[pt] O sucesso da estimulação por fraturamento é dependente da geração de condutividade. No fraturamento sustentado, a condutividade é governada pelas propriedades dos agentes de sustentação os quais são caracterizados por materiais uniformes, esféricos e de elevada resistência compressiva, capazes de manter a fratura condutiva mesmo em elevado estado de tensões. No fraturamento ácido, a condutividade depende da impressão irregular na superfície da fratura e da capacidade mecânica da rocha em sustentar um fluxo contínuo após o seu fechamento. A previsão de desempenho do reservatório requer, entre outros parâmetros, informações completas do modelo de fluxo e o decréscimo de pressão nas imediações do poço, a geometria e a condutividade resultante após o fraturamento possui grande influência nesta análise. O propósito deste trabalho visa investigar experimentalmente, a partir de testemunhos de carbonatos profundos, o comportamento de fraturas ácidas e sustentadas em diferentes estágios de tensão, desenvolver uma proposta de calibração do modelo empírico desenvolvido por Nierode e Kruk a fim de estimarmos a condutividade resultante utilizando dados de perfis com base em propriedades dinâmicas e composição mineralógica, e avaliar o impacto da condutividade na produtividade de um poço. Baseado na análise dos resultados concluiu que, é possível obter fratura ácida condutiva sob as tensões confinantes esperadas em carbonatos profundos e que fraturas sustentadas apresentam maiores condutividades, determinada pela característica do agente de sustentação utilizado, não sofrendo influência significativa com o incremento de tensão, ao contrário do fraturamento ácido. A partir dos dados indiretos obtidos de perfil a poço aberto, é possível obter uma estimativa da distribuição da condutividade de fraturas ácidas sem necessidade de testemunhos. Ao simularmos os ganhos de produtividade a partir de diversas variáveis disponíveis em cada técnica estudada de estimulação é possível ratificar que, não existe solução única indicada para carbonatos e que, a permeabilidade do meio é o fator preponderante na decisão. / [en] A well-succeeded fracturing stimulation depends on conductivity creation, which is ruled by the propping agent in sustained fracturing. These agents are characterized by uniform spherical materials of high compressive resistance, besides being capable of keeping conductivity, even under high stress state. Acid fracture conductivity depends on uneven etching on the surface of the fracture wall, as well as on the mechanical capacity of the rock to support a continuous flow after the fracture is closed. Reservoir performance predictions require, among other parameters, complete information about the flow model and about the pressure decreased around the well. The resulting geometry and conductivity after fracturing have great influence on these predictions. The aim of the present study is to experimentally investigate the behavior of acid fractures supported by different stress stages according to deep carbonate samples, as well as to develop a calibration proposition to the empirical model developed by Nierode and Kruk, in order to estimate the resulting conductivity by using data logging based on dynamic properties and mineralogical compositions. Moreover, it aims at assessing the impact of conductivity on the productivity of the well. Results of the herein performed analysis allowed concluding that it is possible to get an acid fracture under the confining stress expected for deep carbonates, and that sustained fractures have higher conductivity, which is set by the characteristics of the adopted propping agent. Therefore, different from the acid fracturing, these sustained fractures are not significantly influenced by higher stress. Based on the indirect data collected from the profile of the well, it was possible estimating acid fracture conductivity distribution, without the need of samples. The simulated productivity increase based on the different variables available for each of the assessed stimulation techniques made it possible ratifying that there is no single solution recommended for carbonates, and that the medium permeability is the main factor influencing the decision making process.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-19Bitstream added on 2014-06-13T20:33:40Z : No. of bitstreams: 1 mendonca_pp_me_sjrp.pdf: 681812 bytes, checksum: d7353da4e0742a18d8d505b0587fda7b (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os triatomíneos são insetos hematófagos de grande importância para a parasitologia humana, pois são transmissores do Trypanosoma cruzi, protozoário causador da doença de Chagas. Além de sua importância médico-sanitária, os triatomíneos destacam-se pela sua citogenética, pois possuem cromossomos holocêntricos e um modelo de meiose incomum, com meiose invertida para os cromossomos sexuais. Recentes pesquisas com marcadores moleculares em triatomíneos tentam compreender a ancestralidade do grupo. Uma das formas de se compreender a evolução entre espécies é a partir da análise de seqüências do DNA ribossômico (DNAr). Por pertencer a famílias multigênicas, cópias individuais do DNAr não acumulam mutações independentemente, resultando em pequena variação intra-específica e relevante diferenciação interespecífica. No presente trabalho foi realizado um estudo comparativo entre as espécies Triatoma maculata e Triatoma pseudomaculata, com base no uso das técnicas citogenéticas convencionais de orceína lacto-acética, impregnação por íons prata, bandamento-C, reação de Feulgen; da técnica de citogenética molecular de bandamento- C CMA/DAPI; e também