Conhecer a distribuição geográfica das espécies é primordial para a tomada de ações efetivas de conservação. Modelos de ocupação são ferramentas importantes para estimar a distribuição das espécies, especialmente quando as informações são incompletas, como é o caso de muitas espécies ameaçadas ou em áreas ainda insuficientemente amostradas. O objetivo deste estudo é ampliar e refinar o conhecimento sobre a distribuição geográfica da toninha, Pontoporia blainvillei, um pequeno cetáceo ameaçado de extinção restrito às águas costeiras do Atlântico Sul ocidental, através de modelos de ocupação. Foram realizadas amostragens aéreas com 4 observadores independentes, em 2058 sítios de 4x4km na distribuição da espécie no Brasil. Foram utilizadas cinco covariáveis de detecção (transparência da água, escala Beaufort, reflexo solar, posição dos amostradores e número de amostradores) e três covariáveis de ocupação (batimetria, temperatura média e produtividade primária) com índices de correlação de Pearson menor que 0,7. Todas as covariáveis contínuas foram estandardizadas com média zero e desvio padrão igual a um. Os modelos de ocupação com autocorrealação espacial foram estimados com Inferência Bayesiana utilizando priors ‘vagos’ (média zero e variância 1.0E6). Em apenas 75 sítios foram detectadas toninhas. A probabilidade de detecção média foi de 0.23 (CRI 0.006 a 0.51), onde as covariáveis Beaufort (efeito negativo), reflexo solar (efeito negativo) e transparência da água (efeito positivo) apresentaram efeitos significativos. A média estimada de ocupação foi de 0,066 (CRI 0,01 a 0,31). As covariáveis batimetria e a temperatura média apresentaram efeitos positivos e negativos sobre o processo de ocupação, respectivamente. Espacialmente o modelo prevê três áreas com altas probabilidades de ocupação aparentemente disjuntas: a) costa norte do Rio de Janeiro; b) costas norte de 3 Santa catarina até São Paulo; c) costa do Rio Grande do Sul. Assim, agregamos importantes informações para a conservação da espécie e realização de novos estudos, apontando onde podemos encontrar maiores probabilidade de ocupação na costa do Brasil e covariáveis que determinam a ocupação e a detecção da espécie. / Knowing the geographic distribution of a species is essential for taking effective conservation actions. Occupation Models are important tools for estimating species distribution, especially when information is incomplete, as is the case with many endangered species or in under-sampled areas. The aim of this study is to expand and refine the knowledge about the geographic distribution of the franciscana, Pontoporia blainvillei, a threatened small cetacean restricted to the coastal waters of the western South Atlantic, through Occupation Models. Aerial samplings were carried out with 4 independent observers, in 2058 sites of 4x4km across the distribution of the species in Brazilian waters. Five detection covariates were used (water transparency, Beaufort scale, solar reflectance, observer position and number of observers) and three covariates of occupation (bathymetry, mean temperature and primary productivity) with Pearson correlation indices less than 0.7. All continuous covariates were standardized with mean zero and standard deviation equal to one. Occupancy Models with spatial autocorrection were estimated using Bayesian Inference using 'vague' priors (zero mean and variance 1.0E6). Franciscana was detected only in 75 sites. The average detection probability 4 was 0.23 (CRI 0.006 to 0.51), where Beaufort (negative effect), solar reflex (negative effect) and water transparency (positive effect) covariables had significant effects. The estimated mean occupancy was 0.066 (CRI 0.01 to 0.31). The bathymetry and the mean temperature covariables had positive and negative effects on the occupation process, respectively. Spatially the model predicts three apparently disjunct areas with high probability of occupation: a) north coast of Rio de Janeiro; b) north coasts of Santa Catarina to São Paulo; c) coast of Rio Grande do Sul. Thus, we add important information for the conservation of species and new studies, pointing out where we can find greater likelihood of occupation on the coast of Brazil and covariates that determine the occupation and the detection of the species.

