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O segmento Pet, no agronegócio, está relacionado ao desenvolvimento das atividades de criação, produção e comercialização de animais de estimação. Este mercado cresceu 7,6% entre 2014/2015, gerou R$ 18 milhões no Brasil e 67,3% desse valor refere-se a produtos para alimentação animal, comumente chamados de Pet Food. Na alimentação animal, o alimento pode ser um único ingrediente ou uma formulação elaborada. Os ingredientes são categorizados em proteínas, carboidratos, fibras, gorduras, vitaminas e minerais. Eles são selecionados considerando os seguintes aspectos: disponibilidade, níveis de nutrientes, funcionalidade, palatabilidade, digestibilidade, custo e segurança. As matérias-primas são escolhidas de acordo com o (s) método (s) de processamento (s) em que o produto passa, sua estabilidade no processo e sua fonte nutricional durante a validade do produto. Na preservação de alimentos, o processo de irradiação é um tratamento que busca reduzir a carga microbiana dos mesmos. No entanto, também pode alterar a composição dos ingredientes presentes e formar produtos radiolíticos na formulação que ainda estão em estudo. Nos alimentos, as gorduras atuam como aporte de ácidos graxos essenciais são palatabilizantes e uma fração energética importante das rações. Nos produtos que contêm a presença de gordura, a principal preocupação são as 2-Alcilciclobutanonas (2-ACBs), que são produtos radiolíticos formados exclusivamente pós-processamento com radiação ionizante. A formação de 2- ACBs está diretamente relacionada à concentração lipídica e à dose de irradiação. O objetivo deste trabalho é descrever os possíveis subprodutos radiolíticos formados em rações caninas extrusadas contendo gordura após irradiação e determinar se a formação de 2-ACBs depende do aumento da dose de radiação, assim como , verificar sua citotoxicidade e genotoxicidade em cães. / In agribusiness, the Pet segment is related to the development of the activities of creation, production and commercialization of pet food. This market grew 7.6% between 2014/2015, generated R$ 18 million in Brazil and 67.3% of this amount refers to products for animal feed, commonly called pet food. In animal nutrition the food may be a single ingredient or an elaborate formulation. Ingriedients are categorized into proteins, carbohydrates, fiber, fat, vitamins and minerals. They are selected considering the following aspects: availability, nutrient levels, functionality, palatability, digestibility, cost and safety. The raw materials are chosen according to the method (s) of processing (s) in which the product is submit, its stability in the process and its nutritional source during the validity of the product. In food preservation the irradiation process is a treatment that seeks to reduce the microbial load of the food. However, it can also alter the composition of the ingredients present and form radiolytic products in the formulation that are still under study. In foods, fats act as a contribution of essential fatty acids are palatabilizing and an important energetic fraction of the rations. In products containing the presence of fat, the main concern are 2- alkylcyclobutanones (2-ACBs), which are radiolytic products formed exclusively post-processing with ionizing radiation. The formation of 2-ACBs is directly related to the lipid concentration and the dose of irradiation. The objective of this work is to describe the possible radiolytic by-products formed in extruded fat-containing canine rations after irradiation and to determine if the formation of 2-ACBs is dependent on the radiation dose, and as well as verify their cytotoxicity and genotoxicity.

