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Análise filogenética em Macrocephala (Tardigrada, Archaeotardigrada) / Phylogenetic Analysis of Macrocephala (Tardigrada, Archaeotardigrada)

Claudia Maria Leite Assunção 09 April 2002 (has links)
Foi realizado um estudo das relações filogenéticas de Stygarctidae e Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) seguindo-se os princípios e métodos henniguianos. Foram selecionados na literatura os caracteres morfológicos utilizados para os dois grupos: 61 caracteres (43 binários e 18 multiestado) para 17 táxons terminais, de Stygarctidae, ao nível de espécie, e 40 caracteres (31 binários e 9 multiestado) para 10 táxons superiores de Digitopoda. As análises manuais produziram cladogramas totalmente resolvidos com 101 passos evolutivos e índice de consistência 0,86 para Stygarctidae, e 79 passos evolutivos e índice de consistência 0,63 para Digitopoda. Também foram feitas análises numéricas, com o auxílio do programa Hennig 86, comparando-se os resultados destas com as análises manuais. O algoritmo utilizado foi o mhennig*. O consenso de duas árvores de Stygarctidae apresentou topologia idêntica à do cladograma supracitado, com 98 passos evolutivos, índice de consistência 0,77 e índice de retenção 0,82. No caso de Digitopoda, o consenso de duas árvores apresentou uma topologia radicalmente diferente do resultado manual, com 66 passos evolutivos, índice de consistência 0,68 e índice de retenção 0,63. Também foram analisados dois caracteres multiestado, cada um com duas condições apomórficas, para três táxons terminais (nível de espécie) de Orzeliscinae. Neste caso, o cladograma obtido apresentou quatro passos evolutivos e índice de consistência 1. Stygarctidae foi mantido como táxon monofilético, apresentando a seguinte topologia entre os seus gêneros: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda foi subdividido em dois táxons monofiléticos, apresentando a seguinte topologia: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae não é monofilético e Halechiniscinae é um táxon mais restrito, que inclui apenas Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae é redefinido de forma a incluir Paradoxipus, grupo-irmão de Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae inclui também Archechiniscus. Archechiniscinae não é válido. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae e Megastygarctidinae foram eliminados do sistema de Tardigrada / Relationships among the subgroups of Stygarctidae and Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) were invetigated according to hennigian principles and methods. Morphological characters were selected from the literature for these two groups: 61 characters (43 binary and 18 multistate) for 17 species of Stygarctidae and 40 characters (31 binary and 9 multistate) for 10 major groups of Digitopoda. Manual analysis produced fully resolved cladograms with 101 evolutionary steps and consistency index = 0,86 for Stygarctidae, and 79 evolutionary steps and consistency index = 0,63 for Digitopoda. Numerical analysis were done using the software Hennig 86, for comparison with manual analysis. The algoritm mhennig* was used. The consensus tree of two Stygarctidae trees showed identical topology with the manual cladogram, with 98 evolutionary steps, consistency index = 0,77 and retention index = 0,82. The consensus tree of two Digitopoda trees showed a complete different topology from the manual cladogram, with 66 evolutionary steps, consistency index = 0,68 and retention index = 0,63. There were also analysed two multistate characters, each one with two apomorphic conditions, for three Orzeliscinae species. In this case, another fully resolved cladogram with four evolutionary steps and consistency index = 1 was obtained. Stygarctidae was maintained as a monophyletic taxon, showing the following system for its genera: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda, branched into two monophyleitc taxa, showed the following system: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae is not a monophyletic taxon and Halechiniscinae is a more inclusive taxon comprising only Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae includes Paradoxipus, the sistergroup of Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae is monophyletic with the inclusion of Archechiniscus. Archechiniscinae is not valid. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae and Megastygarctidinae are not supported in the system of the Tardigrada
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Análise in silico da HSP83 de Leishmania chagasi : implicações para antigenicidade e evolução

