Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-06-07T17:24:31Z No. of bitstreams: 1 2015 - Thiago Bernardo Pedro.pdf: 895954 bytes, checksum: 51cf79437e4ec796c2634cdc0a4b0498 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T17:24:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Thiago Bernardo Pedro.pdf: 895954 bytes, checksum: 51cf79437e4ec796c2634cdc0a4b0498 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / This study evaluates the influence of climatic variables on the occurrence distribution of Amblyomma sculptum adult ticks in four sample areas in Serop?dica and Mangaratiba, two municipalities in Rio de Janeiro Metropolitan mesoregion. The data used is relative to tick sampling between the spring of 2008 and the winter of 2012. The climatic variables included in the study were mean temperature, relative humidity and rainfall, in the day of sampling and in the 15 days prior to each sampling. For the statistical analysis, four types of generalized linear models were used: Poisson, Negative Binomial, Quasi Poisson (?2) and Zero Inflated Poisson (ZIP). A total of 574 ticks were found, most of them in the autumn. The bivariate analysis between each one of the independent variables and the response variable, tick count, showed seven variables that were significant at least in two types of models (being ZIP one of them): temperature in the day before sampling, temperature between the 4th and 6th days prior to sampling, temperature between the 11th and 15th days prior, humidity in the day before sampling, humidity in 5th day before, humidity between the 9th and 12th days prior and rainfall in the 12th day prior to sampling. These variables were combined in the multivariate analysis, therewith, nine models were fitted. Analyzing the prevalence ratio (PR), Akaike Information Criterion (AIC), mean square of residuals (MSR) and correlation between expected Y and observed Y (Corr), the best model was chosen, with the following variables (PR [CI 90%]): temperature between the 11th and 15th days prior to sampling (1,06 [1,01; 1,11]), humidity in the day before (1,04 [1,02; 1,05]) and rainfall in the 12th day prior to sampling (0,97 [0,94; 0,99]). Regarding the fitted models, it was possible to notice that the most satisfactory parameters were presented by ZIP models, in which the MSR values were the lowest and Corr values were the highest. The bivariate analyzes performed as of ZIP models contrasted the fact that temperature acts as a protection factor for the occurrence of A. sculptum adult ticks in the day of sampling and in the two days before, but it acts as a risk factor form the 3rd to the 15thday before. Humidity and rainfall act as protection factors for tick occurrence as from the 3rd and the 5th day prior to sampling, respectively. In the days closer to sampling, these two latter variables did not show a definite conduct of risk or protection with respect to the studied tick occurrence. Within this context, we conclude that understanding the parameters responsible for controlling the life cycle of A. sculptum is essential to generate risk models of disease transmission / O presente estudo avalia a influ?ncia de vari?veis clim?ticas sob a distribui??o de ocorr?ncia de carrapatos Amblyomma sculptum adultos em quatro ?reas amostrais nos munic?pios de Serop?dica e Mangaratiba, na mesorregi?o Metropolitana do Rio de Janeiro. Foram utilizados dados referentes a coletas de carrapatos realizadas entre a primavera de 2008 e o inverno de 2012. As vari?veis clim?ticas consideradas foram temperatura m?dia, umidade relativa do ar e volume de precipita??o, no dia das coletas e nos 15 dias anteriores a cada coleta. Para a an?lise estat?stica, foram utilizados quatro tipos de modelos de regress?o lineares generalizados: Poisson, Binomial Negativa, Extra Poisson (?2) e Poisson Inflacionada de Zeros. Foram coletados, ao todo, 574 carrapatos, sendo a maioria no outono. A an?lise bivariada entre cada uma das vari?veis explicativas e a vari?vel de desfecho, contagem de carrapatos, apresentou sete vari?veis significativas em pelo menos dois modelos (sendo um deles o ZIP): temperatura no dia anterior ? coleta, temperatura entre o 4? e o 6? dia anterior, temperatura entre o 11? e o 15? dia anterior, umidade no dia anterior ? coleta, umidade no 5? dia anterior, umidade entre o 9? e o 12? dia anterior e precipita??o no 12? dia anterior ? coleta. Essas vari?veis foram combinadas na an?lise multivariada, com isso, nove modelos foram ajustados. Atrav?s da an?lise da raz?o de preval?ncia (RP), Akaike Information Criterion (AIC), quadrado m?dio dos res?duos (QMR) e correla??o entre Y esperado e Y observado (Corr), foi escolhido o melhor modelo, com as seguintes vari?veis (RP [IC 90%]): temperatura entre o 11? e o 15? dia antes da coleta (1,06 [1,01; 1,11]), umidade no dia anterior ? coleta (1,04 [1,02; 1,05]) e precipita??o no 12? dia anterior (0,97 [0,94; 0,99]). Considerando-se os modelos ajustados, foi poss?vel observar que os par?metros mais satisfat?rios foram apresentados pelos modelos ZIP, em que os valores de QMR foram os mais baixos, e os valores de Corr, os mais elevados. As an?lises bivariadas realizadas a partir do modelo ZIP destacaram o fato de que a temperatura se apresenta como fator de prote??o para a ocorr?ncia de A. sculptum adultos no dia da coleta e nos dois dias anteriores, mas como fator de risco a partir do 3? dia anterior at? o 15?. J? umidade e precipita??o apresentam-se como fatores de prote??o para a ocorr?ncia de carrapatos a partir do 3? e do 5? dia anterior ? coleta, respectivamente, at? o 15?. Nos dias mais pr?ximos ? coleta, essas duas ?ltimas vari?veis n?o apresentam um comportamento definido de risco ou prote??o em rela??o ? ocorr?ncia dos carrapatos em estudo. Dentro desse contexto, conclui-se que entender os par?metros que controlam o ciclo de vida de A. sculptum ? essencial para a gera??o de modelos de risco de transmiss?o de doen?as

