[pt] O presente trabalho apresenta os resultados de uma pesquisa realizada entre estudantes e egressos dos Cursos de Licenciatura em Biologia de duas instituições de ensino superior de Belém, o Centro Universitário do Pará (CESUPA) e a Universidade Federal do Pará (UFPA), e buscou responder a seguinte questão: Como se escolhe ou como se é escolhido para ser professor de Biologia? E teve como objetivos: traçar um perfil do Curso de Licenciatura em Biologia; analisar as condições e representações subjacentes à opção pela carreira docente entre os estudantes e egressos. Para que esses objetivos fossem alcançados desenvolveu-se uma pesquisa de campo entre estudantes ingressantes e concluintes dos cursos de Biologia de ambas as instituições e uma análise apenas exploratória com egressos desses mesmos cursos sugerindo a continuidade deste tipo de pesquisa. Os resultados obtidos foram analisados a partir do diálogo com autores das áreas de sociologia da educação, formação de professores e escolhas profissionais. Tais análises indicam que tanto a escolha do curso, quanto a opção pela carreira docente apresentam-se como vias alternativas de acesso ao ensino superior e ao mercado de trabalho, frente às limitações impostas pela concorrência nos vestibulares para cursos de maior prestígio, assim como pelo próprio mercado de trabalho. / [en] This paper presents the results of a survey conducted among students and graduates of the Degree Course in Biology from two institutions of higher education in Belém, the Centro Universitário do Pará (CESUPA) and the Universidade Federal do Pará (UFPA), and sought to answer the following question: How do you choose or how you are chosen to be a biology teacher? And had as objective: to draw a profile of the Degree Course in Biology; analyze the underlying conditions and representations to opt for teaching profession among students and graduates. To achieve these objectives a field research was developed among students entering and graduating from courses of biology at both institutions and an analysis only exploratory with graduates of such courses suggesting continuity of this type of research. The results were analyzed through the dialogue with authors in the areas of sociology of education, teacher training and career choices. These analysis indicates that such the choice of the course, as the choice of teaching career are presented as alternative forms of access to higher education and the labor market, due to the limitations imposed by competition in college entrance exams for courses of higher prestige, as well as by the labor market itself.

[pt] Com o proclamado fim do historicismo iluminista, a História começa a adentrar o campo epistemológico do espaço. Isto nota-se pelo alvorecer das comunicações em rede, pelas narrativas ecológicas, em suma, pelo obnubilamento do futuro e uma dilatação do presente, segundo Hans Ulrich Gumbrecht. Desta forma, o fio argumentativo da tese consiste em apresentar uma espacialidade radicada na origem da linguagem, contemplando a questão simbólica na Morphologie de J.W. Goethe, a linguística formativa de W. von Humboldt e os desdobramentos românticos a uma fenomenologia da linguagem do século XX, orbitando sobretudo ao redor das contribuições de Andre Leroi-Gouhran e do biólogo Humberto Maturana. / [en] With the proclaimed end of Enlightenment historicism, History begins to enter the epistemological field of space. This is notable for the dawn of network communications, the ecological narratives, in short, the clouding of the future and the dilation of the present, according to Hans Ulrich Gumbrecht. Thus, the argumentative thread of the thesis consists in presenting a spatiality rooted in the origin of language, contemplating the symbolic question in J.W. Goethe s Morphologie; W. von Humboldt s formative linguistics; and the romantic developments in a twentieth-century phenomenology of language, orbiting mainly around the contributions of Andre Leroi-Gouhran and biologist Humberto Maturana.

