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The Role of Carbonic Anhydrase in the Modulation of Central Respiratory-related pH/CO2 Chemoreceptor-stimulated Breathing in the Leopard Frog (Rana pipiens) Following Chronic Hypoxia and Chronic Hypercapnia

Srivaratharajah, Kajapiratha 26 February 2009 (has links)
The aim of this thesis was to elucidate the role of carbonic anhydrase (CA) in the modulation of central pH/CO2-sensitive fictive breathing (measured using in vitro brainstem-spinal cord preparations) in leopard frogs (Rana pipiens) following exposure to chronic hypercapnia (CHC) and chronic hypoxia (CH). CHC caused an augmentation in fictive breathing compared to the controls (normoxic normocapnic). Addition of acetazolamide (ACTZ), a cell-permeant CA inhibitor, to the superfusate reduced fictive breathing in the controls and abolished the CHC-induced augmentation of fictive breathing. ACTZ had no effect on preparations taken from frogs exposed to CH. Addition of bovine CA to the superfusate did not alter fictive breathing in any group, suggesting that the effects of ACTZ were due to inhibition of intracellular CA. Taken together, these results indicate that CA is involved in central pH/CO2 chemoreception and the CHC-induced increase in fictive breathing in the leopard frog.
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The Role of Carbonic Anhydrase in the Modulation of Central Respiratory-related pH/CO2 Chemoreceptor-stimulated Breathing in the Leopard Frog (Rana pipiens) Following Chronic Hypoxia and Chronic Hypercapnia

Srivaratharajah, Kajapiratha 26 February 2009 (has links)
The aim of this thesis was to elucidate the role of carbonic anhydrase (CA) in the modulation of central pH/CO2-sensitive fictive breathing (measured using in vitro brainstem-spinal cord preparations) in leopard frogs (Rana pipiens) following exposure to chronic hypercapnia (CHC) and chronic hypoxia (CH). CHC caused an augmentation in fictive breathing compared to the controls (normoxic normocapnic). Addition of acetazolamide (ACTZ), a cell-permeant CA inhibitor, to the superfusate reduced fictive breathing in the controls and abolished the CHC-induced augmentation of fictive breathing. ACTZ had no effect on preparations taken from frogs exposed to CH. Addition of bovine CA to the superfusate did not alter fictive breathing in any group, suggesting that the effects of ACTZ were due to inhibition of intracellular CA. Taken together, these results indicate that CA is involved in central pH/CO2 chemoreception and the CHC-induced increase in fictive breathing in the leopard frog.
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Synthesis of carbonic anhydrase inhibitors and analysis of their structure - activity relationship / Karboanhidrazių slopiklių sintezė ir jų struktūros - aktyvumo tyrimas

Čapkauskaitė, Edita 11 December 2012 (has links)
The aim of this work was formulated - the synthesis of potent human carbonic anhydrase inhibitors, and their structure - activity study. The synthesized 136 new compounds were subjected to the studies of their inhibitory activity towards CA I, II, VII, XII and XIII (VU IBT). An efficient method for N-and S-alkylation of heterocyclic compounds (benzimidazole), S-alkylation of heterocyclic and aromatic compounds (imidazole, benzothiazole, benzimidazothiadiazole, pyrimidine, benzenethiol) with 3 - and 4 - (bromoacetyl)benzenesulfonamides and 4 - and 5 - (bromoacetyl)-2-chlorobenzenesulfonamides has ben deveoped. 2-[(6-oksopyrimidine-2-yl)thio]acetylbenzenesulfonamides in dimethylsulfoxide solution were found to exists in two forms - open chain and cyclic. 