Kelle de Araújo Barbosa, Pedranne January 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6314_1.pdf: 1402240 bytes, checksum: 3a6b521eb7d3cff5b8fb4e3b2347a3ec (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Protozoários flagelados do gênero Leishmania são transmitidos para mamíferos através da picada de insetos flebotomíneos e são os agentes etiológicos das quatro formas clínicas de leishmanioses: leishmaniose visceral que é fatal quando não tratada, leishmaniose mucocutânea, leishmaniose cutânea e a leishmaniose cutânea difusa. A leishmaniose visceral é comum em países em desenvolvimento, com uma estimativa de 500.000 novos casos a cada ano. A Leishmania chagasi é o agente etiológico da leishmaniose visceral nas Américas e outras espécies são responsáveis pela forma visceral da doença no Velho Mundo. Devido sua importância, o desenvolvimento de drogas e vacinas usando antígenos do parasito têm sido o alvo de muitos estudos. Entre os maiores antígenos do parasito estão as proteínas de choque térmico (HSP), a maior classe de proteínas conservadas, classificadas como chaperonas. Elas são essenciais no controle do ciclo celular e estão envolvidas na assistência ao dobramento e prevenção de reações irreversíveis tais como agregações inespecificas de proteíans celulares. As HSP possuem um papel importante com agente imunoregulatório com potente uso terapeutico; ademais elas foram identificadas como os maiores imunógenos em várias doenças infecciosas e que estimulam uma resposta específica protetora. A HSP83, ortóloga a HSP90 de mamíferos, é uma das proteínas de Leishmania mais abundantes e é reconhecida pela resposta imune humoral e celular em humanos e em cães com leishmaniose visceral. Neste estudo, baseado em alinhamentos, a estrutura primária da HSP83 de Leishmania chagasi foi comparada a HSP90 de outros organismos, para investigação de suas relações filogenéticas. Quando a seqüência de aminoácidos foi alinhada às seqüências depositadas no banco de genes públicos, ficou evidente que a proteína é extremamente conservada mesmo em organismos pertencentes a diferentes reinos. Quando a seqüência codificante foi comparada, foi possível mapear rigorosamente os exons do gene humano, exceto pela presença de três gaps. O primeiro gap corresponde a uma alça flexível entre duas folhas beta, o segundo tem 57aa (o maior gap), compreende o domínio N-terminal correspondendo ao sítio de ligação de ATP e o último gap, que corresponde também a uma alça flexível entre o domínio central e o domínio carboxi. O aumento da divergência na seqüência é coincidente com as regiões equivalentes as junções dos exons na proteína ortóloga de mamíferos. Nossos resultados sugerem que o gene da HSP83 dos organismos ancestrais aos Kinetoplastida tinha introns, e que foram perdidos durante a evolução.
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Caracterização, transmissão, reação de cultivares e sensibilidade a fungicidas de Colletotrichum plurivorum associado à antracnose da soja / Characterization, transmission, reaction of cultivars and sensitivity to fungicide of Colletotrichum plurivorum associated with soybean anthracnose

Castro, Renata Rebellato Linhares de 01 February 2019 (has links)
A cultura da soja tem grande importância na segurança alimentar mundial, sendo o Brasil o segundo maior produtor do grão. Dentre os fatores que afetam a produção da cultura, as doenças se destacam e uma das principais é a antracnose. Diferentes espécies de Colletotrichum têm sido relacionadas à antracnose da soja, como C. truncatum, geralmente reportado como o principal agente causal da doença, e o C. plurivorum, anteriormente nomeado C. cliviae, uma espécie recentemente descrita e associada ao patossistema. Desta forma, objetivou-se caracterizar de forma filogenética, morfológica e cultural a espécie C. plurivorum comparando-a com C. truncatum; comparar a agressividade e a capacidade de transmissão semente-planta e planta-semente entre C. plurivorum e C. truncatum na cultura da soja; testar a reação de diferentes cultivares de soja a C. plurivorum; e verificar a sensibilidade in vitro de C. plurivorum a fungicidas registrados no Brasil para controle da doença. Baseado na análise filogenética Bayesiana, os isolados anteriormente chamados de C. cliviae foram reclassificados como C. plurivorum, agrupando-se juntamente com novos isolados de coletas recentes. Um isolado foi classificado como C. musicola, primeiro relato desta espécie isolada de planta sintomática de soja. Os isolados de C. plurivorum apresentaram taxas de crescimento micelial maior do que os de C. truncatum, enquanto que a esporulação dos isolados da segunda espécie foi superior aos da primeira. No teste de comparação de agressividade, o isolado de C. truncatum se mostrou mais agressivo do que os isolados de C. plurivorum à cultivar AMS Tibagi, após inoculações com suspensões de esporos no estágio de crescimento V2-V3. No teste de transmissão semente-planta, as