ContexteSi l’efficacité de la stratégie de prise en charge du paludisme au niveau communautaire n’est pas remise en cause à Madagascar, la mise en place de la nouvelle politique nationale incluant le remplacement de la chloroquine par la combinaison artésunate plus amodiaquine et l’introduction des tests de diagnostic rapide (TDR) dans la prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de cinq ans suscite plusieurs inquiétudes. ObjectifsLe principal objectif de notre travail a été d’évaluer la stratégie de prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de 5 ans au niveau communautaire. Pour évaluer la stratégie de prise en charge,trois objectifs spécifiques ont été abordés, à savoir, (i) l’étude de l’efficacité thérapeutique de la combinaison fixe « artesunate-amodiaquine » dans la prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de 5 ans au niveau communautaire, (ii) l’évaluation des performances des tests de diagnostic rapide utilisés au niveau communautaire et (iii) la description de la situation épidémiologie du paludisme au niveau communautaire et l’évaluation de l’impact des stratégies de lutte actuellement mises en œuvre.MéthodologiesDeux études longitudinales ont été mises en place. La première étude (objectifs 1 & 2) a été conduite de février 2008 à février 2010 (24 mois) chez les enfants de moins de 5 ans en zone de transmission stable (district de Manakara) et en zone de transmission instable (district de Moramanga). La deuxième (objectif 3) s’est déroulée entre février 2009 et mars 2011 en zone de transmission stable (district de Manakara). Résultats & ConclusionObjectif 1 : les données obtenues lors de notre étude, nous permettent d’affirmer l’excellente efficacité thérapeutique de la combinaison fixe « artesunate-amodiaquine ». Nous avons observé que le taux de guérison clinique global était de 98,4% au bout de 28 jours et 97,9% au bout de 42 jours. La compliance au traitement a été estimée à 83,4%. Aucun effet indésirable grave n'a été observé. : Objectif 2 : Cette étude a permis de confirmer que les performances diagnostiques des agents de santé communautaire utilisant les TDR en termes de sensibilité, spécificité, VPP et VPN étaient supérieures à 85%, que la concordance entre les résultats de la microscopie et des TDRs, estimée par la valeur Kappa était excellente (83%) et que les TDR étaient stable même conservés au niveau communautaire. L’introduction des TDR au niveau communautaire semble être une stratégie efficace pour améliorer la prise en charge des malades fébriles, pour réduire la surconsommation d’antipaludiques (et donc le coût des traitements inutilement utilisés) et pour réduire la pression de sélection exercée par cette surconsommation. Objectif 3 : Nous avons pu démontrer que les mesures de prévention et de traitement prises au niveau communautaire étaient efficaces avec la mesure objective de la réduction de la prévalence du paludisme. Nous avons également mis en évidence une variation importante de la prévalence du paludisme inter-villages dans une même commune de quelques kilomètres carrés, suggérant des interventions ciblées en fonction des risques liés à la situation géographique, agricole, et climatique. Ce travail a permis de proposer une première approche méthodologique qu’il serait souhaitable d’étendre pour collecter les données de prévalence et d’incidence dans les autres communes, et préciser ainsi les besoins ciblés en TDR et ACTs à Madagascar. / Context:One should think back of the effectiveness of malaria case management strategy at the community level Otherwise, questions will remain unanswered on the setting up of the new national Policy including the replacement of the chloroquine with combination artesunate and amodiaque and the introduction of rapid diagnostic test (RDT) for fever case management among children under five.Objective:The principal goal of our essay is to assess fever case management strategy among children under five years old at the community level. To proceed to the assessment, three specific objectives were tackled: (i) Therapeutic effectiveness of the fixed combination (artesunate-amodiaque) in fever case management among children under five at the community level. ii)the assessment of RDT performances used at the community level and iii) description of malaria epidemiological situation at the community level and the assessment of the impact of the fight against malaria strategies implementedMethodology: Two long depth studies were applied. The first study (Objective 1 and 2) was conducted in February 2008 to February 2010 (24 months) among children under five years old in stable transmission area (Manakara district) and in changeable transmission area (Moramanga district). The second study (objective 3) was held in February 2009 and March 2011 in stable transmission area (Manakara).Outputs and Conclusion:Objective 1: Data collected during our study enabled us to confirm the excellent therapeutically effectiveness of the fixed combination “artesunate-amodiaque”. We have noticed that the global clinical recovery rate is 98.4% after 28 days and 97.9% after 42 days of treatment. Compliance with the treatment was estimated at 83.4%. Not any adverse effect was noticed.Objective 2: This study enabled us to confirm the diagnostic performances of community health workers using RDT in terms of sensitiveness, specification. VPP and VPN were more 85% than the reliability between microscopic results and the RDTs estimated by the kappa value was excellent (83%) and RDTs were stable even kept at the community level. The introduction of RDT at the community level seems to be an effective strategy to improve sick people case management, to reduce overconsumption of products anti-malaria (and so reduce the cost of treatments used uselessly) and to reduce the selection pressure from this overconsumption.Objective 3: We could prove that prevention and treatment measures at the community level were effective with the objective measure of reducing malaria rate. We could bring to evidence an important variation of malaria rate between villages of one same commune from few kilometers of distance, suggesting targeted interventions depending on the risks linked to the geographic, agricultural and climate situations. This work enabled us to suggest a first methodological approach that is better to extend to collect prevalence data and in adverse circumstances in other communes and to mention the RDT targeted needs and ACTs in Madagascar.

