Micoplasmas e ureaplasmas têm sido isolados de pequenos ruminantes, mas existem poucos estudos. O Mycoplasma ovine/caprine sorotipo 11, conhecido como cepa 2D, ainda não classificado como espécie, vem sendo relacionado a casos de vulvovaginite e problemas reprodutivos em ovinos e caprinos. Os ureaplasmas apresentam a habilidade em induzirem doenças no trato genital, confirmada por inoculações experimentais de isolados obtidos de animais doentes em animais saudáveis, resultando em moderada granularidade e hiperemia na vulva. Estes ureaplasmas não receberam ainda a designação de espécie, sendo apenas conhecidas suas características sorológicas, nas quais é fundamentada a classificação em nove sorotipos, sendo o IX relacionado a infertilidade e aborto em ovelhas. Este trabalho teve como objetivo o isolamento de micoplasmas e ureaplasmas do trato reprodutivo de fêmeas e machos das espécies caprina e ovina e tipificação genotípica dos isolados por meio de PFGE e sequenciamento do gene 16S rRNA. Foram obtidos 20 isolamentos de ureaplasma no trato reprodutivo de fêmeas e machos da espécie ovina, um isolamento de micoplasma e sete com crescimento misto de micoplasma e ureaplasma. Nas fêmeas da espécie caprina foram obtidos cinco isolamentos, sendo quatro de ureaplasma e um de micoplasma. Dos isolados submetidos a PFGE , 11 de origem ovina resultaram em oito diferentes perfis confirmando a capacidade da técnica em tipificar ureaplasma de origem ovina. O sequenciamento do gene 16S rRNA, analisado pelo UPGMA, permitiu agrupar seis isolados ao Ureaplasma diversum ATCC 49782, e quatro não foram agrupados com nenhuma outra espécies de ureaplasma, quando utilizado o ponto de corte 97%. Em nosso estudo, os isolados de ovino e caprino agrupados às referências de U. diversum não permite concluir que sejam da mesma espécie. A utilização do gene 16S rRNA gera grande quantidade de informações úteis para inferências filogenéticas e pode ser a primeira escolha na investigação de novas espécies. Técnicas filogenéticas como sequenciamento do espaço intergênico 16S-23S rRNA, e gene da urease podem auxiliaram futuramente na classificação dos isolados obtidos de ovino e caprino. / Mycoplasmas and or ureaplasmas have been isolated from small ruminants but are few studied. Mycoplasma ovine/caprine serotype 11, known as 2D strain, has not been classified yet as specie. However, it has been associated to vulvovaginitis and reproductive disorder in caprine and ovine. Ureaplasmas may cause genital tract diseases. Experimental infections with isolates recovered from sick animals resulted in granularity and hyperemia of the vulva. These have not been designated as specie but are divide in nine serological characteristics types. The serotype IX is associated to infertility and abortion in sheep. The present study aims the isolation of mycoplasmas and ureaplasmas from reproductive tract of ovine and caprine, genotyping of isolates by PFGE, and sequencing of their 16S rRNA. Ureaplasma isolates were recovered from the reproductive tract of 20 ovine, being them, male and female. Mycoplasma was isolated alone in one sample. A mixture of mycoplasma and ureaplasma was obtained in seven samples. On the material obtained from female caprine, five isolations were performed. Four of them were ureaplasma and one was a mycoplasma. Eleven isolates from ovine showed eight distinct profiles at PFGE, confirm that the method can typify ovine origin ureaplasmas. Six isolates were grouped to the Ureaplasma diversum ATCC 49782, through the sequencing of their 16S rRNA using the UPGMA. However, when using a 97% cutoff, four isolates could not be grouped to none of the ureaplasma specie. The isolates from ovine and caprine grouped to U. diversum, do not allow conclude that they are all the same specie. The use of 16S rRNA sequencing showed many useful information to phylogenetic inference, and can be the first choice for when investigating new species. Phylogenetic techniques, as sequencing of the intergenic space 16S-23S rRNA and urease gene, can be used to help the classification of new ureaplasma isolates from ovine and caprine.

