L’analyse protéomique par spectrométrie de masse s’est imposée comme une méthode incontournable pour la caractérisation des protéines. Grâce aux progrès de l’instrumentation et de la bioinformatique, l’interprétation automatisée des spectres MS/MS permet aujourd’hui d’identifier des milliers de protéines dans un type cellulaire. Cependant, cette méthodologie s’applique encore difficilement aux organismes dont les génomes n’ont pas été séquencés, et donc pour lesquels il n’existe pas de banques de séquences peptidiques de référence. Notre travail a porté sur le développement et l’application d’une méthodologie d’interprétation des données MS/MS pour les organismes à génomes non séquencés. Cette méthodologie est basée sur le séquençage de novo suivi de recherche MS-BLAST. Ainsi nous avons pu : Identifier les différents partenaires de complexes protéiques tels que les protéines des complexes TgGAP50, TgAlba, TgSORTLR impliqués dans la motilité, la virulence ou le trafic intracellulaire des protéines du parasite Toxoplasma gondii, Identifier et caractériser des variants d’hémoglobine humaine, Identifier les protéines différentiellement exprimées lors des interactions vigne et champignons à génomes non séquencés dans la maladie de l’esca, Caractériser finement la N-glycosylation de l’invertase vacuolaire du raisin. Nous avons pu réaliser nos études sur des échantillons d’origines très différentes : homme, plantes, champignons, parasites et nous avons apporté des éléments de réponses moléculaires aux questions biologiques. / The proteomic analysis by mass spectrometry is now an essential method for the characterization of proteins. Thanks to advances in instrumentation and bioinformatics, automated interpretation of MS/MS spectra can now identify thousands of proteins in a cell type. However, this methodology remains poorly applied to the organisms that genomes are not sequenced and therefore where there is no database of reference for peptides sequences. Our work has focused on the development and application of a methodology for the interpretation of MS/MS data for the organisms that genomes are not sequenced. This methodology is based on the de novo sequencing followed by MS-BLAST search. Thus we have: Identify different partners of protein complexes such as proteins TgGAP50, TgAlba and TgSORTLR complex, involved in motility, virulence or intracellular protein trafficking of Toxoplasma gondii, Identify and characterize human hemoglobin variants, Identify the proteins differentially expressed during interaction of vines and fungi that genomes are not sequenced in esca disease, Finely characterize the N-glycosylation of the grape vacuolar invertase. We have achieved our studies on samples of very different origins: human, plants, fungi, parasites, and we provided evidence of molecular responses to biological questions.

Le comportement en fluage et à la relaxation d’aciers au chrome est étudié par indentation instrumentée, ce qui permet de solliciter le matériau dans des conditions de chargement proches de celles des essais classiques. L’objectif principal n’est pas ici de se substituer à eux mais de proposer un classement des matériaux selon leur sensibilité en fluage / relaxation par indentation.Pour cela, nous déterminons, d’abord à température ambiante, les conditions optimales d’indentation en termes de temps de maintien, de charge de maintien, de vitesse de chargement et de forme de l’indenteur. La méthodologie proposée est appliquée ensuite à plus hautes températures jusqu’à 400 °C (limitation de l’instrument). A température ambiante, le coefficient de sensibilité à la contrainte obtenu correspond à la valeur extrapolée à température ambiante des données obtenues par fluage classique à hautes températures. Malheureusement, cette corrélation n’est pas vérifiée par indentation à chaud probablement à cause de la dérive thermique subie par l’instrument. Le comportement en relaxation par indentation a également été étudié à température ambiante. Nous proposons deux méthodes analytiques permettant de déterminer le coefficient d’homothétie défini dans la théorie de Hart. L’inverse de ce coefficient, déduit de la relaxation par indentation, est comparable au coefficient de sensibilité à la contrainte déterminé par fluage, ce qui permet de comparer les deux modes de sollicitation. Malgré les difficultés expérimentales rencontrées, nous proposons un classement des matériaux selon leur sensibilité au fluage. / The creep and relaxation behaviors of based-chromium steels are studied by instrumented indentation, which allows the application of loading conditions close to those of conventional tests to the material. The main objective here is not to substitute the classical tests by the indentation one, but to give a classification of materials according to their sensitivity in creep/relaxation by indentation.For that, we first determine at room temperature the optimum conditions of indentation in terms of holding time, indentation loading, the unloading and loading rates and indenter shape. The proposed methodology is afterwards applied at higher temperatures below 400 °C due to instrument limitation. At room temperature, we obtained the stress sensitivity exponent that corresponds to the extrapolated value at ambient temperature of data obtained by classical creep tests performed at high temperatures. Unfortunately, this correlation is not obtained by indentation at higher temperatures probably due to thermal drift of the instrument. We have also studied at room temperature the behavior in relaxation by indentation. We propose two analytical methods for determining the coefficient of scale defined in Hart's theory. The interest of this coefficient inferred from the relaxation by indentation is that its inverse is comparable to the stress sensitivity exponent determined by indentation creep, which allows to compare these two modes of solicitation. Despite the experimental difficulties encountered, we propose a classification of the tested materials according to their creep sensitivity.

