L'acidose sub-clinique se caractérise par une instabilité des fermentations ruminales et des paramètres zootechniques. Une méta-analyse a montré que les levures pouvaient réguler les fermentations ruminales. La distribution d'un régime riche en concentré a entraîné une situation d'acidose sub-clinique entrecoupée par des crises spontanées d'acidose. Les mesures quotidiennes d'ingestion, production et pH ruminal ont permis de modéliser l'évolution de ces paramètres pendant les crises. Les mises au point méthodologiques effectuées pour mesurer en continu ingestion, pH ruminal et mastication ont permis de développer une méthode d'analyse de l'ingestion et de déterminer des comportements alimentaires différents. Ces comportements types sont associés, pour des quantités ingérées similaires, à des cinétiques de pH différentes. Aucune relation n'a été observée entre le type de comportement alimentaire et la susceptibilité des animaux à l'acidose. La prise en compte des crises dans les analyses a permis d'éviter les confusions d'effets. Les levures ont augmenté la production laitière, sans modifier la quantité ingérée. Ceci pourrait résulter de la proportion supérieure de concentré ingérée par les animaux supplémentés par rapport aux témoins, suite à un tri de la ration. Les levures ont eu tendance à augmenter la biodiversité de l'écosystème ruminal, ce qui pourrait expliquer que la baisse du pourcentage de fibres ingérées n'a pas induit de baisse du pH ruminal. Cette étude montre que les crises d'acidose ont des conséquences sur tous les paramètres étudiés, et souligne l'intérêt de prendre en compte le comportement pour mieux comprendre les phénomènes physiologiques.

Suite à un nombre croissant de crise le risque alimentaire paraît être soudainement rentré dans la catégorie des préoccupations majeures pour l'Homme et par la suite les gouvernements et les instances internationales améliorent les systèmes de sécurité alimentaire pour réduire, prévenir ou éviter l'augmentation des maladies d'origine alimentaire. Au Liban l'industrie agroalimentaire et l'agriculture intensive connaissent un développement rapide, que les systèmes assurant la sécurité alimentaire y sont déficients voire absents, et que les conditions climatiques, les comportements de stockage et les habitudes alimentaires locales sont favorables à la présence de certains types de dangers présentant des risques sanitaires. L'objectif de cette recherche a consisté à établir le niveau de sécurité alimentaire en relation avec certains contaminants microbiologiques et certaines substances chimiques (additifs alimentaires (benzoates, sulfites, BHA et BHT) et mycotoxines (ochratoxine A, aflatoxines BG et dèoxynivalènol)) qui sont susceptibles d'être présents dans une sélection d'aliments disponibles sur le marché Libanais d'une part, et d'autre part d'évaluer les risques liés aux additifs alimentaires et aux mycotoxines pour des sous groupes de la population libanaise considérés d'être à risque: les enfants et les adolescents, afin d'établir une hiérarchie de l'importance des risques que ceux ci représentent pour les sous groupes de la population étudiés. Les aliments disponibles sur le marché libanais et qui sont susceptibles de contenir les dangers étudiés ont été identifiés et analysés. 596 échantillons alimentaires ont subis des analyses microbiologiques. Ceux-ci appartenaient à 6 catégories produits par des industries agroalimentaires libanaises: les sodas, les jus de fruits, les produits laitiers, les chips, les biscuits et les conserves. 2200 échantillons alimentaires ont subis des analyses chimiques pour déterminer soit leur contenu en additifs alimentaires (421 échantillons) soit leur niveau de contamination par les mycotoxines (1779 échantillons). La représentativité des échantillons était assurée par le fait qu'ils étaient prélevés d'une façon aléatoire, pendant deux saisons différentes, à partir des principaux lieux d'approvisionnement et de façon à couvrir les principales marques disponibles sur le marché libanais. Les analyses ont été réalisées par des méthodes validées adoptées dans les laboratoires de l'Institut de Recherche Agronomique Libanais (IRAL) et de l'Université Saint Joseph, sur les aliments tels que consommés. L'évaluation des risques toxiques liés aux substances étudiées a été réalisée en suivant les étapes du processus d'évaluation scientifique des risques c.à.d évaluation et caractérisation du danger, évaluation de l'exposition et caractérisation du risque. L'évaluation de l'exposition a été réalisée en croisant les données de consommation alimentaire obtenues par le biais d'une enquête de consommation alimentaire exécutée dans le cadre de cette recherche avec les données de contamination obtenues par les analyses chimiques. La caractérisation du risque a été obtenue en estimant le pourcentage de contribution des expositions alimentaires aux Valeurs Toxicologiques de Référence (VTR) et en calculant le pourcentage d'individus ayant des expositions dépassant les VTR établies pour chacune des substances étudiées. Les résultats des analyses microbiologiques ont montré qu'uniquement 9% des aliments analysés contenaient des microorganismes indicateurs des conditions hygiéniques déficientes à des taux non conformes aux normes microbiologiques en vigueur. Les résultats des analyses chimiques ont montré que les additifs alimentaires étudiés sont présents dans une large variété d'aliments y compris des aliments non autorisés selon les normes nationales dans 70% des cas pour les benzoates, 15% des cas pour les sulfites, 13% des cas pour le BHA, dans 3.5% des cas pour le BHT, et à des taux dépassant les taux autorisés 5 dans les normes NN dans 70% des cas pour les benzoates, 62% des cas pour les sulfites, 37% des cas pour le BHA alors que les mycotoxines sont présents, d'une façon générale à des taux conformes aux normes nationales, internationales et européennes en vigueur. Les résultats de l'évaluation des risques toxiques ont montré que, parmi les dangers étudiés, seuls les aflatoxines sont susceptibles de représenter un risque alimentaire préoccupant. En fait, le niveau moyen, le p75 et le p95 de la distribution de l'exposition des consommateurs ont été trouvés d'être inférieurs aux Valeurs Toxicologiques de Référence (VTR) fixés pour les benzoates, les sulfites, le BHA, le BHT, l'OTA et le DON, alors qu'ils ont été trouvés d'être supérieurs à la VTR fixée pour les aflatoxines avec des valeurs allant de 182-769% la VTR pour les enfants et 144- 650% la VTR pour les adolescents, et un pourcentage d'individus dépassant la VTR de 58% pour les enfants et de 52% pour les adolescents. De plus, les résultats ont montré qu'il était nécessaire de porter une attention particulière à l'exposition de certains groupe de populations tels que les enfants et les forts consommateurs pour lesquels le risque d'être exposés à un niveau supérieur aux valeurs toxicologiques de références vis-à-vis des additifs alimentaires et des mycotoxines étudiés n'est pas nul. Les principaux contributeurs aux expositions des benzoates, des sulfites, du BHA, du BHT et des trois mycotoxines ont été trouvés d'être respectivement les sodas et les jus de fruits, les fruits secs, les biscuits, les chewing gum et les produits céréaliers.

