Majority of the rain producing monsoon systems in India form or intensify over the Bay of Bengal and move onto the land. We expect the air-sea interaction to be a crucial factor in the frequent genesis and intensification of monsoon systems over the Bay. Knowledge of air-sea fluxes is essential in determining the air-sea interactions. However, the Bay remains a poorly monitored ocean basin and the state of the near surface conditions during the monsoon months remains to be studied in detail. For example, we do not know yet which among the various flux formulae used in the General circulation models are appropriate over the Bay since there are no direct measurements of surface fluxes here during the peak monsoon months. The present thesis aims towards filing that gap. In this thesis fluxes were computed using the Bulk method, Inertial dissipation method and direct covariance method. The flux comparisons were reasonable during certain flow conditions which are clearly identified. When these conditions are not met the differences among the fluxes from these methods can be larger than the inherent uncertainties' in the methods. Stratification, flow distortion and averaging time are the key variables that give rise to the differences in the fluxes. It is found that there are significant differences in the surface flux estimates computed from different atmospheric General Circulation Model bulk parameterization schemes. In this thesis, the flow gradients are estimated by taking advantage of the natural pitch and roll motion of the ship. A attempt is made to gain insight into the flow distortion and its influence on the fluxes. In our analysis it is found that the displacement of the streamlines is an important component in quantifying flow distortion.

Dans le rachitisme hypophosphatémique lié à l’X (XLH), MEPE (Matrix Extracellular PhosphoglycoprotEin), une protéine non collagénique impliquée dans la biominéralisation, subit un clivage pathologique de son extrémité C-terminale. Les peptides ainsi libérés sont porteurs d’un domaine ASARM (acidic serine- and aspartate- rich motif) très conservé dans l’évolution. ASARM inhibe la réabsorption tubulaire du phosphate et la minéralisation de la matrice extracellulaire osseuse. Précédemment, notre équipe a identifié des taux élevés de ce peptide ASARM dérivé de MEPE dans la dentine issue de patients XLH. Ce travail a pour objectif principal d’étudier l’effet d’ASARM sur la minéralisation dentinaire afin de mieux comprendre son implication dans les anomalies dentaires observées chez les malades. Des lattis de collagène ensemencés avec des cellules souches pulpaires SHEDs (Dental pulp stem cells derived from deciduous teeth) englobés dans une tranche de dent humaine ont été cultivés dans des conditions d’induction odontoblastique avec et sans 20 µM de chacune des formes phosphorylé (p-ASARM) ou non phosphorylé (np-ASARM) du peptide recombinant. La minéralisation a été appréciée par microscopie électronique à balayage et colorations de von Kossa. L’expression des marqueurs odontogéniques (DSPP, ostéocalcine, MEPE) a été évaluée par immunohistochimie, qPCR et Western-blot. Parallèlement, des billes d’agarose imprégnées p-ASARM et np-ASARM ont été implantées dans un modèle d’effraction pulpaire chez le rat, dans lequel un pont de dentine de réparation se forme spontanément. La minéralisation dans la chambre pulpaire a été évaluée par micro-CT et immunohistochimie. Dans le modèle in vitro 3D, p-ASARM a inhibé la différenciation des SHEDs, ce qui s’est traduit par 1) l’absence de formation de nodule de minéralisation, 2) la diminution des marqueurs odontogéniques, 3) la surexpression de MEPE, comparativement au contrôle ou au traitement du milieu par np-ASARM. In vivo, p-ASARM a perturbé le processus de réparation dentinaire et a entrainé une surexpression de MEPE. Ces résultats confirment notre hypothèse selon laquelle p-ASARM inhibe la différenciation odonblastique et la minéralisation de la dentine. De plus, l’effet inducteur de p-ASARM sur l’expression de MEPE suggère l’existence d’une boucle de rétrocontrôle positif impliquée dans l’étiopathogénie du XLH. Ainsi, les défauts de minéralisation de la dentine hypophosphatémique sont probablement une conséquence de la libération du peptide ASARM dans la matrice extracellulaire. / In X-linked familial hypophosphatemic rickets (XLH), MEPE (Matrix Extracellular PhosphoglycoprotEin) is cleaved, releasing phosphorylated ASARM (acidic serine- and aspartate- rich motif) peptides that inhibit mineralization of bone extracellular matrix (ECM), and renal tubular phosphate reabsorption. We recently identified high levels of MEPE-derived ASARM peptides in human XLH dentin. The present study was aimed to investigate their effects on dentin mineralization in order to better understand their role in the etiology of tooth abnormalities observed in XLH patients. Dental pulp stem cells derived from deciduous teeth (SHEDs) were seeded in a collagen scaffold, cultured in human tooth slices under mineralizing conditions as a control, and with 20 µM of either phosphorylated (p-ASARM) or non-phosphorylated (np-ASARM) MEPE-derived ASARM peptides. Mineralization was assessed by scanning electron microscopy and von Kossa staining. Odontogenic markers (DSPP, osteocalcin, MEPE) were assessed by immunohistochemistry, RT-PCR and Western blot. In parallel, agarose beads soaked with recombinant ASARM peptides were implanted in a rat pulp injury model where a reparative dentin bridge is spontaneously formed; the repair process was evaluated by micro-CT and IHC. In the tooth slice culture model, p-ASARM inhibited SHED differentiation, with 1) no formation of mineralization nodule, 2) decreased odontogenic marker expression, and 3) up-regulation of MEPE expression, in contrast with np-ASARM and control. In the rat pulp injury model, p-ASARM impaired the formation of the reparative dentin bridge and increased MEPE expression. The present data support our hypothesis that p-ASARM impairs odontogenic differentiation process and the resulting mineralization of dentin. Moreover, the identification of a stimulating effect of p-ASARM on MEPE expression suggests a positive feedback loop in the pathogenicity of XLH disease. Accordingly, the mineralized defects in XLH tooth dentin may be a direct consequence of the release of ASARM peptides in the ECM.