Cultura de células de carrapatos, é uma ferramenta importante, para isolar e estudar os agentes de doenças transmissíveis. Amblyomma sculptum é o principal vetor de Rickettsia rickettsii, o agente da febre maculosa. O objetivo deste estudo foi estabelecer e caracterizar as células deste carrapato, além de testar seu potencial uso, como substrato para o crescimento e isolamento de patógenos. A partir de massas de ovos de A. sculptum, culturas primárias foram, preparadas em meio L-15B, subcultivadas ao atingirem a confluência necessária e criopreservadas em diversas passagens. A boa recuperação celular estabeleceu a linhagem IBU/ASE-16, a qual foi testada para, Rickettsia spp, Trypanosoma theileri e Leishmania infantum chagasi, obtendo-se bons resultados. A citometria de fluxo analisou a expressão de marcadores de células-tronco, proliferação, diferenciação e regulação do ciclo celular, nas IBU/ASE-16. O Δψm mostrou atividade das mitocôndrias e ausência de células inativas. A microscopia confocal, localizou estruturas celulares marcadas com fluorocromos, enquanto que a MEV,mostrou, junções intercelulares, matriz extracelular e redes neuronais. O teste de tumorigênese em camundongos Balb/c nu/nu, não resultou em crescimento de tumores. / Cell cultures of ticks are important tools to isolate and study agents of transmissible diseases. Amblyomma sculptum is the main vector of Rickettsia rickettsii, the agent for spotted fever. The aim of this study was to establish and characterize the cells of this tick, and test their potential use as a substrate for the growth and isolation of pathogens. From a egg masses of A. sculptum, primary cultures were prepared in L-15B medium, subcultured as they reached the necessary convergence and cryopreserved in several passages. The good cell recovery established IBU/ASE-16 lineage, which was tested for Rickettsia spp, Trypanosoma theileri and Leishmania infantum chagasi, yielding good results. Flow cytometry analyzed the expression of stem cell markers, proliferation, differentiation and regulation of the cell cycle, in the IBU/ASE-16 lineage. The Δψm showed activity of mitochondria and absence of inactive cells. Confocal microscopy located cell structures marked with fluorochromes, while MEV showed intercellular junctions, extracellular matrix and neural networks. Tumorigenesis tests in Balb/c nu/nu mice resulted in no tumor growth.

Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-10-17T13:31:29Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alvair da Silva Alves.pdf: 1886387 bytes, checksum: 3e47dd34fe738b31c6e8fbbb7f127b27 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-11-07T15:02:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alvair da Silva Alves.pdf: 1886387 bytes, checksum: 3e47dd34fe738b31c6e8fbbb7f127b27 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-07T15:02:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alvair da Silva Alves.pdf: 1886387 bytes, checksum: 3e47dd34fe738b31c6e8fbbb7f127b27 (MD5) Previous issue date: 2014-03-12 / CAPES / O objetivo do estudo foi estimar a infecção Rickettsial ( Rickettsia rickettsii , Rickettsia parkeri , ' Candidatus R. amblyommii ' , Rickettsia rhipicephali e Rickettsia bellii ) em eqüídeos , e carrapatos de uma região do Pantanal do Brasil. Amostras de 547 eqüídeos (500 cavalos e 47 asininos e muares ) foram avaliados pelo teste de imunofluorescência indireta (IFI ) . Um total de 665 adultos e 106 “pools” de ninfas de Amblyomma cajennense F.s1 , 10 carrapatos Dermacentor nitens Neumann, e 88 pools de larvas de Amblyomma sp. foram testadas por PCR . No geral 337 ( 61,6 % ) eram reactivos equídeos ( título ≥ 64 ) para pelo menos um antigénio de Rickettsia spp . Os valores de prevalência de Rickettsia foram 66%, e foram observados os maiores títulos de ponto final para 'Ca. R. amblyommii '. Na PCR, 3 ( 0,45% ) do fêmeas de A. cajennense s.l. foram positivos para 'Ca. R. amblyommii ' . Para os carrapatos imaturos foram observados uma taxa mínima de infecção de 0,75% e 0,34% para ninfas e larvas, respectivamente. As amostras positivas de carrapatos tiveram um fragmento do gene 16S rRNA sequenciados e as sequências apresentaram 99% de semelhança com Amblyomma sculptum Berlese . Este estudo relata uma ampla distribuição de Rickettsia entre equídeos, sugerindo o possível envolvimento, pela primeira vez, de A. sculptum na transmissão de 'Ca. R. amblyommii ' / The aim of the study was to estimate the rickettsial (Rickettsia rickettsii, Rickettsia parkeri, ‘Candidatus R. amblyommii’, Rickettsia rhipicephali, and Rickettsia bellii) infection in equids, and ticks of a Pantanal region of Brazil. Sera of 547 equids (500 horses and 47 mules, and donkeys) were evaluated by indirect immunofluorescence assay (IFA). A total of 665 adults and 106 nymphal pools of Amblyomma cajennense F. s.l., 10 Dermacentor nitens Neumann ticks, and 88 larval pools of Amblyomma sp. were tested by PCR. Overall 337 (61.6%) equids were reactive (titer ≥ 64) to at least one antigen of Rickettsia spp. The prevalence values for Rickettsia were 66%, and the highest endpoint titers were observed for ‘Ca. R. amblyommii’. In PCR 3 (0.45%) female of A. cajennense s.l. were positive for ‘Ca. R. amblyommii’. For the immature ticks were observed a minimum rate of infection of 0.75% and 0.34 % for nymphs and larvae, respectively. Positive samples of ticks have had a fragment of the 16S mitochondrial rRNA gene sequenced and sequences showed 99% similarity to Amblyomma sculptum Berlese. This study reports a wide distribution of Rickettsia among equids, suggesting the possible involvement, for the first time, of A. sculptum in transmitting ‘Ca. R. amblyommii’.