4-(Hetarylmethylcarbonyl)benzenesulfonamides exibited more inhibitory potency to CA than the 3-(hetarylmethylcarbonyl)benzenesulfonamides. Among all compound studied S-alkylated benzenethiol derivatives exibit the best CA inhibitory properties, while 1,3-thiazole derivatives – the lowest. Sulfonamide group position on the benzene ring is more important for CA binding than the acidic properties of sulfonamide group. The inhibitors having the selectivity of any one CA were selected from synthesized compounds. Most of the compounds possess selectivity to CA I and CA XIII, while selectivity to CA XII almost is not observed. The benzenesulfonamide ring position in CA II active site is unique to each class of compounds as showed in... [to full text] / Šio darbo tikslas – potencialių žmogaus karboanhidrazių (CA) slopiklių sintezė ir jų struktūros – aktyvumo tyrimas. CA slopinimo tyrimams susintetinti 136 įvairiais heterociklais pakeisti benzensulfonamidai ir išmatuotas jų CA I, II, VI, XII ir XIII slopinimo aktyvumas (VU BTI mokslininkai). Paruoštos efektyvios benzimidazolų N- ir S-alkilinimo, imidazolų, benztiazolo, benzimidazotiadiazolo, pirimidinų, benzenalkiltiolių S-alkilinimo 3- ir 4-(bromacetil)benzensulfonamidais bei 4- ir 5-(bromacetil)-2-chlorbenzensulfonamidais metodikos. Nustatyta, kad [(6-oksopirimidin-2-il)tio]acetilbenzensulfonamidai tirpaluose egzistuoja atviroje ir ciklinėje formose. Ištyrus benzensulfonamidinio ir heterociklinio/aromatinio fragmentų struktūros įtaka CA slopinančioms savybėms nustatyta, kad benzensulfonamidinės dalies įtaka CA slopinančiam aktyvumui yra didesnė nei heterociklinės/aromatinės. Sulfonamidinės grupės padėties benzeno žiede įtaka jungimuisi prie CA yra reikšmingesnė nei sulfonamidinės grupės rūgštingumo įtaka. Tiriant atrankumą vienai CA nustatyta, kad iš visų junginių daugiausiai atrankių yra CA I ir XIII, o CA XII atrankių junginių beveik nėra. Daugiausiai kuriai nors CA atrankių junginių yra tarp 4-(hetarilmetilkarbonil)benzensulfonamidų, bei tarp 1,3-tiazolo ir benzenalkiltiolio darinių. Remiantis rentgenostruktūrine CA II, XII ir XIII kompleksų (VU BTI) su kai kuriais slopikliais analize, paaiškintas sumažėjęs junginių giminingumas CA XII, lyginant su CA II, sumažėjęs... [toliau žr. visą tekstą]
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Karboanhidrazių slopiklių sintezė ir jų struktūros - aktyvumo tyrimas / Synthesis of carbonic anhydrase inhibitors and analysis of their structure - activity relationship

Čapkauskaitė, Edita 11 December 2012 (has links)
Šio darbo tikslas – potencialių žmogaus karboanhidrazių (CA) slopiklių sintezė ir jų struktūros – aktyvumo tyrimas. CA slopinimo tyrimams susintetinti 136 įvairiais heterociklais pakeisti benzensulfonamidai ir išmatuotas jų CA I, II, VI, XII ir XIII slopinimo aktyvumas (VU BTI mokslininkai). Paruoštos efektyvios benzimidazolų N- ir S-alkilinimo, imidazolų, benztiazolo, benzimidazotiadiazolo, pirimidinų, benzenalkiltiolių S-alkilinimo 3- ir 4-(bromacetil)benzensulfonamidais bei 4- ir 5-(bromacetil)-2-chlorbenzensulfonamidais metodikos. Nustatyta, kad [(6-oksopirimidin-2-il)tio]acetilbenzensulfonamidai tirpaluose egzistuoja atviroje ir ciklinėje formose. Ištyrus benzensulfonamidinio ir heterociklinio/aromatinio fragmentų struktūros įtaka CA slopinančioms savybėms nustatyta, kad benzensulfonamidinės dalies įtaka CA slopinančiam aktyvumui yra didesnė nei heterociklinės/aromatinės. Sulfonamidinės grupės padėties benzeno žiede įtaka jungimuisi prie CA yra reikšmingesnė nei sulfonamidinės grupės rūgštingumo įtaka. Tiriant atrankumą vienai CA nustatyta, kad iš visų junginių daugiausiai