Early blight caused by Alternaria solani and brown spot caused by the small-spored Alternaria spp., Alternaria alternata, Alternaria arborescens, and Alternaria tenuissima are observed annually in midwestern potato production areas. The use of foliar fungicides remains a primary management strategy. However, Alternaria spp. have developed reduced-sensitivity and/or resistance to many single-site fungicides such as quinone outside inhibitor (QoI), succinate dehydrogenase inhibitor (SDHI), and anilinopyrimidines (AP) fungicides in recent years. Boscalid, fluopyram, solatenol, and adepidyn are EPA-registered SDHI fungicides applied commercially to a variety of crops including potato. High intrinsic activity was observed in fluopyram, solatenol and adepidyn to A. solani isolates. Adepidyn and solatenol reduced disease severity caused by A. solani in field evaluations. Molecular characterization of 2018 A. solani field isolates determined that the frequency of the D123E and H134R SDH mutations increased. In contrast, the H278R/Y and H133R SDH mutations were found at low frequency. Adepidyn demonstrated the highest intrinsic activity against the small-spored Alternaria spp. but high intrinsic activity was also observed with boscalid, fluopyram, and solatenol. In vivo experiments demonstrated that adepidyn, solatenol, and fluopyram were more effective at managing A. arborescens and A. tenuissima than boscalid. Under greenhouse conditions, adepidyn and solatenol reduced brown spot severity caused by A. alternata to a greater extent than did fluopyram and boscalid. Results of these studies determined that accurate pathogen identification of small-spored Alternaria spp. may be important for brown spot management. Fludioxonil and cyprodinil exhibited a higher efficacy against of A. solani isolates when compared to pyrimethanil in greenhouse assays. Fludioxonil and cyprodinil were also highly efficacious against the Alternaria spp. evaluated and appear to be a good addition into fungicide rotation programs for early blight and brown spot management. Anilinopyrimidine (AP) (pyrimethanil and cyprodinil) and phenylpyrrole (PP) (fludioxonil) fungicides have demonstrated high intrinsic activity against other pathogens. Determining the efficacy of these fungicides on Alternaria spp. is important to the potato industry.

This diploma thesis is focused on susceptibility evaluation of gourd (Cucurbita pepo) varieties. The aim was the evaluation of frequency and intensity of infection by Golovinomyces cichoracearum that causes powdery mildew disease of cucurbits and Alternaria cucumerina that causes Alternaria leaf blight of cucurbits. The observing was doing in SEMO a. s. operating conditions in year 2016. The highest resistance against both pathogens was detected in Sunseance and Ambassador varieties. The lowest resistance against Golovinomyces cichoracearum was detected in Startgreen, Goldline and Jigonal varieties and the lowest resistance against Alternaria cucumerina was detected in Delikates variety.

Atualmente, a produtividade da cultura da batata (Solanum tuberosum L.) pode ser reduzida devido à ocorrência de doenças em todo o território nacional, destacando-se a pinta preta, causada por Alternaria spp. Historicamente se acreditava que A. solani (AS) era a principal causadora mas, atualmente, descobriram outras espécies associadas, sendo predominante hoje, em território nacional a espécie A. grandis (AG). O objetivo deste trabalho foi avaliar a sensibilidade in vitro de três isolados de A. grandis e um isolado de A. solani frente a onze fungicidas amplamente utilizados no manejo desta doença em campo. Foi avaliado o efeito dos fungicidas sobre o crescimento micelial dos isolados, utilizando-se do método da incorporação do fungicida no meio de cultura fundente. As diluições dos fungicidas foram realizadas em água destilada e esterilizada, de acordo com a metodologia descrita por Camargo (2013) e Ishizuka (2016). Para os fungicidadas com mistura de ingrediente ativo, considerou-se a soma das concentrações no cálculo. Inicialmente, as concentrações do meio de cultura, foram 100, 10, 1, 0,1, 0,01 e 0,001 mg L-1. Após, as doses foram ajustadas conforme a CI50 de cada fungicida. Quantificou-se também a inibição sobre a germinação dos conídios nas contrações discriminatórias de 0; 0,1; 1; 10 e 100 mg.L-1 .24 horas após o preparo do meio as placas foram observadas em microscópio óptico, determinando-se a germinação dos conídios em 300 unidades observadas por placa de Petri. Todos os isolados testados foram altamente sensíveis aos ingredientes ativos fluazinam, pirimetanil, procimidona e piraclostrobina. Não houve diferenças de comportamento de sensibilidade entre as espécies de A. solani e A grandis que possam caracterizar uma perda de sensibilidade por conta da predominância da espécie de A. grandis associada à pinta preta da batata no Brasil. Encontraram-se evidências de insensibilidade dos isolados de A. grandis e A. solani aos ingredientes ativos Clorotalonil e Boscalida. / Currently, the productivity of potato crop (Solanum tuberosum L.) may be reduced due to the occurrence of disease throughout the country, especially due to early blight, caused by Alternaria spp. Historically it was believed that A. solani (AS) was the main cause, most currently was founded others associated species, being predominant today the occurrence of the disease associated with the species A. grandis (AG). The objective of this study was to evaluate the in vitro susceptibility of three isolates of A. grandis and one isolate of A. solani for eleven fungicides widely used in the management of this disease in the field, was evaluated the effect of fungicides on mycelial growth using the fungicidal method that incorporate it in the medium culture. Dilutions of fungicides were performed in sterile distilled water according to the methodology described by Camargo (2013) and Ishizuka (2016). For the fungicidates with active ingredient mixture, was considered the sum of the both concentrations in the calculation.The concentrations of the culture medium were 100, 10, 1, 0.1, 0.01 and 0.001 mg L-1. The doses were adjusted according to the CI50 of each fungicide, was quantified also the inhibition of spore germination, and the fungicides were incorporated into the agar medium - water in discriminatory contractions of 0; 0.1; 1; 10 and 100 mg.L-1 . Then, 24 hours after preparation of the medium the plates were observed under an optical microscope, determining the spore germination observed at 300 units per plate. All tested isolates were highly sensitive to the active ingredients fluazinam, pyrimethanil, procymidone and pyraclostrobin. There was no sensitivity behavioral differences between species of A. solani and A. grandis which may characterize a loss of sensitivity due to the predominance of species of A. grandis associated with early blight in Brazil, was found evidences of insensitivity of isolates of A. grandis and A. solani to the active ingredients Chlorothalonil and Boscalida.

