A subtribo Pericopina (Lepidoptera: Erebidae: Arctiinae: Arctiini) compreende 37 gêneros com distribuição exclusivamente Neotropical. Estudos acerca da taxonomia e relações filogenéticas para esse grupo são escassos. Entre os gêneros arrolados em Pericopina, Dysschema Hübner, 1818 é o mais especioso. O gênero é representado por 146 nomes válidos e 88 espécies, conta com 12 sinonímias genéricas e não há um consenso sobre o número de espécies que o compõem, uma vez que há suspeita por parte de alguns autores (WATSON & GOODGER 1986; LAMAS & GRADOS 1996) de que alguns nomes atualmente válidos para algumas espécies sejam, de fato, sinonímias. Recentemente Becker (2013) estabeleceu uma série de sinônimos, e o gênero passou a somar 59 espécies. O presente trabalho propõe, através do levantamento de caracteres morfológicos de adultos, analisar as relações filogenéticas de Pericopina e das espécies arroladas em Dysschema, atualizar a distribuição das espécies atualmente arroladas no gênero, além de uma melhor delimitação taxonômica. A análise cladística baseada em 156 caracteres morfológicos não corroborou a monofilia da subtribo Pericopina; o gênero Scearctia Hering se mostrou morfologicamente associado à Lithosiini e o gênero Pteroodes Butler se mostrou morfologicamente associado à Phaegopterina. Esses gêneros são realocados nos grupos supragenéricos anteriormente citados, com os quais mostraram maior afinidade filogenética, como taxonomicamente incertae sedis. Adicionalmente o gênero Seileria Dognin é aqui considerado sinônimo junior subjetivo de Thyrgis Walker A monofilia de Dysschema é corroborada apenas com a inclusão dos gêneros monotípicos Sermyla Walker e Are Walker. São descritas quatro novas espécies em Dysschema, 14 novos sinônimos estabelecidos, nove espécies revalidadas, oito sinônimos revalidados e duas combinações novas. Pericopis thyridia é um nome novo proposto em substituição a Pericopis fenestrata Butler, 1872, homônimo júnior de Coborisa fenestrata Walker, 1855. Para garantir a estabilidade taxonômica dos nomes arrolados em Dysschema foram designados 67 lectótipos e fixados 19 holótipos por evidência de monotipia / Pericopina (Lepidoptera: Erebidae: Arctiinae: Arctiini) comprises 37 genera distributed exclusively in the Neotropical region. Studies on the taxonomy and phylogenetic relationships for the species included in this group are scarce. Among the genera enrolled in Pericopina, Dysschema Hübner, 1818 is the most specious genus. The genus is represented by 146 valid names and 88 species, Dysschema has 12 generic synonyms and there is no consensus on the number of species that compose it, as it is suspected by some authors (Watson & Goodger 1986; Lamas & Grados1996) based on that currently valid names for some species are, in fact, synonyms. Recently Becker (2013) introduced several synonyms and the genus currently has 59 species . The present study proposes, through a survey of morphological characters of adults, to analyze the phylogenetic relationships of Pericopina and of the species enrolled in Dysschema, to update the distribution of the species currently enrolled in this genus, and a better taxonomic delimitation. A cladistic analysis based on 156 morphological characters did not corroborate the monophyly of Pericopina. Scearctia Hering is morphologicaly associated to the Lithosiini and Pteroodes Butler is morphologicaly associated to the Phaegopterina. These genera are enrroled in the supra-generic groups which their share phylogenetics afinities as taxonomically incertae sedis. Aditionally, Seileria Dognin is a junior subjective synonym of Thyrgis Walker. The monophyly of Dysschema was supported only with the inclusion of the monotypic genera Sermyla Walker and Are Walker. Four new species are described in Dysschema, 14 new synonyms are established, nine species are revalidated, eight synonyms are revalidated and two new combinations are established. Additionally, Pericopis thyridia is a new name proposed to replace the Pericopis fenestrata Butler, 1872, a junior homonym of Coborisa fenestrata Walker, 1855. In order to assure the estability of the names enrroled in Dysschema 67 lectotypes were designated and 19 holotypes were fixed by evidence of monotypy

