Les études écologiques sont maintenant considérées comme prometteuses en raison de leur capacité à intégrer dans un même modèle autant des facteurs individuels que populationnels. Le mouvement récent de l’open data pourrait jouer un rôle important dans la pérennisation des démarches multidisciplinaires. Cette thèse montre que l’association des méthodes écologiques aux données publiques permet d’éclairer sous un angle nouveau des problématiques des maladies infectieuses.En Guyane Française, des méthodes écologiques dites de séries temporelles couplées aux données climatiques libres ont contribué à une meilleure compréhension du rôle du climat sur la dynamique de la transmission du paludisme, de la leishmaniose cutanée ainsi que de l’histoplasmose disséminée. L’utilisation de méthodes écologiques sur des données libres de la littérature scientifique concernant la séroprévalence toxoplasmose dans les populations humaines a permis d’identifier les principaux facteurs influençant le niveau de séroprévalence globale et indirectement du risque de toxoplasmose congénital associé. L’association de données onusiennes à des méthodes écologiques a permis de montrer qu’une prévalence importante d’ascaridiose est associée à une réduction par 10 de l’incidence du paludisme et l’impact significatif de la corruption sur la mortalité juvéno-infantile et sur les résistances aux anti-tuberculeux. Ces études montrent que l’association des méthodes écologiques aux données publiques permet d’éclairer sous un angle nouveau des problématiques des maladies infectieuses. Ce type d‘étude fournit la flexibilité nécessaire à l’étude des interactions complexes des nombreux déterminants de la santé. / Ecological studies are now considered promising because of their ability to integrate as well as individual factors than populational ones in the same model. The recent open data movement could play an important role in the sustainability of multidisciplinary approaches. The studies developed in this thesis show that the combination of ecological methods with open data could give original results in the issues of infectious diseases.In French Guiana, ecological methods called time series, coupled with open climate data, have contributed to a better understanding of the role of climate on the dynamics of malaria, cutaneous leishmaniasis and disseminated histoplasmosis. The use of ecological methods with open data from the scientific literature concerning toxoplasmosis seroprevalence in human populations has permitted to identify the main factors influencing the level of overall seroprevalence and indirectly to estimate the associated risk of congenital toxoplasmosis.The combination of UN data to ecological methods has shown that a high prevalence of ascariasis is associated with a reduction from 10 in the incidence of malaria and that corruption has a significant impact on child mortality and resistance to TB.The various studies developed in this thesis show that the combination of ecological methods to public data sheds a new light on the issues of infectious diseases. This type of study provides the flexibility to study the complex interactions of many determinants of health.

La cryptosporidiose est une infection du tube digestif, causée par un protozoaire du genre Cryptosporidium, à l'origine de diarrhées néonatales chez les jeunes ruminants. Cette affection revêt une importance en santé publique et en santé animale, ces deux aspects étant liés par l’existence d'espèces zoonotiques, la principale étant C. parvum. Les données sur l'épidémiologie moléculaire de Cryptosporidium spp chez les ruminants abondent au niveau international mais sont limitées pour la France. Ce travail a confirmé la forte prévalence et les forts niveaux d'excrétion en oocystes de Cryptosporidium chez les jeunes ruminants. L'espèce C. parvum a été identifiée aussi bien chez les veaux, les chevreaux que chez les agneaux. A l'inverse, les espèces C. xiaoi (chez le jeune) et C. ubiquitum (adultes en gestation) n'ont été retrouvées que chez les caprins et les espèces C. bovis et C. ryanae uniquement chez les veaux.Deux espèces zoonotiques ont été identifiées, C. ubiquitum et C. parvum. Tous les sous-types de C. parvum identifiés appartiennent à la famille zoonotique IIa. Le sous-type IIaA15G2R1 a été majoritairement retrouvé quelle que soit l'espèce hôte. Cette observation confirme ce qui a été observé dans d'autres pays à savoir le rôle de réservoir des jeunes ruminants dans la transmission d'isolats de C. parvum à l'homme. Enfin, ce travail a mis en évidence la complexité de l'épidémiologie de l'infection par Cryptosporidium spp