O desenvolvimento e implementação de uma estratégia de manejo integrado de doenças na cultura do girassol (Helianthus annuus) requer informações precisas e acuradas sobre os danos causados pela mancha de Alternaria, causada por Alternaria helianthi. Os objetivos desta tese foram: elaborar e validar uma escala diagramática para avaliação da mancha de Alternaria; determinar a influência da temperatura (15-32,5 °C) e da duração do período de molhamento foliar (2-24 h) nos componentes monocíclicos da doença; comparar a relação de variáveis relacionadas à doença ou à área foliar com os componentes de produção de girassol, em experimentos de campo. A escala diagramática, com níveis de severidade de: 0,03; 0,2; 0,6; 3; 7; 12; 25; 40 e 66% da área foliar lesionada, foi validada por três avaliadores experientes. A escala permitiu que se fizesse uma avaliação acurada e precisa, quando se utilizou folhas desenhadas ou folhas verdes com sintomas. O erro absoluto ao estimar a severidade foi menor que 13% e a reprodutibilidade das avaliações foi alta. Em ambiente controlado, verificou-se que a densidade relativa de lesões e a severidade foram influenciadas pela temperatura e pela duração do período de molhamento foliar. A doença foi mais severa na temperatura de 25 °C. A temperatura mínima para desenvolvimento da doença foi de 13,0 °C e a máxima foi de 35,8 °C. A doença aumentou com o aumento da duração do período de molhamento foliar. A temperatura mínima estimada para a taxa de crescimento micelial foi de 5,5 °C e a máxima foi de 32,9 °C. A temperatura mínima estimada para germinação de conídios foi de 7,9 °C e a máxima foi de 40,0 °C. Experimentos foram conduzidos nas safras de 1997/1998, 1998/1999 e 1999/2000 para avaliar a relação entre severidade da mancha de Alternaria, área sob a curva de progresso da doença (AUDPC), índice de área foliar sadia em determinado dia (HLAI), duração da área foliar sadia (HAD), radiação interceptada pela área foliar sadia em determinado dia (HRI), absorção da área foliar sadia (HAA) e componentes de produção de girassol, semeado em quatro épocas. A AUDPC teve relação com rendimento de aquênios, com ajuste do modelo exponencial negativo em duas safras. A relação rendimento x HAD foi linear para os três experimentos. Para as variáveis integrais estudadas, a melhor relação com rendimento foi verificada para HAA, com ajuste do modelo exponencial. A taxa da relação severidade x rendimento tendeu a se estabilizar a partir da fase de desenvolvimento R1. A taxa da relação linear entre HLAI e rendimento estabilizou-se entre as fases R1 a R6. A taxa da regressão entre HRI e rendimento foi bastante variável e não mostrou tendência de estabilização. Verificou-se que plantas que apresentaram severidade maior que 10% na fase de desenvolvimento R3 produziram rendimentos inferiores a 500 kg/ha, para as três safras, independentemente da época de semeadura, o que pode ser utilizado como um limiar de dano. A severidade pode ser usada como uma variável independente para um sistema de manejo da mancha de Alternaria em girassol. / The development and implementation of integrated disease-management system on sunflower (Helianthus annuus) require precise and accurate information on the damage caused by Alternaria leaf spot (Alternaria helianthi). The objectives of this thesis were: to develop and to validate a diagrammatic scale for Alternaria leaf spot; to determine the influence of temperature (15-32.5 °C) and leaf wetness duration (2-24 h) on the monocycle of the disease; and to compare the relationship between variables related to Alternaria leaf spot or to leaf area and yield, in field experiments. The diagrammatic scale with levels representing: 0.03; 0.2; 0.6; 3; 7; 12; 25; 40; and 66% of diseased leaf area was validated by three experienced raters. The scale permitted assessments to be accurate and precise, when drawn or detached leaves were used. The absolute error in estimating disease severity was lower than 13% and the reproduc ibility of assessments was high. In controlled environment studies, relative lesion density and severity were influenced by temperature and leaf wetness duration. The disease was more severe in the temperature of 25 °C. The minimum temperature for disease development was 13.0 °C and the maximum was 35.8 °C. The disease increased with increasing periods of leaf wetness. The estimated minimum temperature for mycelial growth rate was 5.5 °C and the maximum was 32.9 °C. The estimated minimum temperature for conidia germination was 7.9 °C and the maximum was 40.0 °C. Three field experiments were carried out in 1997/1998, 1998/1999 and 1999/2000 to investigate the relationship between severity of Alternaria leaf spot, area under disease progress curve (AUDPC), healthy leaf area index at any given day (HLAI), healthy leaf area duration (HAD), radiation intercepted by healthy leaf area at any given day (HRI), total healthy leaf area absorption (HAA), and yield components of sunflower, sowed in four dates. AUDPC showed relationship with yield in two years, following the negative exponential model. The yield x HAD relationship was linear for each of three trials. Among the integral variables analyzed, the yield x HAA relationship was the best one, fitted by the exponential model. The slope of the yield-severity relationship was stable from R1 growth stage. The yield-HLAI relationship was stable between R1 and R6. The yield-HRI relationship was variable and not stable. The yield-severity relationship in R3 growth stage proved that plants with severity higher than 10% had yield lower than 500 kg/ha, despite the sowing date, which can be used as a damage threshold. Severity can be used as an independent variable to a system of sunflower Alternaria leaf spot management.