A poetry manuscript.

n.b. A. scabra

n.b. A. scabra

Disputats, Linköpings universitet, 2008. / Findes også på internet (PDF-format): http://www.diva-portal.org/diva/getDocument?urn_nbn_se_liu_diva-10489-1__fulltext.pdf. På cd-rom: Supplerende materiale i PDF-format. Med litteraturhenvisninger.

La présente thèse propose d’observer les distinctions des attitudes face à la légitimité de la police et l’emploi de la force chez des futurs policiers québécois à différents stades de leur formation policière initiale en école. Plusieurs chercheurs et de nombreux policiers sont d’avis que le métier de policier est appris dans son intégralité sur le terrain et que, de facto, la formation en Académie de Police est inutile. Or, est-ce vraiment le cas? Se pourrait-il que la formation policière engendre des changements d’attitudes graduels et subtils chez les futurs policiers de sorte que ceux-ci sont imperceptibles, mais à la fois les préparent à l’exercice de la profession policière? C’est précisément ce que la thèse vise à documenter, en lien avec les questions de légitimité de la police et d’emploi de la force. La formation policière sera considérée avoir un apport si les futurs policiers plus avancés dans la formation ont des attitudes plus positives face à la légitimité de la police et sont plus favorables à l’emploi de la force que leurs collègues plus novices. Sans contredit, la littérature sur la légitimité de la police est vaste. Or, ce concept est, dans la grande majorité du temps, abordé de façon unidirectionnelle où les citoyens évaluent la légitimité de la police. Il est ici proposé de changer d’approche et d’adopter plutôt une perspective interactionniste et dialogique de la légitimité de la police où la perception de la légitimité de la police qu’ont les citoyens découle du regard que les policiers portent sur la légitimité de leur institution. Dans ce contexte, la formation policière est vue comme une voie de transmission de la légitimité de la police à laquelle sous-tend un processus de socialisation professionnelle qui permet l’adhésion à la culture policière. Ce sujet de recherche est abordé d’un point de vue macrosociologique grâce à une méthodologie quantitative basée sur une enquête transversale à mesures répétées. Concrètement, l’analyse consiste en des comparaisons de moyennes d’attitudes face à la légitimité de la police et face à l’emploi de la force à différents stades de la formation policière. Pour ce faire, les données ont été collectées, dans un premier temps, auprès de 1 494 futurs policiers en formation au Québec. Dans un deuxième temps, pour écarter l’hypothèse alternative que l’explication des écarts d’attitudes entre plusieurs groupes d’étudiants à différents stades de formation pourrait en fait provenir d’une maturation généralisée à tous les jeunes en phase d’émergence de l’âge adulte (c’est-à-dire, entre 18 et 25 ans), la thèse incorpore une dimension de comparaison avec des citoyens de la même tranche d’âge en considérant un échantillon de 601 étudiants d’autres programmes de formation. Conformément aux trois objectifs spécifiques de la thèse, les résultats ont permis d’observer qu’au cours de la formation policière : 1) les attitudes des futurs policiers plus avancés dans la formation sont plus positives et plus distinctes de celles de leurs homologues d’autres programmes de formation que les attitudes des futurs policiers en début de formation, ce qui indique un apport de la formation policière dans le développement de la légitimité de la police chez ceux en voie d’exercer le métier , 2) les attitudes du groupe de futurs policiers plus avancés dans la formation sont plus homogènes que celles de leurs comparses plus novices, ce qui suggère l’adhésion à la culture policière, et 3) les futurs policiers en fin de formation présentent une dissociation dans leurs attitudes face à la légitimité et face à l’emploi de la force relativement à leurs collègues plus novices, dans le sens où leurs attitudes face à la légitimité de la police sont moins fortement prédictives de leurs attitudes face à l’emploi de la force. Ce dernier résultat semble mettre en lumière le développement d’un jugement critique face à la légitimité de