Orientador: Waldemar Gastoni Venturini Filho / Banca: Ricardo Figueira / Banca: Andressa M. Parente Nogueira / Resumo: O objetivo deste trabalho foi comparar a eficiência de antibióticos convencionais em relação aos antimicrobianos à base de lúpulo, em escala de produção industrial de bioetanol. A comparação foi feita por meio de cálculo da redução populacional de bactérias láticas em dois ciclos consecutivos de fermentação. O experimento teve cinco tratamentos (três antibióticos convencionais: Kamoran WP, Corstan e Alcapen 1030, e dois antimicrobianos à base de lúpulo: BetaBio e IsoStab). As amostras foram coletadas na dorna de fermentação. Para quantificar a população inicial de bactérias láticas, foi coletada amostra no final do processo fermentativo (vinho) antes do tratamento com antibióticos ou lúpulo, e para determinar a população final, a coleta das amostras foi realizada ao final do processo fermentativo (vinho) após o tratamento com esses produtos. O experimento foi inteiramente casualizado e a análise estatística foi realizada por meio da análise de variância (ANOVA) para as variáveis transformadas pela equação y' = log ( + 1) . Após a transformação dos dados foi aplicado o teste de Levene para verificar a aderência dos dados á distribuição normal, e as médias comparadas 3 por meio do teste de Tukey em nível de 5% de probabilidade. Os resultados mostraram que os antimicrobianos a base de lúpulo (IsoStab e Beta Bio) podem substituir os antibióticos convencionais (Kamoran, Alcapen e Corstan), pois não houve diferença estatística entre os tratamentos. / Abstract: The objective of this work was to compare the efficiency of conventional antibiotics in relation to hop-based antimicrobials, in industrial-scale production of bioethanol. The comparison was made by calculating the lactic acid bacteria population reduction in two consecutive fermentation cycles. The experiment used five treatments (three conventional antibiotics: Kamoran WP, Corstan and Alcapen 1030, and two hop-based antimicrobials: BetaBio and IsoStab). The samples were collected in the fermentation vat. In order to quantify the initial lactic acid bacteria population, a sample was collected at the end of the fermentation process (wine) before the treatment with antibiotics or antimicrobials, and to determine the final population, the sample collection happened at the end of the fermentation process (wine) after the treatment with antibiotics or antimicrobials. The experiment was completely randomized and the statistical analysis was performed through analysis of variance (ANOVA) for the transformed analysis y' = log (y + 1) . After the data transformation, Levene's test was applied to verify the adherence of the data to the normal distribution, and the averages were compared through Tukey's test at 5% probability. The results showed that the hop-based antimicrobials 5 (IsoStab and BetaBio) can be used instead of the conventional antibiotics (Kamoran, Alcapen and Corstan), since there was no statistical difference between the treatments. / Mestre

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Coorientador: Vilma Loreto da Silva / Banca: Dardo Andrea Martí / Banca: Cesar Martins / Resumo: O spliceossomo é responsável pela maturação do RNAm através da remoção dos íntrons. Essa maquinaria é formada por um conjunto de proteínas associadas aos pequenos RNAs nucleares (RNAsn). Entre os genes de RNAsn, o U1 RNAsn é uma sequência conservada de 165 pb repetidas em tandem. A fim de contribuir para o entendimento da dinâmica cromossômica e genômica das famílias multigênicas em gafanhotos os genes de RNAsn U1 foram mapeados através da hibridização in situ fluorescente (FISH) em 71 espécies de gafanhotos pertencentes as famílias Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae e Acrididae. Além disso, a organização genômica dessa sequencia foi analisada usando como referência o genoma de Eyprepocnemis plorans sequenciado através do método 454. Foi observada uma grande conservação de clusters de DNAsn U1 localizados principalmente em pares de autossomos (nº 3 ou 4) nas primeiras quatro famílias. Em contraste, extensiva