No description available.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-12-05T12:10:51Z No. of bitstreams: 1 2016_ElizaFabriciodeMeloBellarddoNascimento.pdf: 1510859 bytes, checksum: f46e5594f50b95ae5eda3cd325437b0e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-13T17:15:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ElizaFabriciodeMeloBellarddoNascimento.pdf: 1510859 bytes, checksum: f46e5594f50b95ae5eda3cd325437b0e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-13T17:15:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ElizaFabriciodeMeloBellarddoNascimento.pdf: 1510859 bytes, checksum: f46e5594f50b95ae5eda3cd325437b0e (MD5) / O amendoim (Arachis hypogaea L.) é uma espécie alotetraplóide recente com dois subgenomas oriundos da hibridação entre as espécies silvestres diplóides, A. duranensis (genoma A) e A. ipaënsis (genoma B), seguida por uma duplicação cromossômica espontânea (3.500 a 9.400 anos atrás). O genoma de A. hypogaea é estimado em 2,8 Gb e composto em sua maioria por sequências repetitivas. Com o objetivo de compreender alterações no genoma que se seguiram após a poliploidização dos cromossomos de A. hypogaea, um híbrido alotetraploide sintético (A. ipaënsis x A. duranensis)4x, e as espécies genitoras diploides foram citogeneticamente comparados. Os cariótipos dos alotetraploides partilham muitas semelhanças derivadas de seus genitores diploides: o número e a morfologia geral dos cromossomos; a intensidade e posição de bandas heterocromáticas DAPI+ em regiões centroméricas; número de sítios de DNAr 5S; e a distribuição geral de DNA repetitivo. No entanto, um dos sítios de DNAr 5S no alotetraploide sintético mudou de posição em relação aos seus genitores. Embora para A. hypogaea, os sítios de DNAr 45S foram equivalentes à soma do encontrado nas espécies diploides, no alotetraploide sintético dois sítios foram perdidos. De maneira geral, após GISH, os cromossomos de ambos os alotetraploides mostraram hibridização preferencial com seus genomas diploides correspondentes. No entanto, pelo menos um par de cromossomos do alotetraploide sintético apresentou padrões de hibridização em mosaico, como indicativos de recombinação entre os subgenomas. Este estudo fornece provas claras de que o genoma do alotetraploide sintético é mais instável do que o genoma de A. hypogaea. Fato considerado inesperado, já que derivam das mesmas espécies genitoras. Por alguma razão, a estrutura dos cromossomos de A. hypogaea é inerentemente mais estável, ou tem sido, pelo menos parcialmente estabilizado através de alterações genéticas e seleção. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Peanut (Arachis hypogaea L.) is a recent allotetraploid with two subgenomes derived from hybridization between the diploid wild species, A. duranensis (A genome) and A. ipaënsis (B genome), followed by spontaneous chromosomal duplication (3,500 to 9,400 years ago). The genome of A. hypogaea has a high repetitive content and estimated size of 2.8 Gb. With the aim of understanding genome changes that followed polyploidy, the chromosomes of A. hypogaea, an induced allotetraploid hybrid (A. ipaënsis x A. duranensis)4x, and the diploid progenitor species were cytogenetically compared. The karyotypes of the allotetraploids share many similarities derived from the progenitor diploids: the number and general morphology of chromosomes; the intensity and position of DAPI+ heterochromatic bands in centromeric regions; 5S rDNA loci number; and overall distribution of repetitive DNA. However, one of the 5S rDNA loci in the induced allotetraploid had changed position relative to its progenitors. Whilst for A. hypogaea, the 45S rDNA loci were equivalent to the sum of those present in the diploid species, in the induced allotetraploid, two loci have been lost. Generally, the chromosomes of both tetraploids showed preferential hybridization to their corresponding diploid genomes. However, at least one pair of chromosomes of the induced allotetraploid had mosaic hybridization patterns, indicative of recombination between subgenomes. This study provides clear evidence that the genome of the induced allotetraploid is more unstable than the genome of A. hypogaea. This could be considered unexpected because they derive from the same progenitor species. For some reason the chromosome structure of A. hypogaea is inherently more stable, or, it has been at least partially stabilized through genetic changes and selection. Key words: peanut; genome content; heterochromatic banding; rDNA; LTR-retrotransposons, GISH; FISH; chromosomes.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo794_1.pdf: 3152169 bytes, checksum: cc4e181b062470e2d6d2fd6689e4f9eb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Um estudo genômico comparativo foi realizado mediante localização in situ de oligonucleotídeos com padrão de microssatélites [(AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6] e dos domínios RT dos retrotransposons Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like, ao longo dos cromossomos de Glycine max, Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata e V. radiata. Os oligonucleotídeos apresentaram-se em grande proporção nos genomas analisados, porém houve variação em quantidade, organização e distribuição ao longo dos cromossomos. Na análise genômica de soja, observou-se números e tamanhos (30 a 454 pb) de sítios de