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 8341348 bytes, checksum: 3c793b10a08a57a4fe65df46346e7385 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The first classifications for the annelids were presented within a peculiar group of worms grouped within Class Vermes. The group was initially divided into Errant Annelides, Tubicolous or Sedentary Annelides, Terricolous Annelids, and Freshwater Annelids. These classifications did not reflect common ancestry. With the advent of phylogenetic systematics, many proposals were made for other organisms, attempting to reflect true relationships. The first proposals for annelids and polychaetes appeared in the 90s, based on morphology, and attempted to confirm the monophyly of these two groups. In these analyses, the Pogonophora were reduced to a family of Polychaeta, the Siboglinidae. These results remained incongruent when compared to results obtained later from molecular data. Another phylogenetic proposal presented the Pogonophora as being close to the sedentary polychaetes, closely related to Owenia. In this proposal, the clade Metameria was established to group the annelids, Enterocoela and Deuterostomia. Pogonophora as a family of Polychaeta disregards the evolutionary relationships that this taxon shares with the deuterostomes. In the present work, polychaetes with tori were selected as the ingroups of the analysis, together with Pogonophora, and including Phoronida and Pterobranchia, in order to establish genealogical relationships among these taxa. For parsimony analyses molecular data from 18S rRNA, morphological data coded as binary (a/p), multistate, and combined data (multistate molecular and morphological data) were used. Several slightly different topologies appeared in our results on morphology and molecules. On the other hand, the combined data was similar to the topology obtained from multistate morphology. From these analyses, we hypothesize that sedentary polychaetes with tori (including Pogonophora) are strictly related to Phoronida and Deuterostomia, their tagmatization being considered a particularly important synapomorphy. Finally, we emphasize the paraphyletic nature of Protostomia, Spiralia, Trochozoa and Lophotrochozoa, which are contrasted to the monophyletic Metameria. / As primeiras classificações para os anelídeos foram representadas para um grupo peculiar de vermes que formavam as primeiras famílias de poliquetas, agrupadas dentro da Classe Vermes. O grupo foi dividido inicialmente em Annélides Errantes, Annélides tubicoles ou Sédentaires, Annélides Terricoles e Annélides souceuses. Essas classificações não refletiam ancestralidade comum. Com o surgimento da sistemática filogenética, muitas propostas foram apresentadas para vários outros grupos de organismos, buscando refletir as relações de parentescos. A partir da década de 90 surgiram os primeiros trabalhos de filogenia com dados morfológicos para os anelídeos e poliquetas, com objetivo de confirmar a monofila dos dois grupos. Nestas análises, Pogonophora foi reduzido a uma família de Polychaeta, os Siboglinidae. Os resultados permaneceram incongruentes quando comparados os dados morfológicos com os dados moleculares, que surgiram posteriormente. Outras propostas filogenéticas apresentaram os Pogonophora como grupo próximo aos poliquetas sedentários, relacionados com os Owenia. Nessa proposta, foi estabelecido o clado Metameria para agrupar anelídeos, Enterocoela e Deuterostomia. Pogonophora como uma família de Polychaeta quebra a relação de paradigma evolutivo que este táxon compartilha com os Deuterostômios. Neste trabalho, se usou como grupo interno poliquetas com tori, Pogonophora, Phoronida e Pterobranchia, a fim de estabelecer relações genealógicas entre eles. Desta forma, se usou para análise de parcimônia dados moleculares 18S rRNA, dados morfológicos codificados como binário e multiestados, e dados combinados (moleculares e morfológicos multiestados). Os resultados mostraram várias hipóteses que se diferenciaram um pouco nas topologias, quando foram comparados os cladogramas de caracteres moleculares com os cladogramas de caracteres morfológicos. Embora, a topologia de caracteres combinadas se mostrou igual à topologia de caracteres morfológicos multiestados. Dessa maneira, hipotetiza-se a partir das análises aqui obtidas, que os poliquetas sedentários portadores de tori (incluindo Pogonophora) estão estritamente relacionados aos Phoronida e Deuterostomia, principalmente quando se ressalta o processo de tagmatização. Finalmente, enaltece-se a parafilia de Protostomia, Spiralia, Trochozoa e Lophotrochozoa, ressaltando o monofiletismo de Metameria.