Dentre os vários microrganismos que fazem parte de microecossistemas de solos, as bactérias do gênero Burkholderia apresentam-se de interesse por possuírem amplo potencial agrícola e biotecnológico. São portadores de uma infinidade de características, como por exemplo: promotoras de crescimento em plantas com a fixação biológica do nitrogênio e produção de fitormônios, supressores de algumas doenças, biorremediadores, agentes de biocontrole e produtores de biopolímeros. Descrito por Yabuuchi et. al. (1992), o gênero ainda precisa ser melhor caracterizado, pois sua taxonomia vem sendo modificada de tal forma que novos componentes estão sendo frequentemente propostos, especialmente pela identificação de novos nichos ecológicos e sua ação no ambiente. No Parque Nacional de Caxiuanã - Pará, Amazônia Oriental, os solos de origem antropogênica denominados Terra Preta Arqueológica (TPA) são caracterizados pelos elevados materiais orgânicos, que se auto-sustentam. Neste estudo, a diversidade do gênero Burkholderia foi avaliada por meio de técnicas microbiológicas (cultivo) e moleculares, como a Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante (DGGE) com sequências iniciadoras específicas para o gênero, usando o gene 16S rRNA. Os fragmentos amplificados foram analisados pelo sequenciador automático ABI 3100, com o intuito de gerar informações sobre as principais espécies de Burkholderia presentes em sítios de TPA e comparados com as espécies encontradas em solo de floresta nativa natural, adjacente à TPA. Apesar da maior estabilidade e presença de matéria orgânica em sítio TPA, os resultados revelam que as espécies do gênero Burkholderia são numericamente superiores em solo de floresta nativa natural, vindo a confirmar que aspectos físico-químicos (ex. pH) e a vegetação predominante nas áreas de estudo afetam diretamente na composição das comunidades microbianas. Algumas estirpes encontradas destacam-se pelo seu papel funcional no solo, muitas delas comumente associadas à fixação biológica de nitrogênio. Foram encontradas as espécies Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita / Amongst the various microorganisms from soil microecossystems, the genus Burkholderia has been studied since several properties have been discovered more recently, with high potential for agricultural and biotechnological exploitation. Species from this genus have infinite features, e.g. plant growth promoter with biological nitrogen fixation and production of phytohormones, capability for suppression of some diseases, bioremediation, biological control and production of biopolymers. Described by Yabuuchi et al. (1992), the genus still needs to be better characterized, since its taxonomy is frequently modified and several new species have been proposed, especially after recent identification of new ecological niches and their action in the environment. In the National Park of Caxiuanã at the Eastern Amazon region are found anthrosols with past anthropogenic activity, constructed by the pre-historic Amerindians. These anthrosols are known as Archaeological Dark Earth (ADE) which has high and stable concentration of organic matter, thus keep their self-sustainability due to this high soil fertility. In this study, the diversity of genus Burkholderia was evaluated by means of microbiological (bacterial cultivation) and the molecular technique Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) using short and specific sequences designed for this genus, using the gene 16S rRNA. The amplified fragments from TPA were automated sequenced (ABI 3100) and the ADE diversity was compared with a pristine forest soil, located adjacent to TPA. Although the high stability and organic matter content in the ADE, the results showed a greater number of species from the genus Burkholderia in the pristine forest soil, located at the surrounding of the TPA soil. These data indicate that physical-chemical parameters (e.g. pH) and the prevalent vegetation in the studied areas can affect directly the structure of the microbial communities. Some strains could be distinguished by their functional role in soil, such as those associated with the ability for biological nitrogen fixation. The main species were Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita

Alquilbenzeno linear sulfonado (LAS) é um surfactante presente em água residuária de lavanderia. Em virtude da complexidade de sua degradação, o presente estudo envolveu a análise de alguns fatores, destacando-se: diversidade de co-substratos; tempo de detenção hidráulico (TDH); e concentração de co-substratos. Avaliou-se a degradação de LAS com diferentes co-substratos (metanol, etanol e extrato de levedura) em reator UASB, em TDH de 24 h e 14±2 mg/L de LAS. A influência de TDH e concentração de co-substratos foram analisadas em sete reatores UASB, com 12±3 mg/L de LAS; TDH de 6, 35 e 80 h, e diferentes concentrações de co-substratos (etanol, metanol e extrato de levedura), expressada pela carga orgânica específica (COE), entre 0,03 e 0,18 gDQO/gSTV.d. Ao final, avaliou-se a degradação de LAS em água residuária de lavanderia diluída, nessa mesma configuração de reator com TDH de 35 h e 10±5 mg/L de LAS. Em todos os ensaios foi utilizado inóculo granulado proveniente de reator UASB empregado no tratamento de água residuária de abatedouro de aves, mantendo-se intacta a forma granulada. No ensaio variando co-substratos, observou-se maior remoção de LAS (50%) na presença de co-substrato complexo (extrato de levedura) que na presença de metanol e etanol (29-41%). Diferença pouco significativa entre as comunidades do domínio Archaea e Bacteria (cerca de 60 e 40%, respectivamente) foi observada na presença de diferentes co-substratos, mediante análise de hibridação fluorescente in situ (fluorescent in situ hybridization FISH). Verificou-se maior influência da concentração de co-substratos na degradação de LAS, seguida pelo TDH. Aplicando a menor COE (0,03 gDQO/gSTV.d), obteve-se alta degradação de LAS (76%), enquanto nos reatores variando TDH foram observadas eficiências de 18% (6 h), 37-53% (35 h) e 55% (80 h). Nos reatores variando TDH e concentração de co-substratos, observou-se significativa remoção de LAS no separador de fases (20-53%; na manta de lodo observou-se 13-43%), relacionada à baixa concentração de co-substratos e condição anaeróbia facultativa nessa região. Por meio da técnica de PCR-DGGE (polymerase chain reaction denaturing gradient gel electrophoresis) nas amostras do ensaio variando TDH e concentração de co-substratos, verificou-se maior coeficiente de similaridade na manta de lodo (Archaea: 70-90%; Bacteria: 69-83%), devido à estrutura de grânulo do inóculo utilizado. Verificou-se alta degradação de LAS (82%) no reator com água de lavanderia, atribuída à diversidade de co-substratos (12 ácidos