repetições variáveis localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. A associação da FISH e análise in silico ressaltou uma distribuição diferencial não aleatória dos oligonucleotídeos, podendo estar preferencialmente associados à heterocromatina ou à eucromatina. Os domínios RT de Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like foram amplificados em V. unguiculata, sendo a sequência de Ty1-copia-like menos homogênea. As análises filogenéticas enfatizaram a origem monofilética dos referidos domínios RT. A FISH evidenciou a presença de sinais dispersos e pericentroméricos, utilizando ambos retroelementos, com algumas divergências interespecíficas. Em algumas espécies, tais marcações estavam associadas a DNAr 5S e 45S, bem como localizadas em regiões heterocromáticas, enfatizando uma distribuição preferencial nos genomas estudados. Os microssatélites e retrotransposons são apontados como importantes componentes dos genomas em espécies do clado Phaseoloids (tribo Phaseoleae), propiciando uma discussão sobre o potencial estrutural e funcional dessas sequências repetitivas

Submitted by RENAN FERNANDES KOZAN null (renankozan@hotmail.com) on 2016-08-19T12:10:27Z No. of bitstreams: 1 tese.pdf: 3928779 bytes, checksum: 7c22c3b0fb005559432b588354eddf3f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-22T19:03:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 kozan_rf_dr_ilha.pdf: 3928779 bytes, checksum: 7c22c3b0fb005559432b588354eddf3f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T19:03:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kozan_rf_dr_ilha.pdf: 3928779 bytes, checksum: 7c22c3b0fb005559432b588354eddf3f (MD5) Previous issue date: 2016-07-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A lesão da medula espinhal é um dos mais graves acometimentos que pode afetar o ser humano. A Estimulação Elétrica Funcional (FES - Functional Electrical Stimulation) tem sido utilizada para auxiliar no restabelecimento de funções motoras em paraplégicos. Este projeto faz parte de um estudo multidisciplinar que tem por objetivo implementar um sistema de estimulação elétrica funcional para controlar a posição da perna de paraplégicos utilizando controlador Linear Quadrático Gaussiano (LQG) com o princípio de recuperação da malha objetivo (Loop Transfer Recovery – LTR), conhecido como LQG/LTR. A plataforma de testes utilizada é composta por um estimulador elétrico neuromuscular de 8 canais, uma cadeira instrumentada com sensores de posição, velocidade e aceleração angulares, um dispositivo NI myRIO e uma interface desenvolvida no software LabVIEW. Um modelo de segunda ordem, chamado de modelo nominal e um modelo de terceira ordem com um zero e atraso, chamado de modelo real, foram utilizados para representar o movimento de extensão da perna resultante da aplicação da FES. O controlador LQG/LTR foi utilizado para recuperar as propriedades do Filtro de Kalman como comportamento global do sistema, que além de prover boas características de robustez e sensibilidade, simplifica o projeto do controlador e requer a medição de uma única variável de estado. As identificações dos parâmetros dos modelos apresentaram boa correlação, indicando que os modelos representam suficientemente bem a dinâmica do movimento estudado. Foi possível projetar os controladores para os voluntários de maneira que os critérios de desempenho nominal e estabilidade robusta fossem atendidos para todas as frequências, e o critério de desempenho robusto fosse atendido apenas para baixas frequências. Os testes em malha fechada atingiram as posições especificadas, indicando que o uso do controlador LQG/LTR é adequado em sistemas de estimulação elétrica funcional. / A spinal cord injury is one of the most serious events that can affect humans. The Functional Electrical Stimulation (FES) has been used to help restore motor function in paraplegics. This work is part of a multidisciplinary study that aims to implement a FES system to control the paraplegics leg position using a Linear Quadratic Gaussian (LQG) controller, combined with the principle of Loop Transfer Recovery (LTR), or LQG/LTR controller. The platform test used is composed of an 8 channels neuromuscular electrical stimulator, an instrumented chair with angular position, velocity and acceleration sensors, an NI myRIO device and an interface developed in LabVIEW software. A second-order model, called nominal model, and a thirdorder model with a zero and delay, called real model, were used to represent the leg extension movement resulting from the application of FES. The LQG/LTR controller was used to recovery the Kalman Filter properties as global behavior of the controller, which in addition to providing good characteristics of robustness and sensitivity, simplifies the LQG design procedure, and requires measurement of only one state variable. The identification of the model parameters showed good correlation, indicating that the models represent well enough the dynamics of studied movement. It was possible to design the controllers in a way that the criteria for nominal performance and robust stability were met for all frequencies, and the criteria for robust performance was attended only to low frequencies. The closed-loop testes reached the specified position, indicating that using the LQG / LTR controller is appropriate for functional electrical stimulation systems.