Ce travail de Thèse a consisté à étudier le développement cognitif pendant la période préscolaire à partir d'une cohorte longitudinale menée en France en population générale : la cohorte EDEN (N = 2002). Dans le cadre de l'épidémiologie cognitive, nous avons tenté de répondre à diverses questions de recherche dont le dénominateur commun est l'étude de la variabilité interindividuelle dans le développement cognitif. Tout d'abord, nous avons étudié les facteurs pré, péri et post-natals associés aux changements des performances linguistiques entre 2 et 3 ans. Puis, nous avons tenté d'identifier les facteurs environnementaux ayant un effet différentiel sur le développement verbal et non-verbal à 5-6 ans. Ensuite, nous avons exploré l'effet des performances linguistiques à 3 ans sur les symptômes de TDAH à 5-6 ans. Puis, nous avons cherché à déterminer si les enfants avec un haut niveau intellectuel présentaient davantage de difficultés émotionnelles, comportementales et relationnelles pendant la période préscolaire. Enfin, nous avons examiné l'intérêt des repères développementaux au cours des deux premières années de vie pour prédire le QI à 5-6 ans. Les résultats de ces études fournissent des données intéressantes pour les cliniciens ainsi que pour les décideurs de santé publique et contribuent à améliorer la compréhension du développement cognitif normal et pathologique. / In this Thesis, we studied the cognitive development of children during the preschool period in a French longitudinal cohort: the EDEN prospective mother-child cohort (N = 2002). In the framework of cognitive epidemiology, we attempted to answer a variety of issues whose common denominator is the study of the sources of inter-individual variability. First, we identified the factors that predict change in language skills in a large sample of children between 2 and 3 years of age. Secondly, we determined whether early predictors of cognitive development affect some cognitive functions more than others. Thirdly, we examined the relationships between children’s language skills and symptoms of hyperactivity/inattention between 3 and 5.5 years. Fourthly, we determined whether high intelligence is associated with emotional, behavioral and social difficulties during the preschool period. Finally, we determined whether the developmental milestones at 4, 8, 12 and months predict children’s IQ at 5.5 years.

Comment identifier des stratégies efficaces pour gérer les épidémies affectant les cultures ?La réponse à cette question n’est pas évidente du fait de la complexité des épidémies (elles dépendent à la fois de processus biologiques, de l’organisation des parcelles dans le paysage, et des interventions humaines). Pour y répondre, des modèles peuvent être utilisés en raison de leur capacité à simuler de nombreux scénarios. En effet, ils peuvent permettre d’estimer des paramètres épidémiologiques, d’évaluer l'efficacité de différentes stratégies de gestion et de les optimiser.Dans ce contexte, nous avons développé une approche générique pour optimiser in silico la gestion d’une maladie des plantes à l’échelle du paysage. Cette approche est basée sur (i) la caractérisation de la dynamique épidémique pour estimer ses paramètres clés, (ii) l'utilisation d’un modèle spatialement explicite pour simuler la dynamique et la gestion de cette maladie et (iii) l'utilisation de méthodes d'optimisation numérique pour identifier des stratégies de gestion efficaces. Ici, nous appliquons cette approche à la sharka, causée par le Plum pox virus. Cette maladie a un impact mondial sur la filière Prunus et est associée à d'importants coûts de gestion dans de nombreux pays. En France, la stratégie de gestion de cette maladie repose notamment sur la surveillance des vergers, l’arrachage des arbres pouvant contribuer à la propagation de l’épidémie, et des restrictions de plantation.Ma thèse indique que certaines stratégies devraient être plus rentables que celle actuellement appliquée en France. Ces stratégies nécessitent moins de surveillance des vergers et n’imposent aucune restriction de plantation. Il s'avère que certaines de ces stratégies sont efficaces pour tous les types de paysage testés, ce qui peut être intéressant en pratique pour les gestionnaires du risque. Cette approche a été appliquée à la sharka, mais elle pourrait être transposée pour optimiser la gestion d’autres épidémies. / How to identify effective strategies to manage the epidemics impacting crops?The answer to this question is not obvious because of the complexity of epidemics (they simultaneously depend on biological processes, patch organization in the landscape, and human interventions). To answer that question, models can be used because of their ability to simulate many scenarios. Indeed, they can enable to estimate epidemiological parameters, to assess the efficiency of different management strategies and to optimize them.In this context, we developed a generic framework for in silico optimization of plant disease management strategies at the landscape scale. This framework is based on (i) the characterization of the epidemic dynamics to estimate its key parameters, (ii) the use of a spatially explicit model to simulate the dynamics and management of this disease and (iii) the use of numerical optimization methods to identify efficient management strategies. Here, we apply this approach to sharka, caused by Plum pox virus. This disease has a worldwide impact on the Prunus industry and is associated with huge management costs in many countries. In France, the management strategy for this disease principally consists of orchard surveillance, removal of trees that might contribute to the epidemic propagation, and plantation bans.My PhD indicates that some strategies should be more profitable than the one currently applied in France. These strategies require less orchard surveillance and do not impose any plantation ban. It turns out that some of these strategies are efficient for all tested landscape types, which may be interesting in practice for risk managers. This approach was applied to the sharka, but could be transposed to optimize the management of other epidemics.