variação foi observada nas espécies de Acrididae, com um único par de cromossomos carregando DNAsn U1 a todos os pares de cromossomos portando a sequência, com a ocorrência de dois ou múltiplos clusters no mesmo cromossomo. No genoma de E. plorans cinco distintas linhagens foram observadas com distintos padrões de variação além da associação de DNAsn U1 com elementos de transposição e DNAr 5S. Esses resultados são discutidos focando os possíveis mecanismos de dispersão dos clusters desse gene, que aparentemente seguiu distintos caminhos de dispersão nas várias famílias e subfamílias analisadas. Este é o estudo mais abrangente sobe mapeamento por FISH até então realizado em gafanhotos e outros organismos, estudando 71 espécies pertencentes a cinco famílias, fornecendo assim importantes informações lançando luz na evolução cromossômica/genômica dessa família gênica pelo uso combinado de dados cromossômicos e genômicos / Abstract: The spliceosome is responsible for mRNA maturation through intron removal. This machinery is formed by a protein set associated to small nuclear RNA (snRNA). Among the snRNA genes, the U1 snRNA is, in general, a conserved 165 bp tandemly arrayed repetitive sequence. Aiming to contribute to the understanding of chromosome and genome dynamics of multigene families in grasshoppers we mapped the U1 snRNA genes by Fluorescent in situ Hybridization (FISH) in 71 grasshopper species belonging to the families Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae and Acrididae. Moreover we analyzed the genomic organization for this sequence using as reference the sequenced genome through 454 of Eyprepocnemis plorans. High conservation of snDNA clusters mainly located on autosome pairs (no. 3 or 4) was observed in the first four families. In contrast, extensive variation was observed in Acrididae species, from a single chromosome pair carrying U1 snDNA to all chromosome pairs carrying them, with occurrence of two or multiple clusters in the same chromosomes. In the genome of E. plorans five distinct lineages were observed with distinct patterns of variability and association of U1 snDNA with transposable elements and 5S rDNA was also noticed. These results are discussed focusing the possible mechanisms of spread of this gene cluster, which apparently seems to have followed different ways of dispersion in the several families and subfamilies analyzed in here. This is the most comprehensive study on FISH mapping hitherto performed in grasshoppers and other organisms by studying 71 species from five families and has thus provided valuable information shedding light in the chromosomal/genomic evolution of this gene family by combined use of chromosomal and genomic data / Mestre

Orientador: Marney Pascoli Cereda / Banca: Gerard Chuzel / Banca: Iracema de Oliveira Moraes / Resumo: Não disponível / Abstract: Not available / Mestre

Resumo: O lodo de esgoto tem sido utilizado como fertilizante orgânico em substituição ao fertilizante químico. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito de lodo de esgoto, oriundo da Estação de Tratamento de Barueri em São Paulo, sobre a população bacteriana do solo através da análise de microarranjo de DNA. Os tratamentos foram sem adição e com adição de lodo de esgoto, sendo este adicionado em quantidades equivalentes a uma e a oito vezes a dose de Nitrogênio mineral recomendada para o cultivo de milho. As amostras de solo foram coletadas no Campo Experimental da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna (SP), em áreas que já vem sofrendo aplicações de lodo similar por 5 anos. As coletas foram feitas seis dias antes da aplicação do lodo, época referente ao final da primavera; e 67 dias após a aplicação do lodo, época referente ao final do verão e antecedente ao plantio do milho. Para a análise da comunidade bacteriana foi construído um microarranjo ambiental em lâmina de vidro contendo 1560 seqüências parciais do gene 16S rRNA de procariotos. Avaliaram-se também os teores totais P, Cu, Fe, Mn, Zn e S acumulados nos solos após a aplicação do lodo. A técnica de microarranjo foi eficiente para avaliar as alterações na comunidade