Orientador: Aparecido Augusto de Carvalho / Resumo: A lesão da medula espinhal é um dos mais graves acometimentos que pode afetar o ser humano. A Estimulação Elétrica Funcional (FES - Functional Electrical Stimulation) tem sido utilizada para auxiliar no restabelecimento de funções motoras em paraplégicos. Este projeto faz parte de um estudo multidisciplinar que tem por objetivo implementar um sistema de estimulação elétrica funcional para controlar a posição da perna de paraplégicos utilizando controlador Linear Quadrático Gaussiano (LQG) com o princípio de recuperação da malha objetivo (Loop Transfer Recovery – LTR), conhecido como LQG/LTR. A plataforma de testes utilizada é composta por um estimulador elétrico neuromuscular de 8 canais, uma cadeira instrumentada com sensores de posição, velocidade e aceleração angulares, um dispositivo NI myRIO e uma interface desenvolvida no software LabVIEW. Um modelo de segunda ordem, chamado de modelo nominal e um modelo de terceira ordem com um zero e atraso, chamado de modelo real, foram utilizados para representar o movimento de extensão da perna resultante da aplicação da FES. O controlador LQG/LTR foi utilizado para recuperar as propriedades do Filtro de Kalman como comportamento global do sistema, que além de prover boas características de robustez e sensibilidade, simplifica o projeto do controlador e requer a medição de uma única variável de estado. As identificações dos parâmetros dos modelos apresentaram boa correlação, indicando que os modelos representam suficientemente bem ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A spinal cord injury is one of the most serious events that can affect humans. The Functional Electrical Stimulation (FES) has been used to help restore motor function in paraplegics. This work is part of a multidisciplinary study that aims to implement a FES system to control the paraplegics leg position using a Linear Quadratic Gaussian (LQG) controller, combined with the principle of Loop Transfer Recovery (LTR), or LQG/LTR controller. The platform test used is composed of an 8 channels neuromuscular electrical stimulator, an instrumented chair with angular position, velocity and acceleration sensors, an NI myRIO device and an interface developed in LabVIEW software. A second-order model, called nominal model, and a thirdorder model with a zero and delay, called real model, were used to represent the leg extension movement resulting from the application of FES. The LQG/LTR controller was used to recovery the Kalman Filter properties as global behavior of the controller, which in addition to providing good characteristics of robustness and sensitivity, simplifies the LQG design procedure, and requires measurement of only one state variable. The identification of the model parameters showed good correlation, indicating that the models represent well enough the dynamics of studied movement. It was possible to design the controllers in a way that the criteria for nominal performance and robust stability were met for all frequencies, and the criteria for robust performance was ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas,Departamento de Biologia Celular, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-20T17:59:49Z No. of bitstreams: 1 2014_BrunaVidigaldosSantos.pdf: 21406285 bytes, checksum: ed3bc2e1ee793721bbd92e0962dcb8fc (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2014-10-20T18:13:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_BrunaVidigaldosSantos.pdf: 21406285 bytes, checksum: ed3bc2e1ee793721bbd92e0962dcb8fc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-20T18:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_BrunaVidigaldosSantos.pdf: 21406285 bytes, checksum: ed3bc2e1ee793721bbd92e0962dcb8fc (MD5) / O amendoim (Arachis hypogaea L.) é um alotetraploide com origem recente e cujogenoma tem aproximadamente 2,8 Gb, composto majoritariamente por sequências repetitivas.Este estudo relata uma investigação do componente repetitivo presente nas espécies parentaisdo amendoim, A. duranensis, provável doador do genoma A e A. ipaënsis, provável doador dogenoma B, por meio de análises das suas sequências genômicas completas, bem como declones selecionados