O segmento Pet, no agronegócio, está relacionado ao desenvolvimento das atividades de criação, produção e comercialização de animais de estimação. Este mercado cresceu 7,6% entre 2014/2015, gerou R$ 18 milhões no Brasil e 67,3% desse valor refere-se a produtos para alimentação animal, comumente chamados de Pet Food. Na alimentação animal, o alimento pode ser um único ingrediente ou uma formulação elaborada. Os ingredientes são categorizados em proteínas, carboidratos, fibras, gorduras, vitaminas e minerais. Eles são selecionados considerando os seguintes aspectos: disponibilidade, níveis de nutrientes, funcionalidade, palatabilidade, digestibilidade, custo e segurança. As matérias-primas são escolhidas de acordo com o (s) método (s) de processamento (s) em que o produto passa, sua estabilidade no processo e sua fonte nutricional durante a validade do produto. Na preservação de alimentos, o processo de irradiação é um tratamento que busca reduzir a carga microbiana dos mesmos. No entanto, também pode alterar a composição dos ingredientes presentes e formar produtos radiolíticos na formulação que ainda estão em estudo. Nos alimentos, as gorduras atuam como aporte de ácidos graxos essenciais são palatabilizantes e uma fração energética importante das rações. Nos produtos que contêm a presença de gordura, a principal preocupação são as 2-Alcilciclobutanonas (2-ACBs), que são produtos radiolíticos formados exclusivamente pós-processamento com radiação ionizante. A formação de 2- ACBs está diretamente relacionada à concentração lipídica e à dose de irradiação. O objetivo deste trabalho é descrever os possíveis subprodutos radiolíticos formados em rações caninas extrusadas contendo gordura após irradiação e determinar se a formação de 2-ACBs depende do aumento da dose de radiação, assim como , verificar sua citotoxicidade e genotoxicidade em cães. / In agribusiness, the Pet segment is related to the development of the activities of creation, production and commercialization of pet food. This market grew 7.6% between 2014/2015, generated R$ 18 million in Brazil and 67.3% of this amount refers to products for animal feed, commonly called pet food. In animal nutrition the food may be a single ingredient or an elaborate formulation. Ingriedients are categorized into proteins, carbohydrates, fiber, fat, vitamins and minerals. They are selected considering the following aspects: availability, nutrient levels, functionality, palatability, digestibility, cost and safety. The raw materials are chosen according to the method (s) of processing (s) in which the product is submit, its stability in the process and its nutritional source during the validity of the product. In food preservation the irradiation process is a treatment that seeks to reduce the microbial load of the food. However, it can also alter the composition of the ingredients present and form radiolytic products in the formulation that are still under study. In foods, fats act as a contribution of essential fatty acids are palatabilizing and an important energetic fraction of the rations. In products containing the presence of fat, the main concern are 2- alkylcyclobutanones (2-ACBs), which are radiolytic products formed exclusively post-processing with ionizing radiation. The formation of 2-ACBs is directly related to the lipid concentration and the dose of irradiation. The objective of this work is to describe the possible radiolytic by-products formed in extruded fat-containing canine rations after irradiation and to determine if the formation of 2-ACBs is dependent on the radiation dose, and as well as verify their cytotoxicity and genotoxicity.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 272543 bytes, checksum: 2dcf69c50e38fd64e6faa78f1f0d9c46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-28 / The in vitro embryo production (IVP) efficiency has been limited by oocyte developmental competence and in vitro culture conditions. The use of Brilliant Cresyl Blue (BCB) dye has been described as an alternative method for selection of better quality oocytes. The aim of this work was to evaluate the selection of immature oocytes by BCB dye and the expression of transcripts involved in the transition from genome-maternal. In the first step, a total of 998 immature oocytes was distributed into: G1- Control: oocytes sent directly to in vitro maturation, not exposed to the dye; G2- Control incubation (mPBS): oocytes exposed to mPBS solution without BCB for 1h; G3- BCB+: oocytes exposed to mPBS added of BCB and positively stained; G4- BCB-: oocytes exposed to mPBS with BCB and colorless. Oocytes of each treatment were matured, fertilized and presumptive zygotes were cultured in vitro for eight days. The rates of cleavage were obtained at 48h after the beginning of the culture and the rates of blastocysts at eight days post fertilization. The cleavage rates between G1 and G3 were similar, but higher than G2 and G4, the ones which similar. The oocytes in G3 showed blastocyst rate similar to the G1 and G2, but higher than G4. In another step, total RNA was extracted from three pools of 12 immature oocytes obtained from each group and used to generate cDNA. The relative