O presente trabalho visou estudar, em condições de casa-de-vegetação e de campo, a eficiência agronômica de misturas de calcário dolomítico calcinado e gesso agrícola em comparação com cada um dos dois produtos aplicados separadamente. Para tal, foram usados solos ácidos com diferentes características químicas a saber: Um Podzólico Vermelho Amarelo (PVA) de Capão Bonito (SP); um Latossolo Vermelho Escuro textura média (LEm) de Sorocaba (SP); um Latossolo Roxo (LR) de Itapeva (SP). Sob condições de casa-de-vegetação a planta teste foi milho, soja e trigo. As misturas de calcário dolomítico calcinado e gesso agrícola foram feitas nas proporções de 70%:30% e 90%:10%, respectivamente. Os tratamentos adicionais foram: testemunha, calcário dolomítico calcinado e gesso. O calcário dolomítico calcinado e as misturas foram aplicados em quantidades calculadas para elevar o pH (água) para 6,5 ou a saturação em bases (V%) para 70%, respectivamente, para os experimentos em casa-de-vegetação e campo. As doses de gesso agrícola foram estimadas para suprir as mesmas quantidades de CaO aplicadas como calcário dolomítico calcinado quando ele foi usado separadamente. Os dados obtidos permitem tirar as seguintes conclusões: a) As misturas de calcário dolomítico calcinado e gesso deram maior produção de matéria seca ou grãos, quando comparados com cada um dos produtos aplicados separadamente; b) a mistura 70%:30% demonstrou ser superior à mistura 90%:10%; c) de um modo geral, as produções foram concordantes, obedecendo os tratamentos a seguinte ordem decrescente: mistura 70%:30% > mistura 90%:10% > calcário dolomítico calcinado > gesso > testemunha; d) as análises minerais realizadas na parte aérea das plantas de milho, cultivadas em vasos, mostraram que o calcário dolomítico calcinado e as misturas reduziram as concentrações de AI e Mn na matéria seca; o gesso quando usado separadamente promoveu um aumento na concentração de Mn; por outro lado, o calcário dolomítico calcinado e as misturas aumentaram a concentração de Ca, e, particularmente, de Mg no tecido; sempre que o gesso esteve presente houve aumento nos teores de Ca e S. / The present work aimed to study, both in the greenhouse and in the field, the agronomic efficiency of blends of calcined dolomitic limestone and phosphogypsum in comparison with each of the two products applied separately. In order to do so acid soils with different chemical characteristics were used namely: a Red Yellow Podzolic (PVA) from Capão Bonito (SP); a Dark Red Latosol (LEm) from Sorocaba, SP; a Roxo Latosol (LR) from Itapeva (SP). Under greenhouse conditions corn was the test plant, whereas in the field corn, soybean and wheat were used. The calcined dolomitic limestone phosphogypsum blends were made in the proportions of 70%:30% and 90%:10%, respectively. Additional treatments were: control, calcined dolomitic limestone, and phosphogypsum. Calcined dolomitic limestone and blends were applied in rates calculated to raise the pH (water) to 6,5 or the base saturation (V%) to 70%, respectively, for greenhouse and field experiments. Phosphogypsum rates were estimated to supply the same CaO quantities applied as calcined dolomitic limestone when it was used separately. Data obtained allowed for the following conclusions to be drawn: a) The calcined dolomitic limestone and phosphogypsum blends have higher dry matter or grain yields when compared to each product separately applied; b) The 70%:30% blend proved to be better than the 90%:10% mixture; c) As a rule, insofar yields were concerned, the treatments obeyed the following decreasing order: 70%:30% blend > 90%:10% blend > caldined dolomitic limestone > phosphogypsum > control.

Memoria para optar al título profesional de Ingeniero Agrónomo / Existen, en un predio en la Región de O’Higgins, selecciones de ‘Cabernet Sauvignon’ recolectadas de antiguos viñedos de la zona central y centro-sur de Chile que temporadas previas han mostrado aparentes diferencias en la acidez de la fruta. Durante la temporada 2016 se analizaron estas selecciones con el fin de determinar posibles diferencias en la acidez y en su composición. El ensayo contempló nueve selecciones de ‘Cabernet Sauvignon’ establecidas en la misma localidad, en el mismo suelo y bajo el mismo manejo, donde cada selección se encontraba en una hilera que se subdividió en tres grupos. Se midió semanalmente el peso de baya, sólidos solubles, pH, acidez titulable y acidez málica por método enzimático, comenzando el 12 de enero y terminando en cosechas diferenciadas según valores de °Brix de cada selección (23°Brix). Además, en tres fechas fenológicas (post cuaja, envero y cosecha) se midió la concentración de ácidos málico y tartárico por HPLC. El análisis estadístico de los datos se realizó con estadística descriptiva, diagramas de perfiles multivariados, Análisis Multivariado de Componentes Principales y Análisis de Conglomerado. Las variables analizadas semanalmente se comportaron según lo esperado; peso de bayas, sólidos solubles y pH, fueron aumentando conforme la baya fue madurando, mientras que la acidez titulable, acidez málica y tartárica fueron disminuyendo. A partir de la caracterización de las selecciones, se obtuvieron diferencias en cuanto a su momento de cosecha, siendo algunas selecciones más tempranas y otras más tardías, y con diferencias en su acidez total. Las diferencias obtenidas de este estudio muestran la potencial diversidad de vinos que se pueden obtener de una misma cepa, en este caso de ‘Cabernet Sauvignon’, establecidas en el mismo lugar.