por meio da análise da região ITS-1 do DNAr, com base no sequenciamento, com o objetivo de avaliar o grau de homologia entre as espécies estudadas. Os cariogramas das duas espécies indicaram dez pares de autossomos (um deles de tamanho maior) e um par de cromossomos sexuais (2n = 22). No ciclo meiótico foi possível observar a fragmentação da região nucleolar no final do estágio difuso. Corpúsculos nucleolares foram observados em alguns dos núcleos em metáfases meióticas de T. pseudomaculata, evidenciando a persistência nucleolar. A técnica de bandamento-C revelou que o cromossomo Y é heterocromático em ambas as espécies. O sequencimento da região ITS-1, indicou que as espécies apresenta... / The triatomines are hematophagous insects of great concern in public health because they are vectors of Trypanosoma cruzi, a protozoan that causes Chagas disease. Triatomines are also of great genetic interest, because that they present holocentric chromosomes and an unusual form of meiosis with post-reductional segregation of sex chromosomes. Recent studies based on molecular markers try to understand the evolutionary history of triatomines. To understand the evolution of a given species, ribosomal DNA (rDNA) analyses are frequently used, which can help to infer evolutionary relationships among species. Individual copies of rDNA do not accumulate mutations independently because they belong to multigene families, resulting in slight intraspecific and important interspecific variation. In this study, a comparative analysis was performed between the species Triatoma maculata and Triatoma pseudomaculata, based on the cytogenetic techniques of lacto-acetic orcein, silver ion impregnation, Cbanding, Feulgen reaction; and CMA/DAPI C-banding. We also compared the species by sequencing the ITS-1 rDNA internal transcribed region in order to evaluate the degree of homology among the studied species. The cariograms of the two species revealed ten autosomes and one pair of sexual chromosomes (2n= 22). In the meiotic cycle, nucleolar fragmentation during the final stages of meiotic prophase I was found. Nucleolar corpuscles were found in some meiotic metaphases of T. pseudomaculata, which is evidence of nucleolar persistence. The C-banding technique revealed that the Y chromosome is heterochromatic in both species. The ITS-1 rDNA sequences showed that the species presented a discharge proximity to each other, and had a high degree of homology (98.5%). The knowledge obtained in this study contributes to the understanding of the interrelation and distribution of those species, and offers... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-19Bitstream added on 2014-06-13T19:03:50Z : No. of bitstreams: 1 dantas_aar_dr_arafo.pdf: 3751383 bytes, checksum: 3e1b8a2e3a4274e6debc8eb99cd9a12e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A remoção da smear layer e a exposição da matriz colágena da dentina de superfícies radiculares desprovidas de sua inserção conjuntiva tem o potencial de auxiliar o tratamento e/ou a regeneração periodontal. Diferentes substâncias têm sido empregadas para remover esta camada e expor fibras colágenas da superfície dental. A adesão de elementos sangüíneos a superfícies radiculares desmineralizadas e a estabilização do colágeno pelas fibras colágenas são de extrema importância no sucesso da cirurgia periodontal. O objetivo deste estudo foi avaliar os diferentes padrões de adsorção e adesão de plasma rico em plaquetas (PRP) e de PRP + células sangüíneas a superfícies radiculares quimicamente condicionadas. Oitenta dentes foram raspados, eqüitativamente divididos em 5 grupos: irrigação com soro fisiológico (controle), aplicação de solução de ácido cítrico a 25%, gel de EDTA a 24%, solução de cloridrato de tetraciclina a 50mg/mL e solução de citrato de sódio a 30%. Metade das superfícies condicionadas foi exposta ao PRP e a outra metade ao PRP e sangue fresco para avaliação com microscopia eletrônica de varredura. Não houve diferenças estatisticamente significantes entre os grupos quando aplicou-se o PRP seguido de sangue. O EDTA e o ácido cítrico mostraram-se mais efetivos na remoção de smear layer, porém o ácido cítrico foi o único agente que apresentou adesão de PRP nas superfícies radiculares. Dessa forma, o emprego do PRP sobre a superfície radicular pareceu favorecer a adsorção e adesão de células sangüíneas e a estabilização da rede de fibrina. / Smear layer removal and collagen fibers exposure may improve periodontal treatment and regeneration. Different substances have been used to remove it and to expose collagen fibers from tooth surface. Blood elements adhesion to demineralized roots and clot stabilization by collagen fibers are extremely important for the success of periodontal surgery. The aim of this study was to evaluate the different patterns of platelet – rich plasma (PRP) and PRP + blood cells adsorption and adhesion to root surfaces chemically conditioned. Eighty teeth were planed and equitably divided into five groups: irrigation with saline solution (control), application of a 25% citric acid solution, 24% EDTA gel, 50mg/mL tetracycline hydrochloride and 30% sodium citrate solution. Half of the conditioned surface was exposed to PRP and another half to the PRP and fresh blood and prepared for scanning electron microscopy. Planed root surfaces and conditioned with EDTA and citric acid were more effective on smear layer removal, but citric acid was the only agent that showed blood cells adhesion to root surface. This way, PRP employments on root surface probably improve blood element adsorption and adhesion to root surface and fibrin network stabilization.

