La P-glycoprotéine (P-gp) appartient à la famille des transporteurs ABC qui confèrent, aux microorganismes pathogènes et cellules tumorales humaines, par transport actif à travers la membrane plasmique, une résistance à de multiples molécules antibiotiques et anticancéreuses sans parenté structurale. Malgré les quelques structures de transporteurs ABC bactériens, la caractérisation par microscopie électronique de la P-gp, et la récente structure de P-gp de souris déposée dans la Protein Data Bank (PDB), obtenir une structure pour la P-gp humaine est d'un intérêt particulier à cause de son importance clinique. Actuellement, il n'existe pas de modèle structural d'interaction P-gp/substrat permettant d'expliquer sa multispécificité. Par modélisation par homologie, nous avons reconstruit trois structures de la Pgp humaine: une en présence et deux autres en absence de nucléotide. La liaison du nucléotide change l'accessibilité du transporteur de la face cytoplasmique vers la face extracellulaire. Ces trois états conformationnels ont été placés dans un environnement membranaire afin de révéler la localisation des mutations spécifiques altérant la liaison de la P-gp à certains médicaments. Enfin, nous avons réalisé une étude de docking sur deux structures modélisées de P-gp de Hamster dans les deux orientations. Ce docking a concerné trois molécules sans aucune ressemblance structurale (vérapamil, vinblastine et tentoxine) mais dont les fixations sont mutuellement soit compétitives, soit non-compétitives. Les meilleures poses obtenues sont compatibles avec l'existence de deux pharmacophores distincts pour la reconnaissance des drogues transportées par la P-gp.

Le besoin de compétitivité impose aujourd'hui de concevoir plus rapidement, mieux et moins cher que les concurrents. Dans ce contexte, la prise en compte de l'ensemble des contraintes du produit dépends du retour des indicateurs de performance (coût, risque, qualité, délai,...). Il est donc important de bien évaluer ces indicateurs afin de retourner des informations robustes et cohérentes qui permettent de prendre une bonne décision pour piloter le cycle de développement du produit de sort qu'on obtient un meilleur rapport qualité/coût. L'interopérabilité des approches QFD, FMEA et KCs a été étudiée afin de les exploiter dans un seul cadre de maîtrise de la qualité pour assurer l'homogénéité et la cohérence des indicateurs de la qualité. Le coût a été pris en compte en proposant l'approche CbFMEA, basée sur FMEA classique, qui permet d'estimer le coût de non-qualité afin d'évaluer la gravité financière des défaillances du produit. Ce coût a été ajouté au coût de fabrication du produit estimé par la méthode ABC. L'approche du coût (CbFMEA/ABC) a été couplée à l'approche de la qualité (QFD/FMEA/KCs) résultant une approche conjointe qualité/coût illustrée par un diagramme d'activités. Un modèle de données de l'approche conjointe qualité/coût a été proposé est une maquette informatique a été développée afin de valider les concepts et le modèle proposés. Une application de cette approche a été illustrée dans la phase de pré-gamme d'usinage via un cas d'études. Cette application est nommée QCCPP, elle fournit des indicateurs de capabilité, de risques et du coût. L'objectif est l'aide à la décision lors du choix multicritères des ressources d'usinage pour l'amélioration conjointe de rapport qualité/coût du produit.

Les transporteurs ABC constituent une famille de protéines membranaires qui assurent une fonction de transport, au travers des membranes cellulaires. Plusieurs ABC sont impliqués dans des physiopathologies humaines ou induisent des phénotypes de résistance. Ce manuscrit présente l'étude de l'expression de l'ensemble des ABC, par PCR quantitative, dans différents organes, ou en réponse à un traitement chez l'Homme et la souris. Nous avons étudié l'effet d'un traitement colchicine sur des lignées cellulaires humaines et des souris. Nous avons montré que ce traitement permettait d'induire l'expression de transporteurs ABC. Nous avons établi la première cartographie de l'expression des transporteurs ABC au cours du développement hépatique. Certains transporteurs absents du foie fœtal s'expriment après la naissance et jouent probablement un rôle dans la physiopathologie du foie adulte. A l'inverse l'expression de certains transporteurs s'éteint après la naissance, suggérant un rôle dans l'hématopoïèse. Nous avons mesuré l'expression des transporteurs ABC sur des biopsies de patients atteints de leucémies aiguës en corrélation avec leur sensibilité aux chimiothérapies. De façon intéressante, nous avons montré que des transporteurs jusqu'à présent non décrits dans la résistance pourraient contribuer à un mauvais pronostic. Enfin, nous avons étudié le transcritpome ABC dans les cellules souches humaines à différents stades de différenciation. Certains transporteurs pour lesquels nous observons des variations d'expression pourraient caractériser un état de différenciation et être impliqués dans l'auto-renouvellement ou la différentiation des cellules souches.