taxas de transmissão de C. plurivorum e de C. truncatum da semente para a planta variaram entre 37% e 79%. Não foi observada transmissão dos patógenos para os grãos em teste de sanidade quando as plantas foram inoculadas nos estágios R2 e R5, além de não afetarem a produção de vagens e grãos. No teste de reação de cultivares de soja a C. plurivorum, a AMS Tibagi foi a que apresentou maior resistência, enquanto que as demais cultivares avaliadas foram afetadas significativamente nos parâmetros de qualidade fisiológica avaliados. Nas avaliações de sensibilidade a fungicidas, isolados de C. plurivorum e C. musicola, apresentaram insensibilidade, baixa ou média sensibilidade aos fungicidas trifloxistrobina e piraclostrobina. Para esses mesmos fungicidas, os isolados de C. truncatum e C. sojae foram classificados como altamente sensíveis (CE50 menor que 1 µg mL-1). Os isolados de C. plurivorum e C. musicola apresentaram a mutação E198A no gene da beta-tubulina, que confere resistência ao tiofanato-metílico, enquanto que os isolados de C. truncatum foram considerados altamente sensíveis ao produto e não apresentaram a mutação no gene analisado. Isolados de C. plurivorum e de C. truncatum, avaliados no teste de inibição do crescimento micelial, foram considerados altamente sensíveis aos fungicidas difenoconazol e fludioxonil. Identificar e conhecer as características das espécies Colletotrichum que afetam uma das principais commodities do Brasil é fundamental para entender a epidemiologia da doença e obter sucesso no desenvolvimento de estratégias de controle mais eficientes. / Soybean cultivation has great importance in world food security with Brazil being the second largest grain producer. Among the factors that affect crop production, diseases stand out and one of the main ones is anthracnose. Different species of Colletotrichum have been related to soybean anthracnose, such as C. truncatum, generally reported as the main causal agent of the disease, and C. plurivorum, previously named C. cliviae and a recently described pathosystem associated species. The aim of this work was to characterize in a phylogenetic, morphological and cultural way the species C. plurivorum comparing it with C. truncatum; to compare the aggressiveness and seed-plant and plant-seed transmission capacity between C. plurivorum and C. truncatum in soybean cultivation; to test the reaction of different soybean cultivars to C. plurivorum; and to verify C. plurivorum in vitro sensitivity to fungicides registered in Brazil for disease control. Based on Bayesian phylogenetic analysis, the strains previously called C. cliviae were reclassified as C. plurivorum, grouped together with new strains from recent collections. One strain was classified as C. musicola, the first report of this species on soybean symptomatic plant. The C. plurivorum strains had higher mycelial growth rates than those of C. truncatum, whereas the sporulation of the second species was superior. C. truncatum was more aggressive than C. plurivorum to the AMS Tibagi cultivar after inoculations with spore suspensions at the V2-V3 growth stage. In the seed-plant transmission test, C. plurivorum and C. truncatum transmission rates from the seed to the plant varied between 37% and 79%. Transmission of the pathogens to the grains was not observed when the plants were inoculated in stages R2 and R5, besides not affecting the production of pods and grains. Among the tested cultivars, \'AMS Tibagi\'showed the highest resistance to C. plurivorum, while the other cultivars were significantly affected in the physiological quality parameters. C. plurivorum and C. musicola strains showed insensitivity, low or medium sensitivity to trifloxystrobin and pyraclostrobin fungicides. For these same fungicides, C. truncatum and C. sojae strains were classified as highly sensitive (EC50 less than 1 µg mL-1). C. plurivorum and C. musicola strains showed the E198A mutation in the beta-tubulin gene, which confers resistance to thiophanate-methyl, whereas C. truncatum strains were considered highly sensitive to this fungicide and did not present the mutation in the beta-tubulin gene. C. plurivorum and C. truncatum strains were considered highly sensitive to difenoconazol and fludioxonil fungicides. Identifying and knowing the characteristics of the Colletotrichum species that affect one of the main commodities in Brazil is fundamental to understand the epidemiology of the disease and to succeed in the development of more efficient control strategies.
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Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009 / Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009

Garcia, Andrea Isabel Estevez 14 August 2013 (has links)
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.
