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O segmento Pet, no agronegócio, está relacionado ao desenvolvimento das atividades de criação, produção e comercialização de animais de estimação. Este mercado cresceu 7,6% entre 2014/2015, gerou R$ 18 milhões no Brasil e 67,3% desse valor refere-se a produtos para alimentação animal, comumente chamados de Pet Food. Na alimentação animal, o alimento pode ser um único ingrediente ou uma formulação elaborada. Os ingredientes são categorizados em proteínas, carboidratos, fibras, gorduras, vitaminas e minerais. Eles são selecionados considerando os seguintes aspectos: disponibilidade, níveis de nutrientes, funcionalidade, palatabilidade, digestibilidade, custo e segurança. As matérias-primas são escolhidas de acordo com o (s) método (s) de processamento (s) em que o produto passa, sua estabilidade no processo e sua fonte nutricional durante a validade do produto. Na preservação de alimentos, o processo de irradiação é um tratamento que busca reduzir a carga microbiana dos mesmos. No entanto, também pode alterar a composição dos ingredientes presentes e formar produtos radiolíticos na formulação que ainda estão em estudo. Nos alimentos, as gorduras atuam como aporte de ácidos graxos essenciais são palatabilizantes e uma fração energética importante das rações. Nos produtos que contêm a presença de gordura, a principal preocupação são as 2-Alcilciclobutanonas (2-ACBs), que são produtos radiolíticos formados exclusivamente pós-processamento com radiação ionizante. A formação de 2- ACBs está diretamente relacionada à concentração lipídica e à dose de irradiação. O objetivo deste trabalho é descrever os possíveis subprodutos radiolíticos formados em rações caninas extrusadas contendo gordura após irradiação e determinar se a formação de 2-ACBs depende do aumento da dose de radiação, assim como , verificar sua citotoxicidade e genotoxicidade em cães. / In agribusiness, the Pet segment is related to the development of the activities of creation, production and commercialization of pet food. This market grew 7.6% between 2014/2015, generated R$ 18 million in Brazil and 67.3% of this amount refers to products for animal feed, commonly called pet food. In animal nutrition the food may be a single ingredient or an elaborate formulation. Ingriedients are categorized into proteins, carbohydrates, fiber, fat, vitamins and minerals. They are selected considering the following aspects: availability, nutrient levels, functionality, palatability, digestibility, cost and safety. The raw materials are chosen according to the method (s) of processing (s) in which the product is submit, its stability in the process and its nutritional source during the validity of the product. In food preservation the irradiation process is a treatment that seeks to reduce the microbial load of the food. However, it can also alter the composition of the ingredients present and form radiolytic products in the formulation that are still under study. In foods, fats act as a contribution of essential fatty acids are palatabilizing and an important energetic fraction of the rations. In products containing the presence of fat, the main concern are 2- alkylcyclobutanones (2-ACBs), which are radiolytic products formed exclusively post-processing with ionizing radiation. The formation of 2-ACBs is directly related to the lipid concentration and the dose of irradiation. The objective of this work is to describe the possible radiolytic by-products formed in extruded fat-containing canine rations after irradiation and to determine if the formation of 2-ACBs is dependent on the radiation dose, and as well as verify their cytotoxicity and genotoxicity.