Orientador : Profª. Drª. Maria Berenice R. Steffens / Coorientador : Profª. Drª. Michelle Zibetti Tadra Sfeir / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências : Bioquímica. Defesa: Curitiba, 29/09/2016 / Inclui referências : f. 89-116 / Resumo: Herbapirillum seropedicae SmR1 é uma bactéria diazotrófica que coloniza, de forma endofítica, várias plantas de interesse econômico. A identificação e caracterização de RNAs não codificadores (ncRNAs) no gênero Herbaspirillum é uma etapa importante para o estudo da interação dessas moléculas com mRNAs- ou proteínas-alvo, no processo de regulação pós-transcricional. Neste trabalho foi ampliou-se a análise estrutural e funcional de ncRNAs com função regulatória em H. seropedicae SmR1. Além disso, foram preditos ncRNAs em outras bactérias do gênero Herbaspirillum. Utilizando a ferramenta Infernal 1.1.1 foram identificados 55 novos ncRNAs H. seropedicae SmR1, com expressão confirmada, que foram somados aos 173 já relatados por Moreno (2013) e Cirino (2014). Os novos ncRNAs foram classificados de acordo com a sua estrutura, como ncRNA cis-encoded ou ncRNAs trans-encoded. Foram também encontrados riboswitches e um representante da nova classe de RNA, a sequência CRISPR. Utilizando a ferramenta TargetRNA2 foram preditos diversos mRNAs-alvos. Dez ncRNAs de H. seropeddicae SmR1 com expressão confirmada em experimentos de RNAseq foram selecionados e oligonucleotídeos foram desenhados para futura validação por qRT-PCR. Finalmente, estes resultados contribuirão para o entendimento da participação desse tipo de RNA na regulação do metabolismo de bactérias do gênero Herbaspirillum. Palavras-chave: H. seropedicae SmR1; RNA não codificador, ncRNA, cis-encoded ncRNA, trans-encoded ncRNA, riboswitch, CRISPR. / Abstract: Herbaspirillum seropedicae SmR1 is a diazotrophic bacterium that colonizes endophytically several plants of economic interest. The identification and characterization of non-coding RNAs (ncRNAs) in the genus Herbaspirillum is an important step in the study of the interaction of these molecules with mRNAs- or proteins-tragets, in the post-transcriptional regulation process. In this work we continued the study of the structural and functional analysis of ncRNAs with regulatory function in H. seropedicae SmR1. In addition, new ncRNAs were predicted in other bacteria of the genus Herbaspirillum. Using the Infernal 1.1.1 tool, 55 new ncRNAs, with confirmed expression, were identified in the H. seropedicae SmR1 genome. They were added to the 173 ncRNas already reported by Moreno (2013) and Cirino (2014). The new ncRNAs were classified as cis-encoded ncRNAs or trans-encoded ncRNAs. We also found riboswitches and a representative of the new RNA class, the CRISPR sequence. Using the TargetRNA2 tool, several mRNAs-target were predicted. Ten ncRNAs of H. seropedicae SmR1, with confirmed expression in RNAseq experiments, were selected and oligonucleotides were designed for further validation by qRT-PCR. Finally, these results will contribute to the understanding of the participation of this type of RNA in the regulation of the metabolism of bacteria of the genus Herbaspirillum. Key-words: H. seropedicae SmR1; RNA non-coding (ncRNA), ncRNA cis_encoded, trans-encoded, riboswitches, CRISPR, mRNA.

A acidemia metilmalônica é uma desordem metabólica hereditária caracterizada bioquimicamente pelo acúmulo tecidual de ácido metilmalônico (MMA) e clinicamente por deterioração neurológica progressiva e falência renal. Os avanços no tratamento dessa doença alcançados nos últimos anos possibilitaram uma diminuição significativa na mortalidade dos mesmos. Entretanto, a morbidade continua alta, pois a maioria dos pacientes afetados por acidemia metilmalônica, mesmo recebendo o melhor tratamento disponível no momento, apresenta graus variáveis de comprometimento do sistema nervoso central refletido em retardo mental e atraso no desenvolvimento psicomotor. No presente estudo investigamos os efeitos in vivo da administração crônica do MMA em ratos Wistar durante o seu desenvolvimento (do 5º ao 28º dia de vida pós-natal) sobre o comportamento dos mesmos na tarefa do labirinto aquático de Morris. A tarefa foi realizada após um período de recuperação dos animais de 30 dias com o intuito de verificar dano neurológico permanente ou de longa duração nos animais. O labirinto aquático de Morris é uma tarefa bastante útil para a avaliação de aprendizado e memória espaciais. O protocolo da tarefa foi ligeiramente modificado para servir ao propósito de nosso trabalho, ou seja, o de avaliar o efeito da administração crônica de drogas sobre o comportamento de ratos. Verificamos que a administração crônica de MMA não provocou efeito no peso corporal, velocidade de natação e na fase de aquisição da tarefa. Porém, o tratamento prejudicou o desempenho dos animais no treino reverso, o que é condizente com comportamento perseverativo. Também avaliamos o efeito do ácido ascórbico, que foi administrado isoladamente ou em combinação com o MMA para testarmos se o estresse oxidativo poderia estar relacionado com as alterações comportamentais observadas no grupo tratado com MMA. Observamos que este antioxidante preveniu as alterações comportamentais provocadas pelo MMA, indicando que o estresse oxidativo pode estar envolvido com o efeito encontrado. Passamos então a avaliar o efeito in vitro do MMA sobre parâmetros de estresse oxidativo, mais especificamente na técnica de dosagem de substâncias reativas ao ácido tiobarbitúrico (TBA-RS), que é um parâmetro de lipoperoxidação, e sobre o potencial antioxidante total do tecido (TRAP) e a reatividade antioxidante do tecido (TAR), que são parâmetros de defesas antioxidantes teciduais. O MMA na concentração de 2,5 mM aumentou a lipoperoxidação in vitro em homogeneizado de estriado e hipocampo de ratos e diminuiu o TRAP e o TAR em homogeneizado de estriado de ratos. Tais resultados indicam fortemente que o MMA induz estresse oxidativo. Finalmente investigamos o efeito in vitro do MMA sobre a