Dans un contexte de marchés développés tels ceux du Canada ou des États-Unis, le modèle d'équilibre des actifs financiers (CAPM) est le plus utilisé par les praticiens pour estimer le coût du capital et ce, même s'il comporte de nombreuses faiblesses aux plans théorique et pratique. L'application de ce modèle ne semble toutefois pas adéquate dans le contexte des pays émergents en raison des caractéristiques propres de ces marchés (leur forte volatilité, leur inefficience, leur segmentation etc.). L'objectif de ce travail est d'essayer d'estimer le coût du capital du secteur alimentaire de l'économie du Vietnam en appliquant des modèles plus efficaces adaptés au contexte des marchés émergents. Pour estimer le coût du capital du secteur alimentaire, nous avons appliqué le modèle de marché exprimant la relation entre le rendement du portefeuille sectoriel et celui du marché. Dans ce modèle inspiré du CAPM, nous supposons une relation linéaire entre le rendement du portefeuille et celui du marché. Ce modèle est également appliqué au marché du Japon et de l'Australie. Nos résultats nous permettent de confirmer une très forte relation dans les trois cas. L'étude de ces marchés nous permet aussi de constater que le secteur alimentaire du Vietnam semble plus risqué que celui des autres marchés. Nous y avons également trouvé la présence de l'effet ARCH des rendements, qui implique que la variance du rendement de ce secteur au Vietnam n'est pas constante, mais varie avec les informations non anticipées des périodes précédentes. Nous avons également examiné la relation entre le rendement de portefeuilles alimentaires sur trois marchés, le Vietnam, l'Australie et le Japon. Nous avons choisi l'Australie et le Japon à cause de l'importance des rapports commerciaux entre ces pays et le Vietnam. Si une relation avait existé, la maturité de ces deux marchés aurait pu nous aider à déterminer un «benchmark» pour estimer le coût du capital. Malheureusement, nos résultats ne nous ont pas permis de confirmer cette hypothèse. Nous avons eu recours au modèle CAPM hybride ajusté, celui de Damodaran, de Godfrey-Espinosa et de Erb-Harvey-Viskanta, pour fournir des références de ce paramètre de coût du capital. Les paramètres de ces modèles ont été déjà estimés par les auteurs. Cette application nous donne une intervalle d'estimation pour le coût de capital qui varie de 9.29 % à 16.84 % pour le secteur alimentaire au Vietnam. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Coût du capital, Marchés émergents, Vietnam, Secteur alimentaire.

Les maladies émergentes représentent actuellement 65% de toutes les pathologies infectieuses récentes. Récemment, un nombre croissant de nouveaux virus a été associé à de petits mammifères terrestres, plus particulièrement à des rongeurs, désignant ce groupe comme étant l'une des possibles sources de dangereuses pathologies émergentes et ré-émergentes. Actuellement, la réaction en chaîne par polymérase (PCR) est l'outil principal utilisé pour la détection d'agents pathogènes dans la diagnostique de routine et dans la recherche. Or, plusieurs recherches ont montré que certaines substances inhibent la PCR, causant de faux résultats. Aussi, nous avons lancé un programme de capture de rongeurs pour le dépistage de virus connus et non identifiés. Au total 1441 rongeurs ont été capturés pendant des campagnes organisées en Europe et Afrique entre 2002 et 2011. Tout d'abord, nous avons examiné l'inhibition de la PCR et étudié les différentes techniques de traitement d'échantillons qui favorisent la réduction de la quantité d'inhibiteurs dans les échantillons de rongeurs. Parmi les techniques d'extraction évaluées, l'EZ1 virus mini kit et le réactif d'extraction RNAnow se sont avéré plus efficaces que le NucleoSpin virus kit ou le réactif d'extraction TRIzol. De même, l'utilisation des poumons et de reins était préférable à l'utilisation du foie et de la rate. Aucune différence significative n'a été observée entre le stockage à -80°C et le stockage dans le réactif RNAlater. Nous avons conduit le dépistage des virus, en utilisant les tests moléculaires et la culture cellulaire. Deux nouvelles souches de virus ont été isolées, séquencées et caractérisées. / Emerging diseases currently represent 65% of recent major disease outbreaks. Of them, 75% are associated with wildlife. Recently, an increasing number of newly discovered viruses have been associated with small terrestrial mammals, particularly with rodents, pointing at this group as one of the most dangerous potential sources of emerging or re-emerging diseases. To meet these challenges for public health, a proper surveillance becomes necessary, which passes by detection of pathogens in human and risky groups of animals, including field investigations. Yet this can be achieved only by using proper techniques of samples treatment and pathogen detection. Currently, polymerase chain reaction (PCR) is the main tool used for the detection of pathogens in routine diagnostic and research. Yet, several researches showed that some substances can inhibit PCR, causing false-negative results. Therefore, we initiated a screening program targeting rodents for the presence of known and unidentified viruses. A total of 1441 rodents were trapped during field campaigns organized in Europe and Africa, between 2002 and 2011. At first we investigated on PCR inhibitors and discussed techniques of treatment of samples allowing reducing the influence of inhibitors in rodent samples. Among the extraction techniques tested, EZ1 virus mini kit and RNAnow extraction reagent were more effective than NucleoSpin virus kit or TRIzol extraction reagent. Also, the use of lungs and kidneys was preferable to the use of liver and spleen, the quantity of inhibitors being higher in the last two organs. No significant difference was observed between storage at -80°C, or in RNAlater RNA stabilization reagent.

