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Modélisation spatio-temporelle pour l'esca de la vigne à l'échelle de la parcelle / Spatio-temporal modelling of esca grapevine disease at vineyard scale

Li, Shuxian 16 December 2015 (has links)
L'esca de la vigne fait partie des maladies de dépérissement incurables dont l'étiologie n'est pas complément élucidée. Elle représente un des problèmes majeurs en viticulture. L'objectif général de cette thèse est d'améliorer la compréhension des processus épidémiques et des facteurs de risque. Pour ce faire, nous avons mené une étude quantitative du développement spatio-temporel de l'esca à l'échelle de la parcelle. Dans un premier temps, pour détecter d'éventuelles corrélations spatiales entre les cas de maladie, des tests statistiques non paramétriques sont appliqués aux données spatio-temporelles d'expression foliaires de l'esca pour 15 parcelles du bordelais. Une diversité de profils spatiaux, allant d'une distribution aléatoire à fortement structurée est trouvée. Dans le cas de structures très agrégées, les tests n'ont pas montré d'augmentation significative de la taille des foyers, ni de propagation secondaire locale à partir de ceps symptomatiques, suggérant un effet de l'environnement dans l'explication de cette agrégation. Dans le but de modéliser l'occurrence des symptômes foliaires, nous avons développé des modèles logistiques hiérarchiques intégrant à la fois des covariables exogènes liées à l'environnement et des covariables de voisinage de ceps déjà malades mais aussi un processus latent pour l'auto-corrélation spatio-temporelle. Les inférences bayésiennes sont réalisées en utilisant la méthode INLA (Inverse Nested Laplace Approximation). Les résultats permettent de conforter l'hypothèse du rôle significatif des facteurs environnementaux dans l'augmentation du risque d'occurrence des symptômes. L'effet de propagation de l'esca à petite échelle à partir de ceps déjà atteints situés sur le rang ou hors rang n'est pas montré. Un modèle autologistique de régression, deux fois centré, qui prend en compte de façon plus explicite la structure spatio-temporelle de voisinage, est également développé. Enfin, une méthode géostatistique d'interpolation de données de nature anisotropique atypique est proposée. Elle permet d'interpoler la variable auxiliaire de résistivité électrique du sol pour estimer à l'échelle de chaque plante de la parcelle, la réserve en eau du sol disponible pour la vigne. Les méthodes géostatistique et spatio-temporelles développées dans cette thèse ouvrent des perspectives pour identifier les facteurs de risques et prédire le développement de l'esca de la vigne dans des contextes agronomiques variés. / Esca grapevine disease is one of the incurable dieback disease with the etiology not completely elucidated. It represents one of the major threats for viticulture around the world. To better understand the underlying process of esca spread and the risk factors of this disease, we carried out quantitative analyses of the spatio-temporal development of esca at vineyard scale. In order to detect the spatial correlation among the diseased vines, the non-parametric statistical tests were applied to the spatio-temporal data of esca foliar symptom expression for 15 vineyards in Bordeaux region. Among vineyards, a large range of spatial patterns, from random to strongly structured, were found. In the vineyards with strongly aggregated patterns, no significant increase in the size of cluster and local spread from symptomatic vines was shown, suggesting an effect of the environment in the explanation of this aggregation. To model the foliar symptom occurrence, we developed hierarchical logistic regression models by integrating exogenous covariates, covariates of neighboring symptomatic vines already diseased, and also a latent process with spatio-temporal auto-correlation. The Bayesian inferences of these models were performed by INLA (Inverse Nested Laplace Approximation) approach. The results confirmed the effect of environmental factors on the occurrence risk of esca symptom. The secondary locally spread of esca from symptomatic vines located on the same row or out of row was not shown. A two-step centered auto-logistic regression model, which explicitly integrated the spatio-temporal neighboring structure, was also developed. At last, a geostatistical method was proposed to interpolate data with a particular anisotropic structure. It allowed interpolating the ancillary variable, electrical resistivity of soil, which were used to estimate the available soil water content at vine-scale. These geostatistical methods and spatio-temporal statistical methods developed in this thesis offered outlook to identify risk factors, and thereafter to predict the development of esca grapevine disease in different agronomical contexts.