abundance of MATER and Zar-1 transcripts was analyzed by Real Time PCR. No difference was found on relative expression for MATER and Zar-1 among groups. In conclusion, the conventional morphologic selection associated to the selection by BCB dye can be used as method of selection of immature oocyte, distinguishing two oocytes populations with different development competence, however this double selection did not select more competent oocytes when used only the conventional morphologic assessment. Moreover, the dye is not able to select oocytes with different patterns of expression transcripts MATER and Zar-1. / A eficiência da produção in vitro de embriões (PIV) tem sido limitada pelas condições de cultivo in vitro e baixa competência dos oócitos utilizados na maturação in vitro. A utilização do corante Azul Cresil Brilhante (ACB) associado à seleção morfológica convencional, tem sido descrita como uma alternativa para seleção de oócitos de melhor qualidade. Objetivou-se neste trabalho avaliar o uso do ACB como método de seleção de oócitos imaturos bovinos, utilizando como parâmetros de avaliação o desenvolvimento embrionário e a expressão de genes envolvidos na transição do genoma materno-zigótica. Na primeira etapa, um total de 998 oócitos foram distribuídos em 4 grupos: G1-Controle: oócitos submetidos à maturação sem exposição ao corante ; G2- Controle de incubação (mPBS): oócitos mantidos em mPBS por 1h a temperatura de 38,5º C em ar atmosférico; G3-ACB+: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB, nas mesmas condições de G2, que apresentaram ao final da incubação citoplasma corado; G4- ACB-: oócitos mantidos em mPBS adicionado de ACB nas mesma condições de G2, que ao final da incubação apresentaram citoplasma incolor. Os oócitos de cada tratamento foram maturados, fertilizados e os possíveis zigotos cultivados in vitro por oito dias. As taxas de clivagem foram obtidas 48h após inicio do cultivo e as taxas de blastocistos oito dias após fecundação. As taxas de clivagem de G1 e G3 foram semelhantes, no entanto foram maiores que G2 e G4, as quais semelhantes. Os oócitos G3 apresentaram taxas de blastocisto semelhantes ao G1 e G2, mas foram maiores do que o G4. Na segunda etapa, o RNA total foi extraído de três pools de 12 oócitos imaturos obtidos dos mesmos tratamentos acima descritos e usados para gerar cDNA. A abundância relativa dos transcritos MATER e Zar-1 foi analisada por Real Time-PCR. Não foi encontrada diferença na expressão relativa dos transcritos MATER e Zar-1 entre os tratamentos. Em conclusão, à seleção morfológica convencional associada à seleção pelo corante ACB pode ser usada como método de seleção de oócitos imaturos, distinguindo duas populações de oócitos com diferente competência de desenvolvimento, no entanto esta dupla seleção não selecionou oócitos mais competentes quando utilizado unicamente o critério morfológico convencional de seleção. Além disso, o corante não foi capaz de selecionar oócitos com diferente padrão na expressão dos transcritos MATER e Zar-1.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

L'analyse de sensibilité globale basée sur la variance permet de hiérarchiser les sources d'incertitude présentes dans un modèle numérique et d'identifier celles qui contribuent le plus à la variabilité de la sortie du modèle. Ce type d'analyse peine à se développer dans les sciences de la Terre et de l'Environnement, en partie à cause de la dimension spatiale de nombreux modèles numériques, dont les variables d'entrée et/ou de sortie peuvent être des données distribuées dans l'espace. Le travail de thèse réalisé a pour ambition de montrer comment l'analyse de sensibilité globale peut être adaptée pour tenir compte des spécificités de ces modèles numériques spatialisés, notamment la dépendance spatiale dans les données d'entrée et les questions liées au changement d'échelle spatiale. Ce travail s'appuie sur une étude de cas approfondie du code NOE, qui est un modèle numérique spatialisé d'analyse coût-bénéfice de projets de prévention du risque d'inondation. On s'intéresse dans un premier temps à l'estimation d'indices de sensibilité associés à des variables d'entrée spatialisées. L'approche retenue du " map labelling " permet de rendre compte de l'auto-corrélation spatiale de ces variables et d'étudier son impact sur la sortie du modèle. On explore ensuite le lien entre la notion d'" échelle " et l'analyse de sensibilité de modèles spatialisés. On propose de définir les indices de sensibilité " zonaux " et " ponctuels " pour mettre en évidence l'impact du support spatial de la sortie d'un modèle sur la hiérarchisation des sources d'incertitude. On établit ensuite, sous certaines conditions, des propriétés formelles de ces indices de sensibilité. Ces résultats montrent notamment que l'indice de sensibilité zonal d'une variable d'entrée spatialisée diminue à mesure que s'agrandit le support spatial sur lequel est agrégée la sortie du modèle. L'application au modèle NOE des méthodologies développées se révèle riche en enseignements pour une meilleure prise en compte des incertitudes dans les modèles d'analyse coût-bénéfice des projets de prévention du risque d'inondation.