O segmento Pet, no agronegócio, está relacionado ao desenvolvimento das atividades de criação, produção e comercialização de animais de estimação. Este mercado cresceu 7,6% entre 2014/2015, gerou R$ 18 milhões no Brasil e 67,3% desse valor refere-se a produtos para alimentação animal, comumente chamados de Pet Food. Na alimentação animal, o alimento pode ser um único ingrediente ou uma formulação elaborada. Os ingredientes são categorizados em proteínas, carboidratos, fibras, gorduras, vitaminas e minerais. Eles são selecionados considerando os seguintes aspectos: disponibilidade, níveis de nutrientes, funcionalidade, palatabilidade, digestibilidade, custo e segurança. As matérias-primas são escolhidas de acordo com o (s) método (s) de processamento (s) em que o produto passa, sua estabilidade no processo e sua fonte nutricional durante a validade do produto. Na preservação de alimentos, o processo de irradiação é um tratamento que busca reduzir a carga microbiana dos mesmos. No entanto, também pode alterar a composição dos ingredientes presentes e formar produtos radiolíticos na formulação que ainda estão em estudo. Nos alimentos, as gorduras atuam como aporte de ácidos graxos essenciais são palatabilizantes e uma fração energética importante das rações. Nos produtos que contêm a presença de gordura, a principal preocupação são as 2-Alcilciclobutanonas (2-ACBs), que são produtos radiolíticos formados exclusivamente pós-processamento com radiação ionizante. A formação de 2- ACBs está diretamente relacionada à concentração lipídica e à dose de irradiação. O objetivo deste trabalho é descrever os possíveis subprodutos radiolíticos formados em rações caninas extrusadas contendo gordura após irradiação e determinar se a formação de 2-ACBs depende do aumento da dose de radiação, assim como , verificar sua citotoxicidade e genotoxicidade em cães. / In agribusiness, the Pet segment is related to the development of the activities of creation, production and commercialization of pet food. This market grew 7.6% between 2014/2015, generated R$ 18 million in Brazil and 67.3% of this amount refers to products for animal feed, commonly called pet food. In animal nutrition the food may be a single ingredient or an elaborate formulation. Ingriedients are categorized into proteins, carbohydrates, fiber, fat, vitamins and minerals. They are selected considering the following aspects: availability, nutrient levels, functionality, palatability, digestibility, cost and safety. The raw materials are chosen according to the method (s) of processing (s) in which the product is submit, its stability in the process and its nutritional source during the validity of the product. In food preservation the irradiation process is a treatment that seeks to reduce the microbial load of the food. However, it can also alter the composition of the ingredients present and form radiolytic products in the formulation that are still under study. In foods, fats act as a contribution of essential fatty acids are palatabilizing and an important energetic fraction of the rations. In products containing the presence of fat, the main concern are 2- alkylcyclobutanones (2-ACBs), which are radiolytic products formed exclusively post-processing with ionizing radiation. The formation of 2-ACBs is directly related to the lipid concentration and the dose of irradiation. The objective of this work is to describe the possible radiolytic by-products formed in extruded fat-containing canine rations after irradiation and to determine if the formation of 2-ACBs is dependent on the radiation dose, and as well as verify their cytotoxicity and genotoxicity.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 272543 bytes, checksum: 2dcf69c50e38fd64e6faa78f1f0d9c46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-28 / The in vitro embryo production (IVP) efficiency has been limited by oocyte developmental competence and in vitro culture conditions. The use of Brilliant Cresyl Blue (BCB) dye has been described as an alternative method for selection of better quality oocytes. The aim of this work was to evaluate the selection of immature oocytes by BCB dye and the expression of transcripts involved in the transition from genome-maternal. In the first step, a total of 998 immature oocytes was distributed into: G1- Control: oocytes sent directly to in vitro maturation, not exposed to the dye; G2- Control incubation (mPBS): oocytes exposed to mPBS solution without BCB for 1h; G3- BCB+: oocytes exposed to mPBS added of BCB and positively stained; G4- BCB-: oocytes exposed to mPBS with BCB and colorless. Oocytes of each treatment were matured, fertilized and presumptive zygotes were cultured in vitro for eight days. The rates of cleavage were obtained at 48h after the beginning of the culture and the rates of blastocysts at eight days post fertilization. The cleavage rates between G1 and G3 were similar, but higher than G2 and G4, the ones which similar. The oocytes in G3 showed blastocyst rate similar to the G1 and G2, but higher than G4. In another step, total RNA was extracted from three pools of 12 immature oocytes obtained from each group and used to generate cDNA. The relative