Depuis quelques années, l'évolution moléculaire cherche à caractériser les variations et l'intensité de la sélection grâce au rapport entre taux de substitution synonyme et taux de substitution non-synonyme (dN/dS). Cette mesure, dN/dS, a permis d'étudier l'histoire de la variation de l'intensité de la sélection au cours du temps ou de détecter des épisodes de la sélection positive. Les liens entre sélection et variation de taille efficace interfèrent cependant dans ces mesures. Les méthodes comparatives, quant a elle, permettent de mesurer les corrélations entre caractères quantitatifs le long d'une phylogénie. Elles sont également utilisées pour tester des hypothèses sur l'évolution corrélée des traits d'histoire de vie, mais pour être employées pour étudier les corrélations entre traits d'histoire de vie, masse, taux de substitution ou dN/dS. Nous proposons ici une approche combinant une méthode comparative basée sur le principe des contrastes indépendants et un modèle d'évolution moléculaire, dans un cadre probabiliste Bayésien. Intégrant, le long d'une phylogénie, sur les reconstructions ancestrales des traits et et de dN/dS nous estimons les covariances entre traits ainsi qu'entre traits et paramètres du modèle d'évolution moléculaire. Un modèle hiérarchique, a été implémenté dans le cadre du logiciel coevol, publié au cours de cette maitrise. Ce modèle permet l'analyse simultané de plusieurs gènes sans perdre la puissance donnée par l'ensemble de séquences. Un travail deparallélisation des calculs donne la liberté d'augmenter la taille du modèle jusqu'à l'échelle du génome. Nous étudions ici les placentaires, pour lesquels beaucoup de génomes complets et de mesures phénotypiques sont disponibles. À la lumière des théories sur les traits d'histoire de vie, notre méthode devrait permettre de caractériser l'implication de groupes de gènes dans les processus biologique liés aux phénotypes étudiés. / In recent years, molecular evolution seeks to characterize the variation and intensity of selection through the ratio between non-synonymous and synonymous substitution rates (dN/dS). The dN/dS measure was either used to study the history of the variation of the intensity of selection over time or to detect episodes of positive selection. Correlations between selection and variations of the effective population size interfere in these measurements. The Comparative method can measure correlations between quantitative traits along a phylogeny. They are also be used to test hypotheses of correlated evolution of life history traits, like the body mass, and the substitution rate. We propose an approach combining the comparative method based on the principle of independent contrasts and a model of molecular evolution in a Bayesian probabilistic framework. By integrating along a phylogeny both ancestral reconstructions of lines and of dN/dS we estimate the covariance among traits and between traits and parameters of the model of molecular evolution. A hierarchical model was implemented in the software coevol published during this master. This model allows the simultaneous analysis of multiple genes within a single model. Parallel calculations allow increasing the size of the model to the genome scale. We studied placental mammals, where many complete genomes and phenotypic measurements are available. Based on theories of life history traits, our method is expected to characterize the association of groups of genes in biological processes related to the studied phenotypes.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les Cypriniformes sont un ordre de poissons téléostéens d’eau douce composé d’environ 4000 espèces. Ils sont caractérisés par l’absence de dents orales et la présence de dents pharyngiennes uniquement sur le cinquième cératobranchial. Cependant, par rapport à d’autres groupes, leur denture pharyngienne présente une diversité très importante en termes de nombre et surtout de forme de dents. J’ai donc étudié l’étendue de la diversité de la denture pharyngienne chez les Cypriniformes, dans un cadre phylogénétique, permettant ainsi de mettre en évidence des tendances évolutives. Au sein des Cypriniformes, j’ai étudié certains groupes plus en détail, au regard de leur importance et de leur diversité. J’ai cherché à comprendre quels pouvaient être les facteurs expliquant la diversité de la denture pharyngienne et il s’avère que ces facteurs sont différents selon les groupes de Cypriniformes étudiés. Alors que le régime alimentaire semble être un facteur essentiel chez les Cyprininae, cela n’est pas le cas chez les Leuciscinae pour lesquels il y a surtout un héritage phylogénétique