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-10T14:52:17Z No. of bitstreams: 1 Emanuel Feitosa de Assuncao.pdf: 874050 bytes, checksum: ab87c3228b1c082ff8bd7fcd620e23f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T14:52:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Emanuel Feitosa de Assuncao.pdf: 874050 bytes, checksum: ab87c3228b1c082ff8bd7fcd620e23f2 (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / The stain-de-alternaria caused by the fungus Alternaria brassicicola is considered one of the most common and destructive fungal diseases the brassica. The control of Alternaria is based on preventive sprays or after the appearance of first symptoms with fungicides. An alternative to controlling the disease is the use of biological control. In this context, yeasts emerge as a new class of biocontrol agents. This study aimed to: isolate, select and evaluate the potential of yeasts in biocontrol stain-of-alternaria, in kale; verify production Killer toxin, biofilm formation and production of volatile metabolites in vitro, as well as evaluate the yeast as resistance inducing agents in kale, through enzymatic analysis catalase and ascorbate peroxidase. Initially, 18 isolates of A. brassicicola were evaluated in greenhouse for their ability to cause disease in kale, being isolated 91 from the pathogen selected for biocontrol assays. 39 yeast isolates obtained from leaves of healthy plants brassica were evaluated in greenhouse, being five isolates selected for the assays in vivo and in vitro. In the assay biocontrol, kale plants were sprayed with 15 mL of the suspension (1x107 cells mL-1) of yeasts (L32, L40, L44, L47 and L57) in the periods (72, 48, 24 hours before inoculation the pathogen), and immediate (followed of the pathogen inoculation). The yeast isolates (L46, L32, L44 and L40) were the most effective in reducing the severity of the stain-of-alternaria, accounting for severity index of 7,66%, 7,78, 8,13 e 9,07%, respectively. The periods 24 hours and immediate were the most significant in reduction disease. Among the evaluated yeasts, isolates L46 and L44 produced biofilm (weak 1+) and the others did not produce biofilm. As the Killer activity, the five evaluated yeasts produced the Killer toxin. It was also verified that the isolates (L46 and L40) inhibited in 60, 334% and 59,774%, respectively, growth in vitro of A. brassicicola and isolates (L32, L40, L44, L47 and L57) completely inhibited sporulation in vitro of the pathogen. The five isolates of yeasts evaluated provide kale plants higher levels of catalase enzyme in relation to the control treatment. The use of yeast proves to be a promising tool for the biological control of A. brassicicola in kale. / A mancha-de-alternaria causada pelo fungo Alternaria brassicicola é considerada uma das doenças fúngicas mais comuns e destrutivas das brássicas. O controle da alternariose baseia-se em pulverizações preventivas ou após o aparecimento dos primeiros sintomas com fungicidas. Uma alternativa para o controle da doença é o uso do controle biológico. Neste contexto, as leveduras surgem como uma nova classe de agentes de biocontrole. O presente estudo teve como objetivos: isolar, selecionar e avaliar o potencial de leveduras no biocontrole da mancha-de-alternaria, em couve-manteiga; verificar a produção de toxina Killer, formação de biofilme e produção de metabólitos voláteis in vitro, bem como, avaliar as leveduras como agentes indutores de resistência em couve-manteiga, através da análise enzimática da catalase e ascorbato peroxidade. Inicialmente, 18 isolados de A. brassicicola foram avaliados em casa de vegetação quanto à capacidade de causar doença em couve-manteiga, sendo o isolado 91 do patógeno selecionado para os ensaios de biocontrole. 39 isolados de leveduras obtidos de folhas de plantas sadias de brássicas foram avaliados em casa de vegetação, sendo cinco isolados selecionados para a realização dos ensaios in vivo e in vitro. No ensaio de biocontrole, plantas de couve-manteiga foram pulverizadas com 15 mL da suspensão (1x107 células mL-1) das leveduras (L32, L40, L44, L47 e L57), nos períodos (72, 48, 24 horas antes da inoculação do patógeno) e, imediato (seguido a inoculação do patógeno). Os isolados de leveduras (L46, L32, L44 e L40) foram os mais eficientes na redução severidade da mancha-de-alternaria, sendo responsáveis por índices de severidade de 7,66%, 7,78, 8,13 e 9,07%, respectivamente. Os períodos 24 horas e imediato foram os mais significativos na redução da doença. Dentre as leveduras avaliadas, os isolados L46 e L44 produziram biofilme (fraca 1+) e, os demais, não produziram biofilme. Quanto à atividade Killer, as cinco leveduras avaliadas produziram a toxina Killer. Também foi verificado que os isolados (L46 e L44) inibiram em 60, 334% e 59, 774%, respectivamente, o crescimento in vitro de A. brassicicola e, os isolados (L32, L40, L44, L47 e L57) inibiram completamente a esporulação in vitro do patógeno. Além disso, os cinco isolados de leveduras avaliados proporcionam nas plantas de couve-manteiga maiores níveis enzimáticos da catalase, em relação ao tratamento controle. O uso de leveduras demonstra ser uma ferramenta promissora para o controle biológico de A. brassicicola em couve-manteiga.