Os ecossistemas naturais encontram-se sob forte pressão humana o que promove fragmentação e destruição de grandes áreas nativas. Estas mudanças favorecem situações impróprias para o parasita levando ao surgimento ou ressurgimento de doenças infecciosas/parasitárias. Consequentemente, tem se tornado importante pesquisas de fluxo epidemiológico de carrapatos entre animais e ambiente auxiliando a identificação do papel desses vetores na dispersão de patógenos. As coletas ocorreram na Fazenda Experimental Capim Branco – Uberlândia, MG, entre 2015 e 2017. Para a coleta de carrapatos em vida livre foi utilizado o arraste de flanela e a armadilhas de CO2 e nos animais a inspeção visual. Em áreas campestres a maior prevalência foi de Amblyomma sculptum, seguida por Rhipicephalus microplus e Amblyomma dubitatum. Nos piquetes de ovinos coletou R. microplus e Amblyomma spp., com predominância de ninfas de A. sculptum no inverno. Em áreas florestais A. sculptum e A. dubitatum foram os mais frequentes embora a quantidade de A. sculptum tenha sido maior tanto na mata ribeirinha quanto na mata semidecídua. Ainda em área florestal encontrou em menor quantidade R. microplus, Ixodes loricatus e Amblyomma longirostre. Observou uma maior eficiência de coleta de agregados de larvas por arraste enquanto a armadilha de gelo foi mais adequada para ninfas e adultos do gênero Amblyomma. Foi visto também que áreas florestais são constantemente mais infestadas do que áreas campestres. O gado em sua maioria apresentava R. microplus, mas a presença de A. sculptum foi observada com frequência em menor quantidade. Constatando que o parasitismo por este carrapato não é acidental. Dermacentor nitens, A. sculptum e R. microplus foram encontrados em cavalos, respectivamente seguindo a prevalência. Os cães apresentavam Rhipicephalus sanguineus além de A. sculptum e por fim, em pequenos mamíferos não voadores a presença de A. sculptum e I. loricatus, espécie predominante. Nenhum carrapato foi encontrado em ovinos. Consequentemente nota-se que a espécie A. sculptum está presente em diferentes ambientes e também em bovinos, equinos, cães e pequenos mamíferos. Sugerindo ser um carrapato importante no Cerrado pelo fato de ser o vetor mais comum associado à febre manchada no Brasil. / Natural ecosystems are under severe human pressure which promotes fragmentation and destruction of large native areas. These changes favor situations unfit for the parasite leading to the emergence or reemergence of infectious/parasitic diseases. Consequently, epidemiological studies of ticks between animals and environment have become important, helping to identify the role of these vectors in the dispersion of pathogens. The samples were collected in the Experimental Farm Capim Branco - Uberlândia, MG, in 2015 to 2017. For the collection free living ticks use a dragging flag and CO2 traps and for the animals used visual inspection. In rural areas the highest prevalence was of Amblyomma sculptum, followed by Rhipicephalus microplus and Amblyomma dubitatum. In the sheep area collected R. microplus and Amblyomma spp., with predominance of A. sculptum nymphs in winter. In forest areas A. sculptum and A. dubitatum were the most frequent although the A. sculptum was higher in the “ribeirinha” area the semideciduous area. Still in the forest it found in smaller quantity R. microplus, Ixodes loricatus and Amblyomma longirostre. Observed a greater efficiency for the drag in the aggregate of larvae while the ice trap was more suitable for nymphs and adults of the Amblyomma spp. It has also been seen that forest areas are constantly more infested than rural areas. The majority ticks of the cattle were R. microplus, but the presence of A. sculptum was frequently observed in less quantity. The parasitism on cattle by tick is not accidental. Dermacentor nitens, A. sculptum and R. microplus were found in horses, respectively, following the prevalence. The dogs presented Rhipicephalus sanguineus and A. sculptum and finally, in non volant small mammals the presence of I. loricatus was dominant, but A. sculptum was not discarded. No ticks were found in sheep. Consequently it is noted that the A. sculptum is present in different environments as in cattle, horses, dogs and small mammals. It suggests to be an important tick in the Cerrado and the most common vector associated with spotted fever in Brazil. / Tese (Doutorado)

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-06T12:41:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karolina Martins Ferreira Menezes - 2017.pdf: 2464113 bytes, checksum: 32b27416285d148a8688f05ca977eafa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-06T12:41:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karolina Martins Ferreira Menezes - 2017.pdf: 2464113 bytes, checksum: 32b27416285d148a8688f05ca977eafa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T12:41:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karolina Martins Ferreira Menezes - 2017.pdf: 2464113 bytes, checksum: 32b27416285d148a8688f05ca977eafa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Amblyomma sculptum belongs to Amblyomma cajennense complex and parasites human beings as well domestic and wild animals. This tick species has a world recognized importance in public and animal health due blood expoliation and transmission of some pathogens such as Rickettsia rickettsia, causal agent of Rocky Mountain Spotted Fever in Brazil. Ticks oriented themselves using chemical stimuli perceived by their sensorial organs. The Haller organ, which is localized in the first leg, has olfactory sensilla which perceive volatile molecules, as the odors. Inside of the sensilla there are neurones that project themselves to olfactory lobes in the synganglion, the central nervous system. In ticks, there is a gap in how the perception of the olfactory information is integrated in the synganglion and this comprehension would allow obtain details that could be used to the development of new control strategies. This work aims to verify the integration between the Haller organ and the synganglion by determining its neuronal projection patterns until the olfactory lobes as well accomplish its three-dimensional reconstruction. Males and females of A. sculptum were immobilized and the Haller organ was excised. The olfactory nerves were filled with one drop of dextran tetramethylrhodamine 1%. The synganglions were dissected in saline, fixed in 4% paraformaldehyde, washed in saline and triton X-100, dehydrated in alcohol series and mounted in glicerol. The synganlions were examined in a fluorescence microscope (Axio Scope.A1) to confirm filling from the peripheral neurons to the synganglion. The olfactory lobes stained were digitalized in a confocal microscope TCS SP8 (Leica) and the series were examined in the Reconstruct software. The olfactory lobes of one male and three females were selected to tracing the edges of each glomerulus in successive optical sessions in order to obtain the 3D reconstruction. The volume was calculated using the same software and their