Submitted by Renorbio (renorbioba@ufba.br) on 2017-08-15T16:15:18Z No. of bitstreams: 1 tese Dellane Martins Tigre 75folhas 2017.pdf: 1616856 bytes, checksum: a34a008544e31d63c94fa0cf795cc2ff (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-08-28T13:03:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tese Dellane Martins Tigre 75folhas 2017.pdf: 1616856 bytes, checksum: a34a008544e31d63c94fa0cf795cc2ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T13:03:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese Dellane Martins Tigre 75folhas 2017.pdf: 1616856 bytes, checksum: a34a008544e31d63c94fa0cf795cc2ff (MD5) / O vírus da Anemia Infecciosa Equina (EIAV), membro da família Retroviridae, gênero Lentivirus, causa uma doença de curso crônico e latente em equídeos. A infecção é limitada a equinos, asininos e muares e caracteriza-se por episódios febris, perda de peso, debilidade progressiva, mucosas ictéricas, edemas subcutâneos e anemia. A AIE não tem tratamento nem vacina eficaz. O diagnóstico clínico é difícil pelo fato que os sinais da doença não são específicos, além disso, após a fase aguda da infecção a maioria dos animais se torna portador assintomático do vírus. Neste estudo nós detectamos e caracterizamos filogeneticamente o vírus isolado na Bahia, Brasil. A partir de amostras de sangue e soro de animais de diferentes municípios do estado utilizamos a técnica de referência pela Organização Mundial para Sanidade Animal (OIE), a prova sorológica de IDGA, e as técnicas moleculares de nested-PCR e nested-RT-PCR. No total 82 animais foram examinados neste estudo por IDGA e PCR. Primers para o gene gag foram utilizados para amplificar o DNA proviral/RNA do EIAV, nos ensaios de nested-PCR e nested-RT-PCR respectivamente. Amplicons de 15 amostras positivas por nested-PCR foram submetidas ao sequenciamento e análise filogenética. As sequencias de EIAV analisadas neste estudo formam um clado com as cepas WSU5, EIAVUK e EIAVwyoming, todas dos EUA. 51 amostras (62,2%) foram positivas por nested-PCR, enquanto apenas 31 amostras (37,8%) foram positivas por IDGA. No presente estudo utilizando técnicas moleculares foi possível demonstrar que animais portadores assintomáticos do EIAV, com diferentes status sorológico apresentam vírus e/ou DNA proviral detectável por PCR, em PBMC e plasma, demonstrando que o vírus se replica mesmo na presença de mecanismos de defesa imunológicos do hospedeiro, sendo o animal portador assintomático e sorologicamente negativo, importante reservatório do vírus no plantel, e sugerindo que o controle da AIE baseado apenas no IDGA precisa ser revisto pelos órgãos fiscalizadores no Brasil. / The Equine Infectious Anemia Virus (EIAV), a member of the family Retroviridae, genus Lentivirus, causes a disease of chronic and latent course in equidae. Infection is limited to horses, asinines and mules and is characterized by febrile episodes, weight loss, progressive weakness, icteric mucous, subcutaneous edema and anemia. The equine infectious anemia (EIA) has no effective treatment or vaccine. The clinical diagnosis is difficult due to the fact that the signs of the disease are not specific; moreover, after the acute phase of infection, most animals become asymptomatic carriers of the virus. In this study we detected and characterized phylogenetically the virus isolated in Bahia, Brazil. We used the reference technique from the World Organization for Animal Health (OIE), the serological test of AGID, and the molecular techniques of nested-PCR and nested-RT-PCR from blood and serum samples from different municipalities of the state. In total, 82 animals were examined in this study by AGID and PCR. Primers for the gag gene were used to amplify the EIAV proviral DNA/RNA in the nested-PCR and nested-RT-PCR assays, respectively. Amplicons of 15 samples positive by nested-PCR were submitted to sequencing and phylogenetic analysis. The EIAV sequences analyzed in this study form a clade with strains WSU5, EIAVUK and EIAVwyoming, all from the USA. 51 samples (62.2%) were positive by nested-PCR, whereas only 31 samples (37.8%) were positive by AGID. In the present study using molecular techniques, it was possible to demonstrate that asymptomatic carriers of EIAV, with different serological status, have virus and/or DNA proviral detectable by PCR, in PBMC and plasma, demonstrating that the virus replicates even in the presence of immunological defense mechanisms of the host, being the asymptomatic and serologically negative carrier animal, an important reservoir of the virus in the establishment, and suggesting that the control of the EIA based only on the AGID test needs to be reviewed by the inspection agencies in Brazil.