield. A weedy control was also included. Cultivation was more efficient at controlling weeds than both intercrops but decreased plant species richness and diversity in comparison to other treatments. Weed density did not decrease over time and weed cover was relatively high (> 50% at the end of the growing season) under intercrops. Nevertheless, weed shoot biomass was lower under intercrops than in the weedy control during the first two years. Cultivation was also detrimental to soil structure, it showed lower aggregate stability compared to vegetated treatments by the end of the season. None of the interrow management methods had an impact on vine yield fruit quality.

Dans le contexte de raréfaction de la ressource en eau, il est nécessaire de prendre en compte le caractère de tolérance à la sécheresse dans les programmes d’amélioration variétale, en particulier pour les porte-greffes de vigne. L’objectif de cette thèse est d’analyser, à l’échelle de la plante entière, le déterminisme génétique des effets du porte-greffe sur les réponses de la tranpiration et de la croissance, au niveau de la partie aérienne, en conditions de déficit hydrique édaphique. L’étude de ces caractères complexes, soumis à une forte interaction génotype × environnement, a été conduite à partir d’une approche de génétique quantitative où ces interactions ont été intégrées par deux approches : l’utilisation des paramètres de courbes de réponses comme caractère quantitatif et la mise en oeuvre d’une analyse QTL pluriannuelle. Une population de type F1, issu du croisement Vitis vinifera Cabernet Sauvignon × Vitis riparia Gloire de Montpellier, constituée de 138 individus, a été cartographiée génétiquement avec des marqueurs microsatellites. Cette descendance a été ensuite phénotypée en position de porte-greffe, avec un greffon unique. A partir de cet outil, des QTL ont été recherchés et identifiés pour la transpiration, l’efficience d’utilisation de l’eau et la plasticité de la transpiration induite par le porte-greffe, ainsi que pour plusieurs paramètres de la croissance et de l’allocation de la biomasse au sein de la plante entière. La plasticité de la transpiration réponse à l’état hydrique du substrat est déterminée génétiquement par des régions distinctes des autres caractères descriptifs de la consommation en eau. La colocalisation de gènes candidats dans les intervalles de confiance des QTL, impliqués dans la signalisation chimique (ABA) ou hydraulique (aquaporines) permet de formuler des hypothèses sur la signalisation porte-greffe/ greffon en condition de déficit hydrique. Des régions spécifiques du génome paraissent contrôler la croissance et la vigueur conférée par le porte-greffe en conditions de déficit hydrique. Ces régions sont également indépendantes de celles contrôlant la transpiration ou l’efficience d’utilisation de l’eau. Ce résultat permet d’envisager un travail de sélection pour ces deux catégories de caractères de manière indépendante / In the water scarcity context with the global climate change, drought tolerance must be taken into account in crop genetic improvement program, particularly for grapevine rootstocks. The objective of this thesis was to analyse at the whole plant level, the genetic determinism of rootstock effect on the transpiration and growth of the scion, under edaphic water deficit conditions. The study of these complex traits, submitted to a strong genotype × environment interaction, was performed with a quantitative genetic approach. Genotype × environment interactions were integrated with two methods: first, using response curve to an environmental variable for detecting QTL, and secondly, to combine data in a multi-environment QTL analysis. The pedigree population consisted of 138 F1 individuals derived from the interspecific cross of Vitis vinifera Cabernet Sauvignon × Vitis riparia Gloire de Montpellier. This family was mapped with single sequence repeats (SSR) markers. This population was assessed as rootstock, so every genotype was grafted with the same scion. Then, QTL were detected for transpiration, water use efficiency and transpiration plasticity induced by rootstock, and for growth and biomass allocation inside the whole plant. Transpiration plasticity was represented as a function of substrate water status and was genetically determined with distinct genome regions from the other traits related to water consumption. Candidate genes involved in hormonal (ABA) or hydraulic (aquaporins) signaling between rootstock and scion, under water deficit conditions, were localized in the QTL confidence interval. Some specific genome regions were involved in growth and confered vigour genetic determinism under water deficit conditions. These regions were also different from those identified for transpiration or water use efficiency. This result allows a further selection process for these two traits groups independently.