<p>Background:</p><p>Companies of today commonly search to gain competitive advantages throughout different forms of co-operation, one of which is referred to as Supply Chain Management. Although little research has been assigned to the topic of how to manage and control this type of relation, lately a growing number of academics has been arguing that ABC is an appropriate mean of controlling this type of relationships.</p><p>Purpose:</p><p>The purpose of this thesis is to investigate to what degree the ongoing debate on the use of ABC as a mean of control within SCM correspond to the present theories related to ABC and SCM respectively.</p><p>Research method:</p><p>The thesis takes it’s starting point within the literature, meaning that the empirical information consists of published articles in the ongoing debate. This information is put in relation to the original theories concerning both topics.</p><p>Conclusions:</p><p>The results shown in the thesis in some content agrees with the ongoing debate referring to the positive aspects that could result from using ABC as a mean of control within SCM. However the main result of the study is the discovery of a lack of discussion concerning the problems that implementing ABC within SCM might implicate, a fact that we believe contributes to the mainly positive view on using ABC within Supply Chain Management.</p> / <p>Bakgrund</p><p>Företag av idag ingår i allt större utsträckning i någon form av samarbete för att på så vis skapa sig konkurrensfördelar på marknaden, en av dessa samarbetsformer går under beteckningen Supply Chain Management. Hur styrningen i denna typ av relation bör se ut är ett relativt outforskat ämne, dock finns det i dagens forskningsdebatt flera forskare som förespråkar ABC-kalkylering som ett lämpligt styrinstrument för denna typ av relationer.</p><p>Syfte</p><p>Syftet med uppsatsen är att undersöka hur väl den pågående forskningsdebatten gällande användandet av ABC som styrverktyg inom SCM överensstämmer med befintlig teoribildning inom de respektive forskningsområdena.</p><p>Genomförande</p><p>Studien tar sin utgångspunkt i litteraturen, med detta avses att den empiri som studeras består av publicerade artiklar i den aktuella debatten. Informationen ställs sedan i relation till den existerande teoribildningen inom ABC respektive SCM.</p><p>Slutsats</p><p>De resultat som framkommer ur studien visar på att den aktuella debatten i vissa avseenden har rätt i de positiva effekter ett ABC-system skulle kunna generera inom SCM. Men vad studien huvudsakligen kommer fram till är att det i forskningsdebatten saknas en ordentlig problematisering av ämnet, vilket enligt oss också förklarar den övervägande positiva syn som föreligger till användandet av ABC inom SCM.</p>

<p>Background: A large number of companies works as a link between manufacturers and final users. These companies buys and stores goods to be able to deliver when a need comes up later in the chain. The storage could have a negative effect on profitability and therefore places great demands on the management control systems. ABC as a method has been used with some success in manufacturing for over ten years. In wholesale companies the method is not frequently used. </p><p>Purpose: The purpose of this report is to study the design and the effects of ABC in wholesale companies. </p><p>Method: The base for this study is a company for which an ABC-model was constructed. This company also worked as an object of study to create understanding for the line of business itself (wholesale). To this base interviews with three other wholesalers who already have implemented ABC were added. These interviews were used to verify the model of the first company and to study the effect of in wholesale companies. </p><p>Results: The study have shown how an ABC-model can be designed for a wholesale company. The design should start with nature and size of the company and clearly show that it is for a wholesale company. The effects visible in two underlying aspects, line of products and customers, which after management of these leads to higher profits for the company.</p>

