Quel sens faut-il donner à la création le 29 brumaire an III d’Écoles d’économie rurale vétérinaire en remplacement des écoles vétérinaires héritées de l’Ancien Régime ? L’historiographie n’a jamais vraiment relevé ce qu’implique l’affirmation de l’économie rurale vétérinaire. Notre thèse est construite sur l’idée que la République directoriale correspond aussi à la formulation d’une des avancées fondatrices de nos sociétés démocratiques contemporaines : la volonté d’établir un projet politique qui intègre la pensée d’une écologie politique. Ce projet, c’est l’économie rurale républicaine. C’est cette proposition qui investit l’École d’Alfort dès les années 1780 avec l’entrée de grands savants tels que Vicq d’Azyr, Fourcroy ou Daubenton. La proclamation de la République correspond ensuite à un moment d’affirmation de cette proposition scientifique de l’économie rurale vétérinaire. Après le coup d’État de Brumaire, on assiste à mise en ordre impériale qui implique l’abandon de l’économie rurale républicaine. / What meaning should be given to the creation on 29 Brumaire Year III of Schools of rural veterinary economy to replace veterinary schools inherited from the Ancien Régime? Historiography has never really identified what the assertion of the rural veterinary economy implies. Our thesis is built on the idea that the directorial Republic corresponds to the formulation of one of the founding advances of our contemporary democratic societies: the will to establish a political project that integrates the thought of a political ecology. This project is the republican rural economy. It is this proposal that invests the School of Alfort in the 1780s with the entry of great academics professors such as Vicq d'Azyr, Fourcroy or Daubenton. The proclamation of the Republic corresponds to a moment of affirmation of this scientific proposal of the rural veterinary economy. After the coup of 18/19 Brumaire in the Year VIII, imperial order was put in place, implying the abandonment of the republican rural economy.

L’objectif de cette thèse est d’interroger la controverse autour de l’élevage et d’en étudier sa dynamique pour analyser le processus par lequel elle aboutit à une transformation des normes sociales. Pour cela, la controverse est abordée par une analyse systémique permettant de rendre compte de la complexité des relations causales entre ses multiples dimensions et ses différentes échelles d’expression. Les techniques de collecte et d’analyse des données reposent sur des méthodes qualitatives et quantitatives pour cerner au plus près les processus sociaux étudiés. Une analyse sociohistorique permet d’ancrer le processus de transformation des normes dans le long terme et montre que, depuis le XIXème siècle, le système productiviste suscite des incertitudes quant à son application dans le domaine agricole, en particulier dans ses conséquences sur les animaux et l’environnement. La description des éléments de la controverse montre qu’elle se structure autour d’incertitudes scientifiques et éthiques auxquelles les parties prenantes de la controverse, que sont le monde de l’élevage et le monde associatif, doivent apporter des réponses. L’analyse de l’audience de la controverse auprès du public permet d’identifier une variété des manières de penser l’élevage, qui s’exprime au sein d’un forum hybride dans lequel une multitude d’acteurs contribuent à donner du sens à l’activité. Les rapports de force entre les acteurs déséquilibrent toutefois les capacités de chacun à influencer cette construction des normes. Globalement, c’est vers une prise de distance avec une forme d’élevage perçue comme industrielle et artificielle qu’évoluent les normes règlementaires, professionnelles et culturelles / The objective of this thesis is to question the controversy about livestock farming and to study its dynamic to then analyse the process by which this controversy results in a transformation of social norms. For that purpose, the controversy is addressed by a systemic analysis that enables to reflect the complexity of causal relations between its various aspects and its different scales of expression. Techniques of data collection and analysis lie on qualitative and quantitative methods in order to understand more precisely the social processes studied. A sociohistorical analysis enables to integrate the process of norms transformation in the long run and to show that, since the 19th century, the productiondriven system creates uncertainty regarding its application in the agricultural area, mainly in its consequences on animals and the environment. The description of the controversy elements shows that the controversy is structured around scientific and ethical uncertainties. Stakeholders of the controversy (the livestock sector and the associative sector) must come up with some answers to these scientific and ethical uncertainties. The analysis of the interest of the public for this controversy enables to identify a variety of ways of thinking the livestock farming that express among a hybrid forum in which a large number of actors contribute to make sense to this activity. However, power relations between the actors unbalance the capacities of each one to influence this norms construction. Globally, regulatory standards, professional and cultural norms are changing towards a distancing with a livestock farming form that is perceived as industrial and artificial.

