Les recherches menées au cours de cette thèse visent à améliorer la qualité de prédiction des structures secondaires d'ARN avec pseudo-nœuds par l'approche thermodynamique. Elles se sont focalisées sur ses deux composantes essentielles : le modèle d'énergie libre qui paramètre les repliements de l'ARN et l'algorithme qui propose les repliements les plus vraisemblables. Bien que la question du modèle d'énergie libre soit considérée comme close à l'heure actuelle, il m'est apparu nécessaire et possible de repenser la manière dont il est calibré. Le principe de TT2NE, un nouvel algorithme de prédiction, est également exposé. Son efficacité repose sur une nouvelle classification des pseudo-nœuds à l'aide du genre, un indice topologique dont j'illustre par ailleurs la pertinence par une analyse qualitative et quantitative des bases de données disponibles. Au final, sans être arrivé au terme de tous les développements possibles des travaux engagés, les résultats obtenus sont prometteurs et améliorent l'état de l'art de ce problème.

Les performances des algorithmes d'ordonnancement ont un impact direct sur les performances du système complet. Les algorithmes d'ordonnancement temps réel possèdent des bornes théoriques d'ordonnançabilité optimales mais cette optimalité est souvent atteinte au prix d'un nombre élevé d'événements d'ordonnancement à considérer (préemptions et migrations de tâches) et d'une complexité algorithmique importante. Notre opinion est qu'en exploitant plus efficacement les paramètres des tâches il est possible de rendre ces algorithmes plus efficaces et à coût maitrisé, et ce dans le but d'améliorer la Qualité de Service (QoS) des applications. Nous proposons dans un premier temps des algorithmes d'ordonnancement monoprocesseur qui augmentent la qualité de service d'applications hybrides c'est-à-dire qu'en situation de surcharge, les tâches à contraintes souples ont leur exécution maximisée et les échéances des tâches à contraintes strictes sont garanties. Le coût d'ordonnancement de ces algorithmes est aussi réduit (nombre de préemptions) par une meilleure exploitation des paramètres implicites et explicites des tâches. Cette réduction est bénéfique non seulement pour les performances du système mais elle agit aussi positivement sur la consommation d'énergie. Aussi nous proposons une technique associée à celle de DVFS (dynamic voltage and frequency scaling) afin de minimiser le nombre de changements de points de fonctionnement du fait qu'un changement de fréquence implique un temps d'inactivité du processeur et une consommation d'énergie. Les algorithmes d'ordonnancement multiprocesseur basés sur le modèle d'ordonnancement fluide (notion d'équité) atteignent des bornes d'ordonnançabilité optimales. Cependant cette équité n'est garantie qu'au prix d'hypothèses irréalistes en pratique du fait des nombres très élevés de préemptions et de migrations de tâches qu'ils induisent. Dans cette thèse un algorithme est proposé (ASEDZL) qui n'est pas basé sur le modèle d'ordonnancement fluide. Il permet non seulement de réduire les préemptions et les migrations de tâches mais aussi de relâcher les hypothèses imposées par ce modèle d'ordonnancement. Enfin, nous proposons d'utiliser ASEDZL dans une approche d'ordonnancement hiérarchique ce qui permet d'obtenir de meilleurs résultats que les techniques classiques.