orgânicos voláteis detectados) e à concentração baixa desses co-substratos (COE: 0,03 gDQO/gSTV.d). Mediante análise de pirosequenciamento da região do RNAr 16S de amostras do ensaio com água residuária de lavanderia foram encontrados 147 gêneros, dos quais 32 foram relacionados com a degradação de LAS (gêneros capazes de degradar compostos aromáticos, dessulfonação, e -oxidação). Observou-se significativa abundância relativa (>1%) dos seguintes gêneros relacionados com a degradação de LAS: Comamonas, Dechloromonas, Desulfovibrio, Gemmatimonas, Holophoga, Parvibaculum, Pseudomonas, Rhodanobacter, Sporomusa, Synergistes e Zoogloea. No separador de fases do reator com água de lavanderia, a alta remoção de LAS (90%) e a abundância relativa dos gêneros aeróbios (23%) e anaeróbios (6%) relacionados com a degradação de LAS corroboraram a relação entre remoção de LAS e condição anaeróbia facultativa / Linear alkylbenzene sulfonate (LAS) is a surfactant present in laundry wastewater. Due to the complexity of its degradation, the present study involved the analysis of some features, highlighting: co-substrates diversity; hydraulic retention time (HRT); and co-substrates concentration. The LAS degradation with different co-substrates (methanol, ethanol and yeast extract) was evaluated in UASB reactor, at HRT of 24 h and LAS 14±2 mg/L. The influence of HRT and concentration of co-substrates was analyzed in seven UASB reactors, with LAS 12±3 mg/L; the HRT was 6, 35 and 80 h, and different concentration of co-substrates (methanol, ethanol and yeast extract), as specific organic load rate (SOLR) between 0.03 and 0.18 gCOD/gTVS.d. At the end, the LAS degradation was performed in UASB reactor fed with diluted laundry wastewater, at HRT of 35 h and LAS 10±5 mg/L. In all assays was used a granular inoculum from a UASB reactor employed in treatment of wastewater from poultry slaughterhouse, maintaining the granular form. In the assay varying the co-substrates, it was observed greater LAS removal (50%) in the presence of complex co-substrate (yeast extract) than in the presence of methanol and ethanol (removal: 29-41%). Insignificant difference between the communities from Archaea and Bacteria domain (about 60 and 40%, respectively) was observed in the presence of different co-substrates, according to the fluorescent in situ hybridization (FISH) analysis. It was verified greater influence of cosubstrates concentration than the HRT in the LAS degradation. At the lowest SOLR (0.03 gCOD/gTVS.d), high LAS degradation (76%) was obtained while in the reactors varying the HRT were observed efficiencies of 18% (6 h), 37-53% (35 h) and 55% (80 h). In the reactors varying the HRT and concentration of co-substrates, a significant LAS removal rate (20-53%; in the sludge blanket the rate was 13-43%) was observed in the phase separator, related to the low concentration of co-substrates and the anaerobic facultative condition in this region. By the PCR-DGGE (polymerase chain reaction denaturing gradient gel electrophoresis) technique of samples from the assay varying the HRT and concentration of co-substrates, it was verified great similarity coefficient in the sludge blanket (Archaea: 70-90%; Bacteria: 69- 83%) due to the granule structure of the inoculum used. High LAS degradation (82%) was verified in the reactor with laundry wastewater, which was attributed to the diversity of cosubstrates (12 organic volatile acids detected) and the low concentration of co-substrates (SOLR: 0.03 gCOD/gTVS.d). By pyrosequencing analysis of 16S RNAr genes in the samples from assay with laundry wastewater, it was found 147 genus, which 32 were related to the LAS degradation (genus able to degrade aromatic compounds, desulfonation, and - oxidation). A significant relative abundance (>1%) was observed in the following genus related to the degradation of LAS: Comamonas, Dechloromonas, Desulfovibrio, Gemmatimonas, Holophoga, Parvibaculum, Pseudomonas, Rhodanobacter, Sporomusa, Synergistes and Zoogloea. In the phases separator of the reactor with laundry wastewater, the high LAS removal (90%) and the relative abundance of genus aerobic (23%) and anaerobic (6%) related to the degradation of LAS corroborated the relation between LAS removal and the anaerobic facultative condition

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-06-29T12:07:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T12:07:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / CAPEs / Zymomonas mobilis vem despertando um grande interesse no meio científico, industrial e biotecnológico devido ao seu alto potencial fermentativo. Do ponto de vista taxonômico, Z. mobilis é a única espécie do gênero Zymomonas, e é subdivida em três subespécies: Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae e Z. mobilis subsp. francensis. A diferenciação destas subespécies é baseada em testes fisiológicos. Estes testes consomem tempo e são frequentemente duvidosos. Por isso, técnicas moleculares são propostas como uma alternativa rápida e confiável para diferenciação destas bactérias. O presente estudo teve como objetivo realizar a caracterização molecular das 32 linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Microrganismos UFPEDA, através da análise das sequências do gene 16S rDNA e ARDRA. As linhagens foram cultivadas em meio SSDL por 24 horas à 30º, seguida de centrifugação e extração de DNA cromossômico. As reações de PCR foram realizadas com iniciadores e condições específicas para a amplificação do gene 16S rDNA. Os produtos do gene 16S rDNA amplificados foram purificados, sequenciados e clivados com as enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI. Os dados obtidos pelo sequenciamento do gene 16S rDNA foram analisados, comparados e alinhados, pelo programas BLASTn e MultiAlin, com sequências de linhagens de Z. mobilis previamente depositadas no banco de dados GenBank. Um dendograma foi construido através do programa ClustalW pelo método de neighbor-joining Os perfis de restrição teórico das enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI foram gerados a partir do WebCutter 2.0. Dendogramas foram construídos a partir da matriz de similaridade genética de Jaccard, calculada pela análise dos perfis de restrição teóricos de cada enzima. A análise das sequências obtidas no presente estudo revelou o elevado grau de conservação no gene 16SrDNA, confirmando a relação de proximidade das linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Micro-organismos UFPEDA e a aproximidade com a Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, sugerindo que as linhagens desta coleção pertencem a esta subespécie.Além disso, conclui-se que a análise do perfil restrição teórico do gene 16S rDNA possibilita a diferenciação de Z. mobilis,a nível de subespécie, mas não é eficaz para analisar a variabilidade