abundance of MATER and Zar-1 transcripts was analyzed by Real Time PCR. No difference was found on relative expression for MATER and Zar-1 among groups. In conclusion, the conventional morphologic selection associated to the selection by BCB dye can be used as method of selection of immature oocyte, distinguishing two oocytes populations with different development competence, however this double selection did not select more competent oocytes when used only the conventional morphologic assessment. Moreover, the dye is not able to select oocytes with different patterns of expression transcripts MATER and Zar-1. / A eficiência da produção in vitro de embriões (PIV) tem sido limitada pelas condições de cultivo in vitro e baixa competência dos oócitos utilizados na maturação in vitro. A utilização do corante Azul Cresil Brilhante (ACB) associado à seleção morfológica convencional, tem sido descrita como uma alternativa para seleção de oócitos de melhor qualidade. Objetivou-se neste trabalho avaliar o uso do ACB como método de seleção de oócitos imaturos bovinos, utilizando como parâmetros de avaliação o desenvolvimento embrionário e a expressão de genes envolvidos na transição do genoma materno-zigótica. Na primeira etapa, um total de 998 oócitos foram distribuídos em 4 grupos: G1-Controle: oócitos submetidos à maturação sem exposição ao corante ; G2- Controle de incubação (mPBS): oócitos mantidos em mPBS por 1h a temperatura de 38,5º C em ar atmosférico; G3-ACB+: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB, nas mesmas condições de G2, que apresentaram ao final da incubação citoplasma corado; G4- ACB-: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB nas mesma condições de G2, que ao final da incubação apresentaram citoplasma incolor. Os oócitos de cada tratamento foram maturados, fertilizados e os possíveis zigotos cultivados in vitro por oito dias. As taxas de clivagem foram obtidas 48h após inicio do cultivo e as taxas de blastocistos oito dias após fecundação. As taxas de clivagem de G1 e G3 foram semelhantes, no entanto foram maiores que G2 e G4, as quais semelhantes. Os oócitos G3 apresentaram taxas de blastocisto semelhantes ao G1 e G2, mas foram maiores do que o G4. Na segunda etapa, o RNA total foi extraído de três pools de 12 oócitos imaturos obtidos dos mesmos tratamentos acima descritos e usados para gerar cDNA. A abundância relativa dos transcritos MATER e Zar-1 foi analisada por Real Time-PCR. Não foi encontrada diferença na expressão relativa dos transcritos MATER e Zar-1 entre os tratamentos. Em conclusão, à seleção morfológica convencional associada à seleção pelo corante ACB pode ser usada como método de seleção de oócitos imaturos, distinguindo duas populações de oócitos com diferente competência de desenvolvimento, no entanto esta dupla seleção não selecionou oócitos mais competentes quando utilizado unicamente o critério morfológico convencional de seleção. Além disso, o corante não foi capaz de selecionar oócitos com diferente padrão na expressão dos transcritos MATER e Zar-1.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

L'analyse de sensibilité globale basée sur la variance permet de hiérarchiser les sources d'incertitude présentes dans un modèle numérique et d'identifier celles qui contribuent le plus à la variabilité de la sortie du modèle. Ce type d'analyse peine à se développer dans les sciences de la Terre et de l'Environnement, en partie à cause de la dimension spatiale de nombreux modèles numériques, dont les variables d'entrée et/ou de sortie peuvent être des données distribuées dans l'espace. Le travail de thèse réalisé a pour ambition de montrer comment l'analyse de sensibilité globale peut être adaptée pour tenir compte des spécificités de ces modèles numériques spatialisés, notamment la dépendance spatiale dans les données d'entrée et les questions liées au changement d'échelle spatiale. Ce travail s'appuie sur une étude de cas approfondie du code NOE, qui est un modèle numérique spatialisé d'analyse coût-bénéfice de projets de prévention du risque d'inondation. On s'intéresse dans un premier temps à l'estimation d'indices de sensibilité associés à des variables d'entrée spatialisées. L'approche retenue du " map labelling " permet de rendre compte de l'auto-corrélation spatiale de ces variables et d'étudier son impact sur la sortie du modèle. On explore ensuite le lien entre la notion d'" échelle " et l'analyse de sensibilité de modèles spatialisés. On propose de définir les indices de sensibilité " zonaux " et " ponctuels " pour mettre en évidence l'impact du support spatial de la sortie d'un modèle sur la hiérarchisation des sources d'incertitude. On établit ensuite, sous certaines conditions, des propriétés formelles de ces indices de sensibilité. Ces résultats montrent notamment que l'indice de sensibilité zonal d'une variable d'entrée spatialisée diminue à mesure que s'agrandit le support spatial sur lequel est agrégée la sortie du modèle. L'application au modèle NOE des méthodologies développées se révèle riche en enseignements pour une meilleure prise en compte des incertitudes dans les modèles d'analyse coût-bénéfice des projets de prévention du risque d'inondation.