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[en] PAWELS BRIEFE: READING AND WRITING OF MEMORY THROUGH AFFECTION, EMOTIOS AND IMAGES / [pt] PAWELS BRIEFE: ESCRITAS E LEITURAS DA MEMÓRIA ATRAVÉS DO AFETO, DAS EMOÇÕES E DAS IMAGENS

JULIANA SEROA DA MOTTA LUGAO 15 July 2013 (has links)
[pt] A dissertação propõe investigar as diferentes formas de se entender memória na literatura de Monika Maron (Berlim/Alemanha, 1941-), especialmente na obra Pawels Briefe [Cartas de Pawel] (1999). Com fortuna critica eloquente, a obra da autora impulsionou diferentes conceitos e indagações acerca do tema memória. Maron parte de um arquivo familiar para construir a narrativa pós-memorial e monta sua história-ficção-memória a partir de imagens, cartas, depoimentos e imaginação literária. No contexto geral da obra de Maron, e Pawels Briefe é caracterizado como livro central. Temas como pós-memória, memória crítica, narrativa geracional, trauma e luto são contemplados, cotejados e indagados, assim os problemas da recepção dos textos de memória. Ao se tratar de imagens justapostas ao texto narrativo, defende-se que, além de um aide-memoire, as fotografias representam a inserção do silêncio na linguagem narrativa. Para isso, parte-se da obra de Rancière e seus argumentos a favor da potência representativa da literatura e questionando o elogio do irrepresentável, procura-se incluir o silêncio como potência no terreno da linguagem, em vez de identificá-lo como aquilo que está para além dela. / [en] The thesis proposes the investigation of the various forms of understanding memory in the literary work of Monika Maron (Berlin/ Germany, 1941-), specially in Pawels Briefe [Pavels Letters] (1999). With eloquent wealth of treatises, the author’s work inspired different forms of understanding and questioning the subject of memory. Maron uses a family archive to create a post-memorial narrative and builds her historical –fictional- memorial book with pictures, letters and literary imagination. Pawels Briefe is put as a central piece in a broader view of Maron’s work. Subjects like post-memory, critical memory, generational narrative, trauma and grief are discussed, compared and questioned here. So are the issuesregarding the reception of memory texts. Addressing the juxtaposition of images and narrative, I support that photographic images represent not only an aide-memoire but also the inlcusion of silence in prose. Based on the works of Rancière and his arguments in favor of the representative potentiality of literature and questioning the eulogy of the irrepresentable, its objective is to include silence as a force in the field of language, instead of identifying it as something that is beyond it. In Pawels Briefe, by Monika Maron, this minute’s silence can be identified in the insertion of photographic pictures.
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Paramétrage Dynamique et Optimisation Automatique des Réseaux Mobiles 3G et 3G+

Nasri, Ridha 23 January 2009 (has links) (PDF)
La télécommunication radio mobile connait actuellement une évolution importante en termes de diversité de technologies et de services fournis à l'utilisateur final. Il apparait que cette diversité complexifie les réseaux cellulaires et les opérations d'optimisation manuelle du paramétrage deviennent de plus en plus compliquées et couteuses. Par conséquent, les couts d'exploitation du réseau augmentent corrélativement pour les operateurs. Il est donc essentiel de simplifier et d'automatiser ces taches, ce qui permettra de réduire les moyens consacrés à l'optimisation manuelle des réseaux. De plus, en optimisant ainsi de manière automatique les réseaux mobiles déployés, il sera possible de retarder les opérations de densification du réseau et l'acquisition de nouveaux sites. Le paramétrage automatique et optimal permettra donc aussi d'étaler voire même de réduire les investissements et les couts de maintenance du réseau. Cette thèse introduit de nouvelles méthodes de paramétrage automatique (auto-tuning) des algorithmes RRM (Radio Resource Management) dans les réseaux mobiles 3G et au delà du 3G. L'auto-tuning est un processus utilisant des outils de contrôle comme les contrôleurs de logique floue et d'apprentissage par renforcement. Il ajuste les paramètres des algorithmes RRM afin d'adapter le réseau aux fluctuations du trafic. Le fonctionnement de l'auto-tuning est basé sur une boucle de régulation optimale pilotée par un contrôleur qui est alimenté par les indicateurs de qualité du réseau. Afin de trouver le paramétrage optimal du réseau, le contrôleur maximise une fonction d'utilité, appelée aussi fonction de renforcement. Quatre