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-20T15:01:07Z No. of bitstreams: 1 Luiz Augusto Martins Peruch.pdf: 694087 bytes, checksum: 27f67eb702a71e64c5b03780e75fe68e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T15:01:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luiz Augusto Martins Peruch.pdf: 694087 bytes, checksum: 27f67eb702a71e64c5b03780e75fe68e (MD5) Previous issue date: 2004-02-18 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The brassica cultivation has been of high importance in Brazil. However, the profitable crop production can be limited by occurrence of diseases such as Alternaria black spot, caused by Alternaria brassicicola and/or Alternaria brassicae, and black rot, caused by Xanthomonas campestris pv. campestris. In that context, the present study had as objectives to evaluate the intensity of Alternaria black spot and of black rot diseases on brassica under organic cultivation in the states of Pernambuco and Santa Catarina, and the spore production longevity of A. brassicicola in leaf debris of broccolis. The intensity of the diseases was evaluated from November 2001 to February 2002, in 103 fields under organic farming systems, including broccoli, Chinese cabbage, cauliflower, kale and cabbage. High prevalence of the diseases was registered in both states, except on Chinese cabbage in Santa Catarina. Prevalence of Alternaria black spot was 100% on broccoli fields in Pernambuco, as well as on cauliflower in the two states, while the black rot reached that level on broccoli and cauliflower fields in Santa Catarina. In the average of the different brassica species, the diseases were more prevalent in Pernambuco than in Santa Catarina. However, when considered severity averages of each disease, no significant differences were verified between the two states, although the climatic conditions have been sharply different. The levels ofdisease severity were low, considering that 98% of the fields presented severity lower than 5%. The Alternaria black spot severity varied among the brassica species in Pernambuco, being higher on Chinese cabbage and lower on kale. In Santa Catarina no significant differences were verified among the brássicas species. In relation to the black rot, only in Santa Catarina there was difference in the disease severity among the brassicas, being registered the lowest level on Chinese cabbage. No significant correlations were verified between severity levels of Alternaria black spot and black rot, neither between disease severity and total number of plants or plant age. The spore production longevity of A. brassicicola was investigated in leaves debris of broccoli, considering different depths of debris incorporation, periods of the year, and systems of soil handling, in two experiments carried out in Urussanga city, State of Santa Catarina, Brazil. Infected leaves debris of broccoli were conditioned in bags of polyethylene and distributed in portions in the field, on the soil surface and at depths of 5 and 10 cm. Periodically, the debris in the bags were collected and conidia concentrations were quantified for longevity of spore production andextinction rate. In both experiments there was higher spore production longevity in leaves debris in the period I, characterized by lighter temperatures, higher air relative humidity and lower pluvial precipitation than in the period II. Depth of debris incorporation influenced directly on A. brassicicola spores production, being lower when incorporation was made at 10 cm depth. In relation to soil handling systems, when the inoculum source was deposited on the soil surface there was not difference in the rate of spore production extinction between the soils under conventional and organic handling. However, at depths of 5 and 10 cm, the rate was significantly higher in the soil under conventional handling. The management of Alternaria black spot on broccoli at the area under study can be accomplished by integrated control, including the incorporation of infected leaves debris in the soil, at least 10 cm depth, along with crop rotation, for no less than a 60-day interval in subsequent brassica plantings. / O cultivo de brássicas tem destacada importância na olericultura brasileira. No entanto, a produção dessas olerícolas pode ser limitada pela ocorrência de doenças, dentre as quais se destacam a alternariose, causada por Alternaria brassicicola e/ou Alternaria brassicae, e a podridão negra, causada por Xanthomonas campestris pv. campestris. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos realizar o levantamento da intensidade da alternariose e da podridão negra em cultivos orgânicos de brássicas nos Estados de Pernambuco e Santa Catarina, bem como avaliar a longevidade da esporulação de A. brassicicola em restos foliares de brócolis. Os levantamentos foram realizados no período de novembro de 2001 a fevereiro de 2002, num total de 103 cultivos orgânicos, incluindo brócolis, couve-chinesa, couve-flor, couve-manteiga e repolho. Foram registradas elevadas prevalências das doenças nos dois Estados, com exceção em couve-chinesa em Santa Catarina. A prevalência da alternariose foi de 100% nos cultivos de brócolis em Pernambuco, bem como em couve-flor nos dois Estados, enquanto a podridão negra atingiu esse nível nos cultivos de brócolis e couve-flor em Santa Catarina. Na média