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These bacteria may also present the persistence phenotype, where a small population of susceptible bacteria survives after a high antimicrobial concentration treatment ? which the fraction of surviving cells may be affected by environmental conditions present in the medium. Thus, the aim of this study was to evaluate the influence of oxygen availability and galactose, sodium citrate and sheep blood presence in the formation of these cells upon meropenem and tobramycin exposure. For this, 10 clinical isolates, sent by the Clinical Pathology Laboratory of S?o Lucas Hospital, had their susceptibility characterized regarding the minimum inhibitory concentration (MIC) to tobramycin and meropenem. The influence of different environmental conditions was analyzed by exposing late exponential-phase cultures to meropenem and tobramycin for 48 h in the presence of sodium citrate, galactose and sheep blood; or in aerated or static condition. For all evaluations, aliquots were removed at determined time points, followed by serial decimal dilutions and drop plating technique on nutrient agar, to estimate the fraction of surviving cells. Aerated condition promoted a reduction of persister cells fraction ? independent of antimicrobial used ?, and, in addition, concentrations of tobramycin higher than 10X MIC provided even lower levels of these cells after 48 h of treatment. Regarding the presence of different sources of nutrients, it was observed that sodium citrate presence in 48 h of meropenem treatment promoted lower fraction of surviving cells when compared to this same antibiotic associated with galactose; whereas tobramycin exposure in the presence of galactose provided a reduced formation of persister cells in the first 6 h of treatment. Sheep blood, however, did not affect the fraction of surviving cells after 48 h of treatment, independently of the antimicrobial used. A remarkable heterogeneity in the behavior of all 10 isolates used in the study was present, regardless the conditions that have been exposed. Thus, it is possible that the conditions imposed in the experiments have influenced in the formation of persister cells by enhanced production of reactive oxygen species, and through the availability of more targets for antibiotic action by the bacterial growth stimulation. / Os pat?genos oportunistas do complexo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii s?o respons?veis por diversas enfermidades, acometendo principalmente pacientes de unidades de tratamento intensivo e imunocomprometidos. Estas bact?rias podem ainda apresentar o fen?tipo de persist?ncia, onde uma pequena popula??o de bact?rias suscet?veis sobrevive ap?s o tratamento com elevadas concentra??es de antimicrobianos - podendo essa fra??o de c?lulas sobreviventes ser afetada pelas condi??es ambientais presentes no meio. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influ?ncia da disponibilidade de oxig?nio e da presen?a de galactose, citrato de s?dio e sangue de carneiro na forma??o destas c?lulas frente ? exposi??o ao meropenem e ? tobramicina. Para isto, 10 isolados cl?nicos, cedidos pelo Laborat?rio de Patologia Cl?nica do Hospital S?o Lucas da PUCRS, tiveram sua suscetibilidade caracterizada quanto ? concentra??o inibit?ria m?nima (CIM) de tobramicina e de meropenem. A influ?ncia das diferentes condi??es ambientais foi analisada ao expor culturas de fase exponencial tardia ao meropenem e ? tobramicina por 48 h na presen?a de citrato de s?dio, galactose ou sangue de carneiro; ou em uma condi??o aerada ou est?tica. Para todas as observa??es, al?quotas foram removidas em tempos determinados, seguidas de dilui??es decimais seriadas e semeadura pela t?cnica da gota em ?gar nutriente, para estimar a fra??o de c?lulas sobreviventes. A condi??o aerada promoveu uma diminui??o na fra??o de c?lulas persisters - independente do antimicrobiano utilizado -, e tamb?m verificarmos que concentra??es superiores a 10X a CIM de tobramicina proporcionaram n?veis ainda menores destas c?lulas ap?s 48 h de tratamento. Quanto ? presen?a de diferentes fontes de nutrientes, foi observado que a presen?a de citrato de s?dio no tratamento de 48 h com meropenem proporcionou uma menor fra??o de