correlation was analyzed by Pearson correlation. The neuronal projections from the Haller organ were confined in the olfactory lobes, which were organized in glomeruli. The number of glomeruli in the males was 26 and 30 in each olfactory lobe examined and in the females varied between 24 and 29. Male and females showed similar glomeruli in both olfactory lobes, meaning they are homologues, when compared intra and intersexually, with a positive correlation between 72% and 95%. Considering the volume, the glomeruli were also similar and no macroglomerulus was identified, as any glomerulus in the male and female were two times bigger than the average volume. The number of specimens evaluated does not allow inferring if the lower number of glomeruli in the females was statistically significant. This work shows, for the first time, the 3D reconstruction of the olfactory lobe in a tick species. The results obtained contribute to understand how ticks process their olfactory information. / Amblyomma sculptum, pertencente ao complexo A. cajennense, parasita humanos, animais domésticos e silvestres. Apresenta importância mundialmente reconhecida na saúde pública e animal por espoliar seus hospedeiros e transmitir patógenos causadores de doenças, como Rickettsia rickettsii agente de Febre Maculosa no Brasil. Os carrapatos orientam-se por estímulos químicos detectados por seus órgãos sensoriais, como o órgão de Haller, localizado no primeiro par de patas, que possui sensilas olfativas capazes de detectarem moléculas voláteis, como os odores. No interior destas sensilas há neurônios que se projetam para os lobos olfativos, organizados em glomérulos, no interior do singânglio, o sistema nervoso central. Em carrapatos, pouco se sabe sobre como a percepção da informação olfativa é integrada no singânglio e esta compreensão permitiria obter mais detalhes sobre a biologia, contribuindo para o desenvolvimento de novas tecnologias de controle. Objetivou-se verificar a integração entre o órgão de Haller e o singânglio por meio da determinação dos padrões de projeção neuronal das sensilas olfativas aos lobos olfativos e da reconstrução tridimensional dos glomérulos. Machos e fêmeas adultos de A. sculptum foram imobilizados, o órgão de Haller seccionado e o nervos olfativos corados com dextran tetrametilrodamina 1%. Os singânglios foram dissecados em PBS, fixados em paraformaldeído 4%, lavados em PBST e PBS, desidratados em séries ascendente de etanol e montados em lâminas com glicerol. Os singânglios foram observados em microscópio de fluorescência Axio Scope.A1 para determinar aqueles onde houve projeção. Os lobos olfativos corados foram digitalizados em microscópio confocal a laser TCS SP8 e as séries de imagens confocais foram avaliadas no programa Reconstruct. Selecionaram-se os lobos olfativos de um macho e três fêmeas para identificação dos glomérulos, marcação manual e numeração, com posterior reconstrução 3D. O programa permitiu o cálculo dos volumes glomerulares que foram analisados por correlação de Pearson. As projeções neuronais originadas nas sensilas olfativas do órgão de Haller estiveram confinadas estritamente aos lobos olfativos, organizados em glomérulos. Os glomérulos no macho variaram entre 26 e 30 e nas fêmeas, entre 24 e 29. Macho e fêmeas apresentaram glomérulos similares, denominados homólogos, nos dois lobos olfativos quando comparados intra- e intersexualmente, com correlação positiva entre 72% e 95%. Com relação aos tamanhos e formas, os glomérulos foram similares e não foram identificados macroglomérulos, uma vez que os glomérulos com maiores volumes no macho e nas fêmeas não apresentaram valores superiores a duas vezes o valor da média. O número de indivíduos avaliados não permitiu inferir se a menor quantidade de glomérulo nas fêmeas foi estatisticamente significativa e, portanto, não se pode afirmar se há dimorfismo sexual. Em carrapatos este foi o primeiro trabalho em que se realizou a reconstrução tridimensional dos lobos olfativos. Os resultados obtidos contribuem para o conhecimento do processamento central da informação olfativa em carrapatos.

Orientador: Maria Rita Donalisio Cordeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:43:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_CelsoEduardo_D.pdf: 10110328 bytes, checksum: 368a9a001209cacb6b58b814306f1b46 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A febre maculosa brasileira (FMB) é uma doença infecciosa aguda, cujo agente etiológico é a Rickettsia rickettsii, bactéria Gram negativa intracelular obrigatória e transmitida por meio da picada de carrapatos infectados. O objetivo deste estudo é descrever os fatores associados ao ciclo de transmissão e a distribuição espacial da FMB na Bacia do Rio Piracicaba, região de maior registro de casos da doença no estado de São Paulo. Realizou-se um estudo retrospectivo das fichas de investigação dos LPI da FMB realizadas pela equipe da Superintendência de Controle de Endemias (SUCEN) e de dados das investigações epidemiológicas do Sistema de Informações sobre Agravos de Notificação (SINAN) no período de 2003 a 2013. Foram analisados os casos confirmados pelos critérios laboratoriais e os descartados. Foi ajustado um modelo de regressão logística múltipla utilizando-se como variável resposta, os LPI dos casos confirmados de FMB e como variáveis explicativas, os fatores demográficos, ambientais, presença das espécies de vetores e de animais hospedeiros nos LPI. Para os estimadores Odds Ratio foi considerado intervalo de confiança de 95%. Após a identificação das coordenadas geográficas (X,Y) coletadas em campo, foram incorporadas superfícies no mapa da bacia contendo informações sobre índice de vegetação (Normalized Difference Vegetation Index), altitude, índice topográfico, declividade do terreno e hidrografia. As variáveis associadas à confirmação da FMB no modelo logístico múltiplo foram: idade (OR = 1,025 IC: 1,015-1,035), ocorrência em área urbana (OR = 1.515 IC: 1,036¿2.231), existência de pasto degradado (OR= 1,759 IC: 1,028¿3.003), presença de Amblyomma sculptum no ambiente (OR = 1,629 IC: 1,097¿2.439), coleta de carrapatos em equinos (OR = 1,939 IC: 0,999¿3, 764), presença de capivaras (OR= 1,467 IC: 1,009-2,138). Foram observados aglomerados de maior densidade na região mais central da bacia e em regiões de baixa altitude (valores entre 448 a 590 metros) e em ambientes com baixos níveis de NDVI, próximos a área urbana e periurbana e à coleções hídricas. Foram confirmados 119 (59%) casos em LPI na área delimitada pelo raio de 1 km dos rios da bacia e 87 (41%) se o raio for de 500 metros. Fatores ambientais associados à transmissão da FMB podem dirigir as investigações em campo, identificar área de maior risco de transmissão da FMB e facilitar a priorização de investimentos das medidas preventivas e de controle / Abstract: Brazilian spotted fever (BSF) is an acute infectious disease whose etiologic agent is Rickettsia rickettsii, obligate intracellular Gram negative bacteria and transmitted through the bite of infected ticks. The objective of this study is to