bacteriana. E pode ser observada uma grande variação na população de bactéria, principalmente nos solos tratados com altas doses de lodo. / Abstract: Sewage sludge has been used as organic fertilizers to replace in substitution chemical fertilizer. The objective of this study was to evaluate the effect of sewage sludge from the Station of Treatment of Barueri São Paulo State on the structure of the bacterial communities through DNA microarray analysis. The treatments were without addition sewage sludge and an N supply to one and eight times the dose of N recommended for mineral fertilization in maize. Soil samples were collected on Experimental Area of the Embrapa Environment, in Jaguariúna, São Paulo State, at the end of the spring, six days before sewage sludge application and at the end of the summer, 67 days after the treatment applications), before the maize plantation. In order to analyze bacterial communities it was constructed a glass slide microarray environmental with 1.560 partial sequences of the gene 16S rRNA from prokaryotes that have been the majority different and from bacteria. The total contents of Cu, Mn, Ni, Pb and Zn accumulated in the soil after sewage sludge application was evaluated through out chemical analyses. Great variation in the bacterial population was found, mainly in the soil treated with the higher dose of sewage sludge. The DNA microarray technique was efficient to evaluate the alterations on the bacterial communities. / Orientador: Lúcia Maria Carareto Alves / Coorientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Siu Mui Tsai / Banca: Viviane helena Pellizari / Banca: Maria Benincasa Vidotti / Banca: João Suzuki / Doutor

Orientador: Edvaldo Aparecido Amaral da Silva / Banca: Claudio Cavariani / Banca: Juliana Pereira Bravo / Resumo: A germinação de sementes de café (Coffea arabica L.) é lenta e irregular, controlada por eventos que ocorrem, simultaneamente, no embrião e no endosperma. Embora os referidos eventos estejam determinados, ainda são necessários estudos sobre a fisiologia molecular, para auxiliar na avaliação da qualidade fisiológica das sementes durante a germinação. O objetivo do trabalho foi realizar estudos fisiológicos e moleculares durante a germinação de sementes embebidas em água e em ácido abscísico (ABA) na concentração de 1000 μM. Durante o trabalho foi determinado o teor de água, a curva de embebição, a germinação, o crescimento do embrião e a expressão dos genes associados com o crescimento do embrião e com a degradação do endosperma micropilar. Para tanto, embriões e os endospermas micropilares foram isolados para a extração de RNA total e síntese de cDNA. "Primers" específicos foram desenhados para o estudo da expressão gênica em PCR em tempo real. Foi estudada a expressão dos genes actina, ciclina e α-expansina, associados ao crescimento do embrião, e α-galactosidase, β-manosidase e endo-β-mananase, associados à degradação do endosperma micropilar. A curva de embebição apresentou um padrão trifásico. A primeira semente de café germinou com cinco dias de embebição e 50% de germinação ocorreram no décimo dia de embebição. A expressão dos genes associados com o crescimento do embrião, tais como actina, α-expansina e quinase dependente de ciclina, aumentou durante a germinação em água e inibiu parcialmente a expressão destes genes quando tratados com ABA. A expressão de β-manosidase e endo-β-mananase aumentou durante a embebição em água e ABA inibiu completamente a expressão. No entanto, α-galactosidase parece ter a expressão mais constitutiva durante a germinação em água e é menos influenciada por ABA, em comparação com outras enzimas estudadas / Abstract: Germination of coffee (Coffea arabica L.) seed is slow and uneven. The germination is a net result of events that occur simultaneously in the embryo and endosperm under the control of ABA. The aim of the study was to perform physiological and molecular studies during germination of seeds imbibed in water and 1000 μM abscisic acid (ABA). We studied the expression of the genes ciclin, α-expansin and cyclin-dependent of kinase in the embryo and α-galactosidase, β-mannosidase, endo-β-mannanase