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Montagem de um pseudo-hantavírus quimera, contendo a nucleoproteína do vírus Araraquara e as glicoproteínas do vírus Andes, em sistema baculovírus / Assembly of a chimeric hantavirus-like particle, containing the Araraquara nucleoprotein and the Andes glycoproteins, expressed in baculovirus system

Yeda, Fernanda Perez 22 February 2010 (has links)
Os hantavírus, membros da família Bunyaviridae, são os agentes infecciosos responsáveis pela Febre Hemorrágica com Síndrome Renal e pela Síndrome Cardiopulmonar por Hantavírus. São vírus com genoma constituído por três segmentos de RNA fita simples, de polaridade negativa, designados como S, M e L, que codificam, respectivamente, a nucleoproteína, as glicoproteínas G1 e G2 e a RNA polimerase dependente de RNA. Com o objetivo de estudar a montagem de pseudopartículas quiméricas de hantavírus, a proteína N do vírus Araraquara e as glicoproteínas G1 e G2 do vírus Andes foram expressas em sistema baculovírus. A microscopia confocal mostrou a colocalização das proteínas G1 e G2 com a proteína N. Pelos ensaios de imunoprecipitação e de centrifugação em gradiente de sacarose, foi observada a interação entre as proteínas N, G1 e G2. Nas análises por microscopia eletrônica de transmissão foi observada a montagem do pseudo-hantavírus quimera, com morfologia semelhante ao do vírion. O pseudo-hantavírus quimera obtido neste estudo poderá, no futuro, ser utilizado em estudos imunológicos, estruturais e morfológicos. / Hantaviruses, members of the Bunyaviridae family, are the infectious agents responsible for Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome and the Hantavirus Cardiopulmonary Syndrome. The viral genome is composed by three segments of single-stranded negative-sense RNA, designated as S, M and L, which encode, respectively, the nucleoprotein, the G1 and G2 glycoproteins, and the RNA-dependent RNA polymerase. In order to study the assembly of a chimeric hantavirus-like particle, the Araraquara nucleoprotein and the Andes glycoproteins were expressed in a baculovirus system. Confocal microscopy showed the colocalization of G1 and G2 proteins with the N protein. Immunoprecipitation assay and sucrose density gradient showed the interaction among N, G1 and G2 proteins. The transmission electron microscopy showed the hantavirus-like particle with the same morphology of the virion. The chimeric hantavirus-like particle produced in this study could be used, in the future, in immunological, structural and morphological studies.
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Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009 / Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009

Garcia, Andrea Isabel Estevez 14 August 2013 (has links)
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.
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Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009 / Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009

Andrea Isabel Estevez Garcia 14 August 2013 (has links)
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.
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Montagem de um pseudo-hantavírus quimera, contendo a nucleoproteína do vírus Araraquara e as glicoproteínas do vírus Andes, em sistema baculovírus / Assembly of a chimeric hantavirus-like particle, containing the Araraquara nucleoprotein and the Andes glycoproteins, expressed in baculovirus system