[pt] Dentre os contaminantes químicos liberados nos corpos de água, chumbo e cádmio são extremamente prejudiciais para os seres vivos. As sustâncias húmicas, devido à sua estrutura molecular complexa, que compreende grupos carboxílicos, fenólicos e éter, são adsorventes eficazes para poluentes orgânicos e metais. Neste contexto, o principal objetivo do presente trabalho foi avaliar o potencial do ácido húmico (AH) como adsorvente para chumbo e cádmio em meio aquoso e determinar os parâmetros cinéticos e termodinâmicos do processo. AH foi extraído de uma amostra de carvão, coletada na área de mineração do Estado de Santa Catarina, previamente oxidada com HNO3 concentrado em condições de refluxo, conforme a metodologia recomendada pela IHSS. O AH obtido foi caraterizado por técnicas de análise elementar, FTRI, análise termogravimétrica e MEV. Os resultados da caracterização foram similares aos relatados na literatura. Foram realizados ensaios de adsorção para cada cátion, em diferentes níveis de pH da solução, e a partir desta avaliação previa ficou determinado o valor de pH em 5. Os ensaios de adsorção com variação da concentração inicial dos cátions foram realizados separadamente para cada metal em batelada, empregando as seguintes condições: 50 mL de uma solução de cátion (0 a 100 mg L-1), 50 mg de AH, agitação mecânica (175 rpm) e temperatura constante (25 graus Celsius). Após 24 horas, os sistemas foram centrifugados e a concentração de cada metal no sobrenadante foi determinada por espectrometria de absorção atómica. As isotermas obtidas para Pb e Cd apresentaram uma curva em forma de L, o que indica que os sítios adsorventes disponíveis no AH tendem à saturação. Comparativamente a capacidade de adsorção máxima para o Pb foi mais elevada (77 mg g-1) do que aquela apresentada para o Cd (12 mg g-1). Tal fato indica uma maior afinidade dos sítios de adsorção do AH para o Pb. Comparativamente, foram feitos ensaios de adsorção com AH de Leonardita (padrão da IHSS) e carvão mineral oxidado. Para a determinação dos parâmetros termodinâmicos, foram realizados ensaios de adsorção em três temperaturas diferentes (15, 25, 35 graus Celsius). O processo de adsorção foi de natureza endotérmico, com um valor de entalpia de 7,86 kJ mol-1 e um valor de entropia de 23,11 J mol-1 K-1. A cinética de adsorção segue um modelo cinético de pseudo-segunda ordem com constates de taxa de 0,065 mg g-1 min-1 e 0,025 mg g-1 min-1 para Pb (Co 17,60 mg L-1) e Cd (Co 6,41 mg L-1), respetivamente. Os resultados obtidos no presente estudo mostram que o AH de carvão mineral pode eventualmente ser empregado para a remoção de metais pesados em meio aquoso, porem estudos sobre otimização de seu potencial devem ser todavia realizados. / [en] Among the released chemical contaminants into water bodies, lead and cadmium are extremely harmful to living things. The humic substances, due to their complex molecular structure that comprises both aliphatic and aromatic moieties as well as carboxylic, phenolic and ether groups are effective adsorbents for organic pollutants and metals. In this context, the main objective of this study was to evaluate the potential of humic acid (HA), extracted from previously oxidized coal, as adsorbent for lead and cadmium in aqueous solutions and determine the kinetic and thermodynamic parameters of the process. HA was extracted from a coal sample, collected in the mining area of the State of Santa Catarina, previously oxidized with HNO3 concentrated in reflux conditions, according to the methodology recommended by the IHSS. The HA obtained was characterized by elemental analysis techniques, FTRI, thermogravimetric analysis and SEM. The characterization results were similar to those reported in the literature. Adsorption experiments were carried out for each cation in different pH levels, and from this evaluation it was determined the value of pH at 5. The adsorption experiments with a variation of the initial concentration of cations were performed separately for each metal by employing the following conditions: 50 ml of a cation solution (0 to 100 mg L-1), 50 mg of HA, mechanical agitation (175 rpm) and constant temperature (25 Celsius degrees). After 24 hours, the system was centrifuged and the concentration of each metal in the supernatant was determined by atomic absorption spectrometry (AA). The isotherms obtained for Pb and Cd showed a L-shaped curve, indicating that the available sorptive sites on HA tending to a saturation point. Compared maximum adsorption capacity for Pb was higher (77mg g-1) than that shown for Cd (12mg g- 1). This fact indicates a higher affinity the adsorption sites of HA for Pb. Comparatively, adsorption experiments were performed with HA Leonardite (standard IHSS) and oxidized coal. For the determination of the thermodynamic parameters, adsorption experiments were performed at three different temperatures (15, 25, 35 Celsius Degrees). The adsorption process is endothermic nature, with a value of enthalpy of 7.86 kJ mol-1 and a value of entropy 80.54 mol-1 K-1. The adsorption kinetics follows a kinetic model of the pseudo-second-order with rate constants 0.065 g mg-1 min-1 and 0.025 mg g-1 min-1 for Pb (Co 17.60 mg L-1) and Cd ( Co 6.41 mg L-1), respectively. The results obtained in this study show that the coal HA can optionally be employed for removing heavy metals from aqueous media, but studies for their potential should however be realized.

