Este trabalho faz uma descrição detalhada da morfologia de Ceraeochrysa, mapas de distribuição, listas de ocorrência de espécies em cultivos agrícolas para o Brasil e um estudo das relações filogenéticas entre as espécies do gênero. A análise filogenética incluiu 62 espécies de Ceraeochrysa, quatro espécies de grupos externos ao gênero em vários níveis e 50 caracteres morfológicos. Um total de 11 espécies para as quais havia pouca informação sobre machos foram inseridas na matriz uma a uma em análises separadas, de modo a diminuir o efeito de informação ausente. Foi obtida uma única árvore mais parcimoniosa, que corrobora a hipótese de monofilia do gênero. Das características consideradas sinapomórficas para Ceraeochrysapresença de espermateca alongada e de gonapse, a primeira é plesiomórfica para C. placita e C. intacta (que têm a espermateca no formato pill-box), recuperadas como irmãs do restante de Ceraeochrysa, já a segunda característica está presente também nas espécies de Cryptochrysa. O estudo da morfologia gerou uma quantidade importante de caracteres que poderão ser utilizados em novas análises filogenéticas de Chrysopidae. A maioria das espécies brasileiras de Ceraeochrysa é de distribuição conhecida da Amazônia, da Mata Atlântica e do Cerrado, mas não há informação suficiente para um estudo biogeográfico do gênero. Entre as espécies brasileiras, C. cincta, C. cubana e C. claveri são as que têm maior distribuição geográfica e ocorrem em grande diversidade de plantações agrícolas. / This work has a detailed study of the morphology of Ceraeochrysa, distribution maps for the species of the genus, lists of occurrences in crops of the Brazilian species and a phylogenetic analysis of the relationships between the species of the genus. The phylogenetic study included 62 species of Ceraeochrysa, with four outgroup species and 50 morphological characters. A total of 11 species for which there is missing data for males were included in the matrix one by one and analysed independently, so negative effect of missing data in the analysis could be reduced. The monophyly of the genus was recovered, but no uniquely derived characters were found. Of the features often considered synapomorphies of Ceraeochrysathe presence of an elongated spermatheca and the presence of a gonapsisthe former of spermatheca is plesiomorphic for C. placita and C. intacta (which have pill-box format), recovered as sister species for the remaining of the genus, while a gonapsis was seen to also occur in Criptochrysa. The detailed morphological study resulted in a lot of information that can be used in robust phylogenetic studies of the Chrysopidae. Most of the Brazilian species of Ceraeochrysa are known from the Amazon, the Atlantic Forest and the Cerrado, but there is not information enough for a biogeographic study of the genus. Among the Brazilian species, C. cincta, C. cubana, and C. claveri are those that have most widely distributed and occur in great variety of agricultural crops.

Orientador: Clarice Weis Arns / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T10:06:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Spilki_FernandoRosado_D.pdf: 6085947 bytes, checksum: 7f34cc6e57c39e7467bfe62caa231676 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O Vírus Respiratório Sincicial Bovino (BRSV) é uma causa importante de doença respiratória em bovinos. O BRSV é um membro da família Paramyxoviridae, subfamília Pneumovirinae, pertencendo ao gênero Pneumovirus. Nos últimos quinze anos, evidências sorológicas e de isolamento do vírus revelaram que o BRSV está circulando no Brasil, causando doença clinicamente evidente ou formas subclínicas da infecção. Na primeira parte do presente trabalho, seis diferentes linhagens celulares foram examinadas quanto a sua susceptibilidade à infecção pelo BRSV, levando em conta a variabilidade entre diferentes isolados e características de crescimento do vírus. Chicken embryo related cells (CER), e células CRIB (MDBK-resistentes à infecção pelo Vírus da Diarréia Viral Bovina, BVDV) foram as mais apropriadas à multiplicação do vírus. Ambas as linhagens permitiram o cultivo do vírus em títulos de até 105,5 DICC50 (Doses Infectantes para 50% dos Cultivos Celulares por 100 IlL)...Observação: O resumo, na íntegra poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) is a major cause of respiratory disease in young cattle. The virus is a member of the Paramyxoviridae family, Pneumovirinae subfamily, belonging to the Pneumovirus genus. During the last fifteen years, serological evidence and isolation of the virus revealed that BRSV is circulating in Brazil, causing clinically evident respiratory disease or subclinical fonns of the infection. In the first part of the present work, susceptibility of six different cell lines to BRSV'"li infection in regard to viral isolate variability and growth characteristics of the virus were examined. Chicken embryo related cells (CER), and bovine CRIB cells (a bovine viral diarrhea virus-resistant clone ofMDBK cells) showed to be the most appropriate for virus multiplication. Both cells provided infectious virus titres ofup to 105,5 TCID50 (50% tissue culture infective doses per 100 flL)...