Para avaliar um sistema integrado de aquicultura foram realizadas análises microbiológicas da água utilizada neste sistema e determinada a incidência e resistência antimicrobiana dos enteropatógenos no ecossistema relacionado. As amostras de água testadas apresentaram 32,9% de taxas de coliformes fecais (≤1.600/100mL), de acordo com a OMS para piscicultura em águas residuais. Salmonella spp. foram detectadas em 14,5% das amostras. De um total de 33 cepas, 15,1% eram resistentes a um ou dois antimicrobianos testados e resistência a múltiplas drogas não foi observada. Aeromonas spp. foram identificadas em 91,6% das amostras. De um total de 416 cepas, resistência a uma classe de antimicrobianos foi observada em 66,3% e a multirresistência às drogas em 37,7%. Na avaliação da virulência dos isolados de Aeromonas hydrophila, 85,3% das cepas apresentaram Beta-hemólise nos três diferentes tipos de eritrócitos empregados e 99,1% nos eritrócitos de coelho e cavalo, sendo possível a caracterização através da PCR do gene aerA e lip, em 100% das amostras. Os resultados obtidos apontam para a relevância quanto às vantagens da implementação de um sistema integrado, disponibilizando alimentos com custo reduzido, porém este sistema necessita de um controle rígido e efetivo para que estes produtos não constituam veículos para a disseminação de doenças. / To evaluate an integrated aquaculture system, microbiological analyses of water used in this system were carried out and the incidence and antimicrobial resistance of enteropathogens were determined in the related ecosystem. Water samples tested had 32.9% of fecal coliforms rates (≤1600/100mL) in accordance with WHO for psiculture in wastewater. Salmonella spp. were detected in 14.5% of the samples. From a total of 33 strains, 15.1% were resistant to one or two antimicrobial drugs tested and multidrug-resistance was not observed. Aeromonas spp. were identified in 91.6% of the samples. From a total of 416 strains, resistance to one antimicrobial class was observed in 66.3% and multidrug-resistance in 37.7%. In relation to virulence factors of Aeromonas hydrophila, 85.3% of the strains showed beta-hemolysis in three different types of erythrocytes and 99.1% in horse and rabbit erythrocytes. It was possible to characterize by PCR assay, the genes aerA and lip in 100% of the strains. The results indicate the relevance of the benefits of implementing an integrated system, providing food with reduced cost, but this system requires a strict and effective control so that these products do not constitute a vehicle for the spread of disease.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Multiple antibiotic resistant Staphylococcus aureus represent a big problem in the control of hospital infections. Resistance pattern of isolated S. aureus presented in central vascular catheter of patients interned in the Intensive Therapy Center of the School Hospital of the Universidade Federal do Triângulo Mineiro was evaluated by antimicrobial tests, in which it was possible to detect high level of resistance to penicillin (94.7%) and ampicillin (86.8%), only considering the samples that presented resistance, beyond one strain that presented resistance to vancomycin. The oxacillin resistance evaluation was confirmed by PCR with the presence of the gene mecA. The association of the results obtained in the phenotypic test with the presence of the gene mecA, considered the reference method, was confirmed through the Table of Contingency and the Test of Χ2 with Yates correction. In 49 isolates evaluated, 23 were resistant to oxacillin, being possible to detect the mecA gene in 21 samples. The test of molecular screening by RAPD allowed the separation of the phenotypic groups in two different grouping patterns, the ones that presented resistance to antimicrobials and the sensible ones, with a dissimilarity of 73,3%. There is a higher genetic similarity between groups that present the same type of resistance, thus confirming the phenotypic analyses. Molecular markers for detection of resistance to oxacillin, like the gene mecA, were more sensitive than the phenotypic markers. / Staphylococcus aureus resistentes a múltiplos antibióticos representam um grande problema no controle das infecções hospitalares. O perfil de resistência a antimicrobianos de isolados de S. aureus presentes em cateteres vasculares central de pacientes internados em leitos do centro de terapia intensiva do Hospital Escola da Universidade Federal do Triângulo Mineiro foi avaliado por meio de testes antimicrobianos, pelos quais foi possível detectar um elevado nível de resistência à penicilina (94,7%) e ampicilina (86,8%), considerando-se somente as amostras que possuíam resistência, além de uma cepa resistente à vancomicina. A avaliação da resistência à oxacilina foi confirmada por PCR através da presença do gene mecA. A associação dos resultados obtidos no teste fenotípico com a presença do gene mecA, considerado um método de referência, foi confirmada através da Tabela de Contingência e do Teste de Χ2 com correção de Yates. Em 49 amostras avaliadas, 23 apresentaram resistência à oxacilina, sendo possível detectar a presença do gene de resistência mecA em 21 amostras. O teste de tipagem molecular por RAPD permitiu a separação dos grupos fenotípicos em dois padrões diferentes de agrupamento, os que possuíam resistência e os sensíveis aos antimicrobianos, com uma dissimilaridade de 73,3%. Há maior similaridade genética entre grupos que apresentam o mesmo tipo de resistência, confirmando assim as análises fenotípicas. Marcadores moleculares para detecção de resistência à oxacilina, como o gene mecA, foram mais sensíveis que os marcadores fenotípicos. / Mestre em Genética e Bioquímica