c?lulas sobreviventes comparado a quando este mesmo antimicrobiano estava associado ? galactose; enquanto a exposi??o ? tobramicina na presen?a de galactose promoveu uma menor forma??o de c?lulas persisters nas primeiras 6 h de tratamento. O sangue de carneiro, entretanto, n?o afetou a fra??o de c?lulas sobreviventes ap?s 48 h de tratamento, independente do antimicrobiano utilizado. P?de-se ainda constatar uma not?vel heterogeneidade no comportamento de todos os 10 isolados utilizados no estudo, independente das condi??es as quais foram expostos. Desta forma, ? poss?vel que as condi??es avaliadas nos experimentos tenham influenciado a forma??o c?lulas persisters atrav?s da maior produ??o de esp?cies reativas de oxig?nio, e por disponibilizar mais alvos para a a??o dos antimicrobianos ao estimular o crescimento bacteriano.

La quinta generación de redes móviles (5G) se encuentra a la vuelta de la esquina. Se espera provea de beneficios extraordinarios a la población y que resuelva la mayoría de los problemas de las redes 4G actuales. El éxito de 5G, cuya primera fase de estandarización ha sido completada, depende de tres pilares: comunicaciones tipo-máquina masivas, banda ancha móvil mejorada y comunicaciones ultra fiables y de baja latencia (mMTC, eMBB y URLLC, respectivamente). En esta tesis nos enfocamos en el primer pilar de 5G, mMTC, pero también proveemos una solución para lograr eMBB en escenarios de distribución masiva de contenidos. Específicamente, las principales contribuciones son en las áreas de: 1) soporte eficiente de mMTC en redes celulares; 2) acceso aleatorio para el reporte de eventos en redes inalámbricas de sensores (WSNs); y 3) cooperación para la distribución masiva de contenidos en redes celulares. En el apartado de mMTC en redes celulares, esta tesis provee un análisis profundo del desempeño del procedimiento de acceso aleatorio, que es la forma mediante la cual los dispositivos móviles acceden a la red. Estos análisis fueron inicialmente llevados a cabo por simulaciones y, posteriormente, por medio de un modelo analítico. Ambos modelos fueron desarrollados específicamente para este propósito e incluyen uno de los esquemas de control de acceso más prometedores: access class barring (ACB). Nuestro modelo es uno de los más precisos que se pueden encontrar en la literatura y el único que incorpora el esquema de ACB. Los resultados obtenidos por medio de este modelo y por simulación son claros: los accesos altamente sincronizados que ocurren en aplicaciones de mMTC pueden causar congestión severa en el canal de acceso. Por otro lado, también son claros en que esta congestión se puede prevenir con una adecuada configuración del ACB. Sin embargo, los parámetros de configuración del ACB deben ser continuamente adaptados a la intensidad de accesos para poder obtener un desempeño óptimo. En la tesis se propone una solución práctica a este problema en la forma de un esquema de configuración automática para el ACB; lo llamamos ACBC. Los resultados muestran que nuestro esquema puede lograr un desempeño muy cercano al óptimo sin importar la intensidad de los accesos. Asimismo, puede ser directamente implementado en redes celulares para soportar el tráfico mMTC, ya que ha sido diseñado teniendo en cuenta los estándares del 3GPP. Además de los análisis descritos anteriormente para redes celulares, se realiza un análisis general para aplicaciones de contadores inteligentes. Es decir, estudiamos un escenario de mMTC desde la perspectiva de las WSNs. Específicamente, desarrollamos un modelo híbrido para el análisis de desempeño y la optimización de protocolos de WSNs de acceso aleatorio y basados en cluster. Los resultados muestran la utilidad de escuchar el medio inalámbrico para minimizar el número de transmisiones y también de modificar las probabilidades de transmisión después de una colisión. En lo que respecta a eMBB, nos enfocamos en un escenario de distribución masiva de contenidos, en el que un mismo contenido es enviado de forma simultánea a un gran número de usuarios móviles. Este escenario es problemático, ya que las estaciones base de la red celular no cuentan con mecanismos eficientes de multicast o broadcast. Por lo tanto, la solución que se adopta comúnmente es la de replicar