avec une évolution de la prévalence et du niveau d'excrétion ainsi que de la distribution des espèces et sous-types de C. parvum d'une année sur l'autre au sein d'un même élevage. / Cryptosporidiosis is an infection of the digestive tract due to protozoa of the genus Cryptosporidium, which cause neonatal diarrhoea in young ruminants. This infection has a real significance in public and animal health; in fact, both of these aspects are bound by the existence of zoonotic species including C. parvum, the predominant species. Molecular epidemiology data on Cryptosporidium spp are very numerous over the world; however, little information has been published in France.This work confirmed the high prevalence and high level of excretion of Cryptosporidium oocysts in young ruminants. C. parvum species was identified in calves, goat kids and also in lambs. By contrast, the two species, C. xiaoi (goat kids) and C. ubiquitum (pregnant goats) were only found in goats whereas C. bovis and C. ryanae were observed only in calves.Two zoonotic species have been identified: C. ubiquitum and C. parvum. All C. parvum subtypes belongs to the IIa zoonotic family. IIaA15G2R1 subtype was mainly found in all ruminants' species. This observation confirms the potential role of young ruminants in transmission of zoonotic isolates of C. parvum to humans which has already been observed in previous studies over the world. Finally, this work highlighted the complexity of the epidemiology of Cryptosporidium spp infection, in particular the evolution in the prevalence and level of excretion and in the distribution of Cryptosporidium spp species or C. parvum subtypes according to the year of sampling in the same livestock.

L’épilepsie est une des maladies neurologiques la plus fréquentes dans le monde. Cette maladie constitue un problème de santé publique dans les pays en développement où les ressources médicales et économiques sont faibles pour la prise en charge de cette pathologie. Ce travail de doctorat a été raisonné comme une recherche en santé publique qui vise à analyser la mise en place progressive de la prise en charge des personnes vivant avec une épilepsie (PVE) en République Démocratique Populaire Lao (RDP Lao). Nos travaux de recherche ont été conduits dans un premier temps par des recherches observationnelles,sanctionnées par 5 publications scientifiques concernant le personnel de santé, les médicaments antiépileptiques, l’adhérence au traitement antiépileptique et la prise en charge des enfants épileptiques. Dans un deuxième temps, des recherches interventionnelles ont expérimenté le dépistage actif des PVEs et un suivi à fréquence régulière par des visiteurs (personnels de santé) à domicile. Ce travail a identifié les enjeux de la prise en charge de l’épilepsie en RDP Lao : les croyances socioculturelles, la faible qualification des personnels de santé, le faible approvisionnement en médicaments antiépileptiques et leurs prix élevés. Nos interventions ont été efficaces et ont augmenté le nombre de PVEs traitées dans le système de soin. L’extension spatiale de la prise en charge efficace de l’épilepsie à l’échelle nationale nécessite le renforcement de la capacité des soins au niveau communautaire, d’une gouvernance dédiée, de la contribution de l’Association pour les Personnes avec une Epilepsie (APE) et des acteurs de recherches. / Epilepsy is one of the most common neurological diseases worldwide. It is a public health issuein developing countries, where the medical and economic resources are poor for the case management. This doctoral work was set-up as a public health research, assessing the progressive implementation of the management of people living with epilepsy (PWE) in Lao People’s Democratic Republic (Lao PDR). Our research was conducted first through observational research and produces five scientific publications on the health staff,antiepileptic drugs, management of pediatric cases and treatment adherence. Secondly, interventional research focused on a one-year PWE’s follow-up using active screening and domestic health visitors. This work has identified the challenges of the management of epilepsy in Lao PDR: the socio-cultural beliefs, the low qualification of health staff for epilepsy management, the low antiepileptic drug supply and the high price of the drugs. Our interventions were successful, increasing the number of PWEs treated in the healthcare system. The extension of effective management for epilepsy at a national level requires the strengthening of capacity of healthcare at community level, the governance, the contributions of civil society and research actors.