das diferentes espécies de brássicas, as doenças foram mais prevalentes em Pernambuco que Santa Catarina. Entretanto,quando consideradas as médias de severidade de cada doença no conjunto das brássicas, não foram constatadas diferenças significativas entre os dois Estados, embora as condições climáticas tenham sido nitidamente distintas. Os níveis de severidade das doenças foram baixos, tendo em vista que 98% dos cultivos apresentaram severidade inferior a 5%. A severidade da alternariose variou entre as espécies de brássicas em Pernambuco, com maior severidade registrada em couve-chinesa e menor em couve-manteiga, enquanto em Santa Catarina não foram constatadas diferenças significativas entre as brássicas. Em relação à podridão negra, somente em Santa Catarina houve diferença na severidade entre as brássicas, sendo registrados os menores níveis em couve-chinesa. Não foram constatadas correlações significativas entre os níveis de severidade da alternariose e da podridão negra, bem como da severidade destas com o número total de plantas e a idade das plantas nos cultivos. Foi também investigada a longevidade da esporulação de A. brassicicola em restos foliares de brócolis, considerando diferentes profundidades de incorporação dos restos, períodos do ano e sistemas de manejo do solo, em dois experimentos realizados em Urussanga - SC. Restosfoliares de brócolis infectados pelo patógeno foram acondicionadas em sacolas de polietilenoperfuradas e distribuídos em parcelas no campo, na superfície do solo e nas profundidades de 5 e 10 cm. Nos dois experimentos foi verificada uma maior longevidade da esporulação nos restos foliares no período I, caracterizado por temperaturas mais amenas, maior umidade relativa do ar e menor precipitação pluvial que no período II. A profundidade de incorporação dos restos influiu diretamente na esporulação de A. brassicicola, que foi inferior quando a incorporação foi efetuada a 10 cm de profundidade. Em relação aos sistemas de manejo, quando a fonte de inóculo foi depositada na superfície do solo não houve diferença na taxa de extinção da esporulação entre os solos sob manejo convencional e orgânico. No entanto, nas profundidades de 5 e 10 cm, essa taxa foi significativamente superior no solo sob manejo convencional. O manejo da alternariose em brócolis na região do estudo pode ser realizado pela combinação de vários métodos de controle, inclusive pela incorporação dos restos foliares infectados no solo, à profundidade mínima de 10 cm, combinado com rotação de culturas, visando um intervalo mínimo de 60 dias entre cultivos de brássicas.

<p>Savremeni trendovi na trži&scaron;tu utiču na sve veću potražnju za speltom (Triticum aestivum ssp. spelta), alternativnom, plevičastom formom p&scaron;enice visoke nutritivne vrednosti, koja doprinosi održavanju agroekolo&scaron;kih sistema gajenja. Smatra se da prisustvo plevičastih omotača pruža za&scaron;titu zrna od različitih bolesti i &scaron;tetočina, &scaron;to je od naročitog značaja za organsku proizvodnju gde upotreba hemijske za&scaron;tite nije dozvoljena. Rod Alternaria obuhvata veliki broj izrazito varijabilnih i &scaron;iroko rasprostranjenih saprofitnih i fitopatogenih vrsta. Značaj Alternaria spp. se ogleda ne samo u smanjenju prinosa i naru&scaron;avanju kvaliteta zrna p&scaron;enice, već i u tome &scaron;to mnoge vrste ovog roda produkuju toksične metabolite, koji su &scaron;tetni za zdravlje ljudi i životinja. U cilju preduzimanja blagovremenih i efikasnih mera suzbijanja fitopatogenih vrsta roda Alternaria i monitoringa dominantnih toksigenih vrsta, veoma je značajna njihova pouzdana i prezicna identifikacija.<br />Istraživanja su obuhvatila identifikaciju i molekularnu karakterizaciju Alternaria spp. na zrnu spelte u Republici Srbiji uz analizu intenziteta zaraze posebno plevičastih i olju&scaron;tenih zrna spelte kako bi se ispitala efikasnost plavičastih omotača u za&scaron;titi zrna spelte. Istovremeno je određen sadržaj najznačajnijih Alternaria toksina (alternariol-AOH i alternariol monometil-etar-AME), kao i sveobuhvatni uticaj ovih gljiva na komponente prinosa, zdravstvenu bezbednost i tehnolo&scaron;ki kvalitet spelte. Izolovano je ukupno 25 Alternaria spp. sa zrna spelte roda 2011. god. iz različitih regiona Vojvodine i na osnovu morfolo&scaron;kih, patogenih i molekularnih karakteristika utvrđeno je prisustvo dve vrste: A. tenuissima (22 izolata) i A. infectoria (3 izolata). Dobijeni rezultati predstavljaju ujedno i prvo naučno saop&scaron;tenje od vrstama roda Alternaria na spelti u Srbiji. Ve&scaron;tačkom inokulacijom tri različita genotipa spelte (Nirvana, Austria i Ostro) odabranim Alternaria izolatima u 2011. i 2012. god. uočena je značajna razlika u intenzitetu zaraze Alternaria spp. na zrnima sa plevičastim omotačima gde se intenzitet infekcije kretao od 87-100% dok je na olju&scaron;tenim zrnima iznosio od 16-72% u 2011. god., odnosno od 95-100% na plevičastim zrnima i 42-68% na olju&scaron;tenim zrnima u 2012. god. Efekat hemijske za&scaron;tite fungicidom se pokazao značajan za redukciju Alternaria spp. u obe istraživačke godine kako na plevičastim tako i na olju&scaron;tenim zrnima spelte. Kolorimetrijskim merenjima intenziteta zaraze plevičastih omotača i olju&scaron;tenih zrna inokulisanih biljaka u 2011. i 2012. god. potvrđena su standardna vizuelna fitopatolo&scaron;ka ispitivanja, &scaron;to ukazuje na to da se metoda instrumentale ocene zaraze može koristiti kao efikasna i brza metoda detekcije tamnokličnih zrna, gde uz dodatne verifikacije postoji mogućnost primene i u praksi. AOH i AME detektovani su u proseku četiri puta većoj koncentraciji u plevičastim omotačima nego u olju&scaron;tenim zrnima, &scaron;to potvđuje efikasnost plevičastih omotača u za&scaron;titi zrna spelte, ne samo od prodiranja Alternaria spp. već i od njihovih toksičnih metabolita. Najmanja koncentracija Alternaria toksina zabeležena je na olju&scaron;tenim zrnima bijaka tretiranih fungcidom (AOH - 84 &mu;g/kg i AME - 153 &mu;g/kg). Ispitivanja prometnog i tehnolo&scaron;kog kvaliteta spelte zaražene Alternaria spp. su pokazala da tamnoklična zrna značajno naru&scaron;avaju parametre prometnog i tehnolo&scaron;kog kvaliteta spelte, negativno utičući na nalivanje i sazrevanje zrna kao i sintezu skroba i proteina.