The discovery of exoplanets represents one of the greatest scientific revolutions in history, and exoplanetary science has rapidly become uniquely positioned to address profound questions about the origins of life, and about humanity's place (and future) in the cosmos. Since the discovery of the first exoplanet over two decades ago, the radial velocity (RV) method has been one of the most productive techniques for discovering new planets. It has also become indispensable for characterising exoplanets detected via other techniques, notably transit photometry. Unfortunately, signals intrinsic to stars themselves - especially magnetic activity signals - can induce RV variations that can drown out or even mimic planetary signals. Modelling and thus mitigating these signals is notoriously difficult, which represents a major obstacle to using next-generation instruments to detect lower mass planets, planets with longer periods, and planets around more magnetically-active stars. Enter Gaussian processes (GPs), which have a number of features that make them very well suited to the joint modelling of stochastic activity processes and dynamical (e.g. planetary) signals. In this thesis, I leverage GPs to enable the study of smaller planets around a wider variety of stars than has previously been possible. In particular, I develop a principled and sophisticated Bayesian framework, based on GPs, for modelling RV time series jointly with ancillary activity-sensitive proxies, thus allowing activity signals to be constrained and disentangled from genuine planetary signals. I show that my framework succeeds even in cases where existing techniques would fail to detect planets, e.g. the case of a weak planetary signal with period identical to its host star's rotation period. In a first application of the framework, I demonstrate that Alpha Centauri Bb - until 2016, thought to be the closest exoplanet to Earth, and also the lowest minimum-mass exoplanet around a Sun-like star - was, in fact, an astrophysical false positive. Next, I use the framework to re-characterise the well-studied Kepler-10 system, thereby resolving a mystery surrounding the mass of planet Kepler-10c. I also use the framework to help discover or characterise various exoplanets. Finally, the activity modelling framework aside, I also present in outline form a few promising applications of GPs in the context of modelling stellar signals and studying exoplanets, viz. GPs for (i) enhanced characterisation of stellar rotation; (ii) generating realistic synthetic observations, and modelling in a systematic way the effects of an observing window function; and (iii) ultra-precise extraction of RV shifts directly from observed spectra, without requiring template cross-correlation.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-29Bitstream added on 2014-06-13T19:12:56Z : No. of bitstreams: 1 acevedojimenez_ee_me_jabo.pdf: 157367 bytes, checksum: ab9e57a695c0551e930b20859c7fcb05 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para características de crescimento, utilizando-se um modelo multi-característica. Foram analisados registros de 14956 animais da raça Brahman, participantes do programa de melhoramento da raça Brahman, desenvolvido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Por meio de inferência bayesiana foram obtidas estimativas de componentes de variância para os pesos nas idades padrão aos 60 (P60), 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365), 450 (P450) e 550 (P550) dias. As análises foram realizadas empregando-se o software GIBBS2F90, assumindo um modelo animal. Para os pesos às idades padronizadas estudadas foram considerados os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (rebanho - ano nascimento - estação de nascimento – sexo - manejo) e idade do animal no momento da pesagem (linear e quadrático) como covariável, e os efeitos aleatórios genético aditivo direto, genético aditivo materno e residual. As estimativas de herdabilidade genética direta foram 0,31 (P60), 0,37 (P120), 0,34 (P210), 0,38 (P365), 0,37 (P450) e 0,45 (P550). As estimativas de herdabilidade genética materna foram 0,18 (P60), 0,19 (P120), 0,22 (P210), 0,14 (P365), 0,11 (P450), e 0,08 (P550). Os valores de correlação genética direta variaram de 0,79 (P60 / P450) a 0,94 (P365 / P450). Em vista dos parâmetros estimados, verifica-se que as características aqui estudadas apresentam variabilidade genética suficiente para realizar a seleção dos animais. As correlações genéticas indicam que a seleção simultânea para as características em estudo pode ser eficiente / The objective of this work was to estimate genetic parameters for growth traits using a multiple-traits model. Were analyzed records of 14956 animals of Brahman Breed, participants of Breeding Program of Brahman cattle, developed by Breeders and Researchers National Association (ANCP). Using Bayesian inference were obtained estimations of variance components for standardized weights at 60 (W60), 120 (W120), 210 (W210), 365 (W365), 450 (W450) and 550 (W550) days. Analyzes were done using Gibbs2f90 Software, assuming an animal model. For standardized weights were considered fixed effects of contemporary group (herd - birth year – birth season – sex - management) and animal age at weighting moment (linear and quadratic) as covariate, and randomized effects of direct additive genetic, maternal additive genetic and residual. Direct Heritability estimations were 0,31 (W60), 0,37 (W120), 0,34 (W210), 0,38 (W365), 0,37 (W450) and 0,45 (W550). Maternal heritability estimations were 0,18 (W60), 0,19 (W120), 0,22 (W210), 0,14 (W365), 0,11 (W450), and 0,08 (W550). Genetic correlation values varied from 0,79 (W60 / W450) a 0,94 (W365 / W450).. According estimated genetic parameters, was verified that standardized weights presented enough genetic variation for animal selection. Genetic correlations indicate that a simultaneously selection for all the traits of this study could be efficient

