Les moisissures sont des micro-organismes présents dans tous les environnements intérieurs. Les effets sur la santé associés à ces champignons microscopiques sont multiples : irritations, réactions immunoallergiques, infections et effets toxiques. Selon le niveau d'exposition et la vulnérabilité des populations, les moisissures peuvent représenter des risques plus ou moins importants pour la santé publique. Les logements humides et moisis ont par exemple été associés à des maladies chroniques respiratoires telles que l'asthme et les rhinites allergiques. Cependant, le manque d'outils valides permettant d'évaluer quantitativement l'exposition fongique environnementale constitue une des principales difficultés pour mieux appréhender le rôle des particules et des composés fongiques sur la santé humaine. Lors de ce travail de thèse, diverses techniques d'échantillonnage et méthodes d'analyses ont été évaluées afin de mesurer la contamination fongique de l'air, des surfaces et des poussières. Un indice moléculaire basé sur la technique de PCR quantitative a notamment été testé et comparé à d'autres approches pour mesurer l'exposition fongique dans des logements. Après analyse des poussières domestiques collectées au sol, cet indice a permis de discriminer les habitats avec ou sans moisissures visibles. La quantification de groupes fongiques par PCR quantitative s'avère une technique prometteuse pour la mesure de l'exposition aux moisissures dans les environnements intérieurs. Outre le développement et la validation d'outils de mesure, une démarche globale de prévention du risque fongique semble nécessaire, particulièrement chez les populations vulnérables.

La surveillance syndromique est un concept récent en épidémiologie. Fondée sur le suivi automatisé d'indicateurs de santé non spécifiques, cette nouvelle approche offre des perspectives intéressantes pour la détection de phénomènes pathologiques émergents. Nous nous sommes basés sur les données actuellement collectées en France sur la mortalité bovine pour évaluer la faisabilité et la pertinence d'un système de surveillance syndromique basé sur cet indicateur. Nous avons d'abord modélisé le niveau de référence de la mortalité bovine en France puis proposé des méthodes pour identifier et quantifier d'éventuels excès de mortalité. Nous avons d'abord analysé des données réelles pour estimer rétrospectivement les conséquences sur la mortalité de l'épizootie de fièvre catarrhale ovine qui a touché le cheptel bovin français en 2007 et 2008. Nous avons ensuite proposé une méthode visant à identifier des regroupements d'unités spatiales présentant des augmentations inhabituelles de mortalité, et évalué ses performances pour détecter des foyers d'une maladie infectieuse dont nous avons simulé la propagation dans le cheptel bovin. Sur la base de ces travaux, nous discutons finalement de l'intérêt pour la protection de la santé animale d'un système de surveillance non spécifique basé sur la mortalité, et émettons des propositions pour la mise en place opérationnelle d'un tel système.

Le contrôle de la tuberculose est un enjeu majeur de Santé Publique dans le monde. Nous avons utilisé les systèmes de surveillance mis en place dans deux pays de profil épidémiologique de la tuberculose différent (France et Chine) pour étudier la prise en charge des malades et la résistance aux antituberculeux. En France, nous avons analysé la mono-résistance primaire à l'isoniazide selon les cohortes de naissance et montré des taux de résistance plus élevés parmi les cohortes de jeunes patients nés en France. Ceci suggère une transmission récente de ces souches en France. Les données disponibles actuellement dans les réseaux ne permettent pas d'analyser plus précisément les causes de cette augmentation (origine des parents, type d'exposition, circulation d'un clone particulier ...). Pour ce qui concerne la mono-résistance à la rifampicine, son incidence est très faible (<1%). Nous avons montré que sa prise en charge est très hétérogène et que le taux de succès thérapeutique peut être amélioré. Une réflexion identique à celle qui a eu lieu pour les cas multi résistants doit être mise en place. En Chine, en utilisant un réseau régional, nous avons confirmé que la toux et l'appartenance à des populations vulnérables étaient des facteurs de risque de diagnostic tardif. La formation médicale et l'accès aux structures de soins doivent être améliorés. Les réseaux de surveillance sont des outils clés pour collecter des données permettant de fournir des indicateurs sur les caractéristiques épidémiologiques de la tuberculose sur lesquels vont se baser les programmes de lutte contre la tuberculose