<br />Prikazani rezultati ukazuju na to da plevičasti omotači predstavljaju efikasnu barijeru u za&scaron;titi zrna od infekcije vrstama roda Alternaria, &scaron;to ima izuzetan značaj za otpornost spelte naročito u uslovima gajenja u sistemu organske proizvodnje gde upotreba hemijske za&scaron;tite nije dozvoljena. Međutim, uprkos prirodnoj otpornosti i genetskoj predodređenosti spelte za organsku proizvodnju, rezultati efikasne primene fungicida u suzbijanju Alternaria spp. opravdavaju adekvatan hemijski tretman u dobroj poljoprivrednoj praksi i proizvodnji zdravstveno bezbedne hrane. Multidisciplinarni pristup ove doktorske disertacije, ukazuje na neophodnost komplementarnog sagledavanja agronomskih i tehnolo&scaron;kih aspekata u poljoprivrednoj i prehrambenoj industriji, kao jedinstvenog modela koji omogućava praćenje savremenih tendencija u proizvodnji zdravstveno bezbedne hrane visokog nutritivnog kvaliteta.</p> / <p>There is an increasing market demand for alternative crops such as spelt wheat (Triticum aestivum ssp. spelta), an ancient, hulled with high nutritional values which<br />6<br />encourages agroecogical production systems. Accodrding to literture overview, it is considered that hulls protect kernels aginst different pests and pathogens, which is of great importance in organic production where chemical treatment is forbidden. Alternaria is a ubiquitous fungal genus that includes saprobic, and pathogenic species associated with yield losses and reduction of technological quality of small grains. Moreover, some of Alternaria spp. has high toxigenic potential and can be harmful for human and animal health. In order to conduct efficient disease control and monitoring of toxigenic Alternaria species, precise and reliable identification is highly important issue.<br />This study include identification and molecular characterisation of Alternaria spp. isolated from spelt kernels in the Republic of Serbia, followed by assessing of level of infection of hulled and dehulled kernels, separately. Additionally, the content of the most important Alternaria toxins (alternariol-AOH and alternariol monomethyl-etar-AME) is analysed, as well as the overall impact of infection on yield parameneters, food safety and technological quality of spelt wheat. Out of 25 Alternaria strains isolated from spelte kernels harvested in 2011. from different regions of Vojvodina and according to morphological, pathogenic and molecular characteristics, the most dominant species was A. tenuissima (22 isolates) followed by A. infectoria (3 isolates). This is the first report of Alternaria spp. detected on species level on spelt wheat in Serbia. After artificial inoculation of three different spelt genotypes (Nirvana, Austria i Ostro) with Alternaria isolates in 2011. and 2012., the sighnificant difference in the level of infection on hulled and dehulled kernels is noted. On the hulled kernels infection was in the range of 87-100%, while on the dehulled kernels was from 16 to 72% in 2011., and from 95 to 100% on hulled kernels and from 42 to 68% on dehulled kernels in 2012., respectivelly. Chemical treatment showed positive effect in the reduction of Alternaria disease in both years, on hulled and dehuled kernels as well. Colorimetric measurements of the level of infection proved conventional phytopatholoical analyses, which indicates that such instrumental method can be efficiently used in rapid detection of black point kernels and with additional verifications might be use in practise. AOH and AME were detected in four time higher concetrations in hulls compared to dehulled kernels, which confirms that hulls act as barriers against fungal infection and their toxic metabolities. The minimum concetration was detected on dehulled kernels treated with fungicide (AOH - 84 &mu;g/kg i AME - 153 &mu;g/kg). In the technological quality analysis of infected kernels, it was found that black point disease reduced tecnhnological quality, due to negeative impact of infection on maturation of grains and sinthesis of proteins and starch.<br />Presented results indicate that hulls on spelt kernels act as efficient barrires in the protection of kernels against Alternaria spp. and their toxic metabolities, which is of great importance for the resistance of spelt wheat particulary in the organic farming where chemical treatment is forbidden. Inspite of the fact that spelt is suitable for organic production, adequate fungicide application against Alternaria spp. is justified from the aspect of the good agriculture practise and food safety. Multidisciplinary approach of this doctoral dissertation points to necessity of complementary perception of agronomic and technological aspects in agriculture and food industry, as the unique model that supports contemporary trends in the production of food safety products with high nutritional value.</p>

