Notre première étude épidémiologique s'est intéressée aux causes et facteurs de l'obésité juvénile au Liban. Elle montre que 17.1 % des adolescents Libanais sont en surpoids et 4.5% sont obèses. Les garçons sont plus en surpoids et obèses comparés aux filles (23% et 8.1% vs 12.7 et 1.8%). L'obésité, surtout chez les garçons, est associée à des habitudes sédentaires, à une déstructuration alimentaire et à un statut socioéconomique élevé. L'excès de masse grasse et les désordres métaboliques et hormonaux associés à l'obésité, surtout chez les adolescentes, aggravent le stress oxydant (SO). Ainsi, dans notre deuxième étude nous avons examiné l'effet de l'insulino‐résistance (IR) et de l'inflammation dans la survenue du SO au repos et en réponse à un exercice exhaustif chez les adolescentes en surpoids. Ces dernières présentent un SO plus élevé au repos (diminution du rapport GSH/GSSG, α‐tocophérol et GPx) et en réponse à un exercice exhaustif (augmentation F2‐Isop, ROOH, MPO) en comparaison aux adolescentes non obèses. Ce SO est corrélé à la composition corporelle et à l'IR et à l'inflammation basales. Toutefois, le paramètre déterminant du SO post‐exercice dans le groupe en surpoids était la surconsommation d'oxygène. L'entraînement aérobie est connu pour augmenter la résistance de l'organisme contre le SO induit par l'exercice chez le sujet sain. Notre dernier objectif, a été d'examiner l'effet de 3 mois d'entraînement aérobie multivarié sur le SO post‐exercice chez des adolescentes en surpoids. L'entraînement, en améliorant la composition corporelle chez les adolescentes en surpoids, a atténué la peroxidation lipidique et l'inflammation post‐exercice (F2‐IsoP, ROOH, LDLox, MPO) renforçant ainsi la tolérance de l'organisme vis‐à‐vis du SO induit par l'exercice

L'essentiel de nos travaux concernant les systèmes halieutiques et épidémiologiques sont présentés dans les chapitres 2 et 3. Au chapitre 1, nous faisons un bref rappel de certains travaux antérieurs en théorie du contrôle dont nous avons utilisé certains résultats par la suite pour l'étude des bio-systèmes. Nous avons choisi de détailler certaines parties qui ne figurent pas dans les articles fournis ou qui ne sont pas publiées. Nous finissons par présenter quelques perspectives et projets de recherche que nous comptons développer. En annexe, nous reproduisons sept articles qui contiennent les preuves et les détails techniques des résultats exposés dans les chapitres 1, 2 et 3.

Ce manuscrit décrit la distribution géographique des génotypes de Mycobacterium tuberculosis dans une large partie de la Chine, et l'étude d'une éventuelle corrélation avec la vaccination BCG et la résistance aux antibiotiques. La prévalence de la résistance a été analysée dans 10 provinces, et les mutations responsables de la résistance à la rifampicin et à l'INH ont été recherchées. La distribution des différents génotypes a été analysée par spoligotypage, par l'identification de délétions génomiques et par l'analyse du polymorphisme de répétitions en tandem (MLVA). Le génotype Beijing représente 55 à 93% des souches dans les provinces étudiées, avec un gradient allant du Sud vers le Nord de la Chine. Plusieurs autres familles sont identifiées, toutes appartenant à la clade dite " Moderne ". Les familles " Chine 2 " et " Chine 3 " qui représentent l'essentiel des autres souches sont rares en dehors de la Chine. Quelques souches de la famille CAS (Central Asia) sont également rencontrées dans une province et un ancêtre possible de la lignée Beijing dans une autre. La prévalence de la résistance aux antibiotiques a été mesurée parmi plus de 2000 isolats de 10 provinces. Le pourcentage de souches résistantes à au moins une drogue est de 45% et celui des souches multirésistantes est d'environ 29%. En Chine, à la différence d'autres pays, aucune corrélation n'est observée entre le génotype Beijing et la vaccination BCG. La distribution des mutations du gène rpoB a été déterminée ainsi que les mutations responsables de la résistance à l'INH. Aucune mutation n'est observée dans les gènes oxyR et ahpC. Cette étude est la première étude de grande envergure effectuée en Chine sur la diversité génétique de M. tuberculosis et sur les mécanismes de résistance aux antibiotiques.