atrankių yra CA I ir XIII, o CA XII atrankių junginių beveik nėra. Daugiausiai kuriai nors CA atrankių junginių yra tarp 4-(hetarilmetilkarbonil)benzensulfonamidų, bei tarp 1,3-tiazolo ir benzenalkiltiolio darinių. Remiantis rentgenostruktūrine CA II, XII ir XIII kompleksų (VU BTI) su kai kuriais slopikliais analize, paaiškintas sumažėjęs junginių giminingumas CA XII, lyginant su CA II, sumažėjęs... [toliau žr. visą tekstą] / The aim of this work was formulated - the synthesis of potent human carbonic anhydrase inhibitors, and their structure - activity study. The synthesized 136 new compounds were subjected to the studies of their inhibitory activity towards CA I, II, VII, XII and XIII (VU IBT). An efficient method for N-and S-alkylation of heterocyclic compounds (benzimidazole), S-alkylation of heterocyclic and aromatic compounds (imidazole, benzothiazole, benzimidazothiadiazole, pyrimidine, benzenethiol) with 3 - and 4 - (bromoacetyl)benzenesulfonamides and 4 - and 5 - (bromoacetyl)-2-chlorobenzenesulfonamides has ben deveoped. 2-[(6-oksopyrimidine-2-yl)thio]acetylbenzenesulfonamides in dimethylsulfoxide solution were found to exists in two forms - open chain and cyclic. 4-(Hetarylmethylcarbonyl)benzenesulfonamides exibited more inhibitory potency to CA than the 3-(hetarylmethylcarbonyl)benzenesulfonamides. Among all compound studied S-alkylated benzenethiol derivatives exibit the best CA inhibitory properties, while 1,3-thiazole derivatives – the lowest. Sulfonamide group position on the benzene ring is more important for CA binding than the acidic properties of sulfonamide group. The inhibitors having the selectivity of any one CA were selected from synthesized compounds. Most of the compounds possess selectivity to CA I and CA XIII, while selectivity to CA XII almost is not observed. The benzenesulfonamide ring position in CA II active site is unique to each class of compounds as showed in... [to full text]
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Etudes moléculaire et physiologique des mécanismes permettant l'utilisation du carbone inorganique chez le corail Scléractiniaire Stylophora pistillata (Esper, 1797) / Molecular and physiological studies of inorganic carbon utilization mechanisms in the scleractinian coral Stylophora pistillata (Esper, 1797)

Bertucci, Anthony 22 November 2010 (has links)
La formation d’un squelette de CaCO3 par les coraux Scléractiniaires est à la base de l’édification des récifs coralliens. Nombre de ces coraux constructeurs de récif vivent en symbiose avec des Dinoflagellés photosynthétiques. Ces deux processus reposent sur le transport et l’utilisation de carbone inorganique (Ci) provenant de l’eau de mer pour la photosynthèse, et du métabolisme animal pour la calcification. Cette thèse s’est intéressée à l’étude moléculaire et physiologique des mécanismes, permettant l’utilisation de ce carbone inorganique.Malgré l’importance des transports de HCO3-, aucun transporteur n’a été caractérisé à cejour et leur implication dans la physiologie des coraux n’est que suggérée par la pharmacologie. Durant cette thèse nous avons cloné un gène codant pour un transporteur deHCO3- chez le corail Acropora sp. La conversion de ce HCO3- en CO2 pour la photosynthèse est facilitée par l’acidification de l’environnement proche du Dinoflagellé dans la cellule animale. Cette acidification est causée par une H+-ATPase de type P que nous avons caractérisée. Ce gène est le premier à montrer une expression dépendante de la vie en symbiose chez le symbiote.Nous avons aussi cloné et localisé deux anhydrases carboniques (AC). L’une impliquée dans la calcification