genética entre as linhagens de Z. mobilis UFPEDA. Baseados nestes resultados, outros marcadores filogenéticos devem ser empregados para analisar a variabilidade genética destas linhagens, possibilitando um melhor conhecimento da diversidade desta bactéria. / Zymomonas mobilis has attracted great interest in the scientific, industrial and biotechnological medium due to its high fermentation potential. The taxonomic viewpoint, Z. mobilis is the only species of the genus Zymomonas , and is subdivided into three subspecies : Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae and Z. mobilis subsp. francensis. The differentiation of these subspecies is based on physiological tests. These tests are time consuming and often unreliable. Therefore, molecular techniques are proposed as a fast and reliable alternative to differentiation of these bacteria. This study aims to perform molecular characterization of 32 strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Microorganisms UFPEDA by sequence analysis of 16S rDNA gene and the theoretical restriction profile of this gene. The strains were grown in SSDL for 24 hours at 30 ° , followed by centrifugation and extraction of chromosomal DNA . PCR reactions were performed with primers and specific conditions for amplification of the 16S rDNA gene. The amplified products of 16S rDNA were purified, sequenced, and cleaved with restriction enzymes Hae III, NdeII and StuI . The data obtained by 16S rDNA gene were analyzed, compared and aligned by BLASTn and MultiAlin programs with sequences of strains of Z. mobilis previously deposited in the GenBank databas . A dendogram was constructed using the program ClustalW method by neighbor-joining. Profiles theoretical restriction of restriction enzyme Hae III, NdeII and StuI were generated from WebCutter 2.0. Dendrograms were constructed from the genetic Jaccard similarity matrix, calculated by analyzing the theoretical restriction profiles of each enzyme. The analysis of the sequences obtained in this study revealed the high degree of conservation in 16SrDNA gene, confirming the close relationship of strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Micro-organisms UFPEDA and closeness with Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, suggesting that the strains in this collection belong to this subespécie. In addition, it is concluded that the theoretical restriction profile analysis of the 16S rDNA gene allows differentiation of Z. mobilis , the level of subspecies , but it is not effective to analyze the genetic variability between strains of Z. mobilis UFPEDA . Based on these results , other phylogenetic markers should be employed to analyze the genetic variability of these strains , allowing a better understanding of the diversity of this bacteria.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-22T12:40:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-22T12:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CNPq / A resistência microbiológica aos antibióticos constitui uma série problemas de saúde pública por dificultar o tratamento das infecções. As actinobactérias são fontes importantes para a descobertas de novas moléculas com atividades biológicas. A este grupo, o gênero Streptomyces possuem dentre outros, dois grupos de enzimas multimoduladoras conhecidas como policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintase não ribossomal (NRPS), genes relacionados com a produção de metabólitos secundários. O presente trabalho teve como objetivo investigar o potencial in vitro de metabólitos bioativos produzidos por Actinobactérias isoladas do bioma Caatinga com atividade contra diferentes isolados clínicos de Candida spp. Após ensaio primário das 45 actinobactérias apenas a linhagem PR- 32 apresentou atividade contra Candida spp, com halos de até 20 mm no meio ISP2. Posteriormente, essa linhagem foi cultivada em seis diferentes meios de cultura sendo observada melhor produção do metabólito secundário no meio 400 em 48 horas (h) de fermentação. A determinação da concentração mínima inibitória (CMI) foi determinada a partir do extrato etanólico da biomassa de PR- 32 em pH 7.0 e foi evidenciada uma CMI entre 31,25 μg/mL a 3,9 μg/mL para as leveduras testadas. A cinética de morte reforçou o resultado da CMI e mostrou que no período de 4-8 h o extrato inibiu as cepas de Candida spp. A caracterização da actinobactéria foi identificada por metodologias clássicas e pela pesquisa do gene 16S rRNA como Streptomyces sp. PR- 32. Os resultados desta caracterização sugerem uma possível espécie nova, contudo outras análises ainda precisam ser realizadas. Foi evidenciada a presença do gene nrps com aproximadamente 750 kb. Diante destes resultados podemos concluir que Streptomyces sp. PR- 32 é um isolado promissor para produção de compostos antifúngicos, sendo possível sugerir que a atividade biológica deste metabólito secundário é regulado por peptídeo sintase não ribossomal (NRPS). / The microbial resistance to antibiotics is a series of public health problems for hindering the treatment of infections. The actinomycetes are important sources for new molecules with biological activities discovered. In this group, the genus Streptomyces have among others, multimoduladoras two groups of enzymes known as polyketide synthase (PKS) and non-ribosomal peptide synthase (NRPS), genes involved in production of secondary metabolites. This study aimed to investigate the potential in vitro bioactive metabolites produced by isolated Actinobacteria biome Caatinga with activity against different clinical isolates of Candida spp. After screening of actinomycetes in 45 primary test only the PR- 32 strain showed activity against Candida spp, with halos of up to 20 mm in the middle ISP2. Subsequently, this strain was grown in six different culture media is best seen in secondary metabolite production means 400 at 48 h of fermentation. The determination of the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined from the ethanolic extract of the biomass of PR- 32 at pH 7.0 and one MIC was observed between 31.25 mg / mL 3.9 mg / mL for yeast tested. The kinetics of death reinforced the result of CMI and showed that in the 4-8 hour period the extract inhibited the strains of Candida spp. The characterization of actinobacteria was identified by classical methods and research 16S rRNA gene as Streptomyces sp. PR- 32. The results of this characterization suggests a possible new species, but other tests that must be performed. the presence of the NRPS gene of approximately 750 kb was observed. From these results we conclude that Streptomyces sp. PR- 32 is a promising isolated to produce antifungal compounds, it is possible to suggest that the biological activity of this secondary metabolite is regulated by peptide synthase not ribosomal (NRPS).