This master’s thesis is focused on information system assessment and proposal for its changes in real company enviroment. Theoretical part describes issue and notions from information systems, analytical instruments, processes and projects enviroment. In analytical part is situated introduction of the company and analysis of current state its information system and processes. Based on findings from analysis are made recomendations and proposals for possible changes.

The work is focused on ECM and representation in the reference model of IT management MBI. The primary objective is to expand and update ECM components in the MBI as objects, tasks which are represented as the business processes related to IT management and the relationships between these objects and tasks. Work provides an detailed overview of the benefits, risks and problems associated with the implementation of the various components of ECM.

This Master’s thesis deals with the analysis of long-term corporate financing. Described is financing through the capital market securities – by shares and bonds as well as bank loan. The first part compares the theoretical possibilities of external financing, the second part is focused on the analyse of IPO and analysis of IPO which was realized in Czech republic by listed companies.

In drei inhaltlich abgeschlossen Teilen werden Fragestellungen bearbeitet, die sich mit dem Einsatz von Polyhydroxybutyraten als Scaffoldmaterialien für das Tissue Engioneering von Knochen beschäftigen. Zunächst wird ein Prozess optimiert, in dem mittels Verpressen und Auslösen von Platzhaltern (Porogen) poröse Träger (Scaffolds) aus Poly-3-hydroxybuttersäure (P3HB) sowie aus P3co4HB hergestellt werden. Diese Scaffolds werden in der Folge mechanisch und strukturell charakterisiert, wobei Druckfestigkeit, Dauerfestigkeit und Viskoelastizität untersucht werden. Im Ergebnis finden sich mehrere Kandidaten, die für die weitere Testung im Tierversuch in Frage kommen. Weiter wird das Abbauverhalten von schmelzgeponnenen P3HB-Fäden untersucht. Dabei wird ein beschleunigtes Modellsystem gewählt, das noch möglichst nahe am physiologischen Fall aber ohne biologisch aktive Komponente (zB. Enzyme) definiert wurde. Die Charakterisierung bedient sich hier der Gelpermeationschromatographie (GPC), des gasgestützten Elektronenrastermikroskops (ESEM), der differentiellen Thermoanalyse (DSC) und der Rasterkraftmikroskopie. Als Ergebnis zeichnete sich ab, dass neben der hydrolytischen Degradation im Gegensatz zu PHB mit kleinerer spezifischer Oberfläche bei den Fäden auch Erosion zum Abbau beiträgt. Eine partikuläre Freisetzung wird nicht beobachtet. Im dritten Teil werden textile Scaffolds aus P3HB mit einer künstlichen extrazellulären Matrix aus Chondroitinsulfaten (CS) und Kollagen versehen. Dem CS kann hier ein positiver Einfluss auf die osteogene Differenzierung von humanen mesenchymalen Stammzellen (hMSC) nachgewiesen werden. Dies wird zum einen durch die verstärkte Expression der alkalischen Phosphatase (ALP) sowie durch die Hochregulation von Proteinen ersichtlich, die bei der osteogenen Differenzierung essentiell sind. In wenigen Gene-Arrays lässt sich ebenfalls erkennen, dass die