cas d'études sont décrits dans cette thèse. Dans un premier temps, l'auto-tuning de l'algorithme d'allocation des ressources radio est présenté. Afin de privilégier les utilisateurs du service temps réel (voix), une bande de garde est réservée pour eux. Cependant dans le cas ou le trafic temps réel est faible, il est important d'exploiter cette ressource pour d'autres services. L'auto-tuning permet donc de faire un compromis optimal de la qualité perçue dans chaque service en adaptant les ressources réservées en fonction du trafic de chaque classe du service. Le second cas est l'optimisation automatique et dynamique des paramètres de l'algorithme du soft handover en UMTS. Pour l'auto-tuning du soft handover, un contrôleur est implémenté logiquement au niveau du RNC et règle automatiquement les seuils de handover en fonction de la charge radio de chaque cellule ainsi que de ses voisines. Cette approche permet d'équilibrer la charge radio entre les cellules et ainsi augmenter implicitement la capacité du réseau. Les simulations montrent que l'adaptation des seuils du soft handover en UMTS augmente la capacité de 30% par rapport au paramétrage fixe. L'approche de l'auto-tuning de la mobilité en UMTS est étendue pour les systèmes LTE (3GPP Long Term Evolution) mais dans ce cas l'auto-tuning est fondé sur une fonction d'auto-tuning préconstruite. L'adaptation des marges de handover en LTE permet de lisser les interférences intercellulaires et ainsi augmenter le débit perçu pour chaque utilisateur du réseau. Finalement, un algorithme de mobilité adaptative entre les deux technologies UMTS et WLAN est proposé. L'algorithme est orchestré par deux seuils, le premier est responsable du handover de l'UMTS vers le WLAN et l'autre du handover dans le sens inverse. L'adaptation de ces deux seuils permet une exploitation optimale et conjointe des ressources disponibles dans les deux technologies. Les résultats de simulation d'un réseau multi-systèmes exposent également un gain important en capacité.
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BEAUTIFUL WINNERS: LA STREET ART TRA UNDERGROUND, ARTE E MERCATO

TOMASSINI, MARCO 03 May 2010 (has links)
La tesi ha come oggetto la street art italiana. Questa, sebbene comunemente associata a realtà contro o subculturali, specie nell’ultimo decennio ha visto diversi suoi esponenti percorrere una parabola che da un underground riservato a una nicchia di appassionati, li ha portati a confrontarsi tanto con il mondo dell'arte quanto con il mercato. Una parabola che, in senso diacronico, questa tesi ha cercato di ripercorrere, servendosi degli strumenti propri delle teorie della produzione culturale, analizzando quindi la molteplicità di trasformazioni sociali e culturali che l'hanno accompagnata e resa possibile. Allo stesso tempo, attraverso una metodologia “grounded”, si è tentato di dare conto, su un piano sincronico, dello scenario attuale della street art nazionale, attraversato da tensioni che, di fatto, hanno portato il ricercatore a misurarsi con il processo di crescente “individualizzazione” e “de-standardizzazione” del mercato del lavoro. La tesi si suddivide quindi in quattro macro-sezioni: la prima finalizzata alla descrizione del processo di ricerca; la seconda tesa a ricostruire l’“emersione” dei fenomeni subculturali da cui gli street artists provengono; la terza, volta alla descrizione del panorama contemporaneo della street art italiana, attraverso l'individuazione di “profili” nelle cui caratteristiche si è cercato di far luce su quello che, a tutti gli effetti, può considerarsi un modello di “socialità reticolare”; la quarta, in cui si sono messi a confronto l'attuale fisionomia agerarchica della street art, caratterizzata da una differente distribuzione di opportunità a seconda del diverso capitale sociale posseduto dai suoi protagonisti, e alcune ipotetiche “soluzioni” a tali squilibri. / Street art has always been associated with underground phenomena like sub or counter-cultures. But, especially during the last ten years, many street artists got more and more involved in the institutional field of cultural production, also working for marketing, advertising and graphic design agencies. Starting from a perspective close to the theories of cultural production, the dissertation focused on the social, cultural and economic transformations that have contributed to such an “explosion” of the street art movement. At the same time, using a “grounded” approach, it studied the contemporary world of the Italian street art, as a field crossed by my many tensions, generated by a different distribution of what Pierre Bourdieu defined “social capital”.