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-04-11T13:18:06Z No. of bitstreams: 2 Tese Alexandre Somavilla PPG.pdf: 10209429 bytes, checksum: 4b9661e4c89503f805acb1a381194af3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T13:18:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Alexandre Somavilla PPG.pdf: 10209429 bytes, checksum: 4b9661e4c89503f805acb1a381194af3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-12-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Polistes probably originated in the middle of the Jurassic period and it is estimated that its divergence from the remaining Vespidae occured duraing the Gondwana separation, around 140 million years ago. This genus currently houses 222 valid species and is taxonomically divided in four subgenera, Aphanilopterus in the New World (Nearctic+Neotropic) and the remaining ones in the Old World, Gyrostoma (East Asia and Indo-australian region), Polistella (Australasian region) and Polistes sensu stricto (Eurasia and African continent). A cladistic analysis was carried out in order to reconstruct the relationship of the New World Polistes, as well as testing its monophyly, using 90 of its known species as well as three Vespula species and eleven Old World Polistes species as the outgroup. In this analysis 1 40 morphological characters were proposed, 88 from female external morphology, 10 exclusive from adult male morphology, 22 from male genitalia, 13 from larval morphology and seven from nest architecture. Six molecular regions were also used, COI, 12S, 16S, 28S, EF1 -α e H3. The analysis were carried out under two phylogenetical criteria: parsimony (morphology data only and morphology and molecular data combined) and Bayesian inference (morphology and molecular data combined) using the softwares TNT and MrBayes respectively. In the phylogenetic hipoteses found, the five subgenera proposed by Richards and posteriorly synonymized with Polistes (Aphanilopterus) by Carpenter, was recovered as monophyletic in every analysis, except that of the Bayesian inference of 104 species due to the lack of molecular data for many species. Therefore, we propose the revalidation of the five New World subgenera of Polistes: Polistes (Onerarius) with one species, Polistes (Palisotius) with three species, Polistes (Fuscopolistes) with 13 species, Polistes (Epicnemius) with 24 species and Polistes (Aphanilopterus) with 52 species. Diagnose for each subgenus and an identification key for the species of New World Polistes are also provided as well as their taxonomic history, distribution, and description and illustration for the genitalia of the males of 58 species. / Polistes provavelmente surgiu em meados do Jurássico e estima-se que o grupo divergiu de outros Vespidae durante a separação da Gondwana, há cerca de 140 milhões de anos. Atualmente possui 222 espécies válidas e, taxonomicamente, é dividido em quatro subgêneros, P. (Aphanilopterus) com 93 espécies para o Novo Mundo e três para as espécies do Velho Mundo, sendo P. (Gyrostoma) (Leste Asiático e região Indo-australiana), P. (Polistella) (região Austral-asiática) e P. (Polistes) (Eurásia e continente Africano). Para reconstruir as relações entre as espécies de Polistes do Novo Mundo, bem como testar sua monofilia, uma análise cladística foi realizada para 90 espécies do Novo Mundo, além de três espécies de Vespula e onze de Polistes do Velho Mundo como grupos-externos. Foram propostos 140 caracteres morfológicos, sendo 88 relativos à morfologia externa de fêmeas, 32 exclusivos de machos adultos, incluindo os da genitália dos machos, 13 de larvas e sete da arquitetura dos ninhos, além de seis regiões moleculares COI, 12S, 16S, 28S, EF1 -α e H3. As análises foram realizadas sob dois critérios filogenéticos: parcimônia (apenas morfologia e combinado = morfologia + molecular) e inferência Bayesiana (combinado = morfologia + molecular) nos programas TNT e MrBayes, respectivamente. Foi verificado que os cinco subgêneros propostos por Richards e sinonimizados, posteriormente, a P. (Aphanilopterus) por Carpenter foram recuperados como monofiléticos em todas as análises, com exceção da inferência Bayesiana de 104 espécies, uma vez que a grande quantidade de dados moleculares faltando influenciou no resultado. Desta forma, foi sugerida a revalidação dos cinco subgêneros de Polistes do Novo Mundo, portanto Polistes (Onerarius) com uma espécie, Polistes (Palisotius) três espécies, Polistes (Fuscopolistes) com treze espécies, Polistes (Epicnemius) com 24 espécies e Polistes (Aphanilopterus) com 52 espécies. São apresentadas diagnoses para os subgêneros e chave dicotômica para as espécies. É fornecida uma atualização do catálogo das espécies de Polistes do Novo Mundo, com o histórico taxonômico e distribuição geográfica, bem como a descrição e ilustração da genitália dos machos de 58 espécies.