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:14:41Z : No. of bitstreams: 1 shiotsuki_l_me_jabo.pdf: 181019 bytes, checksum: b8cf4d52845431dfc05b97a71fc3d5e0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os objetivos deste estudo foram verificar a possibilidade de utilização da prenhez de novilhas como critério de seleção e as possíveis associações genéticas entre esta característica e peso ao sobreano, altura na garupa e escores visuais, por meio da estimação de variâncias e covariâncias das características, de modo que possam ser utilizadas para predizer os valores genéticos dos animais e a resposta a seleção. Foram analisados 30.407, 7.226, 49.901, 46.919, 46.917, 46.909 dados para prenhez de novilhas (Pr16), altura na garupa (ALTG), peso ao sobreano (PES), conformação (C), precocidade de terminação )P) e musculatura (M), respectivamente. Também foram analisados 12.315, 4.526, 29.789 dados para Pr16, ALTG e PES, respectivamente, de animais com pai e mãe conhecidos. Os animais utilizados são provenientes do arquivo zootécnico da Agropecuária Jacarezinho Ltda, localizada mo município de Valparaíso, São Paulo. Foram realizadas analisadas bicaracaterísticas, sendo computadas duas cadeias independentes de 600.000 ciclos para Pr16, ALTG e PES e de 400.000 ciclos para Pr16, C, P e M. Foram retirados os 5.000 primeiros ciclos como período de descarte amostral. Distribuições flat foram assumidas para todos os componentes de (co) variâncias. Herdabilidade de 0,20 e correlação genética de 0,30 foram assumidas como valores iniciais para e entre as características. O critério de convergência foi de 10-12. Os resultados indicam que a prenhez aos 16 meses, pode ser utilizada como critério de seleção com possibilidades de ganho genético na precocidade sexual das novilhas. A seleção para peso ao sobreano não levará a mudanças genéticas na precocidade sexual em fêmeas... / The objectives of this study were verify the possibility of use pregnant heifer as selection criteria and the genetic associations between this trait with weight at yearling, hip height and visual scores. Variances and covariances between the traits were estimated in order to estimate the breeding values of the animals and the response to selection. It were analyzed 30,407, 7,226, 49,901, 46,919, 46,917, 46,909 records of pregnant heifers (Pr16), hip height (ALTG), yearling weight (PES), conformation (C), finished precocity (P), musculature (M), respectively, from animals with dam known. Also, it were analyzed 12,315, 4,526, 29,789 records for Pr16, ALTG and PES, respectively, from animals with sire and dam known. The animals utilized were belonging to Agropecuária Jacarezinho Ltda, located in Valparaíso council, São Paulo state. Two-trait analyses were accomplished, being computed two independent chains of 600,000 cycles for Pr16, ALTG e PES and of 400,000 cycles for Pr16, C, P and M. For analyses of posterior distribution of heritability coefficients, the first 5,000 cycles were deleted. Flat distributions were assumed for all the (co)variance components. Initial values for heritability and genetic correlation were 0.20 and 0.30, respectively. Convergence criteria was 10-12. Heritability for pregnancy at 16 months, suggest, that this trait could be utilized as selection criteria, and response to selection will be obtained for sexual precocity of the heifers. Selection for yearling weight won t carry genetic changes in the sexual precocity of the heifers. Selection for pregnancy at 16 months of age, in long term, will carry a decrease in the size of the animals. Selection for increase visual score of conformation, finished precocity and musculature, probably, will produce a low or no response in the pregnancy of the heifers at 16 months of age.