L’amélioration de l’efficience alimentaire des animaux peut contribuer à un élevage plus durable par la réduction des ressources utilisées et des rejets associés. Les caractères qui déterminent l’efficience alimentaire des vaches laitières restent mal identifiés. Le projet se propose donc d’identifier les facteurs biologiques associés à la variabilité interindividuelle de l’efficience alimentaire des vaches laitières. La variation d’efficience alimentaire a été estimée avec l’ingéré résiduel, classiquement défini comme la variabilité résiduelle de l’énergie nette ingérée corrigée pour l’énergie nette du lait, l’entretien et les variations de réserves corporelles. Cet ingéré résiduel inclut par définition toutes les erreurs de mesure. Pour réduire ces erreurs, la note d’état corporel, qui classiquement se fait par notation visuelle, a été automatisée et de nombreux autres caractères candidats ont été mesurés fréquemment dans un environnement stable sur quasiment toute la lactation.La variabilité de l’ingéré résiduel ne représentait que 8% de la variabilité de l’ingéré mesuré, dont 58,9% étaient associés à de l’efficience et non de l’erreur. L’étude de la répétabilité de cet ingéré résiduel au cours de la lactation suggère d’éviter les 7 premières quinzaines au profit du milieu de lactation. Parmi tous les caractères mesurés, le comportement alimentaire, la température ruminale, la variation des réserves corporelles et l’activité expliquaient 58,9% de la variabilité de l’ingéré résiduel. Les effets de plusieurs de ces caractères semblent confondus. Leur lien de causalité av / Achieving higher feed efficiency of animals is expected to improve animal production sustainability through reduction of the used resources and of the associated emissions. The traits determining feed efficiency remain poorly understood. The present project aimed therefore at identifying the biological factors associated with feed efficiency differences in lactating dairy cows. Feed efficiency variation was estimated with the traditional residual intake, which was defined as the residual variability of net energy intake which is not explained by net energy required for lactation, maintenance and body reserves change. This residual intake includes by definition all measurement errors. To reduce these errors, body condition score, which is commonly measured visually, has been automated and several other candidate traits were measured frequently in a steady environment for almost whole lactation.Residual intake variability represented only 8% of intake variability in our study, among which only 58.9% were found to be associated with feed efficiency variability and not to errors. The repeatability analysis of the residual intake throughout the lactation suggested to avoid the 7 first lactation fortnights, and rather to focus on lactation middle. Among all measured traits, feeding behaviour, rumen temperature, body reserves change and activity explained 58.9% of residual intake variability. Many of these traits seemed confounded with others, which claimed for the need for further work to properly define their causal relationship with feed efficiency, especially focussing on di

L’élevage périurbain est un sujet d’actualité dans un monde de plus en plus caractérisé par la croissance urbaine. Cependant, le lien entre ville et élevage dans les grandes agglomérations d’Afrique de l’Ouest reste peu étudié sous le prisme de la métropolisation. Sachant que les productions modernes de volailles et de porcs ont prospéré à Abidjan depuis le milieu des années 1970 sans espace officiellement dédié, cette thèse interroge l’influence de la métropolisation sur leur territorialisation à la périphérie de la capitale économique ivoirienne. Dans un cheminement à la croisée des géographies urbaine et rurale, nos enquêtes de terrain nous ont permis de saisir d’une part une tendance à la relocalisation « de proche en proche » vieille des premiers bourgeons de l’expansion spatiale abidjanaise sur la campagne environnante. Et d’autre part, nous constatons la création de nouvelles exploitations ou une dynamique renouvelée des élevages avicoles situés plus loin de la métropole notamment à Agnibilékrou, Assinie, Jacqueville ou à Agboville. Si les voies terrestres structurantes et les possibilités financières des industriels réorganisent le bassin de production avicole, les choses sont plus timides pour les élevages porcins. Ainsi, la variabilité des réponses à l’échelle des seuls producteurs gagnerait à se stabiliser avec un développement agro-industriel régional mieux défini. / Peri-urban breeding is a hot topic in a world increasingly characterized by urban growth. However, the link between city and breeding in the large agglomerations of West Africa remains less studied under the prism of metropolisation. Knowing that moderns poultry and pig productions have flourished in Abidjan since the mid-1970s without officially dedicated space, this thesis questions the influence of metropolisation on their territorialization on the Ivorian economic capital periphery. In a cross-section of urban and rural geography, our field surveys allowed us to grasp, on the one hand, a tendency to relocate « step by step » at the time of the old buds of Abidjan's spatial expansion. On the other hand, we see the creation of new farms or a renewed dynamics of poultry farms located farther from the metropolis, notably in Agnibilékrou, Assinie, Jacqueville or Agboville. While the structural land routes and the financial possibilities of industrialists reorganize the poultry production area, things are lesser for pig farms. Thus, the variability of responses at the producer level alone would tend to stabilize with clearer regional agro-industrial development.