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 manoel_oliveira_ipec_mest_2009.pdf: 1307995 bytes, checksum: 3640ed583b88d4d2abacbd6bfad36521 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A esporotricose, micose subcutânea causada pelo complexo Sporothrix schenckii, é cosmopolita e a mais freqüente na América Latina. Nos últimos anos tem aumentado significativamente o número de casos no Brasil, com destaque para o aumento no Estado do Rio de Janeiro na última década. Recentemente, foram consideradas quatro novas espécies dentro do gênero Sporothrix, sendo essas: Sporothrix brasiliensis, S. globosa, S. mexicana e S. luriei. Entretanto somente 25 isolados de área endêmica no Rio de Janeiro foram incluídos nos estudos prévios. A caracterização destas foi realizada por meio da utilização de provas fenotípicas: morfologia de conídios, teste de crescimento à 30ºC, teste de termotolerância e auxonograma. No presente trabalho realizamos a caracterização de 248 isolados oriundos de pacientes atendidos no ambulatório de Dermatologia do IPEC, os quais tiveram diagnóstico de esporotricose durante a epidemia de esporotricose, no período de 1998 e 2008. De acordo com as características fenotípicas, 206 isolados (83,1%) foram caracterizados como S. brasiliensis, um isolado (0,4%) como S. mexicana, 15 (6,0%) como S. schenckii e em 26 isolados (10,5%) não foi possível realizar a caracterização da espécie sendo classificadas como Sporothrix spp Dentre esse isolados foi realizada a análise molecular de 8 (31%) isolados que apresentaram resultados inconclusivos nos estudos fenotípicos através do sequenciamento de um locus do gene calmodulina possibilitou a formação de um grande grupo constituído por 7 isolados todos caracterizados genotipicamente como pertencentes à espécie S. brasiliensis. A análise em nível de genótipo deve ser utilizada como ferramenta complementar na identificação de espécies do complexo Sporothrix. A correlação entre dados moleculares e características fenotípicas é fundamental na identificação de espécies complexo Sporothrix, possibilitando a implementação da taxonomia polifásica / Sporothrix schenckii is the species responsible for sporotrichosis, an important subcutaneous mycosis with a worldwide distri bution, and very frequent in Latin America, and it has been reported as endemic in Rio de Janeiro, Brazil. Recent molecular studies have demonstrated that this species constitutes a complex of numerous phylogenetic species, which were phenotipically characteri zed using different culture media, growth rates at different temperatur es, and nutritional tests as we ll comparison calmodulin genes and it was proposed four new species Sporothrix brasiliensis , Sporothrix globosa , Sporothrix mexicana and Sporothrix luriei . And just 25 isolates from the endemic occurring in Rio de Janeiro were included in this previous stu dy. We have studied a total of 248 Sporothrix isolates from this endemic obtaine d during the period of 1998 and 2008. The phenotypic characterization was based on th e morphology of conidia, growth rates at 30ºC and 37 ºC, ability to grow at 37 ºC, and auxonographic method. A ccording to the key features for species differentiation, 206 isolates (83.1%) were characterized as S. brasiliensis , one as S. mexicana (0.4%), 15 (6.0%) as S. schenckii and in 26 isolates (10.5%) the species was not differe ntiated being classified as Sporothrix spp. Among 8 (31%) of these unidentified isolates, molecular methodology, by sequence analysis of on protein coding locus (calmodulin) was perfor med, revealing the presence of one major clade, grouping 7 of these isolates with S. brasiliensis, representing this phylogenetic species. The analysis in genotype level should be used as complemental tool in the identification of species of the Sporothrix complex. The correlation among molecular data and phenotipe is fundamental in the identification of species Sporothrix complex , making possible the implementation of the polyphasic taxonomy

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_mest_2009.pdf: 2281409 bytes, checksum: f9b9a1b11805beacdb9238a9bda6a0ef (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Segundo a OMS, as gastrenterites são, após as infecções respiratorias agudas, os mais importantes agravos à saúde em crianças ≤ anos. Devido à complexidade da epidemiologia dos rotativos do grupo A (RV-A), particularmente em países em desenvolvimento, torna-se fundamental o conhecimento dos genótipos das amostras circulantes, principalmente a partir da introdução da vacina monovalente Rotarix® (G1P[8] pela Programa Nacional de Imunizações no Brasil em março de 2006. Nos estudos de Fase III realizados com a Rotarix® a prevalência do RV-A genótipo G2P[4] foi extremamente baixa e a avaliação de imunização heterotípica contra este genótipo foi realizada através de estudos de metanálises estatísticas. Este genótipo, em geral, está associado às manifestações clínicas mais graves. Diferentes estudos evidenciaram a re-emergência do genótipo G2P[4] no Brasil a partir de 2005, e em outros países, sugerindo que seria um fenômeno continental relacionado à variabilidade temporal da distribuição de genótipos qu ocorre