la police et son pouvoir d’emploi de la force au cours de la formation policière. La thèse conclut donc que l’utilité de la formation policière en école est loin d’être vaine; elle paraît occasionner des changements d’attitudes subtils et graduels qui peuvent se révéler importants à l’exercice du métier de policiers. / The thesis suggests studying the variations in attitudes toward police legitimacy and the use of force for in-training police students at distinct phases of police initial training at the Police Academy. Several researchers and many police officers attest that the police craft is solely acquired and learnt on the street and, therefore, the training provided at the Police Academy is pointless. Yet, is this really so? Could it be that the training provided by the Police Academy triggers such gradual attitude changes that they go unnoticed, while contributing to preparing the recruits to perform the police line of work? These questions underlie this thesis, specifically in regard to police legitimacy and use of force in the sense that the contribution of the police training would be unveiled if in-training police students more advanced in the study program have more positive attitudes toward police legitimacy and are more favourable to police use of force. Undeniably, the literature on police legitimacy is extensive. However, authors generally adopt a unidirectional point of view where police legitimacy equates to citizen perceptions of police. Rather, it is advocated here that an interactionist and dialogic approach is better suited to understand police legitimacy. The latter is based on the premise that citizens’ perceptions of police legitimacy ensue from the outlook that patrol officers have on the legitimacy of their institution. In that case, police training is considered a professional socialization process which acts as a police legitimacy transmission channel leading to the conformity to police culture. The thesis tackles this research topic with a macrosociological approach supported by a quantitative methodology based on a repeated cross-sectional research design. Precisely, the analytical strategy consists of mean comparisons of attitudes toward police legitimacy and use of force scores at different stages of the police training curriculum. As a first step, data were gathered from a sample of 1 494 future police officers in training in Quebec, Canada. Then, in order to rule out the alternative hypothesis that attitude score fluctuations between groups at different stages of the training could result from a maturation phenomenon generalized to all youth in the phase of emerging adulthood (i.e. 18-25 years old), the thesis includes a dimension of comparison with the general population of the same age group by taking into account the attitude scores of a sample of 601 students from other study programs. In accordance with the three specific objectives of the thesis, results show that, along the police training: 1) attitude scores of in-training police students more advanced in the curriculum are more positive and more divergent from those of the students from other study programs than these attitudes for freshmen, reflecting the impact of training in the development of the perceptions of police legitimacy in those on the path to serve as patrol officers, 2) attitude scores of the group of in-training police students more advanced in the curriculum are more homogenous than those of more novice groups of in-training police students, which suggests the adherence to a specific professional culture, and 3) in-training police students in the senior phase display a greater disconnection between their attitudes toward police legitimacy and attitudes toward police use of force compared to their more junior colleagues, in the sense that their attitudes towards police legitimacy are less strongly predictive of their attitudes toward police use of force. This last result sheds light on the development of critical judgment. All things considered, the thesis concludes that the worth of police initial training is far from vain; it strikes as being responsible for subtle and gradual attitude changes that can prove important to police work.