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These bacteria may also present the persistence phenotype, where a small population of susceptible bacteria survives after a high antimicrobial concentration treatment ? which the fraction of surviving cells may be affected by environmental conditions present in the medium. Thus, the aim of this study was to evaluate the influence of oxygen availability and galactose, sodium citrate and sheep blood presence in the formation of these cells upon meropenem and tobramycin exposure. For this, 10 clinical isolates, sent by the Clinical Pathology Laboratory of S?o Lucas Hospital, had their susceptibility characterized regarding the minimum inhibitory concentration (MIC) to tobramycin and meropenem. The influence of different environmental conditions was analyzed by exposing late exponential-phase cultures to meropenem and tobramycin for 48 h in the presence of sodium citrate, galactose and sheep blood; or in aerated or static condition. For all evaluations, aliquots were removed at determined time points, followed by serial decimal dilutions and drop plating technique on nutrient agar, to estimate the fraction of surviving cells. Aerated condition promoted a reduction of persister cells fraction ? independent of antimicrobial used ?, and, in addition, concentrations of tobramycin higher than 10X MIC provided even lower levels of these cells after 48 h of treatment. Regarding the presence of different sources of nutrients, it was observed that sodium citrate presence in 48 h of meropenem treatment promoted lower fraction of surviving cells when compared to this same antibiotic associated with galactose; whereas tobramycin exposure in the presence of galactose provided a reduced formation of persister cells in the first 6 h of treatment. Sheep blood, however, did not affect the fraction of surviving cells after 48 h of treatment, independently of the antimicrobial used. A remarkable heterogeneity in the behavior of all 10 isolates used in the study was present, regardless the conditions that have been exposed. Thus, it is possible that the conditions imposed in the experiments have influenced in the formation of persister cells by enhanced production of reactive oxygen species, and through the availability of more targets for antibiotic action by the bacterial growth stimulation. / Os pat?genos oportunistas do complexo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii s?o respons?veis por diversas enfermidades, acometendo principalmente pacientes de unidades de tratamento intensivo e imunocomprometidos. Estas bact?rias podem ainda apresentar o fen?tipo de persist?ncia, onde uma pequena popula??o de bact?rias suscet?veis sobrevive ap?s o tratamento com elevadas concentra??es de antimicrobianos - podendo essa fra??o de c?lulas sobreviventes ser afetada pelas condi??es ambientais presentes no meio. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influ?ncia da disponibilidade de oxig?nio e da presen?a de galactose, citrato de s?dio e sangue de carneiro na forma??o destas c?lulas frente ? exposi??o ao meropenem e ? tobramicina. Para isto, 10 isolados cl?nicos, cedidos pelo Laborat?rio de Patologia Cl?nica do Hospital S?o Lucas da PUCRS, tiveram sua suscetibilidade caracterizada quanto ? concentra??o inibit?ria m?nima (CIM) de tobramicina e de meropenem. A influ?ncia das diferentes condi??es ambientais foi analisada ao expor culturas de fase exponencial tardia ao meropenem e ? tobramicina por 48 h na presen?a de citrato de s?dio, galactose ou sangue de carneiro; ou em uma condi??o aerada ou est?tica. Para todas as observa??es, al?quotas foram removidas em tempos determinados, seguidas de dilui??es decimais seriadas e semeadura pela t?cnica da gota em ?gar nutriente, para estimar a fra??o de c?lulas sobreviventes. A condi??o aerada promoveu uma diminui??o na fra??o de c?lulas persisters - independente do antimicrobiano utilizado -, e tamb?m verificarmos que concentra??es superiores a 10X a CIM de tobramicina proporcionaram n?veis ainda menores destas c?lulas ap?s 48 h de tratamento. Quanto ? presen?a de diferentes fontes de nutrientes, foi observado que a presen?a de citrato de s?dio no tratamento de 48 h com meropenem proporcionou uma menor fra??o de c?lulas sobreviventes