Escherichia coli possède une grande plasticité génomique comme en témoigne la diversité des souches à l’intérieur de cette espèce bactérienne. Bien que la majorité des souches soient inoffensives ou à tout le moins opportunistes, plusieurs ont acquis des facteurs de virulence spécifiques leur procurant un pouvoir pathogénique. Les souches pathogènes comme E. coli O157 :H7 sont responsables de cas de morbidité, mortalité et pertes économiques importantes dans l’industrie agro-alimentaire dans le monde entier. L’évolution bactérienne est un mécanisme continuel qui se fait via l’échange d’éléments génétiques mobiles, de mutations ponctuelles et autres réarrangements génétiques. Ces changements génétiques peuvent procurer des avantages sélectifs permettant une adaptation bactérienne rapide face aux stress et changements environnementaux et favorisant le développement de pathogènes émergents. Dans la première partie de ce projet, nous avons étudié la région intergénique mutS-rpoS, qui est une des plus grandes sources de polymorphisme chromosomique chez les entérobactéries. Notre analyse génomique comparative a permis de confirmer le polymorphisme à l’intérieur même d’un ensemble de souches Escherichia spp., Salmonella spp. et Shigella spp. De plus, nous avons pu confirmer que certains types de polymorphismes dans la région mutS-rpoS étaient fortement associés à certains types de pathogènes chez E. coli. Dans notre analyse, nous avons ressorti un groupe de gènes à l’intérieur de la région mutS-rpoS qui pourraient sevir comme marqueur chromosomique intéressant pour les E. coli extra-intestinaux (ExPEC), un groupe comprennant des souches hautement pathogènes et difficiles à définir par les tests actuelllement disponibles. Dans notre analyse bio-informatique, nous avons isolé ce groupe de gènes associé aux ExPEC et nous l’avons caractérisé in sillico. Nous avons également inclus dans l’analyse deux souches hypermutables du genre Escherichia spp. de notre collection, isolées d’animaux de ferme. L’hypermutabilité ou la capacité d’acquérir des mutations plus rapidement que la normale accélère le processus d’évolution et la capacité d’adaptation de ces souches. La région mutS-rpoS est reliée au système de réparation de l’ADN bactérien (MMRS) et pourrait être impliquée dans l’apparition du phénotype d’hypermutabilité. Durant les dernières années, de plus en plus d’espèces du genre Escherichia ont été isolées de cas cliniques d’animaux et d’humains. Ces souches atypiques ont un potentiel de virulence très élevé, des combinaisons de gènes de virulence et des variants génétiques différents des souches typiques, et certaines souches ont même évolué en tant que pathogènes. Les souches de l’espèce E. albertii ont été isolées récemment et ont un grand potentiel de virulence autant chez les humains que chez les oiseaux. Ces souches sont souvent confondues avec d’autres organismes pathogènes comme E. coli dans les tests biochimiques, et le manque de connaissances sur E. albertii rend son identification difficile. Dans la deuxième partie de ce projet, nous avons identifié des gènes spécifiques aux souches d’E. albertii ainsi que des gènes de virulence présents chez E. albertii par comparaisons génomiques, ce qui a permis de développer et optimiser un test PCR (réaction en chaîne par polymérase) visant l’identification génomique rapide et fiable d’E. albertii.