Effets de stresseurs environnementaux sur la fertilite des males chez l'abeille domestique apis mellifera l. en relation avec la fécondite de la reine. Dans un contexte de déclin des colonies d’abeilles mellifères, un appauvrissement de la qualité des reines, se traduisant par une production anormale de couvain et des renouvellements prématurés de reines, a été rapporté par les apiculteurs du monde entier. Partant de ce constat, l’hypothèse avait été émise qu’une atteinte de la fertilité des mâles (faux-bourdons), exposés aux stresseurs environnementaux, pouvait être responsable des défaillances observées chez les reines au sein des ruchers. Dans le but de vérifier cette hypothèse, des approches novatrices pour élever des faux-bourdons, en conditions contrôlées de laboratoire et en conditions semi-contrôlées, ont été développées. Les approches mises en oeuvre ont permis de démontrer que l’insecticide systémique Fipronil, la microsporidie pathogène Nosema ceranae et leur association avaient la capacité de générer des perturbations physiologiques de différents types chez les faux-bourdons incluant des altérations de la qualité des semences. De plus, les effets obtenus après les expositions à ces stresseurs ont montré que la fonction de reproduction de ces individus était particulièrement sensible à l’ensemble des stresseurs étudiés. L’insémination instrumentale de jeunes reines, avec des semences de mâles exposés au Fipronil, a mis en lumière une baisse de leur potentiel reproducteur résultant d’une diminution non seulement du nombre mais aussi de la viabilité des spermatozoïdes stockés dans la spermathèque. Considérant que le contenu de la spermathèque conditionne leur capacité à pondre et leur longévité, ces reines sont donc plus disposées à présenter des signes de défaillance pouvant se répercuter sur le fonctionnement général de leur colonie. Ainsi, les troubles de la reproduction induits par une baisse de la fertilité des mâles, exposés à une multitude de stresseurs environnementaux, pourraient en partie expliquer le déclin des colonies d’abeilles. De ce fait, une évaluation des effets reprotoxiques des substances auxquelles les mâles sont potentiellement exposés, pourrait être envisagée dans un cadre règlementaire à venir. Ainsi, les méthodes et les approches innovantes développées dans le cadre de ce travail pourraient représenter des bases pertinentes pour élaborer de nouveaux tests toxicologiques qui pourraient être utilisés dans la procédure d’enregistrement des pesticides. / In a context of honey bee decline, an impoverishment of queen quality, resulting in abnormal brood production and early queen renewal, has been observed worldwide. Hence, the assumption was made that fertility impairment of drones exposed to environmental stressors could explain the queen failure observed in apiaries. In order to test this assumption, original approaches to rear drones were developed in laboratory and semi-field conditions. These approaches enabled to show that the systemic insecticide Fipronil, the pathogen microsporidia Nosema ceranae and their combination disrupt drone physiology in different ways, including an impairment of the semen quality. In addition, results have highlighted the high sensitivity of the reproductive function of drone to all of these stress factors. The instrumental insemination of young queens with semen of drones exposed to Fipronil has shown a decrease in the reproductive potential of queens that resulted from a lower number and viability of spermatozoa stored in their spermatheca. Consequently, considering that the spermathecal content determines the egg-laying ability and the lifespan of queens, the risk of queen failure and colony dysfunction is higher. Thus, reproductive disorders, linked to a fertility decline of drones continuously exposed to numerous environmental stressors, could explain, at least in part, the phenomenon of honey bee decline. Thereby, an assessment of the reproductive toxicity of pollutants, including pesticides, to which drones are potentially exposed, should be considered in a future regulatory framework. In this way, the innovative methods and approaches developed in the frame of this work could represent pertinent bases to elaborate new toxicological tests that could be used in the registration procedure of pesticides.