La recherche de cycles limites pour des sytèmes polynômiaux du plan est historiquement motivée par le 16e problème de Hilbert. Les résultats obtenus dans cette thèse concernent des systèmes différentiels quadratiques intégrables perturbés pour lesquels on met en oeuvre une adaptation d'un algorithme théorique proposé par Jean-Pierre Françoise permettant le calcul des dérivées successives de l'application de premier retour, encore appelées fonctions de Melnikov. Le premier exemple étudié est de type Liénard et présente un centre en l'origine. Le calcul par deux méthodes différentes de la première fonction de Melnikov assure l'existence d'un cycle limite pour le système perturbé. Dans certains cas, on calcule les fonctions de Melnikov d'ordre supérieur et on donne des conditions pour lesquelles le système reste à centre. Le second exemple est issu d'une équation d'Abel remarquée par Liouville, dont l'étude des singularités à l'infini fait apparaître une singularité non hyperbolique avec domaine elliptique. On perturbe quadratiquement une forme normale quadratique présentant cette singularité. Le calcul des trois premières fonctions de Melnikov assure l'existence de perturbations faisant apparaître deux cycles limites. D'autre part, on est en mesure de donner certains cas intégrables ainsi que la nature algébrique des fonctions de Melnikov d'ordre supérieur. Dans le troisième exemple, on étudie une famille de systèmes présentant soit une singularité avec deux secteurs elliptiques, soit un centre et une singularité avec un domaine elliptique. On espère trouver une perturbation quadratique générant quatre cycles limites imbriqués deux à deux. L'étude des fonctions de Melnikov jusqu'à l'ordre deux ne révèle cependant que l'existence de perturbations pour lesquelles on a deux cycles autour de l'un des centres et un seul autour de l'autre.

Longtemps considérée comme une curiosité de laboratoire, la distribution quantique de clés s'est aujourd'hui imposée comme une solution viable de sécurisation des données. Les lois fondamentales de la physique quantique permettent en effet de garantir la sécurité inconditionnelle des clés secrètes distribuées. Nous avons proposé un système de distribution quantique de clés par photons uniques exploitant un véritable codage en fréquence de l'information. Cette nouvelle méthode de codage permet de s'affranchir de dispositifs interférométriques et offre donc une grande robustesse. Un démonstrateur basé sur des composants optiques intégrés standard a été réalisé et a permis de valider expérimentalement le principe de codage. Nous avons ensuite étudié un système mettant en ?uvre un protocole de cryptographie quantique par « variables continues », codant l'information sur l'amplitude et la phase d'états cohérents. Le dispositif proposé est basé sur un multiplexage fréquentiel du signal porteur d'information et d'un oscillateur local. Les débits atteints par les systèmes de distribution de clés ne sont pas uniquement limités par des contraintes technologiques, mais aussi par l'efficacité des protocoles de réconciliation utilisés. Nous avons proposé un algorithme de réconciliation de variables continues efficace, basé sur des codes LDPC et permettant d'envisager de réelles distributions de clés à haut débit avec les protocoles à variables continues.

Cette thèse porte sur la construction d'algorithmes et de programmes parallèles qui s'adapte automatiquement à la plate-forme d'exécution (nombre de processeurs, vitesses des processeurs, ...) et ce, de manière dynamique inconsciente (en anglais oblivious). La construction que nous proposons est basée sur la technologie développée au sein de l'équipe Moais consistant au couplage récursif et dynamique : d'un algorithme séquentiel (qui minimise le nombre d'opérations, mais pas le temps parallèle) ; et d'un algorithme parallèle à grain fin (qui minimise le temps parallèle sur un nombre non borné de ressources, mais pas le nombre d'opérations). Les deux algorithmes sont entrelacés à la volée par un ordonnancement à grain fin de type vol de travail. Outre une analyse théorique du couplage (borne inférieure, optimalité asymptotique), nous proposons une implantation " générique " que nous instancions sur différents exemples (un nouvel algorithme parallèle adaptatif de calcul des préfixes, algorithmes adaptatifs de fusion, de partition et tris, plusieurs algorithmes adaptatifs de la librairie standard C++). Dans cette thèse, nous proposons aussi un nouvel algorithme parallèle statique optimal du calcul des préfixes.