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Revisão da família Baurusuchidae e seu posicionamento filogenético dentro do clado Mesoeucrocodylia / Revision of the Baurusuchidae family and its phylogenetic affinities within Mesoeucrocodylia

Nascimento, Paulo Miranda 26 May 2014 (has links)
A família Baurusuchidae é composta por crocodiliformes de médio porte do Cretáceo Superior da América do Sul, que apresentam oreinirrostria e dentição zifodonte, e outras características muito peculiares, como por exemplo: ectopterigóide fazendo parte da borda das coanas; redução drástica da fórmula dentária pra menos de seis dentes maxilares e menos de onze dentes mandibulares; uma depressão semicircular na lateral do quadrado; frontal dorsalmente deprimido em relação aos pré-frontais e parietal; contato entre nasal e frontal quase ausente; nasais fusionados posteriormente. Nas filogenias presentes na literatura, sua posição dentro de Mesoeucrocodylia costuma ser como grupo-irmão de Sebecus ou outros sebecídeos, e geralmente é incluída na irradiação notossúquia. A descrição de novas espécies de baurussuquídeos nos últimos anos deixou o gênero Baurusuchus sem uma definição precisa, uma vez que suas diagnoses originais agora se confundem com as da família como um todo. Neste trabalho foi feita a redescrição anatômica craniana da família Baurusuchidae, bem como uma análise filogenética através de uma matriz de 386 caracteres contendo 81 táxons, entre eles todos os baurussuquídeos conhecidos até o momento. Esta análise encontrou Baurusuchidae como um clado monofilético, fortemente sustentado por quatorze sinapomorfias, e o clado Bergisuchidae como seu grupo-irmão, ambos inseridos dentro de um clado Sebecosuchia mais inclusivo. Sebecosuchia, junto com Mahajangasuchidae e Peirosauridae, formaram um clado inédito na literatura, que aqui foi chamado de Oreinirostra. O gênero Baurusuchus mostrou-se monofilético, e se diferencia dos demais gêneros da família basicamente pela sua estrutura coanal, sem pneumatizações dos elementos ou fossas paracoanais acessórias, além de ter uma delgada parede posterior no teto do crânio, apresentar a sutura entre pós-orbital e esquamosal anteriormente convexa, e as aberturas laterais de Eustáquio menores que a abertura medial / Baurusuchidae is a family of mid-sized crocodyliforms from the Upper Cretaceous of South America that present oreinirostry, ziphodont dentition and several peculiar features as, for example: ectopterygoids taking part of the edge of the internal naris; drastic reduction of the dentary formula to less than six maxillary teeth and less than eleven mandibular teeth; a semicircular depression in the lateral surface of quadrate; dorsally depressed frontal in relation to prefrontals and parietal; contact between frontal and nasals almost absent or absent; nasals posteriorly fused. In the previously published phylogenetic trees for the group, Baurusuchidae is always nested within Mesoeucrocodylia, and commonly appears as sister group of Sebecus or other sebecids, also usually included in the notosuchian irradiation. The description of new baurusuchid species in the last few years has caused the Baurusuchus genus to lack a precise definition, since its original diagnosis can be used for the family as a whole. This work presents an anatomical cranial redescription of the Baurusuchidae family, as well as a phylogenetic analysis constructed based on a dataset of 386 characters and 81 taxa, with all known baurusuchids among them. The present analysis found a monophyletic Baurusuchidae clade, strongly supported by fourteen synapomorphies, and a Bergisuchidae clade as its sister group, both within a more inclusive clade Sebecosuchia. Sebecosuchia, Mahajangasuchidae and Peirosauridae formed together a new clade, named as Oreinirostra. The Baurusuchus genus appeared as monophyletic, and it differs from the other genera of Baurusuchidae primarily for its choanal structure, that lacks a pneumatization of its elements and accessories parachoanal fossae. It also has a thin wall in the skull roof posterior to the supratemporal fenestrae, an anteriorly convex suture between the postorbital and the squamosal elements, and lateral Eustachian openings smaller than the medial ones
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Identificação de sequências gênicas de Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5) em tecidos tumorais caracterizados histologicamente e secreções de Chelonia mydas capturadas no litoral norte do Estado de São Paulo no período de 2001 a 2012. / dentification of Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5) gene sequences in tumor tissues histologically characterized and secretions from green turtles Chelonia mydas captured off the coast of São Paulo State in the period 2001-2012.