describe the factors associated with the transmission cycle and the spatial distribution of FMB in Piracicaba River Basin, the largest region reported cases of the disease in the state of São Paulo. We conducted a retrospective study of the investigation forms of FMB of the IPL undertaken by staff of the Superintendency of Endemic Disease Control (SUCEN) and data from epidemiological investigations of the Information System of Notifiable Diseases (SINAN) in the 2003-2013 period. cases confirmed by laboratory criteria and discarded were analyzed. We adjusted a multiple logistic regression model using as dependent variable, the LPI of confirmed cases of FMB and as explanatory variables, demographic, environmental, presence of species of vectors and animal hosts in LPI. For estimators odds ratio was considered 95% confidence interval. After identifying the geographic coordinates (X, Y) collected in the field, surfaces were incorporated into the basin map containing information about vegetation index (Normalized Difference Vegetation Index), altitude, topographic index, land slope and hydrography. The variables associated with confirmation of FMB in multiple logistic regression were age (OR = 1.025 CI: 1.015 to 1.035), occurring in urban areas (OR = 1.515 CI: 1.036 to 2231), existence of degraded pasture (OR = 1.759 CI: 1.028 to 3003), the presence of Amblyomma sculptum the environment (OR = 1.629 CI: 1.097 to 2439), collection of ticks on horses (OR = 1.939 CI: 0.999 to 3, 764), presence of capybaras (OR = 1.467 CI: 1.009 -2.138). Higher density clusters were observed in the most central part of the basin and in low-lying regions (values between 448-590 meters) and in environments with low levels of NDVI, near urban and peri-urban and basins. 119 were confirmed (59%) cases in the area bounded by LPI 1 km radius of the basin's rivers and 87 (41%) if the radius is 500 meters. Environmental factors associated with the BSF transmission may conduct investigations in the field, identify area of greatest risk of transmission of FMB and facilitate the prioritization of investments of preventive and control measures / Doutorado / Epidemiologia / Doutor em Saude Coletiva

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-01-23T15:04:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2499744 bytes, checksum: 53d7b61863a6e4086f9d8de02864e860 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-23T15:04:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2499744 bytes, checksum: 53d7b61863a6e4086f9d8de02864e860 (MD5) Previous issue date: 2016-06-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os carrapatos são artrópodes hematófagos obrigatórios de grande importância médica e veterinária. Estes artrópodes tem desenvolvido adaptações evolutivas que permitem aos mesmos a sobrevivência por longos períodos de tempo sem se alimentarem ou que, após se alimentarem até a ingurgitação, vivam com a presença de altos níveis de substâncias que estimulam o estresse oxidativo. Além disso, apresentam uma anatomia bem conciliada ao seu modo de vida e aquisição de alimentos. Dentre os principais órgãos do carrapato, as glândulas salivares apresentam grande repertório de proteínas, que desempenham papéis essenciais para o seu desenvolvimento e para a manutenção de sua relação com os hospedeiros vertebrados. Essas proteínas também podem facilitar a transmissão de agentes patogênicos aos hospedeiros. Nesse projeto, o sialome do carrapato Amblyomma sculptum foi analisado utilizando cromatografia líquida acoplada com a espectrometria de massas. Essa abordagem combinada permitiu a identificação de 501 proteínas, das quais, aproximadamente, 15% foram classificadas como proteínas secretadas putativas. As classes do grupo de proteínas secretadas putativas que mais se destacaram foram: a) família das proteínas ricas em glicina; b) família das enzimas secretadas e c) ferritinas. As proteínas ricas em glicina podem desenvolver várias funções, dentre elas, a formação do cone de cemento e a resposta a estresse. Proteínas vinculadas com o citoesqueleto, com a maquinaria de modificação proteica e com o transporte intracelular também foram identificadas, as quais foram reunidas no grupo “putative housekeeping proteins”. A diferença na abundância das proteínas entre os gêneros macho e fêmea, encontradas nas glândulas salivares dos carrapatos A. sculptum, foi indicada pela identificação de proteínas em apenas um dos sexos. As proteínas ricas em glicina, do citoesqueleto e chaperonas foram identificadas em maior número em machos do que em fêmeas, sugerindo que esse gênero esteja melhor preparado para a produção de cemento, resposta ao estresse, modificação proteica e transporte intracelular do que as fêmeas. A caracterização funcional das proteínas permitiu uma correlação dentro de um contexto biológico e facilitou um melhor entendimento sobre o sialome de carrapatos A. sculptum. Essa informação pode auxiliar na identificação de novos candidatos a alvos para o controle de carrapatos, no entanto, estudos adicionais devem ser realizados com o objetivo de melhorar o conhecimento das vias de controle das diferentes funções celulares. / Ticks are obligate hematophagous arthropods of great medical and veterinary importance. These arthropods have developed evolutionary adaptations that allow them to survive for long periods of time without feeding or, after feeding until engorgement, live with the presence of high levels of substances that stimulate oxidative stress. In addition, they have an anatomy well reconciled for their way of life and food acquisition. Among the major organs of the tick, the salivary glands contain a large repertoire of proteins, which play essential roles for the tick’s development and for the maintenance of their relationship with their vertebrate hosts. These proteins may also facilitate the transmission of pathogens to the host. In this project, the sialome of the Amblyomma sculptum tick was analyzed using liquid chromatography coupled with mass spectrometry. This combinatorial approach allowed for the identification of 501 proteins, of which approximately 15% were classified as putative secreted proteins. The classes of the group of putative secreted proteins that most stood out were: a) family of glycine-rich proteins; b) family of secreted enzymes; and c) ferritins. Glycine-rich proteins can perform several functions, including cement cone formation and stress response. Proteins linked to the cytoskeleton, the protein modification machinery and intracellular transport were also identified, which were classified in the putative housekeeping proteins group. The difference in the abundance of the proteins between the male and female gender found in the salivary glands of A. sculptum ticks was indicated by the identification of proteins in only one sex. Glycine-rich, cytoskeletal and chaperon proteins were identified in greater numbers in males than in females, suggesting that the male gender is better prepared for cement production, stress response, protein modification and intracellular transport than females. The functional characterization of the proteins allowed a correlation within a biological context and facilitated a better understanding of the sialome of A. sculptum ticks. This information may aid in the identification of novel candidates for tick control; however, additional studies should be carried out in order to better understand the pathways that control with the different cellular functions.