Orientador: Ana Lúcia Barretto Penna / Banca: Kátia Sivieri / Banca: Eleni Gomes / Resumo: No Brasil, o queijo Mussarela elaborado com leite de búfala, tem uma boa aceitação pelos consumidores e mercado em expansão. Entretanto, poucas são as pesquisas em âmbito nacional sobre a microbiota e influência das bactérias ácido-láticas utilizadas na produção, sobre a qualidade tecnológica deste queijo. O objetivo deste trabalho foi compor um banco de culturas representativo da microbiota isolada de queijo Mussarela fabricado com leite de búfala e efetuar a caracterização das bactérias ácido-láticas (BAL). Foram realizadas três coletas em dois laticínios (Laticínios A e B), em diferentes etapas do processo de fabricação, assim como no produto acabado (queijo Mussarela e soro de conservação) recém processado e com 14 e 28 dias de estocagem. Foi feita a contagem de colônias viáveis, isolamento dos mesófilos e termófilos, caracterização morfológica por coloração de Gram e teste de catalase. Foram obtidos 313 isolados que apresentaram características de BAL. As culturas isoladas das amostras do queijo do Laticínio B foram identificadas pela técnica de RAPD e sequenciamento do gene 16S rRNA e caracterizadas quanto à atividade acidificante, capacidade de utilizarem o citrato, atividade proteolítica e capacidade de produzirem compostos voláteis precursores de aromas. Para os dois laticínios, a população de microorganismos termófilos prevaleceu sobre os mesofilos. Os isolados foram identificados como Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus e Leuconostoc mesenteroides. A velocidade máxima de acidificação para os isolados variou de 0,0005 e 0,0305 unidades de pH por minuto após 20 min e 18 h 50 min do início do processo de fermentação, respectivamente para termófilos e mesófilos. O tempo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In Brazil, the Mozzarella cheese prepared with buffalo milk has a good acceptance and market expansion. However, there are few national studies about microflora and influence of lactic acid bacteria, used in production, on the technological quality of this cheese. The aim this study was to compose a representative bank of the microbial cultures isolated from Mozzarella cheese produced with buffalo milk and to characterize the lactic acid bacteria (LAB). Three collections were performed in two dairy (Dairy A and B) at different stages of the manufacturing process as well as the finished product (Mozzarella cheese and whey conservation) newly processed and with 14 and 28 days of storage. It was followed a count of viable colony, isolation of mesophiles and thermophiles, morphological characterization by Gram staining and catalase test. It was obtained 313 isolates that exhibited characteristics of LAB. The cultures isolated of the cheese samples of the cheese from the Dairy B were identified by RAPD and 16S rRNA gene sequencing and characterized by acidifying activity, ability to utilize citrate, proteolytic activity and ability to produce volatile compounds that are flavor precursors. At two dairies, the population of thermophilic microorganisms was higher than mesophylic. The isolates were identified as Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Leuconostoc mesenteroides. The top speed of acidification for the isolates ranged from 0.0005 and 0.0305 pH units per minute after 20 minutes and 18:50 of the beginning of the fermentation process, respectively for thermophiles and mesophiles. The time required to reach the pH 5.0 ranged from 4h50min to 60h the beginning of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-31Bitstream added on 2014-06-13T18:52:34Z : No. of bitstreams: 1 arruda_dp_me_botfca.pdf: 628799 bytes, checksum: c0a1f52e914545883936131898e973ff (MD5) / Existem vários extratores que avaliam a disponibilidade de silício no solo. Nos Estados Unidos utiliza-se como extrator químico o ácido acético 0,5 mol L-1 , o qual já foi usado no Brasil, mas recentemente foi substituído pelo cloreto de cálcio 0,01 mol L-1, o mesmo utilizado na Austrália. Os extratores, de forma geral, são dependentes das características físicas do solo, principalmente do teor de argila, e podem subestimar ou superestimar os teores de silício no solo. Na literatura não há relatos de extratores de silício que se assemelhem às raízes das plantas, como é o caso da resina trocadora de ânions usada na extração do fosfato do solo. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar extratores químicos que correlacionem o silício disponível no solo com o silício absorvido por plantas de cana-de-açúcar, cultivada em solos de textura arenosa, média e argilosa. Foram avaliados 8 extratores com o objetivo de selecionar aqueles que melhor avaliam os diferentes tipos de solos encontrados no Brasil. Os extratores utilizados foram CaCl2 0,01 Mol L-1 (Padrão), CaCl2 0,01 Mol L-1 (modificado), ácido acético 0,5 Mol L-1, KCl 0,01 Mol L-1, resina trocadora de íons, água, tampão acetato de sódio pH 4,0 e HCl 0,01 Mol L-1. As amostras foram coletadas entre março e dezembro de 2007 em áreas cultivadas com a cultura da cana-de-açúcar nas Usinas Guairá (Guairá-SP) e Colombo (Ariranha - SP). No momento do corte de cana-de-açúcar, em cada unidade experimental, foram realizadas coletas de solo nas profundidades 0-0,20 m e 0,20-0,40 m, para avaliação de pH, M.O. H+Al, P, K, Ca, Mg, Si, Fe2O3, Al2O3, SiO2 e textura do solo. Na mesma época, coletou-se a parte aérea de 10 plantas inteiras de cana-de-açúcar para determinação da produtividade e do silício acumulado nas plantas. As texturas dos solos... / Many extractants evaluated silicon availability in soil. In the United States, the acetic acid 0.5 mol L-1 is the most used. This Si extractant has already been used in Brazil, but it was recently replaced by the calcium chloride 0.01 mol L-1, the same used in Australia. The extractants generally depend on soil physical characteristics, mainly clay content, and thus may underestimate or overestimate Si levels in soil. There are no references in literature about silicon extractants that simulate the behavior of plant roots, like the anion exchange resin used to extract phosphate in soil. Therefore, the objective of this study was to evaluate chemical extractants that correlate Si available in soil with Si uptaken by sugar cane plants, cropped in sandy, sandy-loam and clayey soils. Eight Si extractants were tested with the aim to select the ones that most accurately evaluate different soil types in Brazil. The extractants were CaCl2 0.01 Mol L-1 (standard), CaCl2 0.01 Mol L-1 (modified), acetic acid 0.5 Mol L-1, KCl 0.01 Mol L-1, ion exchange resin, water, sodium acetate buffer pH 4.0 and HCl 0.01 Mol L-1. Samples were taken in Guaíra-SP, Brazil (Usina Guaíra) and Ariranha-SP, Brazil (Usina Colombo) between March and December of 2007 from areas cropped with sugar cane. At harvest, soil samples were taken from each experimental unit in the depths 0-0.20 m and 0.20-0.40 m to evaluate pH, organic matter (O.M.), H+Al, P, K, Ca, Mg, Si, Fe2O3, Al2O3, SiO2 and soil texture. Also, 10 plant shoots were harvested to determine yield and Si accumulation. Soil texture, iron oxide and aluminum oxide levels significantly influence on Si availability in soil. The acetic acid and buffer pH 4.0 extracted more silicon from soil, mainly in the clayey texture, that showed high levels of iron and aluminum oxides, highly correlating with Si accumulated in plant... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Ney Lemke / Resumo: Uma grande variedade de sequências de RNA presentes nos transcriptomas mas com funções ainda desconhecidas tem estimulado o desenvolvimento de técnicas experimentais e computacionais que colaborem na determinação do papel dessas moléculas. Entretanto, a compreensão dos mecanismos de ação de uma dada molécula de RNA envolve não somente a determinação de sua estrutura de mínima energia livre, mas também o estudo do comportamento de suas conformações metaestáveis. Os algoritmos existentes para predição da estrutura de moléculas de RNA ignoram armadilhas cinéticas que podem levar a formação de estruturas subótimas e utilizam modelos termodinâmicos incompletos, muitas vezes ignorando a formação de estruturas mais complexas, como os pseudonós. Nesse trabalho apresentamos um algoritmo para simulação do dobramento cotranscricional para o estudo dos efeitos da conformação espacial da molécula de RNA na cinética da transcrição. A partir da determinação das conformações permitidas, o algoritmo estabelece uma série de reações de transição entre esses estados, com valores das taxas de ocorrência ponderados através de uma distribuição de probabilidade de Boltzmann baseada na variação de energia livre de Gibbs desses estados. As energias livres das estruturas secundárias são determinadas segundo o modelo dos primeiros vizinhos e dois algoritmos foram implementados para o cálculo da energia livre dos pseudonós. Finalmente, simulações de Monte Carlo baseadas no algoritmo de Gillespie foram ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The discovery of a wide variety of RNA sequences present in transcriptomes with unknown function has stimulated the development of experimental and computational techniques to determine the function of these molecules. However, understanding the activities of a given RNA molecule involves not only finding its minimum free energy structure, but also studying