Monezi, Telma Alves 30 September 2016 (has links)
A fibropapilomatose é uma neoplasia caracterizada pela formação de múltiplos tumores que acomete, mais frequentemente, a espécie de tartaruga marinha Chelonia mydas. Estudos recentes apontam o Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) como o provável agente etiológico dessa doença, embora a associação com ambientes antropogenicamente alterados parecem contribuir para o desenvolvimento da doença. Nesse estudo, biópsias de tumores e secreções de tartarugas verdes capturadas no litoral do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a análises histológicas e moleculares visando detectar e caracterizar ChHV5. Em 45,5 % dos casos, os achados histopatológicos revelaram células epiteliais balonizantes com corpúsculos de inclusão intranucleares. ChHV5 foram detectados nas biópsias de pele e oculares dos animais e em secreções oculares e saliva por PCR. A análise das sequências parciais do gene da polimerase do ChHV5 detectadas revelou duas sequências gênicas distintas entre si. A análise filogenética indicou que as amostras brasileiras são similares às amostras de ChHV5 do grupo filogeográfico do Atlântico, compartilhando o mesmo clado que amostras provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico, sugerindo um possível fluxo dos vírus entre essas três regiões. / Fibropapillomatosis is a neoplastic disease characterized by the formation of multiple tumors affecting different species of sea turtles and, most often, Chelonia mydas. Recent studies indicate that Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) is the etiological agent of this disease, though its association with anthropogenically altered environments also appears to contribute to disease expression and tumor formation. In this study, tumor biopsy and secretions from green turtles captured off the coast of São Paulo State, Brazil, were used in histological and molecular analyses to detect and characterize ChHV5. In 45.5 % of cases, the tumor histopathological findings revealed ballooning degeneration with intranuclear inclusion bodies. ChHV5 was detected using polymerase chain reaction on the animals skin, ocular tumor biopsies, and ocular and oral secretions. The analysis of the detected ChHV5 sequences revealed two distinct genetic sequences together. Phylogenetic analysis indicated that Brazilian samples were similar to ChHV5 samples described for the Atlantic phylogeographic group and are therefore part of the same clade as the Gulf of Guinea and Puerto Rico samples. This similarity suggests a possible flow of the virus between these three regions.
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Análise cladística e revisão de Heliura Butler, com notas sobre Delphyre Walker e Eucereon Hübner (Lepidoptera, Erebidae, Arctiinae, Arctiini, Ctenuchina) / Cladistic analysis and revision of Heliura Butler, with notes on Delphyre Walker and Eucereon Hübner (Lepidoptera, Erebidae, Arctiinae, Arctiini, Ctenuchina)

Pinheiro, Lívia Rodrigues 14 January 2014 (has links)
O gênero Heliura Butler contava, no início deste trabalho, com 53 nomes e 40 espécies válidas. Foi realizada uma análise cladística com o intuito de testar o monofiletismo do gênero e construir uma hipótese de relações filogenéticas entre suas espécies. A análise mostrou que o conceito prévio de Heliura era polifilético, o que também se revelou verdadeiro para todos os gêneros estudados que tiveram mais de uma espécie incluída nas análises. Este gênero, como aqui redefinido, é composto por 66 espécies no sensu stricto, dentre as quais 16 são espécies novas, e 76 no sensu lato (incluindo as espécies incertae sedis). Tal rearranjo conta com dois novos sinônimos para Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. Todas as espécies que pertencem a Heliura no senso revisado foram redescritas e ilustradas, e tiveram sua distribuição geográfica mapeada. As demais foram realocadas de acordo com o que foi possível apurar a respeito de suas relações filogenéticas. Dentre as que foram realocadas com sucesso, estão Eucereon baleris Dyar, comb. nov. e Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Dois gêneros novos são criados para realocar outras espécies que não pertencem a Heliura: Bus, gen. nov. e Dus, gen. nov. Entretanto, não foi possível realocar todas elas, de modo que as demais receberam o status de incertae sedis. Onze novos sinônimos foram descobertos: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudaethria cessogae Schaus (= Heliura cosmosomodes Dognin), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspícua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (estes três = Chelonia punctata Guérin-Meneville) e Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Outras duas espécies também tratadas aqui em Heliura, H. pierus Cramer e H. dares Cramer, são declaradas species inquirendae. Heliura distincta Rothschild passa a ser conhecida como Heliura rothschildi nom. nov., uma vez que ,Teucer distincta Rothschild, um ano mais antiga, também passa a fazer parte de Heliura. A combinação nova Heliura elongata (Schaus), comb. nov. é mais antiga que H. elongata Rothschild, e, portanto, este último nome passa a ser conhecido como H. umbrimaculodes nom. nov. São apresentadas notas sobre Delphyre Walker e Eucereon Hübner, com a revalidação de alguns de seus sinônimos (Neacerea Druce, gen. revalid. e Erithales Poey, gen. revalid.), além da criação de um gênero novo, Aus, gen. nov., para algumas espécies previamente alocadas em Delphyre. As identidades de Eucereon archias e E. punctatum são