Fernanda Perez Yeda 22 February 2010 (has links)
Os hantavírus, membros da família Bunyaviridae, são os agentes infecciosos responsáveis pela Febre Hemorrágica com Síndrome Renal e pela Síndrome Cardiopulmonar por Hantavírus. São vírus com genoma constituído por três segmentos de RNA fita simples, de polaridade negativa, designados como S, M e L, que codificam, respectivamente, a nucleoproteína, as glicoproteínas G1 e G2 e a RNA polimerase dependente de RNA. Com o objetivo de estudar a montagem de pseudopartículas quiméricas de hantavírus, a proteína N do vírus Araraquara e as glicoproteínas G1 e G2 do vírus Andes foram expressas em sistema baculovírus. A microscopia confocal mostrou a colocalização das proteínas G1 e G2 com a proteína N. Pelos ensaios de imunoprecipitação e de centrifugação em gradiente de sacarose, foi observada a interação entre as proteínas N, G1 e G2. Nas análises por microscopia eletrônica de transmissão foi observada a montagem do pseudo-hantavírus quimera, com morfologia semelhante ao do vírion. O pseudo-hantavírus quimera obtido neste estudo poderá, no futuro, ser utilizado em estudos imunológicos, estruturais e morfológicos. / Hantaviruses, members of the Bunyaviridae family, are the infectious agents responsible for Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome and the Hantavirus Cardiopulmonary Syndrome. The viral genome is composed by three segments of single-stranded negative-sense RNA, designated as S, M and L, which encode, respectively, the nucleoprotein, the G1 and G2 glycoproteins, and the RNA-dependent RNA polymerase. In order to study the assembly of a chimeric hantavirus-like particle, the Araraquara nucleoprotein and the Andes glycoproteins were expressed in a baculovirus system. Confocal microscopy showed the colocalization of G1 and G2 proteins with the N protein. Immunoprecipitation assay and sucrose density gradient showed the interaction among N, G1 and G2 proteins. The transmission electron microscopy showed the hantavirus-like particle with the same morphology of the virion. The chimeric hantavirus-like particle produced in this study could be used, in the future, in immunological, structural and morphological studies.
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Diversidade genética de amostras brasileiras do vírus da bronquite infecciosa determinada pelo seqüenciamento de nucleotídeos dos genes N e S1. / Genetic diversity of Brazilian isolates of infections bronchitis virus by the sequencing of N and S1 genes.

Montassier, Maria de Fatima Silva 27 May 2008 (has links)
Foram submetidos à análise molecular, 15 isolados do vírus da bronquite infecciosa (VBI) obtidos durante o período de 1988 a 2000, de surtos à campo da Bronquite Infecciosa (BI), em aves de corte ou de postura das regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados obtidos da análise filogenética das sequências parciais dos genes da glicoproteína de espícula (S1) e da nucleoproteína (N) evidenciaram que a maior parte dos isolados estão distribuídos em dois grandes grupos; o primeiro deles mais estreitamente relacionado às estirpes do genótipo Massachusetts e o segundo constituído apenas por isolados brasileiros autóctones com uma grande diversidade em relação às estirpes ou isolados do grupo Massachusetts e de outros países ou continentes. Os sítios polimórficos mais importantes formaram-se em locais específicos e de maneira agrupada nas sequências dos genes S1 ou N e predominam em regiões codificadoras das cadeias polipeptídicas S1 e N que configuram sítios estruturais e antigênicos importantes envolvidos, na expressão de propriedades biológicas relevantes. / Fifteen Brazilian field isolates of infectious bronchitis virus (IBV); were recovered, between 1988 and 2000, from commercial broiler or layer flocks located in South and Southeast Brazilian regions. Molecular and phylogenetic analysis of partial sequences of 5\'-proximal of S1 gene and 3\'-terminus of N gene from these IBV isolates, identified two main groups; the Massachusetts group and a Brazilian indigenous group, which presenting a high diversity regarding the first group or other IBV strains from different countries and continents. The major polymorphic sites are arranged in clusters and predominate in the regions of S1 and N genes which code for relevant structural and antigenic sites responsible for the expression of important biological properties.
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Caracterização da interação entre o metilossomo e o nucleocapsídeo do vírus respiratório sincicial humano. / Characterization of humam respiratory syncytial virus nucleoprotein and methylosome interaction.