Parmi toutes les études/cohortes existantes en transplantation rénale, peu d’entre elles étudient l’impact des paramètres pharmacologiques. L’utilisation d’un auto-questionnaire, en complément du dossier médical, a été validée pour le recueil de ces données. La comparaison du dossier médical et des auto-questionnaires pour la déclaration des événements indésirables a permis de mettre en évidence des différences. Les infections étaient les événements indésirables les plus déclarés par les médecins alors que les patients n’en déclaraient que très peu. L’observance, évaluée par l’auto-questionnaire, diminuait entre la 1ère et la 3ème année post-greffe, tout comme la sensation d’euphorie et de renaissance. En effet, le score de qualité de vie (QdV) de la dimension « Santé mentale » du ReTransQol diminuait entre ces deux périodes. En revanche, la peur de la perte du greffon du patient augmentait comme démontrée par la diminution du score de QdV de la dimension « Peur de la perte du greffon ». La QdV, évaluée par des questionnaires génériques ou spécifiques aux greffés rénaux, est aussi un paramètre important à prendre en compte dans le suivi des patients. Les propriétés psychométriques de la 2nde version du ReTransQol, ainsi que sa reproductibilité et sa sensibilité aux changements ont été validées dès le 3ème mois post-transplantation rénale. L’étude de pharmaco-économie Ephegren, suite de la cohorte Epigren, va notamment étudier les rapports coût-efficacité et coût-utilité des stratégies immunosuppressives et anti-cytomégalovirus. Ainsi, des recommandations pourront être proposées afin d’homogénéiser les pratiques et diminuer les coûts de prise en charge des greffés rénaux. / Among all existing studies/cohorts in kidney transplantation, only a few study the impact of the pharmacological parameters. In addition to the clinical file, the use of a self-administered questionnaire has been validated to collect these data. Comparison between clinical file and self-administered questionnaire concerning the reporting of adverse events highlighted some differences. Infections were the most reported adverse events by the physicians while the patients declared only a few. Adherence evaluated with the self-administered questionnaire decreased between the first and third post-transplantation year and so did the feeling of euphoria and revival. The « Mental health » dimension of the quality of life (QOL) ReTransQol score decreased over this period. However patients’ fear of losing the graft increased as shown by the decrease of the « Fear of losing the graft » dimension of the QOL score. QOL, evaluated by generic and kidney-transplanted-specific questionnaires is also an important parameter that must be considered in patient follow-up. Psychometric properties of the second version of the ReTransQol, as well as its reproducibility and its sensitivity to changes have been validated as early as the 3rd post-kidney-transplantation month. The pharmacoeconomic study Ephegren, development of Epigren cohort, will study the cost-effectiveness and cost-utility ratio of immunosuppressive and anti-cytomegalovirus strategies. Guidelines will then be proposed to standardise the treatments and decrease the management costs of kidney-transplant recipients.