its metastable structures. The methodologies available for predicting RNA structure ignore kinetic traps that can lead to formation of suboptimal structures and are based in over-simplified thermodynamic models. These methodologies usually can not predict RNA conformations with more complex topologies, such as pseudoknots. In this work we present a computational model for cotranscriptional folding that considers the influence of RNA structures during transcription elongation. After determining the allowed conformations for the sequence of interest, the algorithm established a series of allowed reactions between these structures. The reactions rates are weighted by the Boltzmann factor based on Gibbs free energy variation between the states. The free energies for secondary structures were estimated by the nearest-neighbor model, and two algorithms were implemented to calculate the free energy of pseudoknots. Finally, Monte Carlo simulations based on the Gillespie algorithm were performed to find out the RNA folding path. We show using examples the potential of the software developed. / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-02-17Bitstream added on 2014-06-13T19:18:12Z : No. of bitstreams: 1 peruchi_m_me_ilha.pdf: 409644 bytes, checksum: 13cc13a47b4065725a43a427e00b9c2c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A adubação foliar ainda é uma prática pouco estudada, tanto no que concerne às concentrações, épocas de aplicação e produtos utilizados. O interesse pelo uso do fornecimento de nutrientes minerais através das partes aéreas da plantas cultivadas vem aumentando extraordinariamente, não só nos países mais adiantados do mundo, como também no Brasil, especialmente nos últimos anos. O trabalho teve como objetivo investigar os efeitos da aplicação, via foliar, de B e de Zn em culturas anuais (algodão, arroz, feijão, milho, soja e trigo). A importância do trabalho está no sentido de se obter respostas sobre a aplicação dos produtos atualmente recomendados para as devidas culturas sem o estudo experimental de sua eficiência ou de possíveis danos que possam provocar às culturas, e conseqüentemente auxiliar o agricultor na prática deste manejo. Foi utilizado o delineamento em blocos casualizados e os tratamentos se constituíram pela variação de fontes dos nutrientes boro e zinco aplicados via foliar. Foram avaliados o teor foliar dos macro e micronutrientes, com exceção do cloro e do molibdênio, os componentes de produção e a produtividade das culturas. De acordo com os resultados pode-se concluir que: (a) a aplicação de boro e zinco via foliar, nas culturas do feijão, trigo e algodão, não aumentaram os teores foliares desses elementos, (b) os teores de boro e zinco foliar, na cultura do arroz, foram aumentados quando da aplicação destes nutrientes, (c) a aplicação de zinco via foliar, aumentou o teor foliar desse nutriente nas culturas do milho e da soja, (d) os tratamentos não promoveram efeitos significativos nos componentes de produção e na produtividade das culturas, (e) não se recomendaria a aplicação foliar desses fertilizantes nas culturas estudadas. / The leaf fertilization is still a not very studied practice, so much to concentrations, application times and used products. The interest for supplying nutrients through the leaf of cultivated plants comes increasing extraordinarily, not only in the advanced countries of the world, but also in Brazil, especially in last years. The work had as objective to investigate the effects of the application, through leaf, of nutrients in annual crops (cotton, rice, common bean, corn, soybean and wheat). The importance this study is to obtain response about the application of products recommended for those crops without experimental study of its efficiency or possible damages that can provoke to the crops, and consequently to help farmers in the practice of this management. The experimental design was blocks casualizados and the treatments were constituted by sources of boron and zinc applied through leaf. Were appraised the leaf content of macro and micronutrients, except for the chlorine and molybdenum, the production components and productivity of the crops. The results showed: (a) the B and Zn application, in common bean, wheat and cotton crops, did not increase the leaf content those elements, (b) B and zinc leaf content, on rice, were increased when of the application of these nutrients, (c) the leaf application of zinc increased the leaf content this nutrient on corn and soybean, (d) the treatments did not promote significant effects in production components and productivity of the crops, (e) would not be recommended the leaf application those fertilizers on crops studied.