L’activation des réponses immunitaires des plantes repose sur la reconnaissance de motifs moléculaires associés aux pathogènes (aussi appelés PAMP) par des récepteurs de l’immunité, également nommés PRR (pattern recognition receptors). La chitine, principal composant de la paroi des champignons, est un PAMP bien caractérisé qui induit des réponses de défense aussi bien chez les mammifères que chez les plantes.La première partie de cette étude met en évidence que deux chito-oligosaccharides, la chitine et le chitosan, agissent comme des PAMP chez la vigne (Vitis vinifera) puisqu’ils induisent des évènements précoces de signalisation, l’expression de gènes de défense et une résistance contre des agents pathogènes. Ces résultats suggèrent que des systèmes de perception existent chez la vigne. Une analyse phylogénétique a permis d’identifier trois récepteurs kinases à domaine LysM (LysM-RK ou LYK) chez V. vinifera (VvLYK1-1, -2, -3) appartenant au même clade que le récepteur à la chitine chez Arabidopsis et nommé AtCERK1 (Arabidopsis thaliana Chitin Elicitor Receptor Kinase 1). Leur analyse fonctionnelle a été réalisée par complémentation du mutant d’Arabidopsis Atcerk1, affecté dans la perception de la chitine. Nos résultats montrent que VvLYK1-1 et VvLYK1-2, mais pas VvLYK1-3, complémentent fonctionnellement le mutant Atcerk1 en restaurant l’activation des MAPK (Mitogen-Activated Protein Kinases) et l’expression de gènes de défense induits par les chito-oligosaccharides. De plus, l’expression de VvLYK1-1 chez Atcerk1 restaure la résistance basale à l’agent de l’oïdium de la vigne (Erysiphe necator).La seconde partie du projet s’est focalisée sur les éliciteurs oligosaccharidiques de type « damage-associated molecular patterns (DAMP) ». Ces molécules endogènes peuvent provenir de la dégradation de la paroi lors d’une attaque et sont capables d’activer les réponses immunitaires de la plante. Les DAMP les mieux caractérisés actuellement sont les oligogalacturonates (OG), des fragments de pectine qui induisent des réponses immunitaires chez de nombreuses espèces végétales dont l’activation de MAPK, la production d’H2O2, l’expression de gènes de défense et le dépôt de callose. Nous avons montré dans cette étude que les xyloglucanes (Xh), des fragments d’hémicellulose pariétale purifiés, induisaient l’activation de MAPK et l’expression de gènes de défense chez la vigne et Arabidopsis, afin d’induire une résistance contre le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea. Les Xh induisent également la production de resvératrol, une phytoalexine majoritaire chez la vigne, et un dépôt de callose chez Arabidopsis. Par une approche génétique, nous avons identifié certains composants de la signalisation induite par les Xh chez Arabidopsis. L’utilisation de mutants suggère que la résistance induite par les Xh contre B. cinerea est dépendante des voies de la camalexine, de l’acide salicylique, de l’acide jasmonique et de l’éthylène chez Arabidopsis. De manière globale, nos résultats mettent en lumière que les xyloglucanes peuvent être considérés comme de nouveaux éliciteurs de l’immunité chez la vigne et Arabidopsis. / Activation of the plant immune responses requires recognition of common pathogen-associated molecular pattern (PAMP) by their cognate pattern recognition receptors (PRR). Chitin, a major component of fungal cell walls, is a well-known PAMP that triggers defense responses in several mammal and plant species.In the first part of this study, we show that two chitooligosaccharides, chitin and chitosan, act as PAMPs in grapevine (Vitis vinifera) as they elicit immune signaling events, defense gene expression, and resistance against pathogens. These two PAMPs are active in grapevine suggesting that at least one perception system exists. Phylogenetic analysis clearly distinguished three V. vinifera LysM Receptor Kinases (VvLYK1-1, -2, -3) located in the same clade as the Arabidopsis Chitin Elicitor Receptor Kinase 1 (AtCERK1), which mediates chitin-induced immune responses. Their functional characterization was achieved by complementation assays in the Atcerk1 mutant, impaired in chitin perception. Our results provide evidence that VvLYK1-1 and VvLYK1-2, but not VvLYK1-3, functionally complement the loss of AtCERK1 function by restoring chitooligosaccharide-induced MAPK activation and immune gene expression. Moreover, expression of VvLYK1-1 in Atcerk1 restored penetration resistance to the non-adapted grapevine powdery mildew (Erysiphe necator).The second part of this study focused on damaged-associated molecular patterns (DAMP), endogenous molecules that can be released from the plant cell wall during an attack and activate the plant innate immunity. Until now, the best characterized DAMPs are oligogalacturonides (OG) coming from pectin fragments that induce innate immune responses in various plant species, including MAPK activation, H2O2 production, defense gene expression and callose deposition. In this study, we showed that purified xyloglucans (Xh), derived from the plant cell wall hemicellulose, elicit MAPK activation and immune gene expression in grapevine (V. vinifera) and Arabidopsis to trigger induced resistance against the necrotrophic fungus Botrytis cinerea. Xh also elicit the production of resveratrol, the main grapevine phytoalexin, and callose deposition in Arabidopsis. Using a genetic approach, we identified some signaling components of Xh-induced immunity. The use of Arabidopsis mutants suggests that Xh-induced resistance against B. cinerea is dependent on the camalexin, salicylate, jasmonate and ethylene pathways. Taken together, our data highlight that Xh can be considered as new elicitors of grapevine and Arabidopsis immunity.