da biblioteca BAC de A. duranensis. Nos clones, foram identificados dezretrotransposons LTR distintos, enquanto que nas sequências genômicas completas, 81famílias de retrotransposons LTR foram identificadas em A. duranensis e 89 em A. ipaënsis,ocupando aproximadamente 28,5% e 27,6% do genoma A e B, respectivamente. Dessasfamílias, 37 representam a maior parte do conteúdo repetitivo nos dois genomas, sendo que oselementos FIDEL e Feral são os mais frequentes. Esses resultados mostram que uma partesubstancial do componente altamente repetitivo desses genomas é explicada por um númerorelativamente pequeno de retrotransposons LTR, seus fragmentos e LTRs-solo. A maioria dasdatas de transposição estimadas para esses retrotransposons foi posterior a 3,5 milhões deanos atrás, data estimada da divergência dos genomas A e B, indicando que essesretrotransposons LTR tiveram um papel notável na organização desses genomas. Análises dehibridização in situ por fluorescência (FISH), utilizando sondas obtidas a partir dassequências dos genes que codificam a transcriptase reversa de cada família de retrotransposonLTR, mostraram sinais de hibridização detectáveis múltiplos e dispersos em vários, mas nãoem todos os cromossomos dos subgenomas A e B de amendoim, com marcaçãopredominantemente ao longo dos braços dos cromossomos. Comparações entre sequênciashomeólogas dos genomas A e B indicaram alta semelhança no conteúdo gênico, porémgrandes diferenças no conteúdo repetitivo, mostrando que os retrotransposons identificadosneste estudo, juntamente com outros elementos repetitivos têm desempenhado um papelimportante na remodelação do genoma ao longo da evolução, especialmente em regiõesintergênicas. A construção e validação de pools 3-D construídos para os clones das bibliotecasBAC representativas dos genomas A (A. duranensis) e B (A. ipaënsis) foram realizadas. Essaferramenta possibilitou a identificação e isolamento de genes de interesse em Arachis, tais como, expansina e dessaturase de ácidos graxos. __________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Peanut (Arachis hypogaea L.) is an allotetraploid of recent origin with a genome of about 2.8 Gb and high repetitive content. This study reports an analysis of the repetitive component present of the progenitor species from peanut, A. duranensis, likely donor of A genome and A. ipaënsis of B genome, using their whole genome sequences and selected clones from the BAC library of A. duranensis. Ten LTR retrotransposons were identified in these clones whilst 81 families in A. duranensis and 89 in A. ipaënsis complete genomes, representing about 28.5% of the A genome and 27.6% of B genome, respectively. Only 37 families represent most of the repetitive content of the two genomes, and the most abundant retrotransposon are FIDEL and Feral. It is here shown that a substantial proportion of the highly repetitive component of these genomes is accounted for by relatively few LTR retrotransposons, their fragments and solo-LTR. These retroelements are predominantly of recent evolutionary origin, most apparently post-dating the evolutionary estimated date of the A and B genomes divergence of the cultivated peanut, about 3.5 million years ago. This indicates that these LTR retrotransposons contributed to the divergence of these genomes. Analysis by fluorescence in situ hybridization using probes obtained from the genes sequencing codifying for the reverse transcriptase of each family of LTR retrotransposons of A and B genomes produced multiple and dispersed hybridization signals on several, but not all chromosomes of A-B peanut subgenomes, mainly along the chromosomes arms. Comparisons between homeologues sequences of A and B genomes showed high similarity in gene content, but differences in the repetitive content showing that the retrotransposons identified in this study, and another repetitive elements have played an important role in these genomes remodeling, especially in intergenic regions, over evolutionary time. The construction and validation of 3-D pools for clones of the A-B genomes BAC libraries were made. This tool allowed the identification and isolation of genes of interest in Arachis such as expansins and fatty acid desaturase.