<p>The subject of this thesis was to study two intestinal barriers to oral drug bioavailability, drug efflux proteins of the ABC-transporter family, and in particular ABCB1/P-glycoprotein (Pgp), and the drug metabolizing enzyme cytochrome P450 (CYP) 3A4. At the onset of this thesis, similarities between CYP3A4 and Pgp in terms of their tissue distribution and gene regulation, along with overlapping substrate specificities, had generated the hypothesis that CYP3A4 and Pgp may have a complementary function and thus form a coordinated intestinal barrier to drug absorption and gut wall metabolism.</p><p>In the first part of this thesis, a cell culture model of the intestinal epithelium that expressed both functional Pgp and CYP3A4 was developed. This model was then used to investigate the steroselective drug efflux and metabolism of R/S-verapamil. In summary, the results indicated that the two barriers in the cell culture model were in agreement with those in the human intestine.</p><p>Both ABC-transporters and CYPs are regulated by drugs that interact with nuclear receptors. However, while the regulation of CYPs is quite well understood, less is known about how repeated drug administration regulates the most abundantly expressed ABC-transporters. Therefore, in the second part of this thesis, the effects of repeated drug administration on the gene regulation of four ABC-transporters and CYP3A4 were studied in intestinal epithelial cell lines in vitro and in the perfused human jejunum in vivo. The in vitro studies revealed that the ABC-transporters are induced by drugs that interact with slightly different sets of nuclear receptors. The in vivo study showed that repeated oral administration of St John’s wort decreased the bioavailability of verapamil, predominantly by induction of intestinal CYP3A4. This part of the thesis provides new information about the regulation of ABC-transporters, shows that the intestinal metabolism is the most significant barrier to oral bioavailability of verapamil and provides evidence for a clinically significant interaction between verapamil and St John’s wort in vivo.</p>

<p>In the case of injury to the CNS, different proteins act to repair and protect cells in the brain and spinal cord. In the present study, we looked at dorsal root injury and hypoglossal nerve avulsion and transection. Here we studied for the first time the expression of Parkin in these types of injuries. However the antibodies against Parkin used here have not been able to detect Parkin in the injuries examined, neither with fluorescence or using DAB. The roles of Mts1, GFAP, and clusterin after injury have been investigated earlier, but their co-localization in the same cells was first shown in this study in the hypoglossal nucleus with immunohisto-chemical methods. These results may also be of value in the process of finding an effective treatment for neurodegenerative disorders such as ALS.</p>

The multiplication of new markers used for diagnosis addresses new challenges in routine medical practice. One outstanding question is; how can we profile tumor markers expression using a meaningful and practical method for clinical purposes? Over the last 6 years, the microarray technology made a significant contribution to our understanding of many medical conditions. Benefiting from EAT’s expertise, we decided to design two cutting edge low density microarrays tools to study on one hand, ATP-binding cassette genes-mediated chemotherapy resistance and on the other hand, to characterize subtypes of Small B-Cell non-Hodgkin Lymphomas. The microarray (DualChip human ABC) specificity and the reproducibility of our results were tested first by comparison of ABC gene expression in three drug-resistant sublines and their respective drugsensitive counterparts. The results that we obtained were in accordance with ABC-transporters expression previously described for these cell lines using different methods. Interestingly, we were able to report a larger diversity of ABC-transporter expression than previously established with classical molecular biology screens. To further validate the relevance of this approach for diagnostic purposes, we profiled the expression of ABC genes in clinical samples of Acute Myeloid Leukemia, T-Acute Lymphoblastic Leukemia from pediatric patients, and drug treated/untreated samples of mamma carcinoma biopsies. By doing so, we characterized the expression of new ABC transporters in pediatric leukemia and observed enrichment for ABC-transporters in breast cancers even prior drug treatment. In the second part of this work our microarray-based strategy was applied to diagnostic procedures in order discriminate between four different forms of small B cell non Hodgkin lymphomas. We applied gene expression profiling to RNA samples obtained from 71 patients. Through a supervised comparison of the various expression patterns, we isolated a group of genes that can be used to discriminate 75% of the patients investigated. As a conclusion, using a variety of cell lines and tumor samples we demonstrated that low-density microarrays can be used for molecular diagnosis in many meaningful ways including tumor classification and drug resistance profiling. <br /><br /> La diversité des marqueurs utilisés pour le diagnostic est un nouveau défi dans la pratique médicale quotidienne. Une question se pose donc; comment pouvons-nous déterminer le profil d’expression génique d’une tumeur en utilisant une approche efficace et pratique à des buts cliniques ? Au cours de ces 6 dernières années, les damiers à ADN ont contribué de façon significative à l’amélioration des connaissances dans de nombreux domaines de la recherche biomédicale. Bénéficiant de l’expertise de la société EAT, nous avons développé deux damiers à ADN de faible densité permettant d’une part, l’étude de la résistance à la chimiothérapie induite par les ABC transporteurs, et d’autre part, d’évaluer l’intérêt de ce genre d’outil pour le diagnostique clinique des lymphomes non Hodgkiniens à petites cellules B. Dans un premier temps, nous avons évalué la spécificité et la reproductibilité du damier DualChip human ABC. Pour cela, nous avons comparé le profil d'expression génique de trois lignées cellulaires résistantes à une drogue donnée avec le profil d’expression génique de leur lignée parentale sensible à cette drogue. Les résultats que nous avons obtenus étaient en accord avec ceux préalablement décrits. En outre, nous avons détecté un profil expression d’un plus grand nombre de gènes ABC transporteurs que celui établi précédemment à partir de techniques conventionnelles. Afin d’étudier davantage l’intérêt de cet outil dans le domaine diagnostique, nous avons étudié le profil d’expression des gènes ABC dans des échantillons cliniques de leucémie myéloïde aiguë, leucémie lymphoblastique aiguë de type T chez l’enfant et de carcinomes mammaires provenant de patients adultes traités et non traités. Nous avons ainsi pu mettre en évidence l’expression de nouveaux gènes ABC transporteurs dans les leucémies de l’enfant. Nous avons également observé un niveau d’expression élevé de nombreux gènes ABC transporteurs tant dans les tumeurs mammaires traitées que non traitées. Dans la seconde partie de ce travail, nous avons évalué le potentiel des damiers à ADN de faible densité dans le diagnostic de 4 sous-types de lymphomes non Hodgkiniens à petites cellules B. Nous avons étudié le profil d’expression génique d’échantillons provenant de 71 patients. Une analyse supervisée à partir du profil d’expression de tous les gènes étudiés a ensuite été entreprise. Cette étude a permis de mettre en évidence un groupe de gènes permettant de différencier 75% des patients investigués. L’ensemble de nos résultats a démontré que le damier à ADN de faible densité est un outil prometteur pour le diagnostic moléculaire dans des domaines variés incluant la classification des tumeurs et la détection de la résistance aux drogues.