important. Chez un autre groupe, les Danioninae, c’est en revanche le type de développement qui explique la diversité des dents pharyngiennes. Cette étude détaillée de la diversité de la denture pharyngienne des Cypriniformes va permettre d’utiliser ce groupe comme nouveau modèle d’évo-dévo des dents grâce au poisson-zèbre qui est un modèle de biologie du développement. Dans ce cadre, une première étude d’un mutant chez le poisson-zèbre a permis de mettre en évidence le rôle de l’acide rétinoïque dans le développement et l’évolution du nombre et de la forme des dents chez les Cypriniformes. Ce travail a donc permis d’explorer la diversité de la denture pharyngiennes des Cypriniformes, de mettre en évidence des tendances évolutives et de comprendre certains facteurs à l’origine de cette évolution. / Cypriniformes are the most diverse freshwater fish clade with around 4,000 species. They are characterized by the absence of oral teeth and the presence of pharyngeal teeth restricted to the fifth ceratobranchials. Yet, compared to other groups, their pharyngeal dentition displays a huge diversity both in terms of number and shape. I have investigated the extant of the diversity of the pharyngeal dentition in Cypriniformes, in a phylogenetic framework, allowing to decipher evolutionary trends. I have studied several groups within Cypriniformes in more details, because of their importance in terms of diversity. I have tried to understand what factors could explain this diversity of pharyngeal dentition and it appeared that those factors could be different according to each group. Whereas diet and other ecological factors are important in Cyprininae, it is not the case in Leuciscinae in which there are essentially phylogenetic signals. In another group, Danioninae, it is the type of development which explains the diversity of pharyngeal dentition. This detailed study of the diversity of pharyngeal dentition in Cypriniformes will allow to use this group as a new model of Evo/devo of teeth thanks to the zebrafish, which is already a model in developmental biology. In this context, a first study of a zebrafish mutant displaying dental defects has shown the role of retinoic acid in the development and the evolution of tooth number and shape in Cypriniformes.This work is an exploration of the diversity of the pharyngeal dentition in Cypriniformes, allowing to point out evolutionary trends and to understand factors that account for the evolution of pharyngeal teeth.

L’atrazine, un des herbicides les plus utilisés pour contrôler le développement des plantes adventices dans les cultures, a conduit à la contamination de l’environnement. L’exposition chronique à cet herbicide a conduit à l’émergence de populations microbiennes du sol capables de dégrader l’atrazine et de l’utiliser comme une source d’azote pour leur croissance. Ces populations microbiennes sont responsables de la biodégradation accélérée (BDA) de l’atrazine, un service écosystémique contribuant à diminuer la persistance de cet herbicidedans l’environnement. L’objectif de ce travail était d’étudier les mécanismes génétiques et physiologiques responsables du fonctionnement et de l’amélioration de ce service écosystémique. Nous avons appliqué une démarche expérimentale allant des gènes codant la dégradation à des communautés microbiennes afin d’identifier les processus adaptatifs impliqués dans l’évolution de la fonction de BDA de l’atrazine.Le premier volet a consisté à évaluer l’importance de mutations accumulées dans le gène atzA dans la transformation de l’atrazine en hydroxyatrazine catalysée par AtzA. Le séquençage de gènes atzA de différents isolats bactériens dégradant l’atrazine (Pseudomonas sp. ADP WT, Pseudomonas sp. ADP Ps et différents Chelatobacter heintzii) a montré que la séquence du gène atzA était très conservée. Toutefois quatre mutations non silencieuses ont pu être identifiées (1 chez Pseudomonas sp. ADP MSE et 3 chez Chelatobacterheintzii). La modélisation de la structure de la protéine AtzA a permis de montrer que trois des mutations étaient situées dans des régions importantes (site actif, poche de liaison avec l’atrazine et liaison avec le métalFe2+. [...] Le second volet a consisté à étudier la plasticité de la voie de biodégradation de l’atrazine dans deux conditions opposées : (i) la première visait à évaluer la persistance de la capacité de dégradation en absence de pression de sélection et (ii) la seconde visait à évaluer l’évolution de la capacité de dégradation en présence d’une pression de sélection élevée. Pour conduire ces études, des manipulations d’évolution expérimentale sur Pseudomonas