naturalmente. Porém, uma mudança na epidemiologia e distribuição deste genótipo relacionada à introdução da vacina Rotarix® no Brasil não pode ser descartada e necessita ser investigada. Deve-se considerar que o genótipo G2P[4] não compartilha antígenos VP4 ou VP7 com a amostra vacinal Rotarix®. Os dados obtidos neste estudo revelaram a circulação de diferentes variantes de RV-A genótipo G2P[4] no período de 1996 a 2009 no Brasil. Além das variantes genotípicas, também foi possível identificar variantes genéticas do genes VP7, VP4, VP6 e NSP4, mostrando a segregação independente dos mesmos. As análises filogenéticas baseadas nos genes que codificam para as proteínas VP7 e VP4, permitiram inferir a ocorrência de múltiplas introduções do genótipo G2P[4] no Brasil. Evidenciando o fluxo de variantes genéticas que ocorre em nível global para este genótipo. Também foi possível evidenciar a ocorrência de mutações pontuais e reassortment entre amostras humanas, para os quatro genes analisado; e entre amostras humanas e amostra bovinas para o gene que codifica para a proteína NSP4. Os resultados do presente estudo são fundamentais na tentativa de se ter uma melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G2P[4] e demonstra a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, tanto em humanos quanto em animais / According to the World Health Organization (WHO), a cute gastroenteritis are the major cause of gastroenteritis in children ≤ 5 years old, after acute respiratory infections. Due to the epidemiology complexity of rotavirus-A (RV-A), especially in developing countries, it is important to determinate which are the genotypes of the circulating strains, principally after the introduction of the monovalent vaccine Rotarix ® (G1P[8]) in Brazil by the National Immunization Program. In Phase III trials with Rotarix®, the prevalence of genotype G2P[4] was extremely low, and therefore, evaluation of heterotypic immunization against this genotype was performed by meta-analysis statistics tests. This genotype, in general, is associated with more severe clinical manifestations. Different studies have showed the re-emergence of genotype G2P[4] in Brazil, since 2005, and in other countries, suggesting that it would be a continental phenomenon related to the temporal variability in the genotypes distribution that occur naturally. However, changes in the epidemiology and distribution of this genotype related to the introduction of the vaccine Rotarix® in Brazil can not be excluded and needs to be investigated. Should be considered that genotype G2P[4] does not share VP4 or VP7 antigens with the Rotarix® vaccine strain. Data obtained in this study revealed the circulation of different variants of RV-A genotype G2P [4] in the period of 1996 to 2009 in Brazil. In addition to genotypic variants, was also possible to identify genetics variants of the genes: VP7, VP4, VP6 and NSP4, showing independent segregation. The phylogenetic analysis based on the genes that code proteins VP7 and VP4, allowed to infer the ccurrence of multiple introductions of genotype G2P[4] in Brazil. It was possible to identify the occurrence of point mutations and reassortment events between human strains for the four genes studied, and between human and bovine strains for NSP4 gen. The results obtained in this study are fundamental in our attempt to gain a better understanding of epidemiology and evolution of RV-A genotype G2P[4] and demonstrates the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A strains circulating in human and animal populations.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-22T14:31:45Z No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-23T15:13:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-23T15:13:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_EricaSantosdoCarmodeSouza.pdf: 133334547 bytes, checksum: 2e18b8674bf5bc7467e63db9f96fe788 (MD5) Previous issue date: 2018-05-22 / A ordem Pucciniales é um componente importante da micobiota do cerrado brasileiro, entretanto pouco se sabe sobre a sua diversidade e as informações até agora obtidas são quase que exclusivamente baseadas em aspectos morfológicos. Os estudos envolvendo a análise molecular e filogenética para fungos causadores de ferrugens no cerrado é escasso. Com o objetivo da ampliação do estudo em termos morfológicos bem como promover algum avanço em termos de suas relações filogenéticas, foram caracterizadas morfologicamente um total de 41 espécies de Pucciniales das quais destas 36 foram caracterizadas molecularmente, entre formas sexuadas e assexuadas, coletadas nos estados de Goiás, Mato Grosso, Maranhão, Minas Gerais e no Distrito Federal. No Cerrado, os fungos causadores de ferrugem foram encontrados em plantas hospedeiras das famílias Anacardiaceae, Annonaceae, Arecaceae, Asteraceae, Bignoniaceae, Clusiaceae, Combretaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lauraceae, Loranthaceae, Malpighiaceae Myrtaceae, Rosaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Solanaceae, Vochysiaceae e Thelypteridaceae. O trabalho consistiu na caracterização, ilustração e complementação de dados de vários espécimes já conhecidos ou não. Neste estudo foram incluídos