Ogawa, Juliana Kaori 07 December 2016 (has links)
Neste projeto caracterizamos a interação da nucleoproteína viral (N) do Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) com as proteínas PRMT5 e WDR77, que constituem o metilosomo celular. Confirmamos que essa interação ocorre através de co-imunoprecipitação em células humanas, e de interação in vitro dessas proteínas purificadas. Demonstramos a co-localização dessas proteínas na célula através de microscopias de imunofluorescência e confocal. Inibindo ou aumentando a expressão de PRMT5 não observamos impacto na replicação viral. Verificamos que ocorre metilação em N tanto em resíduos de argininas como de lisinas, com anticorpos específicos para essas modificações, e por espectrometria de massas, indicando significado funcional. Com essa evidência testamos o efeito de inibidores de metilação e demetilação, em argininas e lisinas. Obtivemos efeito inibitório significativo da replicação do HRSV com um inibidor de metilação de lisina, UNC0646, indicando que a interação N-metilossomo tem potencial como alvo terapêutico contra HRSV. / In this project we had as objective to characterize the interaction observed previously in the laboratory of viral nucleoprotein (N) with PRMT5 and WDR77 proteins that constitute the cell metilosome. We confirmed that this interaction occurs through co-imunoprecipitation in human cells and in vitro interaction of these purified proteins. We also demonstrated the co-localization of these proteins in inclusion bodies, by immunofluorescence and confocal microscopy. Inhibiting or enhancing PRMT5 expression we didnt see effect on viral replication. Our results show that methylation occurs in both arginine and lysine residues, through reactivity with antibodies specific to these modifications, and analysis by mass spectrometry. We tested the effect of arginine and lysine methylation and de-methylation inhibitors in viral replication. We obtained significant inhibitory effect on HRSV replication with a lysine methylation inhibitor, UNC0646, indicating that N-metilossome interaction has the potential to be exploited as a therapeutic target in developing antiviral drugs.
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Diversidade genética de amostras brasileiras do vírus da bronquite infecciosa determinada pelo seqüenciamento de nucleotídeos dos genes N e S1. / Genetic diversity of Brazilian isolates of infections bronchitis virus by the sequencing of N and S1 genes.

Maria de Fatima Silva Montassier 27 May 2008 (has links)
Foram submetidos à análise molecular, 15 isolados do vírus da bronquite infecciosa (VBI) obtidos durante o período de 1988 a 2000, de surtos à campo da Bronquite Infecciosa (BI), em aves de corte ou de postura das regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados obtidos da análise filogenética das sequências parciais dos genes da glicoproteína de espícula (S1) e da nucleoproteína (N) evidenciaram que a maior parte dos isolados estão distribuídos em dois grandes grupos; o primeiro deles mais estreitamente relacionado às estirpes do genótipo Massachusetts e o segundo constituído apenas por isolados brasileiros autóctones com uma grande diversidade em relação às estirpes ou isolados do grupo Massachusetts e de outros países ou continentes. Os sítios polimórficos mais importantes formaram-se em locais específicos e de maneira agrupada nas sequências dos genes S1 ou N e predominam em regiões codificadoras das cadeias polipeptídicas S1 e N que configuram sítios estruturais e antigênicos importantes envolvidos, na expressão de propriedades biológicas relevantes. / Fifteen Brazilian field isolates of infectious bronchitis virus (IBV); were recovered, between 1988 and 2000, from commercial broiler or layer flocks located in South and Southeast Brazilian regions. Molecular and phylogenetic analysis of partial sequences of 5\'-proximal of S1 gene and 3\'-terminus of N gene from these IBV isolates, identified two main groups; the Massachusetts group and a Brazilian indigenous group, which presenting a high diversity regarding the first group or other IBV strains from different countries and continents. The major polymorphic sites are arranged in clusters and predominate in the regions of S1 and N genes which code for relevant structural and antigenic sites responsible for the expression of important biological properties.
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Clonagem e expressão do gene da nucleoproteína e de um gene sintético da glicoproteína do vírus da raiva em Pichia pastoris / Cloning and expression of the nucleoprotein gene and a synthetic gene of the glycoprotein of rabies virus in Pichia pastoris