La thèse porte sur l’impact des investissements direct étrangers sur la croissance économique appliquée au cas de l’économie turque.Dans le cadre des débats sur le processus de rattrapage économique de certains pays en voie de développement, nous constatons que ces pays en question doivent leur succès essentiellement aux transferts de biens et services venant des pays développés. L’IDE est un moyen qui facilite le processus de diffusion de connaissances et de technologies, mais tout de même les débats sur ses effets positifs sont controversés et ils ont mis en évidence une discordance entre les hypothèses théoriques et les résultats empiriques. Nous cherchons à savoir dans quelle mesure l’affinement de l’analyse au niveau empirique peut permettre de déterminer le degré de pertinence des théories.L’analyse qualitative nous a permis de comprendre les déterminants des stratégies des investisseurs étrangers et du pays d’accueil, des éléments sur le transfert de technologie et ses composants, sur l’innovation, sur les liens en amont et en aval, sur les répercussions sur l’emploi,etc. L’analyse quantitative a confirmé une relation bidirectionnelle entre l’IDE et la croissance économique et par la suite les relations des IDE avec les autres composants de la croissance économique.Les résultats indiquent que l'IDE réside d’une importance cruciale en termes du transfert de technologies, de compétences entrepreneuriales et des ressources en termes de capitaux.Par ailleurs, en observant le niveau de coopération au sein de l’entreprise conjointe, notre analyse qualitative indique une forte accumulation des compétences en termes technologiques,d’innovation et managériales au niveau des entreprises locales. De plus, les relations verticales en amont et en aval entre les FMN et les entreprises locales sont relativement fortes. Les filiales étrangères utilisent de plus en plus des réseaux locaux pour fournir de biens intermédiaires. Cela confirme l’autonomie renforcée du secteur manufacturier local en Turquie. / The thesis focuses on the impact of foreign direct investment on economic growth applied to the case of the Turkish economy.In the context of discussions on the process of economic catching-up countries in the developing world, we find that the country in question owe their success primarily to the transfer of goods and services from developed countries. FDI is a tool that facilitates the process of diffusionof knowledge and technology, but still debates about its positive effects are controversial and have highlighted a discrepancy between the theoretical assumptions and empirical findings. We want to know how the refinement of the empirical level analysis can determine the degree of relevance of theories.The qualitative analysis allowed us to understand the determinants of foreign investors and strategies of the host country, elements of technology transfer and its components on innovation,backward and forward linkages of the impact on employment, etc.. The quantitative analysis confirmed a bidirectional relationship between FDI and economic growth and subsequently FDI relations with other components of economic growth.The results indicate that FDI is crucial in terms of technology transfer, entrepreneurial skill sand resources in terms of capital.Furthermore, by observing the level of cooperation in the joint venture, our qualitative analysis indicates a strong accumulation of skills in terms of technology, innovation and management at local firms. In addition, vertical backward and forward linkages between MNCs andlocal firms are relatively strong. Foreign subsidiaries use more local networks to provide intermediate goods. This confirms the increased autonomy of the local manufacturing sector inTurkey.