sp. ADP ont été menées. (i) L’exposition à l’acide cyanurique, intermédiaire métabolique de l’atrazine, a conduit à la sélection d’une population nouvellement évoluée capable de croître plus rapidement dans un milieu de culture ne contenant que l’acide cyanurique comme source d’azote. Cette population est caractérisée par une délétion d’une région de 47 kb du plasmide ADP1 contenant les gènes atzABC. Les analyses conduites ont permis de conclure que le gain de compétitivité de la population évoluée résidait dans la perte du fardeau génétique représenté par la région de 47 kb, la capacité de dégradation de l’acide cyanurique restant inchangée. (ii) L’exposition à l’atrazine a conduit à la sélection d’une populationnouvellement évoluée caractérisée par l’insertion du plasmide ADP1 en quasi-totalité sur le chromosome bactérien. [...] Le troisième volet a consisté à développer un outil permettant d’évaluer, à l’échelle d’une communauté microbienne synthétique, l’évolution du potentiel génétique dégradant. Pour ce faire quatre souches dégradantes dont une, Arthrobacter sp. TES6, isolée au cours de cette étude, ont été choisies. [...] Ces travaux montrent que la fonction de biodégradation accélérée de l’atrazine est très versatile et qu’elle est en constante évolution. Il met en évidence que le principal facteur pilotant cette évolution est le niveau d’exposition des populations dégradantes au pesticide. / Atrazine, one of the most used herbicide to control the development of weeds in crop, has led to the contamination of the environment. Repeated exposure to this herbicide resulted in the emergence of microbial populations able to degrade atrazine and to use it as a nitrogen source for its growth. These microbial populations are responsible for accelerated biodegradation of atrazine (BDA), a key ecosystemic service diminishing the persistence of this herbicide in the environment. The aim of this PhD work was to study genetic and physiological mechanisms responsible for functioning and improving of this ecosystemic service. We applied an experimental approach starting from genes to communities degrading atrazine in order to identify processes of adaptation involved in the evolution of accelerated biodegradation function.The first part of the PhD aimed at evaluating the importance of accumulation of single mutations in the atzA gene for the activity of AtzA transforming atrazine to hydroxyatrazine. Sequencing or atzA genes amplified from different atrazine-degrading isolates (Pseudomonas sp. ADP WT, Pseudomonas sp. ADP Ps and differents Chelatobacter heintzii) showed that atzA sequence was conserved. However, four non synonymous mutations were identified (1 for Pseudomonas sp. ADP Ps and 3 for Chelatobacter heintzii). Modeling of AtzA structure showed that three mutations were located in important regions (active site, interaction with atrazine and with the metal Fe2+). [...] The second part aimed at studying the plasticity of the atrazine-degrading pathway in two opposed conditions: (i) one aiming at evaluating the persistence of degrading capability in absence of selection pressure and (ii) a second one aiming at evaluating the evolution of degrading capability under high selection pressure exerted by atrazine. With these aims, experimental evolutions were carried out with Pseudomonas sp. ADP. (i) We showed that cyanuric acid exposure led to the selection of a newly-evolved population characterized by increased growing ability on culture medium containing this substance as nitrogen source. This population is characterized by the deletion of a 47 kb region containing atzABC genes from ADP1. We showed that increased fitness of newly-evolved population was due to the selective loss of the genetic burden represented by the 47 kb region, the cyanuric acid degrading ability remaining unchanged. (ii) Atrazine exposure led to the selection of population characterized by the insertion of ADP1 plasmid in the bacterial chromosome. [...] The third part aimed at developing a tool allowing monitoring the evolution of atrazine-degrading genetic potential at the scale of a synthetic microbial community. To do so four degrading strains among which, one was isolated in this study, were chosen. [...] Altogether, these results showed that the atrazine accelerated biodegradation function is highly versatile and under constant evolution. Furthermore, they highlight that the exposure to atrazine is the key parameter driving the evolution of degrading population