Introduction : La tuberculose est l'une des premières causes de morbidité et de mortalité au monde. Les traitements tardifs et incomplets entretiennent l'épidémie. L'objectif de cette étude était de mesurer les délais du diagnostic de la tuberculose; de décrire les parcours de soins des malades ; d'analyser les abandons du traitement ; et d'identifier les facteurs les expliquant dans un contexte de forte endémicité. Méthode : Une enquête par passation d'un questionnaire a été conduite au près de 286 patients adultes, présentant une tuberculose pulmonaire nouvellement diagnostiquée dans les hôpitaux de Ndjaména et de Moundou. Une revue des dossiers médicaux a permis de compléter ce recueil des données. Les trajectoires des patients ont été analysées de la survenue de la tuberculose à l'issue du traitement étiologique. Des modèles de régression logistique ont été utilisés pour identifier les déterminants associés aux variables d'intérêt. Les analyses statistiques ont été réalisées à l'aide du logiciel SAS 9.2. Résultats : Les soins informels ont été utilisés par 41% des patients. Le délai médian dû au patient, le délai médian dû au système de soins et le délai total médian étaient respectivement de 15 jours, de 36 jours et de 57,5 jours. Un tiers des patients ont abandonné leur traitement. Les bas revenus, un faible niveau d'instruction, le site de traitement et une méconnaissance de la tuberculose ont été associés à . Conclusion : Les délais de diagnostic sont trop longs et les abandons thérapeutiques trop fréquents. La réduction de l'impact financier de la tuberculose pour les malades et leur information sur la maladie peuvent améliorer leur recours aux soins

Résumé : Les méthodes de capture-recapture servent à décrire l'état d'une population et les processus qui en sous-tendent la dynamique, lorsque les méthodes d'observation et de détection de cette population sont imparfaites. En surveillance des maladies infectieuses, elles peuvent simplement être utilisées pour estimer la taille totale de la population infectée par un pathogène et estimer quantitativement la sensibilité du système de surveillance de ce pathogène. Bien qu'exploitées très largement dans le domaine de la santé publique pour répondre à cet objectif, l'utilisation des méthodes de capture-recapture (CR) en surveillance des maladies infectieuses animales peut être considérée comme récente. Parce que le contexte de surveillance des maladies animales est nettement différent de celui de la surveillance des maladies humaines, des questions demeurent quant à l'intérêt et aux limites de ces méthodes pour estimer la sensibilité des systèmes de surveillance des maladies animales. Pour tenter de répondre à ces questions, nous avons identifié quatre systèmes de surveillance différents par leur complexité, leur efficacité et leur maladie d'intérêt : nous avons retenu les systèmes de surveillance de la fièvre aphteuse au Cambodge, de l'influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1 en Egypte, de la tremblante ovine en France et de l'IAHP H5N1 en Thaïlande. Pour chacun de ces systèmes de surveillance, nous avons déterminé le modèle de CR le plus adapté compte tenu des données générées (respectivement le modèle de CR à deux sources, le modèle log-linéaire à 4 sources, le modèle de comptage tronqué en zéro et le modèle de comptage enflé en zéro). Pour chaque application, nous avons donc estimé le nombre total d'unités épidémiologiques non détectées par les systèmes de surveillance considérés ce qui nous a permis d'apprécier la sensibilité de chaque système de surveillance considéré. Il est ressorti de ces applications que les méthodes de capture-recapture sont relativement faciles à conduire et qu'elles permettent à faible coût d'estimer l'importance réelle d'une maladie sur un territoire quand celle-ci est surveillée de manière imparfaite. Il semble cependant que les pratiques de surveillance et de contrôle des maladies animales limitent les applications à l'échelle de l'animal, et nécessitent d'élargir l'unité épidémiologique à une échelle supérieure (troupeau, commune, etc...). Cet élargissement introduit de nouvelles contraintes (notamment l'hétérogénéité d'abondance) qu'il est nécessaire de prendre en compte pour ne pas biaiser les estimations finales. Ce travail propose des perspectives d'application en épidémiologie descriptive, ainsi que des perspectives méthodologiques de recherche en statistique et en modélisation.