osteogene Differenzierung durch CS positiv beeinflusst wird. Insbesondere frühe Marker wie ZBTB16 und IGFBPs werden hier identifiziert. Basierend auf den Teilergebnissen wird am Ende ein Beitrag geliefert, der das Tissue Engineering insbesondere für überkritische Röhrenknochendefekte als Methode interessant erscheinen lässt. Dabei werden mechanische Lasten durch konventionelle Fixateure aufgenommen und der Defektraum durch den mehrfachen Einsatz von bio-funktionalisierten flachen Scaffolds gefüllt.:1. Vorwort 3 2. Allgemeine Einführung 5 2.1 Der Knochen 5 2.1.1 Die Knochenbildung 5 2.1.2 Zur Anatomie und Physiologie des Knochens 7 2.2 Tissue Engineering 11 2.2.1 Zelltypen für das Tissue Engineering von Knochen 12 2.2.2 Scaffold Design im Tissue Engineering von Knochen 13 2.3 Polyhydroxyalkanoate 13 2.4 Tissue Engineering am Röhrenknochen 16 2.4.1 Poly(3-hydroxybutyrat)-Scaffolds für das Tissue Engineering von Knochenersatz 17 2.4.2 Matrix Engineering 18 2.5 Ziel der Arbeit 19 3. Mechanik poröser PHB-Scaffolds 21 3.1 Einleitung 21 3.2 Materialien und Methoden 23 3.2.1 Polyhydroxybutyrate und Porogene 23 3.2.2 Uniaxiales Heißpressen 24 3.2.3 Mikrographie 26 3.2.4 Dynamische Differenzkalorimetrie (DSC) 26 3.2.5 Mechanische Druckversuche 26 3.2.6 Mikrocomputertomographie (μCT) 27 3.2.7 Zellviabilität auf den Scaffolds 28 3.3 Ergebnisse 29 3.3.1 Mikrographie 29 3.3.2 Mikrocomputertomographie (μCT) 33 3.3.3 Druckversuche 37 3.3.4 Dynamische Differenzkalorimetrie (DSC) 40 3.3.5 Zellviabilität 40 3.4 Diskussion 40 3.5 Schlussfolgernde Zusammenfassung 46 4. Degradation von P3HB-Fasern 47 4.1 Degradation von Polyhydroxyalkanoaten 47 4.2 Materialien und Methoden 49 4.2.1 Herstellung und Vorbehandlung textiler P3HB-Konstrukte 49 4.2.2 Mechanische Prüfung 50 4.2.3 Beschleunigte Degradation 50 4.2.4 Untersuchung der Oberfläche 50 4.2.5 Dynamische Differenzkalorimetrie (DSC) 51 4.2.6 Gel-Permeations-Chromatographie (GPC) 51 4.3 Ergebnisse 52 4.3.1 Mechanische Tests 52 4.3.2 Die Charakterisierung der Oberfläche 52 4.3.3 Thermische Fasereigenschaften.55 4.3.4 Untersuchung der Molekulargewichte in der GPC 58 4.4 Diskussion 60 4.5 Schlussfolgernde Zusammenfassung 64 5. hMSC auf textilen Scaffolds 67 5.1 Einleitung 67 5.2 Material und Methoden 68 5.2.1 Erzeugung der P3HB-Scaffolds 68 5.2.2 Die Immobilisierung der EZM-Komponenten auf den Scaffolds 69 5.2.3 Isolation, Vorkultur, Besiedlung und Kultur der humanen mesenchymalen Vorläuferzellen 69 5.2.4 Kombinierte Bestimmung von ALP, MTT und Proteingehalt 71 5.2.5 Mikroskopische Untersuchungen 72 5.2.6 Nachweis der Kalziummineralisierung 73 5.2.7 Quantitative real time reverse transcribing polymerase chain reaction (rt-PCR) 73 5.2.8 cRNA Microarray-Untersuchung 74 5.2.9 Zusätzliche Experimente 75 5.3 Ergebnisse 76 5.3.1 Vorhergehende Untersuchung 76 5.3.2 Rasterelektronen-Mikroskopie 77 5.3.3 Konfokale Laser-Scanning-Mikroskopie 79 5.3.4 ALP-Aktivität, SDH-Aktivität und Proteingehalt 82 5.3.5 Mineralisierende Kalziumabscheidung 86 5.3.6 rt-PCR 87 5.3.7 cRNA Microarray-Untersuchung 90 5.3.8 Kulturen von hMSC mit Chondroitinsulfat als gelöstem Zusatz 93 5.4 Diskussion 93 5.5 Schlussfolgernde Zusammenfassung 98 6. Zusammenfassung 101