discutidas à luz de novas descobertas. Novas combinações são propostas em Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner e Rhipha Walker. Outras duas espécies novas são descritas, em Delphyre e Erithales. Lectótipos foram designados quando apropriado para todos os nomes descritos ou presumivelmente descritos a partir de mais de um espécime / The genus Heliura Butler had 53 names and 40 valid species at the beginning of this study. A cladistic analysis was performed to test its monophyletism, which results showed that it is polyphyletic, as well as all other genera included in the analysis and represented by more than one taxon. Heliura, as defined here, comprises 66 species in its sensu stricto, 16 of which are new, and 76 in its sensu lato (which includes incertae sedis species). This arrangement counts with two new synonyms for Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. All the species belonging to Heliura in the sense here defended were redescribed, illustrated and mapped. The other ones were rearranged according to the results obtained at the analysis. Among those successfully placed in genera already described are Eucereon baleris Dyar, comb. nov. and Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Two new genera were created to place other species that do not belong in Heliura: Bus, gen. nov. and Dusi, gen. nov. However, it was not possible to place confidently all the species that do not belong in Heliura, and those which phylogenetic positions remain a mistery were given the status of incertae sedis. Eleven new synonyms were discovered: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspicua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (these three = Chelonia punctata Guérin-Meneville), and Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Two other species here treated in Heliura were declared species inquirendae: H. Pierus Cramer and H. Dares Cramer. Heliura distinct Rothschild received a new name, Heliura rothschildi, nom. nov., because Teucer distinct Rothschild, which is one year older, is now also part of Heliura. At last, notes on Delphyre Walker and Eucereon Hübner are provided, with the revalidation of some of its synonyms (Neacerea Druce, gen. revalid. and Erithales Poey, gen. revalid.), plus the creation of a new genus, Aus, gen. nov., for some species previously placed in Delphyre. The identities of Eucereon archias and E. Punctatum are discussed based on new evidence. New combinations are proposed in Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner, and <i.Rhipha Walker. Two other new species are described, in Delphyre and Erithales. Lectotypes were designated when appropriated for all names described or supposedly described from more than one specimen
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Caracterização molecular e análise filogenética de Dengue virus 1 isolado em Alfenas, Minas Gerais

FAGUNDES, Luís Gustavo da Silva 17 January 2014 (has links)
A dengue é uma arbovirose transmitida ao ser humano, através da picada de fêmeas do mosquito Aedes aegypti infectadas. A doença é endêmica em 112 países da África, das Américas, do Mediterrâneo, do Sudeste Asiático e do Pacífico Oeste. Conforme Estimativas da Organização Mundial de Saúde, 40% da população mundial vive em áreas de risco para dengue. A caracterização molecular contribui para compreender e acompanhar a diversidade genética do Dengue virus, assim como, a variabilidade da virulência dos isolados virais circulantes. Em Minas Gerais, circulam os quatro sorotipos do Dengue virus, porém poucos estudos vêm sendo realizados sobre sua dinâmica populacional. O isolado BR/Alfenas/2012, analisado neste estudo, foi obtido a partir da amostra de soro de um paciente com febre hemorrágica da dengue. A região codificadora da proteína E e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e utilizadas nos estudos filogenéticos. As análises agruparam este isolado no genótipo V, linhagem L1, próxima a isolados provenientes do Rio de Janeiro, do Norte do Brasil e outros isolados da Venezuela e Colômbia. A análise filogeográfica forneceu evidências que o isolado BR/Alfenas/2012 é descendente direto de amostras do Rio de Janeiro de 2010 e 2011, tendo como ancestral comum o isolado DENV-1/VE/BID-V2468/2008, proveniente da Venezuela. A análise da região codificadora da proteína E, mostrou que o isolado BR/Alfenas/2012 apresenta uma diferença de 14 bases em relação aos outros isolados presentes no mesmo genótipo e linhagem, gerando desta forma, mutações sinônimas e não-sinônimas. Para caracterizar o potencial virulento desta amostra, camundongos Swiss foram infectados por via intraperitoneal com 1 x 104 unidades formadoras de placas. Sete dias pós-infecção os animais foram sacrificados e o fígado retirado para estudo histopatológico, onde os animais infectados apresentaram infiltrados inflamatórios, esteatose hepática, além de edema, hemorragia e pontos de necrose focais. Este é o primeiro relato do isolamento de DENV-1, no Sul do estado de Minas Gerais, o que possibilita iniciar uma inferência sobre a distribuição genética e diversidade desse vírus, nesta região. / Dengue virus is an arbovirus transmitted to humans through the bite of infected female Aedes aegypti mosquitoes. The disease is endemic in 112 countries in Africa, Americas, Mediterranean, South East Asia and Western Pacific. The World Health Organization estimates that 40% of the world population lives in areas at risk for dengue. Molecular characterization helps to understand and monitor the genetic diversity of DENV, as well