Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O presente trabalho objetivou comparar, utilizando dados de um experimento de Microarray com um delineamento simples, os resultados de diferentes testes estatísticos a fim de verificar suas características na detecção de diferenças no nível de expressão dos genes. Os dados foram provenientes da South Dakota State University-EUA, do Department of Biology and Microbiology, Department of Animal Science, onde toda a parte experimental foi realizada. O material biológico envolveu quatro aves infectadas e quatro não infectadas com o vírus de bronquite infecciosa (IBV). O RNA utilizado foi extraído da camada epitelial da traquéia de animais controle e infectados com o vírus da IBV e, após a transcrição reversa foi marcado com os corantes fluorescentes (Cy3 e Cy5) e hibridizados com o microarray 13k cDNA de aves (FHCRC, Seattle, WA). A análise de dados dos resultados do experimento de microarray englobou dois estágios, sendo o primeiro denominado de Normalização, em que os dados foram pré-processados utilizando o procedimento Loess. A seguir foram realizadas as análises estatísticas propriamente ditas com testes de significância. Utilizou-se um modelo simples de ANOVA e aplicaram-se diferentes metodologias de análise. A análise das imagens revelou que dos 16192 spots em cada slide, apenas 10.926 puderam ser lidos sem defeitos no primeiro slide, 11.633 no segundo slide, 12577 no terceiro e 13.154 no quarto slide. A grande maioria dos spots em branco e controles negativos apresentou defeitos que determinaram sua eliminação. Um total de 13.597 spots foi lido no conjunto dos quatro slides, mas apenas 9.853 spots estavam representados em todos os slides. Concluiu-se que os experimentos de microarray, por tratarem de um conjunto muito grande de observações a serem analisados requerem análises estatísticas específicas. O método de Cui et al. (2005) reduziu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this research was to compare, using real data of an experiment of Microarray with a simple design, the results of different statistical tests in order to verify their characteristics in the detection of differences in the level of expression of the genes. The data were coming of South Dakota State University-EUA, of the Department of Biology and Microbiology, Department Animal of Science, where the whole experimental part was accomplished. The biological material involved four infected animals and four no infected with the virus of infectious bronchitis (IBV). Used RNA was extracted of the layer epitelial of the windpipe of animals control and infected with the virus of IBV and, after the reverse transcription it was marked with the fluorescent colors (Cy3 and Cy5) and hybridization with the microarray 13k cDNA of birds (FHCRC, Seattle, WA). The analysis of data of the results of the microarray experiment included two apprenticeships, being the first denominated of Normalization, in that the data were pre-processed using the procedure Loess. To follow the statistical analyses they were accomplished properly said through real data with significant tests. A simple model of ANOVA was used and different analysis methodologies were applied. The analysis of the images revealed that of the 16192 spots in each slide, only 10.926 could be read without defects in the first slide, 11.633 in the second slide, 12577 in the third slide and 13.154 in the fourth slide. The great majority of the spots in white and negative controls presented defects that determined it elimination. A total of 13.597 spots was read in the group of the four slides, but only 9.853 spots were represented in all of the slides. It was ended that the microarray experiments, for they treat of a very big group of observations to be analyzed request specific statistical analyses. The method of Cui et al. (2005) it reduced... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-06-06T12:02:25Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 3264478 bytes, checksum: 742da63cecf21ce169225aebd5fea82e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-06T12:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 3264478 bytes, checksum: 742da63cecf21ce169225aebd5fea82e (MD5) Previous issue date: 2016-04-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Introduction: The global warming has severe environmental impacts and reach different areas and localities, in particular the least developed countries in the tropical region. In Brazil, the regions that suffer most impacts, with such changes will be the Amazon and Northeast. With the development of modern society, it is observed that individuals are consuming much of their time indoors, so, numerous studies have sought to study environmental comfort conditions to assist in the execution of activities and maximize human performance. One of the many changes that took place is in the learning environment, which is different compared to years ago. Technological resources in the classroom have made this a more versatile environment, allowing students and teachers to interact with other institutions, providing greater flexibility in the use of tools that extend their cognitive abilities. However, these tools can both facilitate communication and versatility of teaching and learning as increase the thermal load in the environment that already suffers direct influence of the external environment. In this sense, important to investigate how it is the variables of thermal comfort affect students' performance in climate-controlled learning environments provided these technologies. Objective: We analyzed the relationship between thermal comfort and performance of students in environments with technological innovations in areas of northeastern Brazil. Materials and Methods: Data were obtained during the experiments in the two institutions classrooms (A and B) of higher education located in Northeast Brazil. The Institution A is a private university in the city of João Pessoa- PB and the institution B is a public university in city of Teresina-PI. A total of 103 students of the engineering course participated, with one session per day, per class, on three consecutive days. The air temperature through the air conditioning was adjusted to 20ºC and 24ºC; the last day and is turned off the device to try to reach the value of 30 ° C. By heat stress meter TGD400 and microclimate station Babuc A, positioned in the center of the room recorded the parameters