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Energie- und Ausführungszeitmodelle zur effizienten Ausführung wissenschaftlicher Simulationen / Energy and execution time models for an efficient execution of scientific simulationsLang, Jens 15 January 2015 (has links) (PDF)
Das wissenschaftliche Rechnen mit der Computersimulation hat sich heute als dritte Säule der wissenschaftlichen Methodenlehre neben der Theorie und dem Experiment etabliert. Aufgabe der Informatik im wissenschaftlichen Rechnen ist es, sowohl effiziente Simulationsalgorithmen zu entwickeln als auch ihre effiziente Implementierung.
Die vorliegende Arbeit richtet ihren Fokus auf die effiziente Implementierung zweier wichtiger Verfahren des wissenschaftlichen Rechnens: die Schnelle Multipolmethode (FMM) für Teilchensimulationen und die Methode der finiten Elemente (FEM), die z. B. zur Berechnung der Deformation von Festkörpern genutzt wird. Die Effizienz der Implementierung bezieht sich hier auf die Ausführungszeit der Simulationen und den zur Ausführung notwendigen Energieverbrauch der eingesetzten Rechnersysteme.
Die Steigerung der Effizienz wurde durch modellbasiertes Autotuning erreicht. Beim modellbasierten Autotuning wird für die wesentlichen Teile des Algorithmus ein Modell aufgestellt, das dessen Ausführungszeit bzw. Energieverbrauch beschreibt. Dieses Modell ist abhängig von Eigenschaften des genutzten Rechnersystems, von Eingabedaten und von verschiedenen Parametern des Algorithmus. Die Eigenschaften des Rechnersystems werden durch Ausführung des tatsächlich genutzten Codes für verschiedene Implementierungsvarianten ermittelt. Diese umfassen eine CPU-Implementierung und eine Grafikprozessoren-Implementierung für die FEM und die Implementierung der Nahfeld- und der Fernfeldwechselwirkungsberechnung für die FMM. Anhand der aufgestellten Modelle werden die Kosten der Ausführung für jede Variante vorhergesagt. Die optimalen Algorithmenparameter können somit analytisch bestimmt werden, um die gewünschte Zielgröße, also Ausführungszeit oder Energieverbrauch, zu minimieren. Bei der Ausführung der Simulation werden die effizientesten Implementierungsvarianten entsprechend der Vorhersage genutzt. Während bei der FMM die Performance-Messungen unabhängig von der Ausführung der Simulation durchgeführt werden, wird für die FEM ein Verfahren zur dynamischen Verteilung der Rechenlast zwischen CPU und GPU vorgestellt, das auf Ausführungszeitmessungen zur Laufzeit der Simulation reagiert. Durch Messung der tatsächlichen Ausführungszeiten kann so dynamisch auf sich während der Laufzeit verändernde Verhältnisse reagiert und die Verteilung der Rechenlast entsprechend angepasst werden.
Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass modellbasiertes Autotuning es ermöglicht, die Effizienz von Anwendungen des wissenschaftlichen Rechnens in Bezug auf Ausführungszeit und Energieverbrauch zu steigern. Insbesondere die Berücksichtigung des Energieverbrauchs alternativer Ausführungspfade, also die Energieadaptivität, wird in naher Zukunft von großer Bedeutung im wissenschaftlichen Rechnen sein. / Computer simulation as a part of the scientific computing has established as third pillar in scientific methodology, besides theory and experiment. The task of computer science in the field of scientific computing is the development of efficient simulation algorithms as well as their efficient implementation.
The thesis focuses on the efficient implementation of two important methods in scientific computing: the Fast Multipole Method (FMM) for particle simulations, and the Finite Element Method (FEM), which is, e.g., used for deformation problems of solids. The efficiency of the implementation considers the execution time of the simulations and the energy consumption of the computing systems needed for the execution.