Agé de 39 ans, Francis Courtois est actuellement maître de conférences à l'ENSIA de Massy. C'est dans cette école qu'il a obtenu un diplôme d'ingénieur en 1988, puis un doctorat en 1991. Cette même année, il y est recruté comme maître assistant stagiaire.<br /><br />Le domaine d'activité du candidat est l'industrie agroalimentaire. Il s'intéresse aux procédés utilisés par cette industrie afin de mieux comprendre leur fonctionnement et d'améliorer leurs performances. <br /><br />Francis Courtois ne s'est pas contenté d'une présentation linéaire de ses activités de recherche. Tout au long des 72 pages de son mémoire, il fait la synthèse de ses seize années d'activité et il nous présente les réflexions que son expérience lui inspire.<br /><br />Le premier chapitre du mémoire décrit le cadre dans lequel Francis Courtois a exercé son activité, essentiellement l'équipe de Génie Industrielle Alimentaire de l'ENSIA. Dans ce premier chapitre, il définit également son domaine de compétence et son mode d'intervention. Un point saillant de cette analyse est la diversité des problèmes et des solutions auxquelles on est confronté quand on étudie le fonctionnement d'un procédé avec une double compétence en génie des procédés et en automatique. Il reste une grande part d'empirisme et de savoir-faire dans le choix des méthodes à mettre en oeuvre pour traiter chaque problème particulier : il faut être pragmatique, compétent et habile.<br /><br />Le deuxième chapitre présente les différents procédés sur lesquels le candidat a travaillé : séchoirs sous toutes leurs formes (15), procédé de friture (1), réfrigération (1), micro-filtration tangentielle (1), décantation centrifuge (0). Les chiffres entre parenthèses indiquent le nombre d'articles publiés dans des revues avec comité de lecture dans chacun des cas. Il apparaît clairement que le séchage est le cœur dur des activités de Francis Courtois, et qu'il a ensuite diversifié ses objets d'études.<br /><br />Le troisième chapitre aborde un point particulier que l'on rencontre très souvent dans les industries agroalimentaires : l'analyse des mécanismes de transformation de la matière exprimés en terme de transferts de matière et de chaleur couplés à des réactions chimiques ne permet pas de caractériser complètement les produits obtenus. Ces produits sont très souvent des solides et il existe une zone d'ombre autour de la description de la structure de ces solides et de son évolution en cours de traitement. Ceci conduit à la définition de critères permettant de caractériser la "qualité" des produits, critères qui sont bien souvent en relation avec l'usage que l'on fait du produit. Qualité amidonnière du maïs, fissuration du riz et "prise d'huile" lors de la friture de banane plantain et de coco sont trois exemples de cette approche. Prédire l'évolution d'un critère de qualité en fonction de la conduite d'un procédé est un problème très actuel qui dépasse le cadre des industries agroalimentaires.<br /><br />Le quatrième chapitre traite de la modélisation des transferts qui est au centre des compétences du candidat. En comparant une approche compartimentale classique qu'il maîtrise fort bien à des méthodes à base de logique floue ou de réseaux de neurones, Francis Courtois montre qu'il sait diversifier les moyens à mettre en oeuvre pour s'adapter au mieux à l'objectif fixé et aux contraintes de chaque étude.<br /><br />Dans les chapitres cinq et six, le candidat présente succinctement divers travaux auxquels il a participé comme acteur principal ou comme encadrant. La liste suivante donne une idée de la diversité des thèmes abordés :<br /><br />- Réalisation d'un logiciel de simulation du comportement statique d'un séchoir de maïs. Ce logiciel est commercialisé.<br />- Recherche du réglage optimal du profil de température et d'humidité, T¬a(t) et Ha(t), de l'air envoyé dans un séchoir opérant en discontinu.<br />- Mesure indirecte de la teneur en eau dans un séchoir à cylindre, du collage des poudres dans un séchoir par atomisation, de la teneur en eau lors de la friture.<br />- Développement d'un capteur optique pour mesurer la fissuration du riz.<br />- Divers problèmes de commande.<br /><br />Le cadre exact dans lequel chacun de ces exercices s'est déroulé n'est pas toujours très explicite. On touche ici aux limites imposées par le choix d'une présentation synthétique des travaux, choix que l'on a trouvé fort judicieux par ailleurs. Ce défaut est corrigé par la présence de références bibliographiques très claires permettant au lecteur d'approfondir les points qui l'intéressent. On peut aussi retenir de cette diversité la marque d'une grande curiosité scientifique et technologique qui a amené Francis Courtois à explorer de nombreuses techniques de développement et de conduite des procédés.<br /><br />Le septième chapitre intitulé "Recherche en EAO" rappèle que Francis Courtois est aussi un enseignant et qu'il sait utiliser l'Internet.<br /><br />Le huitième chapitre apporte une solide conclusion à l'ensemble du texte.<br /><br />A la lecture de ce mémoire il apparaît clairement que le candidat à une vision très complète de ce qu'est un procédé, tant du point de vue des mécanismes fondamentaux mis en jeu que de la qualité des produits. Il intègre sans problème le fonctionnement dynamique et le régime permanent. Il a également une bonne vision des problèmes associés aux mesures, ce qui lui permet d'aborder avec efficacité la conduite des procédé. Il a enfin développé une très bonne maîtrise de l'outil informatique à travers ses différents modes d'utilisation. De ce point de vue, le rapporteur estime que Francis Courtois est au cœur du génie des procédés actuel, qu'il en maîtrise de nombreuses facettes et qu'il aurait tort de se positionner à la marge de la discipline.<br /><br />Cette activité de recherche a donné lieu à une vingtaine de publications dans des revues à comité de lecture et à une cinquantaine de conférences dans des congrès et colloques internationaux. Par ailleurs, Francis Courtois a déjà participé à l'encadrement de 8 thèses : à l'évidence il est apte à diriger des recherches. Le rapporteur donne donc un avis très favorable à la présentation orale de ces travaux en vue d'obtenir une Habilitation à Diriger des Recherches.