Le modèle étudié est l’agent phytopathogène vasculaire Ralstonia solanacearum, en portant une attention particulière aux souches de phylotype II. Cette bactérie d’origine tellurique est très diversifiée, tant au plan génétique que phénotypique. Sa classification en constante évolution témoigne d’une volonté de clarifier cette biodiversité inhabituellement forte, tout en cherchant à reconnaître les écotypes structurant ce complexe d’espèces, i.e., des groupes de souches partageant à la fois des traits génotypiques et biologiques spécifiques. Dans le cadre de ce pathosystème modèle, nous nous sommes attachés dans un premier temps à revisiter de façon précise les pathotypes au sein d’écotypes bien décrits dans la littérature, ou à en faire la description (phylotype III africain). Nous avons observé une forte convergence phénotypique entre les souches de phylotype III des hauts plateaux africains et les souches Brown rot de phylotype IIB-1, capables de flétrir la pomme de terre et d’autres Solanacées à température froide. L’adaptation de souches aussi diverses pour la tolérance au froid nous a conduits à dresser un bilan de la situation R. solanacearum en Europe et in extenso dans le bassin méditerranéen. Cette approche a permis d’apprécier les degrés de divergence significative dans le pouvoir pathogène (virulence et agressivité) sur Solanaceae au sein de souches quasi clonales unifiant l’écotype Brown rot, qui s’établissent aussi sous forme d’infections latentes dans les tissus vasculaires de bananiers (Musacées). Dans le même temps, le phénotype de souches pathogènes du bananier, unifiant l’écotype Moko, a aussi été revisité sur Solanaceae qu’elles parviennent à flétrir, y compris des ressources génétiques résistantes au flétrissement bactérien. L’ensemble de ces données expérimentales a permis de dégager les critères de sélection pour le choix de trois nouvelles souches du complexe d’espèces R. solanacearum, dont nous avons obtenu les séquences génomiques. Notre approche en génomique comparative a permis de décrire le premier pangénome chez cet agent pathogène : l’ensemble les gènes repérés de l’espèce. Ces données ont été exploitées par différentes approches bio-informatiques et permettent de concevoir une refonte pertinente du complexe d’espèces R. solanacearum en trois nouvelles espèces génomiques, regroupant les souches de phylotypes I (Asie) et III (Afrique) d’une part, puis les souches de phylotype II (Amérique), et enfin les souches de phylotype IV (Indonésie) d’autre part. Ce pangénome a ensuite été exploité en concevant et développant une puce à ADN, un outil permettant l’exploration à haut débit d’une grande quantité de souches. La densité des données expérimentales accumulées permet une démarche vers l’écologie moléculaire et de reconstituer certains pans du passé évolutif des souches de phylotype II chez R. solanacearum. Par ailleurs, l’analyse approfondie de ces données de génomique, associant phylogéographie et structuration des populations de l’écotype Brown rot, montre une double situation épidémiologique en Europe, recoupant des influences andines et africaines. De la même façon, l’écotype Moko présente trois structures génétiques distinctes. Ces données ont été analysées de manière à retracer les principaux flux de gènes dans les états ancestraux des phylotypes et de dégager la forte contribution de la partie mobile du génome, des gènes relatifs à l’adaptation environnementale et à la pathogénie, comme moteurs dans l’évolution de cet important organisme phytopathogène. / The studied model is the vascular plant pathogen Ralstonia solanacearum, with a particular focus on phylotype II strains. This telluric bacterium has a wide diversity, both on genotypic and phenotypic levels. Its evolving classification reflects the need to clarify its unusual biodiversity and seek to identify ecotype structure in this species complex, i.e., groups of strains with both genotypic and specific biological traits. Within the framework of this model pathosystem, we initially focused on deeply revisiting pathotypes among ecotypes, although well described in the literature, or describing new ecotypes (African phylotype III). We observed high phenotypic convergence between strains from phylotype III from the African highlands and Brown rot strains from phylotype IIB-1, both able to trigger wilt symptoms on potato and other Solanaceae at cold temperatures. Adaptation of diverse strains for cold tolerance led us to investigate the R. solanacearum situation in Europe and more specifically in the Mediterranean regions. This strategy allowed us to appreciate the significant divergence towards pathogenicity (virulence and aggressiveness) on Solanaceae within clonal-like structure of strains in the Brown rot ecotype, which also established