CETTE THÈSE EST CONSACRÉE À LA QUANTIFICATION AVEC DES APPLICATIONS À LA FINANCE. LE CHAP.1 RAPPELLE LES BASES DE LA QUANTIFICATION ET LES MÉTHODES DE RECHERCHE DE QUANTIFIEURS OPTIMAUX. AU CHAP.2 ON ÉTUDIE LE COMPORTEMENT ASYMPTOTIQUE, DANS L^S, DE L'ERREUR DE QUANTIFICATION ASSOCIÉE À UNE TRANSFORMATION LINÉAIRE D'UNE SUITE DE QUANTIFIEURS OPTIMALE DANS L^R. ON MONTRE QU'UNE TELLE TRANSFORMATION PERMET DE RENDRE LA SUITE TRANSFORMÉE L^S TAUX OPTIMALE POUR TOUT S, POUR UNE LARGE FAMILLE DE PROBABILITÉS. LE CHAP.3 ÉTUDIE LE COMPORTEMENT ASYMPTOTIQUE DE LA SUITE DU RAYON MAXIMAL ASSOCIÉE À UNE SUITE DE QUANTIFIEURS L^R OPTIMALE. ON MONTRE QUE DÈS QUE SUPP(P) EST NON BORNÉ CETTE SUITE TEND VERS L'INFINI. ON DONNE, POUR UNE GRANDE FAMILLE DE PROBABILITÉS, LA VITESSE DE CONVERGENCE VERS L'INFINI. LE CHAP.4 EST CONSACRÉ AU PRICING D'OPTIONS DE TYPE LOOKBACK ET À BARRIÈRRE. ON ÉCRIT CES PRIX SOUS UNE FORME QUI NOUS PERMET DE LES ESTIMER PAR MONTE CARLO, PAR UNE MÉTHODE HYBRIDE MONTE CARLO-QUANTIFICATION ET PAR PUR QUANTIFICATION.

Étant donnes un graphe g=(v,e) et une fonction cout définie sur les arêtes de ce graphe, cette thèse étudie le problème du voyageur de commerce relaxe qui consiste a trouver une tournée sur G, de longueur minimum, telle que chaque sommet soit visite au moins au fois

Ce travail présente la conception de la partie contrôle du coprocesseur arithmétique Felin ( fonctions élémentaires intégrées). La démarche suivie repose sur des techniques garantissant les performances du circuit et menant à une génération automatique du dessin des masques. Une description structurée des algorithmes de Felin a permis de maitriser leur complexité. Cette structuration se traduit par une décomposition de la partie contrôlé en trois niveaux d'interprétation. Les trois niveaux sont réalisés à partir d'architectures microprogrammées (Rom et Pla). Selon les contraintes specifiques a chaque niveau, des optimisations fonctionnelles et topologiques ont été introduites, contribuant à l'amélioration des performances du circuit. La modélisation des solutions architecturales retenues, a mené au développement d'un "compilateur à la demande". Il est constitue d'outils générant algorithmiquement le dessin des masques des différents blocs et routages de la partie contrôlé

Cette thèse présente l'introduction de méthodes nouvelles dans le domaine de la conception assistée par ordinateur de circuits à haute intégration. A partir de la description d'un ensemble d'individus par la liste de leurs corrélations (ou distances) deux à deux, l'analyse factorielle de données se propose d'en fournir une représentation planaire. Le but de cette thèse est de décrire le cheminement parcouru pour pouvoir utiliser ces méthodes connues depuis longtemps des statisticiens, dans le domaine de la génération de plans de masse. Ainsi, plusieurs idées originales permettant l'utilisation d'algorithmes classiques d'analyse factorielle de données dans le cadre de la CAO de circuits sont présentées. Ces idées sont concrétisées par la réalisation et la présentation d'un logiciel de génération de plans de masse

Etude de certains problèmes liés aux ordonnancements et à leur implantation sur micro-ordinateur. Dans une première partie on s'intéresse à des problèmes d'ordonnancement à contraintes potentielles avec des spécificités données. Dans la seconde partie, on étudie diverses représentations géographiques des résultats (variantes de la méthode de Gantt), qui se feront sur un nombre minimun de lignes. Dans la dernière partie on s'intéresse aux problèmes d'ordonnancement à contraintes disjonctives