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) é um lentivirus que infecta gatos domésticos (Felis catus), causando uma imunodeficiência progressiva análoga a AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana). A ampla heterogeneidade molecular do FIV e a alta capacidade de promover mutações sob pressões imunológicas, farmacológicas ou ambientais são características inerentes aos lentivirus. A identificação do subtipo de vírus e o conhecimento da diversidade genética das cepas circulantes são fundamentais para o desenvolvimento estratégico de vacinas capazes de resultar na imunização do hospedeiro e no estabelecimento de testes diagnósticos. Objetivando isolar o material genético e realizar a caracterização molecular do vírus da imunodeficiência felina foram coletadas e analisadas amostras de sangue periférico de felinos portadores do FIV, co-habitantes de um abrigo aberto de felinos, em São Paulo, SP, em quatro momentos distintos, T0 (zero), no momento inicial da avaliação e seis, dez e quinze meses após a coleta inicial, correspondendo aos momentos T1, T2 e T3, respectivamente. Foram realizados testes hematológicos e bioquímicos nas quatro coletas com a finalidade de avaliar a evolução clínica da infecção. Adicionalmente foi realizado um estudo de variabilidade genética do FIV, com base no sequenciamento dos produtos amplificados dos gene env obtidos no estudo. Os envelopes clonados foram utilizados para transfectar células resultando na expressão das proteínas do envelope que possibilitaram estudos com os receptores celulares utilizados pelos isolados brasileiros. As análises das seqüências virais mostraram que todas as amostras, do abrigo, pertencem ao subtipo B. Foi observado um baixo percentual de mudança, da região estudada do vírus entre as quatro coletas. O fenômeno de "quasispecies" virais, bastante estudado no HIV, pode ser documentado em nossas amostras. Nos exames hematológicos e bioquímicos; hematócrito, hemoglobina, contagem total de leucócitos, proteína total e gamaglobulinas; dos animais infectados pelo FIV observou-se mudanças entre a primeira e quarta coleta demonstrando assim a importância dos testes utilizados no acompanhamento da infecção pelo FIV. Com relação aos dados com os receptores do FIV, os resultados apontam uma menor complexidade na interação entre os envelopes dos isolados do estudo com o receptor CD134 para proceder a infecção quando comparados com cepas virulentas do FIV. / FIV is an important viral pathogen that infects the domestic cat and causes a slow progressive degeneration of the immune system which eventually leads to a disease comparable to acquired immune deficiency syndrome (AIDS) in humans. Similar to all retroviruses, FIV has a relatively high evolutionary rate and genomic heterogeneity. The determination of subtype and the knowledge of genetic diversity of the current strains are very important to developing a protective vaccine and for the routine diagnosis of infection. The aim of this study was to isolate and characterize samples of feline immunodeficiency virus from cats from an open shelter in Sao Paulo, Brazil. All cats infected with FIV from this shelter were sampled on August 26th, 2007 (T0) and also six (T1), ten (T2) and fifteen (T3) months after the basal sampling (T0). In each sample, blood was analyzed for the following: complete hematology, clinical chemistry and serum protein electrophoresis. Hematological and clinical chemistry parameters were analyzed to determine laboratory parameters characteristic of disease progression which allow a better description of the chronic phase of the infection. Furthermore, analyses of the variants from each sample were performed in order to estimate the degree of divergence following infection with Brazilian strains. The FIV envelope glycoprotein gene from Brazilian FIV isolates cloned were transfected to investigate the receptor usage. The sequences of all virus of the study belong to subtype B. Little sequence variation was observed in circulating viruses between the samples from each infected cat. Quasispecies of FIV have been detected in this study. The following hematological and clinical chemistry parameters were changed in the FIV-infected cats between the first blood sampling and last blood sampling: packed cell volume (PCV), hemoglobin, total white blood cells (WBC), total protein and gamma globulin fractions. Monitoring of hematological and clinical chemistry parameters may prove useful for the evaluation of disease progress. Regarding receptors, our data are consistent with isolates of the study requiring a less complex interaction with CD134 for infection to proceed compared to the virulent FIV isolates.