. La gestion extensive des prairies constitue une alternative à labandon de certaines surfaces mais conduit à une hétérogénéité spatio-temporelle en quantité et en qualité du couvert. Notre objectif était de déterminer comment le comportement de lanimal et la dynamique du couvert végétal expliquent le développement et lorganisation spatiale de cette hétérogénéité au cours de la saison de pâturage. Le développement de lhétérogénéité du couvert végétal sur deux parcelles de dactyle pâturée en continu par des brebis, lune avec un chargement fort et lautre avec un chargement faible, a été mis en relation avec lingestion et le comportement alimentaire et spatial des animaux (essai 1). Ceux-ci ont adapté leur comportement aux échelles des bouchées, des stations alimentaires et des déplacements entre patches en vue de maximiser la qualité de lingéré. A partir de lépiaison leur mode de déplacement na plus été aléatoire et sest organisé autour dune échelle charnière de 5 mètres. Sur la parcelle peu chargée, ce comportement sest traduit dès la floraison par lémergence dune rétroaction positive conduisant au pâturage répété des zones de meilleure qualité. La variabilité du couvert sest organisée en macro et en micro-hétérogénéité sans quune échelle particulière dorganisation spatiale puisse être identifiée. Nous avons analysé le rôle de la sévérité et de la fréquence de pâturage sur la différenciation des couverts végétaux et sur lévolution des préférences des brebis entre ceux-ci (essai 2). Dans la gamme de situation étudiée, la différenciation des couverts a résulté principalement de la pression de pâturage globale. Les préférences des animaux ont été expliquées par labondance relative en limbes verts des couverts végétaux et par la fréquence de pâturage. Ces résultats sont discutés selon une perspective temporelle, une perspective spatiale, et par rapport à des modèles théoriques de développement de lhétérogénéité.

Les stratégies alimentaires peuvent être définies comme la mise en place d'ensembles cohérents de réponses morphologiques, physiologiques, écologiques ou comportementales permettant d'optimiser le succès alimentaire d'une espèce. Le présent travail s'est proposé d'aller au-delà de la simple analyse taxonomique des régimes alimentaires en utilisant les caractéristiques des proies pour explorer certains aspects des stratégies alimentaires et de l'énergétique de la prédation chez les mammifères marins de l'atlantique nord-est. L'objectif majeur était de contribuer à une meilleure compréhension du "pourquoi une proie est une proie ?" La valeur énergétique des proies est apparue comme un élément central des stratégies de prédation. Il en résulte que des coûts d'existence importants chez les mammifères marins doivent être soutenus par une alimentation de qualité élevée et ne peuvent pas être satisfaits simplement par une plus grande quantité de proies de qualité moyenne ou faible. Les résultats obtenus lors de cette thèse ont ainsi permis de progresser de la description des régimes alimentaires vers la compréhension de certaines relations fonctionnelles entre proies et prédateurs. Ainsi, les traits descriptifs de la qualité des proies, comme la teneur en lipides et la valeur énergétique, et les traits descriptifs des coûts d'existence des mammifères marins, comme l'indice mitochondrial et la teneur en lipides des muscles, sont significativement corrélés. Enfin, ce travail souligne que pour comprendre l'écologie alimentaire d'un prédateur, il faut surtout bien connaitre les caractéristiques de ses proies.

DESCRIPTION DU SUJET ABORDE Certains Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) ou Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables de toxi-infections dorigine alimentaire qui se traduisent par des diarrhées mais aussi par des syndromes plus graves pour lhomme comme le syndrome hémolytique urémique pouvant provoquer la mort. Ils apparaissent comme un problème important de santé publique. La souche de STEC du sérotype O157:H7 est responsable dépidémies dans le monde causant des milliers de malades et des dizaines de morts. Le réservoir principal est le bovin et les autres ruminants. Les principaux modes de transmission des infections à STEC à lhomme sont la consommation daliments contaminés, la transmission de personne à personne, lingestion deau contaminée et le contact avec des animaux (notamment les bovins) et leur environnement. Les facteurs de virulence des Escherichia coli producteurs de Shigatoxines (STEC) sont principalement les protéines codées par un îlot de pathogénicité, le LEE Locus of Enterocyte Effacement, impliquées dans la formation de la lésion dattachement et deffacement et de la diarrhée et les toxines de Shiga codées par des bactériophages et impliquées dans les syndromes extra- intestinaux. A partir des années nonante, le nombre croissant dépidémies liées à STEC, en Amérique du Nord et en Europe, ont interpellé les professionnels du secteur qui ont concentré leurs efforts pour mettre au point des moyens de recherche, didentification, de maîtrise et de prévention du danger. Le premier objectif de ce travail était donc dapprocher le plus précisément possible la situation en Belgique dans les principales filières de production de denrées alimentaires dorigine animale (DAOA). Pour ce faire, les études suivantes ont été entreprises: i) une étude préliminaire de la contamination par les STEC O157 des carcasses de buf et de porc (étude I) ; ii) une étude visant à la détermination du taux de contamination des viandes hachées de buf par les STEC O157 et autres sérotypes ; iii) des études extensives basées sur des plans annuels de surveillance couvant toute la production nationale visant à établir le taux de prévalence et lévolution temporelle de la contamination par les STEC O157 dans les principales DAOA mais surtout dans la filière de la viande de buf. Les plans de recherche de ces pathogènes ont été couplés à la détermination du nombre dE. coli totaux pour juger du niveau de maîtrise de la contamination fécale dans les établissements afin dapporter des éléments quantitatifs pour une évaluation du risque lié aux STEC. Le second objectif visait à déterminer le taux de contamination par les