membros representantes da família Pucciniaceae (Puccinia e Uromyces), Phakopsoraceae (Phakopsora, Batistopsora, Catenulopsora e Crossopssora), Raveneliaceae (Diorchidium, Esalque, Ravenelia e Sphaerophragmium), Uropyxidaceae (Dasyspora, Kimuromyces sp., Mimema, Porotenus e Prospodium) Chaconiaceae (Chaconia e Aplopsora), Pileolariaceae (Skierka) e Phragmidiaceae (Kuehneola). Além disso, foram incluídas no estudo espécies de classificação taxonômica incerta pertencentes aos gêneros Cerradoa e Desmella e alguns espécimes assexuais considerados simplesmente como Aecidium e Uredo. A análise filogenética foi realizada com base na região LSU do rDNA por meio de Inferência Bayesiana envolvendo os espécimes aqui estudados e demais retirados do GenBank relacionados filogeneticamente com as famílias e enraizada por Platygloea disciformis. Esta é a primeira vez que foi realizado um estudo baseado em análises moleculares filogenéticas de Pucciniales do cerrado numa dimensão ampla, envolvendo membros representantes de várias famílias. Aqui foi apresentada de forma inédita a caracterização molecular de vários espécimes fúngicos pertencentes a ordem Pucciniales encontradas em plantas endêmicas e introduzidas no cerrado que enriquecerá o banco de dados do NCBI e muito contribuirá para o estudo e compreensão da filogenia da ordem em estudos posteriores. De forma geral, os dados obtidos possibilitaram o entendimento do posicionamento filogenético de apenas alguns grupos em níveis de gênero e espécies como o caso de membros componentes da família Phakopsoraceae. No presente estudo a maioria das famílias de Pucciniales como Pucciniaceae, Raveneliaceae, Uropyxidaceae e Phakopsoraceae se mostraram polifiléticas, entretanto, os dados obtidos não foram suficientes para o esclarecimento das relações filogenéticas dos membros causadores de ferrugem do cerrado neste nível hierárquico dentro da ordem, havendo a necessidade de aprofundamento das análises filogenéticas principalmente com os grupos mais esclarecidos e atualização nomenclatural de alguns espécimes com classificação taxonômica indefinida. Além disso foi realizada caracterização morfo-molecular e nova nomeação de uma espécie de Uromyces encontrada em Phthirusa stelis (Loranthaceae) e um estudo sobre a interação entre U. euphorbiae com Colletotrichum truncatum, baseado em caracterização morfo-molecular de ambos os fungos envolvidos encontrados em folhas de Euphorbia hirta (Euphorbiaceae). Além de aumentar as informações sobre as espécies já conhecidas, o trabalho resultou em novos relatos de ocorrência de membros das Pucciniales em nova hospedeiras e novos locais, prováveis espécies novas, relatos de fase ou fases do ciclo de vida até então inéditas e, finalmente, algumas atualizações nomenclaturais e taxonômicas. / The order Pucciniales is an important component of Brazilian Cerrado micobiota, although few is known about its biodiversity and the existent information is almost exclusively based on morphological aspects. Studies of rust fungi involving molecular and phylogenetic analysis in the Cerrado are scarce. In order to increase the morphological knowledge and promote some advance in the understandment of their phylogenetic relationships, a total of 41 Pucciniales species were morphologically characterized, among which 36 were also mollecularly characterized, including sexual and assexual forms. The specimens were collected in the states of Goiás, Mato Grosso, Maranhão, Minas Gerais and Distrito Federal. In the Cerrado, the rust fungi were found inhabiting plants of the families Anacardiaceae, Annonaceae, Arecaceae, Asteraceae, Bignoniaceae, Clusiaceae, Combretaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Lauraceae, Loranthaceae, Malpighiaceae Myrtaceae, Rosaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Solanaceae, Vochysiaceae and Thelypteridaceae. This study consisted in the characterization, illustration and complementation of data about many specimens previously known or unknown. In this study were included members of Pucciniaceae (Puccnia and Uromyces), Phakopsoraceae (Phakopsora, Batistopsora, Catenulopsora and Crossopsora), Raveneliaceae (Diorchidium, Esalque, Ravenelia and Sphaerophragmium), Uropyxidaceae (Dasyspora, Kimuromyces, Mimema, Porotenus and Prospodium) Chaconiaceae (Chaconia and Aplopsora), Pileolariaceae (Skierka) and Phragmidiaceae (Kuehneola). Besides, in this study they were included some species of uncertain taxonomic classification belonging to the genera Cerradoa and Desmella and some assexual specimens simply considered as Aecidium and Uredo. The phylogenetic analysis based on LSU region of rDNA was realized using Bayesian Inference and included the specimens studied here and more related species obtained from GenBank and the tree was rooted with Platygloea disciformis. This is the first time that a broad study based on molecular and phylogenetic analysis of Pucciniales from Cerrado is realized, including representative members of many families. Here it was presented the molecular characterization of many fungal specimens belonging to Pucciniales inhabiting endemic and exotic plants in the Cerrado, which will enrich NCBI database and contribute to study