The method used for increasing the efficiency is model-based autotuning. For model-based autotuning, a model for the substantial parts of the algorithm is set up which estimates the execution time or energy consumption. This model depends on properties of the computer used, of the input data and of parameters of the algorithm. The properties of the computer are determined by executing the real code for different implementation variants. These implementation variantss comprise a CPU and a graphics processor implementation for the FEM, and implementations of near field and far field interaction calculations for the FMM. Using the models, the execution costs for each variant are predicted. Thus, the optimal algorithm parameters can be determined analytically for a minimisation of the desired target value, i.e. execution time or energy consumption. When the simulation is executed, the most efficient implementation variants are used depending on the prediction of the model. While for the FMM the performance measurement takes place independently from the execution of the simulation, for the FEM a method for dynamically distributing the workload to the CPU and the GPU is presented, which takes into account execution times measured at runtime. By measuring the real execution times, it is possible to response to changing conditions and to adapt the distribution of the workload accordingly.
The results of the thesis show that model-based autotuning makes it possible to increase the efficiency of applications in scientific computing regarding execution time and energy consumption. Especially, the consideration of the energy consumption of alternative execution paths, i.e. the energy adaptivity, will be of great importance in scientific computing in the near future.
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Energie- und Ausführungszeitmodelle zur effizienten Ausführung wissenschaftlicher SimulationenLang, Jens 09 December 2014 (has links)
Das wissenschaftliche Rechnen mit der Computersimulation hat sich heute als dritte Säule der wissenschaftlichen Methodenlehre neben der Theorie und dem Experiment etabliert. Aufgabe der Informatik im wissenschaftlichen Rechnen ist es, sowohl effiziente Simulationsalgorithmen zu entwickeln als auch ihre effiziente Implementierung.
Die vorliegende Arbeit richtet ihren Fokus auf die effiziente Implementierung zweier wichtiger Verfahren des wissenschaftlichen Rechnens: die Schnelle Multipolmethode (FMM) für Teilchensimulationen und die Methode der finiten Elemente (FEM), die z. B. zur Berechnung der Deformation von Festkörpern genutzt wird. Die Effizienz der Implementierung bezieht sich hier auf die Ausführungszeit der Simulationen und den zur Ausführung notwendigen Energieverbrauch der eingesetzten Rechnersysteme.
Die Steigerung der Effizienz wurde durch modellbasiertes Autotuning erreicht. Beim modellbasierten Autotuning wird für die wesentlichen Teile des Algorithmus ein Modell aufgestellt, das dessen Ausführungszeit bzw. Energieverbrauch beschreibt. Dieses Modell ist abhängig von Eigenschaften des genutzten Rechnersystems, von Eingabedaten und von verschiedenen Parametern des Algorithmus. Die Eigenschaften des Rechnersystems werden durch Ausführung des tatsächlich genutzten Codes für verschiedene Implementierungsvarianten ermittelt. Diese umfassen eine CPU-Implementierung und eine Grafikprozessoren-Implementierung für die FEM und die Implementierung der Nahfeld- und der Fernfeldwechselwirkungsberechnung für die FMM. Anhand der aufgestellten Modelle werden die Kosten der Ausführung für jede Variante vorhergesagt. Die optimalen Algorithmenparameter können somit analytisch bestimmt werden, um die gewünschte Zielgröße, also Ausführungszeit oder Energieverbrauch, zu minimieren. Bei der Ausführung der Simulation werden die effizientesten Implementierungsvarianten entsprechend der Vorhersage genutzt. Während bei der FMM die Performance-Messungen unabhängig von der Ausführung der Simulation durchgeführt werden, wird für die FEM ein Verfahren zur dynamischen Verteilung der Rechenlast zwischen CPU und GPU vorgestellt, das auf Ausführungszeitmessungen zur Laufzeit der Simulation reagiert. Durch Messung der tatsächlichen Ausführungszeiten kann so dynamisch auf sich während der Laufzeit verändernde Verhältnisse reagiert und die Verteilung der Rechenlast entsprechend angepasst werden.
Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass modellbasiertes Autotuning es ermöglicht, die Effizienz von Anwendungen des wissenschaftlichen Rechnens in Bezug auf Ausführungszeit und Energieverbrauch zu steigern. Insbesondere die Berücksichtigung des Energieverbrauchs alternativer Ausführungspfade, also die Energieadaptivität, wird in naher Zukunft von großer Bedeutung im wissenschaftlichen Rechnen sein. / Computer simulation as a part of the scientific computing has established as third pillar in scientific methodology, besides theory and experiment. The task of computer science in the field of scientific computing is the development of efficient simulation algorithms as well as their efficient implementation.