atividade enzimática dos complexos da cadeia respiratória em várias estruturas cerebrais e em órgãos periféricos em ratos de 30 dias de vida no sentido de melhor esclarecer os mecanismos fisiopatológicos dos danos teciduais desta doença. Verificamos que o MMA causou uma inibição significativa da atividade do complexo II da cadeia respiratória em estriado e hipocampo quando baixas concentrações de sucinato foram utilizadas no meio de incubação. Além disso, verificamos que este efeito inibitório do MMA sobre o complexo II ocorreu somente após exposição do homogeneizado ao ácido por pelo menos 10 minutos, além do que esta inibição não foi prevenida pela co-incubação com o inibidor da óxido nítrico sintetase Nω- nitro-L-argininametilester (L-NAME) ou por uma associação de catalase e superóxido dismutase. Estes resultados sugerem que as espécies reativas de oxigênio e nitrogênio mais comuns não estão envolvidas neste efeito, tornando improvável que a inibição do complexo II da cadeia respiratória seja mediada por estresse oxidativo. O MMA também causou uma inibição do complexo II-III em estriado, hipocampo, rim, fígado e coração; e inibiu o complexo I-III em fígado e rim. O complexo IV não foi afetado pela incubação com o ácido em nenhuma das estruturas testadas. Portanto, tomados em seu conjunto, estes resultados indicam que o MMA bloqueia a cadeia respiratória. Os resultados de nosso trabalho indicam que a administração crônica de MMA em ratos em desenvolvimento provocou alterações comportamentais de longa duração provavelmente mediadas por radicais livres, pois tais alterações foram prevenidas pelo antioxidante ácido ascórbico. O MMA também induziu estresse oxidativo in vitro em estriado e hipocampo e inibiu de forma diferenciada os complexos da cadeia respiratória nos tecidos estudados, sendo que as estruturas mais vulneráveis a esta ação foram o estriado e o hipocampo. Finalmente, nossos resultados sugerem que antioxidantes podem ajudar a prevenir, ou pelo menos atenuar, os danos teciduais provocados pelo MMA na acidemia metilmalônica.

A fenilcetonuúia (PKU) é uma doença genética de caráter autossômico recessivo causada pela deficiência severa da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH), que converte fenilalanina (Phe) em tirosina. O bloqueio desta reação resulta no acúmulo de fenilalanina e de seus metabolitos no plasma e tecidos (1 a 3 mM) e está relacionado com o retardo mental e convulsões apresentados pelos pacientes. A PKU é uma das mais frequentes e estudadas aminoacidopatias, porém a neurofisiopatologia da doença ainda é pouco conhecida. Estudos recentes tanto em pacientes quanto em animais mostraram que o estresse oxidativo pode estar envolvido na fisiopatologia da PKU devido ao acúmulo de metabólitos tóxicos, à excessiva produção de radicais livres e à influência de uma dieta restrita, que é o tratamento indicado para os pacientes fenilcetonúricos mas pode levar à carência de antioxidantes. O ácido lipóico (AL) é considerado um antioxidante ideal, pois interage com outros antioxidantes, induz expressão gênica e reage com espécies reativas específicas. Além disso, o AL pode ser adquirido na própria dieta e passa facilmente a barreira hematoencefálica, e por isso este composto vem sendo estudado no tratamento e prevenção de estresse oxidativo em diversas doenças neurodegenerativas. Assim, o objetivo do trabalho foi avaliar os efeitos do AL sobre a toxicidade da Phe em parâmetros de estresse oxidativo como atividade das enzimas catalase (CAT); superóxido dismutase (SOD); glutationa peroxidase (GSH-Px) e glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PDH), conteúdo de substâncias reativas ao ácido tiobarbitúrico (TBA-RS), de tióis totais e de carbonilas formadas. Além disso, avaliar o potencial antioxidante total (TRAP) e a reatividade antioxidante total (TAR), a concentração de glutationa reduzida (GSH), o conteúdo de 2'7'diclorofluoresceína formado (DCF) e a capacidade de eliminar radicais hidroxilas em cérebro de ratos jovens. Para isso foram realizados experimentos com pré-tratamento do AL in vitro e in vivo em um modelo de experimental de PKU. Foi observado que o prétratamento proposto é eficaz para previnir lipoperoxidação, diminuir as defesas antioxidantes enzimáticas e não-enzimáticas, diminuir o coteúdo total de GSH e, ainda, previnir o aumento de radicais gerados pelo acúmulo de Phe no tecido. Mais experimentos precisam ser realizados, porém se os resultados deste trabalho forem observados em pacientes é possível que uma dieta suplementada com AL possa contribuir para o tratamento da PKU. / Phenylketonuria (PKU) is a genetic disease caused by autosomal recessive severe deficiency of phenylalanine hydroxylase (PAH), which converts phenylalanine (Phe) to tyrosine. The blocking of this reaction results in accumulation of phenylalanine and its metabolites in plasma and tissues (1 to 3 mM) and is linked to mental retardation and seizures in affected patients. PKU is one of the most frequent and studied inherited disorder, but the neuropathophysiology of the disease is still poorly known. Recent studies both in patients and in animals have shown that oxidative stress may be involved in the pathophysiology of PKU because of the accumulation of toxic metabolites, the overproduction of free radicals and the influence of a restricted diet, which is indicated for the treatment patients with PKU but may produce antioxidant deficiencies. Lipoic acid (LA) is considered an ideal antioxidant because it interacts with other antioxidants, induces gene expression and reacts with specific reactive species. Moreover, AL can be acquired in the diet and easily cross the blood brain barrier, and so this compound has been studied in the treatment and prevention of oxidative stress in several neurodegenerative diseases. The purpose of this study was to evaluate the effects of LA against the toxicity of Phe on oxidative stress parameters such as the activity of catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GSH-Px) and glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PDH), and the content of thiobarbituric acid reactive substances (TBA-RS), total thiol and carbonyl formed. Furthermore, to evaluate the total antioxidant potential (TRAP) and total antioxidant reactivity (TAR), the concentration of reduced glutathione (GSH), the content of 2'7'diclorofluorescein formed (DCF) and the ability to eliminate hydroxyl radical. So, experiments were performed with pre-treatment of AL in vitro and in vivo in brain of young rats subjected to a chemically-induced PKU. It was observed that the proposed pre-treatment is effective to prevent the increase of lipoperoxidation, the reduction of enzymatic and non-enzymatic antioxidant defenses (especially GSH), and also to prevent the increase of radicals generated by the accumulation of Phe in the tissue. More experiments need to be made, but if the results observed in this work were also seen in patients it is possible that a diet supplemented with AL may contribute to the current dietary treatment of PKU.

A baixa disponibilidade das fontes minerais, entre eles o cálcio e o fósforo, são um dos atuais problemas enfrentados na suinocultura, pois além de seus custos adicionais com a suplementação nas rações, uma parte significativa destes minerais é eliminada com as fezes, acirrando ainda mais os efeitos de poluição. Para amenizar estes efeitos, algumas estratégias nutricionais são apontadas como a suplementação de ácidos orgânicos e enzimas. A utilização de ácido butírico e fitase na alimentação de suínos pode proporcionar diversos efeitos no trato digestório, entre os quais aumentar a digestibilidade dos minerais. Neste trabalho foi testada a inclusão do butirato de sódio 84% (0 ou 0,3%) e da fitase exógena de origem bacteriana Escherichia coli (0 ou 500 FTU/kg) em dietas com dois níveis de cálcio (0,5 ou 0,72%) cujo objetivo foi avaliar a retenção aparente de cálcio e fósforo, além do desempenho e metabolizabilidade dos demais nutrientes em suínos na fase crescimento. Foram utilizados 32 suínos, machos, castrados, de linhagem comercial, com peso inicial de 25 kg. Utilizou-se um esquema fatorial 2X2x2 em um delineamento completamente casualizado, com 4 repetições. As variáveis analisadas foram consumo de ração, ganho de peso, conversão alimentar, digestibilidade total aparente da matéria seca (CDMS), proteína bruta (CDPB), energia bruta (CDEB), cinzas (CDCz), a metabolizabilidade da energia bruta (CMEB), o coeficiente de retenção de nitrogênio (CRN) e o balanço de cálcio e fósforo. Para os resultados de desempenho, observou-se que os níveis de cálcio influenciaram o consumo de ração. Já o ganho de peso foi afetado pelos níveis de cálcio e fitase. No entanto, não houve diferença significativa para a conversão alimentar. Para a digestibilidade dos nutrientes observou-se apenas que o CDPB foi maior quando houve a inclusão de ácido butírico na dieta. Para o balanço de minerais, verificou-se que os níveis de cálcio influenciaram o balanço de cálcio e fósforo, onde o menor nível proporcionou maior digestibilidade e retenção destes minerais. O conteúdo de cálcio também interferiu na excreção de fósforo pela urina, que foi maior quando seus níveis eram menores. A presença de fitase melhorou a digestibilidade e retenção do cálcio e fósforo, reduzindo suas perda nas fezes complexados ao fitato. Os resultados encontrados permitem concluir que os níveis de cálcio da dieta interferiram no balanço de cálcio e fósforo em suínos na fase crescimento e que a adição da fitase melhorou suas retenções. Já a adição do ácido butírico contribuiu para melhorar a digestibilidade da proteína bruta. / The low availability of mineral sources, including calcium and phosphorus, are one of the current problems in pig nutrition, as well as its additional costs with the dietary supplement, a significant proportion of these minerals is eliminated with the faeces, with further effects on environmental pollution. To mitigate these effects, the nutritional supplementation of organic acids and enzymes are some strategies proposed. The use of butyric acid and phytase in feed for pigs may provide different effects in digestive tract, including enhancement the digestibility of mineral. This work tested the inclusion of sodium butyrate 84% (0 or 0.3%) and Escherichia coli phytase (0 or 500 FTU / kg) in diets with two calcium levels (0.5 or 0.72%) with the purpose of evaluating the calcium and phosphorus apparent retention, beyond performance and nutrients metabolizability in growing pigs. In this study were used 32 male castrated commercial pigs, with initial weight of 25 kg. Experimental diets were assigned in a 2X2x2 factorial arrange in a completely randomized design, with 4 repetitions. The responses evaluated were feed intake, weight gain, feed conversion, dry matter, crude protein, energy, ash apparent total tract digestibility (ATTD), energy metabolizability, nitrogen retention coefficient, calcium and phosphorus balance. For the results of animal performance, it was observed that calcium levels influenced the feed intake, and calcium and phytase levels affected the weight gain. However, there was no significant difference in feed conversion. Digestibility of nutrients was unaffected by treatments, except for a slight increase in crude protein ATTD with the inclusion of butyric acid in the diet. For Ca and P balance, it was found that calcium levels influenced the calcium and phosphorus balance, where the lowest level provided higher digestibility and retention. The calcium content also interfered in the urine excretion of phosphorus, which was higher with the lower calcium level. The addition of phytase improved calcium and phosphorus digestibility and retention, reducing its loss in faeces. The results show that the calcium levels in the diet interfered in the calcium and phosphorus balance in growing pigs and that the addition of phytase improved their retention and this triggers a possibility of formulating diets with lower calcium levels.