Contexte et objectif de la recherche: La réalité et l'importance des effets sanitaires de l'exposition à l'ochratoxine A (OTA), une mycotoxine ubiquitaire de l'alimentation, posent encore aujourd'hui de nombreuses questions. L'évaluation du risque lié à l'OTA s'est en effet jusqu'ici essentiellement fondée sur des travaux expérimentaux chez l'animal (néphrotoxicité et cancérogénicité), en raison notamment de difficultés méthodologiques inhérentes à l'étude des risques faibles d'une part et à l'étiologie des affections rénales d'autre part. Notre objectif global est d'apporter de nouveaux éléments qualitatifs et quantitatifs dans l'évaluation du risque lié à l'OTA, ce en adoptant des approches d'observation et de modélisation. Matériels et méthodes: Nos recherches s'inscrivent dans les populations française, pour laquelle les résultats de l'évaluation de l'exposition interrogent les méthodes utilisées, et tunisienne, dans laquelle d'une part une affection rénale chronique de type interstitiel et idiopathique est suspectée par certains néphrologues d'être endémique et liée à l'OTA. D'autre part les conditions climatiques et les habitudes alimentaires favoriseraient le développement de moisissures productrices d'OTA et l'exposition à cette toxine. Nous développons trois approches épidémiologiques : (1) une description de l'incidence des insuffisances rénales chroniques terminales traitées (IRCT) en Tunisie sur la période 1992-2001 s'intéressant notamment aux pathologies primaires (en particulier : néphropathies interstitielles) et aux variations régionales ; (2) un travail de modélisation de l'exposition de la population française avec étude de sensibilité relative à la variabilité des données de contamination et de consommation et à l'incertitude liée au modèle ; (3) la mise en place d'une étude épidémiologique de type transversal et multicentrique en population tunisienne, le protocole OTARI (OTA, Tunisie, Alimentation, Rein, Investigation), dans lequel l'exposition à l'OTA et d'éventuels effets néphrotoxiques infra-cliniques sont recherchés à l'aide d'indicateurs et de marqueurs biologiques. Principaux résultats: (1) La transition épidémiologique décrite en Tunisie est visible au niveau rénal via l'évolution de l'incidence de l'IRCT au cours des 10 dernières années. En effet, nous observons une importance considérable quoique décroissante des pathologies primaires d'origine infectieuse et une augmentation forte des cas liés à une affection chronique (diabète ou hypertension artérielle). Les causes interstitielles sont également en forte progression, possiblement liées à des expositions toxiques (médicaments et mycotoxines). La prépondérance des causes indéterminées et un accès encore inégal aux soins spécialisés limitent toutefois l'interprétation. (2) La variabilité des données de contamination par l'OTA peut être prise en compte dans l'évaluation de l'exposition par des approches probabilistes de type non-paramétrique, et en choisissant un modèle avec tirage des valeurs de contamination par « occasion de consommation » dans le cas de populations évoluant dans un système agro-alimentaire complexe. Par ailleurs, moyennant l'application d'une méthode de réduction de la variance intraindividuelle des ingérés, trois jours non-consécutifs de consommation suffisent à l'estimation de l'exposition usuelle de la population française à l'OTA. En revanche, l'utilisation de biomarqueurs est recommandée au niveau individuel. (3) L'étude pilote OTARI réalisée sur un échantillon de 59 personnes suggère une exposition faible dans la population d'étude et interroge sur la généralisation de cette tendance à la population tunisienne, sur un effet de calendrier (année et mois), ou sur l'existence de « poches » d'exposition encore à identifier et reliées à des situations de mono-consommation et de précarité générale des conditions de vie. Conclusion: Dans l'ensemble, nos résultats, tant méthodologiques qu'opérationnels, suggèrent que l'exposition à l'OTA est faible dans la population française et ne constituerait un facteur de risque potentiel pour certaines néphropathies en population tunisienne qu'en cas de cumul de conditions défavorables au maintien de l'intégrité rénale. Les normes sanitaires relatives à l'OTA illustreraient-elles un certain « paradoxe de la précaution » ?