STEC et les STEC O157 dans deux abattoirs algériens, lun de buf, lautre de moutons afin de savoir si ces pathogènes posaient des problèmes de santé publique en Algérie. Le niveau de contamination fécale a aussi été étudié afin de juger de la maîtrise de lhygiène de labattage. RESULTATS En Belgique Evaluation du taux de contamination par les STEC de sérotype O157 de carcasses de buf et de porcs dans 9 abattoirs en 1996 Dans le cadre de limplémentation du système HACCP (directive 93/43/CE), trois cent dix carcasses de buf et 245 carcasses de porcs ont été soumises à un écouvillonnage en surface au niveau de sites spécifiques. La méthode de recherche était basée sur les étapes i) un enrichissement non sélectif, ii) une méthode de séparation immuno-magnétique, iii) une détection immuno-enzymatique (VIDAS ECO, BioMérieux), iv) un isolement sur milieu Mac Conkey au sorbitol. Cette étude a permis de standardiser la méthode déchantillonnage et a révélé, pour la première fois en Belgique, la présence dune souche STEC O157 :H- (stx1+, stx2+, eae+) potentiellement pathogène sur des carcasses bovines. Prévalence des Escherichia coli producteurs de shigatoxines dans les viandes hachées en 1997 Aucune souche de STEC O157 (eae stx) na été isolée à été isolée à partir des 627 échantillons de viande hachées analysées. La PCR a permis de détecter le gène stx dans 5,1 % des échantillons positifs (n=45). Seulement 7 souches ont été isolées par une méthode dhybridation ADN/ADN sur colonies basée sur les principaux gènes des facteurs de virulence des STEC : Deux E. coli de sérotype O91 (stx2+, eae-), deux des E. coli entéropathogènes de sérotype O128 et trois de sérotypes non identifiés. La qualité bactériologique des viandes hachées testées était satisfaisante puisque plus de 80 % des échantillons avaient un taux dE. coli inférieur à 50 unités formant colonies (ufc) par gramme donc au critère légal de m=50 ufc/gramme (Arrêté Royal du 4 juillet 1996) Surveillance du taux de contamination des denrées alimentaires dorigine animale par des souches dEscherichia coli du sérotype O157 de 1998 à 2004 Cette étude répond aux exigences des directives (92/117/CEE et 2003/99/CEE) et présente les plans de surveillance des STEC O157 dans les denrées alimentaires. Aucune souche de STEC O157 na été isolée à partir des 1025 échantillons (matrices issues de bovins, porcs, volailles, lapins) testés en 1997. En 1998, une modification de la méthode analytique (méthode SP-VG M001) a permis disoler neuf souches dE. coli de sérotype O157 (stx+) à partir de surfaces de 6010 carcasses regroupées en pools de 5 carcasses par échantillon. Quatre vingt pourcents des souches STEC O157 sont stx2 eae et ehxA et 90 % portaient lantigène H7. Une majorité de firmes nont pas satisfait aux critères microbiologiques pour les E. coli (arrêté royal du 20 Août 2002). Cependant, aucune relation statistiquement significative entre les niveaux de contamination par les E. coli totaux et la présence dE. coli O157 na pu être établie. Les années 1999 à 2004 ont été marquées par une surveillance des STEC O157 sur un plus grand nombre dentreprises, un plus grand nombre déchantillons (filière bovine, porcine, poulet, poule et poissons), une plus grande surface de carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE) et des recherches au stade du consommateur. La méthode de recherche des STEC O157 a été la méthode SP-VG M001. Le dénombrement des E. coli a été réalisé selon la méthode validée par lAFNOR, SDP-07/1-07/93. Des prévalences de STEC O157 égales à 1,3 % (n=1984) en 1999, 0,4 % (n=1501) en 2000, 1,08 % (n=1388) en 2001, 1,07% (n=1225) en 2002, 0,82 % (n=1497) en 2003 et à 1,35 % (n=1337) en 2004 ont été mises en évidence sur les surfaces de carcasses de buf, ce qui correspond à une moyenne pondérée de 0,95 %. En ce qui concerne les viandes hachées, la prévalence des STEC O157 est faible soit 0,1 % (1/974) en 1999, 0,4 % (1/487) en 2000, 1,68 % (5/298) en 2003 et aucun STEC O157 en 2001, 2002 et 2004 pour une moyenne pondérée de 0,27 %. La présence de souches dans du haché de buf prélevé en grandes surfaces montre que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution. Entre 1999 et 2004, Deux souches STEC O157 ont été isolées en 2003 et deux autres en 2004 à partir de 764 viandes de découpe de buf analysées soit une prévalence de 0,52 %. Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à lheure actuelle puisque aucun STEC O157 ny a été mis en évidence à ce jour en Belgique. Une amélioration de la contamination par les Escherichia coli a pu être observée au cours des années dans les firmes échantillonnées. Les 106 souches de STEC O157 isolées à partir des matrices de bovins sont en majorité des E.coli O157 :H7, stx2, eae et ehxA, fréquemment impliqué dans les formes graves des infections. En Algérie Evaluation du taux de contamination des carcasses bovines par les Escherichia coli entérohémorragiques du sérotype O157 et dautres Escherichia coli pathogènes Une méthode simplifiée de la recherche des STEC O157 a permis de révéler la présence de 18 souches (7,8 %) STEC O157 à partir de 230 carcasses de buf échantillonnées. Septante huit pourcents dentre elles sont stx2, eae et ehxA. De même, 66 colonies possédant au moins un des gènes de virulence recherchés, ont été isolées à partir de trente carcasses positives à lhybridation ADN/ADN sur colonies. Quarante (60,6 %) sont des E. coli entéropathogénes (eae+, stx-), 23 (34,8 %) sont (stx+, eae-) et trois (4,5 %) sont (eae+, stx+). Aucune des trois nappartient aux sérotypes STEC les plus fréquents (O26, O111, O128, O103, O91, O145). Plus de 65 % des carcasses avaient des niveaux dE. coli supérieurs à la limite dacceptabilité (M) définie par le critère microbiologique belge (20 ufc/cm2). Evaluation du taux de contamination par les Escherichia coli producteurs de shigatoxines sur les carcasses ovines et dans les matières fécales. Cette étude a permis de mettre en évidence, la présence de STEC O157:H7 sur 2,5 % des 160 carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE). Le pathotype principal était stx2 eae et ehxA. Parmi les neuf souches STEC O157 stx2 isolées et testées par PCR pour les sous-types c, d, e, f, seulement trois