in the micropylar endosperm. The first coffee seed germinate at five days of imbibition and 50% germinate at tenth day of imbibition. Coffee embryo grew inside the seed pior radicle protrusion and ABA inhibited the embryo grow as well as radicle protrusion. The expression of the genes associated with the growth of the embryo such as ciclin, α-expansin and cyclin-dependent of kinase increased during germination and ABA partially inhibited the expression of these genes. The expression of β-mannosidase and endo-β-mannanase increased during imbibitions in water and ABA completely inhibited its expression. However, α-galactosidase seems to have a more constitutive expression during germination in water and it is less affected by ABA as compared with other enzymes studied / Mestre

Orientador: Antonio Carlos Dias Ângelo / Coorientador: Aguinaldo Robinson de Souza / Banca: Adalgisa Rodrigues de Andrade / Banca: Julio Ricardo Sambrano / O Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais, PosMat, tem caráter institucional e integra as atividades de pesquisa em materiais de diversos campi da Unesp / Resumo: O grande desafio a ser vencido para a utilização de células a combustível de oxidação direta de álcoois (DAFC) refere-se ao desenvolvimento de eletrocatalisadores que favoreçam a oxidação direta do combustível a CO2 e que sejam menos susceptíveis ao envenenamento por intermediários/produtos de reação. Fases intermetálicas ordenadas de Pt têm sido propostas como materiais eletrocatalisadores para estas reações pelo fato de poderem aliar a excelente capacidade de adsorção do orgânico pelos sítios de platina e minimizarem a ação de bloqueadores superficiais. Não menos importante, essa classe de materiais apresenta uma estabilidade físico-química acentuadamente superior a materiais obtidos por deposição de íons metálicos e, desta forma, é mais apropriada para ser empregada diretamente em sistemas reais. Baseado em estudos anteriores a respeito dos materiais obtidos por deposição de íons metálicos sobre a superfície de platina e também estudos preliminares de oxidação de orgânicos em fases intermetálicas ordenadas de PtBi, este trabalho apresenta os resultados obtidos através do estudo da eletrocatálise das reações de oxidação do ácido fórmico e do metanol sobre as fases intermetálicas PtMn, PtMo, PtPb, PtSb e PtSn, em meio ácido. Através dos resultados obtidos utiizando-se a técnica de voltametria cíclica, para a oxidação do ácido fórmico e do metanol, é possível concluir que todos os intermetálicos apresentaram um deslocamento do potencial de início de oxidação para valores menos positivos, em relação à platina, indicando assim uma menor energia necessária para que o processo de oxidação ocorra sobre essas duperfícies. Com a técnica de Eletrodo de Disco Rotatório (RDE), verificou-se que há um aumento da densidade de corrente cinética, em relação a Pt, para os intermetálicos PtMn e PtPb, na oxidação do ácido fórmico e para PtPb e PtSb, na oxidação do ácido fórmico... / Abstract: The great challenge to be won for the use of direct oxidation of alcohols fuel cells (DAFC) refers to the electrocatalytic development that favor the direct oxidation of the fuel CO2 and that are less susceptible to the poisoning by intermediates/products of reaction. Ordered intermetallic phases of Pt have been proposed as electrocatalytic materials for these reactions for the fact of they could ally the excellent capacity of adsorption of the organic for the platinum sites and they minimize the action of blocking superficial. No less important, that class of materials presents a physicochemical stability strongly to materials obtained by deposition of metallic íons and, this way, it is more appropriate to be used directly in real systems. Based on previous studies regarding the materials obtained by deposition of metallic íons on the platinum surface and also preliminary studies of oxidation of organic in ordered intermetallic phases of PtBi, this work presents the results obtained through the study of the electrocatalysis of the reactions of oxidation of the formic acid and of the methanol on the intermetallic