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 704373 bytes, checksum: cce9ca57dac417c0fb3d6c8baa3a4af9 (MD5) Previous issue date: 2010-12-15 / An investigation was carried on observing the potential antagonism of 324 resident bacteria in the phylloplane of collards, grouped in: those producing fluorescent pigments; those forming endospores; and other antagonists. They were tested against alternaria leaf spot, caused by Alternaria brassicicola, and black rot, caused by Xanthomonas campestris pv. campestris. The selection was based on screening tests by means of in vitro and in vivo experiments in a greenhouse using mass selection and confirmation of the potential of biocontrol agents. Ten isolated one were selected for the control of each pathogen. In order to study the mechanism involved in biocontrol, 20 isolated ones were characterized using different mechanisms of antagonism to reduce black rot and alternaria leaf spot. The strain UFV-215 gave the control for Alternaria leaf spot and the isolate UFV-247 for black rot. Both strains were consistent in vitro tests and to reduce both diseases on cabbage. Both bacteria showed efficiency as biocontrol agents against the diseases in greenhouse experiments, showing great potential for utilization under field conditions. / Investigou-se o potencial antagônico de 324 bactérias residentes do filoplano da couve, agrupadas em produtoras de pigmentos fluorescentes, formadoras de endósporo e outras como antagonistas contra Alternaria brassicicola, agente causal da alternariose e Xanthomonas campestris pv. campestris, agente causal da podridão negra das brássicas. A seleção baseou-se em testes de seleção in vitro e experimentos in vivo em casa de vegetação, em duas etapas: seleção massal e confirmação da potencialidade dos agentes de biocontrole. Selecionaram-se dez isolados para o controle de cada patógeno. Para estudar o mecanismo envolvido no biocontrole, caracterizaram-se os 20 isolados em relação a diferentes mecanismos de antagonismo para controlar a alternariose e a podridão negra. Como mais promissores no experimento em casa de vegetação, destacaram-se o isolado UFV-215 para o controle da alternariose e o UFV-247 para o controle da podridão negra. Observou-se que os dois isolados foram compatíveis em testes in vitro e no controle das duas doenças em plantas de couve. Ambas as bactérias selecionadas apresentaram eficiência como agentes de biocontrole contra as doenças em estudo, em experimentos em casa de vegetação, demonstrando grande potencial para utilização no campo.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-17Bitstream added on 2014-06-13T19:33:27Z : No. of bitstreams: 1 souza_mc_me_jabo.pdf: 333310 bytes, checksum: 37cfc8757cedd14ed24ec276ff06a4ea (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve por objetivos: (i) selecionar genótipos de tangerinas resistentes a infecção por Alternaria alternata, e estabelecer relações entre níveis de severidade da doença entre folhas e frutos, (ii) avaliar a contribuição de metabólitos na resistência de folhas maduras de tangerinas a A. alternata, (iii) selecionar genótipos de tangerina resistentes a infecção por Elsinoe fawcettii. Para tais experimentos foram utilizados 22 genótipos de tangerina pertencentes ao banco de germoplasma da Estação experimental de Citricultura de Bebedouro, Bebedouro-SP. (i) Dentre os materiais genéticos resistentes, foram constatados quatro genótipos de clementinas (Citrus clementina), seis mandarinas, sendo duas pertencentes a C. reticulata, duas a C. tangerina, uma a C. deliciosa e uma a C. nobilis; um tangelo (C. tangerina x C. paradisi); dois híbridos de mandarinas, sendo um resultante do cruzamento entre C. nobilis x C. deliciosa, e o outro de C. clementina x C. reticulata; um híbrido de tangor (C. clementina x C. sinensis) e dois híbridos de satsumas (C. unshiu x C. deliciosa.). Também foi constatado indícios de relação entre severidade de doença em folhas jovens destacadas e incidência natural de doença em frutos. (ii) Ao final dos experimentos, não foi observado influência desses metabólitos na defesa das folhas maduras de tangerina a MMA. (iii) Dente os genótipos avaliados, foram observados 10 materiais genéticos resistentes a verrugose. Dentre estes materiais, observou-se que os genótipos Commune, Caffin, Bruno, Burgess, Peau Lisse, Zanzibar, Beuty of Glen Retreat, Rode King e Encore também se apresentaram resistentes a MMA. Estes materiais são promissores para o cultivo de tangerinas em áreas de ocorrência destas doenças, e poderão contribuir com futuros trabalhos de melhoramento genético para resistência a MMA e verrugose. / The aims of this work were: (i) select tangerine genotypes resistant to Alternaria alternata infection and classify relative degrees of disease severity among leaves and fruits, in order to ultimately control the pathogen; (ii) evaluate metabolites contribuition on mature leaves of tangerines to A. alternata; (iii) select tangerine genotypes resistant to Elsinoe fawcettii. For such experiments 22 tangerines genotypes from germoplasm bank at Estação experimental de Citricultura de Bebedouro, Bebedouro-SP were used. (i) Among the resistant genetic materials, four clementines genotypes (Citrus clementina), six