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T17:15:35Z No. of bitstreams: 1 552144.pdf: 6450057 bytes, checksum: fbf827524d4f6cffe95aa715f8f77521 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T17:15:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 552144.pdf: 6450057 bytes, checksum: fbf827524d4f6cffe95aa715f8f77521 (MD5) Previous issue date: 2002-03-05 / CAPES / Os Mesoeucrocodylia compreendem os crocodilianos classicamente reunidos em dois grupos - Mesosuchia e Eusuchia. Enquanto o segundo é representado principalmente pelos crocodilianos viventes, hoje restritos a ambientes quentes e úmidos dos Trópicos, o primeiro inclui uma gama diversa de formas e hábitos, comumente encontrados em ambientes deposicionais das principais bacias sedimentares mesozóicas brasileiras. Diversas são as propostas de relacionamentos para os Mesoeucrocodylia, porém as controvérsias existem em relação aos grupos basais terrestres, principalmente os crocodilianos de distribuição gonduânica. O quase consenso entre autores sugere que estes formam um grupo polifilético. Nesta contribuição foram analisados 17 táxons de Mesoeucrocodylia basais do Mesozóico sulamericano e áreas relacionadas da Gondwana. Uma análise filogenética de parcimônia máxima por busca heurística de árvores revelou uma única hipótese de relacionamento completamente resolvida para estes táxons, evidenciando as seguintes conclusões. Os Notosuchia revelaram-se um grupo monofilético, no qual foram identificados alguns grupos monofiléticos inclusos fortemente suportados, tanto por análise de bootstrap quanto pelo índice de Bremer. Confirmou-se o monofiletismo das famílias Peirosauridae, Baurusuchidae e Uruguaysuchidae, ainda que tenham sido acrescidas de alguns táxons transferidos. Três novos grupos foram reconhecidos para a manuntenção de uma taxonomia monofilética. Uma análise de parcimônia de Brooks foi utilizada para investigar o relacionamento das massas continentais derivadas do supercontinente de Gondwana. Ao contrário das proposições de alguns autores anteriores, os resultados indicam um isolamento da África durante o Cretáceo Superior, enquanto a América do Sul se encontrava ligada a Antártica, Índia e Magadascar. / Mesoeucrocodylia includes the crocodylians usually divided in two groups - Mesosuchia and Eusuchia. Although the latter is mainly represented by living forms, today restrict to warm and wet habitats in the Tropics, the former includes a diverse set of forms, often found in sedimentary deposits from the main Mesozoic Brasilian basins. Many are the relationship hypotheses for the Mesoeucrocodylia. However, there is dispute between the phylogenetic relationships of the basal terrestrial groups, especially in regard to gondwanic forms (to those of Gondwanic distribution). lt is near a consensus between authors that gondwanic mesoeucrocodylia form a polyphiletic group. ln the present work, were analyzed 17 basal Mesoeucrocodylia taxa from the South American Mesozoic and Gondwanic related areas. An heuristic tree search under a maximum parsimony phylogenetic analysis revealed a single fully resolved relationship hypothesis to those taxa stressing the following conclusions. The Notosuchia forms a monophyletic group that includes a few monophyletic groups, highly supported under bootstrap analysis and Bremer indexes. The monophyly of the families Peirosauridae, Baurusuchidae, and Uruguaysuchidae were confirmed, although a few taxa were transferred to maintain monophyly. Three previously unrecognized groups were identified to maintain a monophyletic taxonomy. Brooks parsimony analysis was employed to investigate the relationships of the continental blocks derived from Gondwana. Contrary to previous authors propositions, the results indicate an isolated Africa during the Upper Cretaceous, while South America was linked to Antarctica, lndia, and Madagascar.