of the thermal environment. Cognitive abilities were assessed by the five events that make up the BPR-5 instrument, broken down for the three days of the experiment. Subjective and personal variables were evaluated in accordance with ISO7730/2005, through check list (thermal resistance of clothing) and scales of 4 points (Comfort) and 7 points (Sensation and Desire). With the results and data obtained were carried out simulations using the Generalized Linear Models (GLM) to verify the relationship between thermal comfort and performance. Results: At the institution A 42,9% of the first day of collection, where the temperature was in it 21,49ºC, indicated to be feeling slightly warm environment (+1) and 51,9% said that the place was comfortable (1). The PMV index of ISO7730/2005 indicated that the room was cold, with 57% of the vote between -1,5 and -2,5. On the second day, with an average temperature was 23,24ºC, about 58,1% of the students felt the thermally neutral environment (0) and 55,4% rated it as comfortable (1). The PMV index, on the second day, indicated that the room was slightly cold, with 87,8% of the vote between -0,5 and -1,5. On the third day the mean temperature was 27,49ºC and 41,9% of the rated as hot environment (+2) and finally, 35.1% VII of the evaluated local rated as slightly uncomfortable (2). The Middle Foretold vote indicated that the room was slightly hot on the third day, with 60.8% of votes ranging from +0,5 to +1,5. The institution B, on the first day of collection whose average temperature was 20,07ºC, about 50% of students reported feeling that the environment was slightly cold (-1) and 61.5% of students rated the environment as comfortable (1). The PMV index indicated that the environment was cold with 92% of the vote results were between -1,5 and -2,5. On the second day the average temperature was 33,72ºC and 59,3% of students said they felt the warm environment (+2) and 66,7% rated it as uncomfortable (3). Regarding the PMV 100% of the frequency of the votes indicated that the environment was rated as very hot (PMV> +2.5). On the third day with the average temperature 22,95ºC, about 73,3% of the students indicated that the thermal sensation was neutral (0) and the place was rated by 96,2% of the students as comfortable (1). The PMV index showed that 88,5% of the calculated votes of the students indicated that the site was slightly cold (-0,5 <PMV <-1,5). Using Generalized Linear Models, in particular the Ordinal Regression, was observed from the data of the two institutions, the performance is linked to subjective criteria, in particular the thermal sensation and the globe temperature. It was observed that the rise globe temperature in 1 ° C increases the chance of students pass a performance range lower to a higher 34% for situations where the wind chill is indicated as very hot. Final considerations: This study showed that there is a difference between what the standard ISO7730/2005 predicts what is actually reported by students in areas of the Brazilian Northeast, ie situations where the standard indicates discomfort students report being comfortable. It was also observed that subjective variables are important factors for a good cognitive performance of students. / Introdução: O aquecimento global recente tem impactos ambientais intensos e atingirá diversas áreas e localidades, em especial, os países menos desenvolvidos situados na região tropical. No Brasil, as regiões que mais sofrerão impactos, com tais mudanças, serão a Amazônia e o Nordeste. Com o desenvolvimento da sociedade moderna, observa-se que os indivíduos estão consumindo grande parte do seu tempo em ambientes fechados, e por isso, numerosas pesquisas vêm buscando estudar condições de conforto ambiental que auxiliem na execução das atividades e maximização do desempenho humano. Uma das diversas mudanças que ocorreram, encontra-se no ambiente de ensino, o qual é diferente quando comparado ao de anos atrás. Recursos tecnológicos em sala de aula têm tornado este ambiente mais versátil, permitindo que alunos e professores interajam com outras instituições, conferindo maior flexibilidade na utilização de ferramentas que estendem suas habilidades cognitivas. Nesse sentido, torna-se importante investigar como as variáveis do conforto térmico afetam o desempenho dos alunos em ambientes de ensino climatizados providos destas tecnologias. Objetivo: Analisar a relação entre conforto térmico e o desempenho de estudantes nos ambientes com inovações tecnológicas em áreas do nordeste brasileiro. Materiais e Métodos: Os dados foram obtidos durante a realização dos experimentos nas salas de aula de duas instituições (A e B) de ensino superior localizadas no Nordeste brasileiro. A instituição A é uma universidade privada e encontra-se na cidade de João Pessoa- e a instituição B é uma universidade publica e encontra-se na cidade de Teresina. No total de 103 alunos dos cursos de exatas das duas instituições participaram, sendo uma sessão por dia, por turma, em três dias consecutivos. A temperatura do ar, através do ar condicionado, foi ajustada para 20ºC e 24ºC; no último dia desligou-se o aparelho para tentar se chegar ao valor de 30°C. Através do medidor de estresse térmico TGD400 e estação microclimática Babuc A,posicionados no centro da sala, registraram-se os parâmetros do ambiente térmico. As habilidades cognitivas foram avaliadas pelas cinco provas que compõem o instrumento do BPR-5, decomposto para os três dias de experimento. As variáveis subjetivas e pessoais foram avaliadas de acordo com ISO7730/2005, através de check list (resistência térmica das vestimentas) e escalas de 4 pontos (Conforto) e 7 pontos (Sensação e Desejo). Com os resultados e dados obtidos realizaram-se simulações através dos Modelos Lineares Generalizados (MLG) para se verificar a relação entre conforto térmico e desempenho. Resultados: Na instituição A 42,9% dos alunos no primeiro dia de coleta, onde a temperatura encontrava-se a 21,49ºC, indicaram estar sentindo o ambiente levemente quente (+1) e 51,9% avaliaram que o local estava confortável (1). O índice PMV da ISO7730/2005 indicou que o ambiente estava frio, com 57% dos votos entre -1,5 e -2,5. No segundo dia, cuja temperatura média foi de 23,24ºC, cerca de 58,1% dos alunos sentiram o ambiente termicamente neutro (0) e 55,4% classificaram-no como confortável (1). O índice PMV, no segundo dia, indicou que o ambiente estava levemente frio, com 87,8% dos votos entre -0,5 e -1,5. No terceiro dia a temperatura média foi de 27,49ºC e 41,9% dos alunos classificaram o ambiente como quente (+2) e por fim, 35,1% dos avaliados classificaram o local como levemente desconfortável (2). V O Voto Médio Predito indicou que o ambiente estava levemente quente no terceiro dia, com 60,8% dos votos variando de +0,5 a +1,5. Na instituição B, no primeiro dia de coleta cuja temperatura média foi de 20,07ºC, cerca de 50% dos estudantes indicaram sentir que o ambiente estava levemente frio (-1) e 61,5% dos alunos classificaram o ambiente como confortável (1). O índice PMV indicou que o ambiente estava frio com 92% dos resultados obtidos dos votos estavam entre -1,5 a -2,5. No segundo dia a temperatura média foi de 33,72ºC e 59,3% dos alunos afirmaram que sentiam o ambiente quente (+2) e 66,7% classificaram-no como desconfortável (3). Em relação ao PMV 100% da frequência dos votos indicaram que o ambiente foi classificado como muito quente (PMV> +2,5). No terceiro dia com a temperatura média de 22,95ºC, cerca de 73,3% dos estudantes indicaram que a sensação térmica era neutra (0) e o local foi classificado por 96,2% dos alunos como confortável (1). O índice PMV mostrou que 88,5% dos votos calculados dos alunos, indicaram que o local estava levemente frio (-0,5<PMV<-1,5). Utilizando Modelos Lineares Generalizados, em especial a Regressão Linear Ordinal, observou-se através dos dados das duas instituições, que o desempenho está ligado aos parâmetros subjetivos, em especial a sensação térmica e a temperatura de globo. Foi observado que ao se elevar a temperatura de globo em 1ºC aumenta-se a chance dos estudantes passarem de uma faixa de desempenho inferior para uma superior em 34%, para situações onde a sensação térmica é indicada como muito quente. Considerações finais: Este estudo mostrou que existe uma diferença entre o que a norma ISO7730/2005 prediz com o que realmente é relatado pelos estudantes, de áreas da região do nordeste brasileiro, ou seja, situações em que a norma indica desconforto os estudantes relatam estar confortáveis. Observou-se também que as variáveis subjetivas são fatores importantes para um bom desempenho cognitivo dos estudantes.

The objective of this project is to link the statistical theory used in the ecological sciences with an actual project that was developed for the South African National Parks Scientific Services. It investigates the changes that have occurred in the herbaceous and woody structure due to the closure of artificial waterpoints; including the impacts that elephants and other herbivores have on the vegetation of the Kruger National Park. This project was designed in conjunction with South African National Parks (SANP) Scientific Services and it is a registered project with this department. The results of this project will be submitted to Scientific Services in accordance with the terms and conditions of a SANP research project. A major concern within the KNP is the declining numbers of rare antelope and numerous projects have been developed to investigate possible ways of halting this decline and thus protecting the heterogeneity of the Kruger National Park. Three different datasets were investigated, covering three aspects of vegetation structure and composition within the KNP. The first investigated the changes that have occurred since the N'washitsumbe enclosure in the Far Northern KNP was fenced off from the rest of the park. The results show that over the 40 years since the enclosure was built, changes have occurred which have resulted in a significant difference in the abundance of Increaser 2 and Decreaser grass species between the inside and the outside of the enclosure. Increaser 2 and Decreaser categories are the result of a grass species classification depending on whether the species thrives or is depressed by heavy grazing. The difference in grass species composition and structure between the inside and the outside of the enclosure indicates that the grazing animals within the KNP have influenced the grass composition in a way that favours the dominant animals. This has resulted in a declining roan antelope population - one of the species that is considered as a 'rare antelope'. Many artificial waterpoints (boreholes and dams) have also been closed throughout the KNP in the hope of resulting in a change in vegetation structure and composition in favour of the roan. Veld condition assessment data for 87 boreholes throughout the Park was analyzed to determine whether the veld in the vicinity is beginning to change towards a more Decreaser dominated sward which would favour the roan. The results were analyzed for the different regions of the Park; and they indicate that changes are becoming evident; however, the results are not particularly conclusive, yet. The majority of the boreholes were closed between 1994 and 1998 which means that not a lot of data were available to be analyzed. A similar study conducted in another 10 years time might reveal more meaningful results. However the results are moving in the direction hoped for by the management of the KNP. The results show that the grass composition has a higher proportion of Decreaser grasses since the closure of the waterpoints, and the grass biomass around these areas has also improved. The results were analyzed on an individual basis; and then on a regional basis as the minimal data meant that the individual analyses did not provide any significant results. A third study was then done on the impact that the rapidly increasing elephant population on the vegetation within the Riparian zone along three rivers in the Far Northern region of the KNP. The riparian zone is an important part of the landscape, in terms of providing food for many animals as well as shade. The elephant population has increased substantially since the termination of the culling program and this means that the feeding requirements of the population has increased which could result in severe damage upon the vegetation, as elephants can be very destructive feeders. The results show surprising differences between the three years of data that were analyzed; however the results indicate that the elephants are targeting specific height ranges of trees when feeding; however they do not seem to consistently target specific tree species. This is positive for the diversity of the Riparian zone as this region is very important both ecologically and aesthetically for the tourists who visit the Park.