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:23:18Z : No. of bitstreams: 1 shiotsuki_l_dr_jabo.pdf: 891833 bytes, checksum: 468cbc866a6a23448e3509fe3b956096 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O sistema de acasalamento mais empregado na pecuária de corte extensiva é a monta a campo com o uso de reprodutores múltiplos. Este sistema traz diversas facilidades ao produtor, entretanto não permite a identificação da paternidade das crias, impossibilitando a comparação do desempenho reprodutivo e produtivo dos diferentes touros, o que afeta negativamente as avaliações genéticas e o progresso genético pela seleção. Objetivou-se com este trabalho comparar metodologias estatísticas que permitam considerar rotineiramente o uso da informação de acasalamentos com touros múltiplos na avaliação genética. Para tanto, foram analisados registros de ganhos de pesos pós-desmama e peso ao sobreano, mensurados em machos e fêmeas de animais da raça Nelore, nascidos no período de 1984 a 2006. Foram aplicados diferentes procedimentos estatísticos que consideram dados de animais com incerteza de paternidade na estimação de parâmetros e valores genéticos. As estimativas dos componentes de (co)variâncias genéticas e dos valores genéticos para os animais presentes no pedigree foram comparadas entre os diferentes procedimentos estatísticos. No capítulo 2, foram utilizados o modelo de paternidade desconhecida e o modelo de grupos genéticos para comparação. Verificou-se que o modelo de grupo genético, definido pelo intervalo de gerações dos machos deve ser usado para classificar e predizer o mérito genético dos filhos de reprodutores múltiplos. No capítulo 3, comparou-se o modelo com base na matriz de parentesco médio e o modelo hierárquico bayesiano (HIER) para incerteza de paternidade. Concluiu-se que o HIER é o modelo que melhor ajustou os dados para estimar os parâmetros genéticos de animais que possuem paternidade incerta. No capítulo 4, propôs-se uma aproximação do modelo hierárquico Bayesiano, usando procedimentos Bayesianos empíricos e máxima... / Multiple-sire (MS) mating is the most used mating system in extensive beef cattle systems. This system provides several conveniences to the farmers, but does not allow for paternity identification of the offspring, making impossible to compare the reproductive and productive performance of different bulls, negatively affecting the genetic evaluations and therefore the genetic progress. The aim of this work was to compare statistical approaches that allow for considering information from mating with multiple sires in genetic evaluation. Records from postweaning gain and long yearling weight, measured in males and females of Nellore animals, born from 1984 to 2006 were used. We applied different statistical approaches, which consider data from animals with uncertain paternity in the estimation of genetic parameters and values. The estimated values of the (co) variance components and breeding values for the animals in the pedigree were compared from the different statistical procedures. In chapter 2, we compared unknown parentage and genetic groups models. It was found that the genetic group model defined by the generation interval of males was more appropriate to predict the genetic merit of animals with unknown paternity. In chapter 3, we compared the model based on the use of an average numerator relationship matrix and a hierarchical Bayes model (HIER) accounting for uncertain paternity. We concluded that HIER was the best data fitting model to estimate genetic parameters of animals with uncertain paternity. In chapter 4, we proposed a Bayesian hierarchical model approximation, using empirical Bayesian procedures and maximum likelihood. The proposed model represented a computationally feasible alternative to calculate the probabilities of candidate sires and animal genetic effects on genetic evaluations of large datasets, when there are uncertainty paternity assignments for some animals

abstract: Isolation-by-distance is a specific type of spatial genetic structure that arises when parent-offspring dispersal is limited. Many natural populations exhibit localized dispersal, and as a result, individuals that are geographically near each other will tend to have greater genetic similarity than individuals that are further apart. It is important to identify isolation-by-distance because it can impact the statistical analysis of population samples and it can help us better understand evolutionary dynamics. For this dissertation I investigated several aspects of isolation-by-distance. First, I looked at how the shape of the dispersal distribution affects the observed pattern of isolation-by-distance. If, as theory predicts, the shape of the distribution has little effect, then it would be more practical to model isolation-by-distance using a simple dispersal distribution rather than replicating the complexities of more realistic distributions. Therefore, I developed an efficient algorithm to simulate dispersal based on a simple triangular distribution, and using a simulation, I confirmed that the pattern of isolation-by-distance was similar to other more realistic distributions. Second, I developed a Bayesian method to quantify isolation-by-distance using genetic data by estimating Wright’s neighborhood size parameter. I analyzed the performance of this method using simulated data and a microsatellite data set from two populations of Maritime pine, and I found that the neighborhood size estimates had good coverage and low error. Finally, one of the major consequences of isolation-by-distance is an increase in inbreeding. Plants are often particularly susceptible to inbreeding, and as a result, they have evolved many inbreeding avoidance mechanisms. Using a simulation, I determined which mechanisms are more successful at preventing inbreeding associated with isolation-by-distance. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Molecular and Cellular Biology 2015