Le groupe des marchés émergents (ME) s'est largement fait connaître du monde de la finance internationale depuis son apparition en tant qu'entité distincte, il y a environ un quart de siècle. Parallèlement, le problème environnemental (réchauffement climatique, pollution et épuisement des ressources) s'est imposé comme une évidence aux yeux d'un nombre sans cesse croissant d'habitants de cette planète. Le présent travail vise avant tout à identifier un lien entre la promotion de la conscience environnementale collective et la stimulation du transit des ME vers leur futur statut de marchés développés (MD). L'objectif secondaire poursuivi ici consiste à éprouver la suprématie, rapportée dans la littérature, du MEDAF baissier d'Estrada sur la MEDAF de Sharpe (1964) et Lintner (1965). Ce "nouveau" modèle apporte en effet une restriction très intuitive au modèle conventionnel qui engendre dans toutes les études empiriques recensées ici une augmentation de l'efficacité de l'évaluation des actifs. C'est donc en appliquant les deux modèles aux séries de rendements hebdomadaires tirées des séries brutes de prix de quelques actifs échangés sur la bourse panaméenne, que nous avons cherché à bâtir un portefeuille "vert", i.e. un portefeuille fictif coupé d'actions d'entreprises axées directement ou non sur le développement durable, qui ait un avantage sur le proxy du portefeuille de marché international. Nos deux objectifs ont plus ou moins été atteints: d'une part, le MEDAF baissier s'est clairement imposé face à son prédécesseur; d'autre part, il semble possible qu'une opportunité de diversification contre le risque associé au proxy du portefeuille de marché soit offerte par un portefeuille composé exclusivement des actifs qui ont été retenus ici. Ce dernier résultat doit néanmoins être assorti d'un bémol: la portée statistique de nos résultats est très limitée et des ME ayant une historique boursière suffisamment longue (et des titres d'entreprises "vertes") sont requis pour confirmer ce qui ne constitue encore aujourd'hui qu'une (probable) hypothèse. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Développement durable, Marché émergent, CAPM baîssier, Fonds d'investissement.

Les zoonoses émergentes constituent un problème de santé publique majeur. A l'image des virus de l'immunodéficience humaine (VIH), influenza, ou encore Ebola, la plupart des pathogènes zoonotiques prennent leur origine chez la faune sauvage. Les chiroptères sont des réservoirs de virus zoonotiques qui peuvent provoquer des pathologies graves chez l'Homme, comme le virus de la rage ou le coronavirus responsable de la pandémie du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003-2004. En Asie du Sud-Est, reconnue comme un point chaud d'émergence, les chiroptères sont régulièrement en contact avec l'Homme du fait de l'exploitation des mêmes environnements et des activités de chasse et de consommation de ces animaux sauvages. Le risque de transmission de potentiels virus des chiroptères à l'Homme reste encore très peu étudié, notamment au Cambodge et au Laos. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse, qui a pour but de détecter et de caractériser des coronavirus et des astrovirus chez les chiroptères de ces deux pays, et d'explorer les environnements où le risque de transmission à l'Homme serait plus élevé.Un premier axe de travail a porté sur la détection et la caractérisation de ces deux familles virales chez des chiroptères échantillonnés de 2010 à 2013. Une forte diversité de coronavirus et d'astrovirus a été détectée chez de nombreux genres de chiroptères insectivores et frugivores. De nouveaux hôtes réservoirs et de nouvelles souches virales ont été mis en évidence, dont certaines sont relativement proches de souches pathogènes chez l'Homme ou chez d'autres espèces animales. Le deuxième axe d'étude visait une caractérisation plus approfondie des virus. L'étude des protéines impliquées dans l'entrée cellulaire (protéines de capside et de spicule pour les astrovirus et coronaivrus respectivement), permet d'évaluer le potentiel de passage de la barrière d'espèce de ces virus. Plusieurs techniques de séquençage ont été tentées, en particulier au niveau des gènes d'intérêt. Les résultats ont été très limités, et n'ont pas permis une caractérisation approfondie des souches. Néanmoins, ce travail a mis en évidence les points critiques et les approches à envisager dans l'optique d'un futur séquençage de ces virus.Enfin, le troisième axe de recherche a porté sur l'étude des facteurs environnementaux qui pourraient impacter les chiroptères et les potentiels virus zoonotiques qu'ils peuvent porter. Bien que les données aient été limitées, l'approche méthodologique et les pistes d'étude sont à retenir pour des études épidémiologiques futures. De plus les caractéristiques liées à la transformation des paysages naturels par l'Homme est un aspect important à prendre en compte. / Zoonoses are important public health issues, and represent 60% of emerging infectious diseases. Most of zoonotic pathogens originate from wildlife, such as the Human Immunodeficiency Virus, Influenza Virus or Ebola Virus. Chiroptera have been recognized as an important reservoir of zoonotic viruses, such as the lyssavirus or the coronavirus responsible for the pandemic of severe acute respiratory syndrome (SARS) in 2003-2004.Southeast Asia is a hotspot for emerging diseases. Bats represent 30% of the biodiversity and are in close contact with human populations, due to the exploitation of the same environment and the use of bats as food in subsistence hunting. So far, there has been a lack of knowledge and understanding concerning the viruses