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Modulation de la réponse immunitaire par les immunoglobulines intraveineuses : effets sur la polarisation, la pathogénicité et le trafic des lymphocytes T

Othy, Shivashankar 03 May 2012 (has links) (PDF)
L'activation dérégulée de lymphocytes T conduit à une réponse immune délétère envers les antigènes du soi. Malgré une utilisation croissante de doses élevées d'IVIg pour traiter les maladies auto-immunes, la compréhension des mécanismes sous-jacents aux bénéfices thérapeutiques demeure un enjeu majeur. En effet, les effets des IVIg restent inexplorés dans le cadre des maladies auto-immunes associées aux lymphocytes T. J'ai recherché les effets de doses élevées d'IVIg dans la polarisation des lymphocytes T en utilisant le modèle de l'encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE), une maladie auto-immune associée aux lymphocytes T. Les IVIg inhibent la différenciation des lymphocytes T CD4+ naïfs en sous-populations effectrices (lymphocytes Th1 et Th17) et induisent, de manière concomitante, une prolifération des lymphocytes T Foxp3+. Les IVIg diminuent les effets délétères des lymphocytes T sur les tissus en diminuant l'expression du GM-CSF et de la podoplanine. En outre, les IVIg empêchent la dégénérescence neuronale en inhibant l'infiltrat en lymphocytes T CD4+ dans le système nerveux central (SNC). Ce mécanisme passe par une séquestration de ces lymphocytes dans les ganglions lymphatiques drainants à travers la voie de signalisation S1P-S1P1-mTor. De manière intéressante, et contrairement aux données actuelles, le récepteur inhibiteur FcγRIIB et la sialylation des IVIg ne sont pas indispensables pour la modulation des sous-populations de lymphocytes T CD4+ effecteurs et régulateurs induite par les IVIg. Ainsi, le bénéfice thérapeutique des IVIg dans le modèle de l'EAE implique un déséquilibre de la balance entre les lymphocytes Th17/Th1 et les lymphocytes Trég, au profit des lymphocytes Trég. Ces cellules diminuent l'expression de médiateurs favorisant l'apparition de l'encéphalomyélite et inhibent la migration des lymphocytes T vers l'organe cible.
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An Study on the Entry Mode of Taiwan¡¦s Automotive Manufacturers in China¡¦s Market by analyzing Cases of International Automobile Manufacturers

Chen, Chieh-ying 13 February 2009 (has links)
Through analysis of the impact of international automobile manufacturers to enter the China market factors, summarized in its mode of entering the Chinese market to explore the automotive industry in Taiwan to enter the Chinese market is likely to choose. The study found that lower costs and increase the diversity of products to major automobile manufacturers are two main factors, which entered the Chinese market, the time difference will lead to the same entry mode, but joint ventures and wholly-owned is still the main mode.
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MARCH1 : new insights in the activation of B cells

Galbas, Tristan 09 1900 (has links)
RÉSUMÉ L’implication des cellules B dans le développement de l’auto-immunité ne cesse d’être illustrée par de récentes publications. Les cellules présentent des peptides du soi aux cellules T auto-réactives ce qui mène à la production de cytokines pro-inflammatoires et d’anticorps auto-réactifs. Dans le présent document, nous explorons la présentation antigénique et la modification post-traductionnelle du complexe majeur d’histocompatibilité II (CMH-II). MARCH1 est une E3 ubiquitine ligase qui cible le CMH-II et le relocalise le complexe vers les endosomes de recyclage. Ainsi, MARCH1 est un inhibiteur de la présentation d’antigènes exogènes. Ici, nous démontrons que MARCH1 est exprimé seulement dans la sous-population des cellules B folliculaires et que cette expression est perdue lors de l’entrée dans les centres germinatifs. Nous proposons que MARCH1 établie une barrière de formation de centres germinatifs. Nous démontrons le lien entre MARCH1 et la hausse de CMH-II à la surface des cellules B à la suite d’un traitement à l’IL-10. De plus, nous avons testé plusieurs stimuli activateurs des cellules B et démontrons que MARCH1 est régulé à la baisse dans tous les cas. De plus, nous mettons en valeurs le rôle de la voie canonique d’activation de NF-κB dans cette régulation de MARCH1. Finalement, nous avons développé un système de lentivirus exprimant MARCH1 qui nous permet de forcer l’expression de MARCH1 dans des cellules réfractaires à la transfection. Nous discutons de l’implication de cette régulation du CMH-II par MARCH1 dans le développement de maladies auto-immunes. / ABSTRACT Increasing evidence suggests a major role for B cells in the onset of auto-immune diseases. B cells present self-antigens to auto-reactive T cells which leads to the production of pro-inflammatory cytokines and auto-immune antibodies. Here we look at the process of antigen presentation and at post-transcriptional modifications of the MHC-II molecule. MARCH1 is an E3 ubiquitin ligase which targets MHC-II and re-localises the complex into recycling endosomes. Thus, MARCH1 is a direct inhibitor of exogenous antigen presentation. Here we show that only follicular B cells express MARCH1 and that upon germinal center entry, these cells lose all traces of MARCH1. We propose that MARCH1 may establish a threshold for germinal center creation. Moreover we demonstrate that the well-established increase in surface MHC-II induced by IL-10 on murine B cells is a result of a decrease in MARCH1 expression. We tested different B cell activation stimuli and showed that upon activation, MARCH1 mRNA is decreased in a time-dependent manner. In addition, we demonstrate the implication of the canonical NF-κB pathway in this regulation. Finally, we developed a lentiviral vector system expressing MARCH1 which enables us to force the expression of our target protein in non-transfectable cell types. We discuss the implication of MARCH1 in the presentation of self-antigens to auto-reactive T cells and the generation of auto-immunity.