Recentemente, o táxon Amblyomma cajennense sofreu uma divisão sistemática, através de estudos morfológicos, moleculares e biológicos. No Brasil, Amblyomma sculptum (pertencente ao complexo Amblyomma cajennense) tem sua importância em saúde pública relacionada à transmissão de Rickettsia rickettsii, agente etiológico da Febre Maculosa, doença esta considerada de maior importância dentre as enfermidades transmitidas por carrapatos na América Latina. A Febre Maculosa Brasileira (FMB) tem seu destaque de ocorrência na região sudeste do país, onde A. sculptum está bem estabelecido e quase sempre relacionado à presença de capivaras. Porém, nem todas as áreas da região sudeste com presença de carrapatos A. sculptum e capivaras tem notificações de transmissão de R. rickettsii para humanos. O intuito do presente estudo foi avaliar, em condições de laboratório, a susceptibilidade da infecção por R. rickettsii em seis populações geograficamente distintas de A. sculptum. Dessa forma, foi realizada a quantificação da perpetuação transestadial, da transmissão transovariana e de possíveis efeitos deletérios da infecção nos carrapatos. Além disso, tentou-se correlacionar a susceptibilidade à infecção das diferentes populações de carrapatos (de áreas endêmicas e não endêmicas para FMB) ao perfil genético das mesmas, através dos marcadores 16S rDNA mitocondrial e ITS2 nuclear. Com base nos resultados encontrados, pode-se constatar diferenças na susceptibilidade à infecção por R. rickettsii entre as seis populações de A. sculptum estudadas, muito embora todas elas se mostraram parcialmente refratárias à infecção por R. rickettsii. No entanto, não foi observado nenhum padrão específico de variabilidade nos parâmetros biológicos e reprodutivos de carrapatos infectados e não infectados. A partir dos resultados de caracterização molecular, não foi possível verificar divergências genéticas entre as diferentes populações para o marcador ITS2 nuclear. Da mesma forma, com a análise do marcador 16S rDNA mitocondrial não constatou-se divergências genéticas que pudessem ser atribuídas à maior susceptibilidade ou refratariedade dos carrapatos à infecção por R. rickettsii. Porém, vale ressaltar que variabilidade nucleotídica neste marcador foi observada entre algumas populações, que parece seguir padrões geográficos de origem. A exceção para este resultado foi a população de Belo Horizonte (Pampulha), que apresentou variabilidade intrapopulacional, com genótipo semelhante à população do Parque Nacional Grande Sertão Veredas (GSV), ambas do estado de Minas Gerais e um segundo genótipo idêntico ao de Itu, no estado de São Paulo / Recently, the taxon Amblyomma cajennense taxon resulted in a systematic division, through morphological, molecular and biological studies. In Brazil, Amblyomma sculptum (belonging to the Amblyomma cajennense complex) has its importance in public health related to Rickettsia rickettsii transmission, the etiologic agent of spotted fever, disease that is considered the most important among the tick-borne diseases in Latin America. Brazilian Spotted Fever (BSF) has its occurrence in the southeastern region of the country where A. sculptum is well established and is almost always related to presence of capybaras. However, not all areas of southeastern of Brazil with A. sculptum ticks and capybaras have notifications of transmission of R. rickettsii to humans. This study aimed to evaluate, under laboratory conditions, the R. rickettsii susceptibility among six geographically distinct populations of A. sculptum. To this purpose, the transestadial perpetuation, transovarial transmission and possible deleterious effects of R. rickettsii infection were quantified in the six tick populations. In addition, we attempted to correlate the susceptibility to infection of different populations of ticks (from BSF-endemic and BSF-non-endemic areas) to the genetic profile of them through the markers mitochondrial 16S rDNA and nuclear ITS2. The results show differences in the susceptibility to infection with R. rickettsii among the six A. sculptum populations, although all populations were partially refractory to R. rickettsii infection. However, it was not observed any specific pattern of variation in biological and reproductive parameters of infected and uninfected ticks. Results of molecular characterization did not indicate genetic divergence between the populations for nuclear ITS2 marker. In the same way, analysis of mitochondrial 16S rDNA marker found no genetic differences that could be attributed to increased susceptibility or refractory of ticks to infection by R. rickettsii. However, it is note worth that nucleotide variability in this marker was observed among some populations, which seems to follow geographical patterns of origin. The exception to this result was the Belo Horizonte (Pampulha) population, which showed intrapopulation variability, having a similar genotype to the Grande Sertão Veredas population (GSV), both from the state of Minas Gerais and a second identical genotype to the Itu, from the state of São Paulo