Souza, Lorena Leonardo 17 December 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_lorena_leonardo_souza.pdf: 798251 bytes, checksum: b0213429356f32517eb7b25ac76b2eeb (MD5) Previous issue date: 2009-12-17 / The rabies virus has two major antigens: the nucleoprotein, a conserved internal protein antigenically and genetically and glycoprotein, a protein responsible for the external adsorption of virus two the host cell and induction of neutralizing antibodies. The development of recombinant DNA technology has opened a new perspective on the control of rabies, since recombinant vaccines have residual pathogenicity and are produced with the antigenic proteins of the virus, without their presence. Furthermore, recombinant proteins can be expressed in order to be used in diagnosis. The objective of this study was to review the literature about rabies, cloning and express the nucleoprotein and glycoprotein of rabies virus using the system Pichia pastoris and evaluate the antigenicity and the immunogenicity of these proteins by Dot blotting, SDS page, Western blotting and ELISA. Glycoprotein synthetic antigen proved to be recognized by anti-rabies from animals experimentally infected with rabies virus strain CVS. And recombinant nucleoprotein expression was confirmed by the techniques of Dot blotting and Western blotting to be recognized by monoclonal anti-histidine. Thus, we conclude that the cloning and expression of synthetic glycoprotein and cloinig and expression nucleoprotein rabies virus by the yeast P. pastoris has been effective, which makes these products an alternative for the production of immunobiological. / O vírus da raiva apresenta dois antígenos principais: a nucleoproteína, uma proteína interna conservada antigênica e geneticamente e a glicoproteína, uma proteína externa responsável pela adsorção do vírus à célula hospedeira e pela indução da produção de anticorpos neutralizantes. O desenvolvimento da tecnologia do DNA recombinante iniciou uma nova perspectiva no controle da Raiva, já que vacinas recombinantes não têm patogenicidade residual e são produzidas com as proteínas antigênicas do vírus, sem sua presença. Além disso, as proteínas recombinantes podem ser expressas com a finalidade de serem usadas em diagnóstico. O objetivo deste trabalho foi clonar e expressar a glicoproteína e a nucleoproteína do vírus da raiva utilizando o sistema Pichia pastoris e avaliar a antigenicidade e imunogenicidade destas proteínas através do Dot blotting, SDS page, Western blotting, inibição da imunofluorescência e ELISA. A glicoproteína demonstrou ser antigênica ao ser reconhecida por anticorpos anti-rábicos provenientes de animais experimentalmente infectados com o vírus rábico cepa CVS. A nucleoproteína recombinante teve sua expressão confirmada pelas técnicas de Dot blotting e Western blotting ao ser reconhecida por anticorpos monoclonais anti-histidina. Podemos concluir que a levedura P. pastoris é um sistema eficiente para clonagem e expressão da nucleoproteína e glicoproteína do vírus rábico.
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Produção de imunobiológicos para o diagnóstico do vírus da bronquite infecciosa das galinhas / Production of immunobiologicals for the diagnosis of infectious bronchitis virus of chickens