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Résumé : Aux soins intensifs (SI), une diminution du décompte plaquettaire peut avoir un impact important. Des études ont démontré une association entre la thrombopénie et la durée de séjour, les saignements, les transfusions et la mortalité. Les facteurs qui prédisent une thrombopénie varient selon les populations étudiées. Les médicaments sont souvent suspectés, mais peu ont été indépendamment associés à la thrombopénie aux SI. Les études publiées à ce jour souffrent de plusieurs limites. Les objectifs de cette thèse étaient de décrire l’épidémiologie, identifier les facteurs de risque associés, d’évaluer l’impact sur la morbidité et la mortalité et d’évaluer les causes indépendantes médicamenteuses de thrombopénie aux SI. Une cohorte rétrospective a été créée à partir de données administratives et cliniques afin de décrire l’épidémiologie, et d’évaluer les facteurs prédictifs et les conséquences de la thrombopénie aux SI. Par la suite, une étude cas-témoin a été entreprise en sélectionnant les patients qui ont souffert d’une thrombopénie de cause indéterminée afin de déterminer les associations entre les médicaments fréquemment utilisés aux SI et la thrombopénie. Un total de 20 711 patients a été inclus dans l’analyse. La prévalence et l’incidence de thrombopénie ont été de 13,3% et 7,8%, respectivement. La thrombopénie a été indépendamment associée à une augmentation des saignements majeurs (aRC 1,32 95% CI 1,20-1,46). Après des ajustements statistiques, la thrombopénie était associée à une augmentation de mortalité (aRC 1,25 IC95% 1,20-1,31). L’impact sur la mortalité a été le plus important dans les catégories d’admission suivantes: cancer, respiratoire, digestif, génito-urinaire et infectieuses. Les facteurs de risque indépendants suivants ont été identifiés: l’âge, le genre masculin, la ventilation mécanique, l’alcoolisme, la cirrhose hépatique, le décompte plaquettaire à l’admission, l’hypersplénisme, le ballon intra-aortique, le choc septique, l’hépatite aiguë, la chirurgie de pontage coronarien et les maladies thromboemboliques. Dans l’étude cas-témoin, 200 cas de thrombopénie ont été identifiés après l’exclusion des maladies fortement associées. Ces cas ont été appariés à 200 témoins admis dans la même année. Parmi les 15 classes de médicaments évalués, seules les quinolones 1,67 (IC95% 1,00-2,87) ont été indépendamment associées à la thrombopénie dans le modèle final. En conclusion, la thrombopénie est indépendamment associée à une hausse de la mortalité qui varie grandement selon la catégorie d’admission. Les facteurs de risque sont nombreux et incluent des facteurs modifiables. Bien que les médicaments soient fréquemment soupçonnés, seules les quinolones semblent être associées à la thrombopénie aux SI. // Abstract : In the intensive care unit, a reduction in platelet counts can have a major impact on patient outcomes. Studies have showed an association between thrombocytopenia and length of stay, bleeding, blood product administration and mortality. Predictors of thrombocytopenia in the intensive care setting vary according to studies. Although medications are often suspected as potential causes, few have been independently associated with thrombocytopenia. In addition, published studies have many limits including small sample sizes, probable residual confounding, and inclusion of invasive interventions. The objectives of the thesis are to describe the epidemiology of thrombocytopenia, identify its risk factors, evaluate its impact on morbidity and mortality, and evaluate the drug-induced causes of thrombocytopenia. A retrospective cohort was created using administrative and clinical data. In the first study, multivariate analysis was used to identify risk factors. In the second study, a case control strategy was used to determine the association between thrombocytopenia and drugs commonly used in the intensive care unit previously associated with thrombocytopenia. A total of 20 711 patients were included in the analysis. The prevalence and incidence of thrombocytopenia defined as a platelet count below 100 x 10[superscript 9]/L were 13.3% and 7.8%, respectively. Thrombocytopenia was independently associated with an increase in the risk of major bleeding (aOR 1.32 95% CI 1.20-1.46). After adjusting for confounders, thrombocytopenia was associated with an increased risk of hospital mortality (aOR 1.25 IC95% 1.20-1.31). The impact of thrombocytopenia on mortality was the most important in the following diagnostic categories: cancer, respiratory, digestive, genitourinary, and infectious. The following independent risk factors were identified: age, male gender, admission platelet counts, mechanical ventilation, alcoholism, liver cirrhosis, hypersplenism, intra aortic balloon pumps, septic shock, acute hepatitis, coronary bypass surgery and venous thromboembolism. In the case control study, 200 cases were identified after exclusion of patients with diseases strongly associated with thrombocytopenia and paired with 200 controls admitted in the same year. Among the 15 medication classes evaluated, only quinolones 1.67 (IC95% 1.00-2.87) were independently associated with thrombocytopenia. In conclusion, thrombocytopenia is independently associated with an increased risk of mortality, which varies according to diagnostic admission categories. Risk factors are numerous and some are modifiable. Although medications are often suspected, only quinolones were statistically associated with thrombocytopenia.