Orientador: Susanne Rath / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-11T15:44:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Doretto_KeityMargareth_M.pdf: 885846 bytes, checksum: 58deaa5a75fe44417e40247d90966df2 (MD5) Previous issue date: 2008 / Compostos orgânicos a base de antimônio ainda são empregados no tratamento de leishmaniose e, no Brasil, o fármaco de primeira escolha continua sendo o antimoniato de N-metilglucamina (ANMG). Este fármaco a base de Sb(V) não possui estrutura química definida, tendo sido relatados, entre outros, a presença de Sb(III) como contaminantes. O objetivo deste trabalho foi a síntese e caracterização de ANMG e o desenvolvimento e validação de métodos analíticos para a especiação de antimônio (Sb(III) e Sb(V)) no ANMG, usando a voltametria de onda quadrada e a cromatografia líquida de alta eficiência associada a um detector de arranjo de diodos (HPLC-DAD). A determinação de Sb(III) no ANMG foi realizada por voltametria de onda quadrada, usando o eletrodo de gota pendente de mercúrio (HMDE) e ácido clorídrico 2,0 mol L como eletrólito suporte. Para a determinação de Sb(V) foi avaliado o uso da voltametria adsortiva com redissolução catódica por onda quadrada usando o ácido cloranílico (AC) como agente complexante. No entanto, o método não apresentou seletividade para a determinação de Sb(V) no ANMG na presença de Sb(III) e N-metilglucamina. Sendo assim, foi desenvolvido e validado um método HPLC-DAD para a especiação de Sb(V) no ANMG, através do complexo formado com AC. A separação foi realizada em uma coluna de fase reversa octadecil híbrida e uma fase móvel composta de solução aquosa de ácido fosfórico pH 2 e metanol por eluição com gradiente e quantificação em 310 nm. Todos os métodos desenvolvidos foram validados mediante avaliação dos seguintes parâmetros: faixa linear, linearidade, sensibilidade, seletividade, precisão intra-ensaio e inter-ensaio, limites de detecção e quantificação e exatidão. O produto de síntese, obtido a partir da reação entre Sb(V) N-metilglucamina, foi caracterizado por análise elementar e espectrometria de massas em tandem por interface de ionização por electrospray (ESI-MS/MS Q-ToF). Foi confirmada a coexistência de várias espécies de antimônio em solução, assim foi possível realizar a especiação de antimônio, quanto ao estado de oxidação, por essa técnica / Organic compounds containing antimony are still employed in the treatment of leishmaniasis and, in Brazil, the drug of choice, continues to be N-methylglucamine antimoniate (ANMG). This drug containing Sb(V) doesn¿t possess a defined chemical structure, and several contaminants Sb(III), among others, has been reported. The aim of this work was the synthesis and characterization of ANMG and the development and validation of analytical methods for antimony speciation (Sb(III) and Sb(V)) in ANMG, using square wave voltammetry (SWV) and high performance liquid chromatography coupled to a diode array detector (HPLC-DAD). The determination of Sb(III) in ANMG was accomplished by SWV, using the hanging mercury drop electrode (HMDE) and 2.0 mol L hydrochloric acid as a supporting electrolyte. For the determination of Sb(V) the use of square wave adsorptive stripping cathodic voltammetry was evaluated, using the HMDE and chloranilic acid (AC) as a complexing agent. However, the method didn¿t present selectivity for the determination of Sb(V) in ANMG in the presence of Sb(III) and N-methylglucamine. Due to this fact, a HPLC-DAD method was developed and validated for the speciation of Sb(V) in ANMG by formation of a compound with AC. The separation was carried out with a reverse phase octadecyl hybrid column with a mobile phase composed of an aqueous phosphoric solution, pH 2 and methanol over gradient elution and quantification at 310 nm. All of the development methods were validated by evaluation of the following parameters: linear range, linearity, sensitivity, selectivity, intra-assay and inter-assay precisions, limit of detection, limit of quantification and accuracy. The product obtained by synthesis using Sb(V) and N-methylglucamine as reagents, was characterized by elementary analysis and by electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS Q-ToF). The presence of several species containing antimony in solution was confirmed and antimony speciation, in relation to the oxidation state, was carried out / Mestrado / Quimica Analitica / Mestre em Química