circulating in the bat population in this region, especially in Cambodia and Lao P.D.R. The work presented in this thesis is dedicated to this problematic, with a special focus on the detection and molecular characterization of coronaviruses and astroviruses in bat populations in these two countries. The aim was also to depict environmental aspects which increase the risk of potential transmission from bats to humans.The first part of this work was dedicated to the detection and typing of astroviruses and coronaviruses in bats collected over a three-year period throughout Cambodia and Lao P.D.R. A high diversity of these viruses was found in various insectivorous and frugivorous bats. New bat reservoirs and new potential virus strains were detected, including some related to strains known to be highly pathogenic for humans or livestock species.The second part of this work therefore concentrates on a deeper characterization of the strains of interest, targeting genomic regions involved in cell host entry, and thus in ability to cross species barriers .Several isolation and sequencing methods were implemented in order to characterize the regions of interest, i.e. capsid and spike proteins. Results were limited and did not permit a deeper characterization. Nevertheless, this work highlights the aspects which need to be improved in order to sequence the viruses more effectively.The final part of this thesis examined environmental factors impacting the distribution pattern of bats, as well as the potential risk for virus transmission to humans. Transformation of landscape by humans from natural to cultivated lands, appeared to be important factors to take into account when investigating bat distribution, and the viruses they can harbor. Despite the weakness of the dataset, the methodological approach is worth being considered in further epidemiological studies on bat-associated viruses.

L’objectif de cette thèse est d’étudier, au niveau d’équipe, les antécédents de l’innovation au travail, ainsi que le rôle de la diversité sur ces relations. La diversité des attributs des membres des équipes est généralement étudiée comme un déterminant des résultats d’équipe. Cependant, nous proposons qu’elle puisse également avoir un rôle contextuel complexe. Avec le but d’évaluer ces idées, plusieurs études ont été menées dans : une organisation du service postal Italien (1) et une organisation militaire Italienne (2). Nous avons montré une relation positive entre la diversité d’âge et la créativité d’équipe (Chapitre 2, Article 1). Cette relation était plus forte pour des niveaux plus élevées de perception du climat d’inclusion au travail que pour les niveaux les plus faibles. De plus, la diversité peut également avoir un effet modérateur entre les facteurs d’équipe et l’innovation. Plus précisément, une relation positive a été mise en évidence entre le système de mémoire transactif et l’innovation d’équipes militaires et cette relation était modérée par la diversité de grade (Chapitre 3, Article 2). A des niveaux plus élevés de diversité de grade dans l’équipe, l’effet de la mémoire transactive sur l’innovation devenait non significatif. Enfin, nous avons montré que la diversité modère également d’autres déterminants de l’innovation d’équipe. Pour des niveaux de diversité d’âge faibles l’élaboration d’information relevant à la tâche à médié la relation entre la valeur organisationnelle perçue d’innovation et l’innovation d’équipe (Chapitre 4, Article 3). En complément, des analyses et études supplémentaires ont été réalisées afin d’étudier de manière plus approfondie les déterminants de l’innovation ainsi que le rôle, le type, et les effets de la diversité dans les équipes. Pour conclure, ces résultats montrent l’importance d’étudier les interactions entre la diversité et les facteurs déterminants de l’innovation dans les équipes de travail. / The objective of this dissertation is to study the team-level antecedents of innovation at work, as well as the role of team diversity’s in these relationships. The diversity of team member attributes is generally studied as an input of team outcomes; however, we argue that it can also adopt a more complex contextual role. With the purpose of evaluating the determinants of team innovation, several studies were carried out on: an Italian postal service organization (1) and on an Italian military organization (2). We found a positive relationship between age diversity and team creativity (Chapter 2, Article 1). This relationship was stronger at higher levels of perceived age inclusion climate than at lower levels. Additionally, diversity may also have a moderating effect between team-level factors and innovation. More precisely, a positive relationship was identified between transactive memory system and military unit innovation, and this relationship was moderated by grade diversity (Chapter 3, Article 2). At higher levels of military grade diversity, the effect of transactive memory on innovation became non-significant. Finally, we showed that diversity also moderated the effect of other team-level determinants of innovation. For low levels of team age diversity the elaboration of task-relevant information mediated the relationship between the perceived organizational value of innovation and team innovation (Chapter 4, Article 3). In addition, several analyses and additional studies were carried out with the purpose of studying more precisely the determinants of innovation as well as the role, type, and effects of team diversity. In conclusion, these results show the importance of studying the interactions between diversity and the antecedents of innovation in teams.