[pt] Esta pesquisa teve como objetivo investigar aspectos relevantes para a relação que os adolescentes estabelecem com a música, na esteira das discussões que a Lei 11.769, de 2008, vem provocando ao retornar o ensino obrigatório de música ao currículo escolar. Tendo como arcabouço teórico estudos ligados à Biologia e às Ciências Sociais, a investigação foi realizada com 89 adolescentes, com idade entre 10 e 16 anos, distribuídos por 7 grupos de discussão, constituídos de modos distintos: um dos grupos foi formado de maneira independente, por indicação de um professor de violão, dois grupos foram formados por alunos de uma escola particular e quatro grupos formados em um colégio federal. Para a realização dos grupos de discussão, enquanto recurso metodológico, optou-se pelas seguintes atividades: um jogo com temas relativos à música com a intenção de deixar os jovens mais à vontade e obter um levantamento prévio sobre o universo musical dos mesmos; o preenchimento de fichas com o nome, idade, as músicas, bandas e intérpretes favoritos, e os instrumentos musicais que tocam; e, em seguida, uma conversa sobre a relação daqueles jovens com a música. Na análise das atividades desenvolvidas nos grupos de discussão, foi possível levantar aspectos que tornam a música mais ou menos atraente para esses jovens – apesar da dificuldade em separar os aspectos sonoros daqueles extrínsecos à música –, bem como as funções que a música tem no cotidiano desses adolescentes. A pesquisa também procurou identificar o modo como a música chega até os jovens, passando pelas mídias utilizadas e pelas influências recebidas da família, dos amigos e dos professores. Constatou-se, ainda, o quanto esses jovens diferenciam as funções que estilos musicais diversos têm no seu cotidiano e que proveito tiram dos diferentes estados emocionais que a música é capaz de induzir. / [en] This research aimed to investigate relevant aspects of the relationship that teenagers have with the music, in the wake of the Law 11,769, 2008, has led to return the mandatory teaching music to the school curriculum. Using the theoretical background studies related to biology and the social sciences, research was conducted with 89 adolescents between the ages of 10 and 16, over 7 discussion groups, made up of distinct categories: one group was formed independently, as selected by a guitar teacher, two groups were formed by students of a private school and four groups formed in a federal school. For the conducting of discussion groups, as a methodological resource, we chose the following activities: a game with themes related to music with the intention of allowing young people to feel more comfortable, and conduct a survey of their prior music background; filling out forms with the name, age, favorite bands, performers and songs, and musical instruments that they play; and finally a discussion about the relationship of those young people with music. By analyzing the information collected in discussion groups, it was possible to raise aspects that make the music more or less attractive to these young people – despite the difficulty in separating the sonic aspects of those extrinsic to music – as well as the rolls that music plays in daily life of these adolescents. The survey also sought to identify how young people are exposed to music, including the type of media they use, and the influences received from family, friends and teachers. It was also noted how these young people differentiate the roles that various musical styles have in their daily lives, and how they seek to experience the different emotional states that music is capable of inducing.

[pt] Projetos de genômica e biológica molecular estão gerando dados cujos volumes e complexidades jamais foram observados nesta área. Além disso, fontes de dados e de conhecimento são produzidas e utilizadas por grupos de pesquisa os quais utilizam terminologias diferentes (sinônimos, apelido e fórmulas), sintaxes diferentes (estrutura de arquivos e separadores) e semânticas diferentes (intra e interdisciplinares homônimos). O sucesso da pesquisa em biologia dependerá da correta representação e manipulação dos dados biológicos permitindo os cientistas criarem, gerenciarem, manipularem, integrarem e analisarem os dados de forma a gerar informação e conhecimento. Neste trabalho, estudamos os problemas para representação de dados biológicos apresentados nas principais linguagens de modelagem tradicionais. Em seguida, levantamos os requisitos para um novo modelo de dados conceitual para biologia molecular. Finalmente, propomos um novo modelo conceitual contendo construtores específicos para solucionar alguns dos problemas estudados. Além disso, formalizamos o modelo proposto usando lógica de primeira ordem e utilizamos esta descrição lógica para realizar inferências que auxiliem o trabalho do projetista de banco de dados durante a criação de um esquema de banco de dados. / [en] Genomic and molecular biology projects are generating knowledge data whose volume and complexity are unparalleled in this research area. In addition, data and knoweledge sources produced and used by research groups have terminological differences (synonyms, aliases and formulae), syntactic differences (file structure, separators and spelling) and semantic differences (intra- and interdisciplinary homonyms). In this context, data management techniques play a fundamental role for biological applications development because it offers adequate abstractions to desing, implement, access and manage data, in order to generate knowledge. In this work, we study the representation problems presentd in traditional languages. Following, we raise the main requiremants for a new conceptual data model specially conceived for molecular biology. Finally, we propose a new conceptual data model with special types of constructor tryng to solve some of the representation problems discurssed before. In addition, we formalize our proposed model using first-order logic and we use this logical description to infer some properties that may help database designer during the elaboration of database schema.