La spécialisation des systèmes agricoles et des territoires montre ses limites, principalement d’un point de vue environnemental mais aussi économique si les prix augmentent. La diversification et l’intégration de culture et d’élevage au sein des exploitations apparaît être une solution de production plus durable, mais leur fonctionnement n’est pas totalement appréhendé. Nous émettons les hypothèses qu’il existe des conditions d’intégration sous lesquelles les systèmes de polyculture-élevage (PCE) sont effectivement plus durables que les systèmes spécialisés et que les méthodes de caractérisation et d’évaluation des systèmes de polyculture-élevage ne permettent pas d’identifier ces conditions. Dans l’objectif de vérifier ces hypothèses, nous avons développé le modèle Sheep’n’Crop pour simuler des systèmes de polyculture-élevage ovin allaitant contrastés auxquels deux types d’analyses ont été effectuées : (i) analyses d’indicateurs économiques, de productivité et environnementaux (GES, MJ, bilan N) à l’échelle de l’exploitation agricole et des ateliers de production en vue d’évaluer la durabilité des systèmes, et (ii) analyse d’efficience énergétique à partir de la méthode de frontière de production DEA pour caractériser la complémentarité des ateliers de culture et d’élevage. Ces analyses ont été menées sur trois stratégies de production à possibilités d’interactions décroissantes – systèmes intégrés, non-intégrés, diversifiés fictifs – au sein desquels l’organisation culture-élevage (% culture) et la saisonnalité de la production ovine (printemps ou automne) varient. L’évaluation de la durabilité montre que les interactions culture-élevage et une mise-bas de printemps permettent d’améliorer tous les indicateurs de durabilité, mais un pourcentage de culture élevé réduit les performances pour la consommation d’énergie non-renouvelable et le bilan azoté. La caractérisation de l’intégration des systèmes PCE par leur gain d’efficience énergétique – la complémentarité - montre que les systèmes intégrés et non-intégrés simulés sont plus efficients que les systèmes diversifiés fictifs de +6.4% et +0.4%. Le lien entre l’indicateur de complémentarité et la durabilité des systèmes est néanmoins difficile à établir étant donné l’existence de trade-off. Nous recommandons de compléter ces résultats en améliorant la considération des contextes pédoclimatiques et socio-économique, de l’efficience d’échelle de production, du niveau d’intensification de l’atelier animal et des effets agronomiques et techniques des interactions culture-élevage. / Specialization of farming systems and territories are not environmental-friendly, moreover those systems are threatened by the expected higher prices of inputs of production. Diversification and integration of crop and livestock at the farming system scale appears to be a valuable way to enhance farming system sustainability. We posit that they must be conditions of integration that permit mixed crop-livestock systems to be more sustainable than specialized systems and that existing methods of mixed crop-livestock systems characterization do not permit identifying those conditions. To test those hypothesis, we designed a whole-farm model – Sheep’n’Crop – that permits simulating contrasted mixed crop-livestock systems and evaluating (i) their sustainability through economic, productive and environmental (MJ, GHG, N balance) indicators and (ii) their energetic efficiency through a DEA production frontier analysis in order to characterize the complementarity that exists between crop and livestock subsystems. Those analyses were run on three contrasted farming system strategies, distinguished by a decreasing possibility of interactions between crop and livestock subsystems: integrated systems, non-integrated systems and virtual diversified systems. Those systems are also characterized by various crop-livestock organizations (% of crops) and lambing’s periods (spring or autumn). The analysis of sustainability indicates that crop-livestock interactions and spring seasonality permit enhancing each performance of sustainability. However, a high percentage of crops makes decrease the MJ consumption and N balance performances. The characterization of mixed crop-livestock systems through their energetic efficiency gains – the complementarity – show that integrated and non-integrated systems are respectively more efficient than virtual diversified systems by +6.4% and +0.4%. Comparing the complementarity index and indicators of sustainability of farming systems, we highlighted the existence of trade-off. Before analyzing and identifying the best trade-off compromise, we recommend completing our results by testing various pedoclimatic and socio-economic context, the effect of scale efficiencies, the effect of livestock intensification and increasing agronomic and technical effects of crop-livestock interactions.