et l’autre dans la régulation du pH intracellulaire et l’équilibre entre leCO2 et HCO3-. Une étude pharmacologique de ces deux AC, a identifié des molécules inhibitrices et activatrices qui ont permis des expériences de physiologie in vivo. Celles-ci permettent une analyse plus discriminante du rôle des AC dans la calcification. / Coral reefs edification is based on the formation of a calcium carbonate skeleton byscleractinian corals. Many of these reef-building corals establish a symbiotic association with photosynthetic Dinoflagellates. Both processes involve the transport and utilization of inorganic carbon (Ci) coming from seawater for photosynthesis, and from animal metabolismfor calcification. This work focused on the molecular and physiological study of poorlyknown mechanisms that allow the utilization of Ci.Despite the importance of bicarbonate transport, no transporter has been characterized and their role in coral physiology is only suggested by pharmacological experiments. We have cloned a gene encoding a bicarbonate transporter in the coral Acropora sp. The conversion of this bicarbonate into CO2 for photosynthesis is mediated by the acidification of the are asurrounding the Dinoflagellate in the animal cell. This is performed by a P type H+-ATPasethat we characterized here. This is the first gene with a symbiosis-dependent expression in the symbiont.This work also allowed the cloning and the localization of two carbonic anhydrases (CA).The first one is involved in calcification, the second one plays a role in the intracellular pHregulation and the CO2 / HCO3- equilibrium. A pharmacological study of these two enzymes identified inhibitor and activator compounds that have been then used in physiology experiments. This last approach represents a more accurate study of the role of CAs incalcification.
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Marcadores bioquímicos de dano muscular em pacientes tratados com estatinas / Biochemical markers of muscle damage in patients treated with statins

Adriana de Andrade Ramos Nogueira 29 June 2017 (has links)
Introdução: As estatinas são drogas amplamente utilizadas na prevenção primária e secundária de doenças cardiovasculares, por reduzirem o nível de colesterol. Porém alguns pacientes podem apresentar elevação da creatinofosfoquinase (CPK) e sintomas musculares relacionados ao seu uso. Além da CPK, outros marcadores de dano muscular podem apresentar alterações. Este estudo analisou a concentração dos marcadores bioquímicos, CKMB e anidrase carbônica III (CAIII) e sua relação com a presença de miosite. Métodos: Foram selecionados pacientes em tratamento com estatinas e com elevação da CPK. Foram realizadas as determinações de CKMB e CAIII e analisadas as variáveis clínicas e laboratoriais destes pacientes. Resultados: Cerca de 10% dos pacientes em tratamento com estatina apresentaram elevações de CPK acima 1x o limite superior de normalidade (LSN). Desses, 50,4% apresentaram sintomas musculares, definido como miosite. O uso de sinvastatina [OR=2,24 (IC95%:1,47-3,42)], o índice de massa corpórea > 28 Kg/m2 [OR=1,06 (IC95%: 1,01-1,10)] e a CKMB > 1xLSN [OR=1,59 (IC95%: 1,02-2,49)] apresentaram-se como preditores independentes para a ocorrência de miosite. A CKMB aumentada foi observada em 36,2% dos pacientes (7,17±4,4 ng/mL). Os pacientes com e sem miosite apresentaram valores semelhantes de CAIII (211,3±93,4pg/mL vs 204,0±84,6pg/mL; p=0,549). Pacientes diabéticos apresentaram elevações significantes de CKMB em relação aos não diabéticos (4,8±4,6ng/mL vs 3,5±2,4ng/mL; p=0,0006) e não apresentaram diferenças quanto à presença