La pratique d’activité physique sportive ‘APS’ est un facteur de santé. Le sport est une forme d’activité physique ‘AP’ qui aide à atteindre les taux recommandés journaliers. Des plans de promotion des APS sont adoptés par les Etats Européens. Mais la pratique sportive recèle aussi des risques. Certaines blessures sportives génèrent des troubles de santé à long terme. La promotion de l’activité sportive est face à un paradoxe. Moyen d’être en bonne santé, elle comporte des risques liés aux modalités de pratique. Pour connaître l’ampleur de ces effets, des études épidémiologiques sont nécessaires. Elles aideront à déterminer les sous-groupes d’adolescents sportifs, et parmi eux, ceux qui sont à risque de blessure. En France, les études menées sont représentatives de la population nationale. En revanche, aucune n’a estimé la participation et les facteurs de risque en se focalisant sur la population adolescente. Aussi, la littérature internationale fait ressortir des variations de résultats en fonction de l’environnement de vie des participants. Nous avons donc réalisé des enquêtes épidémiologiques auprès de la population adolescente d’un département français spécifique : les Bouches-du-Rhône. Celui-ci se caractérise par un haut-niveau de pauvreté et d’inégalité. Par hypothèse, les résultats différent de ceux obtenus à l’échelon national. En plus des mesures objectives de participation et de blessures, nous avons questionné les adolescents sur les expériences qu’ils aimaient vivre dans leur sport préféré. Cette connaissance vise le développement d’initiatives de promotion de l’activité sportive adaptées aux goûts de cette population. (résumé non complet) / Participation in physical and sports activities ‘PSA’ is a health factor. Sport is a form of physical activity ‘PA’ that helps to reach the recommended amount of PA per day. PSA promotions plans are launched by European states. However, sport participation also involves significant risks. Some sports injuries provoke long-term health negative outcomes. Promotion of sport participation faces a paradox. As a mean of healthy state, it implies some risks linked to the modalities of participation. To know the extent of these effects, epidemiological studies are needed. They help to determine adolescents’ subgroups that play sports, and among them, those at greater risk of injury. In France, previous studies are representative of the national population. However, no study estimated sport participation and injury risks factors while focusing on adolescent. Moreover, international findings showed that variation of results exists as function of the life environment of participants. We performed epidemiological retrospectives studies among the adolescent population of a specific French locality: the Bouches-du-Rhône. This one is characterized by a high-level of poverty and inequalities. We made the hypothesis, that results differ compared to those obtained at the national level. In addition of objectives measures of participation and injuries, we asked adolescents about the experiences that they like to live in their favorite sport. This knowledge could be useful to the development of promotion initiatives that are adapted to the tastes of this population. (resume no complete)

L’obésité est aujourd’hui un problème sociétal mondial. Dans les pays développés, l’abondance alimentaire a contribué au développement d’un environnement « obésogène » en favorisant la surconsommation. Ainsi, la promotion de choix alimentaires favorables à la santé représente un enjeu de santé publique majeur. L’objectif de cette thèse était de fournir une approche épidémiologique des choix alimentaires lors de l’approvisionnement et de la préparation des repas. Ce travail a été réalisé sur la population NutriNet-Santé, large cohorte prospective d’observation d’adultes français basée sur Internet.Au moment de l’approvisionnement, les logos d’information nutritionnelle ont été évalués comme des outils potentiels pour guider les consommateurs lors de leurs choix. Quatre logos ont été comparés : les Repères Nutritionnels Journaliers, les Traffic Light Multiples, le logo simple Pick the Tick et le logo 5-Couleurs. Des quatre logos testés, le logo 5-Couleurs était perçu comme le plus facile à identifier et celui demandant le moins d’effort à comprendre. Il était le plus efficace pour augmenter la capacité des individus à classer trois produits en fonction de leur qualité nutritionnelle. Enfin, en situation d’achats simulée en ligne, ce logo était celui qui permettait d’accroitre de façon la plus importante la qualité nutritionnelle du panier d’achat par rapport à une situation sans logo.Lors de la préparation des repas, un premier objectif était de comprendre l’ensemble des déterminants mis en jeu, cette thématique restant peu étudiée dans la littérature. Cinq grandes motivations ont été identifiées : alimentation saine, contraintes, plaisir, régimes spécifiques et organisation. Le fait d’attacher de l’importance à avoir une alimentation saine était associé à une alimentation de meilleure qualité nutritionnelle, ainsi qu’à une moindre susceptibilité d’être en surpoids. Attacher de l’importance à un régime spécifique était également associé à une meilleure qualité d’alimentation mais à un surpoids plus important. Malgré des associations significatives pour les autres motivations, les effets observés étaient de faible ampleur. Ces résultats soulignent l’importance de promouvoir des choix alimentaires favorables au moment de la préparation du repas.Le fait de planifier ses repas, c’est-à-dire prévoir à l’avance ce qui va être consommé sur plusieurs jours, a également été évalué. Globalement, les individus qui planifiaient leurs repas avaient une alimentation plus en adéquation avec les recommandations nutritionnelles et plus variée, bien que les résultats en termes d’apports en énergie et groupes d’aliments indiquaient de faibles différences. Ils étaient également moins susceptibles d’être obèses (et en surpoids chez les femmes).L’ensemble de ces résultats suggèrent l’intérêt de fournir des outils (logo, outils d’aide à la décision au moment de la préparation des repas et d’aide à la planification) afin de guider les individus lors de leurs choix