Objectifs : Les cancers de la thyroïde représentent environ 2% de l'ensemble des cancers dans les pays développés mais sont les cancers les plus fréquents des glandes endocrines. L'incidence des cancers de la thyroïde se caractérise par de fortes variations géographiques dans le monde, les taux les plus élevés étant observés en Nouvelle-Calédonie, et par une augmentation régulière au cours des dernières décennies dans les pays occidentaux. Cette augmentation d'incidence est en grande partie attribuée à l'évolution des pratiques médicales mais pourrait aussi être en partie liée à une évolution des modes de vie et/ou à des expositions environnementales. En dehors de l'exposition aux radiations ionisantes dans l'enfance, les facteurs de risque de cancer de la thyroïde restent très mal connus. L'objectif de ce travail était d'étudier le rôle des antécédents familiaux de pathologie de la thyroïde, des caractéristiques de la vie hormonale et reproductive, des caractéristiques anthropométriques et des expositions environnementales et professionnelles dans l'étiologie des cancers de la thyroïde. Méthode : Les analyses reposent principalement sur une étude cas-témoins en population menée en France métropolitaine (étude CATHY). Nous avons également utilisé les données d'une étude cas-témoins menée en Nouvelle-Calédonie pour étudier le rôle des antécédents familiaux dans cette zone géographique de forte incidence. L'étude CATHY repose sur 621 cas diagnostiqués dans trois départements français (Calvados, Marne, Ardennes) entre 2002 et 2007 et sur 706 témoins, appariés par fréquence aux cas sur l'âge, le sexe et le département de résidence. L'étude cas-témoins en Nouvelle-Calédonie repose sur 332 cas diagnostiqués entre 1985 et 1999, et sur 412 témoins appariés par fréquence aux cas sur l'âge et le sexe. Résultats : Les résultats montrent une augmentation du risque de cancer de la thyroïde chez les individus ayant des apparentés de premier degré atteints de cancer de la thyroïde ou de goitre multinodulaire, en France métropolitaine comme en Nouvelle-Calédonie. Parmi les facteurs hormonaux et reproductifs, un âge tardif aux premières règles, une ménopause précoce et une parité élevée étaient associés à une augmentation du risque de cancer de la thyroïde. Une relation dose-effet inverse était observée entre la durée cumulée des cycles menstruels au cours de la vie et le risque de cancer de la thyroïde. La prise d'une contraception orale était associée à une diminution du risque de cancer de la thyroïde, avec une relation dose-effet inverse entre la durée de la contraception orale et le risque de cancer de la thyroïde. La taille, l'indice de masse corporelle et la surface corporelle étaient positivement associés au risque de cancer de la thyroïde. Une augmentation du risque de cancer de la thyroïde était observée dans certains secteurs d'activité professionnelle comme l'industrie du papier, l'industrie du caoutchouc et des plastiques, le travail du bois, la réparation automobile et la métallurgie.

Il est encore difficile de prédire et de contrôler le développement des maladies telluriques qui sont à l'origine de nombreux dégâts dans les systèmes de culture. Ce travail interdisciplinaire en épidémiologie a pour objectif de comprendre et de modéliser le développement spatio-temporel des épidémies telluriques afin d'identifier des leviers de gestion pour ces maladies. En se basant sur le pathosystème betterave sucrière - Rhizoctonia solani, la thèse se focalise sur trois problèmes. Dans un premier temps, en alliant mesures expérimentales de la dispersion du pathogène et simulations d'un modèle stochastique spatialement explicite, nous montrons que la croissance de l'hôte peut induire un changement dans le comportement du système qui, dans certains cas, devient invasif alors qu'il était initialement non-invasif. Dans un second temps, sur la base de mesures expérimentales nous proposons un modèle âge-dépendant de la distribution de la période d'incubation qui est utilisé pour relier les infections cachées et les observations de maladie. Le comportement cryptique des épidémies est ensuite étudié par simulation d'un modèle spatial hiérarchique qui intègre la période d'incubation. Dans un troisième temps, un modèle spatialement implicite est utilisé pour estimer les taux d'infection à partir de données temporelles de maladie et pour analyser les effets de la biofumigation sur les épidémies. Ces paramètres sont ensuite utilisés pour prédire le développement stochastique des épidémies à partir d'un modèle spatial individu-centré. Les résultats confirment que la biofumigation ne permet qu'un contrôle partiel des épidémies mais suggèrent que ce contrôle biologique diminue l'incertitude autour du développement cryptique de la maladie. Pour finir, les résultats de ces travaux sont discutés et les perspectives qu'ils suscitent sont présentées.