latent interactions in the banana vascular system. In the mean time, phenotypes of banana pathogenic strains unifying the Moko ecotype, was also revisited on Solanaceae, and was able to trigger symptoms on both susceptible and resistant genetic resources to bacterial wilt. All these experimental data yielded selection criteria for choosing three new candidate strains in the R. solanacearum species complex for complete genome sequencing. Our genomic comparative approach allowed us to describe the first pangenome of this pathogen: all targeted identified genes of this species complex. These data were analyzed by various bioinformatic approaches and allowed us to design a complete reshaping of R. solanacearum species complex into three distinct genomic species, firstly clustering strains from phylotype I (Asia) with strains from phylotype III (Africa); strains from phylotype II (America); and lastly, strains from phylotype IV (Indonesia). This pangenome was then used for designing a DNA microarray, a high resolution tool that allowed us to explore a wide set of genomes. The density of accumulated data allowed for a molecular ecological approach to retrieve a certain amount of the evolutionary past of R. solanacearum phylotype II strains. Furthermore, a deeper analysis of these genomic data, combining phylogeography with population structure analysis of the Brown rot ecotype, revealed a dual epidemic situation in Europe, both across Andean and African influences. Similarly, the Moko ecotype presents three distinct genetic structures. These data were analyzed within the purpose of tracking the main gene flows in the ancestral states of phylotypes and to unravel the strong contribution of the mobile elements, genes related to environmental adaptation, and pathogenicity as a major driving force into the evolution of this successful plant pathogen.

Le thème de cette thèse est la prescription industrieuse. Les évolutions de la « prescription » révèlent une tension entre une double articulation : construite dans les formes successives d'organisations de la vie sociale, elle est cependant constamment traversée par le fait que c'est le destin de l'humanité d'être toujours en proie à des débats de normes. Si le travail renvoie fondamentalement à l'activité créatrice et technicienne immémoriale sans laquelle nous ne serions pas qui nous sommes, la thèse fait l'hypothèse que l'on n'a pas tiré tous les bénéfices pour les usages sociaux et scientifiques de la découverte d'un travail réel. Une première partie pose les jalons théoriques de la thèse anthropologique selon laquelle l'activité humaine est toujours « débat de normes » et la situe dans une histoire récente. La deuxième partie propose deux détours, l'un portant sur le rapport entre machine et organisme, l'autre, paléontologique situant une spécificité de la technique humaine dans la taille de roches dures. Une troisième partie retrace à travers quelques tableaux historiques choisis des éléments d'évolution de la prescription industrieuse. Une dernière partie propose un exemple de retravail des prescriptions à partir de l'expérience d'un groupe de rencontre du travail consacré à l'activité des infirmiers de secteur psychiatrique. L'ensemble est une réflexion philosophique et épistémologique sur la prescription industrieuse centrée sur une approche anthropologique de l'activité industrieuse humaine. / This thesis deals about work instruction. The evolution of “work instruction” reveals a tension between a double anticipation: built on the successive forms of social organisations, it is constantly traversed by the fact that humanity's destiny is always in the grip of debates of norms. If work refers fundamentally to the immemorial creative and technical activity without which we would not be who we are, this thesis makes the hypothesis that we have not taken all advantages from the discovery of real work regarding its social and scientific use. First, we will expose the anthropologic theory showing that human activity is always a debate of norms and located in a recent history. Next, we will propose two detours, one on the relation between machine and organism, the second on palaeontology, situating the specificity of human technique in shaping hard rock. Then, we will tell a few selected stories of elements of the evolution of work instruction. Finally, we will propose an example of adapting work instructions from the point of view of a working group of nurses in the psychiatric sector. On the whole, it is a philosophical and epistemic thought on work instruction focusing at an anthropological approach of human industrious activity.

