Orientador: A. Cecilia Z. Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-16T04:48:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Morgado_EloisaHelena_D.pdf: 8821000 bytes, checksum: 1517e4d39c262b8ae77a1e4590855d3b (MD5) Previous issue date: 1988 / Resumo: A composição, distribuição e diversidade de anelídeos poliquetos foram analisadas em relação a alguns parâmetros ambientais, na área compreendida entre as ilhas Anchieta e Vitória, Ubatuba, litoral norte do Estado de São Paulo. Foram amostradas trimestralmente, de setembro de 1982 a setembro de 1983, 6 estações fixas de coleta, distribuídas ao longo de um gradiente de 15 a 50m de profundidade. Uma série de 4 dragagens foi também efetuada em área próxima à Ilha Anchieta, para um levantamento adicional da epifauna bêntica. Entre os parâmetros analisados, aqueles relacionados à natureza do sedimento sofreram variações acentuadas durante o período considerado. O fundo é composto por sedimentos que variaram de areia grossa a silte fino, sendo que silte foi o tipo predominante ... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The composition, distribution and diversity of polychaete annelids were analysed in relation to physical-chemical parameters, in the area located between Anchieta and Vit6ria islands, Ubatuba, north coast of S~o Paulo State. Six stations were sampled trimonthly, from september 1982 to september 1983, along a depth gradient of 15 to 50m. Four dredgings were also made near Anchieta Island, for an additional survey of benthicepifauna. The sediments showedan expressive variation during the period of study, grad~d from coarse sand to fine silt. Silt was the predominant type ... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ciências Biológicas

Orientadores : Nilce Correa Meirelles, Iris Linares de Torriani / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T03:38:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonafe_CarlosFranciscoSampaio_M.pdf: 3201683 bytes, checksum: f8eb49e24c12e533f509d4b48603a71b (MD5) Previous issue date: 1988 / Resumo: Glossoscolex pauHstus (Oligochaeta, Glossoscolecidae) é um anelídeo que vive no solo em regiões calcáreas no Estado de São Paulo, e tem uma hemeproteína gigante extracelular que ocorre dissolvida no sangue. Esse tipo de pigmento respiratório é denominado eritrocruorina, e é observado à microscopia eletrônica como dois discos hexagonais sobrepostos, cada um contendo seis subunidades, com uma cavidade central. No presente trabalho estudou-se afinidade da eritrocruorina pelo oxigênio em presença do cátion bivalente magnésio, observando-se aumento de afinidade e cooperatividade. Determinou-se o coeficiente de sedimentação de 58 S, e estimou-se o peso molecular de 3,23 x 106 Da. Encontrou-se peso molecular mínimo de 25250 Da, alto comparativamente ao das hemoglobinas tetraméricas e mioglobinas, sugerindo a presença de subunidades que não carreiam o heme, a exemplo de outras eritrocruorinas. A abordagem com espalhamento de raios X a baixo ângulo levou a parâmetros estruturais de baixa resolução com raio de giro de cerca de 11,4 nm e dimensão máxima da molécula / Abstract: Glossoscolex paulistus (Oligochaeta, Glossoscolecidae) is an earthworm which dwells in limestone regions in São Paulo State, and has a giant extracellular hemeprotein that occurs in the blood. This type of respiratory pigment is called erythrocruorin, and is examined with the aid of electronic microscopy as two hexagonal superimposed disks, each one having six subunits and a central cavity. This thesis studies the affinity of erythrocruorin with oxygen in the presence of the divalent cation magnesium: an increase of affinity and cooperativity is observed. The sedimentation coefficient was found to be 58 S, and the molecular weight approximately 3.23 x 106 Da. The minimum molecular weight determined, 25,250 Da, was relatively high compared with those of tetrameric hemoglobins and mioglobins, thus suggesting the presence of subunits not carrying a heme group as is the case with other erithrocruorins. Small angle X-ray scattering experiments led to the determination of low resolution dimensional parameters such as the radius of giration (11.4 nm) and maximum molecular dimension (27 nm) / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Benedito de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T14:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cardillo_Fabiola_M.pdf: 5099827 bytes, checksum: 1fc2d746dba481cc9f5204af1bf2a688 (MD5) Previous issue date: 1989 / Resumo: Eritrocruorinas são proteínas - respiratórias responsáveis pelo transporte de oxigênio,- possuem peso molecular acima de 3x¿10 POT. 6¿ e estão presentes na hemolinfa de anelídeos. O espectro característico da eritrocruorina de Glossoscolex paulistus em ensaios de Equilíbrio com o Oxigênio mostra a oxieritrocruorina com um pico máximo de absorção a 419 nm, e sua forma deoxigenada com um pico máximo a 428 nm. Este comportamento é modificado pelo efeito de antisoro de coelhos específico, por IgG específica e por fragmento Fab específicos,- revelando urna alteração do espectro de absorção da eritrocruorina por um desvio para a esquerda das Curvas no ¿Plot de Hill". Este desvio demonstra uma afinidade aumentada da hemeproteína pelo oxigênio. Não foram observadas modificações do espectro da eritrocruorina sozinha ou na presença de soro de carneiro não imunizado. A concentração de proteínas dos diferentes soros foi ajustada, na intenção de se obter quantidade, similar de proteína. Por outro lado, urna diminuição na afinidade pelo oxigênio é observada quando são usadas grandes quantidades de proteínas totais do soro - talvez devido à interação não específica de proteínas outras que não IgG, existentes no soro total específico / Abstract: Erythrocruorins are respiratory proteins responsible for the oxygen transport, having molecular weight over 3x¿10 POT. 6¿, present in the haemolymph of annelids. The caracteristic spectrum of the erythrocruorin from Glossoxolex paulistus in a Oxygen Equilibrium assay shows the oxyerythrocruorin with a maximum absortion peak at 419 nm ant the deoxygenated form with a maximum at 428 nm. This behavior is modified by the effect of a whole specific antiserum raised in rabbits, by specific IgG antibodies and by specific Fab fragments, showing an alteration of the erythrocruorin spectrum by a deviation to the left of the Hill Plot Curves. This deviation denotes an increasing affinity to the oxygen of the hemeprotein. No differences in the spectrum of the erythrocruorin were detected with erythrocruorin alone, or in the presence of whole serum of a non-immunized sheep. Protein concentration of the different sera were adjusted, in order to have a similar amount of protein. On the other hand, a decreased affinity to the oxygen is observed when larger amounts of the whole serum protein are use - perhaps due to non-specific interaction of non IgG rnolecules of the whole specif antiserum / Mestrado / Imunologia / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador : A. Cecilia Z. Amaral / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual e Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T11:11:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lopes_PriscilaPaixao_M.pdf: 3396127 bytes, checksum: e53aaf0a7f54563dd7d1ea0b0f7a146d (MD5) Previous issue date: 1993 / Resumo: O estudo de comunidades visa verificar a ocorrência de padrões de organização entre as espécies encontradas e a determinação dos fatores abióticos mais importantes na estruturação desses padrões. Em ambientes entremarés processos abióticos são freqüentemente julgados como os principais controladores da comunidade, entretanto interações entre espécies são importantes na determinação de processos de recuperação de comunidades de sedimentos perturbados. Os poliquetos são comumente referidos como indicadores de perturbação e seus padrões de dominância distribuição de abundâncias de espécies e estrutura trófica são utilizados para avaliar a recuperação de comunidades de sedimentos não consolidados. A região entremarés do Araçá sofreu alterações quando um canal começou a ser escavado em maio de 1989, para instalação de um emissário submarino. As alterações nas condições sedimentológicas e hidrodinâmicas provocaram mudanças na comunidade original a nível estrutural e fisionômico. A estrutura da comunidade pós-impacto de 4 áreas (transectos) do Araçá foi determinada a nível de padrões de abundâncias, de dominância e de distribuição das espécies em grupos funcionais, e a recuperação dessas áreas, analisada a partir da variação temporal dos parâmetros ecológicos citados acima, ao longo de 16 meses. As 4 áreas estudadas formaram 2 setores distintos, tanto em composição sedimentológica quanto em estrutura biológica. A estrutura funcional dos 4 transectos foi determinada primeiramente pelo processo sucessional de recuperação da área, com diferentes influências de outros fatores em cada transecto. O desnível de densidade entre tubícolas e escavadores foi proporcional à heterogeneidade ambiental, com maior densidade de tubícolas em ambientes estruturalmente mais complexos e dominância de escavadores em ambientes estruturalmente mais simples. A dominância de organismos tubícolas no transecto 1 é devida à colonização maciça por espécies oportunistas tubícolas que inibiram a ocupação por outros grupos funcionais. A manutenção dessa estrutura é devida à complexidade ambiental e grau de perturbação a que foi exposta a área deste transecto, que permitiram a manutenção de altas densidades dos organismos oportunistas durante o período de estudo. A complexidade estrutural e espacial do ambiente foi positivamente relacionada ao aumento de diversidade / Abstract: The aims of the study of communities are the determination of patterns of cooccurrence among species and which abiotic parameters are more important in structuring these patterns. In intertidal habitats abiotic factors are considered the main determinants of community patterns, although interactions among species are also very important in the recovery of communities in disturbed patches. Polychaetes are usually referred to as biological indicators of disturbances in non-consolidated habitats and their composition, abundance and dominance patterns and trophic structure are used to analyse the community recovery from such disturbances. The intertidal zone of the Araçá region was disturbed when a channel was dig in May, 1989, for the installation of a submarine outfall. The escavation changed sedimentologic and hydrodynamic conditions which disturbed the habitat and the polychaete community. Species composition, abundance and dominance patterns of the resulting polychaete community were studied in 4 areas and the degree of recovery analysed through temporal variation of these patterns. The 4 areas composed 2 distinct sectors (A and B) in terms of sediment composition and biological structure. The functional structure (tube-builders versus burrowers) was primarily determined by successional processes. Differences between tube-builders and burrowers' densities were related to sediment complexity. Tube-builders reached high densities in more complex habitats and burrowers dominated less complex habitats. Dominance of tube-builders in Sector A was the result of the colonization by opportunistic and tubiculous species, which inhibited the occupation by functionally different groups. This structure was maintained by the sediment complexity and degree of disturbance to which this sector was exposed, which allowed opportunistic species to keep high densities all through the study period. Species Cliversity was positively related to structural and spatial complexity / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas

Submitted by LIERGE RAMOS null (lrg.ramos@hotmail.com) on 2017-09-06T20:31:40Z No. of bitstreams: 1 Lierge_Ramos_Dissertação_Biotecnologia.2017.pdf: 2068937 bytes, checksum: 107fae4a7bea607b2de9a6fd531de01f (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-09-11T19:41:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ramos_l_me_araiq.pdf: 2068937 bytes, checksum: 107fae4a7bea607b2de9a6fd531de01f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-11T19:41:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ramos_l_me_araiq.pdf: 2068937 bytes, checksum: 107fae4a7bea607b2de9a6fd531de01f (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As hemoglobinas constituem um grupo de proteínas que desempenham um papel vital nos organismos. Suas propriedades intrínsecas, assim como a sua relação estrutura-atividade, envolvem fenômenos tais como a cooperatividade e afinidade por ligantes específicos, como o oxigênio, que estão associados a uma variedade de processos que viabilizam a vida. As hemoproteínas, em especial as hemoglobinas de anelídeos têm sido objeto de estudo de diferentes grupos de pesquisa, devido a sua alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, alta cooperatividade e afinidade por ligantes específicos, apresentando um alto potencial em aplicações biotecnológicas como, por exemplo, substituto sanguíneo. Estudos sobre a caracterização estrutural e a determinação da estabilidade de hemoproteínas na presença de surfactantes, por meio de várias técnicas como absorção ótica, emissão de fluorescência, CD (Dicroísmo Circular) e espalhamento de luz podem trazer informações sobre esta classe de proteínas, principalmente sobre o mecanismo de oxidação, dissociação e desnaturação. Desta forma, no presente projeto de pesquisa objetivou realizar a caraterização biofísica da hemoglobina extraída de Amynthas gracilis (HbAg) na presença de surfactantes iônicos (SDS e CTAC) nos valores de pH 5,0 e 7,0. Os resultados nos mostram que ambos os surfactantes são capazes de interagir fortemente com a HbAg, sendo que o pH do meio influência diretamente na intensidade da interação proteína-surfactante. O SDS em pH 5,0 interage fortemente com a HbAg formando precipitados de complexo proteína-surfactante, podendo ser observados em baixas concentrações de SDS (0,01 – 0,2 mmolL-1). Enquanto que para o CTAC ocorre uma forte interação entre o surfactante e a HbAg em pH 7,0 em uma faixa de concentração de 0,01 – 0,07 mmolL-1. A formação de agregados nestes sistemas provavelmente ocorre em função do ponto isoelétrico (pI) da HbAg ser ácido (6,0 ±3), assim como o de outras Hb extracelulares, como resultado de uma forte interação eletrostática. As medidas espectroscópicas indicam que com o aumento da concentração dos surfactantes ocorre a ressolubilização dos agregados. Os resultados obtidos neste estudo demonstraram que o SDS e o CTAC promovem o processo de oxidação/dissociação da HbAg em baixas concentrações e que nas concentrações máximas de surfactantes utilizadas neste trabalho o processo de desnaturação da HbAg não é completo. / Hemoglobins are a group of proteins that play a vital role in organisms. Their intrinsic properties, as well as their structure-activity relationship, involve phenomena such as cooperativity and affinity for specific ligands, such as oxygen, which are associated with a variety of processes that make life possible. Hemoproteins, especially hemoglobins of annelids have been studied by different research groups, due to their high oligomeric stability, resistance to oxidation, high cooperativity and affinity for specific ligands, presenting a high potential in biotechnological applications, for example, a blood substitute. Studies on the structural characterization and determination of hemoprotein stability in the presence of surfactants by optical absorption, fluorescence emission, CD and light scattering can bring information about this class of proteins, mainly on the mechanism of dissociation and denaturation. Thus, in the present master's project the main objective was to perform biophysics characterization studies, with the hemoglobin extracted from the annelid of Amynthas gracilis (HbAg) in the presence of ionic surfactants (SDS and CTAC) at pH values 5,0 and 7,0. The results show that both surfactants are capable of interacting strongly with HbAg, and the pH of the medium directly influences the intensity of the protein-surfactant interaction. SDS at pH 5.0 strongly interacts with HbAg forming precipitates of protein-surfactant complex, can be observed with low concentrations of SDS (0.01 - 0.2 mmolL -1). While for CTAC a strong interaction between surfactant and HbAg occurs at pH 7.0 in a concentration range of 0.01-0.07 mmolL-1. The formation of aggregates in these systems probably occurs as a function of the isoelectric point (pI) of HbAg being acid (6.0 ± 3), as well as that of other extracellular Hb, as a result of a strong electrostatic interaction. This study showed that SDS and CTAC promote the oxidation/dissociation process of HbAg at low concentrations and that at the maximum concentrations of surfactants used in this work the denaturing process of HbAg is not complete.