Background: A large number of companies works as a link between manufacturers and final users. These companies buys and stores goods to be able to deliver when a need comes up later in the chain. The storage could have a negative effect on profitability and therefore places great demands on the management control systems. ABC as a method has been used with some success in manufacturing for over ten years. In wholesale companies the method is not frequently used. Purpose: The purpose of this report is to study the design and the effects of ABC in wholesale companies. Method: The base for this study is a company for which an ABC-model was constructed. This company also worked as an object of study to create understanding for the line of business itself (wholesale). To this base interviews with three other wholesalers who already have implemented ABC were added. These interviews were used to verify the model of the first company and to study the effect of in wholesale companies. Results: The study have shown how an ABC-model can be designed for a wholesale company. The design should start with nature and size of the company and clearly show that it is for a wholesale company. The effects visible in two underlying aspects, line of products and customers, which after management of these leads to higher profits for the company.

The subject of this thesis was to study two intestinal barriers to oral drug bioavailability, drug efflux proteins of the ABC-transporter family, and in particular ABCB1/P-glycoprotein (Pgp), and the drug metabolizing enzyme cytochrome P450 (CYP) 3A4. At the onset of this thesis, similarities between CYP3A4 and Pgp in terms of their tissue distribution and gene regulation, along with overlapping substrate specificities, had generated the hypothesis that CYP3A4 and Pgp may have a complementary function and thus form a coordinated intestinal barrier to drug absorption and gut wall metabolism. In the first part of this thesis, a cell culture model of the intestinal epithelium that expressed both functional Pgp and CYP3A4 was developed. This model was then used to investigate the steroselective drug efflux and metabolism of R/S-verapamil. In summary, the results indicated that the two barriers in the cell culture model were in agreement with those in the human intestine. Both ABC-transporters and CYPs are regulated by drugs that interact with nuclear receptors. However, while the regulation of CYPs is quite well understood, less is known about how repeated drug administration regulates the most abundantly expressed ABC-transporters. Therefore, in the second part of this thesis, the effects of repeated drug administration on the gene regulation of four ABC-transporters and CYP3A4 were studied in intestinal epithelial cell lines in vitro and in the perfused human jejunum in vivo. The in vitro studies revealed that the ABC-transporters are induced by drugs that interact with slightly different sets of nuclear receptors. The in vivo study showed that repeated oral administration of St John’s wort decreased the bioavailability of verapamil, predominantly by induction of intestinal CYP3A4. This part of the thesis provides new information about the regulation of ABC-transporters, shows that the intestinal metabolism is the most significant barrier to oral bioavailability of verapamil and provides evidence for a clinically significant interaction between verapamil and St John’s wort in vivo.