sont stx2d. Létude du portage des STEC dans les matières fécales dovins a montré la présence du gène stx dans 25,4% des prélèvements (n=106). Le pathotype principal identifié sur un échantillon composite était stx1 (50 %) suivi du pathotype stx1, eae (46, 4%). Lovin est donc aussi un réservoir potentiel de STEC pathogènes et une source de contamination pour lhomme CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES, Lexistence de souches STEC O157 potentiellement pathogènes a été confirmée dans la filière bovine. La prévalence de ces agents pathogènes observée sur les carcasses bovines en Belgique (en moyenne de 0,95%) est proche des valeurs enregistrées dans dautres pays : 0,7 % au Danemark, (EC, 2001), 1 % en Tchécoslovaquie (Lukasova, 2004) et 1,4 % en Grande Bretagne (Chapman, 2001). La prévalence des STEC O157 enregistrée en Algérie (7,8 % dans cette étude) est significativement supérieure aux prévalences observées en Belgique. Des prévalences du même ordre de grandeur ont été rapportées dans la littérature soit 17,1% aux USA (Elder et al., 2000), 12% en Italie (Bonardi etal., 2001), 11% en Irlande (Mc Evroy et al., 2003). La prévalence des STEC O157 dans les viandes hachées est faible, en général inférieure à 1 %. Elle est de 0,27 % en Belgique (cette étude). De plus, la présence de souches dans du haché de buf prélevé en grandes surfaces a montré que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution et constituent un danger direct pour le consommateur. Des résultats similaires ont été enregistrés 0,15 % en Angleterre (Chapman, 2001), 0,11 % en France (AFSSA, 2003). Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à lheure actuelle puisque aucun STEC O157 ny a été mis en évidence à ce jour en Belgique. Comme lont mentionné la plupart des études relatives à la prévalence des STEC O157, il est difficile de comparer les résultats obtenus à cause des différences constatées au niveau de la taille des échantillons, des méthodes de prélèvements et de détection de ces agents pathogènes. La standardisation de la méthode de détection des Escherichia coli O157 (norme ISO16654) ainsi que lapplication de la directive de la commission européenne (2001/471/ CE) définissant les quatre sites découvillonnage au niveau des carcasses de buf et dovins ont permis dasseoir une méthodologie de recherche performante. La majorité des souches STEC O157 isolées en Belgique et en Algérie présentent le pathotype stx2 eae ehxA considéré comme le plus dangereux pour la santé publique Aucune association directe entre les taux élevés dE. coli totaux et la présence de STEC O157 na pu être établie. E. coli ne semble pas être un indicateur pour la présence de cet agent pathogène mais, bien sûr, le niveau de contamination par les souches pathogènes doit diminuer en parallèle à la charge en E. coli totaux et que, donc, globalement le risque quelles présentent doit diminuer. En ce qui concerne lespèce ovine, Une prévalence égale à 0,7 % a été mise en évidence dans une autre étude en Grande Bretagne (Chapman et al., 2001). les résultats obtenus concernant le portage des STEC obtenus sont proches des résultats dune étude en Suisse qui a révélé la présence de STEC sans préciser le sérotype dans 29,9 % des matières fécales (Zweifel et al., 2004). Les taux élevés de contamination fécale observés en Algérie laissent supposer que, si les animaux sont porteurs de STEC O157, le niveau de contamination des carcasses devrait être plus important quen Belgique. En perspectives, au niveau belge, les plans de surveillance doivent être maintenus surtout au niveau des matrices bovines: carcasses, viandes hachées, découpes afin dévaluer les évolutions. Ces études devraient être couplées en amont avec des études de prévalence au niveau des exploitations agricoles et en aval avec les données en pathologie humaine. Une plus grande coordination devrait sopérer entre le secteur vétérinaire et la santé publique. En Belgique, le laboratoire de référence pour les EHEC est le même dans les deux cas (UZ-Brussel) ce qui signifie que les méthodes de typage appliquées aux souches des deux origines sont les mêmes. Les critères microbiologiques européens du Règlement (CE) N°2073/2005 vont encore accentuer les efforts des industriels pour la maîtrise des agents pathogènes dans les filières à risque, même si les STEC O157 ne sont pas encore repris dans les critères de sécurité de ce Règlement. Le développement de méthodes efficaces pour la recherche des autres sérotypes devrait permettre détendre la surveillance aux STEC non O157 les plus importants. Les données collectées au cours des plans de surveillance vont permettre de compléter les données disponibles pour une analyse du risque STEC O157 dans les filières à risque et particulièrement la filière bovine. En Algérie, une application des plans HACCP au niveau des entreprises agroalimentaires et une surveillance des agents zoonotiques sont nécessaires. Des études complémentaires et approfondies grâce à la mise en place de moyens de diagnostic doivent être menées aussi bien au niveau humain quau niveau vétérinaire. Les résultats de ces études devront être considérés par la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de lAgriculture en Algérie. REMERCIEMENTS Cette étude a été menée grâce au soutien financier de lInstitut dExpertise Vétérinaire(IEV) puis de lAgence Fédérale pour la sécurité de la Chaine Alimentaire (AFSCA) par le laboratoire de microbiologie des denrées alimentaires de la Faculté de Médecine Vétérinaire de lUniversité de Liège (ULg) et la collaboration du laboratoire Vakgroep Diergeneeskundig Toezicht op Eetwaren, Diergeneeskunde Faculteit, Universiteit Gent (U Gent); le laboratoire de microbiologie alimentaire de lInstitut Scientifique de la Santé Publique : Louis Pasteur (ISP-LP) et deux laboratoires de lAFSCA qui ont participé aux analyses à partir de 2003 et le laboratoire de.(UZ-Brussel) Les études en Algérie ont été réalisées grâce au soutien du Ministère de lEnseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique et de lEcole Nationale Vétérinaire dAlger avec la collaboration du laboratoire national de référence de microbiologie alimentaire de la faculté de médecine vétérinaire de lULg.