Analisou-se 54 amostras de vírus da raiva isoladas de diferentes espécies animais e de seres humanos do Estado do Maranhão, inicialmente pelas técnicas tradicionais de imunofluorescência direta (IFD) e de inoculação intracerebral em camundongos (ICC), com o objetivo de realizar um estudo de epidemiologia da doença. No reteste, todas as amostras foram positivas na IFD e 19 resultaram negativas à ICC. O comportamento biológico dos isolados foi estudado em camundongos, revelando um período de incubação entre 7 e 17 dias, com sinais clínicos variados e duração média de 4 dias. Para a avaliação da patogenicidade, foram selecionadas cinco amostras do estudo, oriundas de diferentes espécies, como vírus de desafio nos camundongos imunizados com uma vacina comercial de vírus inativado. Os resultados do desafio indicaram que a proteção conferida pela vacina foi baixa para todas as amostras. A presença de anticorpos no soro dos camundongos vacinados foi demonstrada em diferentes períodos de vacinação. A tipificação antigênica de quatro amostras de vírus foi realizada pela imunofluorescência indireta (IFI) utilizando um painel de anticorpos monoclonais (MAbs) procedentes do Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canadá, identificando o perfil correspondente à variante de morcego hematófago Desmodus rotundus. Na caracterização genética com base nos genes que codificam a glicoproteína G e nucleoproteína N, observou-se que os isolados foram divididos em dois grupos genéticos independentes associados a ciclos endêmicos distintos. Esses resultados permitem concluir que no Estado do Maranhão circulam pelo menos duas variantes do vírus da raiva, mantidas por carnívoros terrestres e morcegos hematófagos. Destaca-se que houve variação regional entre as amostras isoladas em diferentes áreas geográficas. Além disso, foram constatados hospedeiros inesperados nos clados formados. Também, não houve variação temporal nas amostras pesquisadas. / Fifty four rabies virus samples isolated from different animal species and humans, diagnosed positive by means of the direct fluorescent antibody test (dFA) and mouse inoculation test (MIT) in the State of Maranhão were selected for an epidemiologic study. In the retest, all these samples were dFA-positive, but 19 were negative by the MIT. The biologic behavior of these samples was assessed in mice by intracerebral inoculation and the incubation period was between 7 and 17 days, showing varied clinical signs with an average duration of 4 days. For the evaluation of the pathogenicity, five rabies viruses isolated from different species were selected, and used as the challenge viruses to be inoculated into mice been vaccinated previously with an inactivated commercial rabies vaccine. The results of the challenge experiments indicated low protection of the vaccine against the challenge viruses. The presence of rabies antibody was demonstrated in the sera of vaccinated mice taken at different intervals after vaccination. The antigenic typing was performed in four samples by using the indirect fluorescent antibody test (IFI) with a panel of monoclonal antibodies (MAbs) provided by the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and the profile identified was closely related to that of the Desmodus rotundus vampire bat. The genetic characterization based on genes coding the glycoprotein G and nucleoprotein N genes indicated that isolates were divided into two independent genetic groups associated to distinct endemic cycles. With the results obtained, we conclude that in the State of Maranhão there are circulating at least two distinct variants of rabies viruses, maintained by terrestrial carnivores and vampire bats. Regional variation among the isolates taken from different geographic areas has been found. And the rabies virus isolates grouped into clades were associated with unusual host species and no temporal variation was observed among the isolates.

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T17:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_FelipeSegala_D.pdf: 1109220 bytes, checksum: c13d224cfe2b3873bccb4577f6d3a4b2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As plantas trepadeiras ocupam um lugar de destaque em muitas florestas tropicais não apenas como elemento constitutivo, mas como um grupo de espécies que é capaz de conduzir a organização das comunidades florestais ao longo do tempo. Por sua vez, as sinúsias de trepadeiras respondem às mudanças temporais ecológicas e ambientais decorrentes das alterações na estrutura das florestas. Nas florestas tropicais em sucessão secundária, os processos ecológicos responsáveis pela organização das sinúsias de trepadeiras estão relacionados às mudanças que ocorrem na estrutura arbórea ao longo do tempo, uma vez que as trepadeiras estão associadas fisicamente às árvores. Meu objetivo foi investigar os processos e padrões relacionados com a organização e a estrutura de comunidades de trepadeiras em diferentes estádios sucessionais, e relacioná-los com a disponibilidade de recursos limitantes, como suportes e luz, em escala local e regional. Para tanto, utilizei uma cronossequência formada por quatro florestas, sendo três restauradas em tempos diferentes e um remanescente com floresta natural madura. No capítulo 1, quantifiquei alguns parâmetros ecológicos das sinúsias de trepadeiras entre as florestas e encontrei diferenças significativas. No capítulo 2, pude demonstrar como que a organização filogenética de cada comunidade em cada fragmento florestal, i.e. em escala local, foi relacionada à variação na disponibilidade de recursos. No capítulo 3 discuti como a variação de luz entre os fragmentos florestais, i.e. em escala regional, influenciaria a organização filogenética e funcional das comunidades de trepadeiras / Abstract: Climbing plants occupy a prominent place in many tropical forests not only as a constituent element, but also as a group of species that is able to lead the organization of forest communities over time. In turn, the climbing plants of synusiae respond to ecological and environmental changes resulting from alterations in the temporal structure of forests. During secondary succession of tropical forests, the ecological processes responsible for the organization of communities of climbing plants are related