The thesis focuses on the efficient implementation of two important methods in scientific computing: the Fast Multipole Method (FMM) for particle simulations, and the Finite Element Method (FEM), which is, e.g., used for deformation problems of solids. The efficiency of the implementation considers the execution time of the simulations and the energy consumption of the computing systems needed for the execution.
The method used for increasing the efficiency is model-based autotuning. For model-based autotuning, a model for the substantial parts of the algorithm is set up which estimates the execution time or energy consumption. This model depends on properties of the computer used, of the input data and of parameters of the algorithm. The properties of the computer are determined by executing the real code for different implementation variants. These implementation variantss comprise a CPU and a graphics processor implementation for the FEM, and implementations of near field and far field interaction calculations for the FMM. Using the models, the execution costs for each variant are predicted. Thus, the optimal algorithm parameters can be determined analytically for a minimisation of the desired target value, i.e. execution time or energy consumption. When the simulation is executed, the most efficient implementation variants are used depending on the prediction of the model. While for the FMM the performance measurement takes place independently from the execution of the simulation, for the FEM a method for dynamically distributing the workload to the CPU and the GPU is presented, which takes into account execution times measured at runtime. By measuring the real execution times, it is possible to response to changing conditions and to adapt the distribution of the workload accordingly.
The results of the thesis show that model-based autotuning makes it possible to increase the efficiency of applications in scientific computing regarding execution time and energy consumption. Especially, the consideration of the energy consumption of alternative execution paths, i.e. the energy adaptivity, will be of great importance in scientific computing in the near future.
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Low-rank Tensor Methods for PDE-constrained OptimizationBünger, Alexandra 14 December 2021 (has links)
Optimierungsaufgaben unter Partiellen Differentialgleichungen (PDGLs) tauchen in verschiedensten Anwendungen der Wissenschaft und Technik auf. Wenn wir ein PDGL Problem formulieren, kann es aufgrund seiner Größe unmöglich werden, das Problem mit konventionellen Methoden zu lösen. Zusätzlich noch eine Optimierung auszuführen birgt zusätzliche Schwierigkeiten. In vielen Fällen können wir das PDGL Problem in einem kompakteren Format formulieren indem wir der zugrundeliegenden Kronecker-Produkt Struktur zwischen Raum- und Zeitdimension Aufmerksamkeit schenken. Wenn die PDGL zusätzlich mit Isogeometrischer Analysis diskretisiert wurde, können wir zusätlich eine Niedrig-Rang Approximation zwischen den einzelnen Raumdimensionen erzeugen. Diese Niedrig-Rang Approximation lässt uns die Systemmatrizen schnell und speicherschonend aufstellen. Das folgende PDGL-Problem lässt sich als Summe aus Kronecker-Produkten beschreiben, welche als eine Niedrig-Rang Tensortrain Formulierung interpretiert werden kann. Diese kann effizient im Niedrig-Rang Format gelöst werden. Wir illustrieren dies mit unterschiedlichen, anspruchsvollen Beispielproblemen.:Introduction
Tensor Train Format
Isogeometric Analysis
PDE-constrained Optimization
Bayesian Inverse Problems
A low-rank tensor method for PDE-constrained optimization with Isogeometric Analysis
A low-rank matrix equation method for solving PDE-constrained optimization problems
A low-rank tensor method to reconstruct sparse initial states for PDEs with Isogeometric Analysis
Theses and Summary
Bibilography / Optimization problems governed by Partial Differential Equations (PDEs) arise in various applications of science and engineering. If we formulate a discretization of a PDE problem, it may become infeasible to treat the problem with conventional methods due to its size. Solving an optimization problem on top of the forward problem poses additional difficulties. Often, we can formulate the PDE problem in a more compact format by paying attention to the underlying Kronecker product structure between the space and time dimension of the discretization. When the PDE is discretized with Isogeometric Analysis we can additionally formulate a low-rank representation with Kronecker products between its individual spatial dimensions. This low-rank formulation gives rise to a fast and memory efficient assembly for the system matrices. The PDE problem represented as a sum of Kronecker products can then be interpreted as a low-rank tensor train formulation, which can be efficiently solved in a low-rank format. We illustrate this for several challenging PDE-constrained problems.:Introduction