alimentaires et ainsi améliorer la qualité de leur alimentation. / Nowadays, obesity is a global societal problem. In developed countries, food abundance has contributed to the development of an "obesogenic" environment by encouraging overconsumption. Thus, promoting healthy food choices is a major public health issue. The objective of this thesis was to provide an epidemiological approach to food choices during grocery shopping and home meal preparation of food. This work was performed on the NutriNet-Santé population, which is a large web-based prospective observational cohort of French adults.During grocery shopping, front-of-pack nutrition labels were evaluated as potential tools to guide consumers in their choices. Four logos were compared: the Guideline Daily Amounts, the Multiple Traffic Light, the simple Pick the Tick label and 5-color nutrition label. Among these labels, the 5-color nutrition label was perceived as the easiest to identify, and that requiring the least effort to understand. It was the most effective in increasing the capacity of individuals to rank three products based on their nutritional quality. Finally, in a situation of simulated online grocery shopping, this label was the one that allowed the most important increase in the nutritional quality of the shopping cart as compared to a situation without label.During home meal preparation, a first objective was to uncover all the determinants involved in food choices, since this topic remains little studied in the literature. Five motives of dish choice were identified: healthy diet, constraints, pleasure, specific diets and organization. Giving importance to a healthy diet was associated with a better nutritional quality of food, and to lower odds of being overweight. The importance attached to specific diet motive was also associated with better diet quality food but lower odds of being overweight. Despite significant associations for other motives, the observed effects were relatively small. These results underscore the importance of promoting healthy food choices when preparing meals.Planning meal, in other words deciding ahead the foods that will be eaten in the next few days, was also evaluated. Overall, individuals who planned their meals were more likely to comply with nutritional guidelines and had a more varied diet, although the results in terms of energy intake and food groups showed limited differences. They were also less likely to be obese (and overweight in women).All these results suggest the interest of providing tools (nutrition labels, tools providing assistance for decision-making when preparing meals, as well as for meal planning) to guide individuals in their food choices and thereby improving the quality of their diet.

Le virus de l’hépatite E (VHE) est l’agent causal d’une partie des hépatites aigues ou fulminantes qui surviennent essentiellement dans les pays en voie de développement (Afrique, Asie) ou le VHE de génotype 1 semble présenter un profil endémique ponctué de bouffées épidémiques souvent liées à des déplacements de populations (catastrophe climatique ou conflits) (Lui et al., 2013). Récemment il a été montré que ce virus était largement distribué dans des réservoirs animaux (génotype 3 et 4) et la cause d’un grand nombre d’infections zoonotiques aussi bien dans les pays du nord que du sud. Dans la plupart des cas, il s'agit d'une infection spontanément résolutive avec une clairance virale rapide, mais il peut évoluer vers des formes plus sévères avec un niveau de mortalité variant de 1 à 4% dans la population générale et à près de 20% chez la femme enceinte lors des flambées épidémiques (OMS, 2014). Au Burkina Faso, très peu de données existent sur la prévalence chez l’homme, l'épidémiologie moléculaire du VHE ou la présence de ce virus dans le réservoir animal principal que constituent les porcs. De plus, l’ignorance de la population quant aux causes de cette infection d’origine alimentaire, est un facteur de risque qu’on ne peut pas ignorer. L’objectif de ce travail est donc d’améliorer notre connaissance sur cet agent des hépatites. La première partie de notre étude s’est consacrée à l’évaluation de la séroprévalence du VHE chez les donneurs de sang et les femmes venant en consultation prénatale à Ouagadougou. Au total plus de 1700 échantillons de sérums de volontaires ont été collectés dans les banques de sang et centres médicaux: entre 2010 et 2012, sur les 178 donneurs de sang et 189 femmes enceintes testés, 19,1% [IC95, 13,3-24,9%] et 11,6% [IC95, 7,1-16,2%] étaient respectivement positifs aux IgG anti-VHE. Ces taux élevés sont peut-être associé au faible statut socioéconomique et à l’absence de réseaux d’assainissement des eaux (Traoré et al., 2012). En 2014, 3,19% [IC95, 1,70-4,68%] des 533 donneurs de sang testé sont positifs pour des IgM anti-VHE. Ces résultats montrent un risque résiduel transfusionnel non négligeable associé à une transmission à bas bruit et confirme l’intérêt d’identifier la ou les sources de ce virus. La seconde partie de ce travail a été de vérifier le rôle d’une source zoonotique des infections à VHE, via l’évaluation du VHE (par sérologie et typage moléculaire après PCR) dans le réservoir potentiel que sont les porcs et la population à risques exposé à ce réservoir (bouchers et éleveurs). Pour cela nous avons réalisé un recensement des sites de ventes de porcs et évalué la consommation d’animaux. Un taux de séroprévalence de 76% [IC95, 67,6-84,4%] a été mesuré dans une cohorte de 100 bouchers de Ouagadougou avec un facteur de risque de séropositivité 3 fois plus élevé par rapport à la population générale (OR = 3,46 [95%CI 2,85 – 4,21] p <0.001). Les IgG anti-VHE chez les porcs abattus ont été estimés à 80% IC95 [72-87%]. Cette forte prévalence confirme une circulation silencieuse du VHE dans l’élevage porcin au Burkina Faso comme en témoigne l'échantillon positif de foie pour l’ARN VHE qui soutient fermement le risque de zoonose. L’analyse des séquences des produits de PCR des foies de porcs positifs pour VHE a révélé la présence de VHE génotype 3 et 99,8 % d'homologie avec les souches Yaounde et Madagascar. En conclusion, notre étude, la première caractérisation moléculaire des souches du VHE au Burkina, montre