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Discrete Control in the Internet of things and Smart Environments through a Shared Infrastructure / Contrôle Discret pour l’Internet des Objets et les Environnements Intelligents au travers d'une infrastructure partagée

Zhao, Mengxuan 07 May 2015 (has links)
L'Internet des Objets (IdO) et les Environnements Intelligents (EI) ont attiré beaucoup d'activités de recherche et développement au cours de la dernière décennie. Pourtant, de nombreuses applications IdO/EI d'aujourd'hui sont encore limitées à l'acquisition et au traitement des données de capteurs et de leur contexte, avec un contrôle, le cas échéant, utilisant soit des solutions de base ou demandant l'intervention humaine, loin du contrôle automatique qui est un facteur essentiel de promouvoir ces technologies. Cette thèse vise à apporter le savoir-faire de la théorie du contrôle et des systèmes réactifs dans le domaine IdO/EI pour arriver à une solution avec une méthode formelle pour l'aspect de contrôle qui fait défaut. Nous proposons l'extension d'un canevas logiciel pour une infrastructure générique et partagée IdO/EI qui offre des interfaces de haut niveau pour réduire l'effort de conception, et qui permet l'auto-configuration et l'adaptation des applications de contrôle sur des propriétés génériques de l'environnement sans intervention humaine en utilisant les connaissances générales sur le domaine qui s'appliquent à chaque instance cible de système IdO/EI. Dans cette infrastructure étendue, les entités physiques individuelles (y compris toutes les "choses", appareils électriques et sous-ensembles de l'espace) peuvent être regroupées comme des entités virtuelles par des propriétés communes afin de fournir un niveau d'abstraction plus élevé pour le contrôle et d'autres applications, ainsi qu'une meilleure adaptation aux changements des configurations au niveau inférieur. Sur le requis d'une solution générique et commun dénominateur partagée par toutes les applications de l'IdO/EI dans un environnement donné, nous proposons pour cette infrastructure, de modéliser les entités cibles supervisées et contrôlées, y compris les entités individuelles et de leurs regroupements, ainsi que les choses et les entités spatiales, par des automates à états finis, pour être en mesure d'appliquer la technique de la synthèse des contrôleur discrets (SCD) aux différents niveaux d'abstraction et de granularité. SCD est une méthode formelle qui construit automatiquement un contrôleur, s'il existe, en assurant les objectifs de contrôle exigés concernant le modèle de comportement du système donné en termes d'automates parallèles synchrones. Les langages de programmation BZR et les outils Sigali existants sont utilisés pour effectuer la SCD et de générer un contrôleur de manière automatique. Les modules logiciels nécessaires sont proposés dans l'implémentation tels que le module de maintenance de relation qui garde une association correcte entre les instances d'entités individuelles et les groupes, et répercute des commandes d'action du contrôle de haut niveau aux actionneurs correspondants. Ce module est destiné à évoluer plus tard vers une solution plus générique comme une base de données graphes comprenant à la fois la base de connaissances générales et relations spécifiques d'instance environnement. La résolution des conflits entre les objectifs de contrôle venant de contrôleurs concurrent est également indispensable en raison des objectifs de l'ouverture de la plateforme. Un simulateur de contexte basé sur Java a été développé pour simuler l'environnement de la maison au sein de plusieurs scénarios proposés pour la validation, tels que le contrôle de la charge électrique et l'adaptation au contexte de l'activité. / The Internet of Things (IoT) and Smart Environments (SE) have attracted a lot of research and development activities during the last decade. Yet many present-day IoT/SE applications are still limited to the acquisition