Dans le contexte de changement climatique, la compréhension des mécanismes régissant les pertes en eau de la vigne peut permettre d'adapter le matériel végétal pour maintenir la productivité de la vigne et la qualité du vin. L'adaptation à la sécheresse est un caractère complexe faisant intervenir des mécanismes physiologiques liés aux génotypes du greffon et du porte-greffe. Mais les effets du porte-greffe sur la régulation stomatique du greffon sont mal connus. La production par les racines de signaux chimiques tels que l'ABA et/ou hydraulique pourraient y contribuer. La réponse physiologique et moléculaire à la contrainte hydrique a été analysée sur de jeunes boutures pour 7 porte-greffes plus ou moins adaptés à la sécheresse et 2 cépages connus pour leur caractère iso ou anisohydrique. Puis 23 combinaisons greffon/porte-greffe issues de ces génotypes ont été étudiées. Une analyse métabolique sur l'accumulation de l'ABA et ses dérivés a été menée sur feuilles, racines et dans la sève xylémienne. Ces informations ont été couplées à des analyses transcriptomiques sur des gènes du métabolisme et de la signalisation de ABA, et codant des aquaporines de type PIP. L‘analyse conjointe des données physiologiques, métabolomiques et transcriptomiques ont permis d'identifier des composants moléculaires discriminant les porte-greffes selon leur fond génétique et leur adaptation à la sécheresse. Les réponses globales à la contrainte hydrique sont mieux coordonnées au sein d‘un même tissu qu‘entre racines et feuilles. A l‘échelle de la plante greffée, une prépondérance du signal hydraulique est probable. Certains gènes répondent spécifiquement aux interactions greffon/porte-greffe. / In the context of climate change, understanding the mechanisms governing the water loss of the vine is necessary to adapt the plant material to maintain the productivity of the vine and wine quality. The adaptation to drought is a complex trait involving physiological mechanisms related to scion and rootstock genotypes. But the effects of the rootstock on stomatal regulation graft are still unknown. Production by roots of chemical signals such as ABA and / or hydraulic ones be involved. Molecular and physiological responses to water stress were analyzed on young cuttings for 7 rootstocks more or less adapted to drought and 2 varieties known for their iso or anisohydric behaviour. Then 23 combinations scion / rootstock from these genotypes were investigated. Metabolic analyses for ABA and its derivatives was conducted in leaves, roots and in the xylem sap. The information was integrated with transcriptomic analyzes for genes involved in ABA metabolism and signaling, and encoding PIP aquaporins. Joint analyses of physiological data, metabolomic and transcriptomic allow the identification of the molecular components discriminating rootstocks according to their genetic background and their adaptation to drought. Global responses to water stress are better coordinated within the same tissue between roots and leaves. At the scale of the grafted plant, a preponderance of the hydraulic signal is likely. Some genes specifically respond to the scion / rootstock interactions.