as the variability in virulence of circulating viral isolated. The four serotypes of DENV circulate in Minas Gerais state, however few studies have been conducted about the population dynamics of DENV in this state. The isolate BR/Alfenas/2012 analyzed in this study was obtained from the serum sample from a patient with dengue hemorrhagic fever. The coding region of the E and NS5 protein were amplified by RT-PCR and used in phylogenetic studies. The analysis grouped this isolate in genotype V, line L1, getting very close to isolates from Rio de Janeiro, Brazil's North and other isolated from Venezuela and Colombia. The phylogeographic analysis provided evidence that the isolated BR/Alfenas/2012 is a direct descendant of samples from Rio de Janeiro in 2010 and 2011, and the common ancestor isolated DENV-1/VE/BID-V2468/2008, from Venezuela. Analysis of the coding region of the E protein showed that the isolated BR/Alfenas/2012 differ from 14 to other isolates from the same genotype and lineage, thereby generating mutations synonymous and non-synonymous. To characterize the virulent potential of this isolate, Swiss mice were infected with 1 x 104 plaque forming units. Seven days after infection, the animals were sacrified and the liver removed for histopathological analysis. The liver of infected animals showed a presence of inflammatory cells, steatosis and also focal points of edhema, hemorrhage and necrosis. This is the first report of the isolation of DENV-1, in the south of Minas Gerais, which allowed starting an inference about the distribution and genetic diversity of the virus.
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Análise da diversidade da microbiota fecal de lactentes durante o primeiro ano de vida utilizando biblioteca 16S RNA / Analysis of the diversity of fecal microbiota of infants during the first year living library using 16S RNA

Oliveira, Fernanda Filomena de 28 March 2011 (has links)
A microbiota intestinal humana desempenha papel essencial no organismo saudável, pois sintetiza vitaminas, influencia no desenvolvimento e maturação do sistema imune da mucosa intestinal, além de exercer importante função protetora, competindo por nutrientes e receptores com bactérias patogênicas. A colonização desta microbiota se inicia na criança recém-nascida e alcança estabilidade em torno do segundo ano de vida, com consequência para a saúde da criança e do adulto. As diferenças na composição da microbiota estão relacionadas a diferentes níveis de contaminação ambiental e de diferentes fatores endógenos. O objetivo do nosso estudo foi analisar a microbiota fecal de crianças com idade entre 2 dias a 1 ano de idade, que vivem em baixas condições socioeconômicas em São Paulo, Brasil. Foram coletadas amostras de fezes de crianças saudáveis, nos seguintes pontos pós-nascimento: 2º e 7º dias, 1 mês, 3 meses, 6 meses e 1 ano de vida. O DNA bacteriano foi extraído diretamente a partir das amostras de fezes e as bibliotecas 16S rRNA foram construídas utilizando 2 iniciadores bactéria-específicos. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em bibliotecas de gene 16S rRNA. Os principais grupos filogenéticos identificados foram Escherichia, Clostridium, Streptococcus e Bacteroides, do 1º ao 30º dia de vida. A partir do 3º mês, Streptococcus e bactérias não cultiváveis, além do gênero Escherichia, ganharam relevância na microbiota. Estes dados, em conjunto com as informações nutricionais, intercorrências clínicas e ambientais, sugerem a influência da contaminação ambiental e interpessoal no aumento da complexidade na composição da microbiota fecal. Essa abordagem molecular permitiu a análise da microbiota fecal do grupo selecionado, encontrando perfil bacteriano diferente do que é descrito nos países desenvolvidos. / The human intestinal microbiota plays essential role in healthy body since it synthesizes vitamins, influences on the development and maturation of the immune system of the intestinal mucosa. Furthermore, it also plays an important protective function competing for nutrients and receptors with pathogenic bacteria. The colonization of this microbiota starts in the newborn child and achieves stability around the second year of life, with consequence for the health of children and adults. The differences in the microbiota composition are related to different levels of environmental contamination and different endogenous factors. The aim of our study was to analyze the fecal microbiota of children ranging from 2º days to 1º year old living in low socioeconomic status in São Paulo, Brazil. We collected fecal samples of healthy children at the following points after birth: 2º e 7º days, 1 month, 3 months, 6 months and one year of life. Bacterial DNA was extracted directly from stool samples, and the 16S rRNA libraries were made using 2 bacterium-specific primers. The clones were randomly selected, and partially sequenced and analyzed based on 16S rRNA libraries. The main phylogenetic groups identified were Escherichia, Clostridium, Streptococcus, Bacteroides ranging from the 1º to 30º days of life. From the third month Streptococcus and uncultured bacteria, and, besides, Escherichia gender gained relevance in the microbiota. These data together with nutritional information, environmental and clinical intercurrents suggest the influence of interpersonal and environmental contamination in the increase of complexity in fecal microbiota composition. This molecular approach allowed the fecal microbiota analysis. This bacterial profile is different from described in developed countries.