Submitted by anderson silva (amoriya@hotmail.com) on 2016-02-19T19:41:50Z No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) / Approved for entry into archive by Renata de Souza Nascimento (renata.souza@fgv.br) on 2016-02-23T16:25:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-23T20:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) Previous issue date: 2016-01-29 / O presente trabalho tem como objetivo avaliar a capacidade preditiva de modelos econométricos de séries de tempo baseados em indicadores macroeconômicos na previsão da inflação brasileira (IPCA). Os modelos serão ajustados utilizando dados dentro da amostra e suas projeções ex-post serão acumuladas de um a doze meses à frente. As previsões serão comparadas a de modelos univariados como autoregressivo de primeira ordem - AR(1) - que nesse estudo será o benchmark escolhido. O período da amostra vai de janeiro de 2000 até agosto de 2015 para ajuste dos modelos e posterior avaliação. Ao todo foram avaliadas 1170 diferentes variáveis econômicas a cada período a ser projetado, procurando o melhor conjunto preditores para cada ponto no tempo. Utilizou-se o algoritmo Autometrics para a seleção de modelos. A comparação dos modelos foi feita através do Model Confidence Set desenvolvido por Hansen, Lunde e Nason (2010). Os resultados obtidos nesse ensaio apontam evidências de ganhos de desempenho dos modelos multivariados para períodos posteriores a 1 passo à frente. / The present work has aim to evaluate the superior predictions capabilities of econometrics time series models based on macroeconomics indicators for Brazilian inflation (IPCA). The models were adjusted in sample and the ex-post prediction are accumulating in one to twelve steps ahead. The forecasts will be compared with univariate models like first order autoregressive - AR (1) that is the chosen benchmark. The period of the sample goes through January 2000 to August 2015 for model adjustment and evaluation. It was evaluate over 1170 different economic variable for each forecast period, searching for the best predictor set for each point in time. It was used Autometrics to model selection. The models were compared the Model Confident Set, developed by Hansen, Lunde and Nason (2010). The results founded in this essay evidences gain of accuracy for one-step ahead.

Em vista das mudanças ambientais em nível global, disponibilizar informações ecológicas e buscar uma melhor compreensão dos fatores e processos que moldam a distribuição de espécies, é uma iniciativa importante para o planejamento de ações de conservação. Neste contexto, a importância e carência de informações sobre a distribuição geográficas das espécies nos motivaram a predizer a distribuição potencial de arbustos e árvores das famílias Lauraceae e Myrtaceae na Floresta Atlântica, no sul do Brasil. Modelos lineares generalizados (GLM) foram usados para ajustar modelos preditivos com os registros de ocorrência de 88 espécies em função de variáveis ambientais. As variáveis preditoras foram selecionadas com base no menor critério de informação de Akaike corrigido. Nós avaliamos o desempenho dos modelos usando o método de validação cruzada (10-fold) para calcular a habilidade estatística verdadeira (TSS) e a área sob a curva característica do operador receptor (AUC). Nós usamos GLM para testar a influência da área de ocorrência estimada, do número de registros das espécies e da complexidade dos modelos sobre a TSS e a AUC. Nossos resultados mostraram que as variáveis climáticas governam amplamente a distribuição de espécies, mas as variáveis que captam as variações ambientais locais são relativamente importantes na área de estudo. A TSS foi significativamente influenciada pelo número de registros e complexidade dos modelos, enquanto a AUC sofreu com o efeito de todos os três fatores avaliados. A interação entre estes fatores é uma questão importante e a ser considerada em novas avaliações sobre ambas medidas e com diferentes técnicas de modelagem. Nossos resultados também mostraram que as distribuições de algumas espécies foram superestimadas e outras corresponderam bem com a ocorrência por nós conhecida. Efetivamente nossos resultados têm fundamentos para embasar novos levantamentos de campo, a avaliação de áreas prioritárias e planos de conservação, além de inferências dos efeitos de mudanças ambientais sobre as espécies da Mata Atlântica. / In view of environmental change on a global level, providing ecological information and getting a better understanding of the factors and processes that shape species distribution is an important initiative for planning conservation actions. In this context, the importance and lack of information about the geographical distribution of species motivated us to predict the potential species distribution of shrubs and trees of the family Lauraceae and Myrtaceae, in the Atlantic Forest in southern Brazil. Generalized linear models (GLM) were used to fit predictive models with records of occurrence of 88 species according to environmental variables. Predictor variables were selected based on the lowest corrected Akaike information criterion. We evaluate the performance of the models using the method of cross-validation (10-fold) to calculate the true skill statistic (TSS) and area under the receiver operator characteristic curve (AUC). We used GLM to test the influence of the area of occurrence estimated, the number of records of the species and the complexity of the models on the TSS and AUC. Our results show that climatic variables largely govern the distribution of species, but the variables that capture the local environmental variations are relatively important in the study area. The TSS was significantly influenced by the number of records and complexity of models while the AUC suffered from the effect of all three evaluated factors. The interaction between these factors is an important issue and be considered for new reviews on both measures and with different modeling techniques. Our results also showed that the distributions of some species were overestimated and other corresponded well with the occurrence known to us. Indeed our results have foundations to support new field surveys, assessment of priority areas and conservation plans, and inferences of the effects of environmental change on species of the Atlantic Forest.