Les vertus agricoles et environnementales des systèmes de polyculture élevage autonomes sont aujourd’hui reconnues par la recherche et les politiques publiques : par leur moindre consommation en intrants (engrais, pesticides, mécanisation…), et par les recyclages de matières entre cultures et élevage, ces systèmes restent productifs tout en limitant les impacts sur l’environnement. Toutefois, leur public reste confidentiel : le chemin de la réduction voire de l’abandon des intrants nécessite des changements profonds des façons de travailler pour l’agriculteur. Notre recherche vise à formaliser les transitions des systèmes de polyculture élevage laitiers consommateurs en intrants vers l’autonomie. Nous analysons la manière dont l’agriculteur appréhende son travail et le fait évoluer au cours de cette transition à partir de l’analyse de l’activité de travail (i) des agriculteurs de 9 fermes de polyculture élevage laitier du Réseau Agriculture Durable, et (ii) des protagonistes d’un système de polyculture élevage laitier expérimental de l’INRA ASTER=Mirecourt. Nous mobilisons le concept de monde professionnel comme un analyseur de l’activité de travail de l’agriculteur et accédons ainsi à une formalisation systémique de l’activité considérant les actions, les connaissances et les instruments de l’agriculteur mais aussi les objets sur lesquels il agit, les normes professionnelles auxquelles il se réfère et ses valeurs. Ainsi, nous formalisons le développement des mondes professionnels selon un processus non téléologique, une élaboration non linéaire et non incrémentale de l’expérience des agriculteurs ancrée dans leur histoire et leur culture. La créativité des agriculteurs dans l’action tient une place dans l’élaboration de cette expérience. Les genèses instrumentales, c'est-à-dire le déplacement de l’action ou des normes professionnelles de l’agriculteur par l’usage d’un artefact, sont des ressources et des moteurs du développement : 30 artefacts-clefs (matériels, cognitifs…) permettent aux agriculteurs d’agir sur l’animal, les cultures, l’économie, l’emploi, les équilibres de matière, les fourrages, le matériel, les observations, les potentialités, la productivité, les réseaux socio-professionnels, le travail et la vente durant la transition vers la polyculture élevage autonome. Ce développement, qui s’apparente à une conduite de projet, est en partie autonome, c’est-à-dire lié à des dynamiques internes au monde professionnel, et en partie social, c’est-à-dire mobilisant les normes professionnelles et les artefacts des réseaux professionnels auxquels adhère l’agriculteur. L’analyse des mondes professionnels des polyculteurs-éleveurs autonomes révèle des conduites originales en matière de cultures, d’élevage et d’interactions cultures/élevage. Cette analyse révèle également des organisations du travail variées dans les collectifs des exploitations agricoles et des souhaits relatifs au futur divers selon les agriculteurs. Ainsi, nous décrivons les singularités des façons de travailler dans ces systèmes autonomes et formalisons un panel de concepts-pragmatiques, d’instruments et d’indicateurs de conduites. Dans le champ de l’ergonomie, ce travail offre un point de vue analytique sur le développement des mondes professionnels. Dans le champ de l’agronomie système, ce travail propose (i) une prise en compte de la créativité de l’agir dans les représentations de l’action de l’agriculteur, (ii) une formalisation de l’acquisition de l’expérience y compris dans des situations de changement de paradigme pour l’agriculteur et (iii) une formalisation des ressources spécifiques de la transition mobilisées par les agriculteurs. D’un point de vue opérationnel, ce travail offre des pistes de réflexion sur les modes d’extension du public des systèmes de polyculture élevage autonomes et sur l’accompagnement des agriculteurs vers l’autonomie, en spécifiant le rôle de l’installation expérimentale de l’INRA ASTER-Mirecourt. / Agricultural and environmental qualities of autonomous mixed-crop systems are now recognized by research and public policies: their lower consumption of inputs (fertilizers, pesticides, mechanization...), and their recycling of materials between crops and livestock allow these systems to remain productive while minimizing impacts on the environment. However, their public remains confidential: the path of the reduction or abandonment of inputs requires deep changes in ways of working for the farmer. Our research aims to formalize transition from mixed-crop systems mobilizing inputs to autonomy. We analyze how the farmer work and make his work evolve during the transition. We analyze work activity of (i) farmers in 9 mixed-crop dairy farms from the Sustainable Agriculture Network, and of (ii) experimenters of an experimental mixed-crop dairy farm in INRA ASTER-Mirecourt. We mobilize the concept of professional world as an analyzer of the work activity of the farmer and thus we access to a systemic formalization of activity considering the actions, knowledge and tools of the farmer but also the objects on which he acts, the professional standards to which he refers and his values. Thus, we formalize the development of