O presente estudo teve o objetivo de avaliar o perfil de sensibilidade in vitro de 171 isolados de Staphylococcus hyicus a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A coleta das amostras foi realizada através de suabes de pele de leitões das fases de maternidade e creche provenientes de casos de epidermite exsudativa. As amostras foram submetidas ao isolamento e identificação e compreenderam dois grupos, classificadas de acordo com o período em que foram coletadas. O primeiro grupo foi formado por amostras históricas (80 isolados) provenientes de estudos anteriores entre 1975 a 1984 no Rio Grande do Sul, e mantidos liofilizados no laboratório de sanidade do Setor de Suínos (FAVET-UFRGS), e o segundo grupo (91 isolados) coletados no ano de 2012 nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e Minas Gerais. A realização do teste de susceptibilidade foi feita utilizando a técnica de diluição em ágar conforme protocolo M31-A3 do CLSI. Através de valores de Concentração Inibitória Mínima (CIM), foi obtido o perfil quantitativo de resistência em relação a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A análise estatística possibilitou a avaliação de mudanças entre os dois grupos de amostras isoladas em diferentes épocas. Os resultados obtidos nesse estudo revelaram que para todas as cepas obtidas os beta-lactâmicos (ceftiofur e amoxicilina) foram os antimicrobianos mais ativos, com CIM para 90% dos isolados históricos (CIM90) de 0.5 μg/mL e 2.0 μg/mL para isolados recentes. A lincomicina, sulfametoxazol e tilmicosina foram os antimicrobianos menos ativos, com CIM90 variando de 128 a 256 μg/mL. O aumento na resistência entre o grupo de amostras históricas e recentes foi observado em seis dos nove antimicrobianos testados (amoxicilina, enrofloxacina, florfenicol, lincomicina, tilmicosina e tiamulina), em particular para a enrofloxacina e tiamulina. No caso do sulfametoxazole e tetraciclina, não foram observadas diferenças significativas na resistência, entretanto altos valores de CIM foram observados nos dois grupos avaliados (p<0,05). / This study was performed to evaluate the "in vitro" susceptibility profile of 171 Staphylococcus hyicus isolates from cases of exudative epidermitis to nine antibiotics used in pig production. Sample consisted of skin swabs from weanling and nursery piglets from farms suspected of exudative epidermitis. Samples were processed for bacterial isolation and identification and divided in two groups, according to the time of collection. The first group comprised historical samples (80 isolates) from previous studies (1975-1984) conducted in the state of Rio Grande do Sul, and stocked lyophilized in Swine Health Lab (FAVET-UFRGS), and the other group (91 isolates) formed by isolates collected in 2012 in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Minas Gerais, Brazil. The test was carried out using agar dilution protocol, according to M31-A3 CLSI. Through Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) data, analysis was performed to get a quantitative profile of resistance to antimicrobials. Statistical analysis was performed to evaluate changes in resistance between the groups studied. Results showed that beta-lactam (ceftiofur and amoxicillin) were the most active antimicrobials for all strains tested, with the lowest MIC for inhibition of 90% of isolates (MIC90) of 0.5 μg/ml for historical isolates and of 2.0 μg/ml for recent isolates. Lincomycin, sulfamethoxazole and tilmicosin were the less active antimicrobials, with MIC90 varying from 128 to 256 μg/ml. Significant increase in resistance between historical and recent strains was observed for six out of nine antimicrobials tested (amoxicillin, enrofloxacin, florfenicol, lincomycin, tilmicosin and tiamulin), in particular for enrofloxacin e tiamulin. For sulfamethoxazole and tetracycline there was no significant differences in resistance between strains collected in different periods, however high MIC values were observed for these drugs.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anna Carolina da Costa.pdf: 691308 bytes, checksum: 6714037f8e5e5965d7add36bb39f6e67 (MD5) Previous issue date: 2010-02-25 / This study was conducted on 12 dairy farms and in laboratories Bacteriology and Quality of Milk, both of the School of Veterinary Medicine Federal University of Goias objective of this study to characterize the microorganisms in milk from cows with subclinical mastitis and relate the pathogens identified with the variation of cell count somatic (CCS), also identify the risk factors and the likely sources of infection to subclinical mastitis, by visual observations, application of questionnaires, by isolation and identification of pathogens from the hands of milkers, swabs and solutions liners and pre posdipping. The profile sensitivity to key antimicrobial and bactericidal effect of the extract of Calendula officinalis has been determined on the pathogens isolated in most cases subclinical mastitis in herds. To evaluate the variation of CCS in relation to the pathogens involved, we used analysis of frequency and Chi-square, and the risk factors were analyzed for Logistic regression to test associations between variables and increased CCS. It was found that agents with higher frequency of isolation were S. aureus (28.8% of samples), E. coli (19.8%) and Enterobacter spp. (11.3%). CCS average herd was approximately 875 x 103cél/mL, and the type etiologic agent of a significant influence on the variation in SCC. It was found that S. aureus and Streptococcus spp. were responsible for greater increase in SCC, with an average of 1192 x 1174 x 103cél/mL and 103cél/mL, respectively. This variation was significantly higher (p <0.05) when compared to the average SCC in milk were the other isolates microorganisms: S. coagulase