e contenido para cada uno de los usuarios que lo soliciten; está claro que esto es altamente ineficiente. Para resolver este problema, proponemos el uso de esquemas de network coding y de arquitecturas cooperativas llamadas nubes móviles. En concreto, desarrollamos un protocolo para la distribución masiva de contenidos, junto con un modelo analítico para su optimización. Los resultados demuestran que el modelo propuesto es simple y preciso, y que el protocolo puede reducir el con / La cinquena generació de xarxes mòbils (5G) es troba molt a la vora. S'espera que proveïsca de beneficis extraordinaris a la població i que resolga la majoria dels problemes de les xarxes 4G actuals. L'èxit de 5G, per a la qual ja ha sigut completada la primera fase del qual d'estandardització, depén de tres pilars: comunicacions tipus-màquina massives, banda ampla mòbil millorada, i comunicacions ultra fiables i de baixa latència (mMTC, eMBB i URLLC, respectivament, per les seues sigles en anglés). En aquesta tesi ens enfoquem en el primer pilar de 5G, mMTC, però també proveïm una solució per a aconseguir eMBB en escenaris de distribució massiva de continguts. Específicament, les principals contribucions són en les àrees de: 1) suport eficient de mMTC en xarxes cel·lulars; 2) accés aleatori per al report d'esdeveniments en xarxes sense fils de sensors (WSNs); i 3) cooperació per a la distribució massiva de continguts en xarxes cel·lulars. En l'apartat de mMTC en xarxes cel·lulars, aquesta tesi realitza una anàlisi profunda de l'acompliment del procediment d'accés aleatori, que és la forma mitjançant la qual els dispositius mòbils accedeixen a la xarxa. Aquestes anàlisis van ser inicialment dutes per mitjà de simulacions i, posteriorment, per mitjà d'un model analític. Els models van ser desenvolupats específicament per a aquest propòsit i inclouen un dels esquemes de control d'accés més prometedors: el access class barring (ACB). El nostre model és un dels més precisos que es poden trobar i l'únic que incorpora l'esquema d'ACB. Els resultats obtinguts per mitjà d'aquest model i per simulació són clars: els accessos altament sincronitzats que ocorren en aplicacions de mMTC poden causar congestió severa en el canal d'accés. D'altra banda, també són clars en què aquesta congestió es pot previndre amb una adequada configuració de l'ACB. No obstant això, els paràmetres de configuració de l'ACB han de ser contínuament adaptats a la intensitat d'accessos per a poder obtindre unes prestacions òptimes. En la tesi es proposa una solució pràctica a aquest problema en la forma d'un esquema de configuració automàtica per a l'ACB; l'anomenem ACBC. Els resultats mostren que el nostre esquema pot aconseguir un acompliment molt proper a l'òptim sense importar la intensitat dels accessos. Així mateix, pot ser directament implementat en xarxes cel·lulars per a suportar el trànsit mMTC, ja que ha sigut dissenyat tenint en compte els estàndards del 3GPP. A més de les anàlisis descrites anteriorment per a xarxes cel·lulars, es realitza una anàlisi general per a aplicacions de comptadors intel·ligents. És a dir, estudiem un escenari de mMTC des de la perspectiva de les WSNs. Específicament, desenvolupem un model híbrid per a l'anàlisi de prestacions i l'optimització de protocols de WSNs d'accés aleatori i basats en clúster. Els resultats mostren la utilitat d'escoltar el mitjà sense fil per a minimitzar el nombre de transmissions i també de modificar les probabilitats de transmissió després d'una col·lisió. Pel que fa a eMBB, ens enfoquem en un escenari de distribució massiva de continguts, en el qual un mateix contingut és enviat de forma simultània a un gran nombre d'usuaris mòbils. Aquest escenari és problemàtic, ja que les estacions base de la xarxa cel·lular no compten amb mecanismes eficients de multicast o broadcast. Per tant, la solució que s'adopta comunament és la de replicar el contingut per a cadascun dels usuaris que ho sol·liciten; és clar que això és altament ineficient. Per a resoldre aquest problema, proposem l'ús d'esquemes de network coding i d'arquitectures cooperatives anomenades núvols mòbils. En concret, desenvolupem un protocol per a realitzar la distribució massiva de continguts de forma eficient, juntament amb un