comparado a quando este mesmo antimicrobiano estava associado ? galactose; enquanto a exposi??o ? tobramicina na presen?a de galactose promoveu uma menor forma??o de c?lulas persisters nas primeiras 6 h de tratamento. O sangue de carneiro, entretanto, n?o afetou a fra??o de c?lulas sobreviventes ap?s 48 h de tratamento, independente do antimicrobiano utilizado. P?de-se ainda constatar uma not?vel heterogeneidade no comportamento de todos os 10 isolados utilizados no estudo, independente das condi??es as quais foram expostos. Desta forma, ? poss?vel que as condi??es avaliadas nos experimentos tenham influenciado a forma??o c?lulas persisters atrav?s da maior produ??o de esp?cies reativas de oxig?nio, e por disponibilizar mais alvos para a a??o dos antimicrobianos ao estimular o crescimento bacteriano.

En la actualidad, la Internet de las Cosas (Internet of Things, IoT) es una tecnología esencial para la próxima generación de sistemas inalámbricos. La conectividad es la base de IoT, y el tipo de acceso requerido dependerá de la naturaleza de la aplicación. Uno de los principales facilitadores del entorno IoT es la comunicación machine-to-machine (M2M) y, en particular, su enorme potencial para ofrecer conectividad ubicua entre dispositivos inteligentes. Las redes celulares son la elección natural para las aplicaciones emergentes de IoT y M2M. Un desafío importante en las redes celulares es conseguir que la red sea capaz de manejar escenarios de acceso masivo en los que numerosos dispositivos utilizan comunicaciones M2M. Por otro lado, los sistemas celulares han experimentado un tremendo desarrollo en las últimas décadas: incorporan tecnología sofisticada y nuevos algoritmos para ofrecer una amplia gama de servicios. El modelado y análisis del rendimiento de estas redes multiservicio es también una tarea desafiante que podría requerir un gran esfuerzo computacional. Para abordar los desafíos anteriores, nos centramos en primer lugar en el diseño y la evaluación de las prestaciones de nuevos mecanismos de control de acceso para hacer frente a las comunicaciones masivas M2M en redes celulares. Posteriormente nos ocupamos de la evaluación de prestaciones de redes multiservicio y proponemos una nueva técnica analítica que ofrece precisión y eficiencia computacional. Nuestro principal objetivo es proporcionar soluciones para aliviar la congestión en la red de acceso radio cuando un gran número de dispositivos M2M intentan conectarse a la red. Consideramos los siguientes tipos de escenarios: (i) los dispositivos M2M se conectan directamente a las estaciones base celulares, y (ii) forman grupos y los datos se envían a concentradores de tráfico (gateways) que les proporcionan acceso a la infraestructura. En el primer escenario, dado que el número de dispositivos añadidos a la red aumenta continuamente, esta debería ser capaz de manejar el considerable incremento en las solicitudes de acceso. El 3rd Generation Partnership Project (3GPP) ha propuesto el access class barring (ACB) como una solución práctica para el control de congestión en la red de acceso radio y la red troncal. El ajuste correcto de los parámetros de ACB de acuerdo con la intensidad del tráfico es crítico, pero cómo hacerlo de forma dinámica y autónoma es un problema complejo cuya solución no está recogida en las especificaciones del 3GPP. Esta tesis doctoral contribuye al análisis del rendimiento y al diseño de nuevos algoritmos que implementen efectivamente este mecanismo, y así superar los desafíos introducidos por las comunicaciones masivas M2M. En el segundo escenario, dado que la heterogeneidad de los dispositivos IoT y las arquitecturas celulares basadas en hardware imponen desafíos aún mayores para permitir una comunicación flexible y eficiente en los sistemas inalámbricos 5G, esta tesis doctoral también contribuye al diseño de software-defined gateways (SD-GWs) en una nueva arquitectura propuesta para redes inalámbricas definidas por software que se denomina SoftAir. Esto permite manejar tanto un gran número de dispositivos como el volumen de datos que estarán vertiendo en la red. Otra contribución de esta tesis doctoral es la propuesta de una técnica novedosa para el análisis de prestaciones de redes multiservicio de alta capacidad que se basa en