Le travail présenté dans cette thèse s'intéresse à la modélisation de systèmes à base d'agents (situés) pour la résolution de problèmes de partage de ressources critiques. Nous voyons que les systèmes multi-agents manifestent des caractéristiques qui les rendent appropriés à l'implantation industrielle en environnement ouvert et dynamique. Le problème de partage de ressources critiques exhibe les caractéristiques des systèmes complexes (interactions rétroactives entre les sous-parties du problème), et peut s'exprimer d'un point de vue algorithmique comme un problème d'optimisation combinatoire (accroissement exponentiel du nombre de combinaisons à évaluer pour les résoudre lorsque la taille des problèmes augmente). Dans le cadre de la modélisation générique que nous proposons pour ce problème, nous devons donc corréler la complexité des relations héritées du problème avec la complexité des relations liées à la décentralisation des agents en interaction. Nous devons aussi permettre une convergence rapide du système modélisé vers une configuration satisfaisante qui matérialise une solution pour le problème traité, parmi un grand ensemble de configurations disponibles. Les systèmes multi-agents abordent le problème de partage de ressources critiques comme un problème de négociation décentralisée. En décentralisant le processus de résolution, on se confronte à la difficulté de corrélation de comportements locaux par rapport aux propriétés globales du système. Nous contribuons par cette étude à identifier des limitations des approches multi-agents, et proposons deux modèles qui illustrent ces difficultés : une mauvaise coordination de l'ensemble de l'activité des agents entraîne un dysfonctionnement qualifié de `suractivité agent' qui enraille la convergence vers une solution recherchée. Ceci nous amène à envisager le défaut de 'suractivité' comme un problème de perception décentralisée, et à proposer une approche innovante : CESNA (Complex Exchanges between Stigmergic Negotiating Agents). Des agents négocient à travers un réseau la validation de contrats qui leur conviennent. Lorsque tous les agents sont satisfaits, on obtient une solution pour le problème. Certaines mesures montrent la diffusion d'informations de coordination complexes du niveau local (des agents) au niveau global (du système) et vice versa à travers le réseau de négociation. Nous mesurons par ailleurs des performances de résolution comparables à celles que l'on connaît pour les approches spécifiques de coloration de graphe. Ces résultats prometteurs soulignent les capacités de perception émergente et d'auto-organisation résultats d'interactions complexes entre les agents, ils mettent à jour la pertinence de cette nouvelle façon d'envisager les relations complexes entre agents pour le partage de ressources critiques. Il nous semble intéressant d'envisager l'expression des relations complexes que nous proposons pour d'autres domaines applicatifs.

Au vu de l'omniprésence des oxydes de fer dans le milieu naturel, et en particulier la goethite et l'hématite qui sont les formes les plus stables, mais aussi de la prolifération des contaminants émergents dans l'environnement, comme les fluoroquinolones, notre objectif a été d'étudier leur réactivité et de définir les mécanismes de sorption et d'oxydoréduction à l'interface oxyde/solution dans des conditions statiques (batch) et hydrodynamiques contrôlées (colonne) en couplant une étude macroscopique (techniques chromatographiques, LC/MS, LC/UV) avec une approche microscopique (spectroscopie vibrationnelle et XPS) et de modélisation mécanistique (TPM et CD-MUSIC). Ces travaux mettent en évidence les principaux mécanismes responsables de la transformation des molécules organiques à la surface d'un oxyde de fer, et donc fournissent des informations nécessaires à la compréhension du devenir des contaminants émergents dans l'environnement. / Given the ubiquity of iron oxides in environmental settings, particularly goethite and hematite, the most stable forms, but also the proliferation of emerging contaminants, such as fluoroquinolones, in the environment, our goal was to study their reactivity and describe mechanisms of sorption and redox at oxide /solution interfaces in static batch) and hydrodynamic conditions (column) by coupling a macroscopic study (LC/MS, LC/UV) with a microscopic/molecular approach (vibrational spectroscopy and XPS) and mechanistic modeling (TPM and CD-MUSIC).. These works highlight the main mechanisms responsible of the transformation of organic molecules on iron oxide surfaces and thus provide valuable information necessary for the understanding of the fate of emerging contaminants in the environment.