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-01-23T15:42:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1904321 bytes, checksum: 732f95d1a780441aa7e91d87b6821bdc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-23T15:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1904321 bytes, checksum: 732f95d1a780441aa7e91d87b6821bdc (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo deste trabalho foi construir um catálogo de genes para o genoma funcional dos órgãos internos do carrapato A. sculptum, bem como, avaliar os padrões de expressão gênica no intestino médio (MDG) e ovários (OVA) frente à condições de não-infecção (MNI e ONI) e infecção por Rickettsia amblyommii (MI e OI). Como primeiro passo, foi realizada a construção de um transcriptome de referência à partir da montagem de 9 transcriptomas (200 milhões de reads) derivados do intestino médio (3), dos ovários (2) e das glândulas salivares (4). O De novo assembly gerou um total de 460,445 contigs, a partir dos quais foram preditas 27.308 CDS expressas em no transcriptome total do A. sculptum. O mapeamento das reads derivadas de cada órgão contra o transcriptoma de referencia permitiu a identificação de 25,569 CDS expressas nos intestinos (MDG), 21,230 CDS expressas em ovários (OVA), enquanto que 10.697 CDS foram derivados dos transcriptomas de glândula salivar (SG). A anotação do transcriptoma de referência (27.308 CDS) permitiu a identificação de 23,228 CDS relacionados a processos housekeeping, enquanto que 2.177 CDS apresentaram sequência de peptídeos (SignalP) e foram anotadas como proteínas secretads.Um total de 261 CDS foram anotadas como elementos transponíveis, 20 CDS foram relacionadas à transcritos virais, enquanto que 1,622 permaneceram sem anotação, sendo anotadas com Unknown. Entre as 29 classes de genes housekeeping, destacam-se aqueles relacionados com Sinal de transdução (3.158 CDS), seguido de 1887 CDS anotadas com os transportadores e 1.523 CDS relacionados maquinaria de transcrição. A avaliação individualizada dos transcriptomas MDG e OVA no tocante a infecção e não infecção por R. amblyommii (infectados vs não infectado) revelou um padrão oposto entre os dois órgãos, com quase todos os processos celulares am MDG superexpressos em resposta à infecção por riquétsia, enquanto a maioria dos processos celular em ovário (OVA) foram down regulados em resposta à infecção por R. amblyommii. Essa down regulação de processes em ovários de carrapatos infectados por rickettsiae corrobora estudos in vitro com outras especíceis de carraátos infectados com Rickettsia spp. o que concorda com outros estudos in vivo com foco ovipostue de carrapatos infectados. com queda das funções fisiológicas da femeas ingurgitada e queda no rendimento da oviposição. Também foi observado up-regulação de proteínas no intestino, em resposta à infecção, sendo essas relacionadas com processes de infecção rickettsial em ́celulas de mamíferos bem como outros invertebrados, tais como actina, complexo Arp 2/3, domínio WASP, proteína tirosina quinase, clatrinas, intergrinas e ontre outras. Estes resultados sugerem que, de forma semelhante à verificada em células de mamíferos e em outras 17 espécies de carrapatos, estas proteínas estar envolvidas durante o processo de infecção do trato intestinal de A. sculptum. No entanto, a down regulação das principais vias metabólicas, maquinaria de replicação e de síntese proteica em ovários em resposta à infecção por Rickettsia (OI contra ONI) indica que esta batéria se constiui uma carga metabólica e fisiológica para os ovários. Alpem de sugerir possível alvos a sere avaliados na interação rickettsia-carrapato, estes resultados também dão suporte à outros estudos e estratégicas para uma melhor compreensão da biologia deste vetor, bem como para o desenvolvimento de estratégias de combate e controle biológico, como vacinas e acaricidas. / The aim of this work was to construct a gene catalogue for the functional genome of internal organs from A. sculptum, as well as, to evaluate the patterns of gene expression from midguts and ovaries against non-infection and Rickettsia amblyommii infection condition. First, we construct a reference transcriptome for A. sculptum internal organs assembling 9 transcriptomes (200 million reads) derived from midguts (3), ovaries (2) and salivary glands (4). The assemble generated 460,445 contigs, of which we identified 27,308 CDS expressed at whole A. sculptum transcriptome. The mapping of the reads derived from each organ against this CDS reference allowed the identification of 25,569 CDS expressed at midguts (MDG), 21,230 CDS expressed at ovaries (OVA) while 10,697 CDS were derived from sialomes (SG). The annotation of the reference transcriptome (27,308 CDS) allowed the identification of 23,228 CDS related to housekeeping processes, 2,177 CDS related presented signal peptide sequence by SignalP analysis, been annotated as Secreted group; 261 CDS were annotated as transposable elements, 20 CDS were reçated to viral transcripts and 1,622 remained without annotation, been classified as unknown sequences. Among the 29 classes related to housekeeping processes, stand out those related to sinal transduction 3,158 CDS, followed by 1,887 related to transporters and 1,523 CDS related to transcription machinery. The individualized evaluation of the MDG and OVA dataset regarding rickettsial infection (infected vs non-infected) reveals an opposite pattern, with almost all midgut processes more abundant in response to rickettsial infection, while most of all ovarian processes were down regulated in response to rickettsial infection, which agrees to other in vivo studies focusing ovipostue of infected ticks. Regarding MDG datasets, we have observed more abundance of host protein related to rickettsial infection processes at mammals and tick cells, such as actin, Arp 2/3 complex, WASP domain, protein tyrosine kinase, clathrins, intergrins and other. These results suggest that, similarly to verified at mammals cells and other tick specie, these proteins could be play a role during the mechanism of infection of A. sculptum midguts by R. amblyommii. However, the down regulation of metabolic pathways, replication and protein synthesis machinery at ovaries in response to rickettsial infection (OI versus ONI) indicates that R. amblyommii play role as a metabolic and physiological burden for ovaries. These results suggest putative candidates proteins for a rickettsial infection mechanism of A. sculptum midguts and give support for further studies and strategies focused on biology control of the tick, as well, a better understanding about the interface A. sculptum – SFG rickettsiae.