un nuevo enfoque del modelizado analítico de sistemas que operan a diferentes escalas temporales. Este enfoque utiliza el análisis del transitorio de una serie de subcadenas absorbentes y lo denominamos absorbing Markov chain approximation (AMCA). Nuestros resultados muestran que para un coste computacional dado, AMCA calcula los parámetros de prestaciones habituales de un sistema con mayor precisión, en comparación con los resultados obtenidos por otr / Nowadays, Internet of Things (IoT) is an essential technology for the upcoming generation of wireless systems. Connectivity is the foundation for IoT, and the type of access required will depend on the nature of the application. One of the leading facilitators of the IoT environment is machine-to-machine (M2M) communication, and particularly, its tremendous potential to offer ubiquitous connectivity among intelligent devices. Cellular networks are the natural choice for emerging IoT and M2M applications. A major challenge in cellular networks is to make the network capable of handling massive access scenarios in which myriad devices deploy M2M communications. On the other hand, cellular systems have seen a tremendous development in recent decades; they incorporate sophisticated technology and algorithms to offer a broad range of services. The modeling and performance analysis of these large multi-service networks is also a challenging task that might require high computational effort. To address the above challenges, we first concentrate on the design and performance evaluation of novel access control schemes to deal with massive M2M communications. Then, we focus on the performance evaluation of large multi-service networks and propose a novel analytical technique that features accuracy and computational efficiency. Our main objective is to provide solutions to ease the congestion in the radio access or core network when massive M2M devices try to connect to the network. We consider the following two types of scenarios: (i) massive M2M devices connect directly to cellular base stations, and (ii) they form clusters and the data is forwarded to gateways that provide them with access to the infrastructure. In the first scenario, as the number of devices added to the network is constantly increasing, the network should handle the considerable increment in access requests. Access class barring (ACB) is proposed by the 3rd Generation Partnership Project (3GPP) as a practical congestion control solution in the radio access and core network. The proper tuning of the ACB parameters according to the traffic intensity is critical, but how to do so dynamically and autonomously is a challenging task that has not been specified. Thus, this dissertation contributes to the performance analysis and optimal design of novel algorithms to implement effectively this barring scheme and overcome the challenges introduced by massive M2M communications. In the second scenario, since the heterogeneity of IoT devices and the hardware-based cellular architectures impose even greater challenges to enable flexible and efficient communication in 5G wireless systems, this dissertation also contributes to the design of software-defined gateways (SD-GWs) in a new architecture proposed for wireless software-defined networks called SoftAir. The deployment of these SD-GWs represents an alternative solution aiming at handling both a vast number of devices and the volume of data they will be pouring into the network. Another contribution of this dissertation is to propose a novel technique for the performance analysis of large multi-service networks. The underlying complexity of the network, particularly concerning its size and the ample range of configuration options, makes the solution of the analytical models computationally costly. However, a typical characteristic of these networks is that they support multiple types of traffic flows operating at different time-scales. This time-scale separation can be exploited to reduce considerably the computational cost associated to determine the key performance indicators. Thus, we propose a novel analytical modeling approach based on the transient regime analysis, that we name absorbing Markov chain approximation (AMCA). For a given computational cost, AMCA