L’épidémiologie de terrain peut être définie comme un ensemble de méthodes de collecte et de traitement de l’information combinant successivement les approches de l’épidémiologie descriptive mais aussi celles de l’épidémiologie analytique. La finalité de l’analyse descriptive sera de décrire et de quantifier la survenue du phénomène étudié dans une population donnée, permettant ainsi la formulation d’hypothèses préalables à la phase analytique. Phase, qui se focalisera sur les "associations" entre des "facteurs de risque" et la survenue du phénomène étudié. Dans la réponse aux questionnements posés ces deux phases les méthodes statistiques seront des outils incontournables. Afin que les résultats produits par ces analyses soient non seulement utiles mais aussi valables et utilisables, une bonne identification et une application adéquate des méthodes d’analyse s’avèreront primordiales. <p>A côté de ce constat méthodologique, il y a, dans le champ des traumatismes, tant en Belgique, qu’en pays en développement, la quasi absence d’informations pertinentes et rigoureuses pour documenter l’importance de cette problématique dans le champ de la santé. Pourtant, selon l’Organisation Mondiale de la Santé, plus de 5 millions de personnes décèdent des suites d’un traumatisme chaque année, avec 90% de ces décès survenant dans les pays à faible revenu ou à revenu intermédiaire. En Europe, les données montrent qu’une personne décède toutes les deux minutes des suites d’un traumatisme, et que pour chaque citoyen européen qui en meure, 25 personnes sont admises à l’hôpital, 145 sont traitées en ambulatoire et plus encore se font soigner ailleurs. <p> Au vu du double constat, qui est, d’une part, que les méthodes statistiques ne sont pas toujours exploitées correctement, et d’autre part, qu’il y a un manque d’informations appropriées et rigoureuses pour documenter l’ampleur du problème des traumatismes; ce travail de thèse poursuit l’objectif majeur, de montrer l’intérêt qu’il y a à appliquer de manière pertinente, adéquate et complète, des méthodes statistiques (univariées, multivariables et multivariées) adaptées aux différentes sources de données disponibles, afin de documenter l’importance des traumatismes, et des facteurs qui y sont associés, tant en pays industrialisés (exemple de la Belgique) qu’en pays en développement (exemple du Cameroun).<p>La partie classiquement appelée "résultats", correspond dans ce travail à deux chapitres distincts. Le premier fait la synthèse de ce qui a été objectivé par la revue de la littérature en termes de sources de données exploitées et de méthodes d’analyse statistique utilisées. Le second correspond à l’exploitation de quatre bases de données :une "généraliste et populationnelle" (First Health of Young People Survey - Cameroun), une "généraliste et hospitalière" (Résumé Hospitalier Minimum - Belgique), une "spécifique et populationnelle" (données issue de compagnies d’assurances belges), et une " spécifique et hospitalière" (Service SOS Enfants du CHU St Pierre - Belgique). <p>Les constats majeurs à l’issue de ce travail sont qu’il est possible de trouver dans le panel des méthodes statistiques "classiques", les méthodes nécessaires pour répondre aux questionnements de surveillance "en routine" en termes d’occurrence et de facteurs associés. L’accent devrait être mis sur une (meilleure) utilisation (justifiée, correcte et complète) de ces méthodes et sur une meilleure présentation (plus complète) des résultats. L’utilisation adéquate s’assurant d’une part, par une meilleure formation en méthodologie statistique pour les praticiens mais aussi par l’intégration, à part entière, des statisticiens dans les équipes de recherches. En ce qui concerne les sources de données utilisées, le potentiel d’information existe. Chaque source de données a ses avantages et ses inconvénients mais utilisées conjointement elles permettent d’avoir une vision plus globale du fardeau des traumatismes. L’accent devrait être mis sur l’amélioration de la disponibilité, la mise en commun mais aussi sur la qualité des données qui seraient disponibles. Dès lors, en vue de s’intégrer dans une dynamique de "Système de Surveillance des Traumatismes", une réflexion sur une utilisation globale (qu’elle soit couplée ou non) de ces différentes sources de données devrait être menée. <p>En Belgique, de nombreuses données, contenant de l’information sur les traumatismes, sont collectées en routine, au travers des données hospitalières, et ponctuellement, au travers de données d’enquêtes. Actuellement, ces données, dont la qualité reste discutable pour certaines, sont sous-utilisées dans le champ qui nous intéresse. Dans le futur, "plutôt que de ne rien savoir", il est important de continuer à exploiter l’existant pour produire et diffuser de l’information, mais cette exploitation et cette diffusion doivent s’accompagner non seulement de réflexion mais aussi d’action sur la qualité des données. En