to changes in the tree structure over time, since climbing plants are physically attached to the trees. My goal was to investigate, in local and regional scale, the processes and patterns related to the organization and structure of communities of climbing plants in different successional stages, and relate them to the availability of limiting resources, such as light and supports. For this, I used a chronosequence comprised of four forests, three forests restored at different times and a remnant mature natural forest. In Chapter 1, I computed some ecological parameters about climbing plants communities and compared between the forests. In Chapter 2, I demonstrated how the phylogenetic organization of each community in each forestal fragment, i.e. on a local scale, was related to changes in resource availability. In Chapter 3, I discussed how the light variation between forestal fragments, i.e. at the regional scale, would influence the phylogenetic and functional organization of communities of climbing plants / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T19:52:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aranha_BrunoAlmozara_D.pdf: 8398241 bytes, checksum: a8e23c2280a43031a00dfd7ff7df0dd3 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Investigamos o padrão filogenético de comunidades silvestres do cerrado sensu lato. No primeiro capítulo utilizamos o padrão filogenético para investigar se há maior influência do tipo de solo ou do regime de fogo sobre a organização de algumas comunidades silvestres do cerrado. No município de Itirapina, estados de São Paulo amostraram espécies silvestres de cinco comunidades de cerrado com diferentes fitofisionomias, classificadas em protegidas e desprotegidas do fogo em solos arenosos e solo argiloso. Levantamos os dados florísticos de cerrados da região de Itirapina para compor um pool de espécies silvestres e construir a mega-árvore filogenética. Com dados da espessura da casca para todas as espécies do pool, calculamos se esse atributo ecológico ligado à tolerância ao fogo é convergente ou filogeneticamente conservado. Testamos se a distribuição dos valores da espessura de casca nas espécies amostradas nas cinco comunidades é independente da proteção contra o fogo e do tipo de solo e se nas comunidades de solo arenoso é independente da proteção contra o fogo. Por fim, calculamos o padrão filogenético das comunidades e a distância filogenética entre elas. Encontramos que a espessura de casca é um atributo convergente e que a distribuição de seus valores é mais dependente do tipo de solo do que da proteção contra o fogo. As comunidades silvestres apresentaram padrão filogenético aleatório, mas a comunidade sobre o solo argiloso foi a única que apresentou uma distância filogenética significativamente maior do que as demais comunidades. Concluímos que o solo é um filtro ambiental importante na organização de comunidades silvestres locais do cerrado. Dado que espécies silvestres do cerrado evoluíram in situ sob a pressão de incêndios recorrentes, especulamos que provavelmente o solo teve um papel muito importante para a evolução de espécies pré-adaptadas. No segundo capítulo investigamos o padrão filogenético de comunidades silvestres em todo o território do cerrado no Brasil. Avaliamos o papel da heterogeneidade ambiental na distribuição atual da flora em províncias florísticas para inferir sobre a evolução e a manutenção da diversidade do cerrado. Construímos um banco de dados com 142 comunidades silvestres de cerrado sensu lato, localizadas em todas as províncias florísticas. Calculamos o padrão filogenético das comunidades silvestres do cerrado em duas escalas espaciais: considerando apenas as comunidades localizadas em cada província florística; e considerando todo o domínio. Em todas as situações o padrão filogenético do cerrado foi aleatório, e os índices filogenéticos não se correlacionaram com as variáveis ambientais, mas apenas com as espaciais. Concluímos que processos biogeográficos estocásticos, como a história biogeográfica e a migração, foram mais importantes na diversificação e na distribuição atual das espécies silvestres do cerrado do que a heterogeneidade ambiental. Os dois capítulos evidenciaram que o padrão filogenético das comunidades silvestres do cerrado é aleatório, e atribuímos esse padrão a pré-adaptações ligadas ao escleromorfismo pré-existente nas linhagens ancestrais da flora do cerrado / Abstract: We investigated the phylogenetically pattern of cerrado sensu lato woody communities. In the first chapiter we used the phylogenetic pattern to investigate whether the influence of soil type or fire regime prevails on assembly of some woody cerrado communities. In the municipality of Itirapina, state of São Paulo, we sampled cerrado woody species from five communities with distinct phytophisiognomies, classified in protected and unprotected from fire, and in sand soil and clay soil. We looked for floristic data from Itirapina cerrado to bild regional woody species pool and constructed the phylogenetic mega-tree. With bark thickness for all species pool, we evaluated whether this ecological trait related with fire resistence was phylogenetically convergent or conserved. We tested if the bark thickness values distribution in the woody cerrado species from the five sampled communities was independent of fire protection and soil type. And regarding only sand soil communities, we tested, again, if bark thickness values distribution was independent from fire protection. Finelly, we calculated the communities phylogenetically pattern and the phylogenetic distance between them. We found that bark thickness was a convergent trait and their values