Finger, Paula Fonseca 17 December 2015 (has links)
Submitted by Ubirajara Cruz (ubirajara.cruz@gmail.com) on 2017-03-29T14:40:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Paula_ Finger.pdf: 1449446 bytes, checksum: 187acc2c0bf320c4c451486502eed5f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-04-05T17:52:50Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese_Paula_ Finger.pdf: 1449446 bytes, checksum: 187acc2c0bf320c4c451486502eed5f2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-05T17:52:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Paula_ Finger.pdf: 1449446 bytes, checksum: 187acc2c0bf320c4c451486502eed5f2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-12-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma enfermidade viral altamente contagiosa que causa predominantemente lesões respiratórias que se manifestam clinicamente por espirros e estertores tráqueo-bronquiolares, podendo levar a sinais mais severos, com diminuição na fertilidade e redução da produção de ovos. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV) codifica quatro proteínas estruturais, sendo a nucleoproteína uma das mais importantes na geração de resposta imune das aves, sendo também a mais abundante e, ainda, se caracteriza por possuir a sequência de aminoácidos bem conservada. A vacinação é a principal forma de controle da enfermidade, porém surtos da doença ainda ocorrem com frequência, causando grandes prejuízos na avicultura. Em vista disso, o objetivo deste trabalho foi produzir imunobiológicos que possam contribuir no monitoramento sorológico das aves. Para tanto, a proteína N foi expressa em Escherichia coli, obtendo-se uma proteína recombinante (rN) na forma solúvel. A partir dessa proteína recombinante, foi padronizado um teste ELISA e também produzidos anticorpos monoclonais frente a rN. Para o teste de ELISA foram utilizados 389 soros, os quais já haviam sido testados pelo Kit comercial, sendo o ELISA padronizado e comparado ao IDEXX. Os resultados obtidos para o teste ELISA demonstraram uma sensibilidade de 90,16% e especificidade de 90,34% ao comparar com o Kit comercial. Para o anticorpos monoclonais, foram selecionados três principais hibridomas, sendo estes testados frente a diferentes vírus aviários. Os anticorpos monoclonais produzidos foram específicos ao reconhecer apenas o vírus da bronquite e a proteína recombinante (rN), não havendo reação cruzada com outros vírus aviários. Os insumos produzidos durante o trabalho são promissores para utilização de rotina em laboratório que realiza diagnóstico de BIG. / The infectious bronchitis (IB) is a highly contagious viral disease that causes predominantly respiratory injuries that manifest clinically and invariably by sneezing and tracheo-bronchial throes and may lead to more severe signs with decreased fertility and reduced egg production. The infectious bronchitis virus (IBV) encodes four major structural proteins, the nucleoprotein being the most important in the immune response of the birds, since it is abundant and has a well conserved sequence. Vaccination is the primary means of disease control but outbreaks still occur frequently, causing major losses in poultry. As a result, the objective was to produce immunobiologicals that may contribute to the serological monitoring of birds. Therefore, the N protein was expressed in Escherichia coli, yielding a recombinant protein (RN) in soluble form. From this recombinant protein was a standard ELISA test and also produced monoclonal antibodies against rN. For the ELISA test were used 389 sera, which had been tested by the commercial kit, with the standardized ELISA and compared to IDEXX. The results obtained for the ELISA test showed a sensitivity of 90.16% and a specificity of 90.34% when compared to the commercial kit. For monoclonal antibodies, three primary hybridomas were selected, these being tested against different avian viruses. The produced monoclonal antibodies were specific to only recognize the virus bronchitis and recombinant protein (rN), with no cross-reactivity with other avian viruses. The inputs produced during work are promising for routine use in the laboratory that performs IB diagnostic.
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Caracterização Funcional e Determinação da Estrutura Tridimensional por Cristalografia de Raios X da Proteína RecA de Herbaspirillum seropedicae