[pt] Este trabalho consiste na criação de uma ferramenta provedora de dados para o BLAST, denominada BioProvider. Esta é usada para prover dados realizando um gerenciamento de buffer eficiente para o BLAST, controlando também o escalonamento dos processos do mesmo. A comunicação entre o BioProvider e os processos do BLAST, assim como o controle de concorrência e bloqueios, é feita por meio de um driver, que substitui as chamadas a funções de leitura e escrita de arquivos do banco de dados. Deste modo, o código do BLAST não precisa ser modificado para ser realizar a comunicação com o BioProvider e este pode ser usado para diferentes versões do BLAST. O desenvolvimento do BioProvider é a primeira etapa para a criação de uma solução aplicável também a outras ferramentas de Bioinformática. Por ser transparente aos programas, a ferramenta desenvolvida é facilmente extensível, podendo ser futuramente modificada para prover dados para outros aplicativos, usar outras estratégias de gerência de buffer ou prover dados armazenados em formatos diferentes dos lidos por processos clientes, convertendo-os em tempo de execução. O BioProvider foi testado com a versão recente do NCBI BLAST, obtendo consideráveis melhoras de desempenho, e seu funcionamento foi verificado também com a versão do WU-BLAST com código aberto. Foram realizadas análises de variações no algoritmo de gerenciamento de buffer e dos fatores que influenciam o desempenho dos processos BLAST. / [en] This work consists on the creation of a tool named BioProvider to provide data to BLAST. The tool provides the data using buffer management techniques that are efficient for BLAST and controls process scheduling. The communication between BioProvider and the BLAST processes, as well as the concurrency and blocking control, is done through a device driver that substitutes the read and write function calls to the database files. By this means, the application code can remain unchanged and BioProvider can be used with different versions of BLAST. The development of BioProvider was the first stage to the creation of a solution that can be applied as well to other Bioinformatics tools. Due to its transparency in the view of other applications, BioProvider can be easily extended in the future to provide data to other applications, to use other buffer management techniques or to provide data stored in different formats of those read by the client processes, converting the data in runtime. BioProvider has been tested with the most recent version of NCBI BLAST and considerable improvement has been verified. The tool has been shown to work as well with the open source version of WU-BLAST. Some variations on the buffer management algorithm were studied, as well as the different factors that influence the performance of BLAST processes.

[pt] Os livros didáticos modernos constituem-se num objeto de estudo valioso para o lingüista por serem elaborados a partir de múltiplas modalidades semióticas e porque, em geral, são gêneros disciplina-específicos. Entretanto, no que tange à disciplina de Biologia, ainda há poucos estudos que exploram a interação entre as modalidades verbal e visual nos livros de Ensino Médio e, até o momento, nenhum trabalho de natureza contrastiva foi realizado no Brasil sobre esse aspecto. Na presente análise, investigam-se os tipos de representação visual e o modo de estabelecimento da relação entre figuras e o texto verbal associado em dois livros didáticos de Biologia do Ensino Médio, um brasileiro e outro norteamericano. Este estudo baseia-se principalmente nos pressupostos teóricos de Kress e van Leeuwen (1996, 2001) e inspira-se nos trabalhos de Myers (1997) e Nascimento (2002). Implícita nesses pressupostos está a abordagem sistêmicofuncional de Halliday e Hasan (1976) e de Halliday (1994). Os resultados desta pesquisa revelam que, dentre outros mecanismos, a coesão lexical exerce importante papel na interação entre o componente verbal das figuras, o texto principal e as legendas em ambos os livros analisados. Dentre as diferenças encontradas nos dois livros, destacam-se as representações visuais distintas referentes a um mesmo tópico, o modo de referenciação às figuras no texto, a função das legendas e a proporção de utilização de termos técnicos na coesão intermodal. Esses resultados mostram que existem variações no gênero livro didático de Biologia quanto ao modo de utilização dos mecanismos de interação entre figuras e texto verbal, que podem estar relacionadas com os propósitos dos autores. Isso pode ter importantes implicações para o ensino da Biologia e de Inglês para fins específicos, pois auxilia na conscientização de educadores e alunos sobre a necessidade de se levar em consideração os meios de interação entre as linguagens visual e verbal na interpretação e produção dos textos multimodais próprios de cada comunidade discursiva. / [en] Modern textbooks are valuable as a research object in applied linguistics because they usually present their content through multiple semiotic modalities and because in general they are discipline-specific genres. However, concerning the discipline of Biology, there are still few studies that exploit the interaction between verbal and visual languages in highschool textbooks and, up to the moment, no contrastive works on this topic have been published in Brazil. For this reason, the goal of the present study is to investigate the types of visual representations and the strategies that establish the interaction between pictures and verbal text used in two highschool-level Biology textbooks, a Brazilian and a North-American one. This study is based mainly on Kress and van Leeuwen s (1996, 2001) theory of multimodality and is inspired in Myers (1997) and Nascimento s (2002) previous works. This theoretical basis presupposes Halliday and Hasan s (1976) and Halliday s (1997) systemic- functional approach to text. The results of this investigation reveal that, among other mechanisms, lexical cohesion has an important role in the interaction between the verbal element in images and the verbal language of the corresponding texts and captions in both books. Among the differences found between these two books, there are the different visual representations concerning the same topic, the way pictures are referred to in the text, the role of the captions and the proportion of technical terms used in intermodal cohesion. These results show that there are intrageneric variations in the use of such resources that are probably due to the authors purposes. The findings may have important implications for the teaching of Biology and of English for specific purposes. They may enhance the awareness of educators and students about the need of taking the interaction between visual and verbal languages into consideration for the appropriate interpretation of texts and for the production of multimodal texts specific to each discursive community.