la présence de souches VHE génotype 3 dans des régions ou seul le génotype 1 avait été identifié jusqu’alors (Tchad, Maroc). L’évaluation du risque transfusionnel associé nécessite des études complémentaires afin d’évaluer le bénéfice/coût de l'ajout de dépistage du VHE dans les examens de routines des banques de sang, afin de garantir la sécurité du receveur de sang. / The hepatitis E virus (HEV) is causative agent several acute or fulminant hepatitis which mainly occur in developing countries where HEV genotype 1 or 2 appears to have a endemic profile punctuated with epidemic outbreaks (Africa, Asia) (Lui et al., 2013). Genotype 3 and 4 distributed widely in animal reservoirs, were the cause many zoonotic infection in northern and southern countries. In most cases, it is a self-limited infection with rapid viral clearance, but it can evolve into more severe forms with a mortality level ranging from 1 to 4% in the general population to nearly 20% in pregnancy during outbreaks (WHO, 2014). In Burkina Faso, very little epidemiological data are available on HEV. The objective of this work is to improve our understanding of this agent hepatitis. The first part of our study was devoted to the evaluation HEV seroprevalence among blood donors and women attending antenatal care in Ouagadougou. In total more than 1,700 volunteers serum samples were collected in blood banks and medical centers in Burkina Faso. Between 2010 and 2012 on 178 blood donors and 189 pregnant women tested, 19.1% [CI95, 13.3-24.9%] and 11.6% [CI95, 7.1-16.2%], were respectively positive for anti-HEV IgG. These high rates in the general population may be associated a low income and the poor hygienic status (Traoré et al., 2012). In 2014, 3.19% [CI95, 1.70-4.68%] on 525 blood donors tested, were positive for anti-HEV IgM. These results indicate a residual risk for transfusion, probably associated with silent infections and confirm the importance to identify the sources of the virus. The second part of this work was 1) to assess HEV infection among humans in Burkina Faso by exploring the HEV seroprevalence in a high risk population, i.e., butchers; 2) to explore a possible pig-to-human zoonotic transmission cycle by assessing the HEV seroprevalence in slaughter swine; and 3) to identify the genotype of HEV circulating in pigs. The global HEV prevalence among Ouagadougou butchers was estimated to 76%, CI95 [67, 63–84.37%] with a significant risk factor, 3 times higher compared with the general population (OR = 3.46 [95%CI 2.85 - 4.21] p <0.001). IgG anti-HEV in pigs older than 6 months of age were estimated at 80% CI95 [72-87%]. This high prevalence confirms the presence and active circulation HEV among domestic pigs in Burkina Faso as evidenced by the positive sample of liver for HEV RNA which strongly supports the risk of zoonosis. Phylogenetic analyses revealed that genotype 3 HEV is circulating among swine population in Burkina. A similarity >98% was found between swHEV-BF from Yaounde and Madagascar. This data showed for the first time the role of swine in introduction of new HEV in African population. In conclusion, these results latter sign a persistent introduction of HEV infection in the population and hence deserved to be taken in account in transfusion associated risk. Further assessments of the transfusion risk associated require an evaluation of the cost/benefit ratio for the addition of routine HEV RNA screening to the panel of tests on donated blood, to guarantee transfusion safety for the recipient.

L’épidémiologie d’intervention a pour objectif la détection précoce des situations d’alerte sanitaire afin d’apporter une aide à la décision pour le déclenchement d’une réponse visant à en limiter l’impact. Dans le domaine de la santé animale, l’épidémiologie d’intervention se développe sous l’influence d’enjeux sanitaires, économiques et de santé publique. La structuration des activités est nécessaire au développement performant de cette discipline.Dans ce contexte, un modèle pour la structuration opérationnelle de l’épidémiologie d’intervention a été développé selon les principes d’une méthode d’optimisation de la performance reconnue : l’approche processus. L’établissement de ce modèle a reposé sur l’identification des chaînes d’activités (processus) d’une épidémiologie d’intervention performante, adaptée à la santé animale, tout en capitalisant les acquis et les avancées de cette discipline dans le domaine de la santé publique. Ces chaînes d’activités ont été identifiées grâce à l’analyse qualitative rétrospective d’expériences en épidémiologie d’intervention dans différents domaines (santé publique, santé publique vétérinaire, santé animale), en réponse à des contextes variés.Ces analyses rétrospectives ont permis d’identifier des chaînes d’activités vectrices de performance en épidémiologie d’intervention. Ces activités ont été intégrées au modèle proposé pour la structuration opérationnelle de cette discipline.L’objectif serait désormais d’assurer la mise en œuvre des chaînes d’activités identifiées via un système intégré global, à même de détecter et de documenter toute maladie animale, ou menace liée aux animaux, et d’informer la prise de mesures adéquates pour son controle / Emerging disease surveillance and investigation aim at the early detection of any health threat in order to perform a comprehensive analysis of the disease situation to help target an appropriate response. Its expansion in the field of animal health is led by major health, economic, and public health drivers. In support of this ongoing development, a standard structure for improved emerging animal disease surveillance and investigation capacities was established. This structure was based on a Business Process Management (BPM) approach.The primary goal of this work was to identify chains of activities (processes) that can support the most successful implementation of emerging animal disease surveillance and investigation, while buidling on the achievements made in the public health area. These chains of activities were identified through a qualitative retrospective analysis of various experiences of emerging disease surveillance and investigation, in the domains of public health, veterinary public health and animal heath, in distinct contexts ranging from a routine investigation to a major sanitary crisis.These analysis resulted in the identification of standard chains of activities that can support a successful implementation of emerging disease surveillance and investigation. These chains of activities were integrated in a standard structure for enhanced emerging animal disease surveillance and investigation capacities.The goal should now be to set up an integrated global system that would routinely implement these chains of activities and allow for the detection and description of any animal disease or threat to help inform prevention and control strategies