Leite, Wellington Claiton 06 September 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-21T19:25:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Claiton Leite.pdf: 3789073 bytes, checksum: f4c16b4260fbd54f4eada652038ae5bc (MD5) Previous issue date: 2016-09-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The bacterial RecA protein plays a role in the complex system of DNA damage repair. In the presence of ATP, RecA proteins polymerize onto single-strand DNA (ssDNA) as righthanded helical nucleoprotein laments, and catalyze strand exchange reaction between the ssDNA and homologous double-strand DNA (dsDNA) molecules. These activities are supported or stimulated by accessory proteins, as the single-stranded binding protein (SSB).Here, we report a functional and structural characterization of the Herbaspirillum seropedicae RecA protein (HsRecA).We report the crystal structure of HsRecA-ADP/ATP complex to 1.7 Å of atomic resolution. HsRecA protein contains a small N-terminal domain, a central core ATPase domain and a large C-terminal domain, similarly to homologous RecA proteins. Comparative structural analysis showed that the N-terminal polymerization motif of archaeal and eukaryotic RecA family proteins are also present in bacterial RecAs. The bacterial polymerization motif contains the sequence SV/IMR/KLG which interacts with the core ATPase domain residues DNLLLV/CS. In the inactive RecA, it is a loop - strand interaction, respectively, while in the active RecA it becomes a dyad strand. In both RecA forms, the polymerization motif seems to stabilize the subunitsubunit interface by hydrophobic interactions. The methionine of this motif may play an important role in the stability and formation of a right-handed helical nucleoprotein lament. The ATPase activity and the structure of the nucleoprotein lament of HsRecA and Escherichia coli RecA (EcRecA) were analyzed in the presence and absence of SSB. When SSB was added after RecA+ssDNA, HsRecA and EcRecA showed similar ATPase activity and nucleolament structure. However, when SSB was either not included or it was added before RecA+ssDNA, the HsRecA showed higher ATPase activity and formed longer nucleoprotein laments than EcRecA. Thus, HsRecA protein is more ecient at displacing SSB from ssDNA than EcRecA protein. HsRecA promoted DNA exchange more eficiently: a greater yield of nicked circular products were obtained in a shorter time. Reconstruction of electrostatic potential from the hexameric structure of HsRecAADP/ ATP revealed a high positive charge along the inner side, which is consistent with the fact that ssDNA binds inside the filament. It may explain the enhance capacity of HsRecA protein to bind ssDNA, forming a contiguous nucleoprotein filament, displace SSB and promote eficiently the DNA strand exchange reaction. Keywords: RecA, Crystallography, RecA nucleoprotein filament, ATPase activity, DNA strand exchange, crystal structure, structural analysis. / A proteína RecA bacteriana desempenha um importante papel no complexo sistema de reparo de danos ao DNA. Na presença de ATP, a proteína RecA se auto-polimeriza sobre o DNA simples ta (ssDNA) (do inglês single-strand DNA (ssDNA)) como um lamento de nucleoproteína helicoidal, cataliza a reação de troca de fitas entre as moléculas ssDNA e a ta de DNA dupla fita homóloga (dsDNA) (do inglês double-strand DNA (dsDNA)). Estas atividades são suportadas ou estimuladas por proteínas acessórias, como a proteína ligadora de ssDNA SSB (do inglês single-stranded binding protein (SSB)). Neste trabalho é apresentado a caracterização estrutural e funcional da proteína RecA da bactéria Herbaspirillum seropedicae. A estrutura tridimensional do complexo HsRecA-ADP/ATP foi resolvida numa resolução 1,7 Å. A estrutura monomérica da proteína HsRecA consiste em um pequeno domínio N-terminal, um domínio central contendo um sitío ATPásico e e um grande domínio C-terminal, similar com proteínas RecAs homólogas. Análises estruturais comparativas mostraram que o motivo de polimerização da região N-terminal de proteí- nas da familia RecA que incluem archaea e eucariotos, também está presente na proteína RecA bacteriana. O motivo de polimerização da região N-terminal de bactérias contêm a sequência de resíduos (Serina, Valina ou Isoleucina, Metionina, Arginina ou Lisina, Leucina, Glicina) que interage com a sequência de resíduos do core ATPásico (Aspartato, Asparagina, Leucina, Leucina, Leucina, Valina, Cisteína, Serina). Na proteína RecA inativa esta interação é do tipo loop - strand, respectivamente, enquanto na proteína RecA ativa essa interação se torna uma dupla -strand. Em ambas formas da RecA, o motivo de polimerização parece estabilizar a interface subunidade-subunidade por interações hidrofóbicas. No motivo N-terminal a presença de uma Metionina altamente conservada talvez desempenha um importante papel na estabilidade e formação do lamento de nucleoproteína. A atividade ATPásica e a estrutura do lamento de nucleoproteína da proteína HsRecA e da Escherichia coli RecA (EcRecA) foram analisadas na presença e ausência da proteína SSB. Quando a SSB foi adicionada após RecA+ssDNA, as proteínas HsRecA e EcRecA mostraram similar atividade ATPásica e estrutura de nucleo lamento. Entretanto, quando a SSB não estava incluída ou quando adicionada anteriormente a adição RecA+ssDNA, a proteína HsRecA mostrou maior atividade ATPásica e formou maiores lamentos de nucleoproteína que a proteína EcRecA. Ainda, a proteína HsRecA é mais eficiente em deslocar a SSB do ssDNA que a proteína EcRecA. A proteína HsRecA também promove a reação de troca de fitas mais eficientemente: uma maior quantidade de produtos duplex substrato convertido em duplex circular foram obtidos em um curto intervalo de tempo. A reconstrução do potencial eletrostático da estrutura hexamérica da proteína HsRecA revelou uma maior densidade de cargas positivas no seu interior, que é consistente com o fato que o ssDNA ligar-se internamente ao filamento hexamérico. Isto talvez possa explicar capacidade melhorada da proteína HsRecA ligar-se ao ssDNA, formando um continuo filamento de nucleoproteína, deslocando a SSB e ainda promovendo de forma eficiente a reação de trocas de fitas.

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