Phanerochaete chrysosporium est un champignon forestier faisant partie des organismes saprophytes capables de recycler la matière organique morte. Grâce à l'excrétion de nombreuses enzymes de dégradation, en particulier des lignine peroxydases, il est capable de décomposer la matière végétale dont la lignine, un polymère complexe de composés phénoliques très résistant. L'élimination de la lignine permet la libération des autres composants du bois tels que la cellulose et l'hémicellulose qui peuvent être utilisés dans l'industrie papetière ou pour la production de bioéthanol de deuxième génération. La structure des intermédiaires et produits de dégradation de la lignine est souvent proche de celle denombreux polluants, d'où l'intérêt biotechnologique de P. chrysosporium dans les processus de bioremédiation. Cependant, les systèmes de dégradation engendrent des composés plus ou moins toxiques pour le champignon et contre lesquels il doit faire face. C'est pourquoi il possède un système de détoxication impliquant des enzymes telles que les cytochrome P450 monooxygénases ou encore les glutathion transférases (GST). Les Ure2p forment une classe de GST étendue chez Phanerochaete et d'autres basidiomycètes saprophytes. Leur étude par des approches phylogénétiques, biochimiques, structurales et transcriptomiques a permis de mieux comprendre les mécanismes d'évolution que peut subir une classe d'enzymes potentiellement soumises à une forte pression de sélection / Phanerochaete chrysosporium is a forest fungus being part of saprophytic organisms able to recycle dead organic matter. Thanks to the excretion of numerous wood decaying enzymes, and especially lignin peroxidases, this fungus is able to break down plant material including lignin, a complex polymer of phenolic compounds. Lignin removal allows the release of other wood components such as cellulose and hemicellulose, which can be further used in paper industry or to produce second generation bioethanol. The structure of intermediates and products from lignin decomposition is close to that of numerous pollutants making P. chrysosporium biotechnologically interesting for bioremediation purposes. Moreover, the fungus has to deal with more or less toxic compounds created by degradation mechanisms. It thus presents a detoxification pathway involving enzymes including cytochrome P450 monooxygenases and glutathione transferases (GST). Ure2p enzymes belong to an extended GST class in Phanerochaete genus as well as in other saprophytic basidiomycetes. Their study based on phylogenetic, biochemical, structural and transcriptomic approaches provides a better understanding of evolution mechanisms of a class of enzymes potentially subject to strong selection selection pressure

Ces dernières années ont vu naitre un intérêt grandissant pour les décodeurs correcteurs d'erreurs opérant sur des circuits non fiables. En effet, la miniaturisation croissante des composants électroniques ainsi l'échelonnage agressif de la tension d'alimentation ont pour conséquence la diminution de la fiabilité des systèmes. Par conséquent, les futures générations de circuits électroniques seront intrinsèquement non fiables. En outre, les décodeurs correcteurs d'erreurs sont indispensables non seulement pour assurer une transmission fiable de l'information mais aussi pour concevoir des systèmes de stockage performants.Nous nous intéressons, dans cette thèse, plus particulièrement aux décodeurs à précision finie Min-Sum (MS), Self-Corrected Min-Sum (SCMS) et Stochastiques.Nous commençons par effectuer une analyse statistique du décodeur Min-Sum opérant sur des circuits à comportement probabiliste. Pour ce faire nous introduisons des modèles d'erreurs probabilistes pour les composants logiques et les opérateurs arithmétiques du décodeur et étudions leurs propriétés de symétrie. Puis nous effectuions une analyse asymptotique rigoureuse et en déduisons les équations d'évolution de densité du décodeur Min-Sum bruité. Nous mettons ainsi en évidence l'effet positif, dans certains cas, du bruit issu du circuit sur la capacité de correction du décodeur. Nous