Der Herzmuskel muss sich einer dynamischen und sich mechanisch verändernden Umgebung anpassen. Die Mechanosignaltransduktion ermöglicht es Zellen mechanischen Kräfte zu erfassen und durch nachgeschaltete biochemische Signalkaskaden darauf zu reagieren. Obwohl verschiedene Gewebestrukturen und Proteine damit in Verbindung gebracht wurden, wie das Herz die mechanischen Kräfte wahrnimmt, ist unser Verständnis der kardialen Mechanosignaltransduktion unvollständig. Durch Dehnung aktivierte Ionenkanäle spielen eine wichtige Rolle bei der mechanosensitiven Autoregulation des Herzens. Um die funktionelle Rolle von PIEZO1 in Kardiomyozyten zu untersuchen, habe ich daher PIEZO1 in induzierten pluripotenten Stammzellen mittels Genomeditierung deletiert. Die PIEZO1-/- Zellen wurden dann in lebensfähige, herzähnlich schlagende Kardiomyozyten differenziert. In phänotypische Analysen der elektrophysiologischer Eigenschaften, Zellmorphologie und der herzähnlichen Schlagaktivität habe ich den Effekt der PIEZO1-deletion in genomeditierten Kardiomyozyten untersucht. Die Deletion von PIEZO1 zeigte zum ersten Mal, dass es PIEZO1-abhängige dehnungsaktivierte und Kalzium-Ströme in vom Menschen stammenden differenzierten Kardiomyozyten gibt. Dies legt nahe, dass PIEZO1 eine Rolle in der Mechanosignaltransduction in Herzzellen spielt. Darüber hinaus zeigte eine RNA-Sequenz Analyse, dass der Verlust von PIEZO1 in vom Menschen stammenden differenzierten Kardiomyozyten mit der Herunterregulation von Proteinen korreliert, die für die extrazellulärer Matrix von Bedeutung sind. Diese Daten unterstreichen die Rolle von PIEZO1 in Kardiomyozyten und legen seine Bedeutung für die Organisation und Struktur der extrazellulären Matrix nahe. / The cardiac muscle has to adapt in a highly dynamic mechanical environment. Mechanotransduction is the process that allows cells to sense the mechanical forces and respond by downstream biochemical signaling cascades. Although different tissue structures and proteins have been implicated in how the heart senses the mechanical forces, yet our understanding in cardiac mechanotransduction is incomplete. Stretch-activated channels (SACs) have been suggested to play an important role in the mechanosensitive autoregulation of the heart. PIEZO1 is a stretch-activated channel and has been involved in vascularization, erythrocyte volume homeostasis and regulation of the baroreceptor reflex, yet its role in cardiac mechanotransduction has not been described. To study the functional role of PIEZO1 in cardiomyocytes I have generated a PIEZO1 knockout (KO) human induced pluripotent cell (hiPSC) line using genome editing technology. The genome edited cells were then differentiated into viable, beating cardiomyocytes. Different phenotypic analyses were conducted, including the evaluation of electrophysiological characteristics, observation of cell morphology and beating activity of the genome edited hiPSC-derived cardiomyocytes. With this approach the aim was to gain more insight into PIEZO1 function in cardiomyocytes using a reliable, efficient and reproducible human cellular model system. For the first time PIEZO1-dependent calcium transients and stretch-activated currents were observed in hiPSC-derived cardiomyocytes (hiPSC-CMs). This proposes a possible role of PIEZO1 as a cardiac mechanotransducer. Furthermore, RNA-seq analysis revealed that loss of PIEZO1 in hiPSC-CMs is associated with downregulation of the expression of extracellular matrix-associated proteins. These data highlight the role of PIEZO1 in cardiomyocytes and suggest its implication in extracellular matrix organization and structure.