Peu d'études ont été entreprises pour évaluer les bénéfices financiers des systèmes d'information hospitaliers (SIH), en particulier dans le contexte d'une stratégie globale, de type portfolio, d'informatisation des processus. Qui plus est, les résultats parfois contradictoires des premiers travaux amènent régulièrement les décideurs du milieu hospitalier à faire des choix basés essentiellement sur la valorisation financière de bénéfices organisationnels ou cliniques espérés mais non confirmés au regard des sommes importantes engagées. Ce travail illustre et discute, à partir d'exemples significatifs, les résultats et les limites des études visant à quantifier le retour sur investissement des SIH. De par leur nature intrinsèque, les méthodes comptables ne prennent pas en compte les aspects les moins tangibles de l'impact des technologies de l'information et de la communication (TIC) et l'acuité des modèles de calcul de retour sur investissement se dégrade en proportion de leur complexité. Pour compenser ces faiblesses, ce travail défend l'approche économétrique.Dans ce travail il est montré que :Les fonctions de productions sont adaptables à l'analyse des TIC en milieu hospitalier ;L'impact des TIC est positif dans la production hospitalière et que cet impact est d'autant plus grand que les TIC ont un niveau élevé d'intégration ;Il est possible de construire un modèle prédictif précis à 0,61% d'écart de cet impact avec les investissements actuels ;Ce modèle permet de calculer autour de 10,6% la meilleure proportion d'investissements en TIC en milieu hospitalier.

Le mélanome acro-lentigineux (ALM) est le 4ème sous-type histologique de mélanome et représente moins de 10% des mélanomes. Beaucoup de controverses entourent ce sous-type rare, comme un plus mauvais pronostic. L'objectif de notre travail était de mieux caractériser l'ALM sur le plan épidémiologique, clinique, histologique, et évolutif et d'identifier d'éventuels facteurs pronostiques. Entre 1996 et 2004, 126 cas d'ALMs (6% des mélanomes) ont été répertoriés et suivis dans le service de dermatologie de l'Hôpital de l'Hôtel-Dieu, Lyon. Toutes les lames histologiques ont été récupérées et systématiquement relues. Les analyses statistiques ont été réalisées par comparaison de sous-groupes, calculs et comparaison des courbes de survie par la méthode de Kaplan-Meier et le test de Log-Rank, et recherche de facteurs pronostiques indépendants en utilisant le modèle de régression logistique de Cox. La survie médiane sans récidive et spécifique étaient respectivement de 10,1 et 13,5 ans. Le taux de survie à 5 ans était de 76%. Dans la première partie de notre travail, nous avons étudié toutes les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de l'ALM, afin de mieux comprendre l'histoire clinique. Les hommes avaient un plus mauvais pronostic ainsi que les formes achromiques. La seconde partie est une étude détaillée des particularités anatomo-pathologiques des ces tumeurs, avec une évaluation de leur signification pronostique. L'analyse multivariée des facteurs pronostiques a permis de souligner l'impact de l'index mitotique et de la présence de microsatellites en histologie. Enfin, la troisième partie de notre travail avait pour but de préciser les critères dermoscopiques d'aide au diagnostic de l'ALM, dont le retard diagnostique est fréquent. A partir d'une des plus grandes séries de cas d'ALM, notre travail souligne le caractère distinct de ce sous-type de mélanome, dont le mauvais pronostic est vraisemblablement lié à un stade avancé au diagnostic, la dermoscopie constituant une aide précieuse pour un diagnostic plus précoce.

CETTE THÈSE S'INTÉRESSE À DEUX GRANDES QUESTIONS DES PROCESSUS PONCTUELS SPATIAUX: LES ASPECTS DISTRIBUTIONNELS DES ESPACEMENTS ET L'ESTIMATION DE L'INTENSITÉ D'UN PROCESSUS PONCTUEL BRUITÉ.LA PREMIÈRE PARTIE CONCERNE LA CONSTRUCTION DE TESTS D'HOMOGÉNÉITÉ SPATIALE BASÉS SUR LES ESPACEMENTS. ENSUITE NOUS NOUS INTÉRESSONS À LA RECHERCHE D'AGRÉGATS (ZONES DE FORTE INTENSITÉ) À L'AIDE DE CES MEMES ESPACEMENTS. LA DEUXIÈME QUESTION EST ELLE TRAITÉE PAR L'INTRODUCTION D'UN ESTIMATEUR À NOYAU PRENANT EN COMPTE À LA FOIS L'INCERTITUDE SUR LES LOCALISATIONS DES ÉVÉNEMENTS ET L'OBSERVATION SUR UN DOMAINE LIMITÉ.