de miosite. Conclusão: A CKMB apresentou alteração em parte dos pacientes tratados com estatinas e foi um preditor independente para a presença de miosite. A CAIII não foi considerada um bom marcador de dano muscular na população deste estudo / Introduction: Statins are drugs widely used in primary and secondary prevention of cardiovascular diseases, due to the decreasing effect on cholesterol level. However, some patients may present elevated levels of creatine phosphokinase (CK) and muscle symptoms related to statin use. In addition to CK, other markers of muscle damage may present changes. This study analyzed the concentration of biochemical markers, CKMB and carbonic anhydrase III (CAIII) and related them to the presence of myositis. Methods: Patients on statin therapy and CK elevation were selected. CKMB and (CAIII) assays were performed and the clinical and laboratory variables of these patients were analyzed. Results: About 10% of the patients receiving statin therapy (6692) presented CK elevations above 1x upper reference limit (URL). Muscular symptoms, defined as myositis, were presented in 50.4% of these patients. Use of simvastatin [OR=2,24 (IC95%:1,47-3,42)], a body mass index > 28 kg / m2 [OR = 1.06 (95% CI: 1.01-1, 10)] and a concentration of CKMB > 1x URL [OR = 1.59 (95% CI: 1.02-2.49)] presented as independent predictors for the occurrence of myositis. Increased CKMB was observed in 36.2% of patients (7.17 ± 4.4 ng / mL). Patients with and without myositis had similar CAIII values (211.3 ± 93.4pg / mL vs 204.0 ± 84.6pg / mL, p = 0.549). Diabetic patients showed significant elevations of CKMB compared to non-diabetic patients (4.8 ± 4.6 ng / mL vs. 3.5 ± 2.4 ng / mL, p = 0.0006) and did not present differences regarding the presence of myositis. Conclusion: CKMB level changed in part of the patients treated with statins and this enzyme was an independent predictor for the presence of myositis. CAIII was not considered a good marker of muscle damage in the studied population
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Human Carbonic Anhydrase Ii; Preparation, Metal-Substitution, Activity, and Inhibition

Wilson, David L 14 August 2015 (has links)
This report details the activities and inhibition of metal-substituted human carbonic anhydrase II (M-HCA-II). The traditional activities (hydrolysis of CO2 and para-nitrophenol acetate) in addition to new activities (oxidation of 2-aminophenol, disproportionation of H2O2, and disproportionation of superoxide) were investigated. Values reported for the relative hydrolytic activities of M-HCA-IIs are reported here for the first time, ranging from 47.5 % (plus or minus 0.6) to 86 % (plus or minus 4) for the hydrolysis of CO2 and from 0.299 % (plus or minus 0.012) to 4.72 % (plus or minus 0.015) for the hydrolysis of para-nitrophenol acetate. With respect to new activities, only the oxidation of 2-aminophenol was observed. Turnover was observed for Fe-HCA-II (kcat/KM = 3.6 plus or minus 1.3 mM-1 s-1) and Cu-HCA-II (kcat/KM = 8 plus or minus 2 mM-1 s-1). Inhibition of Zn-, (di-substituted) Cu2-, and Cu/Zn-HCA-II hydrolysis of CO2 and para-nitrophenol acetate by sulfanilamide, coumarin, and ortho-coumaric acid were investigated. Sulfanilamide was shown to inhibit: Zn-HCA-II, Cu2-HCA-II, and Cu/Zn-HCA-II - (with CO2) KM = 8.9 plus or minus 1.1 microM, 11 plus or minus 2 microM, 8.8 plus or minus 1.4 microM and (with p-nitrophenyl acetate) KM = 8.4 plus or minus 1.0 microM, (none), 8.4 plus or minus 1.4 microM, respectively. No inhibition was observed for coumarin or ortho-coumaric acid or its derivatives for any CAs studied.