La réduction des effets secondaires des produits phytosanitaires sur l’environnement est un enjeux majeur du Grenelle de l’environnement. L’utilisation prolongée du cuivre comme fongicide a entrainé son accumulation dans les sols viticoles. Le cuivre étant phytotoxique,son accumulation dans la plante pourrait modifier la morphologie, la biochimie ou la physiologie des organes végétaux et perturber les interactions vigne-bio-agresseur. Nousavons donc évalué les effets de la contamination cuprique des sols viticoles sur la sensibilitéde la vigne à un cortège de bio-agresseurs par une approche plus intégrée de la culture et deson patho-système.Pour cela, nous avons mesuré les teneurs en cuivre total et disponible des parcelles viticoles.Nous avons exposé au cuivre trois cépages puis nous avons mesuré la distribution du cuivre et ses effets dans la plante. Enfin nous avons évalué l’impact induit pour trois bio-agresseurs de la vigne. Nos résultats montrent que la teneur en cuivre disponible du sol dépend surtout de la teneur total en cuivre (qui résulte de l’historique parcellaire) mais aussi des teneurs en carbone total et en particules fines du sol. L’absorption du cuivre et son transfert vers les parties aériennes varient selon les cépages. Lorsque la contamination cuprique augmente, les interactions vigne-bio-agresseurs sont modifiées : si les effets semblent négatifs pourScaphoideus titanus et Plasmopara viticola, la contamination cuprique semble favorable au développement de Neofusicoccum Parvum. Ces résultats soulignent la nécessité d’avoir une vision la plus intégrée possible du système, et d’intensifier les interactions de recherches entre l’agronomie et l’écologie évolutive. / Following the ‘Grenelle of the environment’ conference, one of the current critical issues in agriculture is reducing the side effects of pesticides on the environment. Prolonged use of copper as a fungicide has led to copper accumulation in vineyard soils. Copper can induce aphytotoxicity. Its accumulation in plants may modify the morphology, biochemistry orphysiology of plant organs and may disturb the plant-pest interactions. The effects of coppercontamination of vineyard soils on the vine sensitivity to the pests received until now a verylimited attention. The present work investigates such effects.To carry out this work, we measured the levels of total and available copper in vineyard soils.We contaminated three grapevine cultivars with copper and measured the copper distributionand its effects on plant. Then, we evaluated the impact induced on three pests of the vine. Ourresults show that the available copper content in the soil is related to the total copper content(which results from the history of the plot), but also to total carbon and fine soil particlescontents. The copper absorption and the copper transferred to the aerial parts of the vine varyaccording to the cultivar. When copper contamination increases, the vine-pests interactionsare modified: a negative effects appears for Scaphoideus titanus and Plasmopara viticola,while important copper contaminations appears to promote the development ofNeofusicoccum parvum.These results underscore the need for a more integrated system approach, and to intensifyinteractions between agronomy and evolutionary ecology research.

Le travail présenté dans cette thèse a pour objectif d’évaluer le potentiel de modèles probabilistes multivariés appliqués sur les sous-bandes d’une décomposition en ondelettes pour la classification d’images de télédétection optiques à très haute résolution spatiale. Trois thématiques principales ont été investiguées dans ce travail : la différenciation de classes d’âge de peuplements de pins maritimes, la détection de parcelles viticoles et la détection de parcs ostréicoles. Une contribution originale concerne la proposition d’une chaîne traitement pour une classification supervisée orientée objet se basant sur des mesures de similarité adaptées au contexte de modélisation probabiliste. Celle-ci implique la création d’une base de données de patchs de texture pour l’apprentissage et l’utilisation d’une pré-segmentation de l’image à classifier. Les modèles probabilistes multivariés testés ont tout d’abord été évalués dans une procédure d’indexation d’images. Les modèles les plus performants identifiés par cette procédure ont été ensuite appliqués dans la chaîne de traitement proposée. Dans les trois thématiques explorées, les modèles multivariés ont révélé des capacités remarquables de représentation de la texture et ont permis d’obtenir une qualité de classification supérieure à celle obtenue par la méthode des matrices de co-occurrence. Ces résultats démontrent l’intérêt de la représentation multi-échelles et multi-orientations de la texture dans l’espace transformé en ondelettes et la pertinence de la modélisation multivariée des coefficients d’ondelettes issus de cette décomposition. / The prime objective of this thesis is to evaluate the potential of multivariate probabilistic models applied on wavelet subbands for the classification of very high resolution remote sensing optical data. Three main applications are investigated in this study: the differentiation of age classes of maritime pine forest stands, the detection of vineyards and the detection of oyster fields. One main contribution includes the proposal of an original supervised and object-oriented classification scheme based on similarity measurements adapted to the context of probabilistic modeling. This scheme involves the creation of a database of texture patches for the learning step and a pre-segmentation of the image to classify. The tested multivariate models were first evaluated in an image retrieval framework. The best models identified in this procedure were then applied in the proposed image processing scheme. In the three proposed thematic applications, multivariate models revealed remarkable abilities to represent the texture and reached higher classification accuracies than the method based on co-occurrence matrices. These results confirm the interest of the multi-scale and multi-orientation representation of textures through the wavelet transform, as well as the relevance of the multivariate modeling of wavelet coefficients