MARTINS, M.G.Q. Biodegradação de ácido 2,4 - Diclorofenoxiacético por burkholderia sp. 2012. 113 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2012. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-10-26T20:18:20Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_mgqmartins.pdf: 2492565 bytes, checksum: 3b6832f0ed7442ae5b935515c41bb4af (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-10-26T20:18:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_mgqmartins.pdf: 2492565 bytes, checksum: 3b6832f0ed7442ae5b935515c41bb4af (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-26T20:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_mgqmartins.pdf: 2492565 bytes, checksum: 3b6832f0ed7442ae5b935515c41bb4af (MD5) Previous issue date: 2012 / Bacteria of the genus Burkholderia have the capacity to degrade various toxic and recalcitrant compounds. Based on the foregoing, this study used real-time PCR (qRT-PCR) and two-dimensional electrophoresis (2DE) to investigate the gene expression profiles tfdB related to biodegradation of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) and differentially expressed proteins qualitative and qualitative, respectively in the presence of 2,4-D Burkholderia sp. SMF07. In order to make the extraction of RNA and protein total bacterial growth was carried out in two TY culture media (Tryptone-Yeast Medium), a control and the other being supplemented with 1 mg / mL 2,4-D, both were incubated at 28 ° C. RNA extraction and total proteins was done after addition of the pollutant in time of 15 minutes, 1, 2, 3 and 5 hours and during the log phase bacterial growth, respectively. The quality of total RNA was measured by the integrity of the fragments of ribosomal RNA (rRNA) checked by electrophoresis on 1.2% agarose gel and the ratio between the absorbances at 260 nm and 280 nm. For quantitative and qualitative analysis of proteins, the method of Bradford and SDS-PAGE, respectively. The synthesis of complementary DNA (cDNA) was determined from the total RNA using the enzyme reverse transcriptase (Superscript III, Invitrogen) using random primers and 6-mer (Invitrogen). Relative expression of the gene was performed using tfdB qRT Power-PCR using SYBR® Green Master Mix (Applied Biosystems) and using the 16S rRNA gene as housekeeping. The synthesized cDNA was used as template DNA. Comparative analysis of qRT-PCR was performed by 2-ΔΔCT method. The total proteins extracted from the two-dimensional map was determined for each reference condition. The adjustment of the two-dimensional images of the gels, the detection of protein spots and evaluate data to determine quantitative and qualitative variations, molecular mass (MM) and isoelectric point (pI) of the spots was done by the program ImageMaster®. Proteins differentially expressed quantitatively and qualitatively in the presence of 2,4-D were identified using the values of pI and MM of the spot against a database of proteins available in UniProt ExPASy server. According to this work, the gene expression tfdB significantly increased 200% over the control after one hour of induction of the abovementioned herbicides. The mean number of spots of replication of protein was 836 2DE gel (control) and 803 (treatment). The greater abundance of proteins was observed in the 2DE gels in pH range 5-6 with MM between 20 and 40 quilodalton (kDa). It was verified in 2DE gels differentially expressed proteins quantitatively and qualitatively to the stress condition in response to bacterial 2,4-D compared to control. Most of these identified proteins belong to molecular function: hydrolase or transferase, expressed different quantitative and qualitative. For these reasons, the strain of Burkholderia sp. SMF07 introduced tfdB also the gene expression level was increased and it was possible to detect differentially expressed proteins qualitatively and quantitatively to grow in medium containing 2,4-D, indicating the importance of these bacteria on the biodegradation of the pollutant. In accordance with these data, we conclude that strain Burkholderia sp. SMF07 tfdB introduced gene, which demonstrated high expression in a medium containing 2,4-D. Adicionadamente, were differentially expressed proteins in medium supplemented above, indicating the importance of these bacteria as a biotechnological tool for the biodegradation potential of this pollutant / Bactérias do gênero Burkholderia apresentam capacidade de degradar diversos compostos tóxicos e recalcitrantes. Com base no exposto, neste estudo foi utilizado PCR em tempo real (qRT-PCR) e eletroforese bidimensional (2DE) para investigar os perfis de expressão do gene tfdB relacionado a biodegradação de ácido 2,4-diclorofenoxiacético (2,4-D) e proteínas diferencialmente expressas qualitativa e qualitativa, respectivamente na presença de 2,4-D por Burkholderia sp. SMF07. A fim de fazer a extração de RNA e proteínas totais foi realizado o crescimento bacteriano em dois meios de cultivo TY (Triptone-Yeast Medium), sendo um controle e o outro suplementado com 1 mg/mL de 2,4-D, ambos foram incubados a 28 ºC. A extração de RNA e proteínas totais foi feita após a adição do poluente no tempo de 15 