Resumo: Os objetivos deste estudo foram verificar a possibilidade de utilização da prenhez de novilhas como critério de seleção e as possíveis associações genéticas entre esta característica e peso ao sobreano, altura na garupa e escores visuais, por meio da estimação de variâncias e covariâncias das características, de modo que possam ser utilizadas para predizer os valores genéticos dos animais e a resposta a seleção. Foram analisados 30.407, 7.226, 49.901, 46.919, 46.917, 46.909 dados para prenhez de novilhas (Pr16), altura na garupa (ALTG), peso ao sobreano (PES), conformação (C), precocidade de terminação )P) e musculatura (M), respectivamente. Também foram analisados 12.315, 4.526, 29.789 dados para Pr16, ALTG e PES, respectivamente, de animais com pai e mãe conhecidos. Os animais utilizados são provenientes do arquivo zootécnico da Agropecuária Jacarezinho Ltda, localizada mo município de Valparaíso, São Paulo. Foram realizadas analisadas bicaracaterísticas, sendo computadas duas cadeias independentes de 600.000 ciclos para Pr16, ALTG e PES e de 400.000 ciclos para Pr16, C, P e M. Foram retirados os 5.000 primeiros ciclos como período de descarte amostral. Distribuições "flat" foram assumidas para todos os componentes de (co) variâncias. Herdabilidade de 0,20 e correlação genética de 0,30 foram assumidas como valores iniciais para e entre as características. O critério de convergência foi de 10-12. Os resultados indicam que a prenhez aos 16 meses, pode ser utilizada como critério de seleção com possibilidades de ganho genético na precocidade sexual das novilhas. A seleção para peso ao sobreano não levará a mudanças genéticas na precocidade sexual em fêmeas...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objectives of this study were verify the possibility of use pregnant heifer as selection criteria and the genetic associations between this trait with weight at yearling, hip height and visual scores. Variances and covariances between the traits were estimated in order to estimate the breeding values of the animals and the response to selection. It were analyzed 30,407, 7,226, 49,901, 46,919, 46,917, 46,909 records of pregnant heifers (Pr16), hip height (ALTG), yearling weight (PES), conformation (C), finished precocity (P), musculature (M), respectively, from animals with dam known. Also, it were analyzed 12,315, 4,526, 29,789 records for Pr16, ALTG and PES, respectively, from animals with sire and dam known. The animals utilized were belonging to Agropecuária Jacarezinho Ltda, located in Valparaíso council, São Paulo state. Two-trait analyses were accomplished, being computed two independent chains of 600,000 cycles for Pr16, ALTG e PES and of 400,000 cycles for Pr16, C, P and M. For analyses of posterior distribution of heritability coefficients, the first 5,000 cycles were deleted. Flat distributions were assumed for all the (co)variance components. Initial values for heritability and genetic correlation were 0.20 and 0.30, respectively. Convergence criteria was 10-12. Heritability for pregnancy at 16 months, suggest, that this trait could be utilized as selection criteria, and response to selection will be obtained for sexual precocity of the heifers. Selection for yearling weight won’t carry genetic changes in the sexual precocity of the heifers. Selection for pregnancy at 16 months of age, in long term, will carry a decrease in the size of the animals. Selection for increase visual score of conformation, finished precocity and musculature, probably, will produce a low or no response in the pregnancy of the heifers at 16 months of age. / Orientadora: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Joanir Pereira Eler / Mestre

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Crioula horse breed is considered as a symbol of the State of Rio Grande do Sul and has considerable economic importance for the State. Originating from the Andalusian breed is considered an extremely docile and multifunctional animal, used in activities with livestock and in sport activities like polo, races and other activities. However, little is known about breeding programs in this breed. The objective of this study was to estimate the genetic trend and the heritability coefficients for the biometric and morphofunctional characteristics, height of the withers (AC), thoracic perimeter (PT), circumference of cannon bone (CC), morphology (MOR), gait proof (AND), figure proof (FIG), turns on legs and to sliding stop proof (VSPESB), separate cattle proof (MAN) and field proof (CAM), as well as the genetic correlation between them, for a population of Crioula horse breed. Informations from 350 animals (170 males and 180 females), born between the years 1989 and 2011, participants of the Freio de Ouro (golden brake) competition in the years 1998-2015 were used. To estimate the components of (co)variance an animal model and the methodology of Bayesian Inference using the Gibbs sampler method were used. The heritability coefficients for AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN and CAM were 0.42, 0.39, 0.55, 0.40, 0.37, 0.25, 0, 33, 0.38, and 0.17, respectively