Les Henipavirus sont des paramyxovirus zoonotiques émergents hautement pathogènes. Ils sont capables d’infecter un large spectre d’hôtes incluant notamment la chauve-souris frugivore (réservoir naturel), le porc et l’homme. Etant donné leur très grande dangerosité et en l’absence de traitements curatifs ou prophylactiques efficaces, ces virus doivent être manipulés dans un laboratoire de classe P4. Dans une première partie, nous étudions l’effet de composés glyco-amino-glycanes sur l’infection par les Henipavirus ainsi que leur potentielle application en tant que traitement. Dans une seconde partie, nous nous attachons à comprendre les interactions entre le système immunitaire de l’hôte et le virus. Afin de mieux comprendre ces interactions, nous avons utilisé une approche basée sur l’utilisation de souris déficientes pour certaines voies de l’immunité. En effet, bien que les récepteurs cellulaires au virus (EFN B2 et B3) soient fonctionnels chez la souris, celle-ci est résistante à l’infection par voie intrapéritonéale. Nous avons analysé la susceptibilité au virus Nipah (NiV) de souris privées de différentes voies du système immunitaire inné et adaptatif. Les résultats obtenus permettent d’envisager certaines lignées de ces souris comme nouveaux modèles animaux pour l’étude de l’immunopathogénèse du NiV. Cette étude suggère aussi que le système interféron de type I joue un rôle crucial dans la limitation de la propagation virale vers le cerveau et que les lymphocytes T sont nécessaires à la complète élimination du virus. Les macrophages jouent, quant à eux, un rôle central et indispensable, à l’interface entre système inné et adaptatif. Enfin, nous abordons les prémices d’un projet visant à identifier les différences d’interactions au niveau moléculaire entre les protéines non-structurales du virus et les protéines du système immunitaire inné chez l’Homme et la souris afin de voir s’il se dégage des différences d’interactions pouvant expliquer les différences de pathogénie. Ces travaux ont donc permis d’identifier de nouveaux modèles animaux et de mieux caractériser les interactions entre le pathogène et le système immunitaire de l’hôte, de l’échelle moléculaire à l’échelle de l’organisme entier. Néanmoins, les mécanismes précis de ces interactions restent à élucider et permettront certainement de mieux comprendre la grande diversité de pathogénie des Henipavirus. / Henipaviruses are highly pathogenic emerging zoonotic paramyxoviruses. They can infect a broad spectrum of mammals including flying foxes (Pteropus fruit bats), its reservoir, pigs and humans. As there are neither therapeutic drugs nor efficient prophylactic treatment towards these highly lethal viruses, they have to be manipulated in biosafety level-4 laboratories. In the first part of this thesis, we study the role of glyco-amino-glycans on Henipavirus infection and their potential use as treatment. In the second part, we describe the interaction between the host immune system and the pathogen. To investigate these interactions, we took advantage of different transgenic mouse models deficient for some immune pathways. Indeed, although mice possess the viral entry receptor for Henipaviruses, they do not succumbed to intraperitoneal infection. We analyzed the susceptibility to Nipah virus (NiV) infection of mice deleted for different components of innate and adaptive immune systems. Obtained results showed that some of these mice can be used as new models for NiV immunopathogenesis study. This study also suggests that type I interferon system plays a major role in limitation of viral spreading to the brain and that T cells are necessary for full viral clearance. Macrophages act at the crossroad of immunity, between innate and adaptive system. Finally, we deal with the preliminary phases of a project which aims to identify the differences, at a molecular level, of interaction between non-structural viral proteins and innate immunity proteins in mice and human. Such differences could explain the different clinical patterns that are observed in these species. In conclusion, this thesis allowed to identify new animal models and to better characterize host-pathogen interactions, from molecular to whole organism level. However, the precise mecanisms of these interactions remain to be elucidated and would probably help to understand the great diversity of pathogeny of Henipaviruses.