phases PtMn, PtMo, PtPb, PtSb and PtSn, in acid middle. Through the obtained results being used the cyclic voltammetry technique, for the oxidation of the formic acid and of the methanol, it is possible to end that all of the intermetallic presented a displacement of the potential at the beginning of oxidadtion for less positive values, in relation to the platinum, indicating like this a smaller necessary energy so that the oxidation process happens on those surfaces. With a Rotating Disc Electrode technique (RDE), it was verified that there is an increase of the kinetic density, in relation to Pt, for the intermetallic PtMn and PtPb, in the oxidation of the formic acid and for PtPb and PtSb, in the oxidation of the formic acid and for PtPb and PtSb, in the oxidation of the methanol, attesting like this the best activity of... / Mestre

Orientador: Katia Denise Saraiva Bresciani / Coorientador: Luiz da Silva Vieira / Coorientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Márcia Benedita de Oliveira Silva / Banca: Jancarlo Ferreira Gomes / Banca: Luis Antonio Mathias / Banca: Gilson Helio Toniollo / Resumo: O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em caprinos jovens do município de Quixadá, Ceará, Brasil. Participaram do estudo um total de 400 animais, com idade entre três e 360 dias, com e sem padrão racial definido, nos quais 154 eram machos e 246 fêmeas, procedentes de 25 estabelecimentos rurais distribuídos em três circuitos. Amostras de fezes foram obtidas diretamente da ampola retal dos cabritos e cadastradas de acordo com o aspecto e a coloração. Uma quantidade de 200 mg de cada amostra foi distribuída em microtubos de 2 mL e congeladas "in natura" a -20 °C, até o momento das extrações de DNA genômico do parasito com auxílio de kit comercial. Todas as amostras foram submetidas a "Nested"-PCR para amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S RNA ribossômico. As positivas nesta amplificação foram testadas na "Nested"-PCR com os genes actina e HSP 70. As amostras que tiveram amplificação nesses três genes foram submetidas a "Nested"-PCR em triplicata e posterior sequenciamento nas direções "sense" e "anti-sense". A ocorrência da infecção por Cryptosporidium spp. em cabritos de Quixadá foi de 7,50% (30/400) e 64,00% (16/25) das propriedades tinham cabritos positivos. O distrito Tapuiará foi o que apresentou maior número de animais positivos, e a frequência no período seco e chuvoso foi de 9,55% (19/199) e 5,47% (11/201), respectivamente (P = 0,1218). Das 30 amostras de fezes positivas, 50,00% (15/30) tinham aspecto normal e 70,00% (21/30) coloração normal, sugerindo que cabritos assintomáticos eliminam oocistos no ambiente. Não foi observada positividade para Cryptosporidium spp. em animais com 301 a 360 dias. Por meio do sequenciamento foi possível identificar que as espécies do coccídio detectadas nas fezes dos cabritos foram Cryptosporidium xiaoi ... / Abstract: The present study aimed to evaluate the occurrence of infection and perform molecular characterization of Cryptosporidium spp. in goats kids from the town of Quixadá - state of Ceará - Brazil. A total of 400 animals, 154 males and 246 females, with aged between three and 360 days, with and without defined breed, from 25 farms distributed in three circuits, participated in this study. Stool samples were obtained directly from the goats rectum and registered in accordance to their appearance and coloring. An amount of 200 mg of each sample, were distributed in micro tubes of 2 mL and frozen "in nature" at -20 °C until the moment of extraction of the parasite genomic DNA using a commercial kit. All samples were submitted to Nested-PCR to amplify fragments of 18S subunit of ribosomal RNA. The positives samples in this amplification were tested in Nested-PCR with actin and HSP 70 genes. Samples that were amplified in these three genes were subjected to Nested-PCR triplicate and subjected to sequencing in sense and anti-sense directions. The occurrence of the infection by Cryptosporidium in goats kids of the town of Quixadá was 7.50% (30/400) and 64.00% (16/25) of the farms with positive goats. The