DNA methylation is an important epigenetic mark spanning all of life's kingdoms. In humans, DNA methylation has been associated with a wide range of age-related pathologies, including type II diabetes and cancer. More recently, in humans, changes in DNA methylation at specific positions in the genome have been found to be predictive of chronological age. Interestingly, DNA methylation age is also predictive of health status and time-to-death. A better understanding of what these DNA methylation changes represent and whether they might be causative in the ageing process will be important to ascertain. However, at present there is no animal model system with which this process can be studied at a mechanistic level. Furthermore, it is becoming increasingly apparent that many disease states that increase in prevalence with age are not caused by all cells within the individual, but are often the result of changes to a subset of cells. This underscores the importance of studying these processes at the single cell level. The recent advances in single cell sequencing approaches now mean that we can study multiple layers of biology within the same single cell, such as the epigenome and the transcriptome (scM&T-Seq). Unfortunately, we are still only able to probe these important aspects of single cell biology in a static sense. This is a major limitation in the study of ageing because ageing and age-related disease processes are inherently dynamic. As such, it is incumbent upon us to develop approaches to assay single cell biology in a dynamic manner. 
In this thesis, I describe an epigenetic age predictor in the mouse. This predictor is tissue-independent and can accurately predict age (with an error of 3.33 weeks) and can record deviations in biological age upon interventions including ovariectomy and high fat diet both of which are known to reduce lifespan. Next, I describe the analysis of a homogeneous population of muscle satellite cells (MuSCs) that I have interrogated at the single cell level, using single cell combined transcriptome and methylome sequencing (scM&T-seq). I found that with age there was increased global transcriptional variability and increased feature-specific methylome variability. These findings explain the loss of functionality of these cells with age. Lastly, I describe two imaging approaches to study DNA methylation dynamically in single cells. Using these methods, I demonstrate that it is possible to accurately determine methylation status across a wide spectrum of global methylation levels and that by using such approaches novel information about dynamic methylation processes can be obtained. These methods represent the first to study DNA methylation dynamically.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:04:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5021.pdf: 1591649 bytes, checksum: 6798e65e3b572fcfe760f083f660ff50 (MD5) Previous issue date: 2013-04-05 / Financiadora de Estudos e Projetos / We know that statistic modeling by regression had a stronger impulse since generalized linear models (GLMs) development in 70 decade beginning of the XX century, proposed by Nelder e Wedderburn (1972). GLMs theory can be interpret like a traditional linear regression model generalization, where outcomes don't need necessary to assume a normal distribution, that is, any distribution belong to exponential distributions family. In binary logistic regression case, however, in many practice situations the outcomes response is originally from a discrete or continuous distribution, that is, the outcomes response has an original distribution that is not Bernoulli distribution and, although, because some purpose this variable was later dicothomized by an arbitrary cut of point C. In this work we propose a regression models family with original outcomes information, whose probability distribution or density function probability belong to exponential family. We present the models construction and development to each class, incorporating the original distribution outcomes response information. The proposed models are an extension of Suissa (1991) and Suissa and Blais (1995) works which present methods of estimating the risk of an event de_ned in a sample subspace of a continuous outcome variable. Simulation studies are presented in order to illustrate the performance of the developed methodology. For original normal outcomes we considered logistic, exponential, geometric, Poisson and lognormal models. For original exponential outcomes we considered logistic, normal, geometric, Poisson and lognormal models. In contribution to Suissa and Blais (1995) works we attribute two discrete outcomes for binary model, geometric and Poisson, and we also considered a normal distributions with multiplicative heteroscedastic structures continuous outcomes. In supplement we also propose the binary model with inated power series distributions outcomes considering a sample subspace of a zero inated geometric outcomes. We do several artificial data studies comparing the model of original distribution information regression model with usual regression model. Simulation studies are presented in order to illustrate the performance of the developed methodology. A real data set is analyzed by using the proposed models. Assuming a correct speci_ed distribution, the incorporation of this information about outcome response in the model produces more eficient likelihood estimates. / É sabido que a área de modelagem estatística por regressão sofreu um grande impulso desde o desenvolvimento dos modelos lineares generalizados (MLGs) no início da década de 70 do Século XX, propostos por Nelder e Wedderburn (1972). A teoria dos MLGs pode ser interpretada como uma generalização do modelo de regressão linear tradicional, em que a variável resposta não precisa necessariamente assumir a distribuição normal, e sim, qualquer distribuição pertencente à família exponencial de distribuições. Em algumas situações, porém, a distribuição da variável resposta Se originalmente fruto de uma outra distribuição discreta ou contínua, ou seja, a variável resposta tem uma distribuição original que não Se a usualmente considerada. Um exemplo desta situação Se a dicotomização de uma variável discreta ou contínua por meio de um ponto de corte arbitrário. Além disso, a variável resposta pode estar relacionada, de alguma forma, com uma outra variável de interesse. Nesse trabalho propomos uma família de modelos de regressão com a informação da variável resposta