A Febre Maculosa Brasileira (FMB) é uma doença infecciosa causada por Rickettsia rickettsii, transmitida pelo carrapato-estrela Amblyomma sculptum no interior do estado de São Paulo, onde equinos e capivaras são utilizados como sentinelas para FMB por serem considerados hospedeiros primários deste carrapato. Objetivou-se com este trabalho verificar a ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia rickettsii em sentinelas clássicos (equinos) e potenciais (ovinos, bovinos e gambás) para FMB que vivem em diferentes ambientes do Campus \"Luiz de Queiroz\", da Universidade de São Paulo, em Piracicaba-SP. De fevereiro de 2017 a janeiro de 2018 foram amostrados 156 hospedeiros, 48 que habitam áreas urbanas, sem a presença ou trânsito de capivaras (15 equinos e 33 gambás), 60 ovinos que frequentam pastagens sem presença de capivaras, mas adjacentes a matas ciliares ocupadas pelos roedores, e 48 que frequentam pastagens por onde transitam capivaras (31 bovinos e seis equinos) ou matas ciliares ocupadas pelos roedores (11 gambás). Quando possível, a amostragem envolveu a coleta de ectoparasitos. O soro obtido após centrifugação do sangue colhido foi analisado em duas etapas, triagem e titulação, pela reação de imunofluorescência indireta (RIFI). Na triagem todas as amostras foram testadas contra R. rickettsii, e consideradas positivas se apresentassem título de anticorpos >= 64. As amostras positivas foram diluídas na etapa de titulação e testadas contra R. rickettsii, R. parkeri, R. bellii, R. ambyommatis e R. rhipicephali para determinação do título máximo de anticorpos para cada espécie. Das 156 amostras testadas, 15 estavam soropositivas, 1/60 ovinos, 1/31 bovinos, 7/21 equinos e 6/44 gambás; os títulos finais variaram de 64 a 4.096. Foi possível determinar o possível antígeno envolvido em reação homóloga (PAERH) em seis amostras, um equino (R. bellii) e quatro gambás e um ovino (R. rickettsii). Foram registrados os carrapatos Amblyomma ovale, Amblyomma dubitatum, Amblyomma sculptum, Dermacentor nitens e Rhipicephalus microplus, e as pulgas Ctenocephalides felis e Siphonaptera: Rhopalopsyllidae cf. Rhopalopsyllus nos hospedeiros amostrados. Conclui-se que equinos e gambás podem ser utilizados como sentinelas para FMB no Campus \"Luiz de Queiroz\", mas os ovinos não. Não foi possível concluir se os bovinos podem ser utilizados com esta função. R. bellii, ou um microrganismo muito semelhante, ocorre na área urbana do Campus \"Luiz de Queiroz\" e é capaz de infectar cavalos. R. rickettsii, ou um microrganismo muito semelhante, ocorre no Campus \"Luiz de Queiroz\" em áreas de permanência e trânsito de capivaras / Brazilian Spotted Fever (BSF) is an infectious disease caused by Rickettsia rickettsii, transmitted by the tick Amblyomma sculptum outside the metropolitan region in the State of São Paulo, where horses and capybaras are used as sentinels for BSF as they are considered primary hosts for this tick. This survey aimed to verify the occurrence of antibodies against Rickettsia rickettsii in sentinels (horses) and potential sentinels (sheep, cattle and opossums) for BSF that lives in different environments of the \"Luiz de Queiroz\" Campus, University of São Paulo, in Piracicaba, SP, Brazil. A total of 156 host were sampled between February of 2017 and January of 2018; 48 that live in urban areas, with no presence or transit of capybaras (15 horses and 33 opossums), 60 sheep that regularly graze on capybara-free pastures adjacent to a riparian forest occupied by these rodents, and 48 that occupy, cross or regularly graze on pastures (31 cows and six horses) or riparian forests (11 opossums) that are areas used by capybaras. Whenever possible, host sampling included ectoparasites collection. Sera obtained after centrifugation of the collected blood was analyzed in two steps, screening and titration, by the indirect immunofluorescence assay technique (IFA). All samples were tested against R. rickettsii during the screening, and those that presented antibodies titers >= 64 were considered positive. Positive samples were diluted during titration and tested against R. rickettsii, R. parkeri, R. bellii, R. ambyommatis and R. rhipicephali for determination of maximum antibodies titers for each species. Of the 156 tested samples, 15 were seropositive, 1/60 sheep, 1/31 cows, 7/21 horses and 6/44 opossums; antibodies endpoint titers ranged from 64 to 4.096. Possible antigen involved in a homologous reaction (PAIHR) was determined for six samples, one horse (R. bellii), four opossums and one sheep (R. rickettsii). The ticks Amblyomma ovale, Amblyomma dubitatum, Amblyomma sculptum, Dermacentor nitens and Rhipicephalus microplus, and the fleas Ctenocephalides felis and Siphonaptera: Rhopalopsyllidae cf. Rhopalopsyllus were collected from the sampled hosts. Results showed that horses and opossums may be used as sentinels for BSF in the \"Luiz de Queiroz\" Campus, but the sheep do not. It wasn\'t possible to determine if the cows may be used as sentinels. R. bellii, or a very closely related microorganism, occurs in the urban area of the \"Luiz de Queiroz\" Campus and is capable to infect horses. R. rickettsii, or a very closely related microorganism, occurs in capybara-transit areas of the \"Luiz de Queiroz\" Campus