A cultura do eucalipto apresenta grande importância no setor florestal no mundo. No Brasil, 70% da área florestal plantada é destinada ao eucalipto. Entretanto, a ferrugem das mirtáceas, também conhecida como ferrugem do eucalipto, causada pelo fungo Puccinia psidii Winter, afeta o enorme potencial produtivo das plantações de eucalipto. A biologia, mecanismos de patogenicidade e genética desse patógeno são pouco conhecidos, apesar de sua importância para o setor florestal. Os elementos transponíveis (TEs) são sequências de DNA com a capacidade de migrar e influenciar a organização, integridade e evolução do genoma hospedeiro. O presente trabalho teve como principal objetivo estudar os TEs presentes no genoma de P. psidii, combinando ferramentas in silico e moleculares. A classificação dos elementos transponíveis no genoma de P. psidii MF-1 foi realizada utilizando contigs previamente minerados e remontados, bem como sem seleção prévia dos contigs, por meio do programa RepeatMasker. Ambas estratégias apontaram o predomínio de elementos da Classe I - LTR Retrotransposons no genoma de P. psidii MF-1. O resultado condiz com a composição de TEs em fungos fitopatogênicos descrita na literatura. Algumas análises in silico, como verificação de integridade e anotação manual de sequências proteicas foram também realizadas para alguns contigs classificados como TEs. Assim, foi possível observar a presença de sequências conservadas pertencentes à região pol em LTR Retrotransposons. Além disso, as análises permitiram inferir sobre a existência de TEs híbridos no genoma parcialmente sequenciado de P. psidii MF-1. Paralelamente foi também realizada uma análise comparativa entre os TEs presentes nos genomas de P. graminis, P. striiformis, P. triticina e P. psidii. Observou-se que P. graminis, P. striiformis e P. triticina apresentam maior frequência de elementos da Classe II, do tipo DNA Transposons ao contrário de P. psidii, com maior frequência de elementos da Classe I. Interessantemente, a quantidade de elementos desconhecidos foi similarmente alta para todos os quatro genomas avaliados. Este tipo de análise é muito importante, pois evidencia a grande quantidade de famílias de TEs novas a serem descobertas. Elas podem estar potencialmente relacionadas ao silenciamento de genes importantes à virulência destes patógenos. A utilização de TEs no estudo de diversidade genética entre populações é bastante comum. A técnica molecular IRAP foi utilizada para acessar a diversidade entre populações de P. psidii originárias de três híbridos de Eucalyptus spp., goiabeira, jambeiro e jabuticabeira. No entanto, esta técnica não se mostrou eficiente para detectar polimorfismos existentes entre estas populações. A anotação de TEs foi difícil devido à observação de sequências de elementos sobrepostas, o que podem representar híbridos de TEs, entretanto, visando a confirmação desta hipótese por meio da PCR, alguns contigs serão sequenciados e mais estudos devem ser realizados para a continuação desta confirmação. Os resultados apresentados neste trabalho são inéditos e representam uma etapa crucial no entendimento de TEs em fungos do gênero Puccinia, em especial do patógeno P. psidii para o desenvolvimento de melhores mecanismos de controle de ferrugem. / The culture of eucalyptus has great importance worldwide in forestry sector. In Brazil, 70% of cultivated forest area is intended for Eucalyptus. However, the eucalyptus potential productive has been affected by rust disease, caused by the fungus Puccinia psidii Winter. Despite its importance to brazilian and world forest sector, the knowledge of biology, genetic and pathogenic mechanisms of this pathogen is scarce. Transposable elements (TEs) are mobile DNA fragments that influence the organization and development of the host genome. These elements have the ability to move within host genome, and their insertion can cause a wide spectrum of mutations in their hosts. This study aims to decipher the TEs in P. psidii genome by combining in silico and molecular tools. P. psidii MF-1 TEs classification was performed automatically, through RepeatMasker software, being observed a predominance of Class I - LTR Retrotransposons in P. psidii MF-1 genome. This result is consistent with the TEs composition described in phytopathogenic fungi. Some in silico analysis, as integrity and manual annotation of conserved protein sequences from TEs were carried out with P. psidii MF-1 contigs classified as transposable elements. The presence of conserved sequences belonging to pol region in LTR Retrotransposons was observed. Furthermore, these analysis allowed the inference of hybrid TEs in P. psidii MF-1. At the same time, a comparative analysis of TEs present in other Puccinia genomes and P. psidii MF-1 was also performed. The P. graminis, P. striiformis and P. triticina genomes have higher frequency of Class II - DNA Transposons unlike the results found for P. psidii. Interestingly, the number of unknown elements was similarly high for all genomes. This type of analysis is very importante because it shows a great number of potential new TEs families to be discovered. They may be potentially related to the virulence gene silencing of these pathogens. Using TEs for study the fungal genetic diversity is quite common. The IRAP technique was used to access the diversity among P. psidii populations originated from three Eucalyptus spp. hybrids, guava, syzigium and jabuticaba. However, this technique was not efficient to detect existing polymorphisms between these populations. TEs annotation was labored due to the existence of overlapping elements, which may represent hybrids TEs. PCR tool was used to confirm some sequences annotated as hybrids and more studies are needed to confirm this hyphotesis. The results presented in this study are novel and is a crucial step in understanding the genetic of P. psidii pathogen for further improvements of rust control mechanisms.