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Étude de l'immobilisation d'une anhydrase carbonique (MTCA) thermostable de Methanobacterium thermoautotrophicum : effet de la séquestration dans un réseau poreux de silice sur la thermorésistance

Roy, Sébastien 12 April 2018 (has links)
La réduction d'émission des gaz à effet de serre devient actuellement une priorité mondiale. À cet égard, CC^Solution inc. a développé une technologie qui pourrait permettre aux industriels de réduire leurs émissions de CO2 (principal gaz à effet de serre) grâce à l'action d'un catalyseur biologique, soit une métallo-(Zn)-enzyme immobilisée à l'intérieur d'un bioréacteur et capable d'hydrater le CO2 en HCO3". Or il s'avère que la température des effluents gazeux industriels est souvent très élevée, ce qui est incompatible avec l'enzyme actuellement utilisée qui serait rapidement dégradée. Cependant, il existe des micro-organismes vivants à hautes températures (thermophiles) qui produisent des enzymes adaptées et donc fonctionnelles dans de telles conditions. Methanobacterium thermoautotrophicum en est un bel exemple puisqu'on la retrouve dans les sources thermales où la température avoisine 70° C et qu'elle synthétise une enzyme, l'anhydrase carbonique (MTCA), capable d'hydrater le CO2. Le projet avait pour but la production d'une anhydrase carbonique thermostable, active sous une forme immobilisée et donc capable d'hydrater le CO2 en HCO3" dans un bioréacteur destiné à la réduction du dioxyde de carbone dans un environnement ouvert ou fermé. Ce projet se divisait en trois étapes : le clonage du gène de MTCA à partir de l'ADN génomique de M. thermoautotrophicum, la purification de MTCA par chromatographie échangeuse d'ions, la mise à l'échelle des étapes de production de MTCA et l'étude de l'immobilisation de MTCA selon deux méthodes. La première méthode d'immobilisation consistait à la liaison covalente sur fibre de coton à l'aide de glutaraldéhyde, l'autre à la séquestration dans un réseau poreux de silice à partir de tetramethoxysilane (TMOS). La séquestration dans un réseau poreux de silice s'est avérée plus efficace que la liaison covalente sur fibre de coton pour la récupération d'activité post-immobilisation et a donc été choisie pour subir les essais sur la résistance thermique. En ce qui a trait à la séquestration, un mélange typique d'alkoxysilane (TMOS-H2O-HCI), aussi appelé sol-gel, a été utilisé. L'optimisation des paramètres de maturation du sol-gel a permis de conserver une activité relative d'hydratation du CO2 allant jusqu'à 25 % de l'activité initiale de l'enzyme libre en solution. La vitesse de consolidation du réseau de silice serait un facteur capital pour la conservation de l'activité post-immobilisation. Un même lot de sol-gel enrichi en MTCA a été soumis à des cycles répétés d'essais d'hydratation du CO2. Une diminution appréciable de 50% d'activité fut observée suite au premier essai, mais cette diminution tend à s'atténuer lors des cycles subséquents. L'impact de la silanisation sur la résistance thermale de MTCA a également été étudié. La séquestration de MTCA dans un réseau de silice a permis d'augmenter d'environ 15° C la plage d'activité de l'enzyme pour atteindre 85° C et ce, comparativement à la forme libre en solution, suite à un traitement à la chaleur de 15 min. Cet effet serait dû à la formation d'une cage de silice autour de l'enzyme menant une consolidation des structures tertiaires et quaternaires. La séquestration d'anhydrases carboniques dans un réseau poreux de silice s'est avérée une avenue fort prometteuse pour le développement futur de procédés enzymatiques d'hydratation du CO2 à hautes températures.