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Vianna Pereira.pdf: 4570056 bytes, checksum: c660fca0452deacfa10d23ee9bc79a2b (MD5) Previous issue date: 2009-08-26 / The complex microbiota of the oral cavity has been intensively studied and saliva is characterized by microorganisms which colonize different regions of mouth, such as tongue, supragengival and subgingival biofilm. Considering this, the purpose of this study was to evaluate the bacterial diversity of the saliva of patients with different levels of oral hygiene according to the Silness, Löe index. In this research, two genomic libraries of saliva source from 15 patients each were constructed. The pooled samples differ in the average index of Silness, Löe being considered as high or low index within the rate 1.0 to 3.0 and 0 to 0.5, respectively. The DNA saliva was extracted by phenol / chloroform method and 16S rRNA gene for the microorganisms of each sample were amplified and cloned. The sequences obtained were compared to those from sequences of the GenBank NCBI and RDP. The library resultant from saliva of patients with high level of dental biofilm showed 23 OTUs grouped as five known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Peptostreptococcus and Veillonella besides 33.3% of uncultured bacteria. The Library made from saliva of patients with low level of dental biofilm, was significantly different from its counterpart (p = 0.000) and was composed by 42 OTUs, distributed among 11 known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, and 24.87% of uncultured bacteria. The genus Streptococcus was the more prevalent in the two libraries, constituting 79.08% of the first and 73.64% the second. In conclusion, patients with low dental biofilm index have saliva with higher bacterial diversity than patients with high dental biofilm index, and despite most uncultivated species aggregate with Steptococcus, they still are new and unknown microorganisms / A complexa microbiota da cavidade bucal tem sido intensivamente estudada e a saliva destaca-se por apresentar microrganismos de diferentes regiões, como a língua, biofilme subgengival e supragengival. Diante disto, o objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade bacteriana da saliva de pacientes com diferentes índices de higiene bucal e para isto, foram construídas duas bibliotecas genômicas da saliva, que foram constituídas por amostras de 15 pacientes cada uma, com a média de índice de biofilme de Silness; Löe diferenciado, sendo a primeira com índice de 1,0 a 3,0 (denominada alto índice) e a segunda, entre 0 a 0,5 (denominada baixo índice). O DNA da saliva foi extraído pelo método fenol/clorofórmio e o gene 16S rRNA para cada biblioteca foi amplificado e clonado. As sequências obtidas foram comparadas com aquelas armazenadas no GenBank do NCBI e RDP. A biblioteca composta pela saliva de pacientes com Alto índice de biofilme dental apresentou cinco Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella e Peptostreptococcus e 33,3% de bactérias não-cultivadas, agrupados em 23 OTUs. A Biblioteca, composta pela saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental, foi diferente siguinificativamente da primeira (p=0,000) e foi composta de 42 OTUs, distribuídas em 11 Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, alem de 24,87% de bactérias não-cultivadas. O Gênero Streptococcus foi o mais prevalente nas duas bibliotecas, constituindo 79,08% da primeira e 73,63% da segunda. Conclui-se que existe maior diversidade bacteriana na saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental em relação à pacientes com Alto índice de biofilme dental e que apesar da maioria das espécies não-cultivadas agruparem-se com os Streptococcus, ainda contituem-se de microrganismos novos e desconhecidos

Os Cubozoa são animais de águas tropicais e subtropicais ao redor do mundo. A cubomedusa Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) habita na costa Atlântica americana entre os 35°N e 27°S, uma área com barreiras putativas que poderiam impedir a distribuição contínua de C. cf. quadrumanus, tornando-se um modelo interessante para estudos de estrutura populacional e filogeografia. O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura haplotípica de quatro populações da C. cf. quadrumanus da costa brasileira. Nossas análises foram baseadas nos marcadores mitocondriais COI e 16S e a região nuclear ITS de 40 indivíduos provenientes de Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) e Paraná (25°41\'S 048°25\'W), assim como por estudos morfométricos de 5 indivíduos de cada população. Análises filogenéticas e de redes de haplótipos de cada marcador revelaram uma profunda divergência gênica entre duas linhagens, Ceará - São Paulo e Rio de Janeiro - Paraná, dados estes corroborados por alguns caracteres das analises morfométricas. Nossos resultados sugerem que a espécie Chiropsalmus cf. quadrumanus é um complexo de espécies resultado da combinação entre taxonomia conservadora e especiação críptica. Estudos mais abrangentes que contenham espécimes de outros pontos da costa brasileira, incluída a localidade tipo (Santa Catarina, Müller, 1859), poderão verificar a existência de outras possíveis espécies crípticas e ampliar o conhecimento sobre a distribuição das duas linhagens encontradas neste estudo. As conseqüências taxonômicas do presente trabalho são importantes e ainda deverão ser trabalhadas. A falta de informação sobre a espécie, em conjunto com atitudes taxonômicas conservadoras e eventos de especiação críptica, não nos permitem delimitar as novas espécies com clareza. De qualquer maneira, nossos resultados revelam que há um complexo de espécies com o nome Chiropsalmus quadrumanus no Atlântico Americano. O presente trabalho constitui o primeiro estudo filogeográfico para qualquer espécie de cubozoário. / Cubozoans live in tropical and subtropical waters around the world. Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) inhabits the Atlantic coast of America between 35°N and 27°S, an area with putative barriers that could prevent the continuous distribution of C. cf. quadrumanus, turning the species an interesting model to study population structure and phylogeography. The aim of this work was to analyze the haplotype structure of four populations of C. cf. quadrumanus from the Brazilian coast. We carried out our analyses based on the COI and 16S mitochondrial markers and the nuclear ITS region of 40 individuals from Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) and Paraná (25°41\'S 048°25\'W), as well by morphometric surveys of 5 individuals from each population. Phylogenetic and haplotype network analyses of each marker reveled a deep genetic divergence between two lineages, Ceará - São Paulo and Rio de Janeiro - Paraná, this data were corroborated by some characters of the morphometrical analyses. Our results suggest that the species Chiropsalmus cf. quadrumanus is a complex of species resulting of the mixture of over-conservative taxonomy and cryptic speciation. More inclusive studies containing specimens from other points of the Brazilian coast, including the type locality (Santa Catarina, Müller, 1859),could verify the existence of other possible cryptic species and increase the knowledge about the distribution of the two lineages found in this study. The taxonomic consequences of this survey are important and should be overwrought. Lack of information about the species, conservative taxonomic attitudes and cryptic speciation events prevent us to delimit new species clearly. However, our results revealed a species complex named Chiropsalmus quadrumanus in the Atlantic coast of America. The present work represents the first phylogeographic approach of any cubozoan species.