distribution was dependent of soil type rather than fire protection. The phylogenetic pattern of cerrado communities was random, but the community with clay soil was the only who showed a greater and significant phylogenetic distance comparing with the others cerrado communities. We concluded that soil type was an important environment filter acting in the assembly of cerrado woody communities. Given that cerrado species evolved in situ under recurrent fire pression, we speculated that the soil plobably had an important role for the evolution of pré-adapted lineages. In the second chapter we investigated the phylogenetic pattern of wood cerrado communities over the whole cerrado domais in Brazil. We evaluated the role of environmental heterogeneity in the actual distribution of cerrado woody flora in floristic provinces with the aim to infer about the evolution and maintenance of cerrado diversity. We bild a data bank with 142 woody cerrado communities located in all floristic provinces. We calculated the community phylogenetic pattern in two spatial scales: province scale and domain scale. In all scales the phylogenetic pattern was random, and the phylogenetic indexes were not correlated with environmental variables, but only with spatial variables. We conclude that stochastic biogeographical processes, such as bigeographic history and migration, were more important in the diversification and distribution of cerrado woody species than environmental heterogeneity. The two chapters highlight that the cerrado woody communities phylogenetic patterns is random, and we attributed this pattern to pre-adaptations related with scleromorphism pre-exisitent in the ancestral lineages of cerrado flora / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Analisou-se 54 amostras de vírus da raiva isoladas de diferentes espécies animais e de seres humanos do Estado do Maranhão, inicialmente pelas técnicas tradicionais de imunofluorescência direta (IFD) e de inoculação intracerebral em camundongos (ICC), com o objetivo de realizar um estudo de epidemiologia da doença. No reteste, todas as amostras foram positivas na IFD e 19 resultaram negativas à ICC. O comportamento biológico dos isolados foi estudado em camundongos, revelando um período de incubação entre 7 e 17 dias, com sinais clínicos variados e duração média de 4 dias. Para a avaliação da patogenicidade, foram selecionadas cinco amostras do estudo, oriundas de diferentes espécies, como vírus de desafio nos camundongos imunizados com uma vacina comercial de vírus inativado. Os resultados do desafio indicaram que a proteção conferida pela vacina foi baixa para todas as amostras. A presença de anticorpos no soro dos camundongos vacinados foi demonstrada em diferentes períodos de vacinação. A tipificação antigênica de quatro amostras de vírus foi realizada pela imunofluorescência indireta (IFI) utilizando um painel de anticorpos monoclonais (MAbs) procedentes do Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canadá, identificando o perfil correspondente à variante de morcego hematófago Desmodus rotundus. Na caracterização genética com base nos genes que codificam a glicoproteína G e nucleoproteína N, observou-se que os isolados foram divididos em dois grupos genéticos independentes associados a ciclos endêmicos distintos. Esses resultados permitem concluir que no Estado do Maranhão circulam pelo menos duas variantes do vírus da raiva, mantidas por carnívoros terrestres e morcegos hematófagos. Destaca-se que houve variação regional entre as amostras isoladas em diferentes áreas geográficas. Além disso, foram constatados hospedeiros inesperados nos clados formados. Também, não houve variação temporal nas amostras pesquisadas. / Fifty four rabies virus samples isolated from different animal species and humans, diagnosed positive by means of the direct fluorescent antibody test (dFA) and mouse inoculation test (MIT) in the State of Maranhão were selected for an epidemiologic study. In the retest, all these samples were dFA-positive, but 19 were negative by the MIT. The biologic behavior of these samples was assessed in mice by intracerebral inoculation and the incubation period was between 7 and 17 days, showing varied clinical signs with an average duration of 4 days. For the evaluation of the pathogenicity, five rabies viruses isolated from different species were selected, and used as the challenge viruses to be inoculated into mice been vaccinated previously with an inactivated commercial rabies vaccine. The results of the challenge experiments indicated low protection of the vaccine against the challenge viruses. The presence of rabies antibody was demonstrated in the sera of vaccinated mice taken at different intervals after vaccination. The antigenic typing was performed in four samples by using the indirect fluorescent antibody test (IFI) with a panel of monoclonal antibodies (MAbs) provided by the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and the profile identified was closely related to that of the Desmodus rotundus vampire bat. The genetic characterization based on genes coding the glycoprotein G and nucleoprotein N genes indicated that isolates were divided into two independent genetic groups associated to distinct endemic cycles. With the results obtained, we conclude that in the State of Maranhão there are circulating at least two distinct variants of rabies viruses, maintained by terrestrial carnivores and vampire bats. Regional variation among the isolates taken from different geographic areas has been found. And the rabies virus isolates grouped into clades were associated with unusual host species and no temporal variation was observed among the isolates.