and comprehension of phyiogeny of this order in posterior studies. In general, the data obtained enabled the understandment about phylogenetic placement of some groups at genera and species level, as observed in Phakopsoraceae. The majority of families as Pucciniaceae, Raveneliaceae, Uropyxidaceae and Phakopsoraceae were poliphyletic, although data were insufficient to clarify the phylogenetic relationship among rust fungi at this taxonomic level. So, it is necessary to intensify the phylogenetic analysis specially with groups more clarified and to update the nomenclature of some specimens with uncertain taxonomic classification. Furthermore, it was realized the morpho-molecular characterization and naming of a new species of Uromyces founded in Phthirusa stelis (Loranthaceae) and the study of interaction between U. euphorbiae and Colletotrichum truncation based on morphomolecular characterization of both fungi inhabiting leaves of Euphorbia hirta (Euphorbiaceae). In addition to increase the disponible information about species already known, this study resulted in new records of occurence of Pucciniales in new hosts and locals, problable new species, record of stadium or life cycle stadium unknown until now and, finally, some nomenclatural and taxonomic actualizations.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2399_1.pdf: 4055915 bytes, checksum: 4f30178f7ef177dcfdda69d689a06cae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pterossauros são um dos grupos de arcossauros fósseis melhor representados no registro fóssil brasileiro. Dentro desta diversidade, uma das primeiras espécies descritas, Cearadactylus atrox, tem causado divergências de interpretação entre pesquisadores desde a sua publicação. Devido ao fato de o holótipo e único espécime conhecido estar parcialmente preparado, as tentativas de classificações taxonômicas realizadas, posicionaram-no em grupos diferentes. Estas discordâncias geraram o colapso de certos ramos da filogenia de Pterosauria. O presente trabalho teve como objetivo a preparação do holótipo de Cearadactylus atrox, sua re-descrição e o posicionamento filogenético, utilizando-se matrizes filogenéticas disponíveis para o grupo. Evidências de adulterações foram observadas durante a preparação. Dentre as características exclusivas apresentadas por Cearadactylus atrox estão uma fenda no dentário bifurcada na extremidade rostral, órbita e narina em posição elevada relativo a fenestra nasoanterorbital e menos de 15 dentes em cada lado da maxila e mandíbula. Filogeneticamente Cearadactylus atrox se mostrou como grupo irmão do clado Anhangueridae, sendo uma espécie intermediária entre as formas européias (nominalmente Ornithocheirus compressirostris) e as formas brasileiras (Tropeognathus mesembrinus e as espécies que compõem o gênero Anhanguera)

Foi realizado um estudo das relações filogenéticas de Stygarctidae e Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) seguindo-se os princípios e métodos henniguianos. Foram selecionados na literatura os caracteres morfológicos utilizados para os dois grupos: 61 caracteres (43 binários e 18 multiestado) para 17 táxons terminais, de Stygarctidae, ao nível de espécie, e 40 caracteres (31 binários e 9 multiestado) para 10 táxons superiores de Digitopoda. As análises manuais produziram cladogramas totalmente resolvidos com 101 passos evolutivos e índice de consistência 0,86 para Stygarctidae, e 79 passos evolutivos e índice de consistência 0,63 para Digitopoda. Também foram feitas análises numéricas, com o auxílio do programa Hennig 86, comparando-se os resultados destas com as análises manuais. O algoritmo utilizado foi o mhennig*. O consenso de duas árvores de Stygarctidae apresentou topologia idêntica à do cladograma supracitado, com 98 passos evolutivos, índice de consistência 0,77 e índice de retenção 0,82. No caso de Digitopoda, o consenso de duas árvores apresentou uma topologia radicalmente diferente do resultado manual, com 66 passos evolutivos, índice de consistência 0,68 e índice de retenção 0,63. Também foram analisados dois caracteres multiestado, cada um com duas condições apomórficas, para três táxons terminais (nível de espécie) de Orzeliscinae. Neste caso, o cladograma obtido apresentou quatro passos evolutivos e índice de consistência 1. Stygarctidae foi mantido como táxon monofilético, apresentando a seguinte topologia entre os seus gêneros: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda foi subdividido em dois táxons monofiléticos, apresentando a seguinte topologia: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae não é monofilético e Halechiniscinae é um táxon mais restrito, que inclui apenas Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae é redefinido de forma a incluir Paradoxipus, grupo-irmão de Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae inclui também Archechiniscus. Archechiniscinae não é válido. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae e Megastygarctidinae foram eliminados do sistema de Tardigrada / Relationships among the subgroups of Stygarctidae and Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) were invetigated according to hennigian principles and methods. Morphological characters were selected from the literature for these two groups: 61 characters (43 binary and 18 multistate) for 17 species of Stygarctidae and 40 characters (31 binary and 9 multistate) for 10 major groups of Digitopoda. Manual analysis produced fully resolved cladograms with 101 evolutionary steps and consistency index = 0,86 for Stygarctidae, and 79 evolutionary steps and consistency index = 0,63 for Digitopoda. Numerical analysis were done using the software Hennig 86, for comparison with manual analysis. The algoritm mhennig* was used. The consensus tree of two Stygarctidae trees showed identical topology with the manual cladogram, with 98 evolutionary steps, consistency index = 0,77 and retention index = 0,82. The consensus tree of two Digitopoda trees showed a complete different topology from the manual cladogram, with 66 evolutionary steps, consistency index = 0,68 and retention index = 0,63. There were also analysed two multistate characters, each one with two apomorphic conditions, for three Orzeliscinae species. In this case, another fully resolved cladogram with four evolutionary steps and consistency index = 1 was obtained. Stygarctidae was maintained as a monophyletic taxon, showing the following system for its genera: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda, branched into two monophyleitc taxa, showed the following system: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae is not a monophyletic taxon and Halechiniscinae is a more inclusive taxon comprising only Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae includes Paradoxipus, the sistergroup of Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae is monophyletic with the inclusion of Archechiniscus. Archechiniscinae is not valid. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae and Megastygarctidinae are not supported in the system of the Tardigrada

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-09Bitstream added on 2014-06-13T18:29:42Z : No. of bitstreams: 1 menegazzo_mc_me_rcla.pdf: 10356948 bytes, checksum: 56f764ea2f9a268b9fefcc4b3771d258 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Testudines constituem um grupo de amniotas muito comum em depósitos do Cretáceo do Brasil, sendo abundantes na Bacia Bauru. Até o momento, para estes sedimentos, foram descritas as espécies “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans e Cambaremys langertoni. As ocorrências de Testudines distribuem-se amplamente pelo Oeste dos estados de São Paulo e Minas Gerais, estando presentes nas formações Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina e Marília. O presente estudo revisa a Paleontologia, Paleoecologia e Paleobiogeografia relacionadas a essas ocorrências. Em adição, um novo material é descrito e discutida a Filogenia de alguns Pelomedusoides e as espécies presentes na Bacia Bauru. A descrição do novo morfótipo permitiu algumas questões sobre o relacionamento entre Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis, considerados no presente trabalho como um único táxon. Assim, essa proposta pode trazer possibilidades de correlações estratigráficas, porque o novo morfótipo, e as espécies Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis são provenientes de quatros unidades geológicas distintas da Bacia Bauru, formações Araçatuba, Adamantina, Marília e Santo Anastácio / Testudines is an amniote group very common in the Cretaceous deposits from Brazil, and it is abundant in the Bauru Basin. For these sediments, until now, there were described the species: “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans and Cambaremys langertoni. The occurrences of Testudines are widely distributed in Western São Paulo and Minas Gerais states, and they are present in the Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina and Marília formations. The present study revises the Paleontology, Paleoecology and Paleobiogeography related to these occurrences. In addition, a new fossil material is described and the Phylogeny of some Pelomedusoides and the species presents in the Bauru Basin is discussed. The description of the new morphotype allowed some questions about the relationships between Cambaremys langertoni and “Podocnemis” brasiliensis, and in this study they are considered the same taxon. So, this assumption could bring significant stratigraphical correlations possibilities, because the new morphotype, “Podocnemis” brasiliensis and Cambaremys langertoni came from four distinct geological units of the Bauru Basin, Araçatuba, Adamantina, Marília and Santo Anastácio Formation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-10Bitstream added on 2014-06-13T20:43:20Z : No. of bitstreams: 1 toledo_cev_dr_rcla.pdf: 4493239 bytes, checksum: a9396cac5f1c39ec395a824192597efa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dipnoiformes não têm sido particularmente bem estudados no Brasil, devido à falta de espécimens e da aparente distribuição paleobiogeográfica limitada. A descoberta de novas localidades mudou isto. No momento foram identificados Dipnoiformes nas seguintes bacias sedimentares brasileiras: Paraná, estados de Rio Grande do Sul (Triássico), Paraná (Permiano Superior), São Paulo (Permiano