negative, Pseudomonas spp., E. coli and Enterobacter spp. It was found that the risk factors that showed significant association with increased SCC were unsatisfactory hygiene environment and milker, inadequate drying of the teats, and factors related to milking equipment, such as poor maintenance and inadequate cleaning. The hands of the milkers and the sets of liners were able to convey both the infectious agents as the environment, important in epidemiology of bovine mastitis. It was also concluded that the extract of marigold showed bactericidal activity in vitro against S. aureus isolates, and antimicrobial agents used showed variation in the spectrum of sensitivity. / O presente trabalho foi conduzido em 12 explorações leiteiras e nos Laboratórios de Bacteriologia e de Qualidade de Leite, ambos da Escola de Veterinária da Universidade Federal de Goiás. Objetivou-se neste estudo caracterizar a população microbiana presente no leite de vacas com mastite subclínica e relacionar os patógenos identificados com a variação da contagem de células somáticas (CCS), além de identificar os fatores de risco e as prováveis fontes de infecção para a mastite subclínica, através de observações visuais, aplicação de questionários, pelo isolamento e identificação de patógenos das mãos de ordenhadores, suabes de teteiras e em soluções de pre e posdipping. O perfil de sensibilidade aos principais antimicrobianos e o efeito bactericida do extrato da Calendula officinalis foi determinado sobre os patógenos mais isolados em casos de mastite subclínica dos rebanhos estudados. Para avaliação da variação da CCS em relação aos patógenos envolvidos utilizou-se análises de frequência e o teste de qui-quadrado, e para os fatores de risco foram realizadas análises de Regressão Logística para testar associações entre as variáveis e o aumento da CCS. Constatou-se que os agentes com maior frequência de isolamento foram S. aureus (28,8% das amostras), E. coli (19,8%) e Enterobacter spp. (11,3%). A CCS média dos rebanhos foi de aproximadamente 875 x 103cél/mL, sendo que o tipo de agente etiológico apresentou efeito significativo sobre a variação na CCS. Verificou-se que S. aureus e Streptococcus spp. foram os responsáveis pela maior elevação da CCS, com média de 1.192 x 103cél/mL e 1.174 x 103cél/mL, respectivamente. Essa variação foi significativamente maior (p < 0,05) ao ser comparado às CCS médias do leite em que foram isolados os demais microrganismos: S. coagulase negativo, Pseudomonas spp., E. coli e Enterobacter spp. Verificou-se que os fatores de risco que apresentaram associação significativa com o aumento da CCS foram higiene insatisfatória do ambiente e ordenhador, secagem inadequada dos tetos, e fatores relacionados ao equipamento de ordenha, como falta de manutenção e limpeza inadequada. As mãos dos ordenhadores assim como os conjuntos de teteiras foram capazes de veicular tanto os agentes contagiosos quanto os ambientais, importantes na epidemiologia da mastite bovina. Conclui-se também que o extrato de calêndula apresentou atividade bactericida in vitro sobre S. aureus isolados, e os antimicrobianos utilizados apresentaram variação no espectro de sensibilidade.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-21T11:19:26Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sarah Inês Rodrigues Rosa - 2015.pdf: 3749246 bytes, checksum: 1a9a8f107442eeddf5e57f4eaaf4e954 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-21T11:22:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sarah Inês Rodrigues Rosa - 2015.pdf: 3749246 bytes, checksum: 1a9a8f107442eeddf5e57f4eaaf4e954 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T11:22:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Sarah Inês Rodrigues Rosa - 2015.pdf: 3749246 bytes, checksum: 1a9a8f107442eeddf5e57f4eaaf4e954 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Campylobacteriosis have been related as main cause of gastroenteric diseases in Europe and North America. In Brazil, the lack of data about this disease hinders a comparison with other countries and difficult the decision making to combat the causative bacterium. Due high incidence of Campylobacter spp. in meat, main in poultry carcasses and by-products, this study aimed isolate and identify this bacteria in chicken fresh sausage sampled in Aparecida de Goiânia, in Goiás state. Thirty-four samples were collected in the period from July to October, each one were subdivided in 68 sub-samples, half of sub-samples were analyzed immediately, in fresh/chilled condition, and the other half were frozen for further analysis. In 11.65% of fresh samples were isolated Campylobacter coli and Campylobacter lari. For the frozen samples, no positive results were observed. Worked also with simple and double concentration of enrichment medium, recovering three positive samples in the simple one and a positive sample in the double. It was observed 100% resistance against the antimicrobial bases tested. It is recommended more studies of this nature, broadening the scope as to poultry products and greater number of samples; therefore, it is believed that they may evaluated the prevalence of this important microorganism in animal products in the Goiás state. Such investigations may provide important information for the National Program for Monitoring Prevalence and Bacterial Resistance in Chicken, established in 2008 by the National Agency of Sanitary Surveillance of the Ministry of Health. / Campilobacteriose tem sido frequentemente relatada como principal causadora de doenças gastroentéricas na Europa e América do Norte. No Brasil, a escassez de dados em relação à notificação dessa enfermidade dificulta uma comparação com outros países e a tomada de decisões quanto a políticas de combate à bactéria causadora. Devido