[pt] O seqüenciamento por hibridação é uma alternativa interessante para a tarefa de seqüenciamento de DNA. Este método ainda está sendo aperfeiçoado e pode superar as técnicas utilizadas em termos de tempo e custo. Uma etapa crucial do método consiste em resolver um problema combinatório que pode ser formulado como um caso especial do problema do caixeiro viajante com coleta de prêmios. Neste trabalho, propõe-se uma nova heurística construtiva multi-partida para resolver este problema. Uma estratégia de aprendizado baseada em uma memória adaptativa e um procedimento de construção de vocabulário são utilizados para melhorar o desempenho da heurística multi-partida. A memória adaptativa é utilizada para intensificar as construções de novas soluções com os elementos que aparecem com uma freqüência maior nas melhores soluções encontradas anteriormente pela heurística multi-partida. O procedimento de construção de vocabulário consiste em construir novas soluções através da combinação de partes comuns a boas soluções. Testes computacionais mostraram que estas duas estratégias aumentam significativamente o desempenho da heurística multi-partida e são particularmente indicadas para problemas de escalonamento nos quais as melhores soluções são na maioria dos casos formadas por blocos de elementos que aparecem juntos com muita freqüência. A heurística proposta supera os resultados dos melhores algoritmos encontrados na literatura, tanto em termos da qualidade das soluções encontradas, como do tempo de computação. / [en] Sequencing by hybridization is an attractive alternative for DNA sequencing. This novel method can be less time and cost consuming than the techniques applied nowadays. A very important step of this method is to solve a combinatorial problem formulated as a special case of the prize-collecting traveling salesman problem. In this work, we propose a new multistart construtive heuristic to solve this problem. A learning strategy based on adaptive memory and a vocabulary building procedure are used to improve the performance of the multistart heuristic. The adaptive memory is used to intensify the construction of new solutions with the elements that appear frequently in the best solutions previously found by the multistart heuristic. The objective of the vocabulary building procedure is to construct new solutions combining parts of good solutions. Computational experiments have shown that these two methods significantly improves the performance of the multistart heuristic and are particularly suitable for scheduling problems whose best solutions are in most cases built by blocks of elements that appear together very often. The proposed heuristic obtains systematically better solutions and is less time consuming than the best algorithms found in the literature.

[pt] A identificação e categorização de proteínas homólogas são tarefas fundamentais no campo da biologia, que dependem de ferramentas que analisam sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. No entanto, a detecção automatizada de padrões evolutivos, assim como outras características, usando métodos tradicionais, ainda apresenta desafios científicos. Neste estudo, propomos uma nova abordagem de representação de dados em camadas, que permite explorar padrões evolutivos e outras características de sequências na busca por similaridades, classificação e agrupamento. Utiliza-se um processo livre de alinhamento e são propostos novos algoritmos de similaridade que permitem aprimorar a eficácia dessa abordagem. Esses algoritmos utilizam técnicas inspiradas na percepção humana para capturar similaridades dentro das representações de moléculas biológicas. Avaliações experimentais demonstram bom desempenho e alta precisão em comparação com abordagens propostas anteriormente. Essa representação em camadas se mostra promissora na identificação de proteínas similares, principalmente com características de homólogas distantes. Além disso, sugere-se também o desenvolvimento de novos métodos e algoritmos de aprendizado de máquina em bioinformática que envolvam a privacidade e segurança de dados biológicos. / [en] The identification and categorization of homologous proteins are fundamental tasks in the field of biology, relying on tools that analyze nucleotide oramino acid sequences. However, automated detection of evolutionary patternsand additional attributes using traditional methods still presents research challenges. In this study, we propose a novel layered data representation approachthat allows us to explore evolutionary patterns and other sequence features insimilarity searching, classification, and clustering. It employs an alignment-freeprocess, and we introduce new similarity algorithms to enhance the effectiveness of this approach. These algorithms leverage techniques inspired by humanperception to capture subtle similarities within biological molecules representations. Experimental evaluations demonstrate good performance and high accuracy compared to previously proposed approaches. This layered representationshows promise in identifying similar proteins, especially with distant homologscharacteristics. Furthermore, it also suggests the development of new methods and machine learning (ML) algorithms in bioinformatics that address theprivacy and security of biological data.