original, cuja distribuição de probabilidades ou função densidade de probabilidade pertence à família exponencial. O modelo de regressão logística com resposta normal e log-normal desenvolvido por Suissa e Blais (1995) Se apresentado como caso particular dos modelos de regressão com resposta de origem. Para a resposta de origem normal consideramos os modelos logístico, exponencial, geométrico, Poisson e log-normal. Para a resposta de origem exponencial consideramos os modelos logístico, normal, geométrico, Poisson e log-normal. Em contribuição ao trabalho de Suissa e Blais atribuímos duas respostas discretas ao modelo logístico, geométrico e de Poisson, e também consideramos uma resposta contínua normal com estrutura heteroscedástica. Adicionalmente, propomos também o modelo logístico com resposta pertencente à classe de distribuições séries de potências inflacionadas considerando o caso particular da resposta geométrica zero inflacionada. Realizamos vários estudos com dados artificiais comparando o modelo de regressão proposto com a informação da distribuição de origem e o modelo de regressão usual. Dois conjuntos de dados reais também são considerados. Assumindo uma distribuição corretamente especificada, o modelo produz estimativas de máxima verossimilhança mais eficientes e estimativas intervalares mais precisas para os coeficientes de regressão.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-07-27T16:10:22Z No. of bitstreams: 1 FABIANA UCHÔA BARROS - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2011..pdf: 444205 bytes, checksum: dd1ada684703bcb400e631c5f044668b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T16:10:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FABIANA UCHÔA BARROS - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2011..pdf: 444205 bytes, checksum: dd1ada684703bcb400e631c5f044668b (MD5) Previous issue date: 2011-12 / Capes / Com base na expressão de Pace e Salvan (1997 pág. 30), obtivemos a matriz de covariâncias de segunda ordem dos estimadores de máxima verossimilhança corrigidos pelo viés de ordem n−1 em modelos lineares generalizados, considerando o parâmetro de dispersão desconhecido, porém o mesmo para todas as observações. A partir dessa matriz, realizamos modi cações no teste de Wald. Os resultados obtidos foram avaliados através de estudos de simulação de Monte Carlo. / Based on the expression of Pace and Salvan (1997 pág. 30), we obtained the second order covariance matrix of the of the maximum likelihood estimators corrected for bias of order n−1in generalized linear models, considering that the dispersion parameter is the same although unknown for all observations. From this matrix, we made modi cations to the Wald test. The results were evaluated through simulation studies of Monte Carlo.

Submitted by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-03-02T15:47:42Z No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Merik Rocha Silva.pdf: 906319 bytes, checksum: cdabe1d5bf2be64c1bdf695157237bfe (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-03-03T11:59:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Merik Rocha Silva.pdf: 906319 bytes, checksum: cdabe1d5bf2be64c1bdf695157237bfe (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-03T11:59:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Merik Rocha Silva.pdf: 906319 bytes, checksum: cdabe1d5bf2be64c1bdf695157237bfe (MD5) Previous issue date: 2015-03-20 / Objetivou-se avaliar modelos de regressão não linear utilizando as funções de Brody, Gompertz, Logístico, Morgan-Mercer-Flodin (MMF), Richards e von Bertalanffy na análise e interpretação da curva de crescimento de codornas de corte. Foram utilizados 30.410 registros de peso corporal, mensurados aos 1, 7, 14, 21, 28, 35 e 42 dias de idade de codornas de corte machos e fêmeas, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri (UFVJM). Os modelos foram utilizados sob o enfoque de modelos fixos e também sob enfoque de modelos mistos. Dentre as funções utilizadas a de Brody não convergiu satisfatoriamente. Considerando modelos fixos e com base nos Critérios de Informação de Aikake (AIC) e Bayesiano (BIC) foi identificado o modelo de Gompertz como mais ajustado. Ao considerar o peso corporal assintótico, denominado parâmetro “A”; como aleatório, os modelos Gompertz, Logístico, MMF e von Bertalanffy apresentaram redução nas estimativas de desvio-padrão residual e melhores estimativas para AIC e BIC. Ao considerar o parâmetro “K” como aleatório, somente Richards apresentou convergência; e nenhum dos modelos apresentou convergência tendo A e K, simultaneamente como aleatórios. Entre os modelos mistos, Richards apresentou os menores valores de AIC e BIC, porém com problemas na matriz Hessiana, que resultou na estimação de parâmetros inutilizáveis, provavelmente devido a multicolinearidade entre parâmetros. Assim, o uso de modelos não-lineares mistos provocou redução do viés de predição com a redução do desvio-padrão residual, sendo o modelo MMF o mais apropriado para a descrição da curva de crescimento das codornas de corte. / Non-linear regression models were evaluated with Brody, Gompertz, Logistic, MorganMercer-Flodin (MMF), Richards and von Bertalanffy functions in the analysis and interpretation of the growth curve for broiler quails. Further, 30,410 body weight registers were used at 1, 7, 14, 21, 28, 35 and 42 days old of male and female quails for the Genetic Improvement Program of the Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri (UFVJM). Models comprised fixed and mixed modalities. Brody function failed to converge efficiently, whereas the Gompertz model proved to be the most adjusted when fixed models based on Aikake (AIC) and Bayesian (BIC) Information Criteria were taken into consideration. When the asymptotic body weight, called parameter A, is randomized, the Gompertz, Logístico, MMF and von Bertalanffy models had a decrease in residual standard deviation estimates and an increase for AIC and BIC. In the case of randomized parameter K, only Richards function converged, whilst no model converged with A and K simultaneously randomized. Richards had the lowest AIC and BIC rates among the mixed models, featuring problems in the Hessian matrix resulting in the estimation of unusable parameters, perhaps due to the multi-co-linearity among the parameters. Mixed non-linear models reduced prediction bias when the residual standard deviation was reduced. The MMF model fitted best to describe the growth curve of broiler quails.