and processing of sensor data and its context, with control, if any, using either basic solutions or requiring human intervention, far away from the automatic control which is an essential factor to promote the technologies. This thesis targets to bring knowhow from control theory and reactive systems to the IoT/SE domain to achieve a solution with a formal method for the missing control aspect. We propose the extension of a framework in order to build a shared generic IoT/SE infrastructure offering high-level interfaces to reduce design effort, and enabling the self-configuration and adaptation of control applications over generic properties of the environment without human interaction by using general knowledge over the domain that applies to each target instance of IoT/SE system. In this extended framework, individual physical entities (including all relevant "things", appliances and subsets of space) may be grouped as virtual entities by shared properties to provide a higher level abstraction for control and other applications and better adaptation to lower level configuration changes. Requiring a generic common denominator solution shared by all IoT/SE applications in a given environment, we propose for this infrastructure, to model by finite state automata the target entities to be monitored and controlled, including both individual entities and their groupings, as well as things and space entities, to be able to apply discrete controller synthesis (DCS) technique over any of these at different levels of abstraction and granularity. DCS is a formal method which constructs automatically a controller, if it exists, guaranteeing the required control objectives regarding to the given system behavior model in terms of synchronous parallel automata. The existing BZR programming language and Sigali tools are employed to perform DCS and generate a controller in an automatic way. Necessary supporting software modules are proposed in the implementation such as the relation maintenance module keeping the correct association between individual entity instances and groups, and dispatching the action orders from the high level control to corresponding actuators. This module would evolve later to a more generic solution such as a graph data base including both the general knowledge base and specific environment instance relations. Conflict resolution between objectives of control coming from concurrent controllers is also indispensable due to the intended openness of the platform. A java based context simulator has been developed to simulate the home environment within several scenarios proposed for the validation, such as electrical load control and activity context adaptation.
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Processus auto-interagissants et grandes déviations

Dumaz, Laure 07 December 2012 (has links) (PDF)
Cette thèse porte sur divers aspects de lois et de processus non-gaussiens qui partagent des propriétés de changement d'échelle où intervient l'exposant 2/3. Les deux principaux objets probabilistes que nous allons présenter sont : 1) La loi de Tracy-Widom : C'est la loi limite de la plus grande valeur propre de matrices aléatoires appartenant aux beta-ensembles lorsque leur dimension tend vers l'infini. Dans un travail en commun avec Balint Virag, nous avons établi le comportement asymptotique de la queue droite de cette loi pour tout beta strictement positif, en utilisant des outils d'analyse de diffusions du type Girsanov. 2) Le ''vrai'' processus auto-répulsif (''true self repelling motion'') TSRM : C'est un processus auto-interagissant qui a été introduit par Balint Toth et Wendelin Werner. Nous nous sommes intéressés à des propriétés de cet objet liées à ses trajectoires (grandes déviations, lois du logarithme itéré) et à des calculs explicites de lois marginales (travail en collaboration avec Balint Toth). Cette étude nous a aussi amenés à aborder des questions liées à la théorie des jeux.