Objectifs : Les cancers de la thyroïde représentent environ 2% de l‘ensemble des cancers dans les pays développés mais sont les cancers les plus fréquents des glandes endocrines. L’incidence des cancers de la thyroïde se caractérise par de fortes variations géographiques dans le monde, les taux les plus élevés étant observés en Nouvelle-Calédonie, et par une augmentation régulière au cours des dernières décennies dans les pays occidentaux. Cette augmentation d’incidence est en grande partie attribuée à l’évolution des pratiques médicales mais pourrait aussi être en partie liée à une évolution des modes de vie et/ou à des expositions environnementales. En dehors de l’exposition aux radiations ionisantes dans l’enfance, les facteurs de risque de cancer de la thyroïde restent très mal connus. L’objectif de ce travail était d’étudier le rôle des antécédents familiaux de pathologie de la thyroïde, des caractéristiques de la vie hormonale et reproductive, des caractéristiques anthropométriques et des expositions environnementales et professionnelles dans l’étiologie des cancers de la thyroïde. Méthode : Les analyses reposent principalement sur une étude cas-témoins en population menée en France métropolitaine (étude CATHY). Nous avons également utilisé les données d’une étude cas-témoins menée en Nouvelle-Calédonie pour étudier le rôle des antécédents familiaux dans cette zone géographique de forte incidence. L’étude CATHY repose sur 621 cas diagnostiqués dans trois départements français (Calvados, Marne, Ardennes) entre 2002 et 2007 et sur 706 témoins, appariés par fréquence aux cas sur l’âge, le sexe et le département de résidence. L’étude cas-témoins en Nouvelle-Calédonie repose sur 332 cas diagnostiqués entre 1985 et 1999, et sur 412 témoins appariés par fréquence aux cas sur l’âge et le sexe. Résultats : Les résultats montrent une augmentation du risque de cancer de la thyroïde chez les individus ayant des apparentés de premier degré atteints de cancer de la thyroïde ou de goitre multinodulaire, en France métropolitaine comme en Nouvelle-Calédonie. Parmi les facteurs hormonaux et reproductifs, un âge tardif aux premières règles, une ménopause précoce et une parité élevée étaient associés à une augmentation du risque de cancer de la thyroïde. Une relation dose-effet inverse était observée entre la durée cumulée des cycles menstruels au cours de la vie et le risque de cancer de la thyroïde. La prise d’une contraception orale était associée à une diminution du risque de cancer de la thyroïde, avec une relation dose-effet inverse entre la durée de la contraception orale et le risque de cancer de la thyroïde. La taille, l’indice de masse corporelle et la surface corporelle étaient positivement associés au risque de cancer de la thyroïde. Une augmentation du risque de cancer de la thyroïde était observée dans certains secteurs d’activité professionnelle comme l’industrie du papier, l’industrie du caoutchouc et des plastiques, le travail du bois, la réparation automobile et la métallurgie. / Objectives: Thyroid cancer accounts for 2% of all cancers in industrialized countries but is the most common endocrine cancer. There is a marked worldwide geographic variation in thyroid cancer incidence, the highest incidence rates being observed in New Caledonia, and a constant increase of thyroid cancer incidence has been observed during the past several decades. Although the evolution in medical practice probably accounts for some of the increase, other factors such as environmental and/or lifestyle factors may also play a role. However, there are few established risk factors of thyroid cancer apart from ionizing radiation exposure in childhood. We aimed to investigate the etiologic role of a family history of thyroid cancer, of hormonal and reproductive factors, anthropometric factors and environmental and occupational exposures in thyroid cancer. Methods: Analyses mainly rely on a population-based case-control study conducted in metropolitan France (“CATHY study”). Data of a case-control study conducted in New-Caledonia were also used to investigate the role of a family history of thyroid cancer as a risk factor for thyroid cancer in this area where thyroid cancer incidence is very high. The CATHY study is based on 621 cases diagnosed from 2002 to 2007 in three administrative areas: the Calvados, the Marne and the Ardennes, and 705 controls matched to cases by age, sex and residence area. The New Caledonian case-control study is based on 332 cases diagnosed form 1985 to 1999 and 412 controls matched to cases by age and sex. Results: A family history of thyroid cancer or multinodular goiter in first degree relatives was associated with an increased risk of thyroid cancer in France as well as in New Caledonia. Among hormonal and reproductive factors, a later age at menarche, a younger age at menopause and a elevated number of full-term pregnancies were associated with an increased risk of thyroid cancer. An inverse relationship was observed between the cumulative number of menstrual cycles and risk of thyroid cancer. Oral contraceptive use was associated with a lower risk of thyroid cancer, and an inverse relationship was observed between oral contraceptive use duration and risk of thyroid cancer. Height, body mass index and body surface area were positively associated with thyroid cancer risk. Analyses by occupation showed a higher risk of thyroid cancer for workers in leather industry, in plastics and rubber industry, in papermaking, in wood manufacturing, in automotive repair and in metallurgy.