ce qui concerne l’utilisation des méthodes statistiques, nous préconisons une double approche :l’intégration et la formation. Par intégration, nous entendons le fait qu’il faut d’une part considérer le statisticien comme un professionnel ayant à la fois des compétences techniques pointues sur les méthodes, qui pourront être mises à disposition pour garantir le bon déroulement de la collecte et de l’analyse des données, mais aussi comme un chercheur capable de s’intéresser plus spécifiquement à des problématiques de santé publique, comme la problématique des traumatismes par exemple. Par formation, nous entendons le fait qu’il est essentiel d’augmenter et/ou de parfaire non seulement les connaissances des futurs professionnels de la santé (publique) en cours de formation mais aussi celles des praticiens déjà actifs sur le terrain et dès lors premiers acteurs de la collecte de l’information et de son utilisation dans une démarche de prise de décision, de détermination de priorité d’action et d’évaluation. <p>L’objectif majeur de ce travail de thèse était de montrer l’intérêt qu’il y a à appliquer de manière pertinente, adéquate et complète, des méthodes statistiques adaptées aux différentes sources de données disponibles, afin de documenter l’importance des traumatismes, et des facteurs qui y sont associés. En ayant discuté de l’existence de plusieurs sources potentielles de données en Belgique et en ayant appliqué une série de méthodes statistiques univariées, multivariables et multivariées, sur quelques-unes de celles-ci, nous avons montré qu’il était possible de documenter le fardeau des traumatismes au-travers de résultats utiles mais aussi valables et utilisables dans une approche de santé publique.<p> / Doctorat en Sciences de la santé publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le cancer du sein inflammatoire (CSI) est l’une des formes la plus agressive en raison de son potentiel métastatique élevé. Le diagnostic est basé sur des signes cliniques avec une émergence rapide, mais en réalité ces signes sont subjectifs et non spécifiques. Malgré le traitement multidisciplinaire, le pronostic reste mauvais avec une survie à 5 ans inférieure à 50% vs 90% dans le cancer du sein non inflammatoire (CSNI). Les CSI sont rares en Europe et aux Etats-Unis, représentant moins de 2% du CS. En Afrique du Nord et en particulier en Tunisie, ils représentent plus de 5% des CS. Notre équipe a trouvé des gènes significativement plus sur-exprimés dans CSI dans une signature moléculaire indépendante des sous-types moléculaires et était composé de 79 gènes. Nous nous sommes intéressés particulièrement à MARCKS qui code pour le substrat majeur de la protéine kinase C. Dans le cadre de cette thèse, nous avons tenté de mieux comprendre les aspects épidémiologiques et cliniques des CSI associés à une distribution géographique différente. Nous analyserons les caractéristiques histo-cliniques et de pronostic sur une série de 219 patientes de CSI traitées à l'Institut Salah Azaiez (Tunis) de 2008 à 2013. Les résultats de cette série historique tunisienne ont été comparés à ceux de la littérature. Évaluer si la protéine MARCKS pourrait être un nouveau marqueur spécifique du CSI par une analyse IHC sur des échantillons de tumeurs CSI et CSNI de patientes française et tunisiennes (N = 502). Les corrélations entre l'expression de MARCKS et les critères cliniques et biologiques ont été établies. / Inflammatory Breast Cancer (IBC is one of the most aggressive breast cancers due its high metastatic potential. The diagnostic is based on clinical signs with rapid emergence but in reality these signs are subjective and non-specific. Despite the multi-modality treatment, the prognosis remains poor with survival in 5-year inferior to 50% vs 90% in non-Inflammatory Breast Cancers (non-IBC). IBC were rare in Europe and USA, represented at least 2% of breast cancer (BC), more frequent in North Africa and particularly in Tunisia which they present more than 5% of BC. Our team has found genes most significantly over-expressed in IBC given a molecular signature independent from the molecular subtypes and was composed of 79 genes. We were interested particularly to MARCKS gene that encodes for the major substrate of protein kinase C. As part of this thesis, we have attempted to better understand the epidemiological and clinical aspects of IBCs associated with a different geographical distribution. We will analyze the histo-clinical characteristics and the prognosis on a series of 219 patients with IBC treated at the Salah Azaiez Institute (Tunis) from 2008 to 2013. The results of this historical Tunisian series were compared with those of literature. Evaluate whether MARCKS protein could be a new specific marker for IBC by an IHC analysis on IBC and non-IBC tumor samples of French and Tunisian patients (N=502). Correlations between the expression of MARCKS and clinical and biological criteria were established.