finds common performance indicators with greater accuracy, when compared to the results obtained by other approximate methods proposed in the literature. / En l'actualitat, la Internet de les Coses (Internet of Things, IoT) és una tecnologia essencial per a la propera generació de sistemes sense fil. La connectivitat és la base d'IoT, i el tipus d'accés requerit dependrà de la naturalesa de l'aplicació. Un dels principals facilitadors de l'entorn IoT és la comunicació machine-to-machine (M2M) i, en particular, el seu enorme potencial per oferir connectivitat ubiqua entre dispositius intel · ligents. Les xarxes mòbils són l'elecció natural per a les aplicacions emergents de IoT i M2M. Un desafiament important en les xarxes mòbils que actualment está rebent molta atenció és aconseguir que la xarxa siga capaç de gestionar escenaris d'accés massiu en què una gran quantitat de dispositius utilitzen comunicacions M2M. D'altra banda, els sistemes mòbils han experimentat un gran desenvolupament en les últimes dècades: incorporen tecnologia sofisticada i nous algoritmes per oferir una àmplia gamma de serveis. El modelatge i análisi del rendiment d'aquestes xarxes multiservei és també un desafiament important que podria requerir un gran esforç computacional. Per abordar els desafiaments anteriors, en aquesta tesi doctoral ens centrem en primer lloc en el disseny i l'avaluació de les prestacions de nous mecanismes de control d'accés per fer front a les comunicacions massives M2M en xarxes cel · lulars. Posteriorment ens ocupem de l'avaluació de prestacions de xarxes multiservei i proposem una nova tècnica analítica que ofereix precisió i eficiència computacional. El nostre principal objectiu és proporcionar solucions per a alleujar la congestió a la xarxa d'accés ràdio quan un gran nombre de dispositius M2M intenten connectar-se a la xarxa. Considerem els dos tipus d'escenaris següents: (i) els dispositius M2M es connecten directament a les estacions base cel · lulars, i (ii) formen grups i les dades s'envien a concentradors de trànsit (gateways) que els proporcionen accés a la infraestructura. En el primer escenari, atès que el nombre de dispositius afegits a la xarxa augmenta contínuament, aquesta hauria de ser capaç de gestionar el considerable increment en les sol · licituds d'accés. El 3rd Generation Partnership Project (3GPP) ha proposat l'access class barring (ACB) com una solució pràctica per al control de congestió a la xarxa d'accès ràdio i la xarxa troncal. L'ajust correcte dels paràmetres d'ACB d'acord amb la intensitat del trànsit és crític, però com fer-ho de forma dinàmica i autònoma és un problema complex, la solució del qual no està recollida en les especificacions del 3GPP. Aquesta tesi doctoral contribueix a l'anàlisi del rendiment i al disseny de nous algoritmes que implementen efectivament aquest mecanisme, i així superar els desafiaments introduïts per les comunicacions massives M2M en les xarxes mòbils actuals i futures. En el segon escenari, atès que l'heterogeneïtat dels dispositius IoT i les arquitectures cel · lulars basades en hardware imposen desafiaments encara més grans per permetre una comunicació flexible i eficient en els sistemes sense fil 5G, aquesta tesi doctoral també contribueix al disseny de software-defined gateways (SD-GWS) en una nova arquitectura proposada per a xarxes sense fils definides per programari que s'anomena SoftAir. Això permet gestionar tant un gran nombre de dispositius com el volum de dades que estaran abocant a la xarxa. Una altra contribució d'aquesta tesi doctoral és la proposta d'una tècnica innovadora per a l'anàlisi de prestacions de xarxes multiservei d'alta capacitat que es basa en un nou enfocament del modelitzat analític de sistemes que operen a diferents escales temporals. Aquest enfocament utilitza l'anàlisi del transitori d'una sèrie de subcadenes absorbents i l'anomenem absorbing Markov chain Approximation (AMCA). Els nostres resultats mostren que per a un cost computacional donat, AMCA calcula els paràmetres de prestacions habituals d / Tello Oquendo, LP. (2018). Design and Performance Analysis of Access Control Mechanisms for Massive Machine-to-Machine Communications in Wireless Cellular Networks [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/107946