O gênero Pagurus é um táxon heterogêneo de ermitões, com ampla distribuição mundial, descrito há mais de duzentos anos. A sistemática do grupo é complexa com uma longa história de rearranjos taxonômicos. A classificação conta com a inclusão de numerosas novas espécies e separação de algumas inicialmente contidas no táxon estabelecendo-se novos gêneros. Devido à extensa distribuição das espécies que compõem o táxon, foi necessário restringir o objetivo deste estudo. Assim foi avaliado o status taxonômico das espécies que ocorrem nas costas Pacífica e Atlântica da América do Sul, por meio da combinação de análises morfológicas e moleculares das espécies, utilizando dois marcadores genéticos (16S rDNA e Histona 3). As análises taxonômicas mostraram uma alta variabilidade morfológica nas 22 espécies examinadas. As espécies se encaixam perfeitamente em quatro dos onze grupos preestabelecidos dentro de Pagurus. Além disso, foram fornecidos os caracteres morfológicos que definem um desses grupos. Adicionalmente foi incluída uma chave para ajudar na identificação de todas as espécies. As análises independentes dos dados moleculares mostraram resultados contrastantes. O gene mitocondrial foi mais variável e portanto mais informativo, proporcionando uma hipótese mais clara das relações internas entre os membros de Pagurus. Assim, as topologias moleculares resultantes, concordaram em vários aspectos com o reportado nos dados morfológicos das espécies. De modo que, as semelhanças morfológicas foram refletidas na formação dos nós internos. Assim, as análises do gene 16S e H3 mostraram-se concordante com a morfologia, refletindo-se na formação de alguns dos grupos previamente propostos. Como ponto importante, ressalta-se a separação das espécies que compõe o grupo provenzanoi como um táxon diferenciado dentro de Pagurus. Ao mesmo tempo, as análises com o gene H3 mostraram a espécie Propagurus gaudichaudii inserida dentro de Pagurus, questionando a validade taxonômica de Propagurus. Como só foi incluída uma das cinco espécies do gênero, é claramente necessário a inclusão de outras espécies contidas neste táxon, bem como alguns outros genes uma revisão das espécies contidas neste táxon, junto com análises de outros genes, a fim de resolver definitivamente o status taxonômico de Propagurus. / The genus Pagurus is a heterogeneous taxon of hermit crabs, with worldwide distribution which was described more than two hundred years ago. Systematics of the group is complex and with a long history of taxonomic rearrangements. Thus current classification accounts for inclusion of many new species and splitting-off of some of the original species in order to establish new genera. Because of the extensive distribution of the species that conform this taxon it was necessary to restrict the aim of this study. Thus I evaluated the taxonomic status of the species found in the Pacific and Atlantic coasts of South America using a combination of both morphologic and molecular analyses (16S rDNA and Histona 3). The taxonomic analysis showed high morphological variation among all the 21 examined species. The analyzed species seemed to perfectly fit four out of the eleven morphologically pre-established groups of Pagurus. Furthermore I provide morphological characters that define one of these groups. Additionally, I included a key to aid in the identification of all the target species. Independent analysis of the molecular data showed contrasting results. The mitochondrial gene was the most variable and thus the most informative, providing a clearer hypothesis of the internal relationships among members of Pagurus. Therefore, both 16S and H3 analyses were in general agreement with the morphology. Thus, the resultant molecularly based topologies reflected some of the groups previously proposed. It is important to point out that all the included species belonging to the provenzanoi group were clustered together separated from other clades within Pagurus. At the same time, the analysis with the gen H3 showed Propagurus gaudichaudii clustered within Pagurus, thus questioning the taxonomic validity of Propagurus. As I only included one of the five species of the genus, it is obviously necessary to include other the species contained in this taxon, as well as some other genes in order to definitely solve the taxonomic status of Propagurus.