Tapuiará district showed the highest number of positive animals and the frequency in dry and rainy period was 9.55% (19/199) and 5.47% (11/201), respectively (P = 0.1218). Considering 30 samples of positive stools, 50.00% (15/30) had normal appearance and 70.00% (21/30) normal coloring, suggesting that asymptomatic goats can eliminate oocysts in the environment. It was not observed positivity for Cryptosporidium spp. in animals aged between 301 and 360 days. Through sequencing, it was possible to identify that the species of coccidian found in the feces of the goats are Cryptosporidium xiaoi, Cryptosporidium ubiquitum and Cryptosporidium meleagridis. Different species of protozoa are present in rural farms ... / Doutor

Orientador: Marco Antonio Tecchio / Banca: Giuseppina Pace Pereira Lima / Banca: Sergio Ruffo Roberto / Resumo: A cor das bagas de uvas tintas deve-se à antocianinas e seu acúmulo parece estar regulado, ao menos em parte, pelo ácido abscísico, sendo que aplicações exógenas desse regulador proporcionam o aumento na concentração de antocianinas na casca de uvas. O objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito do ácido abscísico na cor das bagas e nas características físicas, químicas, bioquímicas e de armazenamento pós-colheita da uva 'Rubi'. O experimento foi realizado em um vinhedo comercial da cv. Rubi enxertada no porta-enxerto 420-A, localizado no município de São Miguel Arcanjo, SP (23º 31' S, 47º 35' O e altitude de 660 m), na safra 2014/15. Foi utilizado o delineamento de blocos casualizados, com 4 tratamentos e 6 repetições. Os tratamentos consistiram das concentrações do isômero (S)-cis-ácido abscísico (S-ABA), sendo: Controle (0 mg L-1); 400 mg L-1 de S-ABA no início da maturação (IM); 400 mg L-1 no IM + 200 mg L-1 aos 25 dias após a primeira aplicação (25 DAPA) e 400 mg L-1 no IM + 400 mg L-1 aos 25 DAPA. Na ocasião da colheita, na porção equatorial das bagas foram determinadas as características colorimétricas com uso de colorímetro, obtendo as seguintes variáveis: L* (luminosidade), C* (saturação), hº (matiz) e índice de cor (CIRG). Avaliou-se também a massa fresca, comprimento e largura do cacho, baga e engaço, número de bagas por cacho, teor de sólidos solúveis, acidez titulável, relação sólidos solúveis/acidez, pH, açúcares redutores, clorofilas, antocianinas, carotenoides, compostos fenólicos totais, flavonoides totais e atividade antioxidante, além da perda de massa, degrana, podridão e período de conservação da uva. A aplicação de S-ABA promoveu pouco efeito sobre as características físicas dos cachos e bagas e nenhum efeito sobre o engaço, no entanto, propiciou aumento no teor de sólidos solúveis e na relação sólidos ... / Abstract: The berries' grapes color is due to the anthocyanins and their accumulation seems to be adjusted, at least in part, by the abscisic acid, in which exogenous application of this regulator provides an increase in the concentration of anthocyanins in the grape skin. The aim of this study was to evaluate the effect of abscisic acid in the color of the berries and the physical characteristics, chemical, biochemical and postharvest storage of grape 'Rubi'. The experiment was conducted in a commercial vineyard cv. Rubi grafted on rootstock 420-A, located in São Miguel Arcanjo, SP (23º 31' S, 47º 35' W and the altitude of 660 m) in the 2014/15 crop. A randomized block design was used, with 4 treatments and 6 replications. The treatments consisted of isomer concentrations of (S)-cis-abscisic acid (S-ABA), as follows: Control (0 mg L-1); 400 mg L-1 S-ABA in the early maturation (EM); 400 mg L-1 to EM + 200 mg L-1 25 days after first application (25 DAFA) and 400 mg L-1 to EM + 400 mg L-1 to the 15 DAFA. At the time of harvest, in the equatorial portion of the berries were determined colorimetric characteristics with use of colorimeter, obtaining the following variables: L* (lightness), S* (saturation), hº (hue) and color index (CIRG). It was also evaluated the fresh weight, length and width of the cluster, berry and stem, number of berries per cluster, soluble solids, titratable acidity, relationship soluble solids/acidity, pH, reducing sugars, chlorophyll, anthocyanins, carotenoids, total compound phenolics, total flavonoids and antioxidant activity, besides weight loss, threshing, rot and grape storage time. The S-ABA application promoted little effect on the physical characteristics of the berries and clusters and no effect on stems, however, resulted in increased soluble solids and relationship soluble solids/acidity of the must. The S-ABA exerted effect on anthocyanins accumulation of grape ... / Mestre