A Febre Maculosa Brasileira (FMB) é uma doença infecciosa causada por Rickettsia rickettsii, transmitida pelo carrapato-estrela Amblyomma sculptum no interior do estado de São Paulo, onde equinos e capivaras são utilizados como sentinelas para FMB por serem considerados hospedeiros primários deste carrapato. Objetivou-se com este trabalho verificar a ocorrência de anticorpos anti-Rickettsia rickettsii em sentinelas clássicos (equinos) e potenciais (ovinos, bovinos e gambás) para FMB que vivem em diferentes ambientes do Campus \"Luiz de Queiroz\", da Universidade de São Paulo, em Piracicaba-SP. De fevereiro de 2017 a janeiro de 2018 foram amostrados 156 hospedeiros, 48 que habitam áreas urbanas, sem a presença ou trânsito de capivaras (15 equinos e 33 gambás), 60 ovinos que frequentam pastagens sem presença de capivaras, mas adjacentes a matas ciliares ocupadas pelos roedores, e 48 que frequentam pastagens por onde transitam capivaras (31 bovinos e seis equinos) ou matas ciliares ocupadas pelos roedores (11 gambás). Quando possível, a amostragem envolveu a coleta de ectoparasitos. O soro obtido após centrifugação do sangue colhido foi analisado em duas etapas, triagem e titulação, pela reação de imunofluorescência indireta (RIFI). Na triagem todas as amostras foram testadas contra R. rickettsii, e consideradas positivas se apresentassem título de anticorpos >= 64. As amostras positivas foram diluídas na etapa de titulação e testadas contra R. rickettsii, R. parkeri, R. bellii, R. ambyommatis e R. rhipicephali para determinação do título máximo de anticorpos para cada espécie. Das 156 amostras testadas, 15 estavam soropositivas, 1/60 ovinos, 1/31 bovinos, 7/21 equinos e 6/44 gambás; os títulos finais variaram de 64 a 4.096. Foi possível determinar o possível antígeno envolvido em reação homóloga (PAERH) em seis amostras, um equino (R. bellii) e quatro gambás e um ovino (R. rickettsii). Foram registrados os carrapatos Amblyomma ovale, Amblyomma dubitatum, Amblyomma sculptum, Dermacentor nitens e Rhipicephalus microplus, e as pulgas Ctenocephalides felis e Siphonaptera: Rhopalopsyllidae cf. Rhopalopsyllus nos hospedeiros amostrados. Conclui-se que equinos e gambás podem ser utilizados como sentinelas para FMB no Campus \"Luiz de Queiroz\", mas os ovinos não. Não foi possível concluir se os bovinos podem ser utilizados com esta função. R. bellii, ou um microrganismo muito semelhante, ocorre na área urbana do Campus \"Luiz de Queiroz\" e é capaz de infectar cavalos. R. rickettsii, ou um microrganismo muito semelhante, ocorre no Campus \"Luiz de Queiroz\" em áreas de permanência e trânsito de capivaras / Brazilian Spotted Fever (BSF) is an infectious disease caused by Rickettsia rickettsii, transmitted by the tick Amblyomma sculptum outside the metropolitan region in the State of São Paulo, where horses and capybaras are used as sentinels for BSF as they are considered primary hosts for this tick. This survey aimed to verify the occurrence of antibodies against Rickettsia rickettsii in sentinels (horses) and potential sentinels (sheep, cattle and opossums) for BSF that lives in different environments of the \"Luiz de Queiroz\" Campus, University of São Paulo, in Piracicaba, SP, Brazil. A total of 156 host were sampled between February of 2017 and January of 2018; 48 that live in urban areas, with no presence or transit of capybaras (15 horses and 33 opossums), 60 sheep that regularly graze on capybara-free pastures adjacent to a riparian forest occupied by these rodents, and 48 that occupy, cross or regularly graze on pastures (31 cows and six horses) or riparian forests (11 opossums) that are areas used by capybaras. Whenever possible, host sampling included ectoparasites collection. Sera obtained after centrifugation of the collected blood was analyzed in two steps, screening and titration, by the indirect immunofluorescence assay technique (IFA). All samples were tested against R. rickettsii during the screening, and those that presented antibodies titers >= 64 were considered positive. Positive samples were diluted during titration and tested against R. rickettsii, R. parkeri, R. bellii, R. ambyommatis and R. rhipicephali for determination of maximum antibodies titers for each species. Of the 156 tested samples, 15 were seropositive, 1/60 sheep, 1/31 cows, 7/21 horses and 6/44 opossums; antibodies endpoint titers ranged from 64 to 4.096. Possible antigen involved in a homologous reaction (PAIHR) was determined for six samples, one horse (R. bellii), four opossums and one sheep (R. rickettsii). The ticks Amblyomma ovale, Amblyomma dubitatum, Amblyomma sculptum, Dermacentor nitens and Rhipicephalus microplus, and the fleas Ctenocephalides felis and Siphonaptera: Rhopalopsyllidae cf. Rhopalopsyllus were collected from the sampled hosts. Results showed that horses and opossums may be used as sentinels for BSF in the \"Luiz de Queiroz\" Campus, but the sheep do not. It wasn\'t possible to determine if the cows may be used as sentinels. R. bellii, or a very closely related microorganism, occurs in the urban area of the \"Luiz de Queiroz\" Campus and is capable to infect horses. R. rickettsii, or a very closely related microorganism, occurs in capybara-transit areas of the \"Luiz de Queiroz\" Campus