model analític per a la seua optimització. Els resultats demostren que el model proposat és simple i precís / The 5th generation (5G) of mobile networks is just around the corner. It is expected to bring extraordinary benefits to the population and to solve the majority of the problems of current 4th generation (4G) systems. The success of 5G, whose first phase of standardization has concluded, relies in three pillars that correspond to its main use cases: massive machine-type communication (mMTC), enhanced mobile broadband (eMBB), and ultra-reliable low latency communication (URLLC). This thesis mainly focuses on the first pillar of 5G: mMTC, but also provides a solution for the eMBB in massive content delivery scenarios. Specifically, its main contributions are in the areas of: 1) efficient support of mMTC in cellular networks; 2) random access (RA) event-reporting in wireless sensor networks (WSNs); and 3) cooperative massive content delivery in cellular networks. Regarding mMTC in cellular networks, this thesis provides a thorough performance analysis of the RA procedure (RAP), used by the mobile devices to switch from idle to connected mode. These analyses were first conducted by simulation and then by an analytical model; both of these were developed with this specific purpose and include one of the most promising access control schemes: the access class barring (ACB). To the best of our knowledge, this is one of the most accurate analytical models reported in the literature and the only one that incorporates the ACB scheme. Our results clearly show that the highly-synchronized accesses that occur in mMTC applications can lead to severe congestion. On the other hand, it is also clear that congestion can be prevented with an adequate configuration of the ACB scheme. However, the configuration parameters of the ACB scheme must be continuously adapted to the intensity of access attempts if an optimal performance is to be obtained. We developed a practical solution to this problem in the form of a scheme to automatically configure the ACB; we call it access class barring configuration (ACBC) scheme. The results show that our ACBC scheme leads to a near-optimal performance regardless of the intensity of access attempts. Furthermore, it can be directly implemented in 3rd Generation Partnership Project (3GPP) cellular systems to efficiently handle mMTC because it has been designed to comply with the 3GPP standards. In addition to the analyses described above for cellular networks, a general analysis for smart metering applications is performed. That is, we study an mMTC scenario from the perspective of event detection and reporting WSNs. Specifically, we provide a hybrid model for the performance analysis and optimization of cluster-based RA WSN protocols. Results showcase the utility of overhearing to minimize the number of packet transmissions, but also of the adaptation of transmission parameters after a collision occurs. Building on this, we are able to provide some guidelines that can drastically increase the performance of a wide range of RA protocols and systems in event reporting applications. Regarding eMBB, we focus on a massive content delivery scenario in which the exact same content is transmitted to a large number of mobile users simultaneously. Such a scenario may arise, for example, with video streaming services that offer a particularly popular content. This is a problematic scenario because cellular base stations have no efficient multicast or broadcast mechanisms. Hence, the traditional solution is to replicate the content for each requesting user, which is highly inefficient. To solve this problem, we propose the use of network coding (NC) schemes in combination with cooperative architectures named mobile clouds (MCs). Specifically, we develop a protocol for efficient massive content delivery, along with the analytical model for its optimization. Results show the proposed model is simple and accurate, and the protocol can lead to energy savings of up to 37 percent when compared to the traditional approach. / Leyva Mayorga, I. (2018). On reliable and energy efficient massive wireless communications: the road to 5G [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/115484 / TESIS