Les toxi-infections dorigine alimentaire ont un impact important sur la santé humaine. Cette étude cible les principaux agents bactériens pathogènes pour lhomme transmis par les denrées alimentaires dorigine animale en Europe et aux USA, à savoir Salmonella et Campylobacter, ainsi que leurs éventuels germes index. Globalement, trois types de surveillance permettent de vérifier lefficacité des mesures prises dans le but de diminuer les zoonoses. La première est le suivi de lhygiène et dindicateurs par le dénombrement des flores indicatrices, surtout de contamination fécale. La deuxième est la surveillance dindex pour certains pathogènes tels que Salmonella et Campylobacter. La troisième est la recherche ou le dénombrement direct des flores pathogènes. Le type de surveillance est déterminé par les objectifs visés. Lobjectif principal de ce travail était de déterminer la pertinence de lutilisation dindicateurs de contamination fécale pour surveiller et maîtriser la contamination des filières belges de production de produits carnés par Salmonella et Campylobacter. Dans un premier temps, un plan de surveillance des filières de production et de transformation des viandes a dû être mis en place et optimisé. Les différents paramètres à préciser étaient le choix des agents pathogènes devant faire lobjet dun monitoring dans chacune des filières, et le choix de la méthodologie déchantillonnage et danalyse. Cette étude a montré la qualité et la représentativité des plans de surveillance mis en place en Belgique pour la production carnée. Ils permettent en effet de nombreux types dinterprétation des résultats et cadrent parfaitement avec les programmes de contrôle intégrés pluriannuels imposés récemment par la Commission européenne. Dans un deuxième temps, une étude spécifique a évalué la pertinence de la méthode belge de prélèvement des carcasses de porc (par écouvillonnage) par rapport à la méthode de référence européenne (destructive), qui a fait lobjet dun nouveau règlement européen fin 2005. Une comparaison entre les deux méthodes pour le dénombrement dE. coli et de germes aérobies totaux ainsi que la recherche de Salmonella et de Campylobacter a montré lefficacité de la méthode belge de prélèvement sur les carcasses de porc. Dans un troisième temps, le plan de surveillance mis en place a permis de suivre lévolution de la contamination par Salmonella et Campylobacter des viandes de bovin, de porc et de volaille depuis 2000. Cette étude a confirmé la forte contamination par Salmonella et Campylobacter des carcasses et viandes de volaille. Elle a également montré la plus faible contamination par Campylobacter et, dans une moindre mesure, par Salmonella, des échantillons issus de bovins et de porcs. Une diminution significative de la contamination par Salmonella de la viande de porc et de la prévalence de Campylobacter sur certains échantillons de volaille a été observée entre 2000 et 2003. Cette étude a également souligné limportance de disposer de données nationales de contamination par les microorganismes pathogènes des aliments. Elles permettent en effet de suivre lévolution et de la comparer dun point de vue international. Ces données pertinentes peuvent être utilisées pour une évaluation quantitative des risques et pour la détermination de critères microbiologiques adaptés. Dans un quatrième temps, cette étude a évalué la pertinence du suivi des principaux indicateurs dhygiène et des bonnes pratiques lors des processus de transformation (les germes aérobies totaux, les entérobactéries et les E. coli ), ainsi que de leur qualité dindex des principaux agents pathogènes non sporulés dorigine digestive. Ce chapitre propose une procédure pour fixer des critères dhygiène des procédés adaptés à la Belgique pour les carcasses et la viande de buf, de porc et de volaille. Cette étude a montré que la situation belge en matière de microorganismes indicateurs est comparable à la situation décrite par plusieurs autres études publiées, et que la méthode de détermination de critères dhygiène des procédés en se basant sur les résultats des plans de surveillance est à privilégier pour aider le secteur de production à améliorer la qualité microbiologique de ses produits. Cette approche peut aider à la diminution de la contamination par les agents pathogènes dorigine digestive mais ne peut, à elle seule, donner des garanties de maîtrise de ces dangers. Enfin, il peut être conclu que le dénombrement dE. coli est très utile pour la détermination de lhygiène des procédés de production de viande en tant quindicateur de contamination fécale et en tant quindex dagents zoonotiques dorigine intestinale tels que Salmonella et Campylobacter. Cependant, la recherche, voire le dénombrement direct des agents pathogènes reste nécessaire pour évaluer le risque et sassurer de lefficacité des mesures de maîtrise. Lensemble des résultats de cette étude et les stratégies appliquées sont également très utiles aux autorités belges dans le cadre de négociations au niveau européen pour la détermination de critères microbiologiques. Il est donc important que des plans de surveillance adaptés aux exigences réglementaires européennes continuent de suivre lévolution des agents pathogènes en Belgique en respectant les objectifs fixés au niveau européen. De plus, les critères dhygiène des procédés doivent être régulièrement revus, sur base des résultats des plans de surveillance. Il faut également tenir compte des indicateurs les plus pertinents pour surveiller et maîtriser la contamination par des microorganismes pathogènes émergents, ou dautres agents pathogènes. Ces critères dhygiène des procédés devraient être repris dans les guides dautocontrôle sectoriels. La méthodologie de détermination de critères de sécurité des aliments en se basant sur une évaluation quantitative du risque, conformément aux directives du Codex Alimentarius, devrait être développée, standardisée et appliquée aux niveaux européen et belge. Dans ce cadre, disposer de plans de surveillance performants et quantitatifs sera essentiel pour alimenter les modèles à léchelle de la Belgique.