The aim of this thesis is not only to characterise the key terms related to this field, but also to analyse the possible solutions to the area in a particular industrial enterprise in the Czech Republic by means of a case study which is a reliable method of qualitative research. The thesis is divided into theoretical and practical part. In the theoretical part the terms such as information, electronic data, know-how, enterprise information systems, cybercrime, and cyberterrorism are defined. The practical part drawing on the theoretical part gives a thorough analysis of the initial state of an industrial enterprise in food industry. Furthermore, it deals with the implementation of the ECM (Enterprise Content Management) which is considered a possible solution to the security of work with electronic data in industrial enterprise.

This report is one of the first to examine how system methodology can be applied as a tool to facilitate a holistic view of fighter aircraft survivability. This is done through the application of a modified version of multi-agent influence diagrams (MAIDs), as an analytical tool of two generic one-on-one scenarios based on Robert E. Balls The Fundamentals of Aircraft Combat Survivability, Analysis and Design. The concept of survivability has been limited to susceptibility because this is where ECM, ECCM and ESM operate. The result: three influence diagrams for each scenario and a generic MAID developed for the first scenario. These should not be seen as an exact technical description of the interaction between threats and countermeasures, but as a pilot application of system methodology within the study area. Furthermore, the user validation indicates that the diagrams can convey the complexity of the interactions between threats and countermeasures through a graphical presentation. The diagrams led to a deeper discussion about which influences are important for survival. The conclusion is that MAID and systems methodology can serve as a tool to describe and help communicate the complex relationships between elements and influences that affect the aircraft's survivability between different actors, provided they are modelled correctly. / Denna rapport är en av de första som undersöker hur systemmetodik kan tillämpas som ett verktyg för att underlätta en holistisk syn på stridsflygplans överlevnadsförmåga. Detta görs genom tillämpningen av en modifierad version av multiagent influence diagrams (MAIDs) som ett analysverktyg av två generiska en-mot-en-scenarier baserade på Robert E. Balls The Fundamentals of Aircraft Combat Survivability, Analysis and Design. Begreppet överlevnadsförmåga har avgränsats till mottaglighet eftersom det är här ECM, ECCM och ESM verkar. Resultatet: tre influensdiagram för varje scenario och ett generisk MAID baserat på det första scenariot. Dessa ska inte ses som en exakt teknisk beskrivning av interaktionen mellan hot och motmedel, utan som en pilottillämpning av systemmetodik inom studieområdet. Vidare indikerar användarvalideringen att diagrammen kan förmedla komplexiteten i interaktionerna mellan hot och motmedel genom en grafisk presentation. Diagrammen ledde till en djupare diskussion om vilka influenser som är av vikt för överlevnad. Slutsatsen är att MAID och systemmetodik kan fungera som ett verktyg för att beskriva och hjälpa till att kommunicera de komplexa sambanden mellan element och influenser som påverkar flygplanens överlevnadsförmåga mellan olika aktörer. En förutsättning är dock att de modelleras på ett korrekt sätt.

Ce mémoire porte sur l’impact des interactions faites par le musicien lors d’une séance d’interprétation musicale en jazz incluant de l’improvisation. L’analyse est basée sur le matériel phonographique et les transcriptions de deux pièces exécutées par le trio composé de Jan Garbarek, le saxophoniste norvégien, Egberto Gismonti, le pianiste et guitariste brésilien, et Charlie Hayden, le bassiste américain. L’analyse fait une comparaison entre les mêmes pièces jouées en studio et en concert live, à partir d’une base théorique incluant le processus de l’improvisation ainsi que les affordances, concept emprunté à la psychologie écologique et adapté à la musicologie. Les résultats de cette recherche indiquent que le processus d’improvisation est affecté par les invariants liés à l’environnement de performance. Cette analyse est un premier pas vers une compréhension contextualisée des éléments environnementaux qui influencent l’improvisation dans la musique jazz. / The following master’s thesis considers the impact of the interactions affecting a musician during a jazz performance including improvisation. The analysis considers the phonographic source material and transcriptions of two tracks performed by the trio composed of the Norwegian saxophonist Jan Garbarek, the Brazilian pianist and guitarist Egberto Gismonti, and the American bass player Charlie Haden. The analysis focuses on two tracks that were both recorded in studio and live during a concert of the trio, and is based on the theoretical notions of improvisation as well as affordance theory, which was originally developed in the field of environmental psychology and then adapted to musicology. The results of this research indicate that the process of improvisation is affected by the invariants relating to the location of the performance. This analysis is a first step towards a contextualized understanding of the environmental elements that can influence improvisation in jazz.