Tensor Train Format
Isogeometric Analysis
PDE-constrained Optimization
Bayesian Inverse Problems
A low-rank tensor method for PDE-constrained optimization with Isogeometric Analysis
A low-rank matrix equation method for solving PDE-constrained optimization problems
A low-rank tensor method to reconstruct sparse initial states for PDEs with Isogeometric Analysis
Theses and Summary
Bibilography
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A software framework for data based analysisKrätzig, Markus 21 March 2005 (has links)
Es wird das Software Framework JStatCom vorgestellt, welches die Enwicklung von leistungsfähigen grafischen Benutzerschnittstellen für Daten-basierte Analysemethoden wesentlich vereinfacht, wobei der Schwerpunkt auf Methoden der Ökonometrie, insbesondere der Zeitreihenanalyse liegt. Das Konzept besteht darin, sämtliche wiederkehrenden Aufgaben mit Hilfe von Java-Klassen zu lösen, sowie die Ausführung von speziellen Algorithmen an externe Programme, wie z.B. Gauss oder Matlab, zu delegieren. Auf diese Weise können schon existierende Prozeduren aus verschiedenen Programmiersprachen wiederverwendet werden. Weiterhin wird die ökonometrische Anwendungssoftware JMulTi beschrieben, die auf Basis dieses Frameworks erstellt wurde. / This work presents the software framework JStatCom which is geared towards the development of powerful graphical user interfaces for data based analysis methods, especially for econometrics and time series analysis. The concept is to solve all recurring tasks with the help of Java classes and to delegate the execution of special algorithms to external programs, for example Gauss or Matlab. This way it is possible to reuse already existing procedures written in different programming languages. Furthermore, the econometric software JMulTi will be presented which has been developed with the help of this framework.
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Efficient Broadcast for Multicast-Capable Interconnection NetworksSiebert, Christian 20 November 2006 (has links) (PDF)
The broadcast function MPI_Bcast() from the
MPI-1.1 standard is one of the most heavily
used collective operations for the message
passing programming paradigm.
This diploma thesis makes use of a feature called
"Multicast", which is supported by several
network technologies (like Ethernet or
InfiniBand), to create an efficient MPI_Bcast()
implementation, especially for large communicators
and small-sized messages.
A preceding analysis of existing real-world
applications leads to an algorithm which does not
only perform well for synthetical benchmarks
but also even better for a wide class of
parallel applications. The finally derived
broadcast has been implemented for the
open source MPI library "Open MPI" using
IP multicast.
The achieved results prove that
the new broadcast is usually always better
than existing point-to-point implementations,
as soon as the number of MPI processes exceeds the
8 node boundary. The performance gain reaches
a factor of 4.9 on 342 nodes, because the
new algorithm scales practically independently
of the number of involved processes. / Die Broadcastfunktion MPI_Bcast() aus dem MPI-1.1
Standard ist eine der meistgenutzten kollektiven
Kommunikationsoperationen des nachrichtenbasierten
Programmierparadigmas.
Diese Diplomarbeit nutzt die Multicastfähigkeit,
die von mehreren Netzwerktechnologien (wie Ethernet
oder InfiniBand) bereitgestellt wird, um eine
effiziente MPI_Bcast() Implementation zu erschaffen,
insbesondere für große Kommunikatoren und kleinere
Nachrichtengrößen.
Eine vorhergehende Analyse von existierenden
parallelen Anwendungen führte dazu, dass der neue
Algorithmus nicht nur bei synthetischen Benchmarks
gut abschneidet, sondern sein Potential bei echten
Anwendungen noch besser entfalten kann. Der
letztendlich daraus entstandene Broadcast wurde
für die Open-Source MPI Bibliothek "Open MPI"
entwickelt und basiert auf IP Multicast.