A comparação de genomas, genes ou até sequências de nucleotídeos não condificantes é uma importante tarefa na qual a bioinformática pode ser aplicada, uma vez que ela auxiliar em diversas atividades, por exemplo, análises filogenéticas. Análise filogenética, por sua vez, busca analisar a relação evolutiva de cada espécie, considerando suas características genéticas. Esses processos e as técnicas que os implementam se baseiam em sequências de nucleotídeos sequenciadas e armazenadas em bancos de dados de genomas públicos. Com análise filogenética também é possível identificar possíveis origens de um gene. Essa tarefa é de grande importância, pois auxilia na identificação da origem de genes patogênicos, podendo auxiliar no combate e prevenção do surgimento de doenças. Um problema potencial dessas sequências é a possibilidade de haver erros nas anotações (marcações de sequências como genes). Esses erros são pouco explorados por pesquisadores atualmente. Outro tema pouco explorado é a análise filogenética de genes exclusivos, que são genes que se manifestam em apenas uma espécie, considerando um grupo de espécies próximas. A identificação de genes exclusivos de alguma espécie pode servir para a correta identificação de, por exemplo, a espécie que causa uma doença, de forma a permitir o uso do tratamento mais específico e adequado. A importância da descoberta de filogenias de genes exclusivos e a dificuldade de garantir a consistência nas anotações genéticas motivaram este trabalho, que teve como objetivo implementar ferramentas para interpretar dados de comparação genética, identificando potenciais erros em anotação de genes exclusivos e criando estratégias para identificar a origem desses genes. As origens de genes exclusivos exploradas neste trabalho envolvem a possibilidade dos genes exclusivos terem derivado de outras famílias de genes do próprio organismo, ou, os genes exclusivos se diferenciaram muito dos genes ancestrais. Essas hipóteses, juntamente com a hipótese da existência de erros de anotação, foram exploradas em experimentos utilizando as ferramentas desenvolvidas. Os experimentos visaram a analisar a aplicabilidade da estratégia desenvolvida. Foram utilizados genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, que contém um grande grupo de bactérias que causam doenças em plantas. Os resultados obtidos demonstram que existe uma quantidade considerável de potenciais erros de anotação nos genomas considerados, provando a hipótese de que a inconsistência nas anotações genômicas possui grande influência para a dificuldade na identificação de filogenias (tanto de genes exclusivos como para não exclusivos). Os resultados também demonstraram que boa parte dos genes exclusivos possivelmente se originaram de outras famílias de genes do próprio genoma. Ou ainda, que esses genes sofreram modificações em relação aos genes ancestrais, mas ainda possuem certas semelhanças com sequências de nucleotídeos que não codificam genes em outras espécies mais distantes. Por fim, a estratégia desenvolvida se mostrou útil na análise filogenética das bactérias estudadas, sendo este um forte indício de que a mesma abordagem pode ser utilizada para problemas similares com outras espécies de seres vivos / Comparison of genomes, genes or even non-coding nucleotide sequences is an important task in which bioinformatics can be applied, since it allows the application of phylogenetic analyses. Phylogenetic analysis, in its turn, seeks to analyze the evolutionary relation of each species, considering its genetic characteristics. These processes and the techniques that implement them are based on nucleotide sequences sequenced and stores in databases of public genomes. With phylogenetic analysis it is also possible to identify possible origins of a gene. This task has a great importance, because it allows the identification of the origin of pathogenic genes, which may help to combat or prevent deseases. A potencial problem of these sequences is the possibility of having annotation errors (sequences marking as genes). These errors are little explored by researchers nowadays. Another unexplored topic is the phylogenetic analysis of exclusive genes, which are genes thaht manifest in only one species, considering a group of nearby species. The identification of exclusive genes of a species may serve to correctly identify, for example, a desease, in order to allow the use of a more especific and appropriate treatment. The importance of discovering phylogenies of exclusive genes and the difficulty of guaranteeing the consistency of genetic annotations motivated this work, whose objective was to implement tools to interpret data of genetic comparison, identifying annotation errors in exclusive genes and creating strategies to identify the origin of these genes.The origins of exclusive genes explored in this work involve the possibility of the exclusive genes have