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-09Bitstream added on 2014-06-13T18:09:03Z : No. of bitstreams: 1 martins_c_me_rcla.pdf: 494549 bytes, checksum: 956ee49fb3cabf6b959eecbb86566527 (MD5) / O gênero Solenopsis tem distribuição cosmopolita, mas espécies do grupo S. saevissima, são nativas da América do Sul e inclui as conhecidas formigas lava-pés. Elas foram introduzidas de forma acidental em diversas regiões biogeográficas do mundo. No Brasil possuem ampla distribuição, mas têm preferência por áreas de atividade humana. São formigas altamente agressivas e são responsáveis por acidentes que podem levar a choques anafiláticos e à morte. As formigas apresentam associações de diferentes tipos com outros organismos, inclusive com bactérias endossimbiontes como a Wolbachia, bactéria intracelular que também infecta as formigas do gênero Solenopsis. No presente trabalho, procurou-se caracterizar as populações de lava-pés (Solenopsis spp.) de ampla área do território brasileiro, analisando o parentesco dessas populações e inferindo sobre sua filogenia. Além disso, foi investigada a presença, frequência e distribuição do endossimbionte Wolbachia em populações de Solenopsis spp. no Brasil. A caracterização das lava-pés foi baseada na análise do gene citocromo oxidase I e em estudos filogenéticos. Observou-se desde completa coerência geográfica, até polifilia para as espécies S. invicta e S. saevissima, o que demonstra claramente a diversidade desse gênero de formigas no Brasil. Existe a possibilidade de ocorrer populações isoladas reprodutivamente, tendo como decorrência processos evolutivos de especiação. Além disso, clados com espécies divergentes agrupadas podem trazer evidências de espécies erroneamente identificadas morfologicamente, presente em bancos de dados. O levantamento da ocorrência de Wolbachia foi baseado no gene wsp do endossimbionte e análises filogenéticas foram realizadas para inferir a história evolutiva dessas bactérias nas populações de lava-pés do país. Foi encontrada uma grande... / The genus Solenopsis has a cosmopolitan distribution, but species of S. saevissima group are native from South America and include the known fire ant. They were accidentally introduced in several countries of the world. In Brazil they have wide distribution with preference for areas of human activity. Ants are highly aggressive and responsible for accidents that can lead to anaphylactic shock and death. The ants have different associations with other organisms, including bacteria endosymbionts such as Wolbachia, intracellular bacteria that also infect the ants of the Solenopsis genus. In this study, we sought to characterize the populations of fire ants (Solenopsis spp.) in a wide area of Brazil, analyzing the relationship of these populations and inferring their phylogeny. Furthermore, we investigated the presence, frequency and distribution of the endosymbiont Wolbachia in those populations of Solenopsis spp. in Brazil. The characterization of fire ants was based on analysis of the cytochrome oxidase I gene and on phylogenetic studies. It was observed that there were complete geographical coherence and polyphyly for the species S. invicta and S.saevissima, which clearly demonstrate the diversity of this genus of ants in Brazil. There is the possibility to occur reproductively isolated populations, leading to evolutionary processes of speciation. Furthermore, clustered clades with divergent species can bring evidences of species wrong morphologically identified, presents in databases. The survey of the occurrence of Wolbachia was based on the wsp gene of the endosymbiont and the phylogenetic analyses were performed to infer the evolutionary history of these bacteria in the populations of fire ants. There was a great diversity of Wolbachia in the genus Solenopsis, with 51% of the analyzed colonies presenting infection and the highest incidence was found in populations from... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1756619 bytes, checksum: d052f1be18e53f2beddaa57cda5b0a22 (MD5) Previous issue date: 2012-12-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Substrate-binding subunits are very important components of the solute importation system, known as the osmoprotectant system, which consists of a membrane protein belonging to the ABC superfamily. These molecules recognize specific substrates that have different physiological roles in prokaryotes, i.e. roles that contribute to the survival of these organisms in environments with high concentrations of salt. Using MEGA 5.05 software, this study performed a phylogenetic analysis of 431 nucleotide sequences of these subunits, orthologous to each other, collected from the database contained on the website http://www.genome.jp/kegg/. As a result of this analysis, phylogenetic trees were generated that clearly demonstrated that there was a horizontal transfer of some genes due to the sharing by different organisms. Also, two probable ancestral sequences were generated that showed homology with permeases that transport choline, glycine betaine and carnitine, which are trimethylamines currently present in various prokaryotes. Therefore, this system probably arose in prokaryotic organisms with the basic function of capturing nutrients, and by performing this basal function of being shared with other organisms, was fixed to the genome. However, because of the diversification of habitats by the prokaryotes, this system contributed decisively to the adaptation of these organisms to different environments, especially environments that had a high salt concentration; thus, acting and being currently characterized as a system of osmoprotection. / As subunidades ligadoras de substrato são componentes muito importantes do sistema de importação de soluto conhecido, como sistema de osmoproteção, que consiste em uma proteína de membrana pertencente à superfamlía ABC. Estas moléculas reconhecem substratos específicos que apresentam papéis fisiológicos diversos em procariotos, incluindo a colaboração para a sobrevivência destes organismos em ambientes com elevada concentração de sal. Utilizando o software MEGA 5.05, foi realizada uma análise filogenética de 431 sequências nucleotídicas destas subunidades, ortólogas entre si, coletadas a partir do banco de dados contido no site ttp://www.genome.jp/kegg/. Como resultado desta análise, foram geradas árvores filogenéticas que demonstraram claramente que houve a transferência horizontal de alguns dos genes devido ao ompartilhamento por organismos diferentes. Foram geradas também duas prováveis sequências ancestrais que apresentam homologia com permeases que transportam colina, glicina betaína e carnitina, que são aminas trimetiladas, presentes atualmente em diversos procariotos. Portanto, este sistema provavelmente surgiu em organismos procarióticos com a função básica de captura de nutrientes e por desempenhar esta função basal, ao ser compartilhado com outros organismos, foi fixado aos genomas. No entanto, a partir da diversificação de habitats, por parte dos procariotos, este sistema colaborou de forma decisiva para a adaptação destes organismos aos mais diversos ambientes, incluindo, especialmente os ambientes que apresentavam uma elevada concentração de sal, atuando e sendo caracterizado atualmente como um sistema de osmoproteção.

Submitted by Luiz Ricardo Gonçalves null (tatinho_tva@hotmail.com) on 2016-07-27T18:25:27Z No. of bitstreams: 1 dissertação LRG.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-07-29T13:34:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 golcalves_lr_me_jabo.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T13:34:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 golcalves_lr_me_jabo.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Patógenos transmitidos por vetores artrópodes são mundialmente importantes, podendo causar enfermidades tanto no homen quanto nos animais. Recentemente, diversos estudos têm sido realizados a fim de elucidar o papel dos animais selvagens na epidemiologia desses patógenos. A identificação desses microrganismos, assim como dos seus vetores e hospedeiros, permite mapear áreas de ocorrência desses patógenos, auxiliando os órgãos competentes na elaboração de medidas de controle. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo detectar e caracterizar, por métodos moleculares, micoplasmas hemotróficos e bartonelas em amostras de baço de roedores selvagens e sinantrópicos distribuídos em cinco biomas brasileiros. Para tal, foram analisadas 500 amostras de roedores pertencentes a 51 espécies distribuídas em 13 estados. Dentre as 457 amostras de DNA positivas nos ensaios de PCR baseados nos genes Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] ou Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH], 100 (21,9%) mostraram-se positivas para Mycoplasma spp. por meio da cPCR baseada no gene 16S rRNA. A análise filogenética de 24 sequências do gene 16S rRNA mostrou a presença de dez diferentes clusters, todos agrupados dentro do grupo Mycoplasma haemofelis. O posicionamento filogenético associado com a baixa porcentagem de identidade entre as sequências amplificadas no presente estudo e aquelas previamente depositadas no Genbank sugere a circulação de novas espécies de hemoplasmas em roedores no Brasil. Por meio da qPCR, 117 (25,6%) amostras mostraram-se positivas para Bartonella sp. A análise de diversidade das sequências do gene gltA mostrou a presença de 15 haplótipos. A relação filogenética entre as sequências do gene gltA mostrou que a espécie de Bartonella detectada em roedores no Brasil é intimamente relacionada com Bartonella sp. denominada como grupo filogenético A detectada em roedores da Família Cricetidae na América do Norte, provavelmente formando uma única espécie ou um complexo de espécies. Por outro lado, as sequências amplificadas por meio de ensaios de cPCR adicionais, baseados nos genes ftsZ, groEL e pap-31, mostraram-se filogeneticamente próximas ao complexo Bartonella vinsonii. Por fim, as sequências de Bartonella amplificadas no presente estudo formaram um grupo monofilético e amplamente difundidas em sete diferentes espécies de roedores amostrados em três biomas. Tais achados sugerem uma provável dominância desse genótipo entre os roedores silvestres no Brasil. Copositividade para hemoplasmas e Bartonella sp. foi observada em 41 (9%) dos roedores amostrados. O presente estudo demonstrou, por meio de métodos moleculares, a ocorrência de micoplasmas hemotróficos e Bartonella sp. em roedores selvagens e sinantrópicos no Brasil. / Arthropod-borne pathogens are wordwide important, causing diseases in humans and animals. Recently, several studies have been performed in order to elucidate the role of wild animals in the epidemiology of these pathogens. The identification of these microorganisms, as well as their vectors and hosts, allow to map the areas of occurrence of these pathogens, helping competent agencies in the development of control measures. Therefore, the present study aimed to detect and characterize, using molecular methods, hemotrophic mycoplasmas and Bartonella in wild and sinantropic rodent spleen samples distributed in five Brazilian biomes. For this purpose, 500 rodent samples belonging to 51 species distributed in 13 states were analyzed. Among 457 DNA samples positive to PCR assays based on the Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] or Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH]) genes, 100 (21.9%) were positive to Mycoplasma spp. by cPCR based on 16S rRNA gene. The phylogenetic analysis of 24 sequences of the 16S rRNA gene showed the presence of ten different clusters, which grouped within the Mycoplasma haemofelis group. The phylogenetic position associated with the low percentage of identity between the sequences amplified in the present study and those previously deposited in Genbank suggest the circulation of new hemoplasmas species in rodents in Brazil. Additionally, 117 (25.6%) samples were positive to Bartonella sp. by qPCR. The diversity analysis of the gltA gene sequences showed the presence of 15 haplotypes. The phylogenetic relationships between the sequences of gltA gene showed that Bartonella species detected in rodents in Brazil is closely related to Bartonella sp. namely phylogenetic group A detected in the rodents belonging to Cricetidae family in North America, probably constituting only one species, or a complex of species. On the other hand, the amplified sequences by additional cPCR assays based on ftsZ, groEL and pap-31 genes were phylogenetically positioned to Bartonella vinsonii complex. Finally, the Bartonella sequences amplified in the present study formed a monophyletic and widespread group in seven different species of rodents sampled in three biomes. These findings suggest a probable dominance of this genotype among wild rodents in Brazil. Co-positivity was observed in 41 (9%) of rodents sampled. The presente study demonstrated using molecular methods, the occurrence of hemotrophic mycoplasmas and Bartonella sp. in wild and synanthropic rodents in Brazil.

Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T12:52:17Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto completo porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o texto completo deverá ser disponibilizado apenas 12 meses após a defesa. Caso opte pela disponibilização do texto completo apenas 12 meses após a defesa selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto parcial”. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Se optar por disponibilizar o texto completo de seu trabalho imediatamente selecione no campo “Data para a disponibilização do texto completo” a opção “Não se aplica (texto completo)”. Isso fará com que seu trabalho seja disponibilizado na íntegra no Repositório Institucional UNESP. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2017-04-18T12:59:21Z (GMT) / Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T13:10:19Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Embora novos genótipos de agentes Anaplasmataceae vêm sendo detectados em carnívoros selvagens, aves selvagens e cervídeos no Brasil, poucos são os estudos acerca da circulação destes patógenos em pequenos mamíferos em nosso território. O presente trabalho teve como objetivo investigar a presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma em roedores amostrados no Brasil. Entre 2000 e 2011, diferentes espécies de roedores [n = 60] foram capturadas em cinco biomas brasileiros. As amostras de baço de roedores foram submetidas a extração de DNA utilizando um kit comercial. A presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma foi investigada utilizando ensaios de PCR em tempo real e convencionais dirigidos a vários genes. Dentre as 458 amostras de baço de roedores testadas, 0,44% (2/458) mostraram-se positivas para Ehrlichia spp. e 2,40% (11/458) para Anaplasma spp., pelos ensaios de PCR em Tempo Real multiplex baseados no gene groESL. A quantificação média do número de cópias de um fragmento do gene groESL por microlitro variou de 1,071 x 102 a 2,808 x 102 cópias para Ehrlichia spp. e 1,123 x 100 a 1,310 x 102 para Anaplasma spp. Pelos ensaios de PCR convencional baseados no gene 16S rRNA, 1,09% (5/458) das amostras mostraram-se positivas para Ehrlichia sp. e 1,97% (9/458) para Anaplasma sp. Análises filogenéticas de máxima verossimilhança baseada em um fragmento de 546 pb do gene 16S rRNA posicionaram os genótipos de Anaplasma detectados em roedores próximos a A. phagocytophilum ou isolados de A. marginale e A. odocoilei. Por outro lado, os genótipos de Ehrlichia detectados em roedores amostrados mostraram-se intimamente relacionados com E. canis com base na análises filogenéticas de um fragmento de 358 pb do gene 16S rRNA. O presente estudo mostrou baixa ocorrência de Anaplasma e Ehrlichia em roedores no Brasil. / Although new genotypes of Anaplasmataceae agents have been detected in wild carnivores, wild birds and deer in Brazil, few reports have been done in order to assess the circulation of these pathogens in small mammals in our territory. The present work aimed to investigate the presence of Ehrlichia and Anaplasma in rodents sampled in Brazil. Between 2000 and 2011, different rodent species [n=60] were trapped in five Brazilian biomes. Rodents' spleen samples were submitted to DNA extraction using a commercial kit. The presence of Ehrlichia and Anaplasma DNA was investigated using real time and conventional PCR assays targeting several genes. Among 458 rodent tested spleen samples, 0.44% (2/458) were positive for Ehrlichia spp. and 2.40% (11/458) for Anaplasma spp., by a multiplex qPCR assay based on groESL gene. The mean quantification of the number of copies of 83pb groESL gene fragment per microliter ranged from 1,071 x 102 to 2,808 x 102 copies for Ehrlichia spp., and 1,123 x 100 to 1,310 x 102 for Anaplasma spp. Out of 458 samples tested, 1.09% (5/458) were positive for Ehrlichia sp. and 1.97% (9/458) for Anaplasma sp. by cPCR assays based on 16S rRNA gene. Maximum Likelihood phylogenetic analyse based on 546pb fragment of 16S rRNA gene positioned the Anaplasma genotypes detected in rodents near to A. phagocytophilum or A. marginale and A. odocoilei isolates. On the other hand, the Ehrlichia genotypes detected in sampled rodents were closely related to E. canis, according to the phylogenetic analyses based on 358pb 16S rRNA gene fragment. The present study showed a low occurrence of Anaplasma and Ehrlichia in rodents in Brazil. / CNPq: 133907/2015-5