professional worlds according to a non-teleological process, a no-linear and non-incremental development of farmers' experiences rooted in their history and culture. Creativity of farmers in the action has a place in the development of this experience. Instrumental genesis, that is to say, the movement of the action or of the professional standards of the farmer by the use of an artifact, are resources and stimulators of the development: 30 key artifacts (material tools, cognitive tools...) allow farmers to act on animals, crops, economics, employment, balance of matter, forages, equipment, observations, potential, productivity, socio-professional networks, work and sales during the transition to mixed-crop farming. This development is partly autonomous, ie linked to dynamics internal to professional world, and partly social, ie mobilizing professional standards and artifacts of professional networks of the farmer. Analysis of professional worlds of autonomous mixed-crop farmers reveals original management of crops, animals and even of crop/livestock interactions. This analysis also reveals various work organizations in farms and various wishes of farmers concerning the future. Thus, we describe the singularities of professional worlds in these autonomous systems and we formalize a range of pragmatic concepts, instruments and indicators of management used by autonomous farmers. In the field of ergonomics, this work provides an analytical perspective on the development of professional worlds. In the field of systemic agronomy, it suggests (i) taking into account action’s creativity in the representations of farmers’ action, (ii) a formalization of the acquisition of experience including situations of paradigm shift or the farmer and (iii) a formalization of specific resources of the transition to empower farmers’ development. From an operational point of view, this work suggests exploring ways (i) to extend the public of autonomous mixed-crop farming systems and (ii)!to companion farmers toward autonomous farming, specifying the role of the experimental station of INRA ASTER-Mirecourt.!

L'objectif de ce projet était d'évaluer l'impact de rations au tout ensilage haché (TEH) ainsi que des rations au tout ensilage balles rondes (TBR) comme unique source de fourrages respectivement sur la productivité, les perfonnances reproductives et les coûts d'alimentation des troupeaux laitiers québécois. À partir de la banque de données du PA TLQ, quatre groupes de troupeaux ont été formés selon qu'ils utilisaient ou non du foin et selon le mode de conservation de l'ensilage sous fonne haché (en silo) ou sous fonne de balles rondes. Nous disposions des moyennes de 234 troupeaux au tout ensilage pour les années 2000-2001 (an 1) et 2001-2002 (an 2). Une première comparaison a été faite entre les troupeaux au TEH et les troupeaux à l'ensilage haché et foin (entre 1 et 10 % base MS) et une deuxième comparaison entre les troupeaux au TBR et les troupeaux à l'ensilage de balles rondes et foin (entre 1 et 10 % base MS). Des informations sur la perception des utilisateurs de TEH et TBR ont aussi été recueillies en réalisant des rencontres sous fonne de locus group des producteurs utilisant ces types de ration pour leur troupeau ainsi que des conseillers impliqués dans l'alimentation de ces troupeaux. Les résultats obtenus indiquent que les troupeaux nourris au tout ensilage ont une productivité similaire à ceux dont on inclut de petites quantités de foin dans la ration fourragère. De plus, des avantages au niveau de la santé du pis et au niveau économique ont été obtenus par l'utilisation de rations composées uniquement d'ensilage. Les locus group nous ont également pennis de constater que si les conseillers craignent généralement ce mode d' alimentation, le tout ensilage jouit d'un haut niveau d'appréciation auprès des producteurs utilisateurs.

L'utilisation de gluten de maïs (GM) jaune dans les moulées d'aquaculture est une pratique de plus en plus courante. En plus d'être très digeste, le GM est faible en phosphore et contient plus de 60% de protéines digestes. Le GM jaune est très concentré en pigments caroténoïdes xanthophylles jaunes. TI a cependant été démontré que ces pigments ont un pouvoir colorant indésirable sur la chair des salmonidés. Le GM est aussi pauvre en lysine et les régimes alimentaires contenant un haut niveau de GM peuvent montrer une légère déficience en lysine, ce qui limite la déposition protéique chez les poissons. Quatre régimes alimentaires (36% de protéines digestibles, 19 MJ kg-1 d'énergie digestible, 50 ppm d' astaxanthine) ont été formulés pour contenir 12% de farine de poisson et 30% de GM blanc ou jaune. Un régime contenant 36% de farine de poisson et aucun GM a également été utilisé. Les moulés ont été distribuées à des truites arc-en-ciel (poids initial = 119 g) élevés à 12° C pendant 140 jours. Le premier objectif de cette étude était d'étudier l'effet des pigments xanthophylles sur la déposition des pigments dans la chair de la truite arc-en-ciel. Le second objectif consistait à étudier l'effet de différents niveaux de lysine dans la moulée sur les performances et la pigmentation de la truite arc-en-ciel.