L'objectif principal de cette thèse était de déterminer la prévalence des antécédents de traumatisme crânien dans une population de détenus. Les objectifs secondaires étaient de déterminer les co-facteurs pouvant influencer le parcours pénal en cas d'association avec un antécédent de traumatisme crânien. Une revue systématique de la littérature a retrouvé une prévalence moyenne calculée d'antécédents de traumatisme crânien de 46%. Une enquête épidémiologique descriptive a inclus 1148 arrivants en prison à Fleury-Mérogis. La prévalence d'antécédents de traumatisme crânien était de 30,6%. L'analyse des résultats pour la population masculine adulte a mis en évidence que les personnes déclarant un antécédent de traumatisme crânien ont passé plus de temps en prison et ont fait plus de séjours en prison durant les 5 dernières années. Ils avaient également une santé perçue moins bonne. Ils étaient plus nombreux à déclarer une épilepsie, un suivi psychiatrique, une consommation d'alcool, de cannabis et de médicaments psychotropes. Dans la population féminine, la santé perçue était plus mauvaise et la consommation d'alcool était plus fréquente en cas d'antécédent de traumatisme crânien. La comparaison entre hommes et femmes ayant déclaré un traumatisme crânien n'a pas retrouvé de différence en dehors d'une santé perçue plus mauvaise pour les femmes et d'une consommation de cannabis plus importante pour les hommes. L'analyse la population des mineurs est en cours. Ces résultats amènent un certain de nombre de propositions pour la prise en charge médicale et sociale de cette population. / The main objective of this thesis was to estimate the prevalence of traumatic brain injury in a population of incomers in prison. A further aim was to study co-variables that can have an impact on criminality when associated with a history of traumatic brain injury. A systematic review was performed to estimate an average prevalence of history of traumatic brain injury, which was found to be 46%. Then, a descriptive epidemiological study, which included 1,148 incomers in prison, was carried out at Fleury Merogis prison. The prevalence of history of traumatic brain injury was 30.6%. Among the adult male population, males who declared a history of traumatic brain injury spent more time in prison and came more often in prison during the past 5 years. They also declared a worse perceived health. They were more likely to report an epilepsy, psychiatric care, alcohol, cannabis and psychotropic drugs use. Among females, perceived health was worse and alcohol consumption was more common for females with a history of traumatic brain injury. When comparing males and females who declared a history of traumatic brain injury, no difference was found except a worse perceived health for women and a greater use of cannabis for men. The analyses regarding juveniles are still ongoing. These results provide further evidence that a number of measures have to be developed regarding medical and social care for this population.