A partir des données de 2 études de population menées chez des sujets âgés, non institutionnalisés, respectivement l’étude des 3 Cités et l’étude EVA (Epidémiologie du Vieillissement Artériel), nos objectifs étaient 1) de revisiter le rôle de l’athérosclérose carotidienne dans son association avec les évènements coronaires et avec les démences, en dissociant précisément l’athérome (i.e. les plaques carotidiennes ; PC) de l’hypertrophie artérielle (i.e. l’épaississement diffus de l’intima-média mesuré au niveau de l’artère carotide commune ; EIM-ACC) et 2) dans un objectif plus mécanistique, d’analyser le lien différentiel entre l’athérome, l’hypertrophie artérielle et l’un des polymorphismes nucléotidiques (rs1333049) les plus associés à la maladie coronaire et situé sur le chromosome 9 (locus 9p21).Dans un 1er travail, nous avons montré que les PC étaient associées à une augmentation du risque d’évènement coronaire à 6 ans, à l’inverse de l’EIM-ACC qui n’était pas associée au risque coronaire. De plus l’ajout des PC à un modèle comprenant les FDRCV améliorait significativement la prédiction du risque coronaire avec près de 12% des sujets correctement reclassés en terme de risque prédit (NRI = 11,7% ; IC95% = 3,1%-20,0%). Dans la seconde analyse (3C et EVA), nous avons mis en évidence une association spécifique entre les PC et le polymorphisme nucléotidique rs1333049 (OR allèle C = 1,24 ; IC 95% = 1,13-1,36). Chez les sujets de la cohorte EVA, l’allèle C était également associé à la progression des plaques carotidiennes à 4 ans, mais pas à la progression de l’EIM. Dans le dernier volet de cette thèse et de manière similaire aux évènements coronaires, il existait une association spécifiques entre les PC et la survenue de démences vasculaires/mixtes à 7 ans (HR ≥ 2 sites avec plaques vs. 0 = 1,93 ; IC 95% = 1,13-3,28). Aucune association n’était retrouvée avec l’EIM. L’ajout des plaques carotidiennes à un modèle comprenant les FDR CV et de démence permettait de reclasser correctement 43% des sujets en terme de risque de DVasc (NRI=43,0% ; IC95% = 20,2-66,2). Enfin, dans le cadre de cette thèse, nous participons à un travail collaboratif portant sur la progression individuelle de l’EIM au cours du temps en association avec la survenue d’évènements cardiovasculaires. Les données de EVA ont été intégrées à ce projet. Un premier résultat de cette méta-analyse était que la progression annuelle de l’EIM-ACC n’était associée à aucun des évènements cardiovasculaires étudiés. Au total, les résultats de cette thèse indiquent la présence d’une association différentielle des plaques carotidiennes et de l’EIM-ACC avec les évènements coronaires et les démences. Les implications sur le plan de la prévention et en termes de cibles thérapeutiques potentielles sont discutées dans cette thèse. / Using data from 2 large French cohorts of non-institutionalized older adults, namely the Three-City Study (3C) and the Vascular Aging Study (EVA), we aimed 1) to explore the respective contribution of ultrasound detected carotid plaques (e.g. atherosclerosis) and diffuse common carotid intima-media thickness (CCA-IMT) (e.g. arteriosclerosis) to incident coronary events and dementia and 2) to assess the differential relationship between carotid plaques, CCA-IMT and the coronary heart disease (CHD)-associated single polymorphism nucleotide (rs1333049) on chromosome 9p21. First, we showed that carotid plaques but not CCA-IMT were associated with an increased risk of 6-year CHD. Furthermore, carotid plaques significantly improved CHD risk prediction beyond traditional CV risk factors, as nearly 12% of the participants were correctly reclassified in terms of predicted risk(Net Reclassification Improvement (NRI) = 11.7%; 95% CI = 3.1%-20.0%). In our second analysis, including subjects from both 3C and EVA, we found a specific association between carotid plaques and the rs1333049 genotype (OR C allele at risk= 1.24; 95% CI = 1.13-1.36). Moreover, among the EVA participants, the rs1333049 genotype was also associated with carotid plaques progression over 4 years, but not with CCA-IMT progression. Thirdly, we showed a specific relationship between carotid plaques and the occurrence of 7-year vascular/mixed dementia (VaD) (HR ≥ 2 sites with plaques vs. 0 = 1.93; 95% CI = 1.13-3.28). No relationship was found for CCA-IMT. Furthermore, adding carotid plaques to a model including vascular and dementia risk factors resulted in a significant continuous NRI of 43.0% (95% CI = 20.2%-66.2%) for VaD. At last, in line with the present work, we currently participate through the EVA Study to a collaborative project on the relationship between individual IMT progression over time and cardiovascular risk. A first result recently published, showed the absence of relationship between yearly IMT progression and cardiovascular events. In summary, the present work indicates that carotid plaques and CCA-IMT are differentially associated with coronary events and vascular/mixed dementia. Potential implications of our results regarding primary prevention and therapeutic targets are discussed in this thesis.