a relatos de alta incidência de Campylobacter spp. em carnes, principalmente em carcaças de frango e derivados, este estudo teve como objetivo o isolamento e identificação dessa bactéria em linguiças de frango do tipo frescal obtidas no município de Aparecida de Goiânia, no estado de Goiás. Foram coletadas 34 amostras do produto no período de julho a outubro de 2014, cada uma delas foi dividida em duas partes totalizado 68 subamostras, metade delas foram imediatamente analisadas, na condição fresca/refrigerada, e metade foi submetida ao congelamento para posterior análise. Em 11,75% das amostras frescas pesquisadas, isolou-se Campylobacter coli e Campylobacter lari. Não foi observado resultado positivo para Campylobacter spp. nas linguiças congeladas. Trabalhou-se também, com simples e dupla concentração do meio de enriquecimento, recuperando três amostras positivas no meio simples e uma amostra positiva no meio em dupla concentração. Foi observada 100% de resistência frente às bases antibióticas testadas. Recomenda-se mais estudos desta natureza, ampliando a abrangência quanto aos produtos avícolas e com maior número de amostras, pois acredita-se que poderão avaliar a prevalência deste importante micro-organismo em produtos de origem animal no estado de Goiás. Tais investigações poderão contribuir com informações importantes para o Programa Nacional de Monitoramento da Prevalência e da Resistência Bacteriana em Frango, estabelecido em 2008 pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária do Ministério da Saúde.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-01-11T10:54:50Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-01-11T10:55:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-11T10:55:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Robmary Matias de Almeida - 2017.pdf: 3556874 bytes, checksum: 27db72af224144cb18266e9f23af2021 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Haemophilus influenzae (Hi) and Haemophilus haemolyticus (Hhae) are important microorganisms present in human nasopharyngeal colonization, with rates varying according to locality, sampling frequency, individual and social factors. Hi is a pathological agent that causes diseases such as meningitis, pneumonia, sepsis and otitis media, which presents in encapsulated forms with six serotypes a, b, c, d, e, f, and uncapsulated or non-typeable (HiNT). Hhae is a nasopharyngeal comensal and rarely causes invasive diseases. The objective of this study was to estimate the prevalence of Hi and Hhae in children under five years of age attending public day care centers in the city of Goiânia-GO, to determine the circulating serotypes, to analyze the risk factors associated with the nasopharyngeal carrige, as well as to characterize the antimicrobial resistance of Hi. Were analyzed 1.188 nasopharynx swabs from healthy children between 36 and 59 months of age from October to December 2010. The samples were submitted to bacterial culture for the isolation of Haemophilus spp. For the identification of the species, the Real-Time Polymerase Chain Reaction (TR-PCR) was used. Serotyping, as well as detection of the bla TEM-1 and bla ROB-1 resistance genes, was performed through the conventional Polymerase Chain Reaction. Phenotypic detection for β-lactamase production was performed by the chromogenic cephalosporin test. The database was constructed with the statistical software SPSS (Chicago, IL, USA) version 18.0. Risk factors, children aged 3 years, low maternal schooling and three or more children under 10 years of age living in the same household of the child recruited in the study were evaluated by multivariate Poisson regression. The prevalence of Hi carriers was 54.4% (646 / 1.188), 0.9% (n = 11) of the serotype e, 0.9% (n = 11) of serotype f, 0.2% (n = 2) serotype a, 0.08% (n = 1) serotype d, 0.0% (n = 0) serotype b and c and 52.3% (621 / 1.188) of HiNT. The prevalence of Hhae was 1.2% (14 / 1.188). Among the encapsulated Hi, the prevalence of the bla TEM-1 gene was 4.0% (1/25) and the bla ROB-1 gene was 4.0% (1/25). Among the 20% (124/621) of HiNT analysed, the prevalence of the bla TEM-1 gene was 13,7% (17/124) and the prevalence of the bla TEM-1 gene was 1,6% (2/124). Continuous surveillance of Haemophilus spp. as a colonizer, is necessary to evaluate its transmission and dissemination in the population where there is a higher risk of invasive disease, to control Hib re-emergence after the vaccinacion and to continue to monitor antimicrobial resistance. / Haemophilus influenzae (Hi) e Haemophilus haemolyticus (Hhae) são importantes microrganismos presentes na colonização nasofaríngea humana, com taxas que variam de acordo com a localidade, frequência de amostragem, fatores individuais e sociais. O Hi é um agente patológico causador de doenças como meningite, pneumonia, sepse e otite média que se apresenta sob as formas capsuladas com seis sorotipos a, b, c, d, e, f, e não capsuladas ounão tipáveis (HiNT). O Hhae é comensal nasofaríngeo e raramente causa doenças invasivas. O objetivo do estudo foi estimar a prevalência de Hi e Hhae em crianças menores de cinco anos de idade que frequentam creches públicas no município de Goiânia-GO, determinar os sorotipos circulantes, analisar os fatores de risco associados ao portador nasofaríngeo, bem como caracterizar a resistência antimicrobiana dos Hi. Foram analisados 1.188 swabs de nasofaringe de crianças saudáveis entre 36 e 59 meses de idade, no período de outubro a dezembro de 2010. As amostras foram submetidas à cultura bacteriana para o isolamento do Haemophilus spp. Para identificação da espécie foi utilizada a Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (PCR-TR). A sorotipagem, assim como a detecção dos genes de resistência bla TEM-1 e bla