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Les autotransporteurs auto-associatifs d’Escherichia coli : de facteurs de virulence à déterminants sociaux

Côté, Jean-Philippe 07 1900 (has links)
Les autotransporteurs monomériques représentent le système de sécrétion le plus simple et le plus utilisé chez les bactéries à Gram négatif. Les autotransporteurs monomériques sont des protéines modulaires qui contiennent toute l’information pour leur sécrétion dans leur séquence. Les phénotypes associés à l’expression d’un autotransporteur peuvent être très variés et, souvent, les autotransporteurs sont des protéines multifonctionnelles. C’est le cas notamment des autotransporteurs AIDA-I, TibA et Ag43 d’Escherichia coli qui promouvoient l’adhésion et l’invasion de cellules épithéliales, l’auto-agrégation des bactéries et la formation de biofilm. Ces trois autotransporteurs ont d’ailleurs été regroupés dans une même famille, appelée les autotransporteurs auto-associatifs (SAATs). À cause de leur fonctionnalité, les SAATs sont considérés comme étant d’importants facteurs de virulence d’Escherichia coli. Toutefois, il existe plusieurs différences entre les SAATs qui ne sont pas bien comprises, si bien que leur rôle pour les bactéries n’est toujours pas bien compris. Nous avons donc d’abord caractérisé TibA, le membre des SAATs le moins bien étudié à l’aide d’une étude structure-fonction. Nous avons observé que TibA était une protéine modulaire et que son domaine fonctionnel était composé de deux modules : un module d’auto-agrégation en N-terminal et un module d’adhésion en C-terminal. En comparant nos résultats avec ceux obtenus pour les autres SAATs, nous avons réalisé que l’organisation des trois SAATs était très variée, c’est-à-dire que les trois SAATs sont composés de modules différents. Nous avons par ailleurs observé cet arrangement en modules lorsque nous avons analysé plusieurs séquences d’aidA, suggérant qu’un mécanisme d’échange et d’acquisition de modules était à la base de l’évolution des SAATs. Sans surprise, nous avons aussi observé que la famille des SAATs ne se limitait pas à AIDA-I, TibA et Ag43 et ne se limitait pas à Escherichia coli. La comparaison a aussi révélé l’importance du phénotype d’auto-agrégation dans la fonctionnalité des SAATs. Nous avons donc entrepris une étude du mécanisme d’auto-agrégation. Nos résultats on montré que l’auto-agrégation était le résultat d’une interaction directe SAAT/SAAT et ont mis en évidence un mécanisme similaire à celui utilisé par les cadhérines eucaryotes. De plus, nous avons observé que, comme les cadhérines, les SAATs étaient impliqués dans des interactions homophiliques; un SAAT interagit donc spécifiquement avec lui-même et non avec un différent SAAT. Finalement, les SAATs font parties des quelques protéines qui sont glycosylées chez Escherichia coli. Nous avons déterminé que le rôle de la glycosylation de TibA était de stabiliser la protéine et de lui donner la flexibilité nécessaire pour moduler sa conformation et, ainsi, être pleinement fonctionnelle. Globalement, nos résultats suggèrent que les SAATs sont des molécules « cadhérines-like » qui permettent la reconnaissance de soi chez les bactéries. Une telle habilité à discriminer entre le soi et le non-soi pourrait donc être utilisée par les bactéries pour organiser les communautés bactériennes. / Autotransporters are versatile virulence factors of Gram-negative bacteria and use one of the simplest and most widespread secretion system in bacteria. The name autotransporter originate from the observation that all the information needed for the secretion of the protein is encoded in its own sequence, meaning that autotransporters do not need a specialized secretion apparatus. Many autotransporters are multifunctional proteins and can perform a large variety of functions. The self-associating autotransporters (SAATs), represented by AIDA-I, TibA and Ag43, are such multifunctional proteins and can mediate the adhesion and invasion of epithelial cells, the auto-aggregation of bacteria and the formation of biofilm. Because of these functionalities, SAATs are considered important virulence factors of Escherichia coli. However, there are many differences between the SAATs and we still do not know their exact role for the bacteria. Therefore, we have realized a structure-function study of TibA, the least studied SAAT. Our study showed that TibA is a modular protein and that the functional domain of TibA is composed of two modules: an N-terminal module responsible for auto-aggregation and a C-terminal module responsible for adhesion. Our results showed that the organization of AIDA-I, TibA and Ag43 is different and that the SAATs represent different assemblies of modules. We also observed the modular organization when we analyzed various sequence of aidA, suggesting that the SAATs have evolved by a mechanism of domain shuffling. Not surprisingly, we have found new SAATs in Escherichia coli and in other proteobacteria. Our results also highlighted the importance of auto-aggregation in the functionality of the SAATs. We therefore assessed the mechanism of SAAT-mediated auto-aggregation of bacteria. Our results showed that SAATs mediate auto-aggregation of bacteria through direct SAAT/SAAT interactions and that these interactions were reminiscent of the interactions made by cadherin molecules in eukaryotes. We further observed that the SAATs were involved in homophilic interactions, as it is the case with cadherin molecules. SAATs are part of the few proteins that are glycosylated in Escherichia coli. We therefore characterized the glycosylation of TibA and found that glycosylation of TibA stabilized the protein and allowed the protein to modulate its conformation, resulting in a fully functional protein. Taken together, our results suggest that the SAATs may be cadherin-like molecules by bacteria in order to discriminate between self and non-self. Such an ability to discriminate self from non-self is rarely evoked in bacteria, but could play a role in the organization of multicellular communities.

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