Selon la législation européenne relative au contrôle des salmonelles et autres agents zoonotiques, des mesures effectives doivent être prises pour détecter et combattre ces agents à tous les stades de la chaîne de production alimentaire. Une des sources de salmonelloses humaines est la viande de porc contaminée. Afin de mieux lutter efficacement contre Salmonella dans la viande porc, une appréciation quantitative des risques a été développée représentant lensemble de la filière de production. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes préliminaires ont été nécessaires. La première tâche était un recensement des données à toutes les étapes de la chaîne de production auprès des autorités publiques et des opérateurs privés. Une base de données a ensuite été développée reprenant les méthodes de travail dans les différentes entreprises étudiées mais également les résultats danalyses microbiologiques réalisées sur lensemble de la filière. Le but était détudier les sources de contamination de la viande de porc à partir de labattoir jusquà la préparation au domicile du consommateur, Sur base des données disponibles, un modèle dappréciation quantitative des risques a pu être construit en tenant compte du flux de production schématisé. Lobjectif final du modèle est de donner les options concrètes pour réduire efficacement le risque de salmonellose chez l'homme suite à la consommation de viande hachée de porc. Les scénarios ont été élaborés sur base de la situation internationale et de la littérature pour simuler des possibilités concrètes et réalistes damélioration de la qualité microbiologique de la viande de porc. Les niveaux de contamination ainsi que les facteurs de risque potentiels de contamination liés aux paramètres de production, aux installations techniques et aux méthodes de nettoyage/désinfection ont été évalués au niveau des dix plus grands abattoirs en Belgique. Les résultats ont révélé une variabilité élevée concernant la contamination par Salmonella parmi les abattoirs, avec une prévalence variant de 2,6 à 34,3%. Les résultats des régressions linéaires et logistiques ont révélé que certaines pratiques de travail telles que l'échaudage par vapeur, un second flambage après la flagelleuse et le nettoyage/désinfection de la fendeuse plusieurs fois par jour sont bénéfiques pour la réduction de la contamination par Salmonella. Ces données ont été à la base de la modélisation de létape dabattage des porcs en Belgique. Les étapes de production après labattoir ont également été étudiées. Les résultats des analyses bactériologiques de sept ateliers de découpe, de quatre ateliers de viande hachée et des quatre plus grands détaillants belges ont été recueillis grâce aux données de surveillances officielles et d'auto-surveillance. La prévalence de Salmonella dans les ateliers de découpe et de viande hachée varie de 0% à 50%. La prévalence de Salmonella dans la viande hachée au niveau de la vente au détail varie de 0,3% à 4,3%. Les concentrations en salmonelles ont été estimées à partir de données semi-quantitatives relatives aux carcasses, aux morceaux de viande et aux viandes hachées à respectivement -3,40 ± 2,04 log UFC/cm ², -2,64 ± 1,76 log UFC/g et -2,35 ± 1,09 log UFC/g. Ces données ont servi de base pour la construction du modèle pour les étapes de découpe, de hachage, de stockage et de distribution de viande hachée de porc en Belgique. Le modèle dAQR a été ensuite développé sur base des données collectées. Après validation du modèle, des scénarios datténuation du risque y ont été implantés. Le nombre de salmonelloses humaines suite à la consommation de viande de porc en Belgique a été estimé à 15.376 cas par an. Les résultats ont montré que le risque de salmonellose chez l'homme pourrait être réduit de manière significative avec des efforts déployés tout au long de la chaîne de production de viande de porc, mais aussi par les consommateurs. Selon le modèle, une réduction de 25% de la prévalence des carcasses à labattoir diminuerait de 45,7% le nombre de cas de salmonelloses humaines en Belgique. Les consommateurs doivent également être conscients des bonnes pratiques d'hygiène durant la préparation de la viande à domicile afin déviter les contaminations croisées entre les aliments. Selon le modèle, les contaminations croisées avec des aliments crus durant la préparation du repas provoqueraient chaque année plus de 14.693 cas de salmonelloses tandis que le manque de cuisson engendrerait 683 cas. Le nombre de cas de salmonelloses humaines pourrait être réduits en améliorant les habitudes de préparation des aliments dans les cuisines afin déviter les contaminations croisées. Les résultats de ces analyses de scénarios et les recommandations issus de ces recherches sont utiles pour les industriels et les responsables de la santé publique impliqués dans la chaîne de production de viande de porc. Les études et le modèle dAQR développé ont permis dobtenir un état des lieux de la situation en Belgique mais également démettre des recommandations de gestion le long de la chaîne de production de viande de porc. Cependant, ces résultats sont à nuancer car, à lheure actuelle, lapplication de lAQR à lindustrie de la viande sest heurtée à un problème récurrent de manque de données à certaines étapes clés. Les Etats et les entreprises doivent entreprendre des études complémentaires et offrir ainsi une meilleure évaluation de la situation de la chaîne alimentaire « de la fourche à la fourchette ».