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C. elegans, un outil de criblage pour la recherche de traitements contre les maladies rares / Caenorhabditis elegans as chemical screening tool to find compounds and targets against neuromuscular diseases

Giacomotto, Jean 08 March 2010 (has links)
Les techniques de criblage actuelles (in vitro et in silico) sont dépendantes des efforts menés en biologie médicinale pour identifier des cibles biologiques pertinentes ; cibles difficiles à définir pour les maladies génétiques dites "perte de fonction". De plus, les composés issus de ces cribles s'avèrent souvent inefficaces et/ou toxiques une fois confrontés à la complexité physiologique d'un organisme entier. Pour contourner ce problème, nous proposons d'utiliser le nématode C. elegans, notamment pour des maladies répondant aux critères suivants : i) physiopathologie complexe et/ou mal comprise excluant le développement à court terme de médicaments sur une base rationnelle, ii) peu d’espoir de thérapie génique/cellulaire à court terme, iii) conservation chez C. elegans du gène relié à la maladie humaine et induisant un phénotype exploitable une fois inactivé. Nous démontrons ici que ce petit nématode permet de tester, à moindre coût, un grand nombre de composés chimiques tout en conservant la complexité physiologique d'un animal entier. De plus, la souplesse génétique de cet animal permet d'apporter rapidement des informations sur le mode d'action des composés identifiés. Ainsi, en plus du but initial visant à identifier des molécules bioactives à intérêt thérapeutique, cette approche peut permettre de dégager de nouvelles cibles moléculaires utiles pour l'industrie chimique, et cruciales pour la recherche de traitements contre les maladies perte de fonction. Finalement, nous présentons comment mettre en place une telle stratégie, notamment pour la myopathie de Duchenne, l'amyotrophie spinale et le syndrome de Schwartz-Jampel. Enfin, nous présentons les résultats obtenus lors des différentes campagnes de criblage, les validations des molécules les plus prometteuses et les travaux effectués pour tenter de comprendre leur mode d'action chez le nématode. / Current high-throughput screening methods for drug discovery rely on the existence of targets. Moreover, most of the hits generated during screenings turn out to be invalid after further testing in animal models. To by-pass these limitations, efforts are now being made to screen chemical libraries on whole animals. One of the most commonly used animal model in biology is the murine model Mus musculus. However, its cost limits its use in large-scale therapeutic screening. In contrast, the nematode Caenorhabditis elegans is gaining momentum as screening chemical tool. This tiny worm combines genetic amenability, low cost, and culture conditions that are compatible with large-scale screens. Its main advantage is to allow high-throughput screening in a whole-animal context. Moreover, its use is not dependent on the prior identification of a target and permits the selection of compounds with an improved safety profile. Here, we introduce this approach with the Duchenne Muscular Dystrophy, the Spinal Muscular Dystrophy and the Schwartz-Jampel syndrome. We present the methodology used with each model to screen up to 7,000 compounds and the results of these screening campaigns. We further present the validation of our best hits and try to understand their mechanism of action.
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Caractérisation d’inhibiteurs d’anhydrase carbonique IX, études de complexes supramoléculaires et interactions moléculaires par résonance plasmonique de surface / Characterization of carbonic anhydrase IX inhibitors, studies of supramolecular complexes and molecular interactions by surface plasmon resonance

Florent, Tiphaine 05 December 2014 (has links)
L’anhydrase carbonique IX (AC IX h) est une enzyme souvent associée à un mauvais pronostic, à la progression tumorale et à la régulation du pH extracellulaire des cellules tumorales sur un plan moléculaire. L’AC IX est très peu exprimée dans les tissus sains mais par contre, elle est surexprimée au sein de la masse tumorale, ce qui permet de la qualifier comme une cible thérapeutique potentielle. Une nouvelle classe d’inhibiteurs d’anhydrase carbonique IX a été conçue et synthétisée par notre équipe. Cette série de composés présente une solubilité aqueuse faible, limitant ainsi son développement pharmaceutique. La complexation de ces composés avec des cyclodextrines offre la possibilité d’améliorer leur solubilité et leur biodisponibilité sans affecter leur structure originale. Des études de complexation entre nos composés et diverses cyclodextrines ont été réalisées, afin de déterminer le complexe