Contrairement à la majorité des maladies chroniques qui s’aggravent progressivement, l’expression de l’asthme est variable au cours du temps. L’asthme peut apparaître, disparaître, s’aggraver ou s’améliorer au cours de plusieurs années, voire une décennie, à tout âge de la vie. Cette variabilité à long terme est particulièrement mal décrite chez l’adulte car les données sont rares. Par une approche épidémiologique, la thèse a pour objectif de mieux comprendre la variabilité de l’expression de l’asthme au long cours chez l’adulte dans deux cohortes françaises : E3N, l’Étude Épidémiologique auprès des femmes de la Mutuelle Générale de l’Éducation Nationale et EGEA, l’étude Épidémiologique des facteurs Génétiques et Environnementaux de l’Asthme. Le premier axe, méthodologique, porte sur la mesure de la variabilité de l’expression de l’asthme au long cours. Le second axe, environnemental, porte sur le rôle de la pollution atmosphérique sur cette variabilité. Concernant l’axe méthodologique, l’étude des réponses à une unique question sur l’asthme répétée 7 fois sur 13 ans dans le cadre de la cohorte E3N a montré qu’une succession incohérente de réponses (positives et négatives) reflétait une partie de la variabilité de l’activité de l’asthme à moyen terme, suggérant l’intérêt de cette approche pour affiner la caractérisation de l’expression de la maladie au cours du temps. Dans le contexte d’un intérêt croissant pour la santé perçue, l’étude d’une question portant sur l’auto-évaluation rétrospective du changement dans la santé respiratoire au cours des 10 dernières années a montré que l’information ainsi obtenue était complémentaire de celle d’outils épidémiologiques et cliniques existants pour décrire la trajectoire à long terme de l’asthme, et permettait de prédire en partie l’évolution de l’asthme.À la suite d’une récente méta-analyse regroupant 6 cohortes européennes (avec 23 000 participants) dont les résultats suggèrent le rôle d’une exposition chronique à la pollution atmosphérique dans l’incidence de l’asthme chez l’adulte, une analyse a porté sur l’évolution des traitements de fond et de secours de l’asthme sur une période de 4 ans en lien avec la pollution atmosphérique. Chez les femmes asthmatiques de la cohorte E3N, plus l’exposition chronique au dioxyde d’azote et aux particules était élevée, plus la consommation de corticoïdes inhalés augmentait au cours du temps, suggérant le rôle à long terme du dioxyde d’azote dans la progression de l’asthme. En conclusion, les résultats de la thèse montrent que des outils simples, tels que l’utilisation de réponses successives à une unique question sur l’asthme et l’auto-évaluation du changement dans la santé respiratoire sur 10 ans, peuvent être utilisés pour mieux caractériser la variabilité de l’expression de l’asthme au long cours, de façon complémentaire aux outils déjà existants. Associés à ceux de la littérature, les résultats de la thèse soutiennent le rôle délétère d’une exposition chronique à la pollution de l’air extérieur sur l’évolution de l’asthme au long cours et renforcent l’intérêt d’interventions de santé publique visant à diminuer la concentration des polluants atmosphériques. / Unlike most chronic diseases, which tend to get progressively worse over time, the expression of asthma is variable over time. Asthma may onset at any age and is known to clinically persist, possibly resolve, or present any combination of remissions and relapses over several years, even decades. Such long-term variability has been difficult to describe in adults as data are scarce. Through an epidemiological approach, the aim of the thesis is to gain a better understanding of the variability of asthma expression over the long term in adults, in two French cohorts: the E3N study (l’Étude Épidémiologique auprès des femmes de la Mutuelle Générale de l’Éducation Nationale) and the EGEA study (the Epidemiological study on the Genetics and Environment of Asthma). The first axis is methodological and relates to the characterization of asthma expression variability over the long term. The second axis is environmental and related to the effect of air pollution on such long-term variability. Regarding the methodological axis, the in-depth analysis of answers to a single question on ever asthma repeated 7 times over 13 years in the E3N study has shown that apparently inconsistent succession of answers (positive and negative) could capture part of the medium-term variability of asthma activity, suggesting the usefulness of such approach to improve the characterization of asthma expression over time. In a context of growing interest for perceived health, a simple retrospective self-assessment of 10-year change in respiratory health has been shown to provide complementary insights to classical epidemiological and clinical tools to describe the long-term trajectory of asthma, and could predict part of the asthma evolution. Following a recent meta-analysis including 6 European cohorts (23000 participants), in which results suggest a deleterious effect of chronic ambient air pollution on asthma incidence in adults, an analysis investigated the evolution of asthma medication dispensations over 4 consecutive years, in relation with air pollution. Among the women with asthma in the E3N study, an increased estimated exposure to outdoor nitrogen dioxide and particles was associated with increased rate of controller dispensations over time, suggesting the long-term effect of air pollution on asthma progression. In conclusion, results of the thesis showed that simple tools such as several repeated answers to a single question on asthma and the self-assessment of long-term change in respiratory health may be useful in order to better characterize the variability of asthma expression over the long term, as a complementary approach alongside with classical tools. Combined with the literature, results of the thesis support the deleterious impact of chronic air pollution on progression of asthma and strengthen the need of public health interventions to reduce air pollutants concentration.