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Análise filogenética e biogeográfica do gênero Rhopalurus Thorell, 1876 (Arachnida: Scorpiones: Buthidae) / Phylogenetic and biogeographic analyses of the genus Rhopalurus Thorell, 1876 (Arachnida: Scorpiones: Buthidae)

Yamaguti, Humberto Yoji 04 April 2011 (has links)
Uma hipótese de relacionamento e proposta para o gênero Rhopalurus Thorell, 1876 (Scorpiones: Buthidae). O gênero possui 19 espécies e duas subespécies validas, e e diagnosticado principalmente pela presença de aparelho estridulatorio e dilatação dos segmentos do metassoma. O monofiletismo de Rhopalurus nunca foi testado com uma analise filogenetica, e nem a validade desses caracteres para suportar o gênero. A análise foi feita com 14 spp de Rhopalurus e 17 spp de outros seis gêneros de Buthidae. Utilizamos cinco regiões gênicas (18S, 28S, 12S, 16S e COI) e 86 caracteres morfológicos em uma analise de evidencia total, através de parcimônia com otimização direta. O gênero Rhopalurus e parafiletico e dividido em quatro gêneros aqui descritos: Rhopalurus, Heteroctenus (revalidado), gên. nov. A e gên, nov. B. Sinonimias: R. amazonicus e R. crassicauda paruensis com R. crassicauda, R. virkkii com H. abudi, R. acromelas com gên. nov. B agamemnon, R. pintoi kourouensis com gên. nov. B pintoi. Alguns dos gêneros sul-americanos (Rhopalurus, Physoctonus e gên. nov. B) relacionam o nordeste brasileiro com o norte da America do Sul, e os padrões encontrados sugerem um cenário de especiações alopatricas nesses gêneros. Os padrões de Heteroctenus sugerem dispersão da America do Norte para as Grandes Antilhas, com eventos de especiação posteriores em cada ilha. Também discutimos uma possível estruturação populacional de gên. nov. B rochae. A presença do aparelho estridulatorio não agrupa as antigas espécies do gênero. Alem disso, um estudo detalhado mostra que existem três tipos morfológicos distintos. Com base na filogenia obtida, relacionamos cada um desses tipos com os gêneros onde eles ocorrem (Rhopalurus, Heteroctenus e gên. nov. B). / A relationship hypothesis is proposed for the genus Rhopalurus Thorell, 1876 (Scorpiones: Buthidae). The genus has 19 valid species and two valid subspecies, and is diagnosed mainly by the presence of an stridulatory apparatus and by the expansion of the metassomal segments. The monophyly of Rhopalurus was never tested within a phylogenetic analysis, neither was the useness of those characters to support the genus. The analysis was made with 14 spp of Rhopalurus and 17 spp from other six Buthidae genera. We have used five genes (18S, 28S, 12S, 16S, and COI) and 86 morphological characters in a total evidence analysis, through parsimony and direct optimization. The genus Rhopalurus is paraphyletic and divided in four genera, here described: Rhopalurus, Heteroctenus (revalidation), gên. nov. A, and gên, nov. B. Synonymies: R. amazonicus and R. crassicauda paruensis with R. crassicauda, R. virkkii with H. abudi, R. acromelas with gên. nov. B agamemnon, R. pintoi kourouensis with gên. nov. B pintoi. Some of the South American genera (Rhopalurus, Physoctonus, and gên. nov. B) relate the Brazilian northeast with the north of South America, and the found patterns suggest allopatric speciation within these genera. The Heteroctenus patterns suggest dispersion from North America to the Greater Antilles, with later speciation events in each island. We also discuss a putative populational structure of gên. nov. B rochae. The presence of the stridulatory apparatus doesn\'t gather the former species of the genus. Furthermore, a detailed study reveals the existence of three different morphological types. Based on the obtained phylogeny, we related each one of these types with the genera where they occur (Rhopalurus, Heteroctenus, and gên. nov. B).

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