and suggest that is possible to obtain genetic gains through phenotypic selection for the following traits: AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB and MAN. The genetic correlation coefficients estimated ranged from -0.76 (MOR and MAN) to 0.91 (AC and CC). The negative correlation between morphology and high hose suggest that special attention must be pay at the selection process because to improve of one can promote deterioration of the other. The estimated genetic trends practically null for the biometric and morphofunctional traits studied, suggest that the genetic gain was irrelevant over the years. / O cavalo Crioulo considerado como símbolo do Rio Grande do Sul, tem considerável importância econômica para o estado. Originário da raça Andaluza é respeitado como um animal extremamente dócil e multifuncional, utilizado para montaria em cavalgadas, serviço com pecuária, Polo, Hipismo entre outras atividades. Entretanto, pouco se conhece sobre programas de melhoramento genético que venham sendo implementados nesta raça. O objetivo deste trabalho foi estimar a tendência genética e os coeficientes de herdabilidade para as características biométricas e morfofuncionais, altura da cernelha (AC), perímetro torácico (PT), circunferência de canela (CC), morfologia (MOR), andadura (AND), figura (FIG), voltas sobre patas e esbarradas (VSPESB), mangueira (MAN) e campo (CAM), bem como a correlação genética entre elas, para uma população de equinos da raça Crioula. Foram utilizadas informações de 350 animais (170 machos e 180 fêmeas), participantes das competições do Freio de Ouro nos anos de 1998 a 2015, nascidos entre os anos de 1989 e 2011 com idades entre três e doze anos. Para estimar os componentes de (co)variâncias utilizou-se a metodologia da Inferência Bayesiana através do método de amostradores de Gibbs. Os coeficientes de herdabiladade para AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN e CAM foram,0,42, 0,39, 0,55, 0,40, 0,37, 0,25, 0,33, 0,38 e 0,17, respectivamente. As estimativas de correlações genéticas estimadas variaram entre, -0,76 (MOR e MAN) e 0,91 (AC e CC). As estimativas de herdabilidade mostram que é possível obter ganhos genéticos futuros, através da seleção fenotípica das características de AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB e MAN. A correlação negativa e alta entre morfologia e mangueira mostra que se deve ter atenção ao selecionar uma das características, pois, ao melhorá-la estará logo piorando a outra. A análise da estimativa de tendências genéticas apresentou-se praticamente nula para as características biométricas e morfofuncionais estudadas, indicando que o ganho genético foi praticamente irrelevante ao longo dos anos.

É comum, em problemas de inferência bayesiana, deparar-se com uma distribuição a priori para o parâmetro de interesse, theta, que seja intratável analítica ou computacionalmente. Como a priori é uma escolha do pesquisador, tal situação ocorre por conta da intratabilidade da função de verossimilhança. Por meio de algoritmos ABC, é possível simular-se uma amostra da distribuição a posteriori, sem a utilização da verossimilhança. Neste trabalho, aplica-se o ABC no contexto de Environmental Stress Screening - ESS. ESS é um procedimento de estresse, em um processo de produção industrial, que visa evitar que peças de qualidade inferior sejam utilizadas no produto final. A partir de uma abordagem bayesiana do ESS, depara-se com uma verossimilhança (e, consequentemente, uma posteriori) intratável para o vetor de parâmetros de interesse. Utiliza-se, então, o ABC para obtenção de uma amostra da posteriori e calcula-se o tempo ótimo de duração de um futuro procedimento de estresse a partir da simulação feita. É também proposta uma generalização do problema de ESS para a situação em que existem k tipos de peças no processo de produção. Quantifica-se o problema e, novamente, aplica-se um algoritmo ABC para a obtenção de uma simulação da posteriori, bem como calcula-se o tempo ótimo de duração de um futuro teste de estresse. / In Bayesian inference problems, it is common to obtain a posterior distribution for the parameter of interest, theta, which is analytically or computationally intractable. Since the priori is chosen by the researcher, this situation arises from the intractability of the likelihood function. Through ABC algorithms it is possible to simulate a sample from the posterior distribution, without the analytical use of the likelihood function. In this work ABC is applied in the context of Environmental Stress Screening - ESS. ESS is a stress procedure, in an industrial production process, which aims to avoid low quality parts to be used in the final product. Under a Bayesian approach to ESS, an intractable likelihood (consequently, a posterior) is obtained for the paramater of interest. ABC is used to simulate a sample from the posterior and the optimal duration for a next stress procedure is calculated afterwards. A generalization of the ESS is also proposed considering that there are k types of parts in the production process. Again, ABC is used to simulate a sample from the posterior, and it is calculated the optimal duration for a next stress procedure.