La spironolactone (SP), est un antagoniste de l’aldostérone, utilisée dans le traitement de l’hypertension. Le traitement de cellules par la SP induit la dégradation spécifique de la protéine XPB (Alekseev et al., 2014). L’utilisation de la SP sur des lignées lymphocytaires (Jurkat T) et des lymphocytes primaires issus du sang (CD4+ activées), préalablement infectées par le VIH (type 1 ou type 2), entraîne une forte dégradation de la protéine XPB et une inhibition importante de l’infection virale. Pour confirmer la spécificité de la spironolactone sur la réplication du VIH, nous avons utilisé en parallèle l’éplérénone, analogue structurale de la spironolactone incapable de dégrader la protéine XPB. A contrario, lorsque l’on traite les cellules avec l’éplérénone, l’infection virale n’est pas inhibée. Par ailleurs, le traitement par la spironolactone a mis en évidence un effet sur l’activation de la transcription du promoteur LTR du VIH dépendante de Tat, effet qui n’est pas observé si le LTR est activé via des voies alternes (PMA et TNF). La quantification des ARN cellulaires et viraux a montré le rôle spécifique de l’action de la SP sur la transcription du promoteur LTR en présence de la protéine Tat. La spironolactone est incapable d’inhiber la transcription de promoteurs viraux différents du LTR du VIH. La spironolactone est également capable d’inhiber la réactivation de la transcription à partir du LTR du VIH dans un modèle contenant un provirus latent. Cette molécule ouvre de nouvelles perspectives concernant les molécules inhibitrices de la transcription virale et met en lumière le rôle de cofacteur de la protéine XPB dans l’infection par le VIH. / Spironolactone (SP) is an aldosterone antagonist used in hypertension treatment for many years. SP treatment is responsible for a rapid and specific degradation of the XPB protein (Alekseev et al., 2014). Jurkat and primary CD4 + T cells infected by HIV-1 or HIV-2 and treated by SP show a strong degradation of the XPB protein and an important inhibition of viral infection. To confirm specificity of SP action on HIV, we have used a structural analogue of SP, Eplerenone (EPL), which can’t degrade XPB. On the contrary, EPL is unable to inhibit infection of cells previously infected by HIV. Otherwise, SP inhibition of HIV seems to be specific of Tat dependent transcription from the HIV promoter, because activation of this promoter with PMA or TNF is not affected by SP. Quantification of viral and cellular RNA show that only LTR transcription is affected by SP. Transcription of other promoters was measured in presence of SP and Tat but no inhibition of gene transcription has been observed. Finally, SP is also able to inhibit HIV LTR reactivation from latently infected T cells. This drug appears as a new anti-HIV compound and gives new perspectives concerning transcriptional inhibitors of HIV replication. This molecule also highlights the cofactor role of XPB during HIV replication in natural target cells.

Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-06-29T13:21:31Z No. of bitstreams: 1 RebecaJFC_DISSERT.pdf: 1231711 bytes, checksum: 845448c874cc7680ba5ba551b9029235 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T13:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RebecaJFC_DISSERT.pdf: 1231711 bytes, checksum: 845448c874cc7680ba5ba551b9029235 (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Equine infectious anemia (EIA) is the most important viral disease among horses. It is an endemic disease in populations of Equidae throughout the world. All equids are considered to be susceptible although most of the published work are focused in horses, with a lack of information on EIA in donkeys. In the State of Rio Grande do Norte, Brazil thousands of donkeys live free, establishing a problem for the control of diseases like the EIA, since they may play a role as reservoirs. In this work, blood samples taken from 409 animals (asinine and equine) were submitted to IDGA, ELISA pgp45 and nested-PCR tests, using gag and LTR gene as molecular markers. Four samples (0.98%) were positive in at least one serological test, and of these, three (0.73%) were positive to nested-PCR. We did not get enough material for sequencing of LTR samples from asinine, then only the amplified referring to the positive equine sample was sequenced. The alignment (BLAST) allowed the identification of the sequence as EIAV with 95% of similarity with european strains. Three product from nested-PCR products for the gag gene were sequenced and submitted to phylogenetic analysis. The result of this analysis suggested that the samples obtained from the horse had the same origin as strains from North America, and that the sequences from donkey samples had no homology with any other already published available EIAV sequence. In the light of the results from this work, additional studies are required. So we could confirm that we found a new strain of EIAV or endogenous retrovirus that are capable of expressing genes that are homologous to EIAV or even a new species of lentivirus Although the presented data are incomplete, they reveal an interesting scenario for the study of EIAV infection in equids ther than the horses / A anemia infecciosa equina (AIE) é a doença infecciosa de etiologia viral mais importante entre os equinos. É uma doença endêmica em populações de equídeos por todo o mundo. Considera-se que todos os equídeos são susceptíveis embora os trabalhos publicados se concentrem em equinos, sendo escassas as informações sobre AIE em asininos. No Rio Grande do Norte (RN) milhares de asininos vivem livres, constituindo um problema para o controle de enfermidades como a AIE, pois podem ser prováveis reservatórios e fontes de transmissão delas. Neste trabalho, amostras de 409 animais (asininos e equinos) foram submetidas aos testes de IDGA, ELISA pgp45 e nested-PCR, utilizando iniciadores para o gene gag e LTR. Quatro amostras (0,98%) foram positivas em pelo menos um teste sorológico, e dessas, três amostras (0,73%) foram positivas na nested-PCR. Não obtivemos material suficiente para sequenciamento das amostras de LTR dos asininos sendo sequenciado apenas o amplificado de LTR referente à amostra do equino positivo. O alinhamento (BLAST) permitiu a identificação da sequência como vírus da AIE (EIAV) com 95% de similaridade de nucleotídeos com estirpes europeias. Os três produtos obtidos da nested-PCR para o gene gag foram sequenciados e submetidos à análise filogenética. O resultado da análise sugeriu que a sequência obtida do cavalo confirmaram a identificação como EIAV, com a mesma origem de isolados da América do Norte, e que as sequencias de asininos não possuem identidade com nenhuma outra deo EIAV até o momento publicada. Desta forma, estudos adicionais são necessários para confirmar se, com estes resultados, foram identificados um lentivirus ainda não descrito que infecta Equus asinus (e qual papel ele teria para outros equídeos) ou se trata de retrovírus endógenos que expressa proteínas usadas como marcadores de diagnóstico da AIE. Embora os dados apresentados sejam incipientes, revelam um cenário interessante para o estudo das lentiviroses em asininos / 2017-06-29

A cultura do eucalipto apresenta grande importância no setor florestal no mundo. No Brasil, 70% da área florestal plantada é destinada ao eucalipto. Entretanto, a ferrugem das mirtáceas, também conhecida como ferrugem do eucalipto, causada pelo fungo Puccinia psidii Winter, afeta o enorme potencial produtivo das plantações de eucalipto. A biologia, mecanismos de patogenicidade e genética desse patógeno são pouco conhecidos, apesar de sua importância para o setor florestal. Os elementos transponíveis (TEs) são sequências de DNA com a capacidade de migrar e influenciar a organização, integridade e evolução do genoma hospedeiro. O presente trabalho teve como principal objetivo estudar os TEs presentes no genoma de P. psidii, combinando ferramentas in silico e moleculares. A classificação dos elementos transponíveis no genoma de P. psidii MF-1 foi realizada