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda de Alexandre Sebastião / Banca: Danielly Veloso Blanck / Resumo: Pacu (Piaractus mesopotamicus) é uma espécie de peixe Neotropical amplamente distribuída nas bacias dos rios Paraná e Paraguai, e uma das espécies de peixe neotropicais de maior valor para a aquicultura. Uma melhor compreensão do genoma do pacu é necessária para o manejo genético na conservação dos estoques naturais e cultivados. O principal objetivo foi identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) gene-associados no transcriptoma de fígado do pacu e, em seguida, aplicar em análises de variabilidade genética e de parentesco visando um manejo adequado desta importante espécie não modelo na aquicultura. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da plataforma Roche/454, que resultou na formação de 4.110 contigs não redundantes. Destes, 2.051 genes foram identificados e funcionalmente anotados a fim de revelar genes relacionados às características econômicas interessantes para a aquicultura. Foram encontrados 464 SNPs localizados em 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) e em regiões CDS (71,1%), e classificados como sinônimos (70,6%) e não sinônimos (29,4%). Foram genotipados 32 SNPs por meio da técnica Sequenom MassARRAY, dos quais alguns estavam relacionados com sistema imune. A variabilidade genética foi estimada em populações de indivíduos selvagens (Rio Paraná) e de indivíduos cultivados em sete pisciculturas do estado de São Paulo (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 e FF7). Não foram observadas diferenças significativas entre heterozigosidade observada (Hobs) e esperada (Hexp) para cada população. Análises de diferenciação genética mostraram baixo nível de estruturação genética entre as populações (Fst = 0.064, AMOVA = 93,59% da variação dentro de populações, P<0,05). Análises de parentesco mostraram que a maioria das estações de piscicultura possuíam pelo menos 40% de indivíduos aparentados, com risco de endogamia e necessidade de realização de um programa de acasalamentos... / Abstract: Pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical freshwater fish widely distributed in Parana, Paraguay Basin. Wild populations of pacu are threatened by overfishing and it is one of the fish species of highest commercial value for aquaculture. An understanding of the pacu genome is appropriate to genetic management in the conservation of wild and cultivated stocks. The main objective was identify gene-associated SNPs in liver transcriptome of pacu. We used SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to perform genetic variability and kinship analysis for suitable management of this important non-model species in aquaculture. Transcriptome sequencing was done with the Roche/454 technology and yielded 4,110 non-redundant contigs. Of these, 2,051 genes were identified and functionally annotated to reveal genes correlated to economical traits in aquaculture. We found 464 SNPs in 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) and CDS (71,1%), classified in synonymous (70,6%) and non-synonymous (29,4%). We genotyped 32 feasible SNPs through Sequenom MassARRAY platform and we obtained some SNPs related to immune system. Genetic diversity was estimated in wild individuals (Parana river) and in seven farm fish populations (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 and FF7). There were no significant differences between observed heterozygosity (Hobs) and expected (Hexp) for each population; and also between observed heterozygosity, expected heterozygosity and minimum allele frequency (MAF), when the population