mandarines, being two of C. reticulata, two C. tangerina, one C. deliciosa and one C. nobilis; one tangelo (C. tangerina x C. paradisi); two mandarines hybrids, being one resulted between C. nobilis x C. deliciosa crossing, and other at C. clementina x C. reticulata; one tangor hybrid (C. clementina x C. sinensis) and two satsumas hybrids (C. unshiu x C. deliciosa) were found. A consistent relationship was noted among level of susceptibility in leaves (as evaluated following either natural infection or artificial inoculation), severity and susceptibility of fruit, suggesting a new methodology for diagnosis, identification and selection of Citrus spp. varieties resistant to A. alternata. (ii) At the end of experiments, it was not found any relationship between the presence of these metabolites and resistance to MMA on tangerines mature leaves. (iii) Among the genotypes evaluated, 10 genetic materials resistant to scab were observed. Finally, Commune, Caffin, Bruno, Burgess, Peau Lisse, Zanzibar, Beuty of Glen Retreat, Rode King and Encore cultivars, being resistant to A. alternata and also to E. fawcettii, exhibited good agronomic characteristics and, consequently, show a promising economic exploration.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-05-02T12:51:48Z No. of bitstreams: 1 DissKAFC.pdf: 1497474 bytes, checksum: eec2c220d4f790fe1194fb72879483d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-03T13:49:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissKAFC.pdf: 1497474 bytes, checksum: eec2c220d4f790fe1194fb72879483d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-03T13:49:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissKAFC.pdf: 1497474 bytes, checksum: eec2c220d4f790fe1194fb72879483d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T13:58:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissKAFC.pdf: 1497474 bytes, checksum: eec2c220d4f790fe1194fb72879483d7 (MD5) Previous issue date: 2016-08-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alternaria brown spot (ABS) disease is caused by a fungus of Alternaria genus, that causes injury and fruit depreciation, leaves fall, drought of pointers and new shoots. The action of the fungus Alternaria alternata f. sp. citri is directly associated by the presence of toxin receptors on susceptible genotypes. The objectives of this study were: (1) to characterize the phenotype of 264 citrus hybrids obtained from crossing LPA Pera de Abril sweet orange (Citrus sinensis L. Osbeck) vs H163, a hybrid between Murcott tangor (C. reticulata x C. sinensis) x Pera sweet orange (C. sinensis), for response to A. alternata, via conidia suspension inoculation of detached young leaves (in vitro) and (2) construction of a linkage map using DArT_seq markers to identify possible QTL (Quantitative Trait Loci) associated to disease resistance. The fungus was isolated from lesions of Murcott tangor fruits with ABS symptoms and inoculated via conidia suspension on detached young leaves (in vitro). Two hundred and thirty five hybrids were evaluated and 70 (30%) showed different levels of disease symptoms after 72 hours of inoculation with the fungus on detached leaves and 165 (70%) were asymptomatic. The integrated linkage map, built with OneMap program, resulted in 726 DArT_seqTM and three SSR molecular markers that covered nine linkage groups, corresponding to the haploid number of chromosomes of the specie. Using the values of AUDPC, seven QTLs associated with resistance to ABS were localized in linkage groups of the integrated map. The integrated linkage map of Pera de Abril sweet orange (LPA) vs. H163 has a high degree of synteny with pseudo-chromosomes of sweet orange (C. sinensis). / A mancha marrom de alternaria (MMA) é uma doença causada por um fungo do gênero Alternaria, que causa lesões e depreciação em frutos de tangerinas, quedas de folhas, seca de ponteiros e de brotações novas. A ação do fungo Alternaria alternata f. sp. citri está diretamente associada à presença de receptores de toxinas em genótipos suscetíveis. Os objetivos do presente estudo foram: (1) caracterizar o fenótipo de 264 híbridos de citros obtidos do cruzamento de LPA (laranja Pera de Abril) (Citrus sinensis L. Osbeck) vs o H163, híbrido de tangor Murcott (C. reticulata x C. sinensis) x laranja Pera (C. sinensis), quanto à resposta à A. alternata e (2) construir um mapa de ligação integrado utilizando marcadores moleculares DArT_seq e localizar QTLs (Quantitative trait loci) associados à resistência à doença. A partir de lesões de tangor Murcott, com sintomas de MMA, foi obtido um isolado do fungo e foram avaliados 235 híbridos após inoculação de suspensão de conídios em folhas jovens destacadas (in vitro). Após 72 horas de inoculação, setenta híbridos (30%) apresentaram diferentes níveis de sintomas da doença e 165 (70%) dos indivíduos foram assintomáticos. O mapa de ligação integrado, construído com o programa OneMap, resultou em 726 marcadores DArT_seqTM e três SSR cobrindo 9 grupos de ligação, correspondendo ao número haplóide de cromossomos da espécie. Os sete QTLs (Quantitative trait Loci) localizados, associados à resistência a A. alternata, foram oriundos de utilização de valores de BLUP (Best Linear Unbiased Prediction), obtidos a partir da AACPD (Àrea Abaixo da Curva de Progresso da Doença). O mapa de ligação gênica integrado de LPA vs H163 apresenta alto grau de sintenia com os pseudo-cromossomos de laranja doce (C. sinensis).