utilizando contigs previamente minerados e remontados, bem como sem seleção prévia dos contigs, por meio do programa RepeatMasker. Ambas estratégias apontaram o predomínio de elementos da Classe I - LTR Retrotransposons no genoma de P. psidii MF-1. O resultado condiz com a composição de TEs em fungos fitopatogênicos descrita na literatura. Algumas análises in silico, como verificação de integridade e anotação manual de sequências proteicas foram também realizadas para alguns contigs classificados como TEs. Assim, foi possível observar a presença de sequências conservadas pertencentes à região pol em LTR Retrotransposons. Além disso, as análises permitiram inferir sobre a existência de TEs híbridos no genoma parcialmente sequenciado de P. psidii MF-1. Paralelamente foi também realizada uma análise comparativa entre os TEs presentes nos genomas de P. graminis, P. striiformis, P. triticina e P. psidii. Observou-se que P. graminis, P. striiformis e P. triticina apresentam maior frequência de elementos da Classe II, do tipo DNA Transposons ao contrário de P. psidii, com maior frequência de elementos da Classe I. Interessantemente, a quantidade de elementos desconhecidos foi similarmente alta para todos os quatro genomas avaliados. Este tipo de análise é muito importante, pois evidencia a grande quantidade de famílias de TEs novas a serem descobertas. Elas podem estar potencialmente relacionadas ao silenciamento de genes importantes à virulência destes patógenos. A utilização de TEs no estudo de diversidade genética entre populações é bastante comum. A técnica molecular IRAP foi utilizada para acessar a diversidade entre populações de P. psidii originárias de três híbridos de Eucalyptus spp., goiabeira, jambeiro e jabuticabeira. No entanto, esta técnica não se mostrou eficiente para detectar polimorfismos existentes entre estas populações. A anotação de TEs foi difícil devido à observação de sequências de elementos sobrepostas, o que podem representar híbridos de TEs, entretanto, visando a confirmação desta hipótese por meio da PCR, alguns contigs serão sequenciados e mais estudos devem ser realizados para a continuação desta confirmação. Os resultados apresentados neste trabalho são inéditos e representam uma etapa crucial no entendimento de TEs em fungos do gênero Puccinia, em especial do patógeno P. psidii para o desenvolvimento de melhores mecanismos de controle de ferrugem. / The culture of eucalyptus has great importance worldwide in forestry sector. In Brazil, 70% of cultivated forest area is intended for Eucalyptus. However, the eucalyptus potential productive has been affected by rust disease, caused by the fungus Puccinia psidii Winter. Despite its importance to brazilian and world forest sector, the knowledge of biology, genetic and pathogenic mechanisms of this pathogen is scarce. Transposable elements (TEs) are mobile DNA fragments that influence the organization and development of the host genome. These elements have the ability to move within host genome, and their insertion can cause a wide spectrum of mutations in their hosts. This study aims to decipher the TEs in P. psidii genome by combining in silico and molecular tools. P. psidii MF-1 TEs classification was performed automatically, through RepeatMasker software, being observed a predominance of Class I - LTR Retrotransposons in P. psidii MF-1 genome. This result is consistent with the TEs composition described in phytopathogenic fungi. Some in silico analysis, as integrity and manual annotation of conserved protein sequences from TEs were carried out with P. psidii MF-1 contigs classified as transposable elements. The presence of conserved sequences belonging to pol region in LTR Retrotransposons was observed. Furthermore, these analysis allowed the inference of hybrid TEs in P. psidii MF-1. At the same time, a comparative analysis of TEs present in other Puccinia genomes and P. psidii MF-1 was also performed. The P. graminis, P. striiformis and P. triticina genomes have higher frequency of Class II - DNA Transposons unlike the results found for P. psidii. Interestingly, the number of unknown elements was similarly high for all genomes. This type of analysis is very importante because it shows a great number of potential new TEs families to be discovered. They may be potentially related to the virulence gene silencing of these pathogens. Using TEs for study the fungal genetic diversity is quite common. The IRAP technique was used to access the diversity among P. psidii populations originated from three Eucalyptus spp. hybrids, guava, syzigium and jabuticaba. However, this technique was not efficient to detect existing polymorphisms between these populations. TEs annotation was labored due to the existence of overlapping elements, which may represent hybrids TEs. PCR tool was used to confirm some sequences annotated as hybrids and more studies are needed to confirm this hyphotesis. The results presented in this study are novel and is a crucial step in understanding the genetic of P. psidii pathogen for further improvements of rust control mechanisms.