minutos, 1, 2, 3 e 5 horas e durante a fase log do crescimento bacteriano, respectivamente. A qualidade do RNA total foi mensurada pela integridade dos fragmentos de RNA ribossômico (rRNA) verificado por eletroforese em gel de agarose 1,2% e pela relação entre as absorbâncias a 260 nm e 280 nm. Para análise quantitativa e qualitativa das proteínas foi utilizado o método de Bradford e SDS-PAGE, respectivamente. A síntese do DNA complementar (cDNA) foi realizada a partir do RNA total extraído utilizando a enzima de transcrição reversa (Superscript III, Invitrogen) e empregando iniciadores randômicos 6-mer (Invitrogen). A expressão relativa do gene tfdB foi feita através qRT-PCR utilizando Power SYBR® Green Master Mix (Applied Biosystems) e empregando o gene 16S rRNA como housekeeping. O cDNA sintetizado foi empregado como DNA template. A análise comparativa da qRT-PCR foi feita pelo método 2-ΔΔCT. A partir das proteínas totais extraídas foi determinado o mapa bidimensional de referência para cada condição. O ajuste das imagens dos géis bidimensionais, a detecção de spots protéicos e a avaliação dos dados para determinação de variações quantitativas e qualitativas, massa molecular (MM) e ponto isoelétrico (pI) dos spots foi feito pelo programa ImageMaster®. Proteínas diferencialmente expressas quantitativamente e qualitativamente na presença de 2,4-D foram identificadas utilizando os valores de pI e MM do spot contra um banco de dados de proteínas UniProt disponível no servidor ExPASy. De acordo com esse trabalho, a expressão do gene tfdB aumentou significativamente 200% em relação ao controle após 1 hora de indução com o supracitado herbicida. O número médio de spots protéicos das replicas dos géis 2DE foi de 836 (controle) e 803 (tratamento). A maior abundância de proteínas foi observada nos géis 2DE na faixa de pH de 5-6 com MM entre 20 e 40 quilodalton (kDa). Foi possível verificar nos géis 2DE proteínas diferencialmente expressas quantitativamente e qualitativamente para a condição de estresse bacteriano em reposta ao 2,4-D em relação ao controle. A maioria dessas proteínas identificadas pertence às funções moleculares: transferase ou hidrolase, diferentes expressas quantitativas e qualitativas. De acordo com os presentes dados, conclui-se que a cepa de Burkholderia sp. SMF07 apresenta o gene tfdB, o qual demostrou seu nível de expressão aumentado em meio contendo 2,4-D. Adicionadamente, houve proteínas diferencialmente expressas no referido meio suplementado, indicando a importância desta bactéria como ferramenta biotecnológica potencial para a biodegradação deste poluente.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T08:42:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo..pdf: 1713533 bytes, checksum: cd405fdf078ca1121913afb7ac7c4176 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T08:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo..pdf: 1713533 bytes, checksum: cd405fdf078ca1121913afb7ac7c4176 (MD5) Previous issue date: 2005-10-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Bactérias do ácido láctico, isoladas de salame tipo italiano, com atividade antagonista a Listeria monocytogenes e Staphylococcus aureus foram caracterizadas. A natureza protéica dos agentes antagonistas nas seis linhagens foi demonstrada por serem conservadas em sobrenadantes neutralizados, pela não sensibilidade à catalase e pela sensibilidade a proteases. Cinco perfis de resistência a Proteinase K, Papaína, Tripsina e Protease de Bacillus polimyxa foram observados entre os seis isolados lácticos. Em todos os isolados, a atividade antagonista manteve-se presente em sobrenadantes neutralizados após tratamento térmico de 98 o C por 40 minutos. Em todos os isolados, a atividade inibitória manteve-se independentemente do pH do meio, entre pH 2 e pH 10. O isolado que apresentou melhor inibição contra L. monocytogenes e S. aureus, inclusive em meio líquido, foi identificado pela análise da seqüência de um gene codificador do rRNA 16S e pelo perfil de fermentação de açúcares como Lactococcus lactis subsp. lactis, e aqui denominado L. lactis subsp. lactis PD 6.9. O modo de ação da bacteriocina produzida por L. lactis subsp. lactis PD 6.9 sobre L. monocytogenes foi definido como bactericida. A produção de bacteriocina e o efeito inibitório sobre L. monocytogenes em condições que simulam o salame foram demonstrados. L. lactis subsp. lactis PD 6.9 atingiu 10 9 UFC/mL e a bacteriocina foi detectada após 8 horas. Em estudo de co-cultivo com L. monocytogenes, o crescimento de L. lactis subsp. lactis PD 6.9 não foi afetado pela presença de L. monocytogenes e apresentou o mesmo comportamento que quando cultivado como monocultura. Porém, o crescimento de L. monocytogenes foi reprimido e o número inicial de 10 6 células foi mantido até aproximadamente 12 horas de cultivo e nenhum crescimento foi detectado após 32 horas em um limite de detecção de 10 UFC/mL. A atividade da bacteriocina produzida por L. lactis subsp. lactis PD 6.9, em meio D-MRS, surge no final da fase logarítmica de crescimento e é máxima na fase estacionária. A atividade foi mais alta em condições ácidas do que em básicas, com atividade máxima em pH 2 e