Résumé : Le Campylobacter est la première cause de gastro-entérites bactériennes dans les pays industrialisés. La grande majorité des cas sont des infections sporadiques dont la source est rarement identifiée. Le Campylobacter fait partie de la flore intestinale normale d’une large diversité d’animaux et peut également se retrouver dans l’eau. Le but de mon projet de recherche était d’étudier l’épidémiologie clinique et moléculaire des infections à Campylobacter en Estrie afin de déterminer les principales sources d’infections sporadiques et de comparer les génotypes des isolats de Campylobacter selon les différentes niches écologiques. Nous avons déterminé le profil de sensibilité aux antibiotiques d’isolats de différentes sources. Nous avons observé un haut taux de résistance à l’érythromycine et à la tétracycline et un faible taux de résistance à la ciprofloxacine chez les isolats de poulet, pouvant refléter l’utilisation de ces antibiotiques dans cet élevage. Le fait que le taux de résistance à l’érythromycine parmi les isolats humains soit significativement moins élevé que chez les isolats de poulet suggérait l’importance d’autres sources de Campylobacter chez l’humain. Afin de déterminer quelle méthode de typage moléculaire serait la mieux adaptée pour notre devis de recherche, nous avons comparé quatre méthodes (AFLP, MLST, typage du gène fla et EGCP). Seul le MLST a pu attribuer des isolats humains à des niches écologiques particulières comme le poulet, le lait cru et l’eau. Afin d’optimiser la technique de MLST, nous avons développé un système complémentaire basé sur le HRM, qui est beaucoup plus rapide et moins coûteux que le MLST. Nous avons démontré que le HRM a le potentiel de complémenter les méthodes d’analyses basées sur du séquençage pour l’étude des mutations ponctuelles et de faciliter une vaste gamme d’études basées sur des méthodes génotypiques, telle la détection de mutations ponctuelles qui confèrent de la résistance aux antibiotiques. Nous avons entrepris par la suite une étude cas-cas et un vaste projet d’isolement et de caractérisation moléculaire de souches de Campylobacter en Estrie, afin de véritablement cerner les mécanismes de transmission de la bactérie et de comparer les sources d’infections sporadiques chez les cas acquis en régions rurales vs urbaines. Nous avons confirmé que le poulet était responsable de la majorité des cas de campylobactérioses. Cependant, nos résultats suggèrent que la saisonnalité ainsi que le gradient urbain-rural de la campylobactériose sont dus à l’exposition aux souches bovines, particulièrement chez le groupe d’âge des 15-34 ans via l’exposition professionnelle. Par la détermination des sources d’infections, nous avons établi des pistes d’interventions utilisables par les autorités de santé publique, afin de diminuer l’incidence de la campylobactériose au Québec. / Abstract : Campylobacteriosis is the leading notifiable enteric disease in industrialised countries. It colonizes a wide range of animal which in turn spread the disease. The majority of campylobacteriosis cases are sporadic infections for which the source is rarely apparent. The main goal of my research project is to determine contamination sources of Campylobacter in the Eastern Townships, to identify the sources and routes of transmission and to establish the main sources of sporadic infections. We determined antimicrobial susceptibility profiles of Campylobacter isolates in order to predict which bacterial population will be resistant, caused by antimicrobial selective pressure administered to the host. High levels of resistance of chicken isolates to erythromycin and tetracycline, and low levels of resistance to ciprofloxacin reflect the use of the former antibiotics in animal husbandry. The fact that the erythromycin and tetracycline resistance levels were significantly lower among human isolates suggests that other transmission sources are important for human infection. In order to determine which molecular typing method will be the most relevant for our research design, we compared four typing methods (AFLP, MLST,/7a typing and PFGE). Only MLST has the potential to link isolates to a particular ecological niche, such as chicken, raw milk and water. In order to optimize MLST, we developed a complementary system based on HRM. We demonstrated that HRM has the potential to complement the analysis methods based on sequencing for SNP and facilitate a wide range of studies based on genotypic methods. We have subsequently undertaken a major project of isolation and molecular characterization of Campylobacter in the Eastern Townships, in order to truly understand the mechanisms of transmission of the bacteria and determine the source of sporadic cases. We confirmed that chicken was responsible for the majority of cases of campylobacteriosis. However, we have shown that the urban-rural gradient of campylobacteriosis in the Eastern Townships could be explained by exposure to bovine, especially for the 15-34 year old age group through occupational exposure. By the identification of infection sources, we proposed courses of action that could be used by public health authorities to reduce the incidence of campylobacteriosis in Quebec.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.