Orientador: Regina Maria Puppin-Rontani / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campina, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-12T09:08:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pascon_FernandaMiori_D.pdf: 20418378 bytes, checksum: 123cef34dc5e16d51cd9c6553ae586c5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A utilização de substâncias químicas auxiliares, durante o tratamento endodôntico, pode alterar a composição química e as propriedades físicas da estrutura dentinária corono-radicular. Além disso, pode interferir no processo de união do material restaurador às estruturas dentinárias da câmara pulpar. Dessa maneira, pesquisas devem ser realizadas possibilitando a indicação de uma substância, que apresente o mínimo efeito nas propriedades mecânicas dentinárias, enquanto exerce o efeito de debridamento desejado. No intuito de facilitar a apresentação desta Tese, a mesma foi dividida em três capítulos, como descrito nas proposições seguintes. Capítulo 1: revisar sistematicamente a literatura a respeito dos efeitos da solução de hipoclorito de sódio nas propriedades mecânicas da dentina do canal radicular quando a mesma é utilizada durante o tratamento endodôntico. Capítulo 2: verificar os efeitos de diferentes substâncias químicas auxiliares (soro fisiológico, hipoclorito de sódio, clorexidina gel, peróxido de uréia - Endo-PTC® e EDTA) na microdureza (realizada por meio do teste de microdureza Vickers) e morfologia (realizada por meio de análise em Microscopia Eletrônica de Varredura) da dentina da câmara pulpar de dentes anteriores decíduos e permanentes. Capítulo 3: avaliar o efeito de substâncias químicas auxiliares (soro fisiológico, hipoclorito de sódio, clorexidina gel, peróxido de uréia - Endo-PTC® e EDTA) na rugosidade superficial da dentina da câmara pulpar de dentes decíduos e permanentes. Baseando-se na revisão de literatura pôde-se concluir que há forte evidência de que o hipoclorito de sódio altera as propriedades mecânicas da dentina radicular, quando o mesmo é utilizado como solução irrigadora durante o tratamento endodôntico. O uso de substâncias químicas auxiliares diminuiu os valores de microdureza dentinária Vickers tanto para dentes decíduos quanto para os permanentes. Observaram-se resultados não conclusivos com o uso do EDTA 17% na dentina da câmara pulpar dos dentes decíduos e permanentes uma vez que a microdureza superficial não pôde ser mensurada. A solução de hipoclorito de sódio 1% e 5,25% produziu os menores valores de microdureza Vickers para dentes decíduos e permanentes, comparados à clorexidina gel 2% e grupo controle (soro fisiológico). Alterações morfológicas foram observadas quando a dentina da câmara pulpar foi irrigada com solução de hipoclorito de sódio 1% ou 5,25% associados ao EDTA 17%, EDTA 17% utilizado isoladamente e clorexidina gel 2% associada ou não ao EDTA 17%. Em relação à rugosidade superficial pôde-se concluir que a irrigação da dentina da câmara pulpar aumentou a rugosidade superficial dos dentes permanentes e decíduos tratados com hipoclorito de sódio 1% e 5,25% associados ao EDTA 17%. / Abstract: Irrigation solutions, endodontic auxiliary chemical substance, and chelating agents used on root canal treatment might yield changes in the chemical composition and physical properties of dentin surface, and affect its interaction with materials used for coronal sealing. Thus, studies are required to select a suitable chemical agent, which has minimal effects on the mechanical properties of the tooth whilst achieving the desired debridement effect. In order to facilitate the accomplishment of this Thesis, it was divided into three chapters, as described on the following descriptions. Chapter 1: to present a systematic review on the effect of sodium hypochlorite on the mechanical properties of root canal dentin, considering its use as an irrigation solution. Chapter 2: to verify the effects of endodontic irrigants, auxiliaries chemicals substances and chelating agent on the microhardness (Vickers Hardness test) and morphology (Scanning Electron Microscopy) of the pulp chamber dentin in primary and permanent teeth. Chapter 3: to evaluate the effect of endodontic irrigants, auxiliaries chemicals substances and chelating agent on the roughness of the pulp chamber dentin of primary and permanent teeth. Based on literature review it could be concluded that there is strong evidence showing that sodium hypochlorite alters the mechanical properties of root canal dentin, when used as an endodontic irrigant. The use of irrigation solutions decreased the Vickers Hardness Number values for both permanent and primary teeth. Inconclusive results were observed when 17% EDTA was used, since it could not be measured. Sodium hypochlorite provides lower Vickers Hardness Number for primary and permanent teeth, compared with 2% chlorhexidine and control group (saline solution). Morphological alterations were observed when pulp chamber irrigation was performed by 1% or 5.25% sodium hypochlorite associated with 17% EDTA, 17% EDTA, and 2% chlorhexidine gel associated or no with 17% EDTA. Regarding surface roughness, it was concluded that pulp chamber irrigation with 1% and 5.25% sodium hypochlorite associated with 17% EDTA increases pulp chamber roughness of primary and permanent teeth. / Doutorado / Odontopediatria / Doutor em Odontologia