não foi alterada por tratamento térmico a 121 o C por 20 minutos, pelo processo de liofilização ou pelo efeito de congelamento e descongelamento. O armazenamento da bacteriocina nas temperaturas de -20 o C e -80 o C por até 6 meses também não alterou a atividade de inibição. A purificação foi realizada utilizando precipitação com sulfato de amônio, cromatografia de troca iônica, cromatografia de interação hidrofóbica e HPLC- fase reversa. Grande perda de atividade da bacteriocina foi observada especialmente após cromatografia de troca iônica e somente 0,025% da atividade inicial foi recuperada após HPLC-fase reversa. Os resultados obtidos com a purificação indicam que a bacteriocina é pequena, catiônica, hidrofóbica e com capacidade de formar agregados. / Lactic acid bacteria, isolated from Italian type salami, displaying antagonistic activity against Listeria monocytogenes and Staphylococcus aureus were characterized. The proteinaceous nature of the inhibitory agents in the six strains was demonstrated by their maintenance in neutralized supernatants, non sensibility to catalase and by sensibility proteases. Five resistance profiles to Proteinase K, Papain, Trypsin and Protease of Bacillus polimyxa were observed among the six strains. In all the isolates, the antagonistic activity was present in neutralized supernatants after heat treatment at 98 o C for 40 minutes. For all the isolates, the inhibitory activity was maintained, independently of the pH of the broth, between pH 2 and pH 10. The isolate that presented best activity against L. monocytogenes and S. aureus, including in broth, was identified by nucleotide sequence analysis of a gene encoding 16S rRNA and by sugar fermentation pattern as Lactococcus lactis subsp. lactis, here denominated L. lactis subsp. lactis PD 6.9. The bacteriocin produced by L. lactis subsp. lactis PD 6.9 has bactericidal effect on L. monocytogenes. Bacteriocin production and inhibitory effect on L. monocytogenes under conditions that simulate those of salami were demonstrated. L. lactis subsp. lactis PD 6.9 reached 10 9 CFU/mL and the bacteriocin was detected after 8 hours of cultivation in salami broth. In co- cultivation, L. lactis subsp. lactis PD 6.9 was unaffected by the presence of L. monocytogenes and presented the same behavior as when cultivated as monoculture. However, the growth of L. monocytogenes was repressed and the initial number of 10 6 cells was maintained to approximately 12 hours of cultivation and nothing was detected after 32 hours with a limit of detection of 10 CFU/mL. The activity of the bacteriocin produced by L. lactis subsp. lactis PD 6.9, in D-MRS broth, appears at the end of the logarithmic growth phase and reaches its maximum in the stationary phase. The activity was higher under acidic conditions, with maximum activity in pH 2 and it was not altered by heat treatment at 121 o C for 20 minutes, by lyophilization or by freeze-thaw treatment. The storage of the bacteriocin at -20 o C and -80 o C for up to 6 months did not alter the inhibitory activity. Purification was performed by precipitation with ammonium sulphate, ion-exchange chromatography, hydrophobic-interaction chromatography and reverse-phase HPLC. Loss of activity of the bacteriocin was especially observed after ion-exchange chromatography and only 0,025% of the initial activity was recovered after reverse-phase HPLC. The results obtained with the purification indicate that the bacteriocin is small, cationic, hydrophobic and with capacity to form aggregates. / Tese antiga

XAVIER, Cicera Vanuza Viana. Aplicação pré-colheita de ácido giberélico no metabolismo antioxidante em pedúnculos de clones de cajueiro-anão. 2015. 54. Dissertação (Mestrado em Agronomia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2017-05-19T16:17:46Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_cvxavier.pdf: 1137407 bytes, checksum: 45244c9611b2cd959dffb0d4ebe152b7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-05-19T20:10:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_cvxavier.pdf: 1137407 bytes, checksum: 45244c9611b2cd959dffb0d4ebe152b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-19T20:10:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_cvxavier.pdf: 1137407 bytes, checksum: 45244c9611b2cd959dffb0d4ebe152b7 (MD5) Previous issue date: 2017 / The cashew tree (Anacardium occidentale L.) stands out among the native fruit species in northeastern Brazil by both the enormous potential as table fruit, as in industrial processing. The Consumption in natura is growing considerably every season due to the high interest of the population in health promotion, linked to foods rich in antioxidant. Among the agricultural management practices, the use of plant growth regulators can be an alternative in promoting the improvement of the functional quality of cashew apples. This study aimed to evaluate the effects of GA3 pre-harvest application in different doses (0, 60, 120 and 180 mg L-1), on the postharvest quality of two clones of dwarf cashew (CCP 76 and BRS 189) specifically on the metabolism of bioactive compounds and antioxidant enzymes. The cashew apples, coming from Campus Pacajus-CE