Superior), Mato Grosso (Devoniano); Bauru, Estado de São Paulo (Cretáceo Superior); Parnaíba, Estado do Maranhão (Permiano Inferior); Araripe, Estado de Ceará (Jurássico Superior/Cretáceo Inferior); São Luís-Grajaú, Estado do Maranhão (Cretáceo médio); Acre, Estado do Acre (Mioceno superior/Plioceno inferior). As maiores diversidades de Dipnoiformes são encontradas nas bacias de Paraná e São Luís-Grajaú. As espécies até o momento identificadas no Brasil são Neoceratodus sp., Ceratodus africanus, Asiatoceratodus tiguidiensis, Protopterus humei, Lepidosiren megalos e o Gênero Archaeoceratodus. Muitas destas espécies são encontradas no continente Africano e outras semelhantes na Austrália, evidenciando a troca faunística que ocorreu no Gondwana durante Paleozóico e Mesozóico. A Análise Estatística Multivariada foi utilizada como uma ferramenta para auxiliar na classificação de fósseis. Seu objetivo foi propor uma classificação para o material ainda não descrito formalmente, com base na grande variação morfológica observada nos espécimens, simultaneamente levando-se em conta as diversas variáveis morfométricas dos fósseis. A Análise Histológica corroborou a Análise Estatística, evidenciando a observação de dois conjuntos de placas, o primeiro relacionado às famílias Ceratodontidae e Neoceratodontidae, o segundo a Família Gnarthorizidae... / Dipnoiformes have not been very well studied in Brazil, due to the lack of specimens and apparent limited paleobiogeographical distribution. The discovery of new localities has changed this scenario. To date, Dipnoiformes have been identified in the following Brazilian sedimentary basins: Paraná, in the states of Rio Grande do Sul (Lower/Middle Triassic), Paraná (Upper Permian), São Paulo (Upper Permian), and Mato Grosso (Devonian); Bauru, in the State of São Paulo (Upper Cretaceous); Parnaíba, in the State of Maranhão (Lower Permian); Araripe, in the State of Ceará (Upper Jurassic/Lower Cretaceous); São Luís-Grajaú, in the State of Maranhão (middle Cretaceous); Acre, in the State of Acre (upper Miocene/lower Pliocene). The largest Dipnoiformes diversities are found in the Paraná and São Luís-Grajaú basins. The species until now identified in Brazil are Neoceratodus sp., Ceratodus africanus, Asiatoceratodus tiguidiensis, Protopterus humei, Lepidosiren megalos and the Genus Archaeoceratodus. Many of these species are found in Africa and Australia, evidencing the faunistic changes in Gondwana during Paleozoic and Mesozoic era. The Multivariate Statistical Analysis was used as a tool to aid in the classification of the fossils. The main objective of this analysis was to propose a classification for the material not described formally, based on the great morphologic variation observed in the specimens, simultaneously taking into account the several variables morfometrics of the fossils. The Histological Analysis corroborated the Statistical Analysis, allowing the identification of two groups of dental plates, the first related to the families Ceratodontidae and Neoceratodontidae, the second to the Family Gnarthorizidae. A Phylogenetic Analysis is presented and sustained by the characteristics... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:27:10Z No. of bitstreams: 2 Tese_Final_Versão_Digital.compressed.pdf: 9380334 bytes, checksum: a0e694616d8c750ce997b137fc9cd7ac (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:27:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Final_Versão_Digital.compressed.pdf: 9380334 bytes, checksum: a0e694616d8c750ce997b137fc9cd7ac (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / CNPq / Os papilomavírus (PV) formam um grupo altamente diverso que infectam mamíferos, aves e répteis. Entre esses vírus, o papilomavírus bovino (BPV) tem grande importância veterinária, causando lesões cutâneas e mucosas em gado e outros animais, que podem progredir para câncer. Portanto, estudar a diversidade de BPV que infectam os rebanhos brasileiros se torna relevante. Deste modo, esse estudo objetivou desenvolver uma nova abordagem computacional baseada em entropia para selecionar regiões genômicas filogeneticamente informativas dos PV, assim como avaliar e discutir a diversidade de tipos de BPV que infectam rebanhos da região Nordeste do Brasil. Para isto, a complexidade informacional de cada região genômica foi calculada e aquelas com baixa entropia foram selecionadas para inferência filogenética. Foram coletadas amostras de lesões cutâneas de bovinos do Nordeste do Brasil. O DNA foi extraído, amplificado e os produtos foram sequenciados. Foi possível identificar regiões claramente homólogas que são conservadas entre os diferentes PV. As análises também revelaram a presença de 11 diferentes tipos de BPV nas amostras, assim como prováveis novos tipos e subtipos de BPV. Estes resultados indicam que a entropia pode, com sucesso, selecionar bons marcadores genômicos para inferência filogenética. Além disso, eles adicionam um conhecimento significativo sobre a incidência e diversidade dos BPV que infectam o gado brasileiro. Em conjunto, estes conhecimentos podem ser utilizados para o desenvolvimento de novos sistemas de diagnóstico, mais eficazes no controle da papilomatose bovina.