Considerando a dieta como um fator modulador do microbioma ruminal, neste trabalho objetivou-se investigar o impacto do bagaço da cana-de-açúcar sobre a composição e funcionalidade das espécies microbianas residentes no rúmen de carneiros (Ovis aries). Foram utilizados seis animais machos fistulados de O. aries, dos quais três foram alimentados com uma dieta composta por 70% de volumoso e 30% de concentrado (tratamento controle) e outros três animais alimentados com uma dieta similar a anterior, mas com 14% do volumoso substituído por bagaço de cana-de-açúcar (tratamento bagaço). O conteúdo ruminal (líquido e fibra) foram amostrados quinzenalmente durante 60 dias. A partir dessas amostras foram acessadas a estrutura e a composição da comunidade microbiana pela extração de DNA total e amplificação das regiões V3 e V6-V7 do gene 16S rRNA bacteriano e a região intergênica fúngica (ITS2). Além disso, foram feitas análises metagenômicas e metatranscriptômicas de comunidade microbianas enriquecidas em fibra ruminal para identificar enzimas lignocelulolíticas expressas. As frações líquida e fibrosa do conteúdo ruminal de O. aries revelaram uma comunidade bacteriana dominada principalmente por Bacteroidetes e Firmicutes ao longo de todo período experimental. Dois gêneros, Prevotella e Ruminococcus representaram 20% e 4% da comunidade bacteriana ruminal, respectivamente. Para a comunidade fúngica o filo Neocallimastigomycota representou 91% das sequências e os principais gêneros deste filo foram Piromyces, Neocallimastix, Orpinomyces, Anaeromyces, Caecomyces e Cyllamyces aderidos a fibra ruminal. O gênero Caecomyces, foi significativamente mais abundante na fibra ruminal de animais que se alimentaram de bagaço de cana-de açúcar. Além disso, foi observado um aumento significativo na frequência de enzimas como, por exemplo, 1,4-α-glucano, α-galactosidase, endo 1,4-β-xilanase, β- xilosidase, xilose isomerase, celobiose fosforilase e α-N-arabinofuranosidase no tratamento com bagaço de cana-de-açúcar. Considerando que a recuperação de enzimas a partir de comunidades microbianas naturalmente selecionadas para a degradação de biomassa é uma estratégia promissora para superar a atual ineficiência da ação enzimática na produção industrial de biocombustíveis, os resultados deste trabalho representam a possibilidade de aumentar a capacidade de recuperação ou descoberta de enzimas a partir de ruminantes, ou ainda, a possibilidade de manipular a estrutura do microbioma do rúmen para usá-lo como fonte de inóculo enriquecido em processos industriais de degradação de biomassa. / Considering the diet as a modulator of ruminal microbiome, this work aimed to investigate the impact of sugarcane bagasse on the composition and function of microbial species residents in the sheep (Ovis aries) rumen. Six cannulated male animals were used in the experiment, where three individuals were fed on a diet consisting of 70% forage and 30% concentrate (control treatment), and three were fed on a similar diet, but with sugarcane bagasse replacing 14% of the forage portion (bagasse treatment). The ruminal content (i.e., liquid and fiber) were sampled every two weeks during 60 days. From these samples, the structure and composition of the microbial community were assessed by total DNA extraction and amplification of V3 and V6-V7 regions of 16S rRNA gene from bacteria and the fungal intergenic region (ITS2). Furthermore, metagenomics and metatranscriptomics approaches were used to evaluate the enrichment of specific members of the microbial community in the ruminal fiber and genes related to lignocellulolytic enzymes. The liquid and fiber fractions of the O. aries rumen revealed a microbial community dominated mainly by Firmicutes and Bacteroidetes throughout the experimental period. The genera Prevotella and Ruminococcus accounted for 20% and 4% of the bacterial community of rumen, respectively. In the fungal community, the phylum Neocallimastigomycota accounted for 91% of sequences and its main genera adhered on the ruminal fiber were Piromyces, Neocallimastix, Orpinomyces, Anaeromyces, Caecomyces and Cyllamyces. The genus Caecomyces was significantly more abundant in the ruminal fiber in animals fed on sugarcane bagasse. Furthermore, there was a significant increase in the frequency of enzymes, such as α-1,4-glucan, α-galactosidase, endo- 1,4-β-xylanase, β-xylosidase, xylose isomerase, cellobiose phosphorylase and α- Narabinofuranosidase in the bagasse treatment. Considering that the recovery of enzymes from ecosystems naturally evolved for degradation of biomass is a promising strategy to overcome the current inefficient enzymatic action in industrial production of biofuels, the results of this study bring great possibilities to increase the discovery and or recovery of enzymes from ruminants, as well as the possibility of the ruminal microbiome structure manipulation to be used as source of an enriched inoculum for biomass degradation in industrial processes.