supramoléculaire le plus adéquat. Les études des complexes Analyte / Cyclodextrine ont été réalisées par deux techniques complémentaires, la résonance magnétique nucléaire et l’électrophorèse capillaire. La complexation de six sulfonamidodiarylpyrazoles originaux avec six cyclodextrines (-, - et - CDs, hydroxypropyle HP--CD, méthyle Me--CD ou amino NH2--CD) a été étudiée au pH physiologique. Les constantes de complexation, la stœchiométrie et l’étude structurale des complexes ont alors été déterminées. Par ailleurs, la présence d’un centre d’asymétrie dans la série des alcools secondaires, synthétisés sous leurs formes racémiques, a orienté nos travaux vers le développement de méthodes séparatives à l’échelle préparative afin de disposer de quantités suffisantes d’énantiomères permettant la détermination de leurs affinités pour la cible. Les séparations chirales ont été mises au point par chromatographie liquide haute performance, par chromatographie en phase supercritique ou par électrophorèse capillaire. La caractérisation de quatre analytes vis-à-vis de l’anhydrase carbonique II (AC II) a été réalisée, dans un premier temps, par des études d’interaction moléculaire utilisant des méthodes biophysiques qui ne nécessitent pas de marquage des partenaires, la résonance plasmonique de surface, la calorimétrie de titration isotherme et la thermal shift assay. L’objectif de cette comparaison était de valider les résultats obtenus mais aussi de sélectionner la méthode d’analyse permettant l’étude d’une grande série de composés avec l’isoforme d’intérêt (AC IX). Les résultats obtenus nous ont conduits à choisir la résonance plasmonique de surface (RPS) comme technique de choix pour l’étude de l’affinité des sulfonamidodiarylpyrazoles. Les affinités de seize composés pour trois isoformes (AC II, IX et XII) ont ensuite été déterminées par RPS. Des affinités de l’ordre du nanomolaire ont été obtenues pour les trois isoformes. De cette étude, deux composés possédant une affinité intéressante pour l’AC IX et une sélectivité AC IX versus AC II ont été selectionnés. De plus, l’étude de l’affinité des composés optiquement purs a permis de mettre en évidence une énantioselectivité isoforme dépendante. / Carbonic anhydrase (CA) IX expression is increased upon hypoxia and has been proposed as a therapeutic target since it has been associated with poor prognosis, tumor progression and pH regulation. A new class of human carbonic anhydrase IX (hCA IX) inhibitors, diarylpyrazole sulfonamide derivatives, has been synthesized in our team. These compounds have a very limited water solubility which limits their pharmaceutical development. The complexation with cyclodextrins (CDs) offers the possibility to improve their solubility without affecting their original structure and has proved to be one of the most effective. The studies of the complexes formed between our compounds and various CDs have been performed, in order to choose the most appropriate CD. We investigate by NMR and capillary electrophoresis the complexes formed between six original diarylpyrazole sulfonamide derivatives and six CDs (native -, - and - CDs, hydroxypropylated HP--CD, methylated Me--CD or amino NH2--CD) at physiological pH. Futhermore, as these compounds have a chiral center, it was essential to separate their enantiomers and verify their optical purities before envisaging the study of their pharmacological activity. The enantiomeric purification was performed by three separative methods, the high performance liquid chromatography, the supercritical fluid chromatography and the capillary electrophoresis. This study permit to obtain optically pure compound in order to determine affinity of carbonic anhydrase. To determine the affinities of derivatives with isoforms, we performed first a comparison of three label-free methods for quantitative assessment of binding strength between carbonic anhydrase II and sulfonamides derivatives. The formation constants have been determined by surface plasmon resonance, isothermal titration calorimetry and thermal shift assay, which characterize the interaction between two partners. This study was useful to select and to validate the surface plasmon resonance (SPR) for the molecular interaction between carbonic anhydrases and all our derivatives. Affinities of sixteen compounds for three carbonic anhydrase isoforms (CA II, IX and XII) were then determined by SPR. These compounds have nanomolar affinities for three isoforms. Two compounds have affinities with great interest for the isoform CA IX, and a good selectivity CA IX versus CA II and should be considered as lead compounds. Additionally, some of optically pure compounds have shown an enantioselectivity for the AC isoforms

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