Die erreichten Ergebnisse belegen, dass der neue
Broadcast üblicherweise immer besser als jegliche
Punkt-zu-Punkt Implementierungen ist, sobald die
Anzahl von MPI Prozessen die Grenze von 8 Knoten
überschreitet. Der Geschwindigkeitszuwachs
erreicht einen Faktor von 4,9 bei 342 Knoten,
da der neue Algorithmus praktisch unabhängig
von der Knotenzahl skaliert.
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Effiziente parallele Sortier- und Datenumverteilungsverfahren für Partikelsimulationen auf Parallelrechnern mit verteiltem Speicher / Efficient Parallel Sorting and Data Redistribution Methods for Particle Codes on Distributed Memory SystemsHofmann, Michael 16 April 2012 (has links) (PDF)
Partikelsimulationen repräsentieren eine Klasse von daten- und rechenintensiven Simulationsanwendungen, die in unterschiedlichen Bereichen der Wissenschaft und der industriellen Forschung zum Einsatz kommen. Der hohe Berechnungsaufwand der eingesetzten Lösungsmethoden und die großen Datenmengen, die zur Modellierung realistischer Probleme benötigt werden, machen die Nutzung paralleler Rechentechnik hierfür unverzichtbar. Parallelrechner mit verteiltem Speicher stellen dabei eine weit verbreitete Architektur dar, bei der eine Vielzahl an parallel arbeitenden Rechenknoten über ein Verbindungsnetzwerk miteinander Daten austauschen können. Die Berechnung von Wechselwirkungen zwischen Partikeln stellt oft den Hauptaufwand einer Partikelsimulation dar und wird mit Hilfe schneller Lösungsmethoden, wie dem Barnes-Hut-Algorithmus oder der Schnellen Multipolmethode, durchgeführt. Effiziente parallele Implementierungen dieser Algorithmen benötigen dabei eine Sortierung der Partikel nach ihren räumlichen Positionen. Die Sortierung ist sowohl notwendig, um einen effizienten Zugriff auf die Partikeldaten zu erhalten, als auch Teil von Optimierungen zur Erhöhung der Lokalität von Speicherzugriffen, zur Minimierung der Kommunikation und zur Verbesserung der Lastbalancierung paralleler Berechnungen.
Die vorliegende Dissertation beschäftigt sich mit der Entwicklung eines effizienten parallelen Sortierverfahrens und der dafür benötigten Kommunikationsoperationen zur Datenumverteilung in Partikelsimulationen. Hierzu werden eine Vielzahl existierender paralleler Sortierverfahren für verteilten Speicher analysiert und mit den Anforderungen von Seiten der Partikelsimulationsanwendungen verglichen. Besondere Herausforderungen ergeben sich dabei hinsichtlich der Aufteilung der Partikeldaten auf verteilten Speicher, der Gewichtung zu sortierender Daten zur verbesserten Lastbalancierung, dem Umgang mit doppelten Schlüsselwerten sowie der Verfügbarkeit und Nutzung speichereffizienter Kommunikationsoperationen. Um diese Anforderungen zu erfüllen, wird ein neues paralleles Sortierverfahren entwickelt und in die betrachteten Anwendungsprogramme integriert. Darüber hinaus wird ein neuer In-place-Algorithmus für der MPI_Alltoallv-Kommunikationsoperation vorgestellt, mit dem der Speicherverbrauch für die notwendige Datenumverteilung innerhalb der parallelen Sortierung deutlich reduziert werden kann. Das Verhalten aller entwickelten Verfahren wird jeweils isoliert und im praxisrelevanten Einsatz innerhalb verschiedener Anwendungsprogramme und unter Verwendung unterschiedlicher, insbesondere auch hochskalierbarer Parallelrechner untersucht.
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Efficient Broadcast for Multicast-Capable Interconnection NetworksSiebert, Christian 30 September 2006 (has links)
The broadcast function MPI_Bcast() from the
MPI-1.1 standard is one of the most heavily
used collective operations for the message
passing programming paradigm.
This diploma thesis makes use of a feature called
"Multicast", which is supported by several
network technologies (like Ethernet or
InfiniBand), to create an efficient MPI_Bcast()
implementation, especially for large communicators
and small-sized messages.