O número de projetos de restauração de ecossistemas florestais no Brasil aumentou nas últimas décadas e, consequentemente, aumentaram as exigências na avaliação e na busca por indicadores de sucesso. Apesar dos avanços na ecologia da restauração, existem lacunas no conhecimento em relação ao funcionamento e à autossustentabilidade dos ecossistemas restaurados. Esta pesquisa teve o objetivo de responder às seguintes questões: (1) É possível detectar padrões nos atributos de riqueza, estrutura e grupos funcionais nas matas ciliares nativas da Floresta Estacional Semidecidual (FES), que podem ser utilizados como metas da restauração florestal nesta região? (2) Quais as variáveis de biodiversidade, estrutura florestal e grupos funcionais, nas áreas restauradas, que seguem trajetórias previsíveis com o tempo? (3) Quanto tempo é necessário para que estas variáveis atinjam os valores de referência das matas ciliares nativas? (4) Quais são os fatores bióticos, abióticos, de técnica de plantio e de manutenção pós-plantio que influenciam nas trajetórias das matas ciliares restauradas? O estudo foi desenvolvido em região de FES, onde amostramos quatro matas nativas (referências) e 26 plantios de restauração, com idade entre quatro e 53 anos, que utilizamos para modelar as trajetórias em cronoseqüência. Em cada área, dez parcelas de 100 \'M POT.2\' foram aleatoriamente distribuídas, dentro de uma faixa de até 50 m de largura a partir da margem. Identificamos e contabilizamos os indivíduos de espécies arbóreas e arbustivas, plantadas ou regenerantes, a partir de 50 cm de altura e os agrupamos em três classes de tamanho segundo o diâmetro à altura do peito (DAP): DAP < 1 cm, 1 cm \'< ou =\' DAP < 5 cm e DAP \'> ou =\' 5 cm. Na classe de maior tamanho registramos o DAP e estimamos a altura de cada indivíduo. Classificamos as espécies de acordo com a sua síndrome de dispersão, ritmo de crescimento, tolerância à sombra, capacidade de fixar N, grau de ameaça e raridade. Para cada parcela, medimos a abertura do dossel, contabilizamos o número de lianas, pteridófitas e árvores com epífitas e coletamos uma amostra de solo, para formar uma amostra composta para cada local de estudo. Calculamos a biomassa acima do solo para árvores com DAP \'> ou =\' 5 cm, a riqueza total estimada por Jackknife e a riqueza rarefeita para 100 indivíduos. Por meio de entrevistas, observações em campo e análises da paisagem, obtivemos dados representativos de fatores abióticos, bióticos e de manejo que poderiam influenciar as trajetórias das comunidades arbóreas restauradas. Modelamos a trajetória de cada variável relativa à comunidade arbustivo-arbórea em função do tempo e estimamos o tempo que será necessário para igualar os ecossistemas de referência para cada variável. Entre as variáveis analisadas, selecionamos, como indicadores para monitoramento da evolução e sustentabilidade do ecossistema restaurado, as que fossem mais previsíveis (melhor qualidade dos modelos) e que representassem processos ecológicos mais relevantes. Os atributos que não variaram entre florestas nativas e que puderam ser utilizados como referência foram: riqueza observada, riqueza estimada para 100 indivíduos com DAP \'> ou =\' 5 cm, riqueza estimada por Jackknife para indivíduos com DAP \'> ou =\' 1 cm, densidade de indivíduos com DAP \'> ou =\' 1 cm, área basal, biomassa, cobertura de copas, proporção de indivíduos tolerantes à sombra e proporções de espécies zoocóricas, de crescimento lento, tolerantes à sombra, fixadoras de nitrogênio e de distribuição rara. No geral, as trajetórias foram mais bem ajustadas aos modelos logarítmicos, mas a riqueza de regenerantes de maior tamanho (DAP \'> ou =\' 5) ajustou-se melhor ao modelo linear. A riqueza nesta classe de tamanho não atingiu o nível de regenerantes dos ecossistemas de referência no período estudado. As trajetórias seguiram padrões semelhantes, independentes das técnicas de plantio ou do número de espécies plantadas. Variáveis de estrutura florestal foram homogêneas entre as matas nativas. Nos plantios, são facilmente medidas e evoluem rapidamente. Assim, metas da restauração podem ser estabelecidas com base nos parâmetros estruturais das matas nativas e tais variáveis seriam bons indicadores inclusive em plantios de restauração mais jovens. As variáveis que tendem a alcançar mais rapidamente os valores de referência são: área basal (12 anos), biomassa (13 anos), altura média das maiores árvores (26 anos), cobertura de gramíneas (33 anos), cobertura de copas (35 anos), riqueza de regenerantes com DAP \'> ou =\' 1 cm (52 anos), densidade de regenerantes com DAP \'> ou =\' 1 cm (52 anos) e riqueza total (53 anos). A área basal e a biomassa ultrapassaram em muito os valores de referência, o que pode indicar um filtro restritivo para a regeneração natural, caso a densidade dos indivíduos na classe de maior tamanho (geralmente plantados) não diminua naturalmente com o tempo. Para alguns grupos de espécies (zoocóricas, fixadoras de N, espécies raras e ameaçadas), as proporções em termos de riqueza e de densidade não apresentaram trajetórias previsíveis, mas algumas matas ciliares restauradas atingiram e ultrapassam os valores de referência. Excluímos o fator idade para identificar os fatores que influenciaram as trajetórias das variáveis selecionadas como indicadores, calculando um índice de sucesso (proporção entre o dado observado em cada local e o estimado para a mesma variável com base no modelo). Entre as seis variáveis selecionadas como indicadores, uma foi influenciada somente pela distância de fragmento-fonte (riqueza de regenerantes com DAP \'> ou =\' 5) e outra apena pela proporção de partículas finas no solo (área basal). Apesar da proporção do terreno ocupada por gramíneas não influenciar nas trajetórias, o controle da mato-competição com herbicida resultou em maiores valores de riqueza de plantas em regeneração. Independentemente das técnicas de plantio e dos tipos de manejo dos projetos de restauração, a estrutura florestal e os processos funcionais dos ecossistemas restaurados tendem a se tornar mais semelhantes aos ecossistemas de referência com o tempo, desde que haja fontes de propágulos e disponibilidade de água e nutrientes no solo. Os resultados obtidos apontam