averages were compared (P <0.05). In addition, genetic differentiation analyzes showed low genetic structure of wild and cultivated populations of pacu (Fst = 0.064; AMOVA = 93.59% of the variation within populations; P<0,05). Kinship analysis showed most hatchery stations had at least 40% of related individuals, at risk of inbreeding and the need to perform a directed mating program. Our results showed unprecedented genomic resources for pacu / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-24Bitstream added on 2014-06-13T19:25:38Z : No. of bitstreams: 1 floriano_bp_me_araca.pdf: 900216 bytes, checksum: 5e9055fdcd50dd5a0e5c2ee686686c68 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se com este estudo avaliar os efeitos do isofluorano e tempo de anestesia com o mesmo sobre a perfusão tecidual de cães sob duas diferentes concentrações. Oito cães da raça Beagle foram anestesiados em múltiplos de CAM correspondentes a 1,5 (G1,5) e 2,0 (G2,0) CAM por duas horas, sendo mensuradas a cada 20 minutos as variáveis frequência cardíaca (FC), pressão sistólica (PAS), média (PAM) e diastólica (PAD), pressão da artéria pulmonar média (PAPm), pressão capilar pulmonar média (PCPm), pressão venosa central (PVC), índice cardíaco (IC), índice sistólico (IS), índice de trabalho ventricular esquerdo (ITVE), índice de resistência periférica total (IRPT), índice de resistência vascular pulmonar (IRVP), índice de oferta de oxigênio (IDO2), índice de consumo de oxigênio (IVO2), taxa de extração de oxigênio (TeO2), saturação venosa mista de oxigênio (SvO2) e lactato sanguíneo arterial. As médias de PAM, IC, IS e ITVE, diferiram significativamente entre os grupos, o que não foi observado nas variáveis IRPT e IRVP, as quais apresentaram diferença somente entre momentos de um mesmo grupo. Da mesma forma, houve diminuição progressiva da IRPT em G1,5, mas não em G2,0. Houve redução de IDO2 em G2,0 quando comparada a G1,5, mas não de IVO2. O lactato apresentou valores acima dos limites de referência, não diferindo entre grupos e reduzindo-se ao longo do tempo, enquanto que SvO2 foi menor em G2,0, acompanhada de maior TeO2 neste grupo. Concluiu-se que a perfusão global é prejudicada por concentrações maiores de isofluorano, ao passo que a perfusão periférica é mantida. Existe um limite para o grau de vasodilatação periférica causada pelo isofluorano em cães e o tempo de exposição ao anestésico interfere com a dinâmica cardiovascular tanto quanto sua concentração / The aim of this study was to evaluate the effects of isoflurane and anesthetic time period on tissue perfusion of dogs under two different concentrations. Eight beagle dogs were anesthetized in MAC multiples correspondent to 1.5 (G1.5) e 2.0 (G2.0) MAC for two hours, being the following variables collected every 20 minutes: heart rate (HR), arterial systolic (SAP), mean (MAP) and diastolic (DAP) pressures, pulmonary artery mean pressure (PAPm), pulmonary artery wedge pressure (PAWP), central venous pressure (CVP), cardiac index (CI), systolic index (SI), left ventricle work index (LVWI), total peripheral resistance index (TPRI), pulmonary vascular resistance index (PVRI), oxygen delivery index (IDO2), oxygen consumption index (IVO2), oxygen extraction (TeO2), mixed venous oxygen saturation (SvO2) and arterial blood lactate. Mean values of MAP, CI, SI and LVWI were different between groups, and such differences were not observed in TPRI and PVRI, which differences were only significant between time points in each group. In addition, there was progressive reduction of TPRI in G1.5, but not G2.0. There was a reduction of IDO2 in G2.0 when compared to G1.5, but not IVO2. Lactate levels were above reference limits, with no difference between groups and decreasing over time, whereas SvO2 was lower in G2.0, accompanied by higher TeO2 in that group. We conclude that global perfusion is impaired by higher concentrations of isoflurane, while peripheral perfusion is maintained. There is a limit to the degree of vasodilation caused by isoflurane in dogs and the time of exposure to the anesthetic interferes with cardiovascular dynamics as much as its concentrations