A preceding analysis of existing real-world
applications leads to an algorithm which does not
only perform well for synthetical benchmarks
but also even better for a wide class of
parallel applications. The finally derived
broadcast has been implemented for the
open source MPI library "Open MPI" using
IP multicast.
The achieved results prove that
the new broadcast is usually always better
than existing point-to-point implementations,
as soon as the number of MPI processes exceeds the
8 node boundary. The performance gain reaches
a factor of 4.9 on 342 nodes, because the
new algorithm scales practically independently
of the number of involved processes. / Die Broadcastfunktion MPI_Bcast() aus dem MPI-1.1
Standard ist eine der meistgenutzten kollektiven
Kommunikationsoperationen des nachrichtenbasierten
Programmierparadigmas.
Diese Diplomarbeit nutzt die Multicastfähigkeit,
die von mehreren Netzwerktechnologien (wie Ethernet
oder InfiniBand) bereitgestellt wird, um eine
effiziente MPI_Bcast() Implementation zu erschaffen,
insbesondere für große Kommunikatoren und kleinere
Nachrichtengrößen.
Eine vorhergehende Analyse von existierenden
parallelen Anwendungen führte dazu, dass der neue
Algorithmus nicht nur bei synthetischen Benchmarks
gut abschneidet, sondern sein Potential bei echten
Anwendungen noch besser entfalten kann. Der
letztendlich daraus entstandene Broadcast wurde
für die Open-Source MPI Bibliothek "Open MPI"
entwickelt und basiert auf IP Multicast.
Die erreichten Ergebnisse belegen, dass der neue
Broadcast üblicherweise immer besser als jegliche
Punkt-zu-Punkt Implementierungen ist, sobald die
Anzahl von MPI Prozessen die Grenze von 8 Knoten
überschreitet. Der Geschwindigkeitszuwachs
erreicht einen Faktor von 4,9 bei 342 Knoten,
da der neue Algorithmus praktisch unabhängig
von der Knotenzahl skaliert.
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Effiziente parallele Sortier- und Datenumverteilungsverfahren für Partikelsimulationen auf Parallelrechnern mit verteiltem SpeicherHofmann, Michael 09 March 2012 (has links)
Partikelsimulationen repräsentieren eine Klasse von daten- und rechenintensiven Simulationsanwendungen, die in unterschiedlichen Bereichen der Wissenschaft und der industriellen Forschung zum Einsatz kommen. Der hohe Berechnungsaufwand der eingesetzten Lösungsmethoden und die großen Datenmengen, die zur Modellierung realistischer Probleme benötigt werden, machen die Nutzung paralleler Rechentechnik hierfür unverzichtbar. Parallelrechner mit verteiltem Speicher stellen dabei eine weit verbreitete Architektur dar, bei der eine Vielzahl an parallel arbeitenden Rechenknoten über ein Verbindungsnetzwerk miteinander Daten austauschen können. Die Berechnung von Wechselwirkungen zwischen Partikeln stellt oft den Hauptaufwand einer Partikelsimulation dar und wird mit Hilfe schneller Lösungsmethoden, wie dem Barnes-Hut-Algorithmus oder der Schnellen Multipolmethode, durchgeführt. Effiziente parallele Implementierungen dieser Algorithmen benötigen dabei eine Sortierung der Partikel nach ihren räumlichen Positionen. Die Sortierung ist sowohl notwendig, um einen effizienten Zugriff auf die Partikeldaten zu erhalten, als auch Teil von Optimierungen zur Erhöhung der Lokalität von Speicherzugriffen, zur Minimierung der Kommunikation und zur Verbesserung der Lastbalancierung paralleler Berechnungen.