révélons ensuite l'existence d'un phénomène de seuil particulier que nous nommons seuil fonctionnel. Ce dernier peut être considéré comme la généralisation du seuil classique pour les décodeurs non fiables. Nous corroborons ensuite les résultats asymptotiques par des simulations Monte-Carlo.Nous implémentons des décodeurs LDPC bruités pour plusieurs paramètres de bruit et montrons que les décodeurs LDPC bruité ont des résultats très proches de ceux des décodeurs non bruités. Nous pouvons par conséquent considérer le circuit d'autocorrection comme un patch bruité appliqué au décodeur MS bruité afin d'améliorer la robustesse du décodeur face au bruit issu des composants non fiables. Nous évaluons par railleurs l'impact de l'ordonnancement et montrons qu'un ordonnancement série dégrade fortement la robustesse des décodeurs bruités MS et SCMS qui ne parviennent plus à atteindre une capacité de correction acceptable.Pour finir nous étudions les performances des décodeurs stochastiques pourvus de mémoires d'arêtes et opérant sur des circuits non fiables. Nous proposons deux modèles d'erreurs décrivant le comportement probabiliste des composants du décodeur. Nous montrons que, dans certains cas, le bruit issu du circuit non fiable permet de réduire le plancher d'erreur. Nous en déduisons alors que le décodeur stochastique est intrinsèquement tolérant aux fautes. / Over the past few years, there has been an increasing interest in error correction decoders built out of unreliable components. Indeed, it is widely accepted that future generation of electronic circuit will be inherently unreliable, due to the increase in density integration and aggressive voltage scaling. Furthermore, error correction decoders play a crucial role both in reliable transmission of information and in the design of reliable storage systems. It is then important to investigate the robustness of error correction decoders in presence of hardware noise.In this thesis we focus on LDPC decoders built out of unreliable computing units. We consider three types of LDPC decoders: the finite-precision Min-Sum (MS) decoder, the Self-Corrected Min-Sum (SCMS) decoder and the Stochastic decoder.We begin our study by the statistical analysis of the finite-precision Min-Sum decoder with probabilistic components. To this end, we first introduce probabilistic models for the arithmetic and logic units of the decoder and discuss their symmetry properties. We conduct a thorough asymptotic analysis and derive density evolution equations for the noisy Min-Sum decoder. We highlight that in some particular cases, the noise introduced by the device can increase the correction capacity of the noisy Min-Sum with respect to the noiseless decoder. We also reveal the existence of a specific threshold phenomenon, referred to as functional threshold, which can be viewed as the generalization of the threshold definition for noisy decoders. We then corroborate the asymptotic results through Monte-Carlo simulations.Since density evolution cannot be defined for decoders with memory, the analysis of noisy Self-corrected Min-Sum decoders and noisy Stochastic decoders was restricted to Monte-Carlo simulations.We emulate the noisy SCMS decoders with various noise parameters and show that noisy SCMS decoders perform close to the noiseless SCMS decoder for a wide range of noise parameters. Therefore, one can think of the self-correction circuit as a noisy patch applied to the noisy MS decoder, in order to improve its robustness to hardware defect. We also evaluate the impact of the decoder scheduling on the robustness of the noisy MS and SCMS decoders and show that when the serial scheduling is used neither the noisy MS decoder nor the noisy SCMS decoder can provide acceptable error correction.Finally, we investigate the performance of stochastic decoders with edge-memories in presence of hardware noise. We propose two error models for the noisy components. We show that in some cases, the hardware noise can be used to lower the error floor of the decoder meaning that stochastic decoders have an inherent fault tolerant capability.