derived of other gene families of the organism itself, or, the exclusive genes differed a lot from the ancestral genes. Theses hypotheses, with the hypotesis of the existance of annotation errors, were explored in experiments using the developed tools. The experiments aimed to analyse the applicability of the developed strategy. Genomes of bacteria of the genus Xanthomonas were used, which contains a large group of bacteria that cause diseases in plants. The results show that there is a considerable amount of annotation errors on the genomes, proving the hypothesis that the inconsistency in genomic annotations has a great influence on the difficulty in identifying phylogenies (both exclusive and non-exclusive genes). The results also show that much of exclusive genes possibly originated from other gene families of the genome itself. Furthermore, these genes may have sufferedmodifications in relation to the ancestral genes, but still have certain similarities with nucleotide sequences that don\'t encode genes in other more distant species. Finally, the strategy developed proved useful on phylogenetic analysis of the studied bacteria, which is a strong indication that the same approach can be used for similar problems with other species of living beings

O gênero Persephona Leach, 1817 é restrito a América e é constituído por dez espécies com ocorrência no Atlântico Ocidental e Pacífico Oriental, estando inserido na subfamília Ebaliinae, a qual não se encontra taxonomicamente bem estabelecida. Ao longo dos anos, este gênero foi alocado em diferentes subfamílias e sua classificação é mal definida. Além disso, existem chaves de identificação que não permitem a correta identificação das espécies dentro do gênero. Estas infomações são indicativos de uma forte necessidade de estudos enfocando Persephona, os quais podem fornecer uma melhor compreensão sobre a história evolutiva do gênero. Neste contexto, o presente estudo pretendeu realizar uma ampla revisão taxonômica do gênero Persephona, incluindo caracteres que possuem grande variabilidade dentro do gênero (número e tamanho dos espinhos, quelípodos, etc), caracteres tradicionalmente utilizados na diagnose das espécies, além de outros selecionados a partir do presente estudo (gonópodos, coloração, etc), além de incluir pela primeira vez para o gênero, análises de dados moleculares. Dois genes mitocondriais, o 16S rRNA e o Citocromo Oxidase I (COI) foram utilizados como marcadores. As análises morfológicas revelaram uma ausência de diferenças entre algumas espécies propostas para o gênero Persephona, as quais foram corroboradas pelas análises moleculares. Desta forma, são propostas modificações a respeito da taxonomia de Persephona: P. finneganae é um sinônimo júnior de P. lichtensteinii. O nome P. crinita é valido apenas para os espécimes de ocorrência no Golfo do México; os espécimes de P. mediterranea com ocorrência no Golfo do México, correspondem a P. aquilonaris e aqueles com ocorrência no Caribe e Atlântico Sul, correspondem a P. mediterranea e além do exposto, Iliacantha hancocki é um sinônimo júnior de P. subovata. / The genus Persephona Leach, 1817 is restricted to America and consists of ten species occurring in the Western Atlantic and Eastern Pacific. It belongs to the subfamily Ebaliinae, which is not taxonomically well established. Over the years, Persephona was placed in different subfamilies and its classification is still poorly defined. Also, existing identification keys do not allow a correct classification of the species within the genus. These informations are indicatives of a strong need of studies focusing on Persephona, which can provide a better understanding concerning its evolutionary history. In this context, the present study intends to undertake a broad taxonomic revision of the genus Persephona, including characters possessing great variability within the genus (number and size of the spines, cheliped, etc.), characters traditionally used in the diagnosis of the species, and others selected from the present study (gonopod, coloration, etc.), including for the first time for the genus, analyses of molecular data. As guides for the molecular analyses, two mitochondrial genes, the 16S rRNA and the Cytochrome Oxidase I (COI) were used as markers. The morphological analyses revealed an absence of differences among some species proposed for the genus Persephona, wich were corroborated by molecular and phylogenetic analysis. In this way, is propose modifications regarding Persephona taxonomy: P. finneganae is a junior synonym of P. lichtensteinii: the name P. crinita is valid only for specimens occurring in the Gulf of Mexico; the specimens of P. mediterranea with occurence in the Gulf of Mexico, correspond to P. aquilonaris and those with occurence in the Caribbean and South Atlantic correspond to P. mediterranea, moreover I. hancocki is a junior synonym of P. subovata.