Orientador: Patrícia Soares Santiago / Banca: Regildo Márcio Gonçalves da Silva / Banca: Célia Sulzbacher Caruso / Resumo: As hemoglobinas constituem um grupo de proteínas que desempenham um papel vital nos organismos. Suas propriedades intrínsecas, assim como a sua relação estrutura-atividade, envolvem fenômenos tais como a cooperatividade e afinidade por ligantes específicos, como o oxigênio, que estão associados a uma variedade de processos que viabilizam a vida. As hemoproteínas, em especial as hemoglobinas de anelídeos têm sido objeto de estudo de diferentes grupos de pesquisa, devido a sua alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, alta cooperatividade e afinidade por ligantes específicos, apresentando um alto potencial em aplicações biotecnológicas como, por exemplo, substituto sanguíneo. Estudos sobre a caracterização estrutural e a determinação da estabilidade de hemoproteínas na presença de surfactantes, por meio de várias técnicas como absorção ótica, emissão de fluorescência, CD (Dicroísmo Circular) e espalhamento de luz podem trazer informações sobre esta classe de proteínas, principalmente sobre o mecanismo de oxidação, dissociação e desnaturação. Desta forma, no presente projeto de pesquisa objetivou realizar a caraterização biofísica da hemoglobina extraída de Amynthas gracilis (HbAg) na presença de surfactantes iônicos (SDS e CTAC) nos valores de pH 5,0 e 7,0. Os resultados nos mostram que ambos os surfactantes são capazes de interagir fortemente com a HbAg, sendo que o pH do meio influência diretamente na intensidade da interação proteína-surfactante. O SDS em pH 5,0... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hemoglobins are a group of proteins that play a vital role in organisms. Their intrinsic properties, as well as their structure-activity relationship, involve phenomena such as cooperativity and affinity for specific ligands, such as oxygen, which are associated with a variety of processes that make life possible. Hemoproteins, especially hemoglobins of annelids have been studied by different research groups, due to their high oligomeric stability, resistance to oxidation, high cooperativity and affinity for specific ligands, presenting a high potential in biotechnological applications, for example, a blood substitute. Studies on the structural characterization and determination of hemoprotein stability in the presence of surfactants by optical absorption, fluorescence emission, CD and light scattering can bring information about this class of proteins, mainly on the mechanism of dissociation and denaturation. Thus, in the present master's project the main objective was to perform biophysics characterization studies, with the hemoglobin extracted from the annelid of Amynthas gracilis (HbAg) in the presence of ionic surfactants (SDS and CTAC) at pH values 5,0 and 7,0. The results show that both surfactants are capable of interacting strongly with HbAg, and the pH of the medium directly influences the intensity of the protein-surfactant interaction. SDS at pH 5.0 strongly interacts with HbAg forming precipitates of protein-surfactant complex, can be observed with low concentrations of SDS (0.01 - 0.2 mmolL -1). While for CTAC a strong interaction between surfactant and HbAg occurs at pH 7.0 in a concentration range of 0.01-0.07 mmolL-1. The formation of aggregates in these systems probably occurs as a function of the isoelectric point (pI) of HbAg being acid (6.0 ± 3), as well as that of other extracellular Hb, as a result of a strong electrostatic interaction. This study showed that SDS and CTAC promote... / Mestre