Overlooked for a long time, wood falls on the deep oceanic floor are now recognized as extreme, reducing ecosystems based on chemosynthesis, in the same way that hydrothermal vent, cold seeps and whale falls with which they share important physicochemical and faunistic similarities. In these ecosystems, bacterial chemosynthesis using reduced compounds (H2S, CH4) and/or digestion of refractory organic compounds (cellulose and lignin in wood, organic matrix of bone) by heterotrophic bacteria play an essential trophic role, and appear to promote establishment of mutualistic symbioses between bacteria and metazoans for the exploitation of environmental resources. Beyond the description of the taxonomic composition of fauna associated with these sites, current studies aim to understand the functioning and evolutionary links of these ecosystems. Digestive and/or chemoautotrophic associations with microorganisms that could be the key to survive in these habitats have been described in a number of molluscs and annelids but only few crustaceans. The latter distinguish from the other groups by the fact they do not realize intracellular symbioses (endosymbioses) but mainly carry ectosymbioses on their integument (epidermis and cuticle) even in the digestive tract that is partly lined by epidermis (in stomodeum and proctodeum). Moreover, up to now, nothing was known about crustaceans from deep-sea wood falls, their feeding habits and associations with microorganisms. The present work focused on the crustaceans and especially 15 species of decapods from wood falls in the South Pacific Ocean. The specimens were recovered during several French cruises (Salomon2, BOA1, SantoBOA, SalomonBOA3) organized near the Vanuatu, Solomon Island and New Caledonia by the Muséum National dHistoire Naturelle of Paris. The investigation of the feeding biology and microbial associations of the decapod species combined three complementary approaches : 1) a morphological approach using light and electron microscopy to describe the external and gut structures as well as the gut content and microflora, 2) a trophic approach based on stable isotopes analyses (C and N) together with the nature of the gut content and 3) a molecular approach based on 16S rRNA gene analyses and FISH labeling to identify and locate the bacteria in the gut content (ingested bacteria) and on the gut lining (resident bacteria or symbionts). Taxonomic identification and morphological observations of the species provided a first non-exhaustive inventory of the best represented decapod species in wood accumulations in the deep South Pacific and point out three interesting informations. 1) Most decapods from the sunken woods belong to Reptantia. 2) Some species (e.g. Munidopsis spp.) belong to deep sea taxa and exhibit typical characteristics while others (e.g. Xylopagurus) much more resemble shallow-water species, indicating that the colonization of wood falls by decapods may have occurred from both deep and coastal habitats. 3) Association degree with sunken wood could be important for some species that appear endemic (e.g. Pylochelidae, Xylopagurus) or which probably have their complete life cycle on wood falls (most of the gravid females having big eggs with a direct larval development). From a trophic point of view, morphological observations of the digestive system, examinations of gut contents and stable isotope analyses carried out on 15 species, allow us to classify the decapod crustacean from deep-sea sunken woods into two major groups, detritivores and predators/scavengers, and four trophic guilds (trophic levels) depending on two primary food sources, the wood and the particulate organic matrix (marine snow). The four guilds were identified as bacteriovorous detritivores (M. nitida, M. pilosa, M. bispinoculata, Munidopsis sp.1), xylophagous detritivores (M. andamanica, R. amboinensis), omnivores (X. caledonicus) and predators/scavengers (pylochelid species, Munida spp, Axiidae sp.1, M. cylindrophthalma). A fifth guild could be represented by limivorous detritivores (C. acutirostella, Alpheidae sp.1). This breaks with the widespread idea that decapod crustaceans from wood falls are all scavengers or predators. In addition, these results have evidenced of some special dietary strategies and highlight the importance of xylophagous decapods in the ecosystem, by their mechanical degradation of the substrate and their production of feces which should enrich the sediment and have a significant impact on the composition of wood and sediment microbiota (bacteria and fungi). Microscopic observations also allowed us to identify potentially symbiotic associations with resident (and transient) microorganisms (bacteria and/or trichomycetes) in the hindgut of five detritivorous species. Owing that, three of these species have a wood-based diet (M. andamanica, M. nitida, R. amboinensis) and considering the location of these microflora, it is strongly suggested that the resident microorganisms are directly related to the xylophagous diet of the host and most particularly involved in the digestion of wood. More detailed in two xylophagous species, M. andamanica and R. amboinensis, not only these microflora can be distinguished on the basis of their morphology, location and probable genetic differences but also by their roles and involvement in the digestion of the woody substrate. The digestive bacteria of M. andamanica could act as trophic intermediates while those of R. amboinensis probably only help in its digestion. From the stable isotopes ratio, it is likely that R. amboinensis directly assimilates the wood digestion products while M. andamanica feeds on wood with a trophic intermediate. Cloning and sequencing 16S rRNA gene from the gut bacteria of M. andamanica revealed its resident hindgut microflora is largely dominated by two phylotypes (OTUs) of possibly symbiotic bacteria that belong to Firmicutes and Alphaproteobacteria. Surprisingly, these OTUs are very close to gut bacteria isolated from a coastal thalassinid shrimp N. californiensis and from the Chinese crab E. sinensis. The results raise the question of the development and evolution of digestive symbioses in decapods and crustaceans in relation to the diet and/or adaptation to a special habitat, owing that among galatheid crabs the symbiotic relationships appear closer in certain species (M. andamanica) than in others (M. nitida, M. bispinoculata) and that similar differences appear between taxonomic groups. On the other hand, the genetic proximity of bacteria from distant crustacean species raise the question of an eventual co-evolution of linked hosts and symbionts contrasting with the permanent re-acquisition of symbionts from the medium.

Dans ce manuscrit nous proposons la modélisation d'une organisation apprenante à l'aide du retour d'expérience, appliquée à la gestion des alertes sanitaires par les services de contrôle de l'Etat. Ce manuscrit se compose de deux parties : La première partie introduit la problématique, présente des acteurs du système étudié et apporte les concepts théoriques et les analyses du terrain pour le développement de la modélisation. Le premier chapitre concerne une description de l'organisation en place avec l'identification des dangers et des risques présents et une description de quelques grandes crises et alertes sanitaires liées à l'alimentation. La question de l'amélioration de la gestion de ces alertes et crises se pose. Une réponse à explorer est proposée avec l'apprentissage comme boucle entre la gestion et la prévention. Le deuxième chapitre définit les concepts d'organisation et d'apprendre. L'apprentissage organisationnel et l'organisation apprenante sont aussi étudiés. Ces concepts sont mis en relation avec le risque et avec les organisations qui font face aux dangers et risques. De là, le concept de retour d'expérience est retenu pour une analyse en profondeur. Le troisième et dernier chapitre de la première partie de la thèse est consacré au concept de retour d'expérience et son apport est motivé. La deuxième partie concerne le développement de l'apport de la thèse et la présentation d'une mise en œuvre des propositions théoriques. Le quatrième chapitre présente la modélisation de l'O.A. pour l'organisation de la gestion de la sécurité sanitaire des aliments. La démarche de modélisation résume schématiquement le manuscrit, chaque phase de modélisation correspond à une partie du manuscrit. Elle est l'outil de dialogue avec le lecteur dans la présentation de ce travail de thèse. La présentation de la formalisation de la connaissance en vue de la modélisation de l'Organisation Apprenante consiste en le développement d'un retour d'expérience, fondé sur des concepts théoriques présentés dans les chapitres précédents. Une perspective de couplage avec une méthode d'analyse des risques est développée. Le cinquième et dernier chapitre de la thèse détaille une modélisation de l'O.A. en un outil concret. Il fait également office de chapitre d'expérimentation et de validation de l'outil par la proposition d'un plan de mise en œuvre. L'expérimentation concerne le système concret. L'usage, l'interprétation et les nouvelles connaissances acquises pour améliorer notre modélisation consistaient en un processus itératif tout le long de l'étude. La validation se présente sous la forme de recommandations pour la mise en place du système.