Em ensaios clínicos é muito comum a ocorrência de dados longitudinais discretos. Para sua análise é necessário levar em consideração que dados observados na mesma unidade experimental ao longo do tempo possam ser correlacionados. Além dessa correlação inerente aos dados é comum ocorrer o fenômeno de superdispersão (ou sobredispersão), em que, existe uma variabilidade nos dados além daquela captada pelo modelo. Um caso que pode acarretar a superdispersão é o excesso de zeros, podendo também a superdispersão ocorrer em valores não nulos, ou ainda, em ambos os casos. Molenberghs, Verbeke e Demétrio (2007) propuseram uma classe de modelos para acomodar simultaneamente a superdispersão e a correlação em dados de contagens: modelo Poisson, modelo Poisson-gama, modelo Poisson-normal e modelo Poisson-normal-gama (ou modelo combinado). Rizzato (2011) apresentou a abordagem bayesiana para o ajuste desses modelos por meio do Método de Monte Carlo com Cadeias de Markov (MCMC). Este trabalho, para modelar a incerteza relativa aos parâmetros desses modelos, considerou a abordagem bayesiana por meio de um método determinístico para a solução de integrais, INLA (do inglês, Integrated Nested Laplace Approximations). Além dessa classe de modelos, como objetivo, foram propostos outros quatros modelos que também consideram a correlação entre medidas longitudinais e a ocorrência de superdispersão, além da ocorrência de zeros estruturais e não estruturais (amostrais): modelo Poisson inacionado de zeros (ZIP), modelo binomial negativo inacionado de zeros (ZINB), modelo Poisson inacionado de zeros - normal (ZIP-normal) e modelo binomial negativo inacionado de zeros - normal (ZINB-normal). Para ilustrar a metodologia desenvolvida, um conjunto de dados reais referentes à contagens de ataques epilépticos sofridos por pacientes portadores de epilepsia submetidos a dois tratamentos (um placebo e uma nova droga) ao longo de 27 semanas foi considerado. A seleção de modelos foi realizada utilizando-se medidas preditivas baseadas em validação cruzada. Sob essas medidas, o modelo selecionado foi o modelo ZIP-normal, sob o modelo corrente na literatura, modelo combinado. As rotinas computacionais foram implementadas no programa R e são parte deste trabalho. / Discrete and longitudinal structures naturally arise in clinical trial data. Such data are usually correlated, particularly when the observations are made within the same experimental unit over time and, thus, statistical analyses must take this situation into account. Besides this typical correlation, overdispersion is another common phenomenon in discrete data, defined as a greater observed variability than that nominated by the statistical model. The causes of overdispersion are usually related to an excess of observed zeros (zero-ination), or an excess of observed positive specific values or even both. Molenberghs, Verbeke e Demétrio (2007) have developed a class of models that encompasses both overdispersion and correlation in count data: Poisson, Poisson-gama, Poisson-normal, Poissonnormal- gama (combined model) models. A Bayesian approach was presented by Rizzato (2011) to fit these models using the Markov Chain Monte Carlo method (MCMC). In this work, a Bayesian framework was adopted as well and, in order to consider the uncertainty related to the model parameters, the Integrated Nested Laplace Approximations (INLA) method was used. Along with the models considered in Rizzato (2011), another four new models were proposed including longitudinal correlation, overdispersion and zero-ination by structural and random zeros, namely: zero-inated Poisson (ZIP), zero-inated negative binomial (ZINB), zero-inated Poisson-normal (ZIP-normal) and the zero-inated negative binomial-normal (ZINB-normal) models. In order to illustrate the developed methodology, the models were fit to a real dataset, in which the response variable was taken to be the number of epileptic events per week in each individual. These individuals were split into two groups, one taking placebo and the other taking an experimental drug, and they observed up to 27 weeks. The model selection criteria were given by different predictive measures based on cross validation. In this setting, the ZIP-normal model was selected instead the usual model in the literature (combined model). The computational routines were implemented in R language and constitute a part of this work.