En collaboration avec Hydro-Québec à l'origine, notre laboratoire a développé un système de détection quantitative permettant de déterminer simultanément et en temps réel la concentration et le flux du C02 et du CH4. Les mesures de concentration sont effectuées par absorption infrarouge sur un parcours ouvert, jusqu'à environ 2000 mètres aller-retour, au-dessus de la surface émettrice au moyen de diodes lasers accordables. Les mesures sont effectuées à deux hauteurs séparées. Des concentrations de l'ordre d'une partie par million (ppm) pour le C02 et de 0,01 ppm pour le CH4 peuvent être mesurées selon la longueur du parcours et les conditions météorologiques. Les flux sont calculés à l'aide d'un modèle de diffusion simplifié qui utilise les données météorologiques provenant d'une station portable. Ce travail décrit le système d'origine et met l'emphase sur les transformations qui ont été réalisées dans le but d'optimiser son utilisation.

T follicular helper cells (T-FH) are a specialized subset of CD4 T cells that reside in B cell follicles and promote B cell maturation into plasma cells and long-lived memory B cells. During chronic infection prior to the development of AIDS, HIV-1 (HIV) replication is largely concentrated in T-FH. Paradoxically, T-FH numbers are increased in early and midstages of disease, thereby promoting HIV replication and disease progression. Despite increased T-FH numbers, numerous defects in humoral immunity are detected in HIV-infected individuals, including dysregulation of B cell maturation, impaired somatic hypermutation, and low quality of antibody production despite hypergammaglobulinemia. Clinically, these defects are manifested by increased vulnerability to bacterial infections and impaired vaccine responses, neither of which is fully reversed by antiretroviral therapy (ART). Deficits in T-FH function, including reduced HIV-specific IL-21 production and low levels of co-stimulatory receptor expression, have been linked to these immune impairments. Impairments in T-FH likely contribute as well to the ability of HIV to persist and evade humoral immunity, particularly the inability to develop broadly neutralizing antibodies. In addition to direct infection of T-FH, other mechanisms that have been linked to T-FH deficits in HIV infection include upregulation of PD-L1 on germinal center B cells and augmented follicular regulatory T cell responses. Challenges to development of strategies to enhance T-FH function in HIV infection include lack of an established phenotype for memory T-FH as well as limited understanding of the relationship between peripheral T-FH and lymphoid tissue T-FH. Interventions to augment T-FH function in HIV-infected individuals could enhance immune reconstitution during ART and potentially augment cure strategies.

Background: Antimicrobial Stewardship Programs (ASPs) have been promoted to optimize antimicrobial usage and patient outcomes, and to reduce the emergence of antimicrobial-resistant organisms. However, the best strategies for an ASP are not definitively established and are likely to vary based on local culture, policy, and routine clinical practice, and probably limited resources in middle-income countries. The aim of this study is to evaluate structures and resources of antimicrobial stewardship teams (ASTs) in surgical departments from different regions of the world. Methods: A cross-sectional web-based survey was conducted in 2016 on 173 physicians who participated in the AGORA (Antimicrobials: A Global Alliance for Optimizing their Rational Use in Intra-Abdominal Infections) project and on 658 international experts in the fields of ASPs, infection control, and infections in surgery. Results: The response rate was 19.4%. One hundred fifty-six (98.7%) participants stated their hospital had a multidisciplinary AST. The median number of physicians working inside the team was five [interquartile range 4-6]. An infectious disease specialist, a microbiologist and an infection control specialist were, respectively, present in 80.1, 76.3, and 67.9% of the ASTs. A surgeon was a component in 59.0% of cases and was significantly more likely to be present in university hospitals (89.5%, p < 0.05) compared to community teaching (83.3%) and community hospitals (66.7%). Protocols for pre-operative prophylaxis and for antimicrobial treatment of surgical infections were respectively implemented in 96.2 and 82.3% of the hospitals. The majority of the surgical departments implemented both persuasive and restrictive interventions (72.8%). The most common types of interventions in surgical departments were dissemination of educational materials (62.5%), expert approval (61.0%), audit and feedback (55.1%), educational outreach (53.7%), and compulsory order forms (51.5%). Conclusion: The survey showed a heterogeneous organization of ASPs worldwide, demonstrating the necessity of a multidisciplinary and collaborative approach in the battle against antimicrobial resistance in surgical infections, and the importance of educational efforts towards this goal.