A superfície das folhas de árvores (filosfera) oferece uma grande área de habitat para os micro-organismos, mas constitui um ambiente extremo. O desenvolvimento de comunidades microbianas é dependente de fonte de carbono e de certos nutrientes essenciais inorgânicos comumente liberados pela planta para a sua superfície. No entanto, um grupo especial de bactérias, Cyanobacteria, é menos dependente da planta para sua nutrição, pois vários destes organismos são autotróficos para carbono e nitrogênio. Portanto, Cyanobacteria é particularmente interessante para se avaliar neste ambiente. Neste estudo, linhagens de cianobactérias presentes na superfície das folhas secretoras de sal da planta de manguezal Avicennia schaueriana foram isoladas e caracterizadas morfológica, molecular e ultraestruturalmente. O potencial destes isolados para sintetizar moléculas bioativas também foi avaliado. Para isso, folhas de A. schaueriana foram coletadas em um manguezal com histórico de contaminação por petróleo, localizado próximo ao Rio Iriri, em Bertioga-SP. O isolamento das cianobactérias foi realizado usando quatro meios de cultura (BG-11, SWBG-11, BG-11o e SWBG-11o) e dois métodos: a) esfregaço das folhas nos meios sólidos em placas de Petri; e b) submersão das folhas em frascos Erlenmeyer contendo meios líquidos. Após a obtenção de culturas puras, os isolados foram crescidos em meios líquidos, as células foram concentradas e usadas para extração de DNA genômico. O gene de RNAr 16S de cada isolado foi amplificado por PCR usando iniciadores específicos (27F/1494Rc), clonado e sequenciado. As sequências de RNAr 16S foram usadas na construção de árvore filogenética. O potencial dos isolados para sintetizar moléculas bioativas foi acessado pela amplificação de PCR usando iniciadores específicos para sequências gênicas codificadoras de peptídeo sintetase (NRPS), policetídeo sintase (PKS), cianopeptolina, aeruginosina, saxitoxina, anatoxina-a/homoanatoxina-a e microcistina. Como resultado, trinta morfotipos foram isolados em meio líquido e quatro em meio sólido. Estes morfotipos foram identificados como pertencentes a quatro ordens diferentes (12 Nostocales, 9 Pseudanabaenales, 8 Chroococcales e 5 Oscillatoriales). Entre os isolados, alta abundância de linhagens potencialmente fixadoras de N2 foi encontrada, indicando que elas possivelmente são uma importante fonte de nitrogênio neste habitat. As sequências do gene de RNAr 16S de vinte e quatro isolados ficaram distribuídas em onze clados distintos na árvore filogenética e mostraram baixas similaridades com gêneros já descritos. Na análise da ultraestrutura destas linhagens, destacou-se a presença de grânulos de elevado volume em uma cianobactéria unicelular e de um arranjo de tilacoides incomum em uma cianobactéria filamentosa homocitada com morfologia aparentemente simples. Sequências gênicas codificadoras de PKS foram detectadas em dezessete linhagens, de aeruginosina em sete linhagens e de cianopeptolina em dez linhagens. Entretanto, sequências gênicas codificadoras de NRPS e das cianotoxinas microcistina, saxitoxina e anatoxina-a/homoanatoxina-a não foram detectadas. A superfície das folhas de A. schaueriana apresenta elevado número de cianobactérias não descritas, provavelmente um resultado das condições peculiares tanto da filosfera quanto do manguezal estudado. Este é o primeiro relato de isolamento de cianobactérias da superfície de folhas de A. schaueriana / The tree leaf surface (phyllosphere) offer a large habitat area for microorganisms but constitute an extreme environment. The development of microbial communities is dependent of carbon source and certain essential inorganic nutrients commonly released from the plant to its surface. However, a special group of bacteria, Cyanobacteria, is less dependent of the plant for their nutrition since several of these organisms are autotrophic for carbon and nitrogen. Therefore, cyanobacteria are particularly interesting to be evaluated in this environment. In this study, cyanobacterial strains present in the salt-excreting leaf surface of the mangrove Avicennia schaueriana were isolated and morphologically, molecularly and ultrastructurally characterized. The potential of these isolates to synthesize bioactive molecules was also evaluated. To this purpose, A. schaueriana leaves were collected in a mangrove with history of oil contamination located near to the Iriri river in Bertioga-SP. The isolation of cyanobacteria was achieved using four culture media (BG-11, SWBG-11, BG-11o and SWBG-11o) and two methods: a) smearing of leaves into solid media in Petri dishes; and b) submersion of leaves in Erlenmeyer flasks containing liquid media. After obtaining pure cultures, the isolates were grown into liquid media, and the cells were concentrated and used for genomic DNA extraction. The gene of rRNA 16S of each isolate was amplified by PCR using specific primers (27F/1494Rc), cloned and sequenced. The 16S rRNA sequences were used for the construction of a phylogenetic tree. The potential of the isolates to synthesize bioactive molecules was assessed by PCR amplification using primers specific for gene sequences encoding non-ribosomal peptide synthetase (NRPS), polyketide synthase (PKS), cyanopeptolin, aeruginosin, saxitoxin, anatoxin-a/homoanatoxin-a and microcystin. As results, thirty morphotypes were isolated in liquid media and four in solid media. These morphotypes were identified as belonging to four different orders (12 Nostocales, 9 Pseudanabaenales, 8 Chroococcales and 5 Oscillatoriales). Among the isolates, it was found a high abundance of potentially N2-fixing strains, what indicates that they possibly are an important source of nitrogen in this habitat. The 16S rRNA gene sequences of twenty-four isolates were distributed into eleven distinct clades in the phylogenetic tree and showed low similarities with described genera. In the ultrastructural analyses of these strains, the highlight was the presence of granules of high volume in a unicellular cyanobacterium and an unusual thylakoid arrangement in a homocytous filamentous cyanobacterium with apparently simple morphology. Gene sequences encoding for PKS were detected in seventeen strains, for aeruginosine in seven strains and cyanopeptolin in ten strains. Gene sequences encoding for NRPS and for the cyanotoxins microcystin, saxitoxin, and anatoxin-a/homoanatoxin-a were not found. The leaf surface of A. schaueriana presents a high number of undescribed cyanobacteria, probably as a result of the peculiar conditions of the phyllosphere and the studied mangrove. This is the first report of isolation of cyanobacteria from the leaf surface of A. schaueriana