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2016-03-23T17:53:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertacao_Fabio Correia Costa.pdf: 5363839 bytes, checksum: 5a61b945fc8ff2be76123636ab5e5fff (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-23T17:53:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertacao_Fabio Correia Costa.pdf: 5363839 bytes, checksum: 5a61b945fc8ff2be76123636ab5e5fff (MD5) Previous issue date: 2015-02-19 / CNPq / O presente trabalho tem como objetivo revisar o subgênero Malagoniella e buscar uma hipótese da monofilia do grupo, assim como do relacionamento filogenético entre suas espécies. O primeiro capítulo aborda a análise filogenética do subgênero, para a qual foi utilizado o programa TNT, versão 1.1. Dichotomius bicuspis foi o grupo externo terminal utilizado para o enraizamento das análises. Para a árvore gerada (min. length = 0) foram calculados os valores de índice de consistência (IC) e índice de retenção (IR), e, para verificar o apoio dos clados, uma análise de “Bremer”, e “Bootstrap” como indicador de conflito entre os caracteres foram realizados. O subgênero Malagoniella foi considerado monofilético, sustentado por duas sinapomorfias e consta, a partir dos resultados alcançados, de 11 espécies e subespécies. O segundo capítulo inclui a revisão do subgênero, incluindo as redescrições em Malagoniella (Malagoniella) e novo status taxonômico para este, assim, como para as espécies/subespécies. Além de dados de distribuição geográfica e descrição de um novo táxon, que até o momento, é endêmico para o território brasileiro. Ainda, foram incluídas chave de identificação e a designação de neótipo e novo status taxonômico para as subespécies de M. astyanax. / This study presents aims to review the subgenus Malagoniella (Malagoniella) and search a hypothesis about the monophyly of the group, as well as the phylogenetic relationships between yours species. The Chapter one explains about the phylogenetic analyze of subgenus, that was performed on TNT program version 1.1. Dichotomius bicuspis was the terminals outgroup used to rootedness the analyzes. The generated tree (min. length = 0), were calculated consistency index (CI) and retention index (RI). In order to verify the support of the clades, analysis of “Bremer”, and “Bootstrap”, as conflict indicator between characters were done. The subgenus Malagoniella was considered monophyletic, supported by two synapomorphies and included 11 species and subspecies from the results achieved. The Chapter two, includes a review the subgenus, including redescriptions of Malagoniella (Malagoniella) and new taxonomic status to species and subspecies. Furthermore, geographic distribution data and a description of new taxon. Until this moment, this taxon is endemic at Brazilian territory. Moreover, it was included a key to identification and neotype designation to M. astyanax.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:48:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo114_1.pdf: 2374682 bytes, checksum: 151ef8bbb23814741acb99c916c2e044 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / A compreensão dos vários mecanismos de defesa vegetal tornou-se uma área central nas pesquisas mundiais. Em plantas, uma primeira linha de defesa contra invasores inclui uma variedade de peptídeos antimicrobianos, tais como defensinas - uma classe de pequenos peptídeos básicos, ricos em cisteínas, distribuídos por todos os reinos. A crescente disponibilidade de genomas completos recentemente sequenciados, grandes quantidades de sequências expressas (ESTs Expressed Sequence Tags) e o desenvolvimento de tecnologias computacionais ofereceram vários recursos e algoritmos que possibilitaram a aplicação de abordagens baseadas em bioinformática para identificar potenciais peptídeos antimicrobianos. Assim, o presente trabalho visou ao desenvolvimento de uma rotina computacional para identificar e caracterizar prováveis defensinas nos genomas vegetais atualmente sequenciados. Tal rotina foi desenvolvida com base em programas de computadores gratuitos disponíveis pela internet, envolvendo a integração de dados provindos de sequências, reconhecimento de padrões e motivos conservados em proteínas, perfil diferencial de expressão, análise evolutiva e modelagem comparativa. Um exemplo da aplicabilidade dessa rotina foi demonstrado usando o genoma expresso da cana-de-açúcar, evidenciando a presença de 17 sequências de prováveis defensinas, evolutivamente relacionadas com peptídeos com atividade antifúngica descritos em outras espécies. Em cana-de-açúcar parecem existir seis grupos de defensinas envolvidas na defesa do organismo, cujos membros, apesar de bastante similares, apresentam um padrão de expressão tecidual específico. A resolução da estrutura tridimensional através de modelagem comparativa mostrou peptídeos globulares anfifilícos altamente compactos, estabilizados por quatro pontes de cisteínas. A rotina estabelecida se mostrou eficaz e potencialmente aplicável tanto às defensinas como a qualquer classe de peptídeos antimicrobianos. O presente trabalho incluiu também revisões sobre o estado de arte atual das pesquisas com defensinas vegetais, sua identificação e os principais bancos de dados que as compõem, revelando que a eficiência da estratégia utilizada em cana-de-açúcar, especialmente se integrada a dados oriundos de diversas fontes. Informações preliminares como as presentemente apresentadas são fundamentais para a escolha de moléculas com potencial antimicrobiano para o desenvolvimento de produtos farmacológicos