La leptospirose est une zoonose ré-émergente de distribution mondiale, causée par un spirochète du genre Leptospira. L'OMS rapporte environ un million de cas sévères de leptospirose humaine par an à travers le monde, avec un taux de mortalité de 10 %. Les rongeurs étant considérés comme les principaux hôtes réservoirs de cette bactérie, la transmettent aux Hommes et aux animaux, par un contact direct ou indirect via de l'urine infectée. Le rat brun (Rattus norvegicus) est important d'un point de vue épidémiologique car il est réservoir du principal sérogroupe incriminé dans les cas de leptospirose humaine : le sérogroupe Icterohaemorrhagiae. Chez ce rongeur, l'infection est asymptomatique et a été caractérisée par des modèles expérimentaux centrés sur la colonisation rénale des leptospires faisant appel à une voie d'inoculation éloignée des conditions naturelles. De plus, les détails sur la dynamique de transmission rat-rat restent encore inconnus. Il est donc important de mieux comprendre le rôle du rat dans le maintien des leptospires dans l'environnement, afin de mieux contrôler les épidémies de leptospirose humaine et animale. À partir d'un modèle expérimental avec une voie d'inoculation mimant des conditions naturelles (conjonctivale ou sous-cutanée), nous avons mis en évidence que la réponse sérologique semblerait être indépendante de la mise en place de la colonisation rénale, et que la voie conjonctivale serait plus efficace pour devenir porteur rénal que la voie sous-cutanée. De plus, une étude de l'infection naturelle sur le terrain avec les mêmes méthodes d'analyse, a permis de mettre en évidence la présence de leptospires dans les poumons de manière concomitante à un portage rénal chez le même individu. Grâce à la mise au point d'une nouvelle méthode de typage moléculaire, nous avons identifié les souches circulantes de leptospires dans une population urbaine de rats et leur dynamique de transmission. Toutes les souches portées par les rats appartenaient au sérogroupe Icterohaemorrhagiae et chaque colonie de rat ne semblait maintenir qu'une seule souche de leptospires dans sa population / The leptospirosis is a zoonosis caused by spirochetes of the genus Leptospira, which could infect human and animals. This infection represents a major problem of public health in several countries. The WHO estimates at one million of severe cases of human leptospirosis by year in the world, with a 10 % fatality rate. In the human, the leptospirosis is a mortal infection if it is not treated. The rodents, including the brown rat (Rattus norvegicus), are considered as a carrier and excrete pathogenic leptospires via urine, which becomes the main source of direct or indirect contamination of human and animal. In the rat, the asymptomatic infection was few characterized by experimental model, or only focused on the renal colonization using a no-natural inoculation route. Furthermore, the details of the transmission rat-rat remain still unknown. It is important to know the role of the rat in the persistence of leptospires in rural or urban environments, in order to better control leptospirosis epidemics. With an experimental model using conjunctival and subcutaneous routes, we showed that the antibodies production was independent of the rate of renal colonization and that the conjunctival route was more efficient to become renal carrier than the subcutaneous route. Furthermore, a study of the characteristics of natural infection using the same methods showed the presence of leptospires in lung of rat which are renal carriers. With a new method of molecular typing, we have studied the circulating of the Leptospira strains in the rat’s urban population. All the strains belonged to the Icterohaemorrhagiae serogroup and every colony of rats maintained only one strain of Leptospira. The characterization of the infection with the experimental and field studies, and the epidemiological studies are also important to model the infection in the brown rat, for the prevention of human and animal leptospirosis

Cette thèse étudie les relations entre comportement spatial et parasitisme dans un contexte croissant d'interactions entre faune domestique et sauvage. Nous émettons l'hypothèse que la cohabitation du Chevreuil avec la faune domestique augmente son exposition et son infestation en parasites, ce qui modifie en retour le comportement du Chevreuil. Nos résultats montrent que (i) la cohabitation du Chevreuil avec les activités humaines augmente son exposition à Toxoplasma gondii et son infestation par des nématodes gastro-intestinaux (NGI), mais pas son exposition à Chlamydia abortus, suggérant pour ce parasite un cycle de transmission restreint aux espèces sauvages ; et (ii) que les chevreuils infestés par des NGI se dispersent moins et plus tardivement. Ce travail contribue à une meilleure compréhension de la circulation de parasites entre la faune domestique et sauvage, et souligne l'importance de considérer le comportement spatial des hôtes sauvages dans l'épidémiologie de maladies dont les effets sur la faune sauvage sont encore mal connus. / This thesis investigates the relationships between spatial behaviour and parasitism in the context of increasing interactions between wildlife and domestic animals. We hypothesise that the cohabitation of roe deer with domestic fauna increases its exposure and infestation to parasites, which modify in return the behaviour of roe deer. Our results show that (i) the cohabitation of roe deer with human activities increases its exposure to Toxoplasma gondii and its infestation by gastro-intestinal nematodes (GIN), but not its exposures to Chlamydia abortus, which suggest a possible wild cycle of transmission for this last parasite ; and (ii) roe deer infested by GIN disperse less and later. This work contributes to a better understanding of the circulation of parasites between domestic and the wild animals, and highlights the importance of considering the spatial behaviour of wild hosts in the epidemiology of diseases whose effects on wildlife are still poorly understood.