Les architectures orientées services (SOA) sont considérées comme le moyen le plus avancé pour réaliser et intégrer rapidement des applications modulaires et flexibles.Dans ce domaine, les plates-formes SOA à disposition des développeurs et des architectes de produits logiciels sont multiples; les deux plus évoluées d'entre elles étant SCA et OSGi.Une application s'appuyant sur l'une de ces plates-formes peut ainsi être assemblée avec le minimum de composants nécessaires à la réalisation de ses tâches, afin de réduire sa consommation de ressources et d'augmenter sa maintenabilité.De plus, ces plates-formes autorisent l'ajout de composants greffons qui n'étaient pas connus lors des phases initiales de la réalisation du produit.Elles permettent ainsi de mettre à jour, d'étendre et d'adapter continuellement les fonctionnalités du produit de base ou des services techniques nécessaires à sa mise en production, sans interruption de service.Ces capacités sont notamment utilisées dans le cadre du paradigme DevOps et, plus généralement, pour mettre en œuvre le déploiement continu d'artefacts.Cependant, l'extensibilité offerte par ces plates-formes peut diminuer la fiabilité globale du système: une tendance forte pour développer un produit est l'assemblage de composants provenant de tierces-parties. De tels composants peuvent être d'une qualité inconnue voire douteuse.En cas d'erreur, de détérioration des performances, etc., il est difficile de diagnostiquer les composants ou combinaisons de composants incriminés.Il devient indispensable pour le producteur d'un logiciel de déterminer la responsabilité des différents composants impliqués dans un dysfonctionnement.Cette thèse a pour objectif de fournir une plate-forme, Cohorte, permettant de concevoir et d'exécuter des produits logiciels extensibles et résilients aux dysfonctionnements d'extensions non qualifiées.Les composants de tels produits pourront être développés dans différents langages de programmation et être déployés (ajout, mise à jour et retrait) en continu et sans interruption de service.Notre proposition adopte pour principe d'isoler les composants considérés comme instables ou peu sûrs.Le choix des composants à isoler peut être décidé par l'équipe de développement et l'équipe opérationnelle, à partir de leur expertise, ou bien déterminé à partir d'une combinaison d'indicateurs.Ces derniers évoluent au cours du temps pour refléter la fiabilité des composants.Par exemple, des composants peuvent être considérés fiables après une période de quarantaine; une mise à jour peut entraîner la dégradation de leur stabilité, etc..Par conséquent, il est indispensable de remettre en cause les choix initiaux dans l'isolation des composants afin, dans le premier cas, de limiter le coup des communications entre composants et, dans le deuxième cas, de maintenir le niveau de fiabilité du noyau critique du produit. / Service-Oriented architectures (SOA) are considered the most advanced way to develop and integrate modular and flexible applications.There are many SOA platforms available for software developers and architects; the most evolved of them being SCA and OSGi.An application based on one of these platforms can be assembled with only the components required for the execution of its tasks, which helps decreasing its resource consumption and increasing its maintainability.Furthermore, those platforms allow adding plug-ins at runtime, even if they were not known during the early stages of the development of the application.Thus, they allow updating, extending and adapting the features of the base product or of the technical services required for its execution, continuously and without outage.Those capabilities are applied in the DevOps paradigm and, more generally, to implement the continuous deployment of artifacts.However, the extensibility provided by those platforms can decrease the overall reliability of the system: a strong tendency in software development is the assembly of third-parties components.Such components may be of unknown or even questionable quality.In case of error, deterioration of performance, ... it is difficult to identify the implicated components or combinations of components.It becomes essential for the software producer to determine the responsibility of the various components involved in a malfunction.This thesis aims to provide a platform, Cohorte, to design and implement scalable software products, resilient to malfunctions of unqualified extensions.The components of such products may be developed in various programming languages and be deployed continuously (adding, updating and withdrawal) and without interruption of service.Our proposal adopts the principle of isolating the components considered unstable or insecure.The choice of the components to be isolated may be decided by the development team and the operational team, from their expertise, or determined from a combination of indicators.The latters evolve over time to reflect the reliability of components.For example, components can be considered reliable after a quarantine period; an update may result in deterioration of stability, ...Therefore, it is essential to question the initial choices in isolating components to limit, in the first case, the scope of communications between components and, in the second case, to maintain the reliability of the critical core of the product.