para uma influência muito pequena ou nula das técnicas de plantio e manejo, se comparados com a influência dos fatores ambientais e da paisagem sobre as trajetórias das matas ciliares em restauração. / A remarkable increase in the number of forest restoration projects has been recorded in Brazil in the last decade. As a consequence of this increase, the demand for monitoring and indicators of restoration success has also increased. Despite the advances in restoration ecology, there are still gaps in knowledge about the functioning and self-sustainability of restored ecosystems. In order to fill some of these gaps, in this study we aimed at to answer the following questions: (1) Are there patterns in the attributes of richness, structure, and functional groups on the native riparian Seasonally Semideciduous Forest (SSF), which may be used as goals to forest restoration in this region? (2) What are the variables representing biodiversity, forest structure and functional groups in the restored areas, which follow predictable paths over time? (3) How long it takes for these variables to achieve the reference values of native riparian forests? (4) Among the biotic, abiotic and technical factors analyzed, which can be considered as drivers of the successional trajectories of the restored forests? We assessed four native forests (as references) and 26 restored forests in the SSF region (a sub-type of the Atlantic Forest) in a chronosequence from four to 53 years since planting. At each site, the sample area comprised ten plots of 100 \'M POT.2\' randomly distributed within a range of 50 m away from the margin. We identified and counted all individuals of tree and shrub species from 50 cm in height, planted or regenerating, categorized in three size classes according to diameter at breast height (DBH): DBH < 1 cm, 1 cm \'< ou =\' DBH < 5 cm DBH \'> ou =\' 5 cm. We measured DBH and estimated the height of each individual from the upper class. We categorized the species according to their dispersion syndrome, growth rate, shade tolerance, Nitrogen-fixing ability, degree of threaten, and rarity. For each plot, we measured the canopy openness, and recorded the number of lianas, pteridophytes and number of trees with epiphytes. We also collected composite soil samples for chemical and physical analyses, from each study site. We estimated the aboveground biomass for trees with DBH \'> ou =\' 5 cm, total richness and richness rarefied to 100 individuals. By interviews, field observations, and landscape studies, we obtained information on other ecological factors and management practices that could affect the paths of the restored plant communities. We modeled the trajectory of each variable of the plant community over time, and estimated the period of time required for the restored forests to reach the reference ecosystems. Amongst the analyzed variables, we selected as indicators for monitoring the evolution and sustainability of the restored ecosystem those that were more predictable (best quality models) and that represent the most relevant ecological processes. The attributes that did not change among the native forests and could be used as references were: observed richness, estimated richness for 100 individuals with DBH \'> ou =\' 5 cm, total richness estimated by Jackknife DBH \'> ou =\' 1 cm, density DBH \'> ou =\' 1 cm, basal area, biomass, canopy cover, proportion of shade-tolerant individuals, and proportion of zoochoric species, slow growing, shade tolerant, nitrogen fixers, and rare distribution. Overall, the trajectories were best fitted to the logarithmic models, but richness (DBH \'> ou =\' 5 cm) was better adjusted to the linear model. In the upper size class, richness did not reach the \"species pool\" of the reference ecosystems in the 53 years period analyzed. The trajectories followed similar patterns, regardless of the planting techniques or the number of planted species. Variables representing forest structure were similar among the native forests and quickly recovered in comparison to those related to biodiversity. Thus, the restoration goals can be established based on native forests parameters and such variables would be good indicators even in young restoration plantings. The variables reaching more quickly the reference values were: basal area (12 years), biomass (13 years), average height of the largest trees (26 years), grass cover (33 years), canopy cover (35 years), richness of regenerants with DBH \'> ou =\' 1 cm (52 years), density of regenerants with DBH 1 cm (52 years), and total richness (53 years). The basal area and biomass greatly exceeded the reference values, which may indicate a restrictive filter for the forest dynamics if the density of individuals in the upper class (most planted) does not decrease naturally over time. For some functional groups (zoochoric, N-fixing, rare, and endangered species), the proportions of species and relative densities did not follow predictable trajectories, but some of the restored riparian areas reached and exceeded the reference values. In order to identify the factors driving the paths of the variables selected as indicators, we excluded the age factor, calculating an index of success (the ratio between observed and estimated values for the variable, the first directly measured for each site and the last obtained by the linear models). Among the six variables selected as indicators, some were influenced only by the distance of the source fragment (seedling richness of DBH \'> ou =\' 5 cm) and others only by the proportion of fine particles in the soil (basal area). While the ground cover by grasses does not influence the trajectories, weed control with herbicides resulted in higher plant richness in regeneration. Regardless of planting techniques and management practices, the forest structure and functional processes of restored ecosystems tend to become more similar to reference ecosystems over time, as long as there are propagule sources in the vicinity and availability of soil water and nutrients. Our findings pointed to a weak, if any, effect from the planting techniques or management and a high influence of environmental and landscape factors on the trajectories of a riparian forest restoration.