Contexte : L’infection par le VIH-2 touche un à deux millions de personnes en Afrique de l’Ouest et sa prise en charge se heurte à de nombreuses difficultés. En plus des erreurs diagnostiques observées avec les tests VIH, la résistance intrinsèque du VIH-2 aux Inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse et sa moindre sensibilité à certains inhibiteurs de protéase, rendent complexe le traitement de l’infection. A cela vient s’ajouter l’absence de données sur la mortalité et la rétention dans les soins,dans un contexte d’émergence de résistances aux différentes classes d’ARV. Méthode : Le présent travail de thèse, s’appuie sur la cohorte ouest africaine IeDEA-VIH-2 et la biothèque qui lui est rattachée, de même que l’essai ANRS 12294 FIT-2, pour décrire les modalités diagnostiques, explorer la réponse thérapeutique et décrire la mortalité et les perdus de vue, parmi les patients vivant avec le VIH-2 en Afrique de l’Ouest.Résultats : Un quart des patients VIH-2 ou doublement infectés, testés de novo avec les algorithmes nationaux, étaient en réalité monoinfectés par le VIH-1. Les tests GenieIII et ImmunoCombII se sont avérés être de bons candidats pour un algorithme d’identification des patients VIH-2. Pour ce qui est du traitement, les patients vivant avec le VIH-2 initiaient principalement des régimes ARV à base d’IP boostés, avec une bonne réponse immunologique et virologique. Les régimes à base de trois INTI produisaient une réponse inférieure à celles des IP, tandis que les régimes à base d’IPnon boosté produisaient une moins bonne réponse. Il existe chez les patients VIH-2,une mortalité sous traitement ARV qui était précoce et élevée (5,2 /100 patient-année),associée à l’anémie et à des CD4 bas (<100/mm3) à l’initiation des ARV. L’essai FIT-2 actuellement en cours permettra d’identifier les meilleures séquences d’initiation des régimes ARV disponibles dans les pays ouest africains. Conclusion De nombreuses questions restent encore en suspens concernant le VIH-2, les études épidémiologiques, immunologiques et génotypiques permettront d’améliorer la prise en charge des patients VIH-2 vivant en Afrique de l’Ouest. / Background : The holistic care of the one to two million HIV-2 infected individuals in West Africa remain a concern. The frequent misdiagnosis with rapid HIV tests, in addition to the intrinsic resistance of HIV-2 to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, and its low susceptibility to some protease inhibitors, make the treatment of people living with HIV-2 very challenging. The lack of data on mortality and retention in care among people living with HIV-2, as well as the emergence of resistance to most ART drugs is a great concern for the West African ART program. Method : We relied on the WADA-HIV-2 cohort, its associated biobank and the ANRS 12294 FIT-2 trial, to describe challenges in diagnosis and treatment, as well as mortality and lost to follow up, among people living with HIV-2 in West Africa. Results : One quarter of HIV-2 or dually reactive individuals, according to the national algorithms for HIV diagnosis, were found infected by HIV-1 only, and the tests GenieIII® and ImmunoCombII® showed good performances for a more accurate algorithm. Considering treatment, HIV-2 patients often initiate boosted PI based regimen, with good immunologic and virologic response. A suboptimal response was obtained with either three NRTI based regimens and unboosted PI based regimen, however worse with the first one. HIV-2 infected individuals experienced early and relatively high mortality (5.2/100 person-years), that was associated with anemia and low CD4 count (<100/mm3) at ART initiation. The results of the ongoing ANRS 12294 FIT-2 trial are expected to identify the best strategy for the optimal use of available ART regimens in West African countries. Conclusion : Many questions remain unanswered regarding HIV-2. Epidemiologic, immunologic and genotypic resistances surveys will help improving the care of people living with HIV-2 the West African region.