Die vorliegende Dissertation beschäftigt sich mit der Entwicklung eines effizienten parallelen Sortierverfahrens und der dafür benötigten Kommunikationsoperationen zur Datenumverteilung in Partikelsimulationen. Hierzu werden eine Vielzahl existierender paralleler Sortierverfahren für verteilten Speicher analysiert und mit den Anforderungen von Seiten der Partikelsimulationsanwendungen verglichen. Besondere Herausforderungen ergeben sich dabei hinsichtlich der Aufteilung der Partikeldaten auf verteilten Speicher, der Gewichtung zu sortierender Daten zur verbesserten Lastbalancierung, dem Umgang mit doppelten Schlüsselwerten sowie der Verfügbarkeit und Nutzung speichereffizienter Kommunikationsoperationen. Um diese Anforderungen zu erfüllen, wird ein neues paralleles Sortierverfahren entwickelt und in die betrachteten Anwendungsprogramme integriert. Darüber hinaus wird ein neuer In-place-Algorithmus für der MPI_Alltoallv-Kommunikationsoperation vorgestellt, mit dem der Speicherverbrauch für die notwendige Datenumverteilung innerhalb der parallelen Sortierung deutlich reduziert werden kann. Das Verhalten aller entwickelten Verfahren wird jeweils isoliert und im praxisrelevanten Einsatz innerhalb verschiedener Anwendungsprogramme und unter Verwendung unterschiedlicher, insbesondere auch hochskalierbarer Parallelrechner untersucht.
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Quantenchemische Studien zum Komplexierungsverhalten ausgewählter Rezeptorsysteme gegenüber Glycosiden und ionischen SubstratenHübler, Conrad 11 November 2022 (has links)
Im Rahmen dieser Arbeit wurde das Bindungsverhalten makrozyklischer und azyklischer Rezeptorsysteme gegenüber Glycosiden und ionischen Substraten mit modernen semiempirischen und quantenchemischen Methoden untersucht. Für die Analyse der Bindungspräferenz von makrozyklischen Rezeptoren gegenüber ausgewählten Glycosiden wurde ein Arbeitsprotokoll zur Berechnung der Komplexstrukturen entwickelt. Durch die Kombination eines dockingähnlichen Verfahrens mit Molekulardynamiksimulationen wurde die experimentelle Bindungspräferenz von Rezeptorsystemen gegenüber dem Methyl-β-D-Glucopyranosid qualitativ reproduziert. Für azyklische Rezeptorverbindungen wurde die Bindungspräferenz gegenüber Ammonium- und Kaliumionen untersucht. Es wurde diejenige Kombination an Modellen identifiziert, auf deren Basis sich die berechneten freien Bindungsenthalpien von den experimentellen Bindungsenthalpien aus ITC-Analysen weniger als 6 kJ/mol unterscheiden. Die erhaltenen Ergebnisse können daher als Grundlage für ein Screeningprotokoll zur Charakterisierung von Rezeptorsystemen dienen.
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Untersuchung der CO2-Insertion in die Si-N-Bindung von Aminosilanen mit quantenchemischen MethodenGevorgyan, Lia 31 August 2023 (has links)
Diese Dissertation befasst sich mit quantenchemischen Untersuchungen der CO2-Insertion in Si-N-Bindungen von Aminosilanen und der Zuverlässigkeit quantenchemischer Berechnungsmethoden. Es wurden verschiedene Verbindungsklassen, wie Piperazinderivate, Di- und Monoethanolaminderivate, einfache und spirozyklische Aminosilane verwendet. Zunächst wurde ein Benchmarking der verwendeten Berechnungsmethoden durchgeführt, um die für diese Forschung am besten geeigneten Methoden herauszufinden. Quantenchemische Berechnungen wurden genutzt, um die Reaktionen und die möglichen Prozesse aus der Sicht der Thermodynamik zu bewerten. Desweiteren wurde der Mechanismus der CO2-Insertion untersucht. Zu diesem Zweck wurden Geometrieoptimierungen der Übergangszustände durchgeführt, wobei die Aminosilan-CO2-Komplexe mit unterschiedlichem C-N-Abstand berücksichtigt wurden, um den Weg der Reaktanten zum Übergangszustand zu finden. Zusätzlich wurden NBO-Berechnungen durchgeführt, um den Reaktionsmechanismus zu entschlüsseln. Die berechneten IR- und NMR-Spektren wurden mit gemessenen Spektren verglichen und ihre Zuverlässigkeit wurde in der Arbeit bewertet.
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