ROB-1 , foi realizada através da Reação em Cadeia da Polimerase convencional. A detecção fenotípica para produção da β-lactamase foi executada pelo teste da cefalosporina cromogênica. A base de dados foi construída com o programa estatístico SPSS (Chicago, IL, USA) versão 18.0. Os fatores de risco, crianças com idade de 3 anos, baixa escolaridade da mãe e três ou mais crianças menores de 10 anos de idade convivendo no mesmo domicilio da criança recrutada no estudo, foram avaliados por regressão de Poisson multivariada. A prevalência de portador do Hi foi de 54,4% (646/1.188) sendo 0,9% (n=11) do sorotipo e, 0,9% (n=11) do sorotipo f, 0,2% (n=2) do sorotipo a, 0,08%(n=1) do sorotipo d, 0,0% (n=0) dos sorotipos b e c e 52,3% (621/1.188) de HiNT. A prevalência do Hhae foi de 1,2% (14/1.188). Entre os Hi encapsulados a prevalência do gene bla TEM-1 foi de 4,0% (1/25) e do gene bla ROB-1 foi de 4,0% (1/25). Em 20% (124/621) dos HiNT, a prevalência do gene bla TEM-1 foi de 13,7% (17/124) e do gene bla ROB-1 de 1,6% (2/124). A vigilância contínua do Haemophilus spp. como colonizador, se faz necessária para avaliar sua transmissão e disseminação na população onde há maior risco de incidência de doenças invasivas, controlar a re-emergência do Hib após a vacinação e continuar monitorando a resistência antimicrobiana.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-07-04T10:49:24Z No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-08T13:57:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-08T13:57:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 6704668 bytes, checksum: 0e0db297bca1e923e15facfe0e7b0aa7 (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Acredita-se que os resíduos de serviços de saúde (RSS) possam atuar como veículos de disseminação de microrganismos potencialmente patogênicos e de marcadores de resistência a drogas antimicrobianas. Assim, considerando-se os riscos para saúde humana e ambiental associados ao fenômeno da resistência microbiana a drogas, nossos objetivos foram identificar linhagens de Staphylococcus coagulase negativo (SCN) isoladas do chorume percolado dos RSS no aterro sanitário de Juiz de Fora, MG, determinar o seu perfil de susceptibilidade a antimicrobianos de interesse clínico-microbiológico e detectar o marcado molecular mecA. Linhagens bacterianas presuntivamente caracterizadas como SCN (n=109) foram identificadas utilizando-se sistema comercial semiautomatizado e o seu perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, determinado pela técnica de diluição em ágar, de acordo com as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Apenas 26,6% das amostras de SCN foram identificadas pelo sistema comercial, distribuídas em S. sciuri (31%), S. epidermidis (27,6%), S. lentus (20,7%), S. vitulinus (10,3%) S. saprophyticus (6,9%), S. haemolyticus (3,5%). As outras linhagens foram identificadas como Staphylococcus spp. (73,4%). Entre os antimicrobianos avaliados, a penicilina e a oxacilina foram as drogas menos efetivas (61,4% de resistência), seguidas pela eritromicina e azitromicina (27,3% e 22,7% de resistência respectivamente). Os antimicrobianos mais eficazes foram a gentamicina e levofloxacina, para os quais apenas resistência intermediária foi observada (21,6% e 1,1% respectivamente). Todas as amostras foram susceptíveis à vancomicina. Considerando as linhagens resistentes 14 (25,9%) amplificaram o gene específico, enquanto que 40 (74,1%) mostraram-se resistentes à oxacilina por outros mecanismos. Nossos resultados suscitam reflexões relacionadas à sobrevivência de microrganismos potencialmente patogênicos e linhagens resistentes aos antimicrobianos, carreando importantes marcadores de resistência e sua possível disseminação via RSS, contribuindo para seu trânsito intra-hospitalar. / It is accepted that health-care waste may act as vehicle for spreading potentially pathogenic microorganisms and their genetic resistance markers. Thus, considering the risks for human and environmental health associated with the phenomenon of microbial drug resistance, our objectives were to identify Coagulase-negative Staphylococcus (CoNS) strains isolated from the sanitary landfill disposal of healthcare waste of Juiz de Fora, MG; to determine the antimicrobial susceptibility patterns against antimicrobials of clinical and microbiological relevance; and to evaluate the occurrence of mecA gene. Bacterial strains presumptively characterized as CoNS (n= 109) were identified using a commercial system and the antimicrobial susceptibility patterns determined by the agar dilution technique, according to the recommendations of Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Only 26.6% of the bacterial samples were identified as follows: S. sciuri (31%), S. epidermidis (27.6%), S. lentus (20.7%), S. vitulinus (10.3%) S. saprophyticus (6.9%), S. haemolyticus (3.5%). The other strains were identified as Staphylococcus spp. (73.4%). Considering the minimal inhibitory concentrations of the antimicrobials, penicillin and oxacillin drugs were the less effective drugs (61.4% resistance) followed by erythromycin and azithromycin (27.3 and 22.7% resistance, respectively). The most effective antimicrobials were gentamicin and levofloxacin, for which only intermediate resistance was observed (21.6 and 1.1% respectively). All samples were susceptible to vancomycin. Considering the resistant strains, 14 (25,9%) showed to harbour mecA gene and in 40 (74,1%) were resistant to oxacillin by other mechanisms. Our results raise considerations related to the survival of potentially pathogenic microorganisms and strains resistant to antibiotics harboring genetic markers. It is possible that these bacteria might spread via health-care waste, contributing dissemination into hospitals.