Les procédures appliquées avant l'abattage des animaux influencent directement la qualité de la viande en modulant l'état physiologique des porcs; ainsi, l’augmentation de la température corporelle, les taux élevés de lactate sanguin et l'épuisement des réserves de glycogène entre autres, occasionnent la majorité des baisses de qualité. L'objectif de cette thèse était de valider des outils indicateurs de stress porcin pour les fermes et les abattoirs. Ceux-ci seraient appliqués à la surveillance du bien-être animal et à la prédiction de variation de qualité de la viande porcine au niveau commercial. Premierement, les résultats de la thèse ont permis de conclure qu'un des outils développés (analyseur portatif de lactate) mesure la variation du niveau de lactate sanguin associé à l'état physiologique des porcs dans la phase péri-mortem et aide à expliquer la variation de la qualité de la viande chez le porc à l’abattoir, en particulier dans les muscles du jambon. Deuxièmement, les résultats des audits du bien-être animal appliqués de la ferme à l’abattoir ont démontré que la qualité du système d’élevage à la ferme d'origine et les compétences du chauffeur de camion sont d’importants critères affectant la réponse comportementale des porcs à la manipulation avant l'abattage. Ces résultats ont également démontré que les conditions de logement à la ferme (la faible densité et l’enrichissement dans les enclos), le comportement des porcs en période pré-abattage (glissade), ainsi que les interventions du manipulateur (utilisation du bâton électrique) dans la zone d’étourdissement de l’abattoir affectent négativement la variation de la qualité de la viande. L’application des protocoles d’audits dans la filière porcine a également démontré que le respect des critères de bien-être animal fixés par un outil de vérification est primordiale et permet de contrôler les conditions de bien-être des porcs à chaque étape de la période pré-abattage, de produire une viande de qualité supérieure et de réduire les pertes. Les audits de bien-être animal sont donc un outil qui apporte des resultats très pertinents pour aider a éviter les variations de la qualité de la viande chez le porc. Troisièmement, la thermographie infrarouge s'est avéré être une technique prometteuse permettant d’évaluer la variation de température corporelle de l’animal pendant et après un stress physique, en particulier lorsque cette mesure est prise derrière les oreilles. En conclusion, les outils validés à travers cette thèse représentent des méthodologies non invasives et potentiellement complémentaires à d'autres approches d'évaluation de l'état physiologique et du bien-être animal par rapport au stress, permettant de réduire les pertes de qualité de viande (par exemple en utilisation conjointe avec le niveau de lactate sanguin et les indicateurs de stress comportemental, entre autres). / The majority of meat quality defects are directly related to the preslaughter procedures as it results from the variation of the physiological state of pigs before slaughter, as indicated by changes in body temperature, lactate levels, glycogen reserves, among others. Therefore, the objective of this thesis was to validate tools that could be useful as stress indicators at the farm and at the slaughter plant for animal welfare monitoring and pork quality variation prediction at the commercial level. The results highlighted that the hand-held scout analyzer is capable of measuring blood lactate levels variation associated with the physiological condition of pigs in the peri-mortem phase and may help explain the variation in pork quality, especially in the ham muscles. Likewise, results of the animal welfare audits showed that the quality of the raising system at the farm of origin and the truck driver skills are important sources of variation in the behavioural response of pigs to preslaughter handling. Additionally, on-farm housing conditions (ease of movement), and preslaughter pig behaviour (slips) and handler interventions (electric prod use) during handling in the stunning chute area at the plant as assessed by the audit protocols used in this study, showed to contribute to pork quality variation. Finally, the infrared thermography proved to be a promising technology to assess body temperature variation after physical stress, especially when this measure is taken behind the ears. Overall, the three techniques validated in this thesis represent useful methodologies to complement other techniques in the assessment of animal welfare conditions (e.g. animal behaviour, physiological indicators, etc.) in relation to stress. Being non-invasive and rapid these procedures may be applied to monitor animal welfare prio to slaughter and reduce the incidence of pork quality defects.