Experimental belonging to Embrapa were treated with GA3 two days before harvest at mature stage. The evaluations showed that pre-harvest application of GA3 significantly influenced the phenylalanine ammonia lyase (PAL ) activity and superoxide dismutase (SOD) in both clones, but it did not affect the activity of catalase (CAT), nor the content of phenolics and carotenoids, and total antioxidant activity. The GA3 reduced the activity of PAL enzyme in CCP 76 clone, but promoted an increase in the activity of this enzyme in BRS 189 clone. These cashew clones, total antioxidant activity was correlated to the content of carotenoids. The BRS 189 clone cashew introduced himself as best source of antioxidants due to higher content of trans-cinnamoyl and SOD activity. / O cajueiro (Anacardium occidentale L.) destaca-se entre as espécies frutíferas nativas do Nordeste brasileiro tanto pelo enorme potencial como fruto de mesa, quanto no processamento industrial. O consumo in natura vem crescendo consideravelmente a cada safra devido ao elevado interesse da população na promoção da saúde, atrelada a alimentos ricos em antioxidantes. Dentre as práticas de manejo agrícola, o uso de reguladores de crescimento vegetal pode ser uma alternativa na promoção da melhoria da qualidade funcional dos pedúnculos de cajueiro. Esse estudo objetivou avaliar os efeitos da aplicação pré-colheita de GA3, em diferentes doses (0, 60, 120 e 180 mg L-1), sobre a qualidade pós-colheita de dois clones de cajueiro-anão (CCP 76 e BRS 189), especificamente, sobre o metabolismo de compostos bioativos e enzimas antioxidantes. Os pedúnculos, oriundos do Campus Experimental de Pacajus-CE pertencente a Embrapa Agroindústria Tropical, foram tratados com GA3 dois dias antes do inicio da colheita no estádio maduro. As avaliações mostraram que a aplicação pré-colheita de GA3 influenciou de forma significativa a atividade da fenilalanina amônia liase (PAL) e da dismutase do superoxido (SOD) em ambos os clones, porém não afetou a atividade da catalase (CAT), tampouco o conteúdo de fenólicos e carotenoides, e a atividade antioxidante total. O GA3 reduziu a atividade da enzima PAL no clone CCP 76, contudo promoveu um acréscimo na atividade de tal enzima no clone BRS 189. Nos pedúnculos desses clones de cajueiro-anão, a atividade antioxidante total foi correlacionada ao conteúdo de carotenoides. Os pedúnculos do clone BRS 189 de cajueiro-anão apresentou-se como melhor fonte de antioxidantes devido ao maior conteúdo de trans-cinamoil e da atividade da SOD.

Nesse trabalho estudou-se nanofibras poliméricas à base de poli(ácido láctico) (PLA) funcionalizadas superficialmente por reação do tipo Cicloadição de Huisgen entre Azida e Alcino Catalisada por Cu (I) (do inglês, Copper(I)-Catalyzed Azide Alkyne Cycloaddition - CuAAC). Sintetizou-se por polimerização por abertura de anel o polímero PLA de baixa massa molar terminalmente funcionalizado com grupo propargila, utilizando como iniciador álcool propargílico (Mn_RMN_¹H = 2500 g/mol, Mn_GPC = 5000 g/mol e % de funcionalização de 75 %). As nanofibras poliméricas foram obtidas através do método de eletrofiação, utilizando soluções de PLA de alta massa molar comercial e PLA funcionalizado em solvente CH2Cl2 (10/0, 9/3, 9/10 e 10/10 % m/m). As nanofibras poliméricas foram caracterizadas através das técnicas de microscopia eletrônica de varredura (MEV) e por análises térmicas (termogravimetria, TGA, e calorimetria exploratória diferencial, DSC), apresentando diâmetro pouco variável, superfície porosa e comportamento não cristalino após eletrofiação. A reatividade do grupo alcino na superfície foi avaliada pela reação CuAAC com Rodamina B funcionalizada com grupo azida (ROD-N3), o que permitiu a quantificação dos grupos reativos por meio de medidas de UV-Vis. As nanofibras apresentaram um percentual de modificação superficial de 4,5 %. Sendo assim, os materiais obtidos nesse trabalho são capazes de serem modificados superficialmente através de reações CuAAC. / In the present work poly (lactic acid) (PLA) nanofibers functionalized by Copper (I) Catalyzed Azide Alkyne Cycloaddition (CuAAC) were investigated. The PLA with low molecular weight was sinthesized and terminally functionalized with alkyne group by ring opening polymerization (ROP) using propargyl alcohol as initiator. The polymeric nanofibers were obtained by electrospinning using commercial high molecular weight PLA and previously synthesized PLA solutions using CH2Cl2 as solvent (10/0, 9/3, 9/10 and 10/10 % w/w). Polymeric nanofibers were characterized by scanning electron microscopy (SEM) and thermal analysis (thermogravimetry, TGA, and differential scanning calorimetry, DSC), showing non-variable diameter, porous surface and non-crystalline behavior after electrospinning. The reactivity of alkyne group on the nanofiber surface was evaluated by reaction with Rhodamine B modified with azide group (ROD-N3), which allowed the quantification of reactive alkyne groups on the surface by UV-Vis measurements. The efficiency of click reaction on nanofibers surface was 4.5 %. Thus, the materials developed in this study were capable of being modified by CuAAC surface reactions.