As micobactérias de crescimento rápido causam infecções pulmonares, infecções relacionadas a traumas cutâneos e aos cuidados com a saúde. Ha um número reduzido de opções terapêuticas para o tratamento dessas infecções e os dados nacionais sobre os determinantes genéticos dessa resistência são escassos. Duas classes de antimicrobianos importantes no tratamento são as fluorquinolonas e os macrolídeos. Enquanto a maioria dos isolados do Grupo M. chelonae-abscessus apresenta resistência intrínseca às fluorquinolonas, e são sensíveis aos macrolídeos, a maioria dos isolados do Grupo M. fortuitum é sensível às fluorquinolonas e expressa RNA-metilases que impedem a ação dos macrolídeos. Os determinantes da resistência às fluorquinolonas conhecidos em micobactérias são mutações no gene gyrA e para os macrolídeos é a expressão de genes erm, que codificam RNA-metilases. Nos dois casos os determinantes tem localização cromossômica. Outros determinantes de resistência podem ter localização plasmidial, a exemplo do gene aacA4\'-8, presente em plasmídio do grupo de incompatibilidade IncP, detectado em M. abscessus, que codifica resistência à kanamicina e tobramicina. Neste estudo foram avaliados: a correlação entre à susceptibilidade ao ciprofloxacino e moxifloxacino e presença de mutações nos genes gyrA e gyrB; a susceptibilidade à claritromicina e presença de genes que codificam RNA-metilases; a presença de plasmídios do grupo de incompatibilidade IncP em diferentes espécies de micobactérias; a estabilidade e a transferência por conjugação do plasmídio pBRA-100; a relação clonal entre isolados que albergam plasmídios IncP e o perfil de susceptibilidade antimicrobiana de uma coleção de isolados da espécie M. abscessus. Cento e vinte e dois isolados dos Grupos M. abscessus e M. fortuitum foram analisados quanto às concentrações inibitórias mínimas, por microdiluição, utilizando-se o painel RAPMYCO&#174;. As sequências parciais dos genes gyrA e gyrB e a presença de genes que codificam RNA-metilases foram determinadas em 69 e 59 desses isolados, respectivamente. A presença de plasmídios do grupo IncP foi determinada por PCR e os produtos de amplificação tiveram suas sequencias caracterizadas. A estabilidade do plasmídio pBRA-100 em Escherichia coli TOP10&#174; foi avaliada realizando-se repiques sucessivos por 57 dias e semeadura em agar LB contendo kanamicina. A transferência horizontal foi avaliada por ensaio de conjugação com E. coli J53 resistente à azida sódica. Em M. abscessus não houve diferença entre as sequencias da região QRDR de GyrA e GyrB entre isolados sensíveis e resistentes ao ciprofloxacino. Em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados testados apresentaram genes erm; entretanto não foi observada correlação entre a presença dos genes e resistência indutiva a claritromicina. O gene erm(45), descrito neste trabalho, foi detectado apenas em M. abscessus subsp. bolletii. Os ensaios de microdiluição evidenciaram que os antimicrobianos mais ativos contra M. abscessus subsp. abscessus foram amicacina (89%), tigeciclina (96%) e claritromicina (86%). Apenas nos dois isolados da espécie M. fortuitum resistentes ao ciprofloxacino foi detectada a substituição S83W na proteína GyrA. Trata-se de substituição ainda não descrita em micobactérias. Nao foi observada correlação entre substituições em GyrB e resistência ao ciprofloxacino ou moxifloxacino. O gene erm(46), descrito neste estudo, foi detectado em 65% dos isolados. Nos demais isolados foram detectados três outros genes: erm(47), erm(48) e erm(49), ainda nao descritos. Os plasmídios IncP foram detectados apenas em \"M. massiliense\" pertencentes a três grupos clonais distintos com índice de similaridade maior que 92%, quando analisados por ERIC-PCR. Houve sucesso na conjugação entre E. coli TOP-Myco e E. coli J53. Os ensaios de estabilidade evidenciaram que o plasmídio pBRA-100 é estável em E. coli com aproximadamente 100% da população bacteriana albergando o plasmídio após 57 subcultivos. / The rapidly growing mycobacteria cause lung infections, skin infections related to trauma and health care associated infections. There are a limited number of therapeutic options for treating these infections and national data on the genetic determinants of this resistance are scarce. Two major classes of antimicrobials used in treatment of these infections are macrolides and fluoroquinolones. While the majority of the isolates from M. chelonae-abscessus Group have intrinsic resistance to fluoroquinolones, and are sensitive to macrolides, most isolates from M. fortuitum Group are sensitive to fluoroquinolones and express RNA methylases that prevent the action of macrolides. The known fluoroquinolones resistance determinants in to mycobacteria are mutations in thegyrA gene and for macrolides the main determinant is the expression of erm genes which encode RNA methylases. In both cases the determinants are located at the chromosome. Other resistance determinants may have a plasmidial location, such as aacA4\'-8 gene, present in the pBRA100 plasmid detected in M. abscessus, which encodes resistance to kanamycin and tobramycin. This study evaluated the correlation between the susceptibility to ciprofloxacin and moxifloxacin and mutations in genes gyrA and gyrB; susceptibility to clarithromycin and the presence of RNA-methylases encodinggenes , the presence of plasmids of the incompatibility group IncP in different species mycobacteria; stability and conjugal transfer of plasmid pBRA-100; the clonal relationship between isolates harboring plasmids IncP and antimicrobial susceptibility profile of a collection of isolates of M. abscessus. One hundred and twenty-two isolates of M. chenolae-abscessus and M. fortuitum Groups were analyzed for their minimal inhibitory concentrations by microdilution, using the RAPMYCO&#174; Panel. The partial sequences of the genes gyrA and gyrB and the presence of genes encoding RNA methylases were determined in 69 and 59 isolates, respectively. The presence of IncP group plasmids was determined by PCR and the sequence of PCR products were characterized. The stability of the pBRA-100 plasmid in Escherichia coli TOP10&#174; was evaluated by performing successive subcultures for 57 days, and plating on LB agar containing kanamycin. The horizontal transfer was evaluated by conjugation with E. coli J53 a sodium azide resistant strain. In M. abscessus no differences between the sequences of the QRDR region of gyrA or gyrB among isolates susceptible and resistant to ciprofloxacin were observed. In M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii all isolates tested had erm genes; however there was no correlation between the presence of these genes and inducible resistance to clarithromycin. The erm(45), gene described in this paper, was only detected in M. abscessus subsp. bolletii. Microdilution tests showed that the most active antibiotics against M. abscessus subsp. abscessus were amikacin (89%), tigecycline (96%) and clarithromycin (86%). In only in two M. fortuitum isolates resistant to ciprofloxacin the amino acid substitution S83W was detected in GyrA. This substitution had not been described mycobacteria. No correlation was observed between substitutions in GyrB and resistance to ciprofloxacin or moxifloxacin. The erm(46) gene described in this study, was detected in 65% of the isolates. In the remaining isolates other three not yet described genes were detected: erm(47), erm(48) and erm(49). IncP plasmids were detected only in \"M. massiliense\" belonging to three clonal groups with at similarity index greater than 92% when analyzed by ERIC-PCR.We succeeded in conjugating E. coli TOP-Myco and E. coli J53. The stability tests showed that the plasmid pBRA-100 is stable in E. coli since approximately 100% of the bacterial population harbored the plasmid after 57 subcultures.

A resistência bacteriana a antibióticos é um grave e crescente problema de saúde pública de âmbito mundial. O principal, e mais eficiente, mecanismo de resistência aos &#946-lactâmicos em bacilos Gram-negativos é a produção de &#946-lactamases, que possuem a capacidade de hidrolisar o anel &#946-lactâmicos e consequentemente inativar essa classe de antibióticos. Vale ressaltar, que atualmente os antibióticos &#946-lactâmicos são os mais utilizados clinicamente, particularmente em infecções graves. Dentre as &#946-lactamases existentes destacam-se as carbapenemases, enzimas capazes de inativar a maioria dos antibióticos &#946-lactâmicos. Uma grande preocupação é o fato dessas enzimas, em sua maioria, serem codificadas por plasmídeos, o que propicia a disseminação desses genes de resistência; portanto, é de extrema importância a realização de um rápido e efetivo monitoramento da presença de patógenos portadores desses genes de resistência, para que assim se possa prevenir a disseminação desses determinantes. Foram incluídos neste estudo 230 amostras únicas de Acinetobacter e Pseudomonas aeruginosa resistentes a imipenem detectados em pacientes internados em hospitais privados da cidade de São Paulo durante o período de fevereiro a outubro de 2013. As amostras foram avaliadas quanto à hidrólise de imipenem por espectrofotometria, quanto à presença de genes de carbapenemases por PCR e sequenciamento, e quanto à clonalidade por eletroforese em campos pulsados (PFGE) ou ERIC-PCR. Foram realizados ensaios de conjugação, transformação e sequenciamento completo de plasmídeos. Dentre as amostras de Acinetobacter spp. 80% (88) foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dentre esses 76,1% (67) foram positivos para blaOXA-51-like, 19,3% (17) foram positivos para blaOXA-72. blaOXA-23, blaOXA-482 e blaIMP-1 foram detectados isoladamente em isolados distintos. O gene blaIMP-1 foi detectado em A. ursingii inserido em integron de classe 1 e representa a primeira descrição no Brasil. Uma nova carbapenemase OXA-482-like foi detectada em A. baumanii. Utilizando-se ERIC-PCR, observou-se uma grande diversidade de grupos clonais, com o máximo de quatro isolados por grupo. Dentre as amostras de P. aeruginosa, apenas 35,3% foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dessas amostras, 14 possuíam o gene blaSPM-1, e isolados únicos possuíam, individualmente, os genes blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 ou blaGES-23. O gene blaKPC-2 foi detectado inserido em contexto genético diferente dos descritos anteriormente, em plasmídeo IncU de 32 Kb, mobilizável, mas não conjugativo. Esta é a primeira descrição da sequencia completa de plasmídeo albergando o gene blaKPC-2 em P. aeruginosa no Brasil. Nas demais amostras (20) com atividade hidrolítica, não foram detectados genes de carbapenemase conhecidos, o que sugere a presença de genes de carbapenemase ainda não descritos. Em três amostras foi possível obter transformantes com plasmídeos, resistentes a carbapenêmicos. As amostras com blaSPM-1 apresentaram perfis de PFGE estreitamente relacionados. Em contraste, os perfis de PFGE das amostras com potenciais novas carbapenemases apresentaram índice de similaridade de Dice inferior ix a 80%, evidenciando grande diversidade clonal. Nossos achados evidenciam que a carbapenemase não intrínseca predominante em Acinetobacterem hospitais privados da cidade de São Paulo é OXA-72, e em hospitais privados há uma grande diversidade clonal. Em P. aeruginosa, a carbapenemase predominante é SPM-1, cuja disseminação é mediada por um único clone. Há potencialmente um número significativo de novas carbapenemases em Acinetobacter e P. aeruginosa, algumas delas mediadas por plasmídeos. / Bacterial resistance to antibiotics is a serious and growing public health problem worldwide. The main and most efficient mechanism of resistance to &#946-lactams in Gram-negative bacilli is the production of &#946-lactamases, which have the ability to hydrolyze the &#946-lactam ring and consequently inactivate this class of antibiotics. It is worth mentioning that currently &#946-lactam antibiotics are the most used clinically, particularly in severe infections. Among the existing &#946-lactamases, carbapenemases are capable of inactivating most &#946-lactam antibiotics. A major concern is that these enzymes are mostly encoded by plasmids, which facilitates the spread of these resistance genes; therefore, it is of extreme importance to carry out a rapid and effective monitoring of the presence of pathogens bearing these resistance genes, in order to prevent the dissemination of these determinants. This study included 230 unique samples of imipenem-resistant Acinetobacterand Pseudomonas aeruginosa detected in patients hospitalized in private hospitals in the city of São Paulo during the period from February to October 2013. The samples were evaluated for the imipenem hydrolysis by spectrophotometry, the presence of carbapenemase genes by PCR and sequencing, and concerning clonality by pulsed field electrophoresis (PFGE) or ERIC-PCR. Conjugation, transformation and complete sequencing of plasmids were performed. Among Acinetobacter spp. samples, 80% (88) were able to hydrolyze imipenem. Among these, 76.1% (67) were positive for blaOXA-51-like genes and 19.3% (17) were positive for blaOXA-72. The blaOXA-23, blaOXA-482 and blaIMP-1 genes were detected alone in distinct isolates. The blaIMP-1 gene was detected in A. ursingii inserted in class 1 integron and represents the first description in Brazil. A novel OXA-482-like carbapenemase was detected in A. baumanii. Using ERIC-PCR, a great diversity of clonal groups was observed, with a maximum of four isolates per group. Among P. aeruginosa samples, only 35.3% were able to hydrolyze imipenem. Of these samples, 14 had the blaSPM-1 gene, and single isolates individually possessed the blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 or blaGES-23 genes. The blaKPC-2 gene was found inserted in a genetic context different from those described previously, in a mobilizable, but not conjugative, 32 Kb IncU plasmid. This is the first description of the complete nucleotide sequence of a plasmid harboring the blaKPC-2 gene in P. aeruginosa in Brazil. In the remaining samples (20) with hydrolytic activity, no known carbapenemase genes were detected, suggesting the presence of carbapenemase genes not yet described. In three samples it was possible to obtain transformants with plasmids, resistant to carbapenems. Samples with blaSPM-1 showed closely related PFGE profiles. In contrast, the PFGE profiles of the samples with potential new carbapenemases showed Dice similarity index lower than 80%, evidencing a great clonal diversity. Our findings show that the predominant non-intrinsic carbapenemase in Acinetobacter in the city of São Paulo is OXA-72, and in private hospitals there is great clonal diversity. In P. aeruginosa, the predominant carbapenemase is SPM-1, the spread of this enzyme is mediated by a single clone. There are potentially a significant number of new carbapenemases in Acinetobacter and P. aeruginosa, some of them plasmid mediated.

One of the greatest threats to human health is increasing antimicrobial resistance among pathogens, and finding alternatives for treatment of bacterial infections is of highest importance together with a more controlled use of antibiotics. Porphyrins and heme have both been shown to be a promising class of compounds for inactivation of bacteria; porphyrins by their excellent properties to act as a photosensitizer, and heme by its importance as an iron source during a bacterial infection in vertebrates. This thesis describes the development of analytical methods for the identification and determination of porphyrins and heme using liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry. Subsequently, these developed methods were applied to bacterial samples to investigate different culture conditions and additives effect to the intracellular porphyrin and heme composition. Singlet oxygen production of three naturally occurring porphyrins have been determined together with the photosensitivity for blue light and the porphyrin content in E. coli. Toothbrushes equipped with a LED, emitting light with a wavelength of 450 nm, were used in an eight week randomized clinical trial to investigate any positive periodontal effect of blue light. Porphyrin and heme content in Aggregatibacter actinomycetemcomitans and Porphyromonas gingivalis were highly affected by the different cultivation conditions. The culture age of A. actinomycetemcomitans affected the porphyrin profile, while only small changes were observed for P. gingivalis during growth. A large change of the porphyrin profile could be observed when the bacteria were passaged onto a new growth medium. Additional porphyrins were detected and the total porphyrin content increased up to 28 times. These findings highlight the need for more standardized cultivation procedures when performing in vitro experiments. Heme content in Escherichia coli was affected when different additives related to biosynthesis of heme were added to the growth medium. The uptake of heme could be reduced with 52% when a compound that chemically looks similar to heme was added to the growth medium. Since heme acquisition is important for many pathogens, this could be a promising target for antimicrobial drugs. E. coli showed no sensitivity for 405 nm light using light doses up to 172.8 J/cm2 and only low concentrations of porphyrins could be quantified. By adding a porphyrin precursor to E. coli the intracellular concentration of porphyrins increased remarkably and a light dose of 57.6 J/cm2 reduced the bacterial number with &gt; 5 log10 steps. This shows that E. coli can be killed due to their endogenous porphyrins. In the clinical study we could see a weak trend that the 450 nm LED toothbrush possessed a phototherapeutic effect for three clinical indices. All indices were decreased in the intervention group, but there were no statistically significant difference compared to the control group. However, four inflammation markers were significantly decreased in the intervention group while only one decreased significantly in the control group. In conclusion, this thesis has shown that porphyrins and heme are produced endogenously in microorganisms and that the porphyrin profiles vary depending on culture conditions and different additives. Furthermore, porphyrins may be used as endogenous photosensitizers to inactivate bacteria